LCModel インストール手順 (株) エルエイシステムズ TEL 0303-58125812-5311 FAX 03 03-58075807-4050 E-mail: [email protected] [email protected] URL: http://www.las.jp/ LCModel をインストールする際には、LCModel 用のユーザーアカウントを作成してください。root 権限ではインストールしないで下さい。 ※下記に使用される ~ はホームディレクトリー(/home/ユーザのディレクトリ)を表します。・VMWare 環境でインストールされる場合、Mac アドレスの変更に留意して下さい。・Mac アドレスが変更されると対応するライセンスが無効になるので注意してください（LAN カードが有効な環境でインストールし、LAN カードが無効な環境で LCModel を起動すると失敗します）・PC の交換などによるライセンスファイルの再発行は１度のみです（２０１２年現在）。２回目のライセンスの再発行のためは 2nd ライセンスを購入していただく必要があります。 1. 作成したアカウント(LCModel をインストールするアカウント)でログインして下さい。 2. OS に対応した LCModel インストールファイルを下記サイトからダウンロードする、または LCModel の CD からコピーし、適当な作業フォルダに保存してください。・LCmodel ウェブサイト http://lcmodel.ca/pages/lcmodel.shtml ダウンロード http://lcmodel.ca/pages/lcm-test.shtml 弊社製品ページ http://www.las.jp/products/s16_lcmodel/index.html ・Linux の対応パッケージファイル名 lcm-linux.tar (弊社のページのファイルは lcm-linux_v6.X-XX.tar :v6.X-XX はバージョンに変更しています) 3. ターミナルを起動します。（Linux デスクトップ上で右クリック、あるいはスタートメニューのシステムから「端末を開く」、「Open terminal」を選択）ターミナル上で、インストールファイルを保存したディレクトリまで、カレントディレクトリを移動します。 (デスクトップに保存した場合、cd Desktop 日本語環境では cd デスクトップ) 4. 以下のコマンドでダウンロードまたはコピーしたファイルを解凍します。 Linux の場合 tar xf lcm-linux.tar (弊社からファイルをダウンロードした場合 tar xf lcm-linux_v6.X-XX.tar) 以下のファイルが解凍されます。 lcm-core.tar.Z、install-lcmodel、.un-install-lcmodel 5. インストーラーを起動します。 ./install-lcmodel ( ./から始まりますので注意してください) 6. ウィンドウ(GUI)が表示されますので、指示に従い表示に必要な情報を入力し作業を行ってください。Test Run を一度実行すると、動作確認用データ解析が実行され解析結果が表示されます。（PostScript の Display 用コマンドが lpr になっている場合、evince (evince がインストールされていない場合は gv、ggv、kghostview など)に変更して下さい。）解析結果が正常に表示されれば、Exit(終了)してください。実行中にインストールファイルは削除されます。問題が発生した場合、弊社に状況を連絡して下さい。 7. datadata-forfor-licensing ファイルインストール後に作成されている ~ /.lcmodel/data datadata-forfor-licensing ファイルを E-mail で [email protected] にお送り下さい。追って、ライセンスファイルを送付させていただきます。また後述の、Basis-set ファイルについての情報も連絡ください。 ( ユーザ lcmuser でインストールした場合 /home/lcmuser/.lcmodel に作成されている data-for-licensing ファイルです。) .lcmodel フォルダは隠しフォルダになっているため通常のファイルリストコマンド ls ではなく ls -a とオプションをつけないと表示されません。ファイルブラウザ(nautilus など)を利用する場合、オプションから「隠しファイルを表示する」(ShowHidden Files)を設定しないと表示されません。ライセンスインストール方法送付された圧縮ライセンスファイル(licence.gz)を LCmodel をインストールした PC に保存します。 1. ターミナルを起動します。（Linux デスクトップ上で右クリック、あるいはスタートメニューのシステムから「端末を開く」、「Open terminal」を選択）ターミナル上で、圧縮ライセンスファイルを保存したディレクトリまで、カレントディレクトリを移動します。(デスクトップに保存した場合、cd Desktop 日本語環境では cd デスクトップ) 2. 以下のコマンドでカレントディレクトリにある licence.gz ファイルを解凍します gunzip licence.gz 作成された licence ファイルを mv license ~/.lcmodel ~/.lcmodel に移動します起動 LCModel 起動には ~/.lcmodel フォルダの ”lcmgui” を実行します。 (ターミナルからコマンド ~/.lcmodel/lcmgui を実行する、またはファイルブラウザからダブルクリック) メニューやアイコンは自動では作成されませんので、必要に応じてシンボリックリンク（ショートカット）をデスクトップなどに作成してください。 BasisBasis-set ファイルについて LCModel 脳の解析をおこなう場合、basis-set ファイル(各代謝物の濃度調整された溶液を MRI で測定した、LCModel 濃度解析のための、ピーク強度、ピークのケミカルシフトの基準となるファイル)が必須になります。シークエンスが PRESS の場合、下記の測定条件を連絡いただければ開発者の方でシミュレーションを用いて作成します。STEAM は実測データが必要なため、現状有るものに限定されます。必要な測定条件 1. MR メーカーと機種名 scanner manufacturer 2. 磁場強度 field strength 3. PRESS シーケンスでの・エコー時間 TE(ms) （使用されるエコー時間すべて）脳以外の解析（肝臓、乳腺、筋脂肪）の場合、Basis-set ファイルは解析に利用していませんが、選択する必要はありますので、最低１つは必要になります。 basis-set ファイルは、解析実行時にデフォルトで~/.lcmodel/basis-set フォルダから TE を基準に自動的に読み込まれます。解析時に、別のフォルダを選択して終了時に Profile を保存 (Exit&Save)すると、次回の解析時はそのフォルダを参照しますので、新規 Profile を作成して磁場強度などで使い分けをすることができます。何かご不明な点がございましたら、下記連絡先までご連絡ください。 (株) エルエイシステムズ TEL 0303-58125812-5311 FAX 0303-58075807-4050 E-mail: [email protected]