平成２８年度 ＮＧＳ及びＮＧＳ 解析データ処理装置運用管理作業 仕 様 書 ※ 本 仕 様 書は 、 予 告な しに 修正又 は訂 正す る場 合があ りま す。 そ の際 は 、 当 機構 ホ ー ムペ ージ上 にて 仕様 書の 修正又 は正 誤表 等を 公 示い た し ま すの で 、 必ず ご確認 下さ い。 独立行政法人製品評価技術基盤機構 １．目的 独立行政法人製品評価技術基盤機構（以下「当機構」という。）バイオテクノロジ ーセンター（以下「バイオセンター」という。）では、微生物に係る遺伝資源や生体 物質等の利用における社会的リスクの低減を図りつつ、生物多様性条約等に関する国 際対応、生物遺伝資源や生体物質等の利用の安全性評価及び情報発信、知的基盤整備 計画に基づく微生物遺伝資源の収集、寄託受入れ、安定供給及び利用の促進、特許寄 託される微生物の受入れ、保管、分譲等を実施している。 また、顕在化している産業ニーズと、潜在的なニーズの掘り起こしに基づき、分譲 等の戦略を策定するとともに、生物遺伝資源や生体物質等の産業での活用促進、有用 な生物遺伝資源のさらなる充実、中小企業・ベンチャー企業支援等を通じ、競争力の 高いバイオ産業の育成に貢献することを目指している。 現在、次世代型シーケンサー（NGS：Next Generation Sequencer（※１）、以下「NGS」 という。）および NGS から出力されたデータを解析する専用の処理装置（以下「NGS 解析データ処理装置」という。）を導入し、汚染物質の分解菌、病原菌・日和見感染 菌、環境サンプル（地下水、土壌等）、バイオマス関連菌（真菌類）、藻類、放線菌 の二次代謝遺伝子など多種多様なサンプルを解析している。 これらの解析業務では、NGS 及び NGS 解析データ処理装置の運用管理の作業や NGS から出力された大量データの管理を行うためのシステム(以下「NITE-LIMS（※２）」 という。)の維持管理作業に加え、解析に必要なソフトウェアの更新や新規導入の作業 も含まれるため、作業量が膨大で人員が不足している。 このような状況に対応するため、NGS 及び NGS 解析データ処理装置の運用管理を効率 的に行う必要がある。 このため、NGS によるゲノム解析技術に精通し、膨大で多種多様な解析データ、装 置・ツール類の取扱いに慣れた外部の専門業者に、これらの運用管理を安全かつ確実 に請け負わせることとする。 ２．運用管理対象装置 本仕様書で対象とする装置は、「表．運用管理対象装置」に記した①～③とする。 - 1 - ３．仕様 （１）作業内容 請負者は、当機構庁舎内の指定の作業実施場所で、NGS 及び NGS 解析データ処理装置 運用管理作業実施細則（別添１）に基づく作業を行うものとする。 （２）作業の遂行及び注文方法 請負者は、原則として、作業を開始する前月末までに当機構の作業管理責任者（当 機構バイオセンター産業連携推進課長）に翌月の作業遂行予定を示し、翌月の予定を 相互に確認するものとする。ただし、作業量の増減等がある場合、当機構の作業管理 責任者は、作業を開始する前週末までに翌週の注文を行い、請負者は当該週の金曜日 （休日の場合はその前日）までに作業を終了するものとする。 （３）作業実施日及び時間 作業実施日は、契約期間中に４８人日（原則、一月４人日）とする（土、日、祝日、 年末年始（12 月 29 日～1 月 3 日）及び当機構の創立記念日（毎年 5 月 1 日）を除く。）。 作業実施時間は、原則、９時３０分から１２時１５分及び１３時１５分から１８時 １５分とする。 請負者は、注文を受けた場合、速やかに作業を行う日、作業を行う人員等を連絡す るものとする。 （４）作業報告書 請負者は、「NGS 及び NGS 解析データ処理装置運用管理作業報告書」（様式１）を作成 し、翌日の午前中までにバイオセンター産業連携推進課作業管理担当者（以下「作業 管理担当者」という。）に提出し、確認を受けるものとする。 （５）作業体制 請負者は、NGS 及び NGS 解析データ処理装置の運用管理作業の実務経験を有する者、あ るいは大学又は専門学校で生物系又は情報系の学科を履修した者、又はこれに準じる 者を作業実施者とした作業体制をとること。