Linnea Jakob

Linnéa Jakob
RISE weltweit Abschlussbericht
03.08.15 – 18.09.15
DAAD Abschlussbericht
Linnéa Jakob
RISE weltweit
Forschungspraktikum in Indien
IISER Mohali, Indien
03.08. - 19.09.2015
Inhalt
I. Allgemeiner Teil
S. 2 - 9
II. Fachlicher Teil
S. 10 -18
I. Allgemeiner Teil
1. Vorbereitungen





1.1 Flug
1.2 Visum
1.3 Impfungen
1.4 Geld
1.5 Packen
2. In Indien
 2.1 Wohnen
 2.2 Essen
 2.3 Arbeiten
 2.4 Leute und Sprache
 2.5 Geld
 2.6 Campus und Wetter
 2.7 Reisen und Ausflüge
 2.8 Sicherheit
S. 2
S. 2
S. 3
S. 3
S. 4
S. 4
S. 5
S. 5
S. 6
S. 7
S. 7
S. 8
S. 9
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1. Vorbereitungen
1.1 Flug
Für Indien sollte man sich zuerst um den Flug und dann um das Visum kümmern. Das liegt daran,
dass das Visum nicht früher als zwei Monate vorher beantragt werden kann, die Flüge aber
trotzdem mit der Zeit immer teurer werden. Sobald ich den Zeitpunkt wusste, habe ich dann auch
meinen Flug gebucht. Erstaunlicherweise war das billigste Angebot letztendlich das, was ich auf
der Lufthansa-Website selbst gefunden habe, nicht etwa über eines der Vergleichsportale. Ich
habe letztendlich knapp 600 € für de Flug gezahlt u d drei Mo ate orher ge u ht. Außerde
würde ich mir wirklich überlegen, ob man seinen Rückflug gleich nach Abschluss des Praktikums
bucht und ob man nicht vielleicht von einer anderen Stadt bucht als den Hinflug, da man sicherlich
am Ende noch gerne reisen würde. Ich habe zum Beispiel meinen Hinflug nach Chandigarh direkt,
den Rückflug aber eine Woche nach Praktikumsschluss ab Delhi gebucht. Zu diesem Zeitpunkt
hatte ich zwar noch keine konkreten Reisepläne, aber mir war klar, dass ich unbedingt noch etwas
reisen wollte und so erschien mir Delhi der zentralere Ort für meinen Rückflug. Über
Vergleichsportale können diese "Gabelflüge" recht schnell teuer werden, über die LufthansaWebsite, aber, wie beschrieben, war es gleichbleibend günstig, da beide Flüge separat berechnet
wurden.
Beim Umsteigen am Flughafen in Delhi habe ich von den sechs Stunden vier Stunden benötigt, um
vom Flugzeug zum nächsten Gate zu gelangen. Wenn man also einen internationalen und einen
Inlandsflug anschließend benötigt, unbedingt auf ausreichende Umsteigezeit dazwischen achten!
1.2 Visum
Zuallererst muss man nachschauen, ob der eigene Reisepass noch ab Zeitpunkt des Visums ein
halbes Jahr gültig ist oder ob man überhaupt einen Reisepass besitzt. Wenn nicht, muss man den
erstmal beantragen.
Anfangen mit der eigentlichen Visumbeantragung kann man erst frühestens zwei Monate vor
Einreise. Zuständig für das Ausstellen der Visa sind nicht die Botschaften, sondern von diesen
beauftragte Dienstleister. In Hamburg und einigen anderen Bundesländern ist das IGCS
(http://www.igcsvisa.de) zuständig. Man muss herausfinden, welche Dienstleister für das eigene
Bundesland zuständig sind. Zudem muss man ein Onlineformular ausfüllen auf folgender Seite:
https://indianvisaonline.gov.in/.
Bei der Beantragung muss man entscheiden, ob man ein Studentenvisum oder ein Einreisevisum
(= Entry Visum) beantragen möchte. Ich würde sagen, es ist egal, welches man beantragt, denn
letztendlich entscheidet das Konsulat, welchen Visumstyp sie ausstellen. Ich habe mich für ein
Einreisevisum beworben, bekam aber ein Studentenvisum ausgestellt. Außerdem habe ich
"multiple entries" (x entries) angegeben, was bedeutet, dass man aus dem Land heraus und
wieder hereinkommen darf während der Zeit des Visums. Letztendlich wäre es zwar nicht
notwendig gewesen bei meinem Indienaufenthalt, aber falls sich spontan die Möglichkeit bietet,
eine kurze Auslandsreise zu machen, ist es gut, wenn das Visum x entries hat. Es scheint auch
keine weiteren Schwierigkeiten in der Beantragung zu verursachen, also warum nicht.
Es ist ratsam, sich schon vorher um einige Dokumente fürs Visum zu kümmern. Im Auslandsbüro
der Uni muss man um ein Schreiben bitten, "Confirmation of Studies", welches bestätigt, dass man
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an der Uni studiert und dass man im entsprechenden Zeitraum ein Stipendium des DAAD
bekommt. Zusätzlich wollten sie die Stipendiumszusage des DAAD haben und eine Kopie des
Studentenausweises, auch wenn dieses bei der Unterlagenliste des Konsulats nicht aufgelistet war.
Von den Eltern unterschrieben benötigt man eine Bürgschaftserklärung. Ein kleiner Text genügt
hierbei allerdings. Ich habe geschrieben "Hiermit bestätigen wir, dass wir für unsere Tochter ...,
geb. ... , im Falle finanzieller Notlage in Indien für alle Kosten des Aufenthalts und eventuelle
Rückflugkosten aufkommen werden.", mit Adresse und Unterschrift der Eltern. Des Weiteren
muss man seinen Betreuer in Indien bitten, ein Einladungsschreiben der akademischen Institution
zu verfassen. Am Telefon gab man mir Auskunft, was denn darin stehen solle: Datum des
Aufenthalts, Reisepassnummer, eigener Name und Geburtsdatum und Briefkopf der Institution.
