handleiding (januari 2014)

Publicatielijsten: PubMed en EndNote Inhoud 1 Inleiding .......................................................................................................................................................... 4 2 Het afdelingsprofiel in PubMed ....................................................................................................................... 4 2.1 Wat is een afdelingsprofiel? .............................................................................................................................. 4 2.2 Hoe ziet een standaard afdelingsprofiel eruit? .................................................................................................. 4 3 Ga naar het bestaande afdelingsprofiel in PubMed .......................................................................................... 5 4 Selecteer en kopieer het hele afdelingsprofiel ................................................................................................. 5 5 Plak het afdelingsprofiel in Word ..................................................................................................................... 5 6 Jaartallen aanpassen in profiel (alleen bij eerste kwartaal!) ............................................................................. 6 7 Zet de toe te voegen auteursnamen in PubMed formaat ................................................................................. 6 7.1 Auteur met één initiaal ...................................................................................................................................... 6 7.2 Auteur met dubbele achternaam ...................................................................................................................... 7 7.3 Auteur met zgn. dubbelganger .......................................................................................................................... 7 7.4 Auteur verwijderen ............................................................................................................................................ 7 8 Plak de toe te voegen auteursnamen in het afdelingsprofiel ............................................................................ 8 9 Zoeken in PubMed met het aangepaste afdelingsprofiel .................................................................................. 8 10 Opslaan in MyNCBI .......................................................................................................................................... 9 11 Test het aangepaste afdelingsprofiel (optioneel) ........................................................................................... 10 12 Download de afdelingspublicaties uit PubMed .............................................................................................. 11 13 Voorbereiding voor EndNote (alleen bij eerste kwartaal!) .............................................................................. 12 13.1 Installatie en instellen EndNote ....................................................................................................................... 12 13.2 Haal aan het begin van elk jaar het voorgevormde EndNote bestand op ....................................................... 12 13.3 Controleer de instellingen voor ontdubbelen................................................................................................... 12 14 Importeer in EndNote .................................................................................................................................... 13 15 Bekijk de publicaties in EndNote .................................................................................................................... 13 16 Maak een backup van uw EndNote library ..................................................................................................... 14 17 Lijst met afdelingspublicaties in Word ........................................................................................................... 15 17.1 Overzicht per auteur (optioneel) ...................................................................................................................... 15 18 Publicaties indelen op auteur (optioneel) ...................................................................................................... 16 19 Voeg publicaties, die niet in PubMed staan, handmatig toe ........................................................................... 17 20 Filter de niet‐afdelingspublicaties uit de kwartaal mappen ............................................................................ 17 Januari 2014 Medische Bibliotheek 2 21 Aanleveren publicatielijst bij Metis beheerder ............................................................................................... 18 22 Tot slot.......................................................................................................................................................... 18 Januari 2014 Medische Bibliotheek 3 1
Inleiding Elk jaar moeten alle afdelingspublicaties weer ingevoerd worden in Metis. In deze handleiding wordt stap voor stap uitgelegd hoe u alle publicaties kunt vinden en deze door kunt sturen aan de Metis beheerder. Het eerste deel van de handleiding behandelt het zoeken en vinden van de afdelingspublicaties van het lopende jaar in PubMed. In het tweede deel begeleidt de handleiding u in het invoeren van deze publicaties in EndNote (vanaf stap 13). U maakt tijdens het invoeren en doorsturen van de publicatielijst dus gebruik van twee hulpprogramma’s:

PubMed: is een medische literatuur databank, met uw afdelingsprofiel vindt u het grootste deel van de publicaties EndNote: referentiesoftware om de gevonden publicaties in te verzamelen en daarna een publicatielijst maken ten behoeve van Metis. Om ervoor te zorgen dat u (en de Metis beheerder) aan het eind van het jaar geen grote hoeveelheden publicaties moet verwerken, dient u elk kwartaal een lijst met alle tot dan toe gepubliceerde artikelen naar de Metis beheerder te sturen. Deze handleiding kunt u er dus elk kwartaal weer bijpakken. Let wel op: sommige onderdelen hoeven alleen het eerste kwartaal uitgevoerd te worden. Dit wordt hier duidelijk bij vermeld. Heel veel succes en mocht u vragen hebben, neem dan gerust contact met ons (medewerkers Medische Bibliotheek) op. 2
Het afdelingsprofiel in PubMed 2.1 Wat is een afdelingsprofiel? In het afdelingsprofiel staan alle namen van de onderzoekers van uw afdeling. Met behulp van dit profiel kunt u in één keer in PubMed doorzoeken naar alle artikelen van deze onderzoekers. Er is bovendien een “jaarrestrictie” ingebouwd, zodat u automatisch zoekt naar publicaties uit het huidige jaar. Omdat er regelmatig veranderingen in het medewerkersbestand zijn, is het goed om elk kwartaal het profiel weer even onder de loep te nemen en waar nodig aan te passen. Hoe dit in zijn werk gaat wordt in de volgende hoofdstukjes uitgelegd. Als u de stappen 3 tot en met 8 hebt afgerond, is uw afdelingsprofiel weer up‐to‐
date en kunt u in PubMed gaan zoeken. 2.2 Hoe ziet een standaard afdelingsprofiel eruit? Standaard werkwijze afdelingsprofiel in PubMed:

