SeqNovaTMCS(DNAnexus（Classic）)アライメントデータダウンロード方法

2014 年 12 月 4 日
北海道システム・サイエンス株式会社
ライフサイエンス本部解析部
次世代シーケンス解析チーム
SeqNovaTMCS(DNAnexus（Classic）)アライメントデータダウンロード方法
拝啓
師走の候、時下ますますご清祥の段、お慶び申し上げます。平素は格別のご高配を賜り、厚
く御礼申し上げます。
この度弊社次世代シーケンスデータ解析サービスの SeqNovaTMCS(DNAnexus（Classic）)サー
ビスを終了させていただく運びとなりました。
ご利用のお客様におかれましてはご迷惑をおかけして誠に申し訳ございません。
今後、ライセンス期間の延長、並びに、2015 年 3 月末日以降、データの使用、閲覧が行え
なくなります。
現在、DNAnexus をご利用中のユーザー様におかれましては、データの「EXPIRTION」をご確
認の上、使用期間内に以下のすべての手順にてデータのダウンロードを行っていただきき
ますようよろしくお願いいたします。
敬具
◎ ダウンロード方法
1. DNAnexus（Classic）へのログイン
以下の URL より DNAnexus（Classic）WEB サイトへのログインを行ってください。
《 https://classic.dnanexus.com/login 》
Fig 1. DNAnexus (Classic) ログイン画面
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2. 「Samples」リストの表示
ログイン後、Home 画面より、画面上段のタブメニューより「Samples」タブをクリックし、Samples の画面
に移動してください。
Fig 2. DNAnexus (Classic) Home 画面
3. ダウンロードするデータの選択
画面に表示された Sample リストの中から、ダウンロードされたい該当データの NAME の左側のチェ
ックボックスにチェックを入れ、画面右上にある「more actions」と記載されたプルダウンメニューから
「export mappings」を選択します。
※ 一度に複数のデータを同時に選択する事も可能です。
Fig 3-1. DNAnexus (Classic) Samples 画面該当 Data のチェック
Fig 3-2. DNAnexus (Classic) Samples 画面「export mappings」の選択
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4. ダウンロードファイル形式の選択
「export mappings」を選択すると表示される下記の画面にて、「Standard file formats」のリストの中か
ら、ダウンロードする際のファイル形式を選択します。
※3rd Party 製の解析プログラムをご利用いただく場合は、「SAM file, gzipped」または「BAM file」が一
般的です。
「SAM file, gzipped」は、gz 圧縮済みのタブ区切りテキストファイルで、ダウンロード後、解凍していた
だくことでテキストビューア等による閲覧が可能です。
「BAM file」は、上記「SAM file」のバイナリ圧縮型データで、閲覧には専用のプログラムが必要とな
ります。
各種解析プログラムにより、インポート可能なデータ形式が異なりますので、特に指定が無い場合
は、上記 2 つの形式にてダウンロードされておくことをお勧めいたします。
※ダウンロードファイル形式は、一度のダウンロード操作で一形式しか選択することができません。
ファイル形式を変更される際は、恐れ入りますが「3. ダウンロードするデータの選択」からの操作を
繰り返し行ってください。
Fig 4-1. ファイル形式の選択画面
画面中の「Export」をクリックすると「Exporting...」と言う表示に変わり、DNAnexus サーバー上でダウン
ロードデータの準備が開始されます。サーバー上の準備が完了し、ダウンロード可能な状態になる迄
には、しばらく時間が掛ります（～数時間程度）。
Fig 4-2. ファイル形式の選択画面 Export クリック後
※ダウンロードが可能な状態になりますと、DNAnexus からご登録いただいているメールアドレス宛て
に「Sample mappings export ready」と言うタイトルのメールが届きます。
上記操作後は、準備完了までブラウザを閉じていただいて問題ございません。
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5. データのダウンロード
DNAnexus サーバー上でのデータ準備が整いますと、DNAnexus よりメールが届きます。メール内に
記載されている URL をクリックしていただくと、ダウンロード可能なデータのリストが表示されますの
で、「Download」ボタンをクリックして、保存先を指定の上、ファイルを保存してください。
Fig 5. データのダウンロード、及び、保存先の指定
※なお、上記工程 3 にて、「more actions」のプルダウンメニューの中で、「export unmapped reads」を
選択していただくと、参照ゲノムにマップされなかったリードのダウンロードも可能です。
必要に応じて、合わせてダウンロードしていただく事をお勧めいたします。
以上
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