Andere erzählten mir aber später, dass es bei ihnen z.B. auch ohne Reisepassnummer ging, es
scheint also keine festen Kriterien zu geben. Außerdem haben sie bei mir noch eine Beschreibung
über die wissenschaftliche Arbeit, die ich plane in Indien zu machen, gefordert. Da habe ich dann
einfach die pdf-Datei der Projektbeschreibung des RISE-weltweit-Projekts eingereicht. Außerdem
einreichen muss man Passkopien beider Eltern und eine Kopie der Geburtsurkunde. Bei den
geforderten Unterlagen stand des weiteren "Handelsregisterauszug des indischen Unternehmens"
und "Registrierung der indischen Organisation ausgestellt von MHA", dies entfällt aber beides bei
einer staatlichen Bildungseinrichtung. Kosten tut das Visum am Ende 105,50 € Stude te isu ,
aber der genaue Betrag hängt vom Typ des Visums ab. Mit Nachreichen einiger Unterlagen hat das
Visum bei mir etwa drei Wochen Zeit gebraucht. Obwohl es eine Onlineverfolgung mit
Antragsnummer gibt, funktioniert diese erst eine Woche nach Beantragung, wenn der Antrag vom
IGCS ans Konsulat weitergereicht wurde.
1.3 Impfungen
Man sollte sich frühzeitig bei einem Tropeninstitut oder Tropenarzt beraten lassen. Ich war in
Hamburg bei der Tropenpraxis im Globetrotter, was problemlos ging, vor allem da man
unangemeldet kommen kann. Abgesehen von den Standardimpfungen, die man ja wahrscheinlich
als Kind bekommen hat, wurde mir geraten sich gegen Tollwut, Typhus, MeningokokkenMeningitis und Hepatitis A zu impfen. Diese vier Impfungen habe ich dann gemacht. Man sollte
sich vorher informieren, ob die Krankenkasse die Impfungen zahlt, denn wenn sie das nicht tut,
wird es teuer und man muss sich bei jeder Impfungen zweimal überlegen, ob sie wirklich
notwendig ist. Ich bin bei der TK und die hat mir die Impfungen erstattet, wobei ich am Ende etwa
500€ ieder eko
e ha e, ur u de preisli he Rah e zu e e .
1.4 Geld
Falls man nicht schon eine besitzt, sollte man sich frühzeitig um eine Kreditkarte kümmern. Es gibt
inzwischen zahlreiche Banken, die kostenlose Kreditkartenkonten (gekoppelt mit einem
Girokonto) für Studenten anbieten. Ich habe ein Konto mit Kreditkarte bei der INGDiba, welches
sich in Indien bewährt hat. Vorher habe ich dort angerufen, um zu sagen, dass ich nach Indien
fahre und die Bank kann dann bei Visa hinterlegen, dass man dort ist. Dies ist, um zu verhindern,
dass ein Sicherungssystem die Karte sperrt, weil das Geld abheben in Indien nicht
vertrauenswürdig erscheint. Zur Sicherheit hatte ich noch eine zweite Kreditkarte mit, von der
DKB, allerdings weigerte sich diese Bank, bei Visa zu hinterlegen, dass ich nach Indien reise.
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Trotzdem funktionierte diese Karte problemlos. Rupien-Bargeld kann man außerhalb Indiens nicht
bekommen, aber um sich am Flughafen das erste Bargeld zu beschaffen, kann man ein wenig Euro
mitbringen und diese dann umtauschen lassen. Wenig später gibt es dann aber auch die
Möglichkeit, einen ATM (Geldautomat) zu benutzen. Man sollte unbedingt alle Passwörter und
Pins kennen oder verschlüsselt aufschreiben, mir hat letztendlich geholfen, dass ich zu Hause alles
bereitgelegt hatte, so dass meine Familie mir mit einem fehlenden "Verified-by-Visa"-Passwort
aushelfen konnte, was ich für Onlinebuchungen später brauchte.
1.5 Packen
Die einzigen Gegenstände, die mein Professor mir empfohlen hatte, mitzunehmen, waren ein
Adapter und ein Regenschirm. Den Regenschirm habe ich – obwohl ich in der Regenzeit dort war –
nur zweimal wegen Regen verwendet, aber täglich gegen die pralle Mittagssonne, in der man zum
Mittagessen gehen musste. Es ist üblich, Regenschirme als Sonnenschirme zu verwenden und man
fällt nicht weiter auf, wenn man sich so schützt, was ich sehr empfehlenswert finde. Wir sind
schließlich die ungeheure Intensität des indischen Sonnenscheins nicht gewöhnt.
Der Adapter ist schön, aber gar nicht unbedingt notwendig. Indische Steckdosen haben drei
Löcher, wenn man in das obere etwas hineinsteckt, wird ein Schutz, welcher die anderen beiden
Löcher verschließt, zur Seite geschoben. Dann kann man auch seinen europäischen Stecker direkt
in die indische Steckdose stecken. In das obere Loch kann man gut einen dünnen Kugelschreiber
schieben. Aus diesem Grund würde ich nicht mehr als einen Adapter einstecken.
Man muss beim Kleidungpacken bedenken, dass der Arbeitsplatz aller Voraussicht nach in einem
klimatisierten Raum liegt, wobei in Indien eigentlich überall die Klimaanlagen auf sehr kühle
Temperaturen eingestellt sind. Es kann also leicht passieren, dass man drinnen friert, gerade,
wenn man länger stillsitzt bei der Arbeit. Also auch etwas Wärmeres zum Überziehen einpacken.
In Indien kann man natürlich wunderbar Kleidung einkaufen gehen und teuer ist es auch nicht.
Von daher insgesamt eher weniger mitnehmen und dann das kaufen, was den Gegebenheiten
passend erscheint. Immer, wenn ich in indischen Läden war, war ich erstaunt, was es doch alles zu
kaufen gibt. Von daher braucht man wirklich keine Angst zu haben, etwas zu vergessen, denn
letztendlich kann man alles in Indien bekommen.
