チューブ単位塩基配列解析

1
特
長
1サンプルからのワンパスシーケンスやウォーキング解析
チューブ単位塩基配列解析
Ⅱ
● 解析長は平均800 bp以上
（プラスミドDNAの場合）
● プライマー設計・合成・アセンブルまでサポート
（全長塩基配列解析の場合）
Applied Biosystems 3730xl DNA Analyzer
（ライフテクノロジーズジャパン社）
を使用し、
ご提供サンプルの塩基配列
を熟練の技術で高品質に解析いたします。
サービス内容 ●
塩基配列解析受託
概要塩基配列解析（ワンパスシーケンス）
・ユニバーサルプライマーまたはご依頼者提供のカスタムプライマーを用いて、
PCR産物やプラスミドDNAの塩基配列を解析
します。
・ PCR反応済みサンプルをシーケンスグレードまで精製することも可能です（有料オプション）
。
・解析に問題が生じた際、反応条件の変更などにより結果の改善が見込める場合は、
再解析を行います。
●
全長塩基配列解析（ウォーキング解析）
・一部の既知の塩基配列情報からシーケンスプライマーを設計･合成し、塩基配列を順次解析します（プライマーウォーキング
法）。
片鎖または両鎖解析のどちらかをお選びください。
・本サービスはプライマー設計と合成およびアセンブルによるコンティグ配列作成を含みます。
・本サービスは解析結果を保証するものではありません。繰り返し配列・連続塩基など難読領域は解析不可と判断し、作業を中
断させていただく場合があります。
納品物 ● 作業報告書および塩基配列解析データ
（波形データAB1、
テキストデータTXT）
（CD-ROMまたはWEB納品）
・WEB納品に関しては6ページをご参照ください。
受入サンプル送付先（巻末の「受託サービスの流れ」をご覧ください。）
量
濃度
シーケンスプライマー
10 pmol/μl
塩基配列解析
全長塩基配列解析
全長塩基配列解析
（ワンパスシーケンス）片鎖解析
（3000 bpの場合）両鎖解析（3000 bpの場合）
10μl以上
10μl以上
10μl以上
プラスミドDNA
50 ng/μl以上
10μl以上
total 1μg以上になる量
total 2μg以上になる量
PCR 産物
（未精製）
PCR反応液のまま
50μl程度
100μl程度
100μl以上
PCR 産物
（精製済）
50 ng/μl以上
10μl以上
total 1μg以上になる量
total 2μg以上になる量
・各種ユニバーサルプライマー（詳細ウェブサイト参照）
での解析の場合にはシーケンスプライマー送付の必要はございません。
・量は目安です。1%アガロースゲルに1μlアプライした時にバンドが目視確認できる場合は解析可能です。
・プラスミドDNAは、弊社販売のNucleoSpin Plasmid EasyPure
（製品コード 740727.10/.50/.250）あるいは同等品を用い
て、
高純度に精製してください。
・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損がおきないようにご注意いただき、
ドライアイスまたは保冷剤梱包の冷凍便で依頼書ととも
に平日午前着指定にてご送付ください。
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Ⅱ 塩基配列解析受託
2
塩基配列解析受託
Ⅱ
特
長
プライマー混合済み鋳型からの迅速シーケンス受託サービス
プレミックスシーケンス解析
（8連チューブ／96ウェルプレート）
● 迅速！いち早く解析結果をお届けします
（8連チューブ：2営業日、96ウェルプレート：3営業日）
● リーズナブル！96ウェルプレートの場合、1サンプルあたり約400円
● WEB納品でお届けします
概要鋳型DNAとプライマーをあらかじめ混合いただいたサンプルを8連チューブもしくは96ウェルプレートでご提供いただき、
そのまま塩基配列解析を行います。解析データをウェブサイトからダウンロードしていただくことにより迅速・簡単に解析結
果をご確認いただけます。
サービス内容 8連チューブ単位もしくは96ウェルプレート単位で、
プライマー混合済み鋳型DNAから塩基配列解析を行います。納品は
ウェブサイト経由（WEB納品）
で行います。
データのダウンロード
メールで解析終了のご連絡
解
析
サンプルと依頼書を送付
依頼書に記入
お客様によるＷＥＢ会員登録
納品物波形ファイル（AB1）
配列テキストデータ（TXT）
・WEB納品いたします。CD-ROM納品の場合には別途料金を申し受けます。
・メールにて納品をお知らせします。1週間以内にWEB会員IDとパスワードでデータをダウンロードしてください。
