研究用 KAPA HYPER PLUS NGS（次世代シークエンス）ライブラリー調製キット “ Evolved ／ 進化版 ” KAPA HyperPlusキットは、物理的な断片化と同等 レベルのバイアスの少ない新開発DNA断片化酵素と、 1本のチューブ内で行えるシンプルでスリムなワーク フローによって、業界を一歩リードするライブラリー 作製効率の高さを実現しました。 特徴： • 約2.5時間でのDNA断片化とライブラリー調製 • 1ng ∼1μgで自在のDNAサンプルインプット量 • 増幅バイアスの低減でシークエンスカバー率を向上 • PCRフリーのワークフローが可能に • チューブ1本でのワークフローによりDNA断片化 とライブラリーの作製が約2.5時間で可能 • FFPEのような困難なサンプルも含め、幅広い DNAタイプとインプット量に対応 KAPA HyperPlus Kit Ⅰ社 キットN C社 超音波破砕機 ＋ KAPA Hyper Prep 合計時間：∼2.5時間 合計時間：∼2.5時間 合計時間：∼3.5時間 断片化 （10∼45分） タグメンテーション 断片化 末端修復およびAテーリング （30分） ビーズ精製 末端修復およびAテーリング アダプターライゲーション （15分） ライブラリー増幅 （必須） アダプターライゲーション ビーズ精製 （30分） ビーズ精製 ビーズ精製 1本のチューブ KAPA HyperPlusキットは、バイアスの少ない酵 素による断片化を取り入れたことで、「自動化が難 しく、高価な装置によるDNAの物理的な断片化」 の必要がなくなります。 • ヒトエキソームや微生物の全ゲノムシークエンス など、多様なアプリケーションに適用可能 • 自動化に適したワークフロー ライブラリー増幅 （オプション） （30分） ライブラリー増幅 （オプション） ビーズ精製 （30分） ビーズ精製 1本のチューブ 断片化とライブラリー調製の総合ソリューション サイズ調節が可能で再現性の高い“酵素による断片化” • 断片化時間の違いによりライブラリーインサートサイズを150∼800 bpで調節可能 • インサートサイズは、さまざまなGC含量とDNAインプット量において再現可能 800 B. pertussis 10 ng 10ng 15分 700 100ng 15分 600 B. pertussis 50 ng E. coli 10 ng E. coli 50 ng Human 10 ng Human 50 ng C. difficile 10 ng C. difficile 50 ng P. falciparum 50 ng 10ng 30分 150 100ng 30分 100 50 % GC 200 再現性ある断片サイズ 平均サイズ（bp） 蛍光（シグナル強度） ライブラリー断片サイズ分布 500 400 300 200 0 100 35 100 150 200 300 400 bp 500 600 1000 2000 10380 0 5分 15 分 断片化時間 45 分 さまざまなDNAサンプルインプット量から、再現性あるライブラリー断片 サイズ分布が得られます。 設定した断片化パラメータで、GC含量の異なる複数種のサンプルであって も、一貫したライブラリーインサートサイズが得られます。 HyperPlusキットを使用して、インプット量の異なる大腸菌ゲノムDNAを 37℃で15分または30分断片化。ライブラリー増幅後にSPRI ®ビーズで 1回精製した後、サンプルをAgilent High Sensitivity DNA Assay TM キットで解析しました。 10ngまたは50ngの百日咳菌（GC 68％）、クロストリジウム ディフィシ ル（GC 29％）、大腸菌（GC 51％）、熱帯熱マラリア原虫（GC 20％）、 ヒトゲノムDNAを5分、15分、45分で断片化。得られたインサート断片の 平均サイズはそれぞれ∼700、∼350、∼200bp。断片化反応は37℃で 実施。 優れたライブラリー収量 変換率範囲 インプットDNAをシークエンス可能なアダプター ライゲーション済みのライブラリーに変換する割合 （変換率％）は、ライブラリー作製の主要な測定基 準ですが、結局はライブラリーの多様性と品質を決 定づけるものです。 変換率％ 100 • プロトコルの最適化による優れた変換率 • 幅広いDNAインプット量で優れた性能 90 HyperPlus 80 C社 超音波破砕機 + Hyper Prep C社 超音波破砕機 +Ⅰ社ライブラリー調整キット 70 60 50 40 30 • 高いライブラリー収量によりPCRフリーのワーク フローが可能（最低50ngの初発量から） 20 10 0 1 µg 100 ng 10 ng 1 ng インプット量 市販のライブラリー作製用製品によって変換率は大きく異なります。 HyperPlusで調製したライブラリーと、C社 超音波破砕機で断片化したDNAをⅠ社ライ ブラリー調整キットおよびHyper Prepで調整した場合とを比較しました。HyperPlus は一体化したワークフローにより、インプットDNAからアダプターライゲーション済み ライブラリーへの変換率が高くなっています。変換率は高インプット・低インプットい ずれの場合も、KAPA HyperPlusによるものが一番高くなっています。 