UCSCゲノムブラウザでBEDファイルを開く方法

UCSCゲノムブラウザでBEDファイルを開く方法
SeqCap ターゲット領域やプローブ設計領域を視覚的に確認する方法
SeqCap 製品にはターゲット領域やプローブ設計領域の位置情報を保存した BED ファイルが提供されます。BED (.bed) フ
ァイルは、UCSC ゲノムブラウザや Broad Institute の IGV (Integrative Genomics Viewer) などの様々なゲノムブラウザや、
Roche NimbleGen の提供する SignalMap ソフトウェアで開くことができます。これらのソフトウェアで開くことで、ターゲット領
域やプローブ設計領域を視覚的に確認することができます。
このドキュメントではUCSC ゲノムブラウザでBEDファイルを開く方法について概説しています。
1.
BED ファイルについて
BED ファイルはタブ区切り形式のテキストファイルであり、位置情報を BED フォーマットで（ヘッダなしの 3 列または 4 列で）保
存しています。BED フォーマットについては http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1 をご参照ください。
カタログデザイン、カスタムデザイン、SeqCap 製品の種類などにより、Roche NimbleGen から提供されるファイルの種類や数、
およびファイル名は異なります。
■ capture_targets.bed:
プローブでカバーされる領域。Tiled Regions などのファイル名（トラック名）で提供される場合があります。
■ primary_targets.bed:
シークエンス目的領域。Target Regions などのファイル名（トラック名）で提供される場合があります。
1つのファイルに複数のトラック情報が保存されたファイルが提供される場合もあります。
シークエンスキャプチャーでは、プローブとハイブリダイゼーションするゲノム断片の位置関係により、プローブカバー
領域の外側もシークエンスされると予測されます。シークエンスされると予測される領域を確認するには、
capture_target領域の両端を100bpずつ延長（パディング）したファイルを作成してください。このパディング条件
（両端100bpずつ）は、典型的なライブラリ長（約200bp）をIllumina社のペアエンドシークエンシングをする際には
有効ですが、ライブラリ長が異なる場合やシングルエンドシークエンシングを実施する場合には妥当ではない可
能性があります。
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UCSC ゲノムブラウザで BED ファイルを開く方法 (J) 2015.08
2.
UCSC ゲノムブラウザで BED ファイルを開く
①
http://genome.ucsc.edu を開きます。
②
Genome Browser リンクをクリックします。
③
ゲノムブラウザゲートウェイページが開きますので、group、genome と assembly リストボックスから、生物種とデータベ
ースのバージョンを選択します。
④
add custom tracks ボタンをクリックします。
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ゲートウェイページで manage custom tracks ボタンが表示されている場合には、manage custom
tracks ボタンをクリックして開くページから add custom tracks ボタンをクリックするか、Click here to
reset をクリックすることでこの画面上に add custom tracks ボタンが表示されます。
⑤
カスタムトラックの追加設定ページで、Browse ボタンから BED ファイルを選択します。
⑥
Submit ボタンをクリックし、BED ファイルをアップロードします。アップロードに時間が掛かる場合がありますが、画面はそ
のまま開いておきます。
BEDファイルにヘッダが残っているとアップロードエラーとなる場合があります。
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⑦
カスタムトラックの設定ページが開きます。
1つのBEDファイルで1つのトラックデータが保存されている場合には、1行の表が表示されます。2つ以上のトラッ
クが保存されている場合には2行以上の表が表示されます。
複数のBEDファイルをアップロードする場合には、add custom tracks ボタンをクリックし、アップロード作業を
繰り返します。
間違ったファイルをアップロードしてしまった場合には、表中の delete チェックボックスに✓を入れ、delete ボタ
ンをクリックします。
⑧
（オプショナル）「User Track」をクリックし、トラック名を適宜編集します。
スペースが認識されない場合には、単語の連結にアンダースコア（_）などをご利用ください。
⑨
カスタムトラックの設定ページに戻りますので、go to genome browser ボタンをクリックします。
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⑩
ゲノムブラウザ画面が開きます。BED ファイルに保存された位置情報（ターゲット領域やプローブ設計領域など）が黒い
ボックスで表示されます。
■ 特定のゲノム位置を検索・表示:
上部テキストボックスにゲノム位置やキーワード等を入力してgoボタンをクリックします。
■ その他のアノテーション情報の表示・非表示:
ページ下部に表示されるそれぞれのアノテーション情報のリストボックスでそれぞれの項目の表示・非表示を選択して、
refreshボタンをクリックします。
■ 拡大縮小:
zoom in とzoom out ボタンで1.5-, 3-, 10-倍に拡大・縮小表示できます。
■ 表示位置の移動:
move ボタンをクリックして左右に画面をスクロールします。
R ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
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TEL: 03-5443-5287
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