SE EQ V5 QU 5.2 EN for NC r M HE Mac ER c

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M_20140410
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はじめに
このたびは SEQUENCHER をご使用いただき、誠にありがとうございます。SEQUENCHER は、ユーザが入力ま
たはインポートしたシーケンス群を簡単なユーザインタフェースでトリミングし、アセンブルすることのできる、使
いやすく高性能なアセンブルソフトウェアです。
© 2014 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved.
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SEQUENCHER は米国 Gene Codes Corporation の登録商標です。

このマニュアルの記載内容を無断で複写、転写することを禁止します。また、マニュアルの内容は予告なしに変
更されることがあります。このマニュアルに誤記や不正確な記述があった場合、株式会社日立ソリューションズ
はいかなる責任も負いません。
目次
1.
2.
3.
SEQUENCHER のインストール ..................................................................................................1
1.1.
インストールの準備 ..............................................................................................................1
1.2.
SEQUENCHER for Mac のインストール ............................................................................2
ライセンスの取得（アクティベーション） .................................................................................4
2.1.
新規購入時のアクティベーション ........................................................................................4
2.2.
アップグレード時のアクティベーション..............................................................................6
2.3.
すでにライセンスファイルをお持ちの方へ ..........................................................................8
外部ツールのインストール ..........................................................................................................9
3.1.
NGS ツールのインストール .................................................................................................9
3.2.
Tablet のインストール ........................................................................................................12
3.3.
ClustalW のインストール...................................................................................................14
1. SEQUENCHER のインストール
1.1. インストールの準備
インストールを開始する前に、下記の事項を確認してください。
■コンピュータの性能の確認
お使いのコンピュータが次の最低要件を満たしていることを確認してください。
・
MacOS 10.5 以降
・
Intel プロセッサ
・
512MB RAM（NGS 解析を行う場合は、6GB 以上を推奨）
・
ハードディスク空き容量 225ＭＢ
※
お使いのコンピュータが上記の要件を満たしているかどうかを確認する場合は、Apple メニューのこの Mac に
ついてを確認してください。
※
次世代シーケンサー由来のデータ（NGS データ）をアセンブルする場合には、最低要件よりも大きな RAM やハー
ドディスクの空き容量が必要になります。
■以前のバージョンのアンインストール
以前のバージョンの SEQUENCHER をインストールしている場合は、全てアンインストールします。
※
アンインストール後にコンピュータの再起動がかかる場合があります。データを保存してから再起動を行ってく
ださい。
i.
SEQUENCHER フォルダをゴミ箱にドラッグします。
ii. Finder メニューのごみ箱を空にする…を選択します。
※
USB、もしくはパラレルポートのドングルをお持ちの場合は、この時点ではインストールする PC に接続しない
でください。
1
1.2. SEQUENCHER for Mac のインストール
i.
コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER for Mac Application CD を入れます。
ii. CD ドライブを開いて Sequencher ***をダブルクリックします。
（ *** はバージョン番号）
※
インストールするには、管理者権限が必要です。
※
インストール完了後、再起動が必要となる場合がございます。
iii. Mac OS の認証ダイアログが起動します。管理者権限を持つアカウントとパスワードを入力して OK ボタンを押
します。
図 1-1 認証ダイアログ
iv. 認証の後、下記の規約確認の画面が表示されます。Continue をクリックすると確認のメッセージが表示されま
すので、同意をして進んでください
図 1-2 ライセンス規約
2
v.