Om te beginnen moeten alle auteursnamen in het PubMed formaat staan, dit is “achternaam spatie twee initialen”, voorbeeld: “van den Bergh PJ”[au]. Als de auteur maar één initiaal heeft is het standaard “achternaam spatie één initiaal”, voorbeeld: “Bellersen L”[au]. Soms is de combinatie met ‘Full Authorsname’ mogelijk, dit is achternaam komma volledige voornaam (of roepnaam) zonder de aanhalingstekens, voorbeeld: Kleinnijenhuis, Michiel[fau]. Er zijn vaak meerdere naamsvariaties voor een auteur mogelijk, daarentegen leveren sommige gangbare namen onterechte publicaties op. Bijvoorbeeld als er een andere auteur is met dezelfde achternaam en zelfde initialen in PubMed. Een zgn. dubbelganger kan worden uitgesloten bijvoorbeeld: “Hendriks T”[au] OR “Hendriks T”[ir] NOT (Hendriks, Theo[fau] OR Hendriks, Theo[fir]) Bij zoeken op een auteursnaam zonder voorvoegsel worden ook varianten met voorvoegsel gevonden. Als de auteur geen voorvoegsel heeft, kan het helpen om de variant met voorvoegsel uit te sluiten. Bijvoorbeeld: “Ruiter DJ”[au] NOT (“de Ruiter DJ”[au] OR “de Ruiter DJ”[ir]). Bij publicaties van 2014 is het mogelijk om de affiliatie toe te voegen om naamgenoten uit een andere stad uit te sluiten. Bijvoorbeeld: (“van Goor H”[au] OR “van Goor H”[ir] AND Nijmegen[Affiliation]) Januari 2014 Medische Bibliotheek 4 Toevoegen en/of verwijderen van auteursnamen in het afdelingsprofiel in PubMed, doet u op de hieronder beschreven werkwijze. 3
Ga naar het bestaande afdelingsprofiel in PubMed Login via de URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/ of in PubMed via Sign in to NCBI, rechts bovenaan in het scherm. Wachtwoord vergeten? Neem contact op met de Medische
Bibliotheek ([email protected])
In My NCBI onder het kopje ‘PubMed Searches’ klikken op de laatst gemaakte update van het afdelingsprofiel,’. TIP: Bewaar niet alle oude afdelingsprofielen. Zorg dat u de huidige en de voorlaatste bewaard. De rest kunt u weggooien. Het afdelingsprofiel verschijnt gedeeltelijk in de PubMed zoekbalk als de zoekactie wordt uitgevoerd.
Om het hele afdelingsprofiel te zien > klik op ‘Advanced’. Onderaan de PubMed Advanced pagina staat in de ‘History’ het hele afdelingsprofiel en het aantal gevonden publicaties ‘Items found’. 4
Selecteer en kopieer het hele afdelingsprofiel
Het lukt niet afdelingsprofielen binnen PubMed aan te passen, dit moet in Word gedaan worden. Selecteer het hele vetgedrukte deel, behalve het woord ‘Search’ en kopieer met Ctrl+C. 5
Plak het afdelingsprofiel in Word Plak het gekopieerde afdelingsprofiel met Ctrl+V in een leeg Word document. Kies een groter lettertype (niet vetgedrukt) voor betere leesbaarheid. (“Bellersen L “[au] OR “Bellersen L “[ir] OR “van den Bergh PJ”[au] OR “van den Bergh PJ”[ir] OR “de Boer MJ”[au] OR “de Boer MJ”[ir] OR “Bonnes JL”[au] OR “Bonnes JL”[ir] OR “Bos JS”[au] OR “Bos JS”[ir] OR “Brouwer MA”[au] OR “Brouwer MA”[ir] OR “Camaro C “[au] OR “Camaro C “[ir] OR “ten Cate TJ”[au] OR “ten Cate TJ”[ir] OR “Chierchia GB”[au] OR “Chierchia GB”[ir] OR “Cramer GE”[au] OR “Cramer GE”[ir] OR “van Dijk AP”[au] OR “van Dijk AP”[ir] OR “Duijnhouwer AL”[au] OR “Duijnhouwer AL”[ir] OR “de Kluiver EP”[au] OR “de Kluiver EP”[ir] OR “Meindersma EP”[au] OR “Meindersma EP”[ir] Januari 2014 Medische Bibliotheek 5 OR “Panhuyzen‐Goedkoop NM”[au] OR “Panhuyzen‐Goedkoop NM”[ir] OR “Panhuyzen‐Goedkoop N”[au] OR “Panhuyzen‐Goedkoop N”[ir] OR “Pop GA”[au] OR “Pop GA”[ir] OR Pop, Gheorghe[fau] OR Pop, Gheorghe[fir] OR “Romkes JH”[au] OR “Romkes JH”[ir] OR “Smeets JL”[au] OR “Smeets JL”[ir] OR “Suryapranata H “[au] OR “Suryapranata H “[ir] OR “Timmermans J”[au] OR “Timmermans J”[ir] OR “Verheugt FW”[au] OR “Verheugt FW”[ir] OR “van der Vlugt MJ”[au] OR “van der Vlugt MJ”[ir] OR “Van der Vlugt M”[au] OR “Van der Vlugt M”[ir] OR “Wely MH”[au] OR “Wely MH”[ir] OR “Westra SW”[au] OR “Westra SW”[ir] OR “Westra S”[au] OR “Westra S”[ir] OR “Wouters CW”[au] OR “Wouters CW”[ir]) AND 2012[PDAT] NOT 2013[PDAT] NOT pubstatusaheadofprint 6
Jaartallen aanpassen in profiel (alleen bij eerste kwartaal!) Het afdelingsprofiel bevat altijd het jaar waarin gezocht moet worden (deze staat bijna op het eind). Het gaat daarbij om dit stukje: AND 2013[PDAT] NOT 2014[PDAT]. Het eerste jaartal dat genoemd wordt is het huidige jaar en het tweede jaartal is het komende jaar. Hier wordt met PubMed‐taal gezegd dat er gezocht moet worden in 2013 en niet in 2014. Dit laatste lijkt misschien vreemd, want er kunnen toch nog geen publicaties zijn die pas het komende jaar worden gepubliceerd? Soms is dit echter wel het geval en gaat het om een soort vooraankondiging. Deze artikelen worden dus al genoemd, maar zijn nog niet officieel gepubliceerd, dat gebeurt pas in het komende jaar. Deze jaartallen moeten elk jaar (aan het begin van het jaar) aangepast worden aan het huidige en komende jaar. AND 2013[PDAT] NOT 2014[PDAT] wordt dan AND 2014[PDAT] NOT 2015[PDAT]. Dit kunt u dan de rest van het jaar blijven gebruiken. 7
Zet de toe te voegen auteursnamen in PubMed formaat Bedenk welke auteursnamen ontbreken. Zet de toe te voegen auteursnamen bovenin het Word document los van het gekopieerde afdelingsprofiel. En zet ze één voor één om in PubMed formaat. Later voegt u ze pas in, in het Bij elke auteursnaam die wordt toegevoegd afdelingsprofiel. is de kans op ‘ruis’ groter. Met ‘ruis’ wordt
Auteursnaam in PubMed heeft max. 2 initialen, gebruik van meer initialen zorgt dat publicaties niet gevonden worden Zet de auteursnaam en initialen tussen aanhalingstekens Zoekvelden zijn [au] voor auteursnaam en [ir] voor investigator in het Collaboratorsveld Zoekvelden staan tussen vierkante haken, bijv. [au] Combineer met Æ spatie OR spatie “achternaam spatie 2 initialen”[au] OR “achternaam spatie 2 initialen”[ir]

Tip: Geef de nieuwe onderdelen een opvallende kleur. bedoeld, publicaties van naamgenoten die niet bij de afdeling horen. Als een onderzoeker nooit publiceert zonder vermelding van bijv. een hoogleraar bij de auteurs, is het niet nodig om deze onderzoeker op te nemen in het profiel. Dit geldt ook bij initialen. Als een auteur twee of meer initialen heeft en altijd met twee initialen in PubMed genoteerd staat, zorgt het opnemen van de auteur met één initiaal voor meer ‘ruis’ Mw. drs. Judith Bonnes wordt in PubMed Æ “Bonnes JL” [au] OR “Bonnes JL” [ir] 7.1 Auteur met één initiaal Als de auteur maar één initiaal heeft, of als hij/zij regelmatig maar met één initiaal wordt genoemd, kan de auteursnaam met één initiaal worden toegevoegd.

Vergeet de aanhalingstekens niet, anders worden alle auteurs met de eerste initiaal, bijv. F, gevolgd door FA, FB, FC, FD, etc. ook meegenomen. Extra optie: voeg de achternaam en roepnaam toe in het veld [Full Authorsname] of in [Full investigatorsname], afgekort [fau] en [fir]. Aanhalingstekens zijn dan niet nodig. Januari 2014 Medische Bibliotheek 6 Prof. dr. Freek WA Verheugt wordt in PubMed Æ ”Verheugt FW”[au] OR “Verheugt FW”[ir] OR “Verheugt F”[au] OR “Verheugt F”[ir] OR Verheugt, Freek[fau] OR Verheugt, Freek[fir] 7.2 Auteur met dubbele achternaam Auteurs met dubbele achternamen zijn geen probleem in PubMed, mits de volledige naam correct in het artikel is opgenomen. Door de aanhalingstekens om de dubbele achternaam wordt naar de correcte naam gezocht. Prof. Dr. Marcel GM Olde Rikkert wordt in PubMed Æ “Olde Rikkert MG”[au] OR “Olde Rikkert MG”[ir]
Als de auteur echter onder verschillende naamsvarianten publiceert, kunt u meerdere varianten opnemen in het profiel: Mw. Prof. Dr. Henny M van Schrojenstein Lantman‐deValk wordt in PubMed Æ “van Schrojenstein Lantman HM”[au] OR “van Schrojenstein Lantman HM”[ir] OR “van Schrojenstein Lantman‐de‐Valk HM”[au] OR “van Schrojenstein Lantman‐de‐Valk HM”[ir] OR “van Schrojenstein Lantman H”[au] OR “van Schrojenstein Lantman H”[ir] OR “van Schrojenstein Lantman‐de Valk H”[au] OR “van Schrojenstein Lantman‐de Valk H”[ir] OR Van Schrojenstein Lantman‐de Valk, Henny[fau] 7.3 Auteur met zgn. dubbelganger Sommige auteurs hebben een gangbare achternaam in combinatie met één initiaal. Dit kan onterechte publicaties opleveren van een andere auteur met dezelfde combinatie “achternaam spatie initiaal”. Dr. T. (Thijs) Hendriks wordt in PubMed Æ “Hendriks T”[au] OR “Hendriks T”[ir]Hiermee worden ook publicaties van Theo Hendriks gevonden over ‘Plant Biology’.
Deze kunt u eruit filteren met toevoeging NOT [Full Authorname] van de dubbelganger. “Hendriks T”[au] OR “Hendriks T”[ir] NOT (Hendriks, Theo[fau] OR Hendriks, Theo[fir]) NB. Let op de haakjes. En/of door toevoeging Nijmegen[Affiliation] Bijvoorbeeld: (“van Goor H”[au] OR “van Goor H”[ir] AND Nijmegen[Affiliation]) zorgt dat publicaties van Harry van goor uit Groningen worden uitgefilterd. NB. Let op de haakjes. 7.4 Auteur verwijderen Als een auteur niet langer een werkrelatie heeft kan het zijn dat u hem/haar uit het afdelingsprofiel wilt verwijderen. U kunt eenvoudig alle naamsvarianten wissen, maar let goed op dat een ‘spatie OR spatie’ blijft staan. OR “Smeets JL”[au] OR “Smeets JL”[ir] OR “Suryapranata H “[au] OR “Suryapranata H “[ir] OR “Timmermans J”[au] OR “Timmermans J”[ir] OR “Verheugt FW”[au] OR “Verheugt FW”[ir] OR “van der Vlugt MJ”[au] OR “van der Vlugt MJ”[ir] OR “Van der Vlugt M”[au] OR “Van der Vlugt M”[ir] OR “Wely MH”[au] OR “Wely MH”[ir] OR wordt dus: OR “Smeets JL”[au] OR “Smeets JL”[ir] OR “Suryapranata H “[au] OR “Suryapranata H “[ir] OR “Timmermans J”[au] OR “Timmermans J”[ir] OR “Verheugt FW”[au] OR “Verheugt FW”[ir] OR “Wely MH”[au] OR “Wely MH”[ir] OR Januari 2014 Medische Bibliotheek 7 8