2.1 Wohnen
In Indien scheint es an Universitäten und Colleges immer so zu sein, dass die Studenten alle in
sogenannten "Hostels", also Studentenwohnheimen, wohnen und wohnen müssen. Als "summer
project student", wie meine Klassifizierung in Indien meist lautete, musste ich aber nicht im Hostel
wohnen. Vor meiner Ankunft hatte mich mein Professor gefragt, ob ich ins Hostel (keine
Klimaanlage) oder ins Guesthouse (Klimaanlage) ziehen möchte. Da ich mir nicht so recht
vorstellen konnte, wie ich mit der Hitze klarkommen würde und ich etwas Angst vor den
Temperaturen hatte, habe ich mich zuerst von Deutschland aus fürs Guesthouse entschieden. Das
Guesthouse war auch sehr komfortabel, allerdings auch ziemlich teuer und außerdem ganz am
hinteren Ende des Campus. Ich habe dann schnell entschieden, dass ich ins Hostel umziehen
möchte, was vor allem auch daran lag, dass dort ja auch alle anderen Studenten wohnten. Das
Guesthouse war mir zu isoliert und einsam vom Leben der anderen Studenten. Nach zwei Wochen
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konnte ich dann ins Hostel ziehen und es war rückblickend auf jeden Fall die richtige Entscheidung,
umzuziehen.
Das Hostel war nach westlichen Standards vielleicht nicht gerade komfortabel, aber absolut
ausreichend und ich habe sowieso nicht so viel Zeit dort zugebracht. Es waren Einzelzimmer
(obwohl einige Erstsemester sich aufgrund von Platzmangel auch Zimmer teilen mussten) mit
kleinem Balkon, wo man seine Wäsche trocknen konnte und Gemeinschaftsbad für einen Flur. Das
Bad war auch nach westlichen Standards eingerichtet, obwohl es nur kaltes Wasser beim Duschen
gab. Da die Zimmer aber keine Klimaanlage haben, ist es zumindest im Sommer eine willkommene
Abkühlung. (Für den Winter, der dort auch kühl wird, gibt es einen Boiler mit heißem Wasser zum
Abfüllen, so dass sich die Leute das heiße Wasser in einen Eimer füllen, den sie dann mit zum
Waschen nehmen). Wie gesagt, das Hostel hat keine Klimaanlage, aber in jedem Zimmer gibt es
einen Deckenventilator, der es durchaus erträglich macht.
2.2 Essen
Als indischer Student muss man sich keine Gedanken übers Essen machen, da man drei warme
Mahlzeiten am Tag bekommt. Mir hat das Essen sehr gut geschmeckt und es gehört schon zu den
Anteilen eines Indienaufenthalts, die wirklich sehr anders sind als bei uns in Europa. Bei mir war
die "Mess", also die Kantine oder Mensa, im Erdgeschoss meines Hostels untergebracht. Dort gab
es Frühstück, Mittagessen und Abendessen. Für jeden Tag habe ich insgesamt 105 Rupien bar für
die Mahlzeiten gezahlt, etwas weniger bezahlt man, wenn man sich vorher anmeldet und übers
Konto bezahlt.
Achja, zu sagen wäre wohl auch noch, dass das gesamte Essen in der Mess vegetarisch war.
Überhaupt ist die Auswahl an vegetarischem Essen in Indien viel größer. Es gibt viele Vegetarier,
auch wenn deren Zahl immer kleiner wird und Hühnchen gefühlt inzwischen zum indischen
Nationalgut gehört, aber trotzdem wird auch außerhalb der Mess nicht unbedingt immer Fleisch
gegessen. Selbst bei Burger King ist die Hälfte der Burger vegetarisch. Für Vegetarier (ich bin auch
in Deutschland Vegetarier) ist es in der Hinsicht also das perfekte Reiseland. Die Inder waren alle
sehr erstaunt, dass ich Vegetarier bin und mein Professor hatte sich vorher sogar ernsthaft Sorgen
gemacht, wie man mich sattkriegen solle, da es hier auf dem Campus ja kein Fleisch gibt. Ich
denke, man kommt den Indern sehr entgegen, wenn man sagt, dass man gerne auch mal
hauptsächlich vegetarisch leben würde und dass einem Fleischkonsum nicht so wichtig ist.
2.3 Arbeiten
In Indien wird viel und hart gearbeitet. Ich war in einem Labor, welches an der Grenzfläche
zwischen Chemie, Biologie und Biophysik gearbeitet hat. Im Labor gab es sieben Doktoranden
(PhD students) und eine Masterstudentin, welche von einem Professor betreut wurden. Der
Professor war den gesamten Tag in seinem Büro und ist immer nur zweimal am Tag ins Labor
gucken gekommen. So habe ich dann auch mehr mit den Doktoranden zu tun gehabt. Mit zwei
Doktoranden habe ich zusammengearbeitet, bzw. ihre Arbeit unterstützt. Für ein eigenes Projekt
wäre wohl zu wenig Zeit gewesen. Die Doktoranden kommen etwa um halb zehn morgens ins
Labor – einige aber auch schon früher – und bleiben dann eigentlich den gesamten Tag dort, bis
zehn Uhr abends ist normal. Sie wohnen also halb im Labor, dafür gehen sie aber auch tagsüber
mal ins Hostel, um sich auszuruhen, allerdings nicht allzu oft. Samstags wurde auch gearbeitet und
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manchmal etwas früher (vielleicht sieben Uhr abends) Schluss gemacht. Nicht selten mussten
Experimente auch nachts stattfinden, da es entweder von den Reaktionszeiten so sein musste
oder Instrumente nur nachts frei waren. Ab und zu wurden Experimente auch auf Sonntage gelegt
und zweimal während ich da war, fand das "Lab meeting" sonntags statt, weil es dem Professor
gerade besser passte.