●
●
5
受入サンプル送付先（巻末の「受託サービスの流れ」をご覧ください。）
鋳型DNAとシーケンスプライマーを以下の通り混合し、送付してください。
プラスミドDNA
鋳型量
プライマー量
約300∼600 ng
7.5 pmoles
DNA長
プライマー量
15μl/ウェル（滅菌水）
Ⅱ
全液量
200∼500 bp
10∼90 ng
7.5 pmoles
15μl/ウェル（滅菌水）
501∼1000 bp
10∼120 ng
7.5 pmoles
15μl/ウェル（滅菌水）
1001∼3000 bp
20∼150 ng
7.5 pmoles
15μl/ウェル（滅菌水）
3001 bp以上
40∼180 ng
7.5 pmoles
15μl/ウェル（滅菌水）
・PCR産物は精製後、
プライマーと混合してください。
（例）
プラスミドDNA濃度100 ng/μl、
プライマー濃度10 pmol/μlの場合
DNA 4μl
（400 ng）
＋プライマー0.75μl
（7.5 pmoles）
＋滅菌水10.25μlを1つのウェルに分注
・プライマーは標識していないものをご使用ください。Dye Terminator法にて解析いたします。
・96ウェルプレートの場合、
H11とH12のウェルを空ウェルとしてください
（ポジティブコントロール用として使用します）。
・8連チューブの場合には空ウェルは不要です。
・タカラバイオでは、
ご提供いただいたサンプルから直接シーケンス反応を行い、
DNAシーケンサーによる解析を行います。タ
カラバイオによる機器・試薬および操作に起因する解析不良以外は、
再解析は行いませんので、
あらかじめご了承ください。
・PCR産物長が、150 bp以下の短い産物では解析が困難な場合があります。特に100 bp以下の場合はサブクローニング
後のシーケンス解析をおすすめいたします。
・サンプルは乾燥・漏れ・破損がおきないようご注意いただき、
ドライアイスまたは保冷剤梱包の冷凍または冷蔵便で依頼
書とともに平日午前着便でご送付ください。
塩基配列解析受託
PCR産物
鋳型量
全液量
WEB納品に関して WEB納品はタカラバイオ独自のシステムにより、解析データをウェブサイト経由でダウンロードしていただく納品形態です。
ご利用にはWEB会員登録が必要です。なお、
セキュリティー管理されていますので安心してご利用いただけます。
WEB納品対応受託
・チューブ単位塩基配列解析
（4ページ）
・プレミックスシーケンス解析（5ページ）
・プレート単位塩基配列解析
（7ページ）
・微生物推定解析（39ページ）
●
ご依頼
1. 各受託専用依頼書の［4. 解析結果送付先 □WEB納品］
を選択してください。
（プレミックスシーケンス解析受託はすべてWEB納品となるため選択欄はありません。）
2. 依頼書のご依頼者欄にWEB会員ID（ユーザーID）
を記載してください。ご登録が済んでいない方はウェブサイトから登
録してください。
● データ取得
1. 解析終了後タカラバイオからメールでデータ取得URLをお知らせします。
2. お客様によりWEB会員ID
（ユーザーID）
とパスワードを用いてデータをダウンロードしていただきます。
※ダウンロード可能な期間はメールでのお知らせから1週間です。その期間は何度でもダウンロードが可能です。
● 注意点
1. 依頼書記載の氏名およびメールアドレスと登録WEB会員ID（ユーザーID）およびメールアドレスが異なる場合にはご利
用いただけません。必ずご本人様がご登録ください。
2. 記録メディア納品との併用はオプションとなり、記録メディア料金￥1,000を別途ご請求いたします。
3. WEB納品システムは、
以下の環境で動作確認を行っております。
また、Mac OS 9以前ではご利用になれませんのであらかじめご了承ください。
・Windows vista以降
・Mac OS 10.4以降
●
6
Ⅱ 塩基配列解析受託
3
Ⅱ
プレート単位塩基配列解析
● 多様なサンプル形態で受入可能
特
長
塩基配列解析受託
96ウェルプレート単位でのお得な大規模塩基配列解析
プラスミドDNA、PCR産物、大腸菌グリセロールストック、
ライゲーションミックス
（ライブラリー）
など
● 最新のNCBIやDDBJ
（16S rRNA）
データベースを使用したin house相同性検索が無料
● ベクター配列や両末端の低精度配列除去が無料
● 解析結果をウェブサイトからダウンロードできるWEB納品のご利用で迅速・便利
● プレート1枚から大規模解析まで承ります
