Core Seminar 演習および課題の作成

Core Seminar
演習およびレポート作成
6月7日
課
題
BEST-KITを用いて、提示された生化学反
応系の計算機シミュレーションを行い、そ
の反応系の動的挙動を解析し、レポート課
題を作成する。
次回の講義にて、レポート内容を発表し
ていただくため、本日中に課題を終了して
ください。
生化学反応系(1)
『拮抗阻害剤 I が酵素 E に結合し、生成物 P の生成速度
を鈍化させる』拮抗阻害反応の数値シミュレーションを行
い、動的挙動を解析せよ。
E+S
+
I
k-i
k+i
EI
k1
k-1
(ES)1
k2
k-2
(ES)2
k3
E+P
k1 = 5.0E5 M-1sec-1
k-1 = 5.0 sec-1
k2 = 1.0E3 sec-1
k-2 = 1.0E2 sec-1
k3 = 0.12 sec-1
k+i = 5.0E5 M-1sec-1
k-i = 5.0 sec-1
E0 = 1.0E-6 M
S0 = 1.0E-4 M
I0 = 1.0E-3 M
生化学反応系(2)
『拮抗阻害剤 I が酵素 E の活性中心とは異なる部位に結
合し、生成物 P の生成速度を低下させる』非拮抗阻害反
応の数値シミュレーションを行い、動的挙動を解析せよ。
E+S
+
I
k-i
k1
k-1
k+i
EI
+
S
(ES)1
k1
k-1
k2
k-2
(ES)2
+
I
k-i
k+i
EIS
k3
E+P
k1 = 5.0E5 M-1sec-1
k-1 = 5.0 sec-1
k2 = 1.0E3 sec-1
k-2 = 1.0E2 sec-1
k3 = 0.12 sec-1
k+i = 5.0E5 M-1sec-1
k-i = 5.0 sec-1
E0 = 1.0E-6 M
S0 = 1.0E-4 M
I0 = 1.0E-4 M
生化学反応系(3)
『阻害剤 I が酵素‐基質複合体 ES にのみ親和性を持ち、
不活性な複合体 EIS を形成し、生成物 P の生成速度を低
下させる』不拮抗阻害反応の数値シミュレーションを行い、
動的挙動を解析せよ。
E+S
k1
k-1
(ES)1
k2
k-2
(ES)2
+
I
k-i
k+i
EIS
k3
E+P
k1 = 5.0E5 M-1sec-1
k-1 = 5.0 sec-1
k2 = 1.0E3 sec-1
k-2 = 1.0E2 sec-1
k3 = 0.12 sec-1
k+i = 5.0E5 M-1sec-1
k-i = 5.0 sec-1
E0 = 1.0E-6 M
S0 = 1.0E-5 M
I0 = 1.0E-4 M
生化学反応系(4)
『活性化剤 A が酵素 E あるいは酵素‐基質複合体 ES と可
逆的に結合し、生成物 P の生成速度を増大させる』活性
化反応の数値シミュレーションを行い、動的挙動を解析せ
よ。
-1
-1
E+S
+
A
k-a
k+a
EA+S
k1
k-1
k1
k-1
(ES)1
+
A
k-a
k+a
EAS
k2
(ES)2
k-2
k4
k3
EA+P
E+P
k1 = 5.0E5 M sec
k-1 = 5.0 sec-1
k2 = 1.0E3 sec-1
k-2 = 1.0E2 sec-1
k3 = 0.12 sec-1
k4 = 0.36 sec-1
k+a = 5.0E5 M-1sec-1
k-a = 5.0 sec-1
E0 = 1.0E-6 M
S0 = 1.0E-4 M
A0 = 1.0E-1 M
生化学反応系(5)
『基質 S が酵素-基質複合体 ES に結合し、生成物 P の生
成速度を鈍化させる』基質阻害反応の数値シミュレーショ
ンを行い、動的挙動を解析せよ。
E+S
k1
k-1
(ES)1
k2
k-2
(ES)2
+
S
k-S
k+S
ESS
k3
E+P
k1 = 5.0E5 M-1sec-1
k-1 = 5.0 sec-1
k2 = 1.0E3 sec-1
