CLC Genomics Workbench Release Note Version 4.7 この Release Note は CLC Genomics Workbench version 4.7 により新たに搭載された機能、並びに不具合の修正についてお知らせするものです。Genomics Workbench の使用方法や各機能の詳細についてはマニュアルをご参照ください。機能面での改良,拡張：  マッピング o パックビュー: リファレンスへマップされた NGS リードの表示（デフォルト）をよりコンパクトにした大幅な改善 o 新しいマッピングデータフォーマットではマルチプルアラインメントのサポート、さらに SAM フォーマットの Complete Genomics evidence ファイルのインポートが可能 o ギャップ付きのリードマッピング（例: cDNA をゲノムへマッピングなど）のための新しいプラグイン   Structural variation （構造変化）検出のための新しいプラグイン（ベータ） o ペアリードの情報からゲノム構造変化の検出 o カバレッジの情報からコピー数多型（CNV）の検出 SNP や DIP におけるアミノ酸置換のレポート方法が、推奨される方法（http://www.hgvs.org/）へより近いものになりました。これはアミノ酸置換のスタートコドンとアミノ酸に変化を及ぼす Indel について影響します。  Excel 2010 のエクスポータのスピードと必要メモリにおけるパフォーマンスの改善  ライセンスサーバーの利用時、Workbench のユーザーは、ライセンスサーバー設定で登録したカスタムユーザー名を利用することができます、このことにより、ライセンスサーバーにおけるより細かなユーザー管理を行うことが可能になりました  Trace データのscfフォーマットでのExport 1  BLAST o スレッド数 1 を初期値とするために BLAST のパラメータを変更しました（NCBI から提供されている BLAST コードにはバグがあり、複数のスレッドを使用する際に、特定のデータセットが機能しなくなることがあるためです） o Mask lower case のオプションはなくなりました o Workbench 内で NCBI から pre-formatted BLAST データベースをダウンロードするためのツール o BLAST Database Manager はデータベースがない場合にそれを表示するように改良不具合の修正：  エクスポートデータを再度インポートした場合における、SNP テーブルとマッピング結果のリファレンス間の不具合の修正  バッチモードで実行した際、カスタマイズされたマッピングパラメータが記録されなかった不具合  SAM / BAM インポート・エクスポートにおける様々なエラーの修正  アダプタートリミングにおいて、両方のシーケンスにおいて結果が”リバース”とマークされていた問題の解消  ペアデータを用いた際に、Mapping report において個々のリードの長さを計算していなかった問題の解消  ギャップが多くある場合における Alignment-based primer design がうまく実行されない不具合の修正  プライマーの 5’側のテンプレート配列が延長された際、"Find Binding Sites and Create Fragments"の機能が正しく機能しなかった不具合の修正  規模の大きなデータにおいて DIP detection が正常に動かない問題の解消  Genbank のあるファイルをインポートする際に見られる不具合の解消  RNA-seq レポートにおいて個々のリードとカウントされるべきものが、ペアとしてカウントされていた不具合の解消  RNA-seq のトランスクリプトの名前のバリアントについて、アンダースコア”_”ではなく、ピリオド”.” を使って表示されるように変更。トランスクリプトレベルの Experiment は従来のデータでも現在のデータでも、まだ作成することはできない点は変わっていません。  Illumina の Quality Score のセレクターが 1.8 への Update を反映するために変更されるのをうけ、変更。現在は Phred Scale に沿った Phred Score となっている  その他、細かのバグの修正 2 各バージョンごとの機能拡張、不具合の修正については以下のウェブサイトにてご確認いただけます。 http://www.clcbio.com/index.php?id=1297 （英語）本件に関するお問い合わせはご購入の販売店様までお問い合わせください。以上株式会社 CLC バイオジャパン〒651-0088 神戸市中央区小野柄通 4-1-22 アーバンエース三宮ビル 10F Tel:078-221-6501 Fax:078-271-8531 www.clcbio.co.jp GWBRN20110622001 3