cv - Istituto Lazzaro Spallanzani

Curriculum Vitae
Roma, 17 Febbraio 2014
Informazioni personali
Nome/ Cognome
Nazionalità
Data di nascita
Indirizzo lavorativo
Barbara Bartolini
Italiana
16/01/1971
UOC Laboratorio di Virologia, Istituto Nazionale per le Malattie
Infettive “L. Spallanzani” (INMI), via Portuense 292, 00149
Roma, Italia
Telefono +39 0655170668
Fax +39 065594555
E-mail [email protected]
Esperienza lavorativa
Data Marzo 2011 – ad oggi
Tipo di impiego Contrattista presso il Laboratorio di Virologia
Principali mansioni e responsabilità Attività di laboratorio nell’ambito del Progetto n.1-Ricerca
Corrente anno 2012 (Linea di Ricerca n.1) e del progetto
europeo n° 262042 dal titolo: “European Research Infrastructure
on Highly Pathogenic Agents (ERINHA)”, e di progetti
dell’Istituto di Ricerca Finalizzata
Nome e indirizzo del datore di Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “L. Spallanzani”
lavoro (INMI)
Tipo di azienda o settore Sanità Pubblica
Data Marzo 2006 - Agosto 2007
Tipo di impiego Assegno di collaborazione ad attività di ricerca “
Principali mansioni e responsabilità Sintesi di nuovi derivati delle rifamicine, con responsabilità di
gestione del gruppo di laboratorio
Nome e indirizzo del datore di Istituto di Cristallografia
lavoro
Tipo di azienda o settore CNR - Roma
Data Dicembre 2004 – Febbraio 2006
Tipo di impiego Contrattista presso il Laboratorio di Virologia
Principali mansioni e responsabilità Attività di laboratorio nell’ambito dei progetti: Ricerca Corrente
2004 – Linea di ricerca n.2; Ricerca Finalizzata RF 03.118;
Ricerca Finalizzata RF 02.139
Nome e indirizzo del datore di Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “L. Spallanzani”
lavoro (INMI)
Tipo di azienda o settore Sanità Pubblica
Data Novembre 2004 – Novembre 2000
Tipo di impiego Contratto a tempo determinato come ricercatore
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Barbara Bartolini
Principali mansioni e responsabilità Progettazione e sintesi di peptidi e pseudo peptidi come inibitori
di metalloproteinasi (progetto MIUR).
Nome e indirizzo del datore di Polifarma S.p.A.
lavoro
Tipo di azienda o settore Industria farmaceutica
Data Marzo 2000 – Maggio 2000
Tipo di impiego Contrattista Max Planck Institut für molekulare Physiologie
Principali mansioni e responsabilità Analisi del meccanismo di retrotrascrizione di HIV-1 mediante
tecniche di marcatura isotopica
Nome e indirizzo del datore di Max Planck Institut für molekulare Physiologie, Dortmund
lavoro (Germania):
Tipo di azienda o settore Istituto di Ricerca
Data Giugno 1999 – Maggio 2000
Tipo di impiego Vincitrice della pubblica selezione per l’assegnazione di borsa di
studio
Principali mansioni e responsabilità sintesi e caratterizzazione di glicosamminoglicani sovrasolfatati
come agenti antivirali; sintesi e purificazione di oligonucleotidi
per studi sul meccanismo di retrotrascrizione dell’HIV-1.
Nome e indirizzo del datore di Istituto di Cristallografia
lavoro
Tipo di azienda o settore CNR - Roma
Istruzione
Data 2012
Qualifica conseguita Specializzazione in Microbiologia e Virologia, Area Medica
(Indirizzo Tecnico)
Principali materie / abilità Tesi sperimentale ("Caratterizzazione molecolare del virus
professionali oggetto dello studio pandemico
influenzale
A(H1N1)pdm09
mediante
sequenziamento di ultima generazione”") svolta presso il
laboratorio di Virologia della Dott.ssa M.R. Capobianchi (INMI
L. Spallanzani, Roma).
Nome e tipo di istituto di istruzione o
Campus Biomedico di Roma
formazione
Data 2008
Qualifica conseguita Iscrizione albo professionale dei Chimici
Nome e tipo di istituto di istruzione o
Università degli Studi “Sapienza”, Roma
formazione
Data Luglio 1998
Qualifica conseguita Laurea in Chimica
Principali materie / abilità Tesi sperimentale
professionali oggetto dello studio
Nome e tipo di istituto di istruzione o
Università degli studi di Roma “La Sapienza”
formazione
Formazione
Data 2008-2014
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Barbara Bartolini
Eventi formativi accreditati e non Partecipazione ad 46 eventi formativi
Attività di insegnamento
Data 13-16 Dicembre 2010
Corso “Sequenziamento genico ed applicazioni bioinformatiche per
lo studio dell’evoluzione molecolare e della filogenesi dei
microrganismi”
N. crediti acquisiti 2
Luogo Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “L. Spallanzani”
(INMI)
Data 28 maggio 2010
Corso “Tavola
rotonda
sulle
nuove
frontiere
della
genomica:applicazioni in campo virologico”
Luogo Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “L. Spallanzani”
(INMI)
Data 14 marzo 2008
Corso Master Universitario I Livello “Sorveglianza e controllo
delle malattie trasmissibili”
Luogo Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “L. Spallanzani”
(INMI)
Brevetti
Data Luglio 2007
Argomento “Nuovi farmaci ad attivita’ anticolestatica” Depositato il
17/07/2007 con n° MI2007A001435. European patent N°
08775173.1-2101
Nome Istituto Segix Italia s.r.l.- Roma
Data Settembre 2005
Argomento Substantially pure solid form of the enol tautomer of 3indolpyruvic acid for use in the treatment of central nervous
system disturbances”. United States Patent Application
20050208125. September 22, 2005. Patent as inventor.
Nome Istituto Polifarma S.p.A. - Roma
Pubblicazioni
su
riviste
internazionali con impact factor
• Biagini T, Bartolini B, Giombini E, Capobianchi MR, Ferrè F,
Chillemi G, Desideri A. Performances of Bioinformatics
Pipelines for the Identification of Pathogens in Clinical
Samples with the De Novo Assembly Approaches: Focus on
2009 Pandemic Influenza A (H1N1). The Open
Bioinformatics Journal, 2014, 8, 1-5 1
• Rozera G, Abbate I, Vlassi C, Giombini E, Lionetti R, Selleri
M, Zaccaro P, Bartolini B, Corpolongo A, D'Offizi G,
Baiocchini A, Del Nonno F, Ippolito G, Capobianchi MR.
Quasispecies tropism and compartmentalization in gut and
peripheral blood during early and chronic phases of HIV-1
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infection: possible correlation with immune activation
markers. Clin Microbiol Infect. 2013 Aug 24. doi:
10.1111/1469-0691.12367 IF 4.578
• Bartolini B, Giombini E, Zaccaro P, Selleri M, Rozera G,
Abbate I, Comandini UV, Ippolito G,Solmone M, Capobianchi
MR. Extent of HCV NS3 protease variability and resistanceassociated mutations assessed by next generation sequencing
in HCV monoinfected and HIV/HCV coinfected patients.
Virus Res 2013 Aug 13. doi:pii:S0168-1702(13)00264-5.
10.1016/j.virusres.2013.08.001 IF 2.745
• Rozera G, Abbate I, Ciccozzi M, Lo Presti A, Bruselles A,
Vlassi C, D’Offizi G, Narciso P, Giombini E, Bartolini B,
Ippolito G, Capobianchi MR. Ultra-deep sequencing reveals
hidden HIV-1 minority lineages and shifts of viral population
between the main cellular reservoirs of the infection after
therapy interruption. J Med Virol 2012; 84:839-44 IF 2.373
• Selleri M, Piralla A, Rozera G, Giombini E, Bartolini B,
Abbate I, Campanini G, Rovida F, Dossena L, Capobianchi
MR, Baldanti F. Detection of haemagglutinin D222
polymorphisms in influenza A(H1N1)pdm09-infected patients
by ultra-deep pyrosequencing. Clin Microbiol Infect 2012 Jul
6 IF 4. 578
• Bartolini B, Chillemi G, Abbate I, Bruselles A, Rozera G,
Castrignanò T, Paoletti D, Picardi E, Desideri A, Pesole G,
Capobianchi MR. Assembly and characterization of pandemic
influenza A H1N1 genome in nasopharyngeal swabs using
high-throughput pyrosequencing. New Microbiol 2011,
34:391-7 IF 1,000
• Alteri C, Santoro MM, Abbate I, Rozera G, Bruselles A,
Bartolini B, Gori C, Forbici F, Orchi N, Tozzi V, Palamara G,
Antinori A, Narciso P, Girardi E, Svicher V, CeccheriniSilberstein F, Capobianchi MR, Perno CF. 'Sentinel' mutations
in standard population sequencing can predict the presence of
HIV-1reverse transcriptase major mutations detectable only by
ultra-deep pyrosequencing. J Antimicrob Chemother 2011,
66:2615-23 I.F. 5,068
• Abbate I, Vlassi C, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B,
Giombini E, CorpolongoA, D'Offizi G, Narciso P, Desideri A,
Ippolito G, Capobianchi MR. Detection of quasispecies
variants predicted to use CXCR4 by ultra-deep pyrosequencing
during early HIV infection. AIDS 2011, 25:611-7 IF 6,245
• Abbate I, Rozera G, Tommasi C, Bruselles A, Bartolini B,
Chillemi G, Nicastri E, Narciso P, Ippolito G, Capobianchi
MR.Analysis of co-receptor usage of circulating viral and
proviral
hiv
genome
quasispecies
by
ultra-deep
pyrosequencing in patients candidate to CCR5 antagonist
treatment. Clin Microbiol Infect 2011, 17:725-31 IF 4,540
• Rozera G, Abbate I, Bruselles A, Bartolini B, D’Offizi G,
Nicastri E, Tommasi C, Capobianchi MR. Different ability to
detect and quantify hiv-1 proviral dna by commonly used realtime pcr. J Virol Methods 2010, 164:135-138 IF 2,139
• Bruselles A, Rozera G, Bartolini B, Prosperi M, Del Nonno F,
Narciso P, Capobianchi MR, Abbate I. Use of massive parallel
pyrosequencing for near full-length characterization of a
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Barbara Bartolini
unique HIV Type 1 BF recombinant associated with a fatal
primary infection. AIDS Res Hum Retroviruses
2009,25:937- 42 IF 2,178
• Bartolini B, Garbuglia AR, Horejsh D, Martini F, Carletti F,
Abbate I, and Capobianchi MR. “Simultaneous Control of
RNA and DNA processing efficiency using a nucleic acid
calibration set”. BioTechniques 42:452-456.April 2007. IF
2,759
• Curatella B, Bartolini B, Di Caro A, Cavallaro RA, Liverani
L, Mascellani G, Benedetto A, Castelletti C, Capobianchi MR
and Cellai L “'Sepharose-bound, highly sulfated
glycosaminoglycans can capture HIV-1 from culture medium”.
Carbohydr Res. 2005 Mar 21;340(4):759-64
• Bartolini B, Corniello C, Sella A, Somma F, Politi V “The
enol tautomer of indole-3-pyruvic acid as a biological switch
in stress responses.” Adv Exp Med Biol. 2003; 527: 601-8.
• Bartolini B, Di Caro A, Cavallaro RA, Liverani L, Mascellani
G, La Rosa G, Muscillo M, Benedetto A and Cellai L
"Susceptibility of the replication of HIV-1 laboratory strains
and clinical isolates from AIDS patients to highly sulphated
glycosaminoglycans". Antiviral Research 2002 vol58/2:139147. IF 2,911
• Bartolini B, Di Caro A, Marini M, Roda LG “Soluble
proteolytic enzyme relase by naive and HIV-infected cultured
T cells”. International Immunopharmacology, 2003 vol3,
issue 5: 615-626.
• Di Caro A, Perola E, Bartolini B, Marzano M, Liverani L,
Mascellani G, Benedetto A and Cellai L "Fractions of
chemically oversulphated galactosaminoglycans sulphate
inhibit HIV-1, HSV-1 and HCMV, three enveloped viruses".
Antiviral Chemistry & Chemotherapy, 1999-10 (1): 36-40.
IF 1,843
Altre pubblicazioni
• 43 presentazioni accettate come presentazioni orali o poster a
congressi internazionali e nazionali, alcune congressi
pubblicate su riviste internazionali e nazionali
Capacità e competenze personali
Madrelingua Italiano
Altre lingue Inglese (Livello europeo: B)
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Capacità e competenze tecniche
•Sequenziamento genomico mediante GS FLX (Roche).
Allestimento di metodiche per la caratterizzazione di genomica
mediante approccio amplicon e shot-gun. In particolare,
frammentazione di acidi nucleici, allestimento di amplificazioni
sequenza indipendente, quantizzazione mediante elettroforesi su
micro-chip, disegno ed uso di MID (multi-identifiers), studi di
metagenomica
•Amplificazione genica mediante polymerase chain reaction
(PCR) con metodi end-point e metodi Real-time (tecniche
Syber, TaqMan, Fret) su piattaforma LigthCycler e ABI7900
•Disegno di primers e probes (Taqman e FRET) ed allestimento
di PCR multiplex
•Clonaggio molecolare di geni eucariotici e virali in cellule
batteriche
•Allestimento di standard molecolari quali-quantitativi da usare
nelle reazioni di PCR
•Sequenziamento nucleotidico, metodo Sanger con terminatori
di catena fluorescenti ed utilizzo di sequenziatori automatici
multicapillare (ABI 3100)
•Colture cellular, espansione e titolazione di stock virali
•Separazione di linfo-monociti periferici (PBMC) mediante
stratificazione su FICOLL
•Utilizzo dei laboratori ad elevato biocontenimento e modalità
operative relative ai laboratori di livello 3 e 4
•Estrazione e purificazione di acidi nucleici, prodotti di PCR e
plasmidi
•Elettroforesi e quantizzazione di acidi nucleici
•Sintesi organica
•Sintesi automatica di oligonucleotidi
•Tecniche cromatografiche: HPLC, TLC, flash chromatography
•Tecniche spettroscopiche: NMR, IR, UV
•Gel elettroforesi
•Marcatura mediante isotopi radioattivi (32P)
•Tecniche di clonaggio
Capacità e competenze informatiche
Utilizzo di pacchetti bioinformatici per la correzione ed analisi
di sequenze geniche (ABI SeqA, ABI Sequence Scanner e
Chromas), per la sottomissione di sequenze in Genbank e per la
ricerca in database di determinate queries, per la
sottotipizzazione di HIV (Blast, Sequin, REGA, ecc.).
Conoscenza ed utilizzo di pacchetti bioinformatici per
l’allineamento multiplo di sequenze nucleotidiche ed
aminoacidiche, per la conversione dei formati FASTA, NEXUS,
MEGA, ecc. (Clustal, BioEdit, DAMBE), per il calcolo dei
parametri di eterogeneità genetica. Utilizzo dei più diffusi
applicativi in ambiente Windows
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