Plak de toe te voegen auteursnamen in het afdelingsprofiel Blijf in Word en plak de nieuwe auteursnamen op alfabetische volgorde in het nieuwe afdelingsprofiel. De alfabetische volgorde helpt bij het terugvinden van een auteursnaam in de lange zoekstring met alle auteursnamen. Voor het zoeken in PubMed is het niet Altijd één spatie voor en één spatie na de OR, nodig om het profiel in alfabetische AND en NOT en op het laatst één keer Enter volgorde te zetten, maar wilt u later terugzoeken of een naam er al in staat . of wilt u een naam weer verwijderen, Tussen elke (variatie van een) auteursnaam dan scheelt het veel tijd als het wel in moet een OR staan. alfabetische volgorde staat. Zeker bij een Begin en eindig de zoekstring met profiel van een grote afdeling. auteursnamen met ronde haken ( ). Buiten de ronde haken valt het laatste stuk: AND 2013[PDAT] NOT 2014[PDAT] NOT pubstatusaheadofprint (“Bellersen L “[au] OR “Bellersen L “[ir] OR “van den Bergh PJ”[au] OR “van den Bergh PJ”[ir] OR “de Boer MJ”[au] OR “de Boer MJ”[ir] OR “Bonnes JL” [au] OR “Bonnes JL” [ir] OR “Bos JS”[au] OR “Bos JS”[ir] OR “Brouwer MA”[au] OR “Brouwer MA”[ir] OR “Camaro C “[au] OR “Camaro C “[ir] OR “ten Cate TJ”[au] OR “ten Cate TJ”[ir] OR “Chierchia GB”[au] OR “Chierchia GB”[ir] OR “Cramer GE”[au] OR “Cramer GE”[ir] OR “van Dijk AP”[au] OR “van Dijk AP”[ir] OR “Duijnhouwer AL”[au] OR “Duijnhouwer AL”[ir] OR “de Kluiver EP”[au] OR “de Kluiver EP”[ir] OR “Meindersma EP”[au] OR “Meindersma EP”[ir] OR “Panhuyzen‐Goedkoop NM”[au] OR “Panhuyzen‐Goedkoop NM”[ir] OR”Panhuyzen‐Goedkoop N”[au] OR “Panhuyzen‐Goedkoop N”[ir] OR “Pop GA”[au] OR “Pop GA”[ir] OR Pop, Gheorghe[fau] OR Pop, Gheorghe[fir] OR “Romkes JH”[au] OR “Romkes JH”[ir] OR “Smeets JL”[au] OR “Smeets JL”[ir] OR “Suryapranata H “[au] OR “Suryapranata H “[ir] OR “Timmermans J”[au] OR “Timmermans J”[ir] OR “Verheugt FW”[au] OR “Verheugt FW”[ir] OR “van der Vlugt MJ”[au] OR “van der Vlugt MJ”[ir] OR “Van der Vlugt M“[au] OR “Van der Vlugt M“[ir] OR “Wely MH”[au] OR “Wely MH”[ir] OR “Westra SW”[au] OR “Westra SW”[ir] OR “Westra S”[au] OR “Westra S”[ir] OR ”Wouters CW”[au] OR “Wouters CW”[ir]) AND 2013[PDAT] NOT 2014[PDAT] NOT pubstatusaheadofprint Als het afdelingsprofiel helemaal is aangepast, selecteer en kopieer dan het gehele aangepaste (geüpdate) afdelingsprofiel uit Word naar PubMed. 9
Zoeken in PubMed met het aangepaste afdelingsprofiel Ga in PubMed naar ‘Advanced’ en klik bij de ‘advanced search builder’ op edit. Plak het hele afdelingsprofiel in de zoekbalk en klik op ‘Add to history’. Hierna staat het afdelingsprofiel in History en kunt u klikken op het aantal onder ‘items found’ (zie afbeelding volgende pagina). Januari 2014 Medische Bibliotheek 8 Als u op items found hebt geklikt, dan komt u in het resultatenscherm van PubMed en staat het afdelingsprofiel automatisch in de zoekbalk. Kies Save search om de Search op te slaan in uw MyNCBI. 10 Opslaan in MyNCBI In MyNCBI moet u de naam van het afdelingsprofiel aanpassen. Verwijder achter ‘Name of Search’ het stukje zoekstring ( ) en typ de datum van vandaag bijv. ‘2014 update 30 maart’. 2014 update 30 maart Let op: de updatenaam moet als “JAAR update dag maand” worden ingevuld. Zodoende staan ze altijd in de juiste volgorde (van nieuw naar oud). Aan de opgeslagen profielen wordt niet automatisch een datum toegekend. Als u meerdere versies heeft opgeslagen is het daarom niet te achterhalen wat de meest recente versie is, tenzij u zelf een datum aan de naam toevoegt. Klik op ‘Save’ (en bij het volgende scherm weer op Save). U komt dan automatisch terug in PubMed. Ga meteen weer terug vanuit PubMed naar My NCBI. Rechtsboven in het scherm ziet u, links van ‘My NCBI’, de naam van uw NCBI‐profiel staan (in dit voorbeeld cardiologyumcn). Als u hierop klikt komt u bij uw opgeslagen profielen, waaronder de zojuist aangepaste update. Januari 2014 Medische Bibliotheek 9 11 Test het aangepaste afdelingsprofiel (optioneel) In dit hoofdstuk wordt uitgelegd hoe u uw oude afdelingsprofiel kunt vergelijken met uw nieuwe aangepaste profiel. Zo kunt u eventuele fouten in uw nieuwe profiel op het spoor komen.