Ich habe keinen festen Arbeitszeiten gehabt, es wurde mir aber gesagt, dass wäre meine
Entscheidung, wie viel ich arbeiten möchte. Vielleicht hätte ich mir auch feste Arbeitszeiten und
freie Samstage erstreiten können, aber das hätte mich andererseits vom Leben der anderen
Doktoranden isoliert. So wurde zum Beispiel manchmal spontan entschieden, abends noch in die
Mall zu fahren oder man macht nach dem Abendessen einen Spaziergang auf dem Campus (wobei
die anderen dann nach dem Spaziergang wieder ins Labor gegangen sind, ich in mein Zimmer).
Man muss aber auch dazusagen, dass der Professor in meinem Labor bekannt war, ehrgeizig zu
sein und seine Studenten stark zum Arbeiten zu bringen. In anderen Laboren ist es möglicherweise
etwas anders.
2.4 Leute und Sprache
Ich wurde von allen Menschen, die ich getroffen habe, immer sehr zuvorkommend und
gastfreundlich behandelt. Sie schlagen oft vor, etwas zusammen zu unternehmen (obwohl das
nicht unbedingt heißen muss, dass daraus auch etwas wird) und laden einen zu fast allem ein –
Essen und Taxifahrten. Man muss sich schon anstrengen, wenn man auch mal bezahlen will.
Sowieso bezahlt einer aus der Runde das Essen und es zahlt nie jeder seinen Anteil an der
Bestellung. Da aber sowieso meistens die bestellten Gerichte geteilt werden, wäre das aber auch
gar nicht so einfach möglich. Zum Beispiel war ich öfter mit Leuten in einem Café, wo dann zwei
Kaffee und ein Stück Brownie bestellt wurde, der Kaffee wird von der Bedienung auf Wunsch
halbiert in zwei Tassen serviert und das Stück Kuchen teilen alle, jeder bekommt eine Gabel.
Auf meinem Campus war ich die absolut einzige nicht indische Studentin. In größeren Städten
hingegen sollen die Campusse aber internationaler sein. Trotzdem hielt sich die Aufregung meist in
Grenzen und ich wurde auch selten einfach so von Indern angesprochen, die mich nicht über
irgendwen kannten.
Außerhalb des Campus hingegen haben sich sehr viele Leute nach mir umgeschaut. Da fällt man
schon ziemlich auf, zumindest in einer Stadt wie Chandigarh, bzw. Mohali (Vorort), wo es wirklich
eigentlich keine nicht indischen Personen zu sehen gab. In Amritsar haben mich auch zahlreiche
Leute angesprochen, ob sie oder ihre Kinder nicht ein Foto mit mir machen können. Zuerst habe
ich das gerne mitgemacht, aber irgendwann beginnt es zu nerven und einen aufzuhalten.
Nachdem ich einmal meinen indischen Mitreisenden mitgeteilt hatte, dass es mich etwas nervte,
wurde ich ab dem Moment hartnäckig auf Hindi verteidigt, so dass ich mich dann schon etwas
geschämt habe.
Die Alltagssprache ist im Allgemeinen Hindi. Allerdings gibt es in Indien viele verschiedene
Regionalsprachen, die sich mehr oder weniger ähneln. Tatsächlich hat jede dieser Sprachen eigene
Schriftzeichen. Viele Leute sprechen mehrere Sprachen, da sie zum Beispiel aus Kolkata kommen
(dort wird Bengali gesprochen) oder aus der Region rund um meine Universität (dort wird Punjabi
gesprochen) oder aus dem Süden, wo es noch viele weitere Sprachen gibt. Auch in den nördlichen
Regionen, wie z.B. Jammu und Kashmir, gibt es andere Sprachen. Hindi sprechen die meisten Inder
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wie eine Muttersprache, selbst wenn sie aus einer anderen Region stammen. Englisch hingegen ist
auch für sie eine Fremdsprache. Zwar übt es an der Uni natürlich sehr stark, dass die gesamte
Wissenschaft und Lehre auf Englisch stattfindet, aber man findet doch zwischen verschiedenen
Leuten starke Unterschiede in der Qualität des Englisch. Insgesamt ist mir aufgefallen, dass die
Verständigung um einiges schwerer fällt, als wenn man mit Muttersprachlern Englisch spricht. Das
liegt daran, dass oft auch das eigene Gesagte nicht ankommt und dass das Englisch des
Gegenübers auch nicht perfekt ist.
Englisch kann bei weitem nicht jeder in Indien. Es ist keineswegs so, dass jeder das irgendwie ein
wenig in der Schule gelernt hat, zumindest heutzutage noch nicht, vielleicht ja, wenn die nächste
Generation vorherrscht. Auf der Straße kann es deswegen manchmal ein Problem darstellen, kein
Hindi zu können. Ich bin zwar selten alleine unterwegs gewesen, aber oft stehen Sachen nur auf
Hindi dran oder man muss irgendetwas nachfragen. Überhaupt wird in Läden viel mehr
nachgefragt, was auch daran liegt, dass es viel mehr Personal gibt. Man muss sich erstmal daran
gewöhnen, dass an jeder Ecke ein Security-Mensch herumsteht und dass garantiert sofort ein
Verkäufer bei einem ist, wenn man in einem Laden etwas anschaut. Die Frage, wie viel etwas
kostet verstehen eigentlich alle Menschen, die in Läden arbeiten. Und mit etwas Geduld wird bei
Verständigungsproblemen von irgendwoher immer jemand geholt, der etwas Englisch spricht.
2.5 Geld
Zu meiner Zeit in Indien war der Kurs Rupie - Euro etwa so, dass ich standardmäßig mit 70 Rupien
= 1 Euro, bzw. 700 Rupien = 10 Euro umgerechnet habe. In Indien ist eigentlich alles billiger als bei
uns. Meine Unterkuft im Hostel kostete nur 1000 Rupien für einen Monat (ohne Verpflegung). Ein
Mittag- oder Abendessen kostete mich in der Mess 40 Rupien, also etwas mehr als 50 Cent
umgerechnet, insgesamt zahlte ich 105 Rupien jeden Tag für die drei Mahlzeiten in der Mess.
Außerhalb ist Essen natürlich ein bisschen teurer, jedenfalls in Restaurants, obwohl man hier
immer noch mit 300 Rupien eine gute Mahlzeit und ein Getränk bekommen kann, also etwas unter
5 Euro. Straßenstände können noch viel günstiger sein und schmecken oft sehr gut.
In richtigen Läden, die dann oft auch Ketten sind, wie sie zum Beispiel in der Mall zu finden waren,
kann man mit Karte zahlen. Andere Läden akzeptieren nur Bargeld und natürlich kann man Essen
nur in bar zahlen. Man sollte also immer mit ausreichend Bargeld rumlaufen.
Insgesamt kam ich sowohl für den Flug als auch für die laufenden Kosten gut mit dem DAADStipendium aus.
2.6 Campus und Wetter
Meine Zeit im IISER Mohali waren sieben Wochen von Anfang August bis Mitte September. Dies
trifft in Nordindien nicht die heißeste Zeit, welche im Juni und Juli liegt, sondern die
darauffolgende Regenzeit. Trotz des Namens hat es kaum jemals geregnet als ich dort war.
Meistens schien die Sonne oder es war dunstig-bewölkt und feucht, aber ohne Regen. Gegen Ende
meiner Zeit wurde der Sonnenschein häufiger und die Feuchtigkeit ging zurück. Die Temperaturen
schienen hingegen immer gleich zu bleiben, um die 30 Grad maximal. Am frühen Morgen und
abends war es angenehmer, so dass man gerne draußen rumläuft.
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Mehrere Leute erzählten mir, dass es früher, bis vor sieben, acht Jahren in der Regenzeit hier viel
geregnet hätte und dass man es vielleicht dem Klimawandelt zuschreiben könnte.
Der Campus von IISER Mohali ist sehr neu, da die Institution erst 2007 gegründet wurde. Deshalb
sind auch noch bei weitem nicht alle Gebäude gebaut, die geplant sind. Das führt zu großen freien
Flächen auf dem Campus, welcher sehr weitläufig und grün erscheint. Insgesamt ist IISER Mohali
nicht so ein aufregender Ort. Abgesehen von den akademischen Gebäuden und den
Wohnsiedlungen für Professoren, bzw. Hostels für Studenten gab es nur noch die Shopping Area
und das Guesthouse, welches sich etwa 15-20 Minuten Fußweg vom Academic Block entfernt
befindet. Die Hostel dagegen sind nur 5 Minuten davon entfernt, was ein Grund für meinen
Umzug war. Auf dem Weg dorthin befindet sich die "Shopping Area", was aber ein, wie ich finde,
etwas übertriebener Name für zwei kleine Läden und eine Milkshake-Bar ist. Zusätzlich ist dort
eine kleine Bankfiliale von der staatlichen Kanara-Bank. Obwohl die Läden klein sind, gibt es dort
erstaunlich viel zu kaufen auf engstem Raum. Lebensmittel aller Arten, Gebrauchsgüter,
Süßigkeiten und auf Wunsch kann man sich auch etwas besorgen lassen, um es dann ein paar Tage
später zu kaufen. Handtuch, Kissen und Laken konnte ich auch dort kaufen.
Was einem ein bisschen merkwürdig vorkommen kann, ist die Tatsache, dass der Campus
komplett abgeschlossen ist und somit sehr, sehr abgeschottet vom Rest der Welt ist. Dafür ist es
aber auch komplett sicher auf dem Campus rumzulaufen. Um den Campus verläuft ein Zaun und
am einzigen Eingang gibt es einen Securityposten, wo man erklären muss, warum man mit dem
Auto hereinfahren möchte.
Es gibt einen Bus, der stündlich zwischen Campus und dem Zentrum von Mohali verkehrt, dieser
gehört zum Institut und ist kostenlos. Im Zentrum von Mohali gibt es einige Läden und man
bekommt dort vieles.
2.7 Reisen und Ausflüge
Ich war mit der Hoffnung nach Indien gefahren, dass ich fast jedes Wochenende irgendwo in der
Umgebung rumreisen könnte. Das ließ sich dann aber doch nicht so einfach realisieren. Ich wollte
nämlich nicht alleine reisen und am IISER Mohali gab es keine anderen Praktikanten, weder von
RISE weltweit noch irgendwelche anderen internationalen Studenten. Deshalb habe ich an den
Wochenenden hauptsächlich mit den Studenten aus dem Labor etwas unternommen. Diese
arbeiteten auch samstags, was dann auch für mich der Grund war, sich keine freien Samstage zu
erstreiten, ich hätte sowieso niemanden gehabt, mit dem ich sie verbringen könnte. Sonntags war
regulär frei, das wurde aber auch nicht immer eingehalten und so war sogar das "Lab meeting"
manchmal sonntags.
Natürlich war es gut, dass ich niemand anderes zum Reisen am Wochenende hatte, denn nur so
habe ich dann auch mal privat Sachen mit den indischen Studenten gemacht und sie haben mich
zu ihren Wochenendaktivitäten mitgenommen, wobei es sich meist um Einkaufen oder Essen
handelte.
An zwei Wochenenden habe ich mir auch etwas länger freigenommen, um dann doch noch zu
reisen, und zwar mit anderen Deutschen von RISE weltweit in Indien, welche in anderen Städten
untergekommen waren. Wir haben uns vorher über Facebook verabredet und so bin ich dann ein
Wochenende in Goa gewesen und eins in Dharamshala.
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Schon als ich meinen Flug gebucht habe, lange vor dem Praktikum, habe ich mir vorgenommen im
Anschluss noch eine Woche zu reisen. Deshalb habe ich meinen Rückflug erst eine Woche nach
Ende meines Praktikums gebucht. Es stellte sich heraus, dass das genau richtig war und ich war
sehr froh, am Ende noch diese Woche zum Reisen zu haben. Die Planung für die Reise war sehr
spontan, aber letztendlich waren wir dann vier Deutsche von RISE weltweit, die gemeinsam in den
Bergen im Norden von Indien gereist sind. Es war eine tolle Woche, auch wenn ich schon früher
wieder nach Delhi musste, um wenigstens noch einen Tag dort zu haben vor meinem Rückflug.
Ich würde also auf jeden Fall empfehlen, zusätzliche Reisezeit einzuplanen!
2.8 Sicherheit
Man hört es von eigentlich jedem, dem man sein Vorhaben erzählt: Bist du dir sicher? Allein als
Frau nach Indien? Ja, ist das denn nicht gefährlich? Und so weiter. Ich würde empfehlen: Einfach
trotzdem machen.
Mir ist in meiner gesamten Zeit nicht ansatzweise irgendetwas passiert und ich habe mich immer
sicher gefühlt, oft sogar sicherer als in Deutschland. Die gefühlte Sicherheit (und ich schätze, auch
die tatsächliche) ist deshalb so hoch, weil in Indien einfach überall so viele Leute sind. Selbst wenn
einer jetzt auf mich losgehen sollte – da wären noch so viele andere, die mir bestimmt helfen
würden! Oder eher: Es würde sich sowieso niemand trauen, bei so viel Publikum etwas Böses zu
tun. Das waren jedenfalls immer meine Gedanken und es ist ja auch nie etwas passiert.
Dass man nicht leichtsinnig sein sollte und sich an die üblichen Tipps hält, wie nicht nachts allein in
dunklen Gassen herumlaufen, versteht sich von selbst und genau das gleiche Verhalten ist in
Deutschland schließlich auch angeraten.
Worauf man auch gefasst sein sollte, ist dass es mit den gut gemeinten Ratschlägen bezüglich der
Sicherheit in Indien selbst nicht besser, sondern schlimmer wird. Alle – vom Professor über die
Studenten bis hin zum Taxifahrer raten einem: Lauf bloß nirgends alleine herum! Das ist total
gefährlich! – Bloß nicht einschüchtern lassen und sich damit die Freiheit rauben lassen, das habe
ich am Anfang getan und habe nie alleine den Campus verlassen. Gegen Ende bin ich dann ja auch
öfter rumgereist und habe mehr und mehr festgestellt, dass die Warnungen übertrieben waren.
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Report on my DAAD Rise worldwide Internship in Dr. Samrat
Mukhopadhyays Laboratory at IISER Mohali, India
Advisor: Dr. Samrat Mukhopadhyay
Time of internship: 03.08.2015 – 18.09.2015
Intern: Linnea Jakob
Place: IISER Mohali, India
Content
1. My project
2. Introduction
◦ Aggregates, amyloids and fibrils
◦ Prion proteins
◦ Sup35
◦ Yeast and the Ade1 marker
◦ Yeast transformation
 3. Methods used
◦ Sup 35 mutants
◦ Expression of Sup35 NM
◦ Purification
◦ Fluorescence spectroscopy
◦ AFM
 4. Conclusion
 5. References
1. My project
I have spent nearly two months at IISER Mohali (Indian Institute for Science Education and
Research), which is a university-like public institution in India with a strong focus on research.
There I was working in the "Amyloid biology laboratory" of Dr. Samrat Mukhopadhyay, which
was part of biological as well as chemical sciences departments. The research mainly focuses on
looking at protein aggregation using an array of biophysical tools like fluorescence spectroscopy,
AFM (Atomic Force Microscopy), CD (Circular dichroism), Raman spectroscopy.
During my tenure I was working on Sup35 protein which is a translation termination factor in yeast
which is also known as yeast prion protein. My work mainly aimed at purification and investigation
of the aggregation kinetics of Sup35 and to understand the molecular basis of amyloid fibrils of
Sup35. This report will be about the backgrounds of this research and also about the work that I
have carried out at IISER Mohali.
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2. Introduction
Aggregates, amyloids and fibrils
Amyloids are protein aggregates with characteristic cross-beta structure [1]. The formation of
amyloids is not restricted to a specific group of proteins, but seems to be a general property of
proteins under certain conditions [2]. Amyloid deposits in the body can cause several diseases,
examples for disease-causing proteins that form amyloids are beta-amyloid and tau in Alzheimer's
disease, alpha-synuclein in Parkinson's disease or prion protein in Creutzfeldt-Jakob disease [3].
But there is another class of amyloids, where the amyloid structure is used by an organism to
maintain important functions in cells which are known as functional amyloids.
Prion proteins
Prion proteins (PrP) are a group of proteins that can switch between two conformations, the cellular
(PrPC) and the scrapie form (PrPSC) [4]. The conformational transition of α-helical to β-sheet rich
prion is known to be associated with several neurodegenerative diseases which are collectively
known as spongiform encephalopathies. PrPSC can self-template by promoting the conversion of
PrPC into more and more scrapie form. Another property exhibited by prion is polymorphism/strain
phenomenon that is the same polypeptide giving rise to structurally and morphologically distinct
species.
The "yeast prion protein" Sup35 is not related to the mammalian prion protein; the reason why it is
then called yeast prion protein is that it shares most of the features of mammalian prion protein such
as self-propagation, strain phenomenon, and species barrier [5]. Due to ease of genetic manipulation
yeast is widely used as a model to prion propagation and strains.
Sup35 – a yeast prion-like protein
Sup35 is a protein in yeast involved in translation termination, by recognizing stop codons [6].
Sup35 contains three domains, the N-, M-, and C domain.
The N domain is essential for
aggregation, while the M domain maintains the solubility of non-prion form and the C domain is
involved in the translation termination function of Sup35 [8]. NM region is an IDP (Intrinsically
disordered protein), that means in its native structure it does not contain any secondary structural
elements, so there is no defined structure [7].
The yeast colonies formed out of cells containing normal, soluble Sup35 are called [psi-], while
yeast containing the other, aggregated Sup35, is called [PSI+] [1]. In [PSI+] cells the concentration
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of soluble Sup35 is very low, and aggregated form of Sup35 will not be able to recognize stop
codons, so that there will be a read-through giving rise to new phenotypes [6]. Ade1 marker is used
to visualize these strains.