なお、作業実施者は１名以上とし、その 中から指導及び監督的地位にある者を現場責任者として、１名定めるものとする（作 業実施者が１名の場合、その者を現場責任者とする）。 また、請負者は、同一作業実施者の固定化に努め、同一者による作業が行えない場 合、速やかに継続して作業を行える者を選定し、作業内容等の引継を確実に行い、当 機構業務に支障を来さないこと。 （６）作業に関する禁止事項 請負者は、作業上知り得た事項について、いかなる場合であっても第三者に漏らし てはならない。また、作業実施者は、当機構の物品、消耗品等を持ち帰ってはならな い。 ４．作業実施場所 東京都渋谷区西原２−４９−１０ 独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター 別館３階 シーケンス室（本所 - 2 - 別３北３０５～３０６） ５．作業実施期間 平成２８年４月１日～平成２９年３月３１日 ６．その他 （１）作業遂行に必要な資材等は、原則、請負者が負担すること。 （２）作業実施にあたって、電気及び水道料金は当機構の負担とするが、その使用は必 要最小限にすること。また、既設設備及び庁舎等に損傷を与えないように十分注意 し、万一、故意又は過失により損害を与えた場合、当該損害を賠償するものとする。 （３）請負者は、作業実施者を直接指導、監督し、作業の安全及び衛生に配慮するとと もに、労働基準法、労働安全衛生法、その他関連法規を遵守すること。 （４）本仕様書に記載のない事項については、当機構の作業管理責任者と請負者が協議 し、適切な実施に努めること。 (※1) NGS（NextGenerationSequencer の略） 「次世代シーケンサー」と呼ばれ、従来の手法（サンガー法）とはまったく異なる新しい発想によるシ ーケンス技術で開発されたもの。共通する特徴として、①平面上で大量の１本鎖ＤＮＡを増幅、発光させ、 ＣＣＤカメラで撮影、画像処理する、②短い塩基配列を高速で解読、などの特徴を有する。当機構におい ては、「高速解析ゲノムシーケンサー」及び「マルチ処理小型シーケンサー」等がこれに該当する。 (※2) LIMS（LaboratoryInformationManagementSystem の略） 「ラボラトリー情報管理システム」と呼ばれ、研究室や工場などでサンプルや機器及び作 業 工 程 等 を 管 理 す る た め に 使 用 さ れ て い る シ ス テ ム の 総 称 。 n i t e - LI M S は 、 N G S か ら 出 力 さ れ た デ ー タ の 品 質 や 解 析 デ ー タ の 結 果 を 表 示 で き る 機 能 を 有 し 、N G S 解 析 デ ー タ の 品 質 管 理 を 行 っている。 - 3 - 別添１ NGS 及び NGS 解析データ処理装置運用管理作業実施細則 請負者は、対象となる NGS 及び NGS 解析データ処理装置の運用管理（日常点検、必要とな るツール類の調査、導入等）を実施する。 具体的な作業内容は、以下のとおり。 １．NGS 及び NGS 解析データ処理装置運用管理作業 バイオテクノロジーセンターが保有する NGS 及び NGS 解析データ処理装置（仕様書２． 「表．運用管理対象装置」①～③及び「図.役務範囲」参照）の安定稼働に必要な維持 管理作業 図 .役 務 範 囲 （１）解析装置の動作状況確認 対象となる NGS 及び NGS 解析データ処理装置の状態を点検し、正常に動作していること を確認すること。 （２）ハードディスク空き容量の確認 NGS 及び NGS 解析データ処理装置のハードディスクについて、使用量及び空き容量 を確認し、作業管理担当者へ報告すること。 （３）ログファイルの確認 NGS 及び NGS 解析データ処理装置に異常がないか、ログ監視を行うこと。 （４）障害対応（解析装置復旧作業を含む。） ①解析装置に障害が発生した場合、その障害内容がハードウェアに起因するものか、 ソフトウェアに起因するものかを判断し、ハードウェアに起因する場合は、作業 管理担当者の了解を得た上で、保守対応先に修理を依頼すること。また、ソフト - 4 - ウェアに起因する場合は、作業管理担当者と協議の上、速やかに復旧すること。 このとき、ソフトウェアのバグに起因する障害も可能な限り復旧に努めること。 ②解析装置のパラメータ設定に不具合が発見された場合、作業管理担当者と協議の 上、速やかに対応策を検討し、適切な内容に変更すること。 ③障害の復旧作業にあたり、シーケンスランの中断又はＯＳの再起動等、稼働状態 の装置を一時的に停止させる必要がある場合は、必ず事前に作業管理担当者の許 可を得てから行うこと。 なお、ハードウェアの保守対応先は、以下のとおり。 （５）NGS 解析データ処理装置へのデータ移行作業 各解析装置から出力されたデータについて移行する作業を行うこと。（「図．役務 範囲」または「表 2.データ移行元と移行先」参照） （６）解析装置の設定変更 作業管理担当者から解析装置の構成・環境の変更の依頼があった場合、必要なパラ メータの設定変更を行うこと。 （７）解析ソフトウェアの管理（バージョンアップを含む。） ①搭載されているソフトウェアにバグが発見され、パッチが入手可能な場合は、作 業管理担当者と協議の上、これを適用し、修復すること。 ②ソフトウェアの再インストール及び設定変更が必要と判断される場合、作業管理 担当者と協議し、速やかに対応すること。 ③フリーソフトウェアについては、作業管理担当者と協議し、必要があれば、最新 版へのバージョンアップを行うこと。 ④搭載ソフトウェアについて、バージョンアップ、不具合、パッチ等に関する情報 - 5 - を調査し、適用すべきかを必要に応じて提案すること。 （８）nite-LIMS の動作状況確認 NGS 解析データ処理装置からデータを収集し、nite-LIMS が動作していることを確認 すること。また、不具合等が発生した場合には、作業管理担当者へ報告し、nite-LIMS のプログラムの修正、スクリプトの作成等により対応を行うこと。 ２．その他の作業 NGS 及び NGS 解析データ処理装置の運用管理作業に付随するその他の作業 （１）作業管理担当者へのサポート 作業管理担当者からの問合せや要望に対し、調査及び解決方法の検討、対応実施等 のサポートを行うこと。 （２）運用手順書の修正等 現行の運用手順書（マニュアルなど）を、現在の解析状況に適したものに修正又は 更新するとともに、更新履歴を記録すること。また、必要に応じ、手順書の作成を行 うこと。 （３）使用環境及び作業効率に関する意見等 各解析装置の安定稼働に関し、空調管理、使用電源等の使用環境や、作業効率につ いて、改善を要する場合、必要な提言を行うこと。 - 6 - 様式１ 作業管理者 独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター 御中 NGS及びNGS解析データ処理装置運用管理作業報告書 現場責任者 印 １．作業実施日時及び実施者 作業実施日 平成 年 月 日（ ） 実施時間 始業時間 終業時間 作業実施者※ ※現場責任者が兼ねる場合は「同上」の記載で良い ２．作業実施内容 (1)NGS及びNGS解析データ処理装置 状況確認 ﾁｪｯｸ項目 高速解析ｹﾞﾉ ﾏﾙﾁ処理小 ﾑｼｰｹﾝｻｰ 型ｼｰｹﾝｻｰ ①解析装置の動作状況確認 ②ハードディスク空き容量の確認 ③ログファイルの確認 ④障害対応（解析装置復旧作業を含む。） ⑤ＮＧＳ付属解析装置のデータ移行作業 ⑥解析装置の設定変更 ⑦解析ソフトウェアの管理（バージョンアップを含む。） ⑧nite-LIMSの動作状況確認 上記項目に関する補足説明： (2)ＮＧＳ及びＮＧＳ付属解析装置の運用管理作業に附随するその他の作業 ①バイオテクノロジーセンターの作業管理担当者へのサポート ②運用手順書の修正等 ③使用環境及び作業効率に関する意見等 (3)その他特記事項 - 7 - NGS解析ﾃﾞｰﾀ 処理装置 時 分 時 分
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