Ecole Thématique du CNRS VIR2OMIQUES : LES VIRUS DE L’ENVIRONNEMENT : ECHANTILLONNAGE, QUANTIFICATION et OBSERVATION, ACQUISITION et TRAITEMENT DE SEQUENCES GENOMIQUES et METAGENOMIQUES Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement LMGE-UMR CNRS 6023 Du 29 septembre au 2 octobre 2014 Station Biologique de Besse, Puy de Dôme, France http://www.sciences.univ-bpclermont.fr/rubrique21.html Adresse du site web de l’école thématique : http://www.lmge.univ-bpclermont.fr Responsable Scientifique : Télesphore SIME-NGANDO Délégation organisatrice : DR07, Rhône-Auvergne Conseiller formation en charge de l’école : Liliane GOMMET ([email protected] ) Contacts : Télesphore SIME-NGANDO 0473407836 0473407670 [email protected] Corinne BARDOT 0473405158 0473407670 [email protected] Nombre total de participants : 25 Pré-requis : Chercheurs, Enseignants-chercheurs, Post doctorants, Doctorants, Ingénieurs et Techniciens travaillant dans le domaine de l’écologie microbienne et moléculaire, ayant de bonnes bases en microbiologie générale Frais d’inscription (à régler au moment de l’inscription) (Tarifs incluant l'inscription et les frais d'hébergement, repas, pauses, pour toute la durée de l'école) : - Personnels permanents CNRS, contractuels rémunérés par le CNRS, boursiers BDI du CNRS : gratuit - Personnels et contractuels autre EPST ou Université : 500 euros - Autres : 1000 euros Agenda : 1. Date limite pour les préinscriptions 5 mai 2014 2. Tri des dossiers par le Comité scientifique 3. Réponse de la sélection aux participants 1er juin 2014 4. Inscription définitive 15 juin 2014 Du 5 mai au 31 mai 2014 Comité Scientifique et compétences de ses membres DESNUES Christelle, CR CNRS, Responsable Equipe Pathovirome, UMR 7278, Marseille (Diversité, Evolution, Métagénomique, Virus Microbiote et Holobionte) GESLIN Claire, MCF, UMR LMEE 6197, Brest (Virologie et Microbiologie des Environnements Marins Extrêmes, Virus des Archées) MOREAU Hervé, DR CNRS, Directeur UMR BIOM 7232, Banyuls/Mer (Ecologie, Diversité, Evolution, Cultures, Virus des Eucaryotes, Ecosystèmes Marins) Membres du Comité d’Organisation Comité d'Organisation et compétences de ses membres BARDOT Corinne, IE CNRS, Correspondant Formation de l’UMR LMGE 6023, Aubière (Aide dans la conception et l’organisation matérielle de l’Ecole Thématique) COLOMBET Jonathan, IE, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Echantillonnage, Cytométrie, Microscopie, Virus Aquatiques) DEBROAS Didier, PR, Responsable Equipe MEB, UMR LMGE 6023, Aubière (Diversité, Métagénomique, Paléogénomique, Virus Aquatiques) ENAULT François, MCF, UMR UMR LMGE 6023, Aubière (Bioinformatique, Serveur METAVIR, Pipeline Traitement des Séquence, Virus Aquatiques) GOMMET Liliane, Conseillère en Formation et Itinéraires Professionnels, Coordinatrice du Bureau Formation, CNRS Rhône-Auvergne DR07, Villeurbanne (Aide dans la conception pédagogique, l’élaboration du budget et l’organisation matérielle de l’Ecole Thématique) RAVET Vivianne, MCF, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Ultracentrifugation, Ultrafiltration, Concentration Chimique, Extraction Acides Nucléiques, Virus Aquatiques à ADN et ARN) SIME-NGANDO Télesphore, DR CNRS, Directeur UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie Générale, Virologie Environnementale) Programme prévisionnel* : Lundi 29 septembre Mardi 30 septembre Mercredi 1er octobre Jeudi 2 octobre (2 groupes en alternance) Matin x Cours : Série de conférences en Ecologie Virale TP : Biologie moléculaire (traitement des échantillons prélevés la veille) TP/TD : G1 : analyse des données de métagénomique virale (serveur METAVIR) G2 : cytométrie en flux et microscopie électronique Après midi Arrivée des participants TP /TD : - Echantillonnage sur le Lac Pavin - Exposé sur les approches expérimentales et méthodologiques TD : Etudes de cas particuliers (exposés des participants et discussion) TP/TD : G2 : analyse des données de métagénomique virale (serveur METAVIR) G1 : cytométrie en flux et microscopie électronique Soirée Conférence sur le Lac Pavin Restaurant à Besse x * Le programme prévisionnel évoluera par retour des participants après pré-inscription, afin de configurer la formation à leurs besoins SITUATION SCIENTIFIQUE : Grâce aux avancées technologiques récentes liées aux approches dites ‘omiques’, on réalise aujourd’hui l’étendue de la diversité des microorganismes de l’environnement, et de la complexité des métabolismes mis en jeu. Les virus en particulier, suscitent aujourd’hui un intérêt croissant auprès de la communauté scientifique « Ecologie & Environnement ». Ils représentent le plus grand réservoir de biodiversité non caractérisée et les entités biologiques les plus abondantes dans la biosphère. L’Ecole Thématique VIR2OMIQUES vise à apporter une formation pratique à des scientifiques en virologie environnementale, particulièrement en métagénomique virale. Elle émane d’une demande récurrente de la communauté scientifique et s’intègre à la stratégie scientifique de l’INEE et du RTP GE (Réseau Thématique Pluridisciplinaire en Génomique Environnementale) du CNRS. OBJECTFS Objectifs de formation L’objectif principal de VIR2OMIQUES est de donner à des scientifiques avisés une formation sur les concepts, les méthodes et les techniques utilisées en virologie environnementale. De retour dans leurs laboratoires, ces scientifiques seront en mesure d’initier des recherches pratiques en écologie virale, par la mise en application de techniques dédiées, depuis le prélèvement des échantillons en milieu naturel, leur concentration et purification (ultrafiltration, ultracentrifugation, concentration chimique au PEG), jusqu’à l’obtention de résultats en rapport avec les aspects phénotypiques (microscopie électronique, microscopie à épifluorescence, cytométrie), génomiques (extraction des génomes, séquençage par sous-traitance, traitement des séquences métagénomiques à l’aide du serveur METAVIR mis en place au LMGE…) et postgénomiques (exploitation des séquences génomiques, phylogénie, assemblage de génomes entiers à partir de viromes, biogéographie, génomique comparative) des communautés virales de l’environnement. Pour cela, les compétences disponibles au LMGE en écologie, génomique et post-génomique des bactériophages (virus de procaryotes) seront mises en œuvre, ainsi que la participation d’intervenants extérieurs spécialistes d’autres modèles d’écosystèmes (sols, microbiotes, matrices alimentaires,…) ou biologiques (virus d’eucaryotes). Objectifs stratégiques Les objectifs stratégiques sont centrés sur l’association de différentes disciplines (écologie, génomique, bioinformatique) autour de la biologie des ‘peuplements’ et de la métagénomique des virus de l’environnement. Une telle association, couplée à celle de différents niveaux d’intégration (entité virale, population, communauté, écosystème), allant du gène à l’écosystème, est nécessaire pour dépasser les cloisonnements, harmoniser les différents langages et rendre plus accessible l’écologie virale. CONSÉQUENCES ATTENDUES Les principales retombées attendues sont pédagogiques (formation, reconversion thématique), scientifiques (veille technologique, développement interdisciplinaire à l’interface biologie-informatique), structurantes (échanges de savoirs et savoir-faire, relance du Réseau RAVIE) et enfin, prospectives (identification de besoins nouveaux en matière de formation et de projets pédagogiques). GRANDS AXES DU PROGRAMME Cette Ecole Thématique se déroulera pendant trois jours en résidentiel, à la Station Biologique de l’Université Blaise Pascal à Besse (63). Le programme pédagogique intègrera des (i) interventions magistrales consacrées aux rappels de notions et à une mise à niveaux préliminaire en écologie virale et aux techniques d’étude associées, (ii) des travaux dirigés consacrés aux études de cas particuliers proposés préalablement par les participants, et visant à lever les verrous technologiques et (iii) des travaux pratiques de terrain (échantillonnage au lac Pavin) et de laboratoire (traitement et observation des échantillons, microscopie, cytométrie, techniques de la biologie moléculaire, séance de travail sur le serveur METAVIR…). MOTS CLES : Virus, Virome, Métagénomique, Bioinformatique, Biodiversité, Ecosystèmes, Ecologie
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