Fibrils formed at 4°C and at 37°C were for example found to have slightly different effects on the
cells after transformation [9]. 4°C fibrils leads to aggregation of nearly all of the soluble Sup35,
leading to white colonies. Fibrils formed at 37°C lead to formation of pink colonies, because this
fibril type leaves more soluble Sup35 in the cell. The structural difference between the fibrils
formed at 4°C and at 37°C leads to these phenotypic character.
[PSI+] and [psi-] yeast colonies and the Ade1 marker
In order to distinguish the yeast [PSI+] and [psi-] strains, a marker was used, which leads to
colouring of the yeast cells in white ([PSI+]) or red ([psi-]) [10]. This marker is based on the
adenine synthetic pathway. For synthesis of adenine different enzymatic steps are neccessary, and in
Ade1 mutation one of these enzymes is not functional [10]. The mutation is incorporating a new
stop codon within the gene that encodes the enzyme, so that this translation is stopped too early. As
this enzyme is now not functional any more, it leads to yeast cells not being able to synthesize their
own adenine properly. Instead, an intermediate metabolic product (phosphoribosylaminoimidazole,
AIR) is accumulating. This intermediate polymerizes in higher concentrations. These polymers have
a red colour, so they lead to visibly red coloured yeast colonies [10].
Now why is this a marker for identifying the conformation of Sup35? Because Sup35 is a
translation termination factor. And when most of Sup35 is forming aggregates, there is only very
few functional Sup35 left in the soluble form. The lack of enough Sup35 leads to some stop codons
being not recognized, leads to read-through. In the case of the mutated Ade1 there will be a readthrough leading to the synthesis of
Ade1 enzyme [10]. Therefore there will not be any
accumulation of red pigment and the colonies appear white.
Depending on the fibril strength and availability of soluble Sup35 there is also an intermediate
possibility, which leads to formation of varying colors ranging from white to red [9]. This happens
because of different variants of fibrils formed by prion Sup35. For instance, when fibrils at 37°C are
transformed into yeast it gives pink colonies because this fibrils are not so strong thus less
propagation leaving some soluble molecules of Sup35.
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Yeast transformation
In order to show that the Sup35 prion protein can infect [psi-] transformation experiment was done.
Transformation in this case means to make a [PSI+] strain out of a [psi-] strain by inserting Sup35 in
prion conformation into the [psi-] strain [11]. The prion Sup35 was added in form of aggregates,
which were convertet into smaller parts before. To make the cells competent for taking up these
large particles, the cell wall was removed by an enzyme, Lyticase. This results in the formation of
spheroplasts, which have nearly no cell wall left [11]. These are treated with different buffer
ingredients, like PEG and DTT, which both enhance the efficiency of transformation.
Expression of Sup35 NM
To produce large amounts of the Sup35 protein, it was expressed in E.coli cell culture. The E.coli
strain used for the work was BL21(DE3)pLysS. BL21(DE3) is the strain name, and pLysS is a
plasmide [12]. The T7 promoter, which is placed in front of the Sup 35 gene on the transformation
vector, is used as a switch for the expression. In its chromosomal DNA the strain contains the gene
for the T7 RNA polymerase, which is under control of a lac promoter [12]. Now this lac promoter
can be switched on by addition of isopropyl-1-thio-β-D-galactopyranoside (IPTG), which is a
strong inductor.
The pLysS plasmide contains a resistance gene against the antibiotic chloramphenicol, so that
chloramphenicol can be added to the culture to prevent any other bacterial growth [12]. Ampicillin
is also added to prevent the growth of E. coli cells which are not containing the expression vector,
because the resistance gene for ampicillin is encoded on the vector carrying the Sup35 gene.
Another way to prevent contamination with other bacteria or any other components was setting up a
primary and a secondary culture.
The E.coli cultures were grown on Luria broth (LB) medium. For preparation of 100 mL LB
medium 2.5 g dry LB mixture was dissolved in water in a flask, closed by a cotton plug. Before use
the LB medium was sterilised by autoclaving and the cell culture work was done under sterile
conditions.
The concentration of ampicillin in the primary and secondary culture was 100 µg/mL, the
concentration of chloramphenicol was 35 µg/mL in the primary culture, in the secondary culture
17.5 µg/mL.
The recombinant E.coli strain with the vector containing Sup35 – wildtype or tryptophane mutants
– were prepared some time ago and were stored in a glycerol stock at -80°C. To start a culture, a
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small amoung of this glycerol stock was used to inoculate the primary culture. The primary culture
was grown over night at 37 °C and 200 rpm. For the primary culture, 10 mL LB medium were used,
for the secondary culture 1 L. The growth of the secondary culture was started by adding a 10 mL
aliquot of primary culture to the 1 L (1%). Beginning from three hours after start of the secondary
culture, the OD was checked in the biophotometer. If the OD was in between 0.4-0.5, the culture
was induced by addition of 400 µL 1 M IPTG to the 1 L secondary culture, which gave a final
concentration of 400 µM in the culture.
Now the culture was left for incubation for one hour and then it was centrifuged for 30 min at 4 °C
and 4000 rpm. The centrifugation leads to formation of a cell pellet and a supernatant without cells.
The cell pellets were resolved in lysis buffer (containing 10 mM Tris and 1 mM EDTA) and stored
at -80°C.
Purification
Tryptophane mutants
Naturally Sup35 does not contain any tryptophane. Several mutants have been made by
incorporating single tryptophanes in different amino acid positions throughout the protein and it
was shown that these mutants do not have any effect on the structural properties of Sup35. As
tryptophane is an intrinsic fluorophore it can be used for fluorescence spectroscopy experiments and
this gives detailled information about the exposure to water of residues in certain positions while
aggregation. These mutants as well as wild type Sup35 had to be purified first.
Ni-NTA column
The solid phase in this adsorption chromatographic method is made out of agarose beads with
bound nitrilotriacetic acid (NTA), which is a negatively charged moiety and which immobilizes the
positively charged Ni2+ ions [13]. The affinity of His-tagged proteins to Ni2+ ions is very high and
so Sup35, which was expressed with an incorporated His-tag out of six histidines, binds to the resin.
