Generazione di una serie di conformazioni di una - e

Generazione di una serie di
conformazioni di una molecola
Mediante marvin scketch disegnamo la nevirapina
E la salviamo con il formato smiles.
SMILES è l'acronimo di Simplified Molecular Input
Line Entry Specification, un metodo per descrivere
la struttura di un molecola usando una breve
stringa ASCII.
SMILES è l'acronimo di Simplified Molecular Input
Line Entry Specification, un metodo per descrivere
la struttura di un molecola usando una breve
stringa ASCII.
Come si puo' vedere la nevirapina risulta essere
scritta in una riga di testo
Quindi con il programma balloon eseguiamo una
analisi conformazionale utilizzando il file
nevirapina.smi che viene direttamente convertito in
3D e sul quale sono eseguiti dei calcoli
Il file risultante nev.sdf lo leggiamo in Chimera e ..
Possimo notare che il programma riesce a
generare una sola conformazione in quanto la
nevirapina e' una molecola abbastanza rigida.
Facciamo lo stesso procedimento con l'efavirenz
E otteniamo che anche l'efavirenz e'
conformazionalmente rigido
Ripetiamo l'operazione con la delarvidina
Facciamo l'analisi conformazionale con balloon
E adesso il numero delle conformazioni prodotte e'
almeno di 20 (il numero indicato nel calcolo).
La delarvidina e' una molecola flessibile!
Visualizzando tutte le strutture si puo' vedere che
sono casualmente sovrapposte.
In particolare per le due molecole a conformazione
singola, nev e efv.
Con il programma shaep si puo' tentare di allineare
o sovrapporre l'efavirenz alla nevirapina.
E si ottiene un allineamentoche ci permette di
confrontare le parti simili delle due molecole.
Analogamente si puo' fare l'allineamento delle
conformazioni della delarvidina sulla nevirapina
ed ..
Il programma seleziona la conformazione che
“meglio” si adatta sulla nevirapina.
A vista, l'allineamento sembra ragionevole, ma
abbiamo fatto un'applicazione Ligand-Based
Se invece andiamo a prendere con Chimera i
complessi delle tre molecole fin qui considerate
(nev = 1vrt; efv = 1fk9; del = 1klm) e
sovrapponiamo le strutture co-cristallizzate con
matchmaker
Ci accorgiamo che l'allineamento structure-based
e' alquanto differente da quello ligand-based
Come si puo' ben vedere.

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