k-2 = 1.0E2 sec-1
k3 = 0.12 sec-1
k+S = 5.0E5 M-1sec-1
k-S = 5.0 sec-1
E0 = 1.0E-6 M
S0 = 1.0E-4 M
生化学反応系(6)
『生成物 P が酵素-基質複合体 ES に結合し、生成物 P の
生成速度を鈍化させる』生成物阻害反応の数値シミュレー
ションを行い、動的挙動を解析せよ。
E+S
k1
k-1
(ES)1
+
P
k-P
k+P
ESP
k2
k-2
(ES)2
k3
E+P
k1 = 5.0E5 M-1sec-1
k-1 = 5.0 sec-1
k2 = 1.0E3 sec-1
k-2 = 1.0E2 sec-1
k3 = 0.12 sec-1
k+P = 5.0E5 M-1sec-1
k-P = 5.0 sec-1
E0 = 1.0E-6 M
S0 = 1.0E-4 M
生化学反応系(7)
『生成物 P が酵素 E に結合し、生成物 P の生成速度を鈍
化させる』生成物阻害反応の数値シミュレーションを行い、
動的挙動を解析せよ。
k1
E+S
+
P
k-P
k+P
PE+S
k-1
(ES)1
+
P
k-P
k1
k-1
k+P
PES
k2
k-2
(ES)2
k3
E+P
k1 = 5.0E5 M-1sec-1
k-1 = 5.0 sec-1
k2 = 1.0E3 sec-1
k-2 = 1.0E2 sec-1
k3 = 0.12 sec-1
k+P = 5.0E5 M-1sec-1
k-P = 5.0 sec-1
E0 = 1.0E-6 M
S0 = 1.0E-4 M
生化学反応系(8)
『生成物 P が酵素 E あるいは酵素‐基質複合体 ES と可逆
的に結合し、活性化剤の役割を果たし、生成物 P の生成
速度を増大させる』活性化反応の数値シミュレーションを
行い、動的挙動を解析せよ。
-1
-1
E+S
+
P
k-P
k+P
PE +S
k1
k-1
k1
k-1
(ES)1
+
P
k-P
k+P
PES
k2
(ES)2
k-2
k4
k3
(ES)1+P
E+P
k1 = 5.0E5 M sec
k-1 = 5.0 sec-1
k2 = 1.0E3 sec-1
k-2 = 1.0E2 sec-1
k3 = 0.12 sec-1
k4 = 0.36 sec-1
k+P = 5.0E5 M-1sec-1
k-P = 5.0 sec-1
E0 = 1.0E-6 M
S0 = 1.0E-4 M
レポートおよび発表内容
1.反応スキーム(速度定数・濃度・特徴)
2.モデル構築後のBEST-KITのScreen Shot
3.計算機シミュレーションの実行結果
✤ 単回のシミュレーション
✤ 各化学種濃度を変更したシミュレーション
✤ 速度定数を変更したシミュレーション
同じ値を設定するべき速度定数には、
同一の速度定数名を付与しています。
✤ 速度定数のScan(環状の反応系は対象としない)
✤ Virtual Laboratory(基質の中途追加等)
4.考察(実行結果を基に・・・)
基質/酵素/阻害剤の濃度比、速度定数の比などが、
基質・酵素複合体濃度の定常状態に及ぼす影響、
反応が終了するまでに要した時間の比較などを行う。
6月14日の予定
●
1組あたりの持ち時間5分でレポート内容を
分担発表していただきます。Power Pointを
用いて、発表資料を作成してください。
●
講義開始時に、レポートを提出していただ
きます。書面(電子データはだめ)にて提出
してください。
レポートおよび発表資料の作成は、作成要領にし
たがってください。
生化学反応系(1)
拮抗阻害反応
生化学反応系(2)
非拮抗阻害反応
生化学反応系(3)
不拮抗阻害反応
生化学反応系(4)
活性化反応1
生化学反応系(5)
基質阻害反応
生化学反応系(6)
生成物阻害反応1
生化学反応系(7)
生成物阻害反応2
生化学反応系(8)
活性化反応2