Through different washes the other proteins and macromolecules can be removed, after that an
elution is done to seperate the Sup35 from the Ni2+. Elution has to be done by a molecule which
binds to Ni2+ with an even stronger affinity and is present in large amounts, we used 250 mM
imidazole for this purpose.
Cell pellet stored at -80°C was put into boiling water for 20 minutes. Then this was centrifuged for
30 min at 4 °C, 11800 rpm. The Sup35 protein was now in the supernatant, which was transferred to
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a new centrifugation tube. Then a 100% saturated ammonium sulfate solution was added and the
protein was precipitated in 50% ammonium sulfate. The solution was stored at 4 °C for two hours
for precipitation. Then it was centrifuged again for 20 min at 4 °C, 11800 rpm. This time the Sup35
protein was in the pellet and the supernatant was discarded. The pellet was then dissoved in 8 M
guanidinium chloride (GdnCl) buffer (8 M guanidinium chloride, 20 mM phosphate buffer, pH 8)
and this was left to incubate at room temperature over night.
Then the protein solution was centrifuged for 30 min at 11800 rpm, 4 °C. The protein in the
supernatant was then purified by Ni-NTA column. After washing the column with water Ni-NTA
was equilibrated with 20 mL 8 M GdnCl. Then the protein solution and resin were incubated under
rotation for one hour to make the His-tagged protein bind to the Ni2+ ions. After filling the resin in a
column and collecting the flowthrough, different washs followed. First 10 mL 8 M GdnCl buffer,
then 10 mL 10 mM imidazole buffer (8 M Urea, 20 mM phosphate buffer, pH 8), then 20 mL 1 M
NaCl buffer (8 M Urea, 20 mM phsophate buffer, pH 8), then 10 mL 10 mM imidazole. Elution was
done with 20 mL of 250 mM Imidazole (8 M Urea, 20 mM phsophate buffer, pH 8).
To check how much protein and how much contamination with nucleic acids is there, absorbance at
260 nm and 280 nm was measured using biophotometer.
Q Sepharose
A Q sepharose column works through anion exchange chromatography. There are anion exchangers
as well as cation exchangers. An anion exchanger is positively charged, so that anions can bind,
according to the strength of the ionic bond. Q sepharose resin is made out of agarose beads with
bound quarternary ammonium [14]. This quarternary ammonium is positively charged and therefore
an anion exchanger. Proteins, which are negatively charged, bind to Q sepharose. Nucleic acid is
even more negatively charged and binds the Q sepharose even stronger. This causes different
velocities in passing through the column and that leads to the separation of protein and nucleic acid.
To help the molecules to elute after binding the quarternary ammonium groups, an increasing
gradient of NaCl was used. As the concentration of NaCl increases, Cl - ions bind to quarternary
ammonium with very high affinity making the protein to elute.
Q sepharose column was done to further purify the protein from DNA contamination. The Q
sepharose column was equilibrated with 1 M NaCl buffer (8 M Urea, 20 mM phsophate buffer, pH
8). After adding the protein solution to the Q sepharose resin and collecting the flowthrough, an
adaptor for the FPLC was attached. The FPLC system was used to provide a steadily increasing
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NaCl gradient. As Buffer A 8 M Urea (8 M Urea, 20 mM phsophate buffer, pH 8) was used, as
Buffer B 8 M Urea with 1 M NaCl (8 M Urea, 1 M NaCl, 20 mM phsophate buffer, pH 8). The
gradient was set with a target of 50 % after 60 mL, the pressure maximum was set as 0.1 MPa and
the flow rate was set as 1.5 mL/min. When the UV absorption started to rise, fractions of 2 mL were
collected. Normally the protein would start eluting at around 100 mM of NaCl. Q sepharose column
chromatography monitored by FPLC is shown in figure 1.
Fig.1: Q sepharose purification run with FPLC sysytem. On the x-axis, purification progress is shown as volume (mL).
Blue: UV absorption (280 nm), red: conductance. First peak at A280 is the unbound protein, second one is the protein of
interest and the third peak corresponds to nucleic acid. Later the gradient was stopped and the concentration of buffer B
(including NaCl) was set to 100%, which leads to the strong rise of conductance. Purity was checked by running the
fractions on SDS-PAGE, see figure 2.
Fig.2: 12 % SDS-PAGE fractions of Q sepharose purified Sup35.
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Fluorescence spectroscopy
Fluroescence spectroscopy was used for measuring the kinetics of the fibril formation. To detect
amyloids, amyloid markers thioflavin T (ThT) was used. After binding to amyloids fluorescence
quantum yield of this fluorophore increases [15]. Thus amyloid fibril formation is monitored by
fluorescence emission intensity of ThT.
Figure 3 shows an example of an amyloid formation kinetics of a mutant of Sup35, monitored with
ThT fluorescence. The aggregation of Sup35 had lag-time followed by exponential phase and then a
saturation phase. The lag-time was around 20 minutes. The sigmoidal growth equation was used to
fit the kinectics, see Figure 3. Looking at the lag time is an important part of the kinetics of
amyloid formation. The lag time can give information about the nucleation process occouring in the
beginning of the fibril growth. Together with other data it is useful for studying the process of
amyloid formation, which is the aim of the research in this lab.
Fig.3: ThT fluorescence monitored Sup35 mutant (triplicate)
Atomic Force Microscopy (AFM)
To gather information about the fibril morphology AFM was used. AFM of Sup35 fibrils were
imaged in tapping mode. The AFM images revealed that the height of the fibrils is 4-5 nm.
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4. Conclusion
During my tenure I could learn protein expression and purification using Ni-NTA and Q-sepharose
column chromatography. Also I got to know about techniques like fluorescence spectroscopy and
AFM. Using fluorescence spectroscopy aggregation kinectics Sup35 was monitored. Morphology
of the fibrils were discerned by utilizing AFM.
5. References
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