Zoek eerst met uw oude profiel: Zoek in MyNCBI naar uw een na laatste profiel (bijv. 2013 update 30 december) en dubbelklik hierop. Zo zoekt PubMed er automatisch mee. Ga dan terug naar uw MyNCBI. Zoek hierna met uw nieuwe profiel: Zoek in MyNCBI naar uw laatste aangepaste profiel (bijv. 2014 update 30 maart) en dubbelklik hierop. Zo zoekt PubMed er automatisch mee. Klik nu op ‘Advanced’, direct onder de zoekbalk, en kijk onder ‘History’ naar de kolom ‘Items found’ Hier zijn de resultaten van beide zoekacties zichtbaar. De onderste is de zoekactie met het oude profiel en de bovenste is de zoekactie met het nieuwe profiel. Met een NOT‐combinatie ziet u hoeveel publicaties nieuw gevonden zijn. Dit gaat als volgt: In het onderstaande voorbeeld is zoekactie #3 het nieuwste profiel en zoekactie #1 het oude profiel. Typ in de search builder (zie voorbeeld hieronder): #3 NOT #1. Je vraagt nu aan PubMed om te laten zien welke artikelen wel uit zoekactie #3 komen (het nieuwe profiel) en niet uit zoekactie #1 (het oude profiel. Kies ‘Add to History’ In het voorbeeld hieronder zijn er 9 publicaties bijgekomen. Klik op het getal bij ‘Items Found’ (in het voorbeeld 9) Bekijk de nieuwe publicaties kritisch: (On)terechte publicaties? Is alles nu gevonden? Januari 2014 Medische Bibliotheek 10 12 Download de afdelingspublicaties uit PubMed In dit hoofdstuk laten we zien hoe, als alle afdelingspublicaties in PubMed gevonden zijn, u een bestand maakt waarmee u uw afdelingspublicaties in EndNote kunt importeren.

Ga via MyNCBI weer naar het laatst aangepaste afdelingsprofiel (bijv. 2014 update 30 maart) en dubbelklik hierop, waardoor automatisch in PubMed wordt gezocht. Maak een txt‐bestand van de gevonden publicaties. Klik op ‘Send to ’ in PubMed. Kies dan voor ‘File’ en ‘MEDLINE’ format.

Klik op
en kies voor Gebruik de standaard filenaam pubmed_results.txt en zet deze op het bureaublad van uw PC.
Klik op Opslaan. Het onderstaande venster opent zich dan. Sluit dit venster: Januari 2014 Medische Bibliotheek 11 13 Voorbereiding voor EndNote (alleen bij eerste kwartaal!) NB In de onderstaande stappen wordt uitgelegd hoe u EndNote kunt installeren en welke instellingen het komende jaar nodig zijn. Deze instellingen blijven de rest van het jaar hetzelfde. Zolang u dus zelf niets wijzigt, hoeft u de stappen uit dit hoofdstuk alleen in het begin van een nieuw jaar uit te voeren. Bent u nu bezig met het 2e, 3e of 4e kwartaal dan kunt u direct doorgaan naar hoofdstuk 14. 13.1 Installatie en instellen EndNote Als u al EndNote op uw PC heeft, sla deze stap dan over en ga verder naar 13.2
Vraag de ICT ServiceDesk (15071) om de nieuwste versie van EndNote te installeren op uw PC. 13.2 Haal aan het begin van elk jaar het voorgevormde EndNote bestand op In de bestanden op de W‐schijf zijn o.a. mapjes voor de kwartalen en niet‐
afdelingspublicaties klaar gezet zodat u deze bewerkingen niet zelf hoeft te doen.

13.3

Ga naar: W:\MWPCLNT\Endnote\Afdelingspublicaties. Dubbelklik op het bestand met de naam 2014PublicatiesAfdelingen.enl NB Kies hier aan het begin van het jaar het bestand met het jaartal dat overeenkomt met het huidige jaar. U krijgt nu onderstaande melding. Kies OK en de library wordt in EndNote geopend. Kies in EndNote voor File > Save a Copy > geef de kopie een naam van de eigen afdeling (bijv. 2014Cardiologie) en blader naar een plek waar het bestand makkelijk is terug te vinden en waar u schrijfrechten heeft. NB Sla de kopie NIET op de W‐schijf op. Kies voor ‘opslaan’. Sluit nu alle openstaande EndNote‐bestanden af. Open daarna uw eigen opgeslagen library (NB Dus niet die van de W‐schijf, maar de kopie die u zelf heeft opgeslagen). Tijdens het opslaan van de eigen Kijk even of in de linkerkolom de kwartaal‐mappen aanwezig EndNote Library zijn een bestand zijn. en een map gemaakt. Deze horen bij elkaar en vormen Controleer de instellingen voor ontdubbelen samen een Library. Ga via de menubalk naar Edit> Preferences. Kies bij EndNote Preferences de optie ‘Duplicates’. Controleer of bij Duplicates aangevinkt is: Author, Year, Title, Reference Type. Pas dit zonodig aan en kies ‘OK’. Januari 2014 Medische Bibliotheek 12
14 Importeer in EndNote

Start EndNote via het Windows startmenu als deze nog niet is geopend Open met Ctrl+O de library die voor de afdelingspublicaties is gemaakt. Kies File > Import > File Kies bij Import File voor pubmed_results.txt op het bureaublad Kies bij Import Option het Importfilter van PubMed (NLM). Als deze optie niet in het lijstje staat kies dan voor ‘Other Filters’, (Let op: niet kiezen voor Connection File) selecteer ‘PubMed (NLM)’ en kies ‘Choose’ Kies bij Duplicates: Discard Duplicates Klik op Import Het bestand pubmed_results.txt op het bureaublad kunt u nu weggooien 15 Bekijk de publicaties in EndNote

Aan de linkerkant ziet u hoeveel publicaties zijn geïmporteerd (Imported References) en hoeveel publicaties er in totaal in de library staan (All References). De Imported References blijven alleen zichtbaar zolang u EndNote niet afsluit. Als u EndNote heeft afgesloten en op een later moment weer opent, is het tabje Importend References verdwenen. De referenties zelf staan natuurlijk nog wel steeds onder All References. Publicaties worden ook ingedeeld in een kwartaal op basis van de datum waarop u publicaties importeert. T/m 7 dagen na afloop van het kwartaal kunt u publicaties nog importeren. Daarna komen ze in het volgende kwartaal. Dit is gekoppeld aan de deadlines voor het opsturen van publicatielijsten naar de Metis beheerder, Niki Linders‐Sherriff. Zie hoofdstuk 21.. Onder All References staan altijd alle referenties die u in EndNote importeert. Het maakt niet uit in hoeveel mapjes u alles verdeeld, onder All References vindt u altijd al uw referenties weer terug. Januari 2014 Medische Bibliotheek 13

De meeste referenties staan dus twee keer in uw EndNote bestand (zowel onder All References als in een kwartaalmap). Aan de rechterkant ziet u een overzichtslijst van publicaties. Dubbelklik opent een record, sluit met Ctrl+W om weer in het overzicht te komen.
16 Maak een backup van uw EndNote library Nadat u nieuwe referenties heeft ingevoerd moet u altijd een backup maken. Dit gaat als volgt:

Open de library als deze nog niet open staat. Ga naar ‘File> Compressed Library (.enlx)’ Kies ‘Next’ Voeg het woord ‘backup’ aan de bestandsnaam toe en sla deze op waar u het makkelijk terug kunt vinden. Een oudere backup kan worden overschreven, zo is er altijd één backup van de nieuwste versie. Er is nu een .enlx bestand gemaakt die zowel ‘.enl‘ bestand als ‘.Data’ map bevat. Als u op dit bestand dubbel klikt dan wordt de Library geopend. NB Dit .enlx bestand kan ook erg goed gebruikt worden om uw EndNote bestand te mailen. Nu heeft u direct het .enl bestand én de .Data map te pakken. Januari 2014 Medische Bibliotheek 14 17 Lijst met afdelingspublicaties in Word Voor medewerkers van uw afdeling maakt u een overzicht met alle afdelingspublicaties in een Worddocument. Stuur dit op tijd naar alle medewerkers die geacht worden te publiceren. Houd er rekening mee dat de feedback die u krijgt ‐ pas na controle op juistheid ‐ verwerkt kan worden in EndNote Het maken van een overzicht van de afdelingspublicaties per kwartaal in Word, gaat als volgt:

Kies het betreffende kwartaal aan de linkerkant Kies in het dropdown menu bovenin voor ‘Alle auteurs’ (Als deze optie niet in het lijstje staat kies dan voor ‘Select another Style…’, selecteer ‘Alle auteurs’ en kies ‘Choose’) Klik één van de publicaties aan en selecteer alles met Ctrl+A Klik met de rechtermuisknop op de publicatielijst en kies ‘Copy Formatted’ Open een nieuw Word document en plak de publicatielijst met Ctrl+V De lijst in Word kan worden bewerkt, geprint of gemaild naar anderen op uw afdeling. De onderzoekers op uw afdeling kunnen dan aangeven of publicaties (on)terecht gevonden zijn. 17.1 Overzicht per auteur (optioneel)

Kies het betreffende kwartaal aan de linkerkant Ga onderin het scherm naar het tabje ‘Search’
Verander op de bovenste regel ‘Any Field’ in ‘Author’ en ‘Contains’ in ‘Is’ Januari 2014 Medische Bibliotheek 15

Voer de achternaam van de auteur in en kies Kies nu linksboven voor ‘Search Results’
Kies in het dropdown menu bovenin voor ‘Alle auteurs’ N.B. Kies zo nodig eerst voor “Select Another Style…”

Klik één van de publicaties aan en selecteer alles met Ctrl+A Klik met de rechtermuisknop op de publicatielijst en kies ‘Copy Formatted’ Open een nieuw Word document en plak de publicatielijst met Ctrl+V De lijst in Word kan worden bewerkt, geprint of gemaild. 18 Publicaties indelen op auteur (optioneel) U kunt de publicaties indelen op auteur. Dit doet u door een smart group te maken, een soort vaste zoekactie. Bij importeren van nieuwe publicaties wordt dit vanzelf bijgewerkt. Ga met de rechtermuisknop op het kopje Afzonderlijke auteurs staan en kies voor Create Smart Group.

Geef een Smart Group Name: achternaam auteur Verander op de bovenste regel ‘Any Field’ in ‘Author’ en ‘Contains’ in ‘Is’ Type alleen de achternaam van de auteur Ga naar de volgende regel en verander AND in NOT Verander in de tweede regel ‘Any Field’in Label, laat Contains staan en vul het woord NIET in. Klik op Create Herhaal dit voor alle belangrijke auteurs NB: als u deze indeling op auteurs in EndNote heeft gedaan, hoeft u voor het maken van een overzicht per auteur in word geen search meer te doen (zie 17.1) u kunt meteen werken vanuit de indeling in auteurs. Januari 2014 Medische Bibliotheek 16 19 Voeg publicaties, die niet in PubMed staan, handmatig toe In dit hoofdstuk wordt uitgelegd hoe u handmatig publicaties in EndNote kunt toevoegen. Let wel, handmatig toevoegen is alleen nodig als een artikel niet in PubMed staat. Mocht een artikel wel in PubMed staan, maar niet gevonden worden, dan kunt u beter uw afdelingsprofiel aanpassen. Zodoende loopt u in het volgende kwartaal niet weer tegen hetzelfde probleem aan. Let op: voeg alleen publicaties Let op het volgende bij handmatig invoeren: toe als u zeker weet dat ze ten ‐ Elke auteur komt op een nieuwe regel onrechte niet in PubMed ‐ Tijdschrifttitels volledig uitschrijven, geen afkortingen gevonden zijn. Bijvoorbeeld: ‐ ‘Ahead of print’ artikelen nog niet toevoegen, deze worden pas niet ahead of print, journal niet meegenomen als ze in print zijn verschenen. in PubMed, is het bibliografisch ‐ Houd de paginanummering van PubMed aan. Bijvoorbeeld bij (on)juist? pagina 177‐190 voert u 177‐90 in, de 1 niet herhalen. Open een lege referentie met Ctrl+N Stel Reference Type in op ‘Journal Article’.

Vul de benodigde informatie in het juiste veld in. Bij Author is het ‘achternaam komma spatie voorletter punt’ elke auteur op een nieuwe regel. Vijf velden die verplicht ingevuld moeten worden: Author, Year, Title, Journal and Pages. Als alles ingevuld is: sla op met Ctrl+S en sluit af met Ctrl+W. Herhaal dit tot alle ontbrekende publicaties zijn toegevoegd. 20 Filter de niet‐afdelingspublicaties uit de kwartaal mappen Publicaties die in PubMed onterecht gevonden zijn, bijvoorbeeld van publicerende naamgenoten (zgn. dubbelgangers), labelt u als ‘niet‐afdelingspublicaties’.

Controleer of er publicaties in de lijst staan die niet van de afdeling zijn Dubbelklik op een ‘onterechte’ publicatie en controleer wat er rechtsbovenin staat. Als er
staat, doet u niets. Als er lege velden zichtbaar zijn. Vul het woord NIET in het veld Label

staat, klik dit aan. Zodat alle sla op met Ctrl+S en sluit af met Ctrl+W. De publicatie verdwijnt nu vanzelf uit de kwartaal map en verschijnt in de niet‐afdelingspublicaties map. Herhaal dit voor alle niet‐afdelingspublicaties Januari 2014 Medische Bibliotheek 17 21 Aanleveren publicatielijst bij Metis beheerder

In de library staan vier kwartalen. Publicaties worden hierin automatisch gesorteerd per kwartaal aan de hand van de datum waarop ze zijn geïmporteerd. NB. de map TOTAAL 2014 is alleen voor eigen gebruik en niet bedoeld om naar de Metis beheerder te De kwartaal mappen zijn zo sturen. ingesteld dat een publicatie die is gelabeld met NIET, vanzelf uit het kwartaal wordt gefilterd. Omdat de publicatie niet helemaal is weggegooid, wordt er nog wel op ontdubbeld en komen deze niet opnieuw mee met het binnenhalen van publicaties uit PubMed. Als de laatste updates voor het kwartaal uit PubMed zijn binnengehaald, aangevuld en gecorrigeerd, kunnen de publicaties van dat kwartaal opgestuurd worden. Binnenhalen en opsturen kan t/m 7 dagen na afloop van het kwartaal. Daarna komen publicaties ongeacht publicatiedatum vanzelf in het volgende kwartaal terecht. NB. als u later bent met invoeren neem dan contact op met de medische bibliotheek (Ask Your Librarian) Kies voor het betreffende kwartaal aan de linkerkant. Kies voor File>Export Kies een locatie om het bestand op te slaan. Bijvoorbeeld op de plek waar het EndNote bestand ook is opgeslagen. Sla op als Tekst File met de Output Style ‘Metis(RIS)export – PUBMED’. (Als deze optie niet in het lijstje staat kies dan voor ‘Select another Style…’, selecteer ‘Metis(RIS)export – PUBMED’ en kies ‘Choose’) Let op dat het vakje ‘Export Selected References’ uit staat Kies voor Opslaan Het opgeslagen .txt bestand kan worden gemaild naar de Metis beheerder, Niki Linders‐Sherriff. Gebruik gedurende het jaar bij elk nieuw kwartaal dezelfde EndNote Library Voor elk nieuw jaar gebruikt u een nieuwe EndNote Library. Deze worden klaargezet op W:\MWPCLNT\Endnote\Afdelingspublicaties 22 Tot slot Hulp nodig? Voor vragen over het aanpassen van uw afdelingsprofiel in PubMed of werken met EndNote kunt u contact opnemen met de Medische Bibliotheek, via ‘Ask Your Librarian’ of telefonisch 13840. Januari 2014 Medische Bibliotheek 18

Download Report