Data Sheet GeneChip® PrimeView™ Human Gene Expression Array 費用効果の高い発現プロファイリング用アレイ デザインとカバー率 PrimeView™ は、十分にアノテーションが付いた確立された遺 伝 子 に 重 点 を 置 い て デ ザ イン さ れ て い ま す。G e n e C h i p ® Scanner 3000 7G（GCS 3000 7G）に対応し、弊社専用試薬と ソフトウェアによりサポートされています。本製品はパーフェク トマッチプローブのみで構成されており、GeneChip® Human Genome U133（HG-U133）ArrayまたはGeneChip® Human Gene 1.0 ST Arrayなどの既存のアレイとは直接比較すること はできません。 表1は、プローブおよび各プローブセットの遺伝子アノテーショ ンを含 む 解 析 用ファイルをデ ザインするた め に用 い た 主 要 な データソースの 一 覧で す。アフィメトリクスで は、アレイアノテ ーションファイルを頻繁に更新して、各ゲノムの現在の把握状 況に合わせて最新の状態に維持するようにしています。利用可 能 な 最 新 のアレイアノテーションに つ いてはアフィメトリクス のホームページをご覧ください。 GeneChip® PrimeView™ Human Gene Expression Array は、 GeneChip® Scanner 3000 7G Systemで使用するようにデ ザインされたカートリッジアレイフォーマットで、ヒトゲノムