水分子間および メタノール分子間の相互作用 法政大学 片岡洋右 この課題の目標 • • • • 水分子 ２，３，４分子系 メタノール分子 ２，３，４分子系 などでの水素結合型分子間相互作用を 比較する • これらの分子の扱い方を学ぶ • メタノールの計算に時間がかかると • 予想されるので、メタノール4分子から始める メタノール分子 CH3OH_PM5 4 CH3OH_PM5 密度の設定 気体の密度にする d = 0.001 ｇ/ｃｍ＾３ 原子分子一覧 プロパティ 座標を編集 0.5 or 0.4 ただし重ならないように ＮＴＶ 100,000 dt = 0.2 fs 1Ｋ メタノールは分子内自由度がある 分子内 設定 ここでは簡単のため剛体として扱う 分子間 共通ライブラリ Organic – Dreiding - Dreiding 4分子系の最終分子配置 4分子系のポテンシャル エネルギーのモニター図 メタノールクラスターの ポテンシャルエネルギーの比較 • 考察 Ｎ methanol=PE(N) PE(N)/PE(2) 2 3 4 水 • • • • • • 水が2個、3個、4個のクラスターのポテンシャ ルエネルギーを比較せよ。 ランダム 密度 d = 0.001g/cm^3 アンサンブル NTV ステップ数 100000 時間刻み 0.2ｆｓ 間隔 100 SPCE water 分子内は剛体 分子間は ＳＰＣＥ 4分子系の最終分子配置 4分子系のポテンシャル エネルギーのモニター図 水クラスターの ポテンシャルエネルギーの比較 考察 N PE(N) 2 3 4 PE(N)/PE(2)
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