上質なシークエンス結果を可能に • 高い変換率により少ない増幅サイクルと低い複製率（Duplication Rate）を実現 • 優れたライブラリー多様性とより均一なシークエンスカバー率により、低頻度の突然変異を高い信頼性をもって検出 C社 超音波破砕機 + Hyper Prep 8 HyperPlus SNP（一塩基多型）の検出感度 シークエンスカバー率の均一性 0.040 100 7 95 5 4 標的断片 6 (%) Duplication Rate（％） 複製率（Duplication Rate） 9 90 C社 超音波破砕機 + Hyper Prep 0.035 HyperPlus 0.030 Ⅰ社 キットN 0.025 0.020 0.015 3 85 2 0.010 0.005 1 80 0 gDNA FFPE 低い複製率（Duplication Rate） HyperPlusまたはC社 超音波破砕機と Hyper Prepを使ったエキソームシークエン ス実験による複製率です。50ngのヒトゲノ ムDNAまたは50ngのFFPE DNAからライ ブラリーを調製し、Nimblegen SeqCap EZ HGSC VCRome パネルで取り込みま した。 C社 超音波破砕機 HyperPlus + Hyper Prep Ⅰ社 キットN 一塩基多型（SNP）検出感度が優れたシー クエンス品質を示しています。 インプット量50ng、標準的な回収手順で ライブラリーを調製してNimblegen SeqCap EZ HGSC VCRomeパネルで取 り込みました。SNPは、初期設定、一塩基 あたりの最小カバー深度カットオフ値10の LoFreqを使って回収。感度（真陽性率） は、真陽性を真陽性と偽陰性の合計で割っ た割合として算出。分析したSNP総数は 25,000以上。 0.000 0x 20x 40x 60x 80x 100x Depth of Coverage シークエンスカバー率の均一性の比較 すべてのライブラリーデータは、リード 数を等しくするためにダウンサンプリン グを行いました。 HyperPlusまたはC社 超音波破砕機＋ HyperPrepとR社 キャプチャーキットで 調整されたライブラリーと、Ⅰ社のキッ トN とキャプチャーキットで調整された ライブラリーを比較。Ⅰ社 キットN のラ イブラリーは広がったカバー率分布を示 しましたが、C社 超音波破砕機と HyperPlusのカバー率分布は類似してい ます。鋭いピークで裾が小さくより均一 なカバー率であることを示しています。 最小バイアスのシークエンスカバー率 • タグメンテーションや他の酵素による断片化方法に比べて、少ないシークエンスバイアス • 物理的断片化と同等の性能 • 少ないバイアスがより均一なシークエンスカバー率の実現とシークエンス費用の削減 E. coli (51% GC) 200 1.5 150 1.0 100 0.5 50 0.0 10 15 20 25 30 35 40 45 1.1 250 1.0 200 0.9 150 0.8 100 0.7 0.6 25 0 50 GC% of 100 Window Bins C社 超音波破砕機 + HyperPrep 50 30 35 40 45 50 55 60 65 0 70 Ⅰ社 キットN 250 1.4 200 1.2 1.0 150 0.8 100 0.6 0.4 50 0.2 0.0 45 GC% of 100 Window Bins HyperPlus 300 1.6 Normalized Coverage 2.0 1.8 300 ウインドウ数（×103） 250 Normalized Coverage 2.5 B. pertussis (68% GC) 1.2 ウインドウ数（×103） Normalized Coverage 300 ウインドウ数（×103） C. difficile (29% GC) 3.0 50 55 60 65 70 75 80 0 85 GC% of 100 Window Bins N社 断片化酵素 + N社 キットN GCバイアスの比較。 クロストリジウム ディフィシル（左）、大腸菌（中央）、百日咳菌（右）のGCバイアスを100bp binsの標準GC含量を計算して評価。Picard Collect GC Bias Metricsを使用し、C社 超音波破砕機 + HyperPrep、HyperPlus、Ⅰ社 キットN、N社 断片化酵素 + N社 キットN のワークフローに対する Normalized Coverageをbins上にプロットしました。ライブラリーは1ngのインプットDNAで調製。シークエンスバイアスがないので、すべてのbinsが均 等に表されることになり、Normalized Coverageの1上に集中した水平分布で示されます。 Cat.No. 製品名 包装単位 KK8510 KAPA HyperPlus Kit 8回用 KK8512 KAPA HyperPlus Kit 24回用 KK8514 KAPA HyperPlus Kit 96回用 KK8511 KAPA HyperPlus Kit（PCR酵素なし） 8回用 KK8513 KAPA HyperPlus Kit（PCR酵素なし） 24回用 KK8515 KAPA HyperPlus Kit（PCR酵素なし） 96回用 価格（税抜） お問い合わせ ください 製品に関するお問い合わせ [email protected] WEB KAPA HyperPlus Kit の製品詳細ページ 価格は2015年4月現在のものです。製品は改良のため予告なく変更する場合があります。 http://www.n-genetics.com 本 社：〒112-0004 東京都文京区後楽1丁目4番14号 後楽森ビル18F Tel. 03（3813）0961・ Fax. 03（3813）0962 西日本営業所：〒604-8277 京都府京都市中京区西洞院通御池下ル565番地 ラフィーネ御池3F Tel. 075（257）5421・ Fax. 075（257）5422 10P1504 よりお問い合わせください。
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