SE EQ V5 QU 5.2 EN for NC r W HE Win ER n

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はじめに
このたびは SEQUENCHER をご使用いただき、誠にありがとうございます。SEQUENCHER は、ユーザが入力ま
たはインポートしたシーケンス群を簡単なユーザインタフェースでトリミングし、アセンブルすることのできる、使
いやすく高性能なアセンブルソフトウェアです。
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SEQUENCHER は米国 Gene Codes Corporation の登録商標です。

このマニュアルの記載内容を無断で複写、転写することを禁止します。また、マニュアルの内容は予告なしに変
更されることがあります。このマニュアルに誤記や不正確な記述があった場合、株式会社日立ソリューションズ
はいかなる責任も負いません。
目次
1.
2.
3.
SEQUENCHER のインストール ..................................................................................................1
1.1.
インストールの準備 ..............................................................................................................1
1.2.
SEQUENCHER for Win のインストール ............................................................................2
ライセンスの取得（アクティベーション） .................................................................................4
2.1.
新規購入時のアクティベーション ........................................................................................4
2.2.
アップグレード時のアクティベーション..............................................................................6
2.3.
すでにライセンスファイルをお持ちの方へ ..........................................................................8
外部ツールのインストール ..........................................................................................................9
3.1.
NGS ツールのインストール .................................................................................................9
3.2.
Tablet のインストール ........................................................................................................ 11
3.3.
ClustalW のインストール...................................................................................................13
1. SEQUENCHER のインストール
1.1. インストールの準備
インストールを開始する前に、下記の事項を確認してください。
■コンピュータの性能の確認
お使いのコンピュータが次の最低要件を満たしていることを確認してください。
・
WindowsVISTA，７，８のいずれかを使用
・
512MB RAM（NGS 解析を行う場合は、6GB 以上を推奨）
・
ハードディスク空き容量 150ＭＢ
※
お使いのコンピュータが上記の要件を満たしているかどうかを確認する場合は、
「スタート」メニュー内の
「コンピューター」を右クリック→「プロパティ」を選択して【コンピューターの基本的な情報の表示】
を確認してください。
※
次世代シーケンサー由来のデータ（NGS データ）をアセンブルする場合には、最低要件よりも大きな RAM
やハードディスクの空き容量が必要になります。
■以前のバージョンのアンインストール
以前のバージョンの SEQUENCHER をインストールしている場合は、アンインストールします。
※
アンインストール後にコンピュータの再起動がかかる場合があります。データを保存してから再起動を行
ってください。
i.
[スタート]→[コントロールパネル]→[プログラムと機能]を起動します。
ii. 現在インストールされているアプリケーションの一覧から、以前のバージョンの SEQUENCHER を選択し、右
クリックのメニュー、もしくはメニューから「アンインストール」を選択します。
※
USB、もしくはパラレルポートのドングルをお持ちの場合は、この時点ではインストールする PC に接続
しないでください。
1
1.2. SEQUENCHER for Win のインストール
i.
コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER for Win Application CD を入れます。
ii. CD ドライブを開いて Sequencher 5.2.4.exe をダブルクリックします。
※インストールにはコンピュータの Administrator 権限が必要です。
iii. SEQUENCHER インストーラーが起動します。
図 1-1
インストーラー初期画面
iv. Next ボタンをクリックするとライセンス規約の確認画面が表示されます。
「同意する」を選択し、こちらも Next
ボタンをクリックして進んでください。
図 1-2
2
ライセンス規約
v.
インストール準備画面が表示されます。Install ボタンをクリックしてインストールを開始します。
図 1-3
インストール開始画面
vi. インストール終了後、インストール完了画面が表示されます。Finish ボタンをクリックします。
図 1-4
インストール完了画面
vii. インストールの終了後、コンピュータの再起動を要求される場合があります。その際は再起動を行ってください。
3
2. ライセンスの取得（アクティベーション）
SEQUENCHER V5.2 よりライセンスのアクティベーション（認証処理）方法が変更され、これまでの USB ドン
グルから、ライセンスファイルによる認証方法となりました。
SEQUENCHER を新規にご購入の際は、以下の手順【2.1.新規購入時のアクティベーション】にてライセンスのアク
ティベーションを行ってください。
※
V5.1 以前からのアップグレード版をご購入された方は、
【2.2.アップグレード時のアクティベーション】にお進
みください。
※
すでにライセンスファイルをお持ちの方は、【2.3.すでにライセンスファイルをお持ちの方へ】にお進みくださ
い。
2.1. 新規購入時のアクティベーション
i.
アクティベーション実施前の SEQUENCHER では、起動をすると以下のウィンドウが表示されますので、
Activate…を選択します。
図 2-1
起動直後の画面
ii. Sequencher License Manager が表示されますので、I have an activation key を選択し次の画面に進んでくだ
さい。
図 2-2
4
ライセンスマネージャー
iii. アクティベーションキー入力画面が表示されますので、お手持ちのシリアル番号＆アクティベーションキー通知
書から、英数字 16 桁のアクティベーションキーをご入力ください。
図 2-3
アクティベーションキー
入力画面
iv. アクティベーションキーを入力して Next を選択すると、ライセンスの自動認証が始まります。認証が完了する
と以下の画面を表示しますので、Finish をクリックしてください。
図 2-4
ライセンス認証
完了画面
5
2.2. アップグレード時のアクティベーション
i.
お手持ちの USB ドングルをコンピュータの USB ポートに接続してください。
SEQUENCHER を起動して Activate…を選択し、以下の Sequencher License Manager の画面まで進みます。I
have an activation key を選択し、Next をクリックしてアクティベーションキー入力の画面を表示してくださ
い。
図 2-5
ライセンスマネージャー
ii. お手持ちのアクティベーションキー（英数字 20 桁、”UPGR”で始まるもの）を入力し、Next を選択してくださ
い。
図 2-6
6
アクティベーションキー
入力画面
iii. ドングル使用方法の選択画面が表示されますので、下記のいずれかを選んで Next をクリックしてください。
A)
Return Hardware Key を選択した場合
ライセンス認証用のファイルが発行されます。こちらは PC の固有情報を含む為、使用可能なライセンス
は 1 コンピュータに 1 ライセンスとなります。
B)
Keep Hardware Key を選択した場合
ドングルと対になるライセンスファイルが発行され、ファイルはコピーをして複数の PC にインストール
可能です。起動時にドングルとライセンスファイルを認証し、両方がそろっていれば SEQUENCHER が
起動可能となります。
（選択可能なドングルは SEQUENCHER V4.8∼V5.1 の黒い USB ドングルのみです）
図 2-7
ドングル使用方法選択画面
iv. Next をクリックすると、ライセンスの自動認証が始まります。認証完了の画面が表示されましたら、Finish を
クリックして終了させてください。
※
USB ドングルでの認証は起動時に自動で行われます。複数の PC でご使用される場合は、それぞれの PC
にライセンスファイルをコピーしてください。
※
発行されたライセンスファイルは、C:¥ProgramData¥Gene Codes に保存されます。コピーの際はこちら
のフォルダからファイルをコピーしてください。
※
Return Hardware Key を選択されたお客様は、USB ドングルの返却が必須です。パッケージに同梱され
た封筒と返送用着払い伝票を使い、ドングルを返送してください。
7
2.3. すでにライセンスファイルをお持ちの方へ
i.
すでに SEQUENCHER V5.2 のライセンスファイルをお持ちのお方は、そちらをお使いいただく事が可能です。
以下の項目から、I have a license file を選んで先にお進みください。
図 2-8
ライセンスマネージャー
ii. ライセンスファイル選択画面になりますので、Browse をクリックしてエクスプローラを開き、お手持ちのライ
センスファイルを選択して次の画面にお進みください。
図 2-9
ライセンスファイル選択画面
iii. ライセンスファイルが読み込めたら認証完了の画面を表示しますので、Finish を選択して終了させてください。
8
3. 外部ツールのインストール
SEQUENCHER は、通常のシーケンスや次世代シーケンサー(NGS)由来のシーケンスをアセンブルするために外
部の優秀なツールを使用することができます。そのためには、まずこれらのツールを SEQUENCHER がインストー
ルされているパソコンにインストールする必要があります。
3.1.
NGS ツールのインストール
SEQUENCHER で次世代シーケンサー由来のシーケンスをアセンブルするためには、Maq, GSNAP, Tablet の３
つのツールが必要になります。ここではその３つのツールを含む、外部ツールのインストール方法を説明します。
■NGS ツールインストーラーのダウンロードと解凍
i.
GeneCodes 社のサイト(http://genecodes.com/download/external-tools-download)から、
ExternalToolsInstallerV4.1.zip をダウンロードします。
ii. ダウンロードしたファイルを解凍すると、下図のファイルが展開されます。
図 3-1
展開された NGS インストーラーファイル
■GSNAP, Maq および、Maqview, MUSCLE, Velvet のインストール
i.
ExternalToolsInstaller.exe をダブルクリックして、インストーラーを起動します。
図 3-2
インストーラー初期画面
9
ii. 利用許諾が表示されますので、これに同意した上で、NEXT ボタンをクリックします。
図 3-3
利用許諾同意画面
iii. インストール方式の確認がありますので、Complete を選択してインストール準備画面まで進んでください。
Install ボタンをクリックするとインストールが開始いたします。
図 3-4
インストール画面
iv. インストール終了後、完了画面が表示されます。Finish ボタンで終了します。
10
3.2.
i.
Tablet のインストール
Tablet フォルダを開きます。下図の２つのインストーラーが存在することを確認してください。
図 3-5
タブレットインストーラーファイル
ii. お使いの OS によって使用するインストーラーが変わります。
３２ビット OS をお使いの方は、tablet_windows_x86_1_13_05_17.exe をダブルクリックしてください。
６４ビット OS をお使いの方は、tablet_windows_x64_1_13_05_17.exe になります。
※インストールするには、Administrator 権限が必要です。
iii. インストーラーが起動したら Next ボタンをクリックします。
図 3-6
インストーラー初期画面
iv. 利用許諾を読み、これに同意した上で Next ボタンをクリックして進んでください。
図 3-7
利用許諾同意画面
11
v.
インストールフォルダを決定します。デフォルトでは、Tablet フォルダは C:¥Program Files の下に作成されま
す。インストール先は変更しないでください。
図 3-8
インストールフォルダ決定画面
vi. 画面の指示に従ってインストールを行います。インストール終了後、Finish ボタンをクリックします。
図 3-9
12
インストール終了画面
3.3.
ClustalW のインストール
SEQUENCHER は通常のシーケンスをアセンブルするために、アライメントツールとして定評のある ClustalW
を使用することができます。ここではそのインストール方法を説明します。
i.
ダウンロードして解凍したファイルの中から、「ClustalW2」のフォルダを開きます。
ii. clustalw-2.1-win.msi をダブルクリックして、インストーラーを起動します。Next ボタンをクリックします。
※インストールするには、Administrator 権限が必要です。
図 3-10
インストーラー初期画面
iii. インストールフォルダを決定します。
デフォルトでは、ClustalW2 フォルダは C:¥Program Files¥ClustalW2 の下に作成されます。インストール先
は変更しないでください。
図 3-11
インストールフォルダ決定画面
13
iv. Install ボタンをクリックしてインストールを開始します。
図 3-12
v.
インストール終了後、完了画面になりますので Finish ボタンをクリックで終了です。
図 3-13
14
インストール確認画面
インストール終了画面

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