Lammps-30Oct14 インストールメモ for Mac OS X Yosemite 3Nov2014

Lammps-30Oct14 インストールメモ for Mac OS X Yosemite
3Nov2014
[追記 10dec14]　lammps-5Nov14 でも同じ手順でインストールできました。
時間のない人のヒントのためと、自分のための記録として書きました。
ここでは標準的なパッケージのみのインストールをします。
（わたしはそれで十分なので）
lib に入っている reax とかの外部パッケージは自分で調べてください。
以下の scribd に書いたメモにはこれらについても記述しています。
ただし、４月以降に追加されたパッケージについては書いてありません。
lammps は日々アップデートされているので、古い lammps にはこのやり方は使えま
せん。
新しい lammps にはいずれ使えなくなります。
古い lammps については
https://www.scribd.com/chibaf
をみてください。ただし、英語で書きました。
(0) マシンは Macbook Pro 13 inch mid 2012 を用いました。
(1) OS は OS X Yosemite を使っています
(2) 以下のツールを使う時は Unix の初歩的な知識が必要です．それらについては，
例えば，オライリーから出ている「入門 Unix for Mac OS X」を参考にして下さい．
(3) まず、OS のバージョンにあう Xcode.app を http://developer.apple.com から入手し
ます。
ダウンロードするにはアカウント＝Apple ID を作る必要があります。
(4) xcode のインストールが終わったら、ターミナルで
xcode-select –install
と
sudo xcodebuild -license
を実行します。これで GNU TOOLS などが使えるようなります。
(5) Apple の GCC は OpenMP が使えないので、以下から gcc-4.9.0 を入手します。
http://hpc.sf.net
gcc-4.9-bin.tar.gz, updated Oct 2014 (Mavericks & Yosemite)
以下のコマンドでインストールします。
sudo tar -zxvf gcc-4.9-bin.tar.gz -C /
(6) OpenMPI のインストール / 並列処理に必要です。
http://www.open-mpi.org
からダウンロードし、build する。
解凍してから当該ディレクトリーに移り、標準的な手順です：
./configure
make
make check
sudo make install (if make check said no error)
(7) FFTW / Ewald 法などの計算法に必要です
http://www.fftw.org
から入手。
解凍してから当該ディレクトリーに移り、標準的な手順です：
./configure
make
make check
sudo make install (if make check said no error)
(8) OpenBLAS のインストール
http://dedupe.readthedocs.org/en/latest/OSX-Install-Notes.html
を真似しました。
$ git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git
$ cd OpenBLAS
$ make BINARY=64 USE_OPENMP=0
$ sudo make PREFIX=/usr/local install
すると、/usr/local/lib/libopenblas_sandybridgep-r0.2.12.a
ができます。
注意：ライブラリーの名称はマシンの CPU によって変わります。
以上で必要なツールとライブラリーはインストールできました。
(9) lammps-30Oct14 のインストール
http://lammps.sandia.gov/tars/?C=M;O=D
から入手できます。
解凍して、ディレクトリー src に移ります。
Make yes-all
↑ 全パッケージの追加
不要なパッケージの削除
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package gpu
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package kim
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package poems
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package reax
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package voronoi
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package user-awpmd
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package kokkos
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package user-qmmm
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package user-colvars
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make
Uninstalling package meam
no-gpu
no-kim
no-poems
no-reax
no-voronoi
no-user-awpmd
no-user-cuda
no-kokkos
no-user-qmmm
no-user-colvars
no-meam
MacBookProMid2012-2:src chibaf$ make no-user-atc
Uninstalling package user-atc
src/MAKE の Makefile.mpi を編集します。変更箇所だけ示します。
CCFLAGS =
LIB =
-g -O3 -fopenmp
-lgfortran -lgomp -lopenblas_sandybridgep-r0.2.12
LMP_INC =
-DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64
FFT_INC =
FFT_PATH =
FFT_LIB =
-DFFT_FFTW3
-lfftw3
ディレクトリー src で
make mpi
を実行します。
build が成功すれば、src に lmp_mpi ができます。
(10) lammps の実行
(A) mpirun -np N lmp_mpi < in.lammps
(B) mpirun -x OMP_NUM_THREADS=M -np N lmp_mpi -sf omp -in
in.lammps
(A)で N はプロセスの数、in.lammps は lammps の入力です。
(B)で N はプロセスの数、M は OpenMP thread の数、in.lammps は lammps の
入力です。
lammps の入力の作り方は、doc の Manual.pdf をみてください。サンプルは
http://math.digi2.jp/math/lammps/
にもありますし、Google 検索で探しても見つかります。
以下は lammps の計算をもとに作ったアニメです。
https://www.youtube.com/watch?v=-vKqBxrM2zQ
Lammps-30Oct14 on Macbook Pro 13inch mid 2012

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