LSKB Release Note LSKB Version 4.2.0 リリースノート このリリースノートには、 「LSKB -Life Science Knowledge Bank」の新機能、問題点の修正などが記 載されています。 ［新機能］ 1. 疾患辞書データベース搭載 ICD-10、MeSH より収集した疾患データをベースに、ワールドフュージョン独自の疾患辞書データベ ースを開発し、今バージョンより搭載した。広くシノニム（別名）を収集し、一部の疾患には日本語名 称もサポート。疾患エントリー数、約 19,500 エントリーを収録し、ボキャブラリとしては前バージョ ンの約 8,000 語から 10 倍以上に増加。疾患エントリーは、ICD-10 や MeSH の分類と関連付けられて いるため、キーワード検索のみならず、分類ツリーから目的の疾患エントリーを探すことも可能となっ た。 一部の疾患には日本語名称 もサポート。 ICD-10, MeSH それぞれの疾患分類に対応 1 RN_LSKB420.docx 2013. 5.31 Copyright© World Fusion Co.,Ltd All right reserved LSKB Release Note キーワード検索 疾患サブメニューからツリーブラウザーを起動 ツリーブラウザーによる検索 2. Suggest 機能 画面の入力フォームに設置されているテキストボックスに入力を開始すると、入力された文字の並び から予測される用語の候補をテキストボックスの下に提示する入力補助機能。トップ画面、 Pharmacological Action ツリーブラウザー、疾患分類ツリーブラウザーなどの各キーワード検索フォー ムにこの Suggest 機能を搭載した。 例：トップ画面の化合物キーワード検索における Suggest 機能による入力補助。候補の中からマウスでク リックするか、矢印キー ↑ ↓ と Enter キーを使って選 択すると、目的のキーワードがテキストボックスにセッ トされる。 2 RN_LSKB420.docx 2013. 5.31 Copyright© World Fusion Co.,Ltd All right reserved LSKB Release Note 化合物名の他にも、以下のキーワード検索機能で Suggest の利用が可能。 トップ画面 ・遺伝子シンボル ・遺伝子名 ・タンパク質名 ・タンパク質の UniProt エントリー名（例：PPARG_HUMAN） ・化合物名 ・化合物 CAS 番号（例：123-00-2） ・疾患名 ・器官・組織名 Pharmacological Action ・Pharmacological Action 用語 ツリーブラウザー ICD-10 分類 ・疾患名 ツリーブラウザー MeSH 疾患分類 ・疾患名 ツリーブラウザー 3 RN_LSKB420.docx 2013. 5.31 Copyright© World Fusion Co.,Ltd All right reserved LSKB Release Note 3. Web ブラウザでの化合物検索機能の搭載 (Chem Knowledge ご利用の方) Web ブラウザの Java/JavaScript を利用して、化合物構造の入力および検索を行うアプリケーショ ンを搭載しました。LSKB トップ画面の Chemical セクション、「Structure Search (Web)」のリン クをクリックすると、Web アプリケーションのページにジャンプすることができる。 検索画面呼び出し方法と化合物検索画面の例 ※化合物検索と連携するスケッチ画面は、Accelrys JDraw、JME Editor、GGA Ketcher のいずれか が利用できる（ご利用に際して開発元との利用契約が必要な場合があります） 化合物検索ページでは、以下の機能が利用可能。 化合物構造検索機能として、完全一致（立体化学の認識あり・なし）、部分一致、類似構造検索 のが利用可 LSKB で管理している化合物データベースのうちの一つを、検索対象として選択できる（環境設 定を変更することで、複数のデータベースをまとめて一度に検索させることも可能） 検索クエリとして利用したい化合物構造を mol ファイル形式でご準備いただいている場合、そ のファイルを Drag&Drop して検索画面に読み込み可能（IE10/FireFox のみ） 検索結果は、Web ブラウザ上で確認できます。その際、Table 形式・Grid 形式（4×4、3×3、 2×2）を切り替えて表示することが可能 4 RN_LSKB420.docx 2013. 5.31 Copyright© World Fusion Co.,Ltd All right reserved LSKB Release Note 検索結果表示例（左；Table 形式、右；3×3Grid 形式） 検索結果は、化合物ごとに整理されて表示され、詳細情報が確認可能な化合物には、LSKB の当 該ページへのリンクが表示される PDB で公開されている結晶中のリガンド分子については、当該 PDB コードに関連するタンパク 質詳細情報ページへのリンクが表示される PubChem、ZINC、DrugBank、PDB といった公共データベースの情報が紐付けられている化 合物については、それらの Web サイトへのリンクが表示される 検索結果に表示されている PDB コードは、その一覧を簡単な操作で入手できる 検索結果の化合物に付与されている LSKB 化合物 ID は、その一覧を簡単な操作で入手でき、そ のまま「対応する Gene/Protein 等の検索」に利用できる 検索結果ページに表示されている化合物の画像は、構造検索画面に Drag&Drop して検索クエ リとして利用することができる（IE10/FireFox/Chrom に対応） 5 RN_LSKB420.docx 2013. 5.31 Copyright© World Fusion Co.,Ltd All right reserved LSKB Release Note 4. 化合物構造に対応する Molecular Framework データの搭載(Chem Knowledge ご利用の方) 化合物構造データベース中の分子構造に対して、環構造とそれをつなぐ「リンカ」に着目して抽象化 を行った Molecular Framework が利用可能。ここで言う Molecular Framework とは、分子構造か ら「環構造とそれらの間を繋ぐリンカのみを抽出して、原子種・結合種の情報を取り去って抽象化し たもの」[1]。Molecule Name 欄に Show Framework overview ボタンが表示されている化合物に ついて、そのボタンを押して Molecular Framework の詳細情報にアクセスすることができる。 検索結果表示中の Molecular Framework 情報表示の例 検索結果画面中の overview では以下の形式で情報が表示される。 FW_ID:Molecular Framework の管理 ID/LSKB 化合物 DB 中の化合物個数 この中のリンク Show Details in Table をクリックすることで、Molecular Framework の構造一覧 表示が得られる。 Molecular Framework 構造一覧表示の例 6 RN_LSKB420.docx 2013. 5.31 Copyright© World Fusion Co.,Ltd All right reserved LSKB Release Note Molecular Framework 構造一覧表示には、以下のような情報が含まれる。 Molecular Framework に含まれる原子数・環の個数およびリンカを構成する結合数 同一の Framework を持つ化合物の、LSKB 化合物データベース中での個数 当該 Framework に 1 つ以上の環が結合した Framework の個数およびそれに対応する化合物 の LSKB 化合物データベース中での個数 対応する化合物個数が 1000 個以下の場合、化合物個数をクリックすることで一覧表示を行うことがで きる。 References [1] G.W.Bemis et al.,J.Med.Chem.,1996,39,2887-2893 7 RN_LSKB420.docx 2013. 5.31 Copyright© World Fusion Co.,Ltd All right reserved LSKB Release Note [改定] 1. 活性値、Ligand Efficiency の独自算出の中止 1) pACT、BEI、SEI として ChEMBL オリジナルデータを採用 QSAR で利用される –log 活性値の「pACT」 、Ligand Efficiency の「BEI」 、「SEI」について、前バ ージョンの LSKB データベースでは、 ワールドフュージョンで独自に計算したデータを採用していたが、 ChEMBL 13 より ChEMBL において正式にこれらのデータを公開するようになったため、LSKB では ChEMBL のオリジナルデータを採用するように方針を変更。 参考：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/releases/chembl_13/chembl_13_release_notes.txt 2. ChEMBL 14 データベースの搭載 [修正] ・なし 以 上 ［新機能］ 新たに加えられた機能について記述しています。 ［改定］ NCBI などのフォーマット変更に対応するための修正などについて記述しています。 ［修正］ 既存の問題点の修正について記述しています。 8 RN_LSKB420.docx 2013. 5.31 Copyright© World Fusion Co.,Ltd All right reserved
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