概要 Applied Biosystems 3730xl DNA Analyzer
（ライフテクノロジーズジャパン社）
を使用し、迅速で高品質のシーケンス
解析受託サービスをご提供いたします。
サービス内容ユニバーサルプライマーまたはご依頼者提供のカスタムプライマーを用いて、96ウェル単位で多様なサンプル形態からの
塩基配列解析を承ります。プラスミドDNAやグリセロールストックの場合、通常1解析あたり平均600塩基以上のDNA配列
を解析できます。
また、
オプションのロングリードシーケンスを追加すると平均800塩基以上の解析が可能です。
ご依頼から納品までの流れ
受入サンプル
依頼書のご送付
ライゲーションミックス（ライブラリー）
送付量：解析数の 2 倍以上の白コロニーが得られる量
形質転換
コロニーピッキング
コロニー形成済シャーレ
送付量：解析数以上のコロニーが形成した密度の適当なもの
鋳型調製
大腸菌グリセロールストック
1 プレート内で 2 種以上の
シーケンスプライマーを使用
する解析をご希望の場合は、
プライマープレートをお送り
ください。
送付量：送付用器の半量程度の十分に繁殖した
大腸菌グリセロールストック
プラスミド DNA 溶液
シーケンス解析
送付量：濃度 50 ng/μl 水溶液、
15 μl/ ウェル以上
PCR 産物
QC
送付量：濃度 50 ng/μl 水溶液、
15 μl/ ウェル以上
（前処理を行います）
納品物
● 作業報告書
● 波形ファイル（AB1、SCF）
● 配列テキストデータ（FASTA、MULTI_FASTA、
その他オプション作業も充実！
お気軽にご相談ください。
TRIM_FASTA）
● Quality情報ファイル（解析塩基数・精度情報を
示したCSVファイル）
● 相同性検索結果（CSV（希望者））
7
納品物 ●
●
作業報告書
解析データ一式（WEB納品または、CD-ROM）
波形ファイル
（AB1、
SCF形式）
塩基配列解析テキストデータ
（FASTA、
MULTI_FASTA、
TRIM_FASTA）
Quality情報ファイル
（解析塩基数・精度情報を示したCSVファイル）
オプションデータ
Ⅱ
・納品基準詳細はウェブサイトをご参照ください。
・ WEB納品に関しては6ページをご参照ください。
受入サンプル送付先（巻末の「受託サービスの流れ」をご覧ください。）
サンプルのタイプ
送付容器
濃度
量
50 ng/μl以上
15μl/ウェル以上
15∼20%グリセロール
送付容器の半量程度
塩基配列解析受託
・解析データの名称指定も承ります。詳細はウェブサイトをご覧ください。
プラスミドDNA溶液
PCR産物溶液＊1
96ウェルプレート
（特異的増幅産物、未精製可）
大腸菌グリセロールストック＊2
＊2
ライゲーションミックス（ライブラリー）
チューブ
解析数の2倍以上のタイターが得られる量
コロニー形成済みシャーレ＊2
シャーレ
解析数以上のコロニーが形成した、密度の適当なもの
シーケンスプライマー
送付容器
濃度
量
チューブ
10 pmol/μl以上
絶対量で
1プレートあたり
1,000 pmol
96ウェルプレート
5 pmol/μl
10μl/ウェル以上
1プレート内ですべて同一のシーケンスプライマー
を使用して解析する場合
1プレート内で2種以上のシーケンスプライマー
を使用して解析する場合＊3
＊1 特異的に増幅したPCR産物の場合、PCR反応液をお送りいただければ、
前処理（PCRプライマーおよびdNTPの除去）
より作業いたします。
＊2 解析前に遺伝子組換え体の情報提供が必要です。
＊3 鋳型サンプルと対応するシーケンスプライマープレートをご用意ください。プライマー配置情報を電子ファイルでご提供お願いします。
・受入サンプル詳細はウェブサイトをご参照ください。
・ 1プレート内での鋳型サンプルおよびプライマーの配置換え作業は出来かねます。ご了承ください。
・各種ユニバーサルプライマー（詳細ウェブサイト参照）での解析の場合にはシーケンスプライマー送付の必要はございません。
ただしプライマープレートをご送付いただく場合（1プレート内で2種以上プライマー使用の場合）は、ユニバーサルプライ
マーを分注したものをご送付ください。
・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損がおきないようにご注意いただき、
ドライアイス梱包の冷凍便、もしくは保冷剤梱包
の冷蔵便で依頼書とともに平日午前着指定でご送付ください。
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