インストール開始の画面が表示されます。Install ボタンをクリックすると、インストールが開始されます。
図 1-3
インストール開始画面
vi. インストールが完了するとメッセージが表示されますので、OK をクリックして終了してください。また、コン
ピュータの再起動を要求される場合があります。その際は再起動を行ってください。
図 1-4
インストール終了メッセージ
3
2. ライセンスの取得（アクティベーション）
SEQUENCHER V5.2 よりライセンスのアクティベーション（認証処理）方法が変更され、これまでの USB ドン
グルから、ライセンスファイルによる認証方法となりました。
SEQUENCHER を新規にご購入の際は、以下の手順【2.1.新規購入時のアクティベーション】にてライセンスのアク
ティベーションを行ってください。
※
V5.1 以前からのアップグレード版をご購入された方は、
【2.2.アップグレード時のアクティベーション】にお進
みください。
※
すでにライセンスファイルをお持ちの方は、【2.3.すでにライセンスファイルをお持ちの方へ】にお進みくださ
い。
2.1. 新規購入時のアクティベーション
i.
アクティベーション実施前の SEQUENCHER では、起動をすると以下のウィンドウが表示されますので、
Activate…を選択します。
図 2-1
起動直後の画面
ii. Sequencher License Manager が表示されますので、I have an activation key を選択し次の画面に進んでくだ
さい。
図 2-2
4
ライセンスマネージャー
iii. アクティベーションキー入力画面が表示されますので、お手持ちのシリアル番号＆アクティベーションキー通知
書から、英数字 16 桁のアクティベーションキーをご入力ください。
図 2-3
アクティベーションキー
入力画面
iv. アクティベーションキーを入力して Continue を選択すると、ライセンスの自動認証が始まります。認証が完了
すると以下の画面を表示しますので、Done をクリックしてライセンスマネージャーを終了してください。
図 2-4
ライセンス認証
完了画面
5
2.2. アップグレード時のアクティベーション
i.
お手持ちの USB ドングルをコンピュータの USB ポートに接続してください。
SEQUENCHER を起動して Activate…を選択し、以下の Sequencher License Manager の画面まで進みます。I
have an activation key を選択し、Continue をクリックしてアクティベーションキー入力の画面を表示してく
ださい。
図 2-5
ライセンスマネージャー
ii. お手持ちのアクティベーションキー（英数字 20 桁、”UPGR”で始まるもの）を入力し、Continue を選択してく
ださい。
図 2-6
6
アクティベーションキー
入力画面
iii. ドングル使用方法の選択画面が表示されますので、下記のいずれかを選んで Continue をクリックしてください。
A)
Return Hardware Key を選択した場合
ライセンス認証用のファイルが発行されます。こちらは PC の固有情報を含む為、使用可能なライセンス
は 1 コンピュータに 1 ライセンスとなります。
B)
Keep Hardware Key を選択した場合
ドングルと対になるライセンスファイルが発行され、ファイルはコピーをして複数の PC にインストール
可能です。起動時にドングルとライセンスファイルを認証し、両方がそろっていれば SEQUENCHER が
起動可能となります。
（選択可能なドングルは SEQUENCHER V4.8∼V5.1 の黒い USB ドングルのみです）
図 2-7
ドングル使用方法選択画面
iv. Continue をクリックすると、ライセンスの自動認証が始まります。認証完了の画面が表示されましたら、Done
をクリックして終了させてください。
※
USB ドングルでの認証は起動時に自動で行われます。複数の PC でご使用される場合は、それぞれの PC
にライセンスファイルをコピーしてください。
※
発行されたライセンスファイルは、お使いのハードディスクの以下の場所に保存されます。コピーの際は
こちらのフォルダからファイルをコピーしてください。
ライブラリ＞Application Support＞Gene Codes＞Sequencher
※
Return Hardware Key を選択されたお客様は、USB ドングルの返却が必須です。パッケージに同梱され
た封筒と返送用着払い伝票を使い、ドングルを返送してください。
7
2.3. すでにライセンスファイルをお持ちの方へ
i.
すでに SEQUENCHER V5.2 のライセンスファイルをお持ちのお方は、そちらをお使いいただく事が可能です。
以下の項目から、I have a license file を選んで先にお進みください。
図 2-8
ライセンスマネージャー
ii. ライセンスファイル選択画面になりますので、Browse をクリックしてエクスプローラを開き、お手持ちのライ
センスファイルを選択して次の画面にお進みください。
図 2-9
ライセンスファイル選択画面
iii. ライセンスファイルが読み込めたら認証完了の画面を表示しますので、Done を選択して終了させてください。
8
3. 外部ツールのインストール
SEQUENCHER は、通常のシーケンスや次世代シーケンサー(NGS)由来のシーケンスをアセンブルするために外
部の優秀なツールを使用することができます。そのためには、まずこれらのツールを SEQUENCHER がインストー
ルされているパソコンにインストールする必要があります。
3.1.
NGS ツールのインストール
SEQUENCHER で次世代シーケンサー由来のシーケンスをアセンブルするためには、Maq, GSNAP, Tablet の３
つのツールが必要になります。ここではその３つのツールを含む、外部ツールのインストール方法を説明します。
■NGS ツールインストーラーのダウンロードと解凍
i.
GeneCodes 社のサイト(http://genecodes.com/download/external-tools-download)から、
ExternalToolsInstallerV4.1.dmg をダウンロードします。
ii. ダウンロードしたファイルをダブルクリックすると、内容が表示されます。
（表示されない場合は、Finder → 「ダウンロード」フォルダ→「ExternalToolsInstallerV4.1.dmg 」をダブ
ルクリックしてください）
図 3-1 NGS ツールインストーラー
9
iii. ExternalToolsV4.1 をダブルクリックするとインストーラーが起動します。続けるボタンを押してください。
図 3-2 インストーラー初期画面
iv. 使用許諾契約が表示されます。内容を確認して続けるボタンを押してください。
図 3-3 使用許諾契約画面
v.
使用許諾契約同意確認ダイアログが表示されます。同意する場合は同意するボタンを押してください。
図 3-4 使用許諾契約同意確認ダイアログ
10
vi. Mac OS の認証ダイアログが起動します。管理者権限を持つアカウントとパスワードを入力して OK ボタンを押
します。（※認証ダイアログの起動は、これより後になることがあります。）
図 3-5 認証ダイアログ
vii. インストールボタンを押してください。
図 3-6 インストール画面
viii.
インストールが始まります。インストールが終了後、閉じるボタンを押します。
図 3-7 インストール終了画面
11
3.2.
i.
Tablet のインストール
NGS インストーラー（図 3-1 参照）の Other Installers フォルダを開き、tablet.dmg をダブルクリックすると、
インストーラーが表示されます。
図 3-8 Tablet インストーラー
ii. インストーラーをダブルクリックします。
※インストール開始時に、「JAVA SE 6 ランタイムをインストールする必要があります」と表示される場合がご
ざいます。この場合には画面の指示に従って、インストールをしてください。
図 3-9
JAVA インストール
iii. インストーラーが起動したら Next ボタンをクリックします。
図 3-10
12
インストーラー初期画面
iv. 利用許諾を読み、これに同意した上で、Next ボタンをクリックします。
図 3-11
v.
利用許諾同意画面
インストールフォルダを決定します。
デフォルトでは、Tablet フォルダは/Applications の下に作成されます。Browse…ボタンをクリックしてインス
トール先を変更することもできます。
図 3-12
インストールフォルダ決定画面
13
vi. 画面の指示に従ってインストールを行います。インストール終了後、Finish ボタンをクリックします。
※Run Tablet のチェックを付けたまま終了すると、Tablet を起動します。
図 3-13
3.3.
インストール終了画面
ClustalW のインストール
SEQUENCHER は通常のシーケンスをアセンブルするために、アライメントツールとして定評のある ClustalW
を使用することができます。ここではそのインストール方法を説明します。
i.
NGS インストーラー（図 3-1 参照）の Other Installers フォルダを開き、Clustalw2.dmg をダブルクリックす
ると、clastalw-2.1-macosx というフォルダを表示します。
ii. フォルダ内にある Clustalw2 を、アプリケーションフォルダにコピーしてください。
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