ドイガクッイク CLC Drug Discovery Workbench EXPLORING PROTEIN-LIGAND BINDING クイックドッキングガイドタンパク質構造のインポート MOL EC UL E P ROJEC T リガンドをターゲットタンパク質の結合ポケットにフィッドッキングターゲットの設定トさせるため、タンパク質-リガンド結合を分子ドッキングを使って行います。リガンドは、Molecular Project へ構造とともに保存し、3Dビューで行うクイックドッキングに 2D Sketcherからコピペで分子インポート使用します。ワンクリックドッキングタンパク質との関係をチェック A Company タンパク質の構造インポートタンパク質の構造は、PDB から直接ダウンロード、 1 または搭載されている Search for PDB Structures at NCBI ツールから検索インポート可能です。 3 キーワード、または PDB ID を検索フィールドへ入れ、検索されたものから対象のタンパク質を選び、ダブルクリックす 2 Molecule Project はPDBファイルに含まれる情報から作成されます。分子はるとタンパク質の3D 自動的にカテゴリーごとに分類されProject Treeとして表示されます。 Pro- ビューが起動します。 ject Treeからは、分子の表示・非表示、またクイックスタイルボタンにより、好みの表示方法でビューアに表示可能です。ドッキングターゲットセットアップ 1 インポートされたタンパク質構造は2回のクリックでドッキングターゲットとすることが可能 3 2 ターゲット設定後はMolecule Project の一つの設定として保存されます。です。 2a 2b ドッキングターゲットセットアップはインタラクティブなダイアログボックスとなっており、関連する分子、残基、そしてそれらの関係を自動で表示し、簡単に確認、修正することが可能です。修正は自動で3Dビューにも反映され確認できるようになっています。 2 / 4 CLC Drug Discovery Workbench 化学式描画ソフトからコピーペーストによる分子のインポー 1 普段使われている化学式描画ソフトでターゲットタンパク質に結合させたい分子を描画します。作成した分子を S M I L E Sス 2 分子はプロジェクトの中のリガンドに分類されて表示されます。トリングでコピーします（ChemDrawでは 3 インポートした分子をダブルクリックすると、3Dビューで自動的にズームされ、表示されます。 Alt+Ctrl+C,MarvinSketch:ではCtrl+L）。 Ctrl+Vを使ってDrug Discovery Workbench へインポートします。ワンクリックドッキング 2 1 プロジェクトツリーの中にDocking results という新しいカテゴリーが追加され結果が保存されています。コピーペーストでインポートした分子を選択し、Dock Ligandボタンをクリック。 Docking results をダブルクリックすると、結果がビューの中心になります。 CLC Drug Discovery Workbench 3 / 4 25.02.2014 CLC bio タンパク質との関係をチェック 1 2 分子サーフェスを表示させ、分子がポケットにうまくフィットしているかを確認します。または結合ポケットを埋めるような残基を表示させる。選択した分子の色は、クイックスタイルボタンで変更可能です。 3 4 プロジェクトツリーからドッキング結果を選択。分子グループを作り、リガンド近くの水素結合やリガンド近くの残基を表示。 CLC bio · EMEA Silkeborgvej 2 · Prismet 8000 Aarhus C Denmark Phone: +45 7022 5509 作成された分子部ループの表示方法は、クイックスタイルボタンで簡単に変更可能です。 CLC bio · Americas 10 Rogers St # 101 Cambridge · MA 02142 USA Phone: +1 (617) 945 0178 CLC bio · AsiaPac 69 · Lane 77 · Xin Ai Road · 7th fl. Neihu District · Taipei · Taiwan 114 Taiwan Phone: +886 2 2790 0799 詳細はホームページ www.clcbio.co.jp またはメール（ [email protected] ）にてお問い合わせください。 4 / 4 CLC Drug Discovery Workbench A Company