表面切り出し - Winmostar

Winmostar - LAMMPS
Tutorial 6
Fe <1 1 0>面切り出し
V6.005
株式会社クロスアビリティ
[email protected]
2016/01/12
修正履歴
2015/12/14版
•
初版
2016/01/12版
•
V6.005対応
•
Cleave Planeの指定方式変更に伴う画面差し換え
•
スペルミス修正
2016/01/12
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Contents
0
I.
II.
III.
IV.
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環境設定
結晶構造の入手について
結晶ビルダを用いたFe単位格子の作成
Fe <1 1 0>面の指定
tetragonal単位格子への変換
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0 環境設定
① LAMMPS及びcygwinの入手とセットアップ
LAMMPSのサイトからLAMMPSを入手する。さらにX-abilityのサイトからcygwin_wmを入手しセ
ットアップを実施する。詳細は以下のリンク先を参照のこと。
http://winmostar.com/jp/LAMMPS_install_manual_jp_win.pdf
② パスの設定
Winmostarのメニュー [その他]→[パスの設定]→[LAMMPS]を選択し「LAMMPS Program Path」
画面（下図）にLAMMPSの実行ファイル（lmp_serial.exe）を登録し[OK]をクリックする。
※ デフォルトはC:¥Program Files¥LAMMPS 64-bit 20150708¥bin¥lmp_serial.exeと表示されるが32ビット版
を使用する場合はC:¥Program Files (x86)¥LAMMPS 32-bit 20150708¥bin¥lmp_serial.exeなどに変更する。
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I.
結晶構造の入手について
計算対象の元になる単位格子の結晶構造は以下のいずれかの方法で準備する
① インターネット上の各種サイトから .cif 形式のファイルをダウンロードして入手する。
情報量が豊富で信頼できるサイトとして物質・材料機構（NIMS）が公開している無機材料デ
ータベース (AtomWork)*がある。
AomWorks URL http://crystdb.nims.go.jp/
* 利用にはユーザ登録が必要（無料）
② 文献などから結晶構造に関する情報を入手し、Wimostarの「結晶ビルダ」を活用してユーザ
が作成する（次スライド以降で手順を示す）。
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II.
結晶ビルダを用いたFe単位格子の作成１
①
Fe結晶について
②
③
④
⑤
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結晶構造：立方晶、体心立方格子
空間群： I23 (197)
格子定数： 5.43 Å
原子座標： Fe (0.0 0.0 0.0)
①
②
③
④
[固体] ->[結晶ビルダ]を立ち上げる。
Crystal Systemで Cubicを選択する。
Space Group はI 2 3を選択する。
Lattice ConstantsのLength の aに5.43を入力しEnterを押す。
⑤ Nextをクリックする。
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II.
結晶ビルダを用いたFe単位格子の作成２
①
③
②
⑤
④
① Feと入力する。
② Nextをクリックする。
③ Nextをクリックする。
④ Save をクリックする。
⑤ ファイル名(Fe_1x1x1)を入力して[保存]をクリックする。
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III.
Fe<1 1 0>表面の指定
②
①
②
①
②
③
④
⑤
⑥
Winmostarで [固体]->[表面切り出し]を選択する。
[Open]をクリックする
結晶ビルダで作成したFe_1x1x1.cifを読み込む。
[Next]をクリックする
[c]をクリックしCleave Plane に1 1 0を設定する。
[Next]をクリックする
③
⑤
⑤
④
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⑥
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IV.
tetragonal単位格子への変換１
①
②
④
③
① この原子をクリックする。
② Lattice Vector A の[Set]をクリックする。
③ この原子をクリックする。
④ Lattice Vector Bの[Set]をクリックする。
⑦
⑥
⑤
⑧
⑤
⑥
この原子をクリックする。
Lattice Vector Cの[Set]をクリックする。
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⑦
[Execute]をクリックする。
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⑧
[Next]をクリックする。
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IV.
tetragonal単位格子への変換２
④
①
③
②
⑤
④
④
①
②
③
④
⑤
Repeatの a [+] を２回クリックする。同様にb [+] とc [+] を２回クリックする。
[Next]をクリックする。
[Save]をクリックする。
Fe_110_3x3x3.cifとして保存する。
Winmostarメイン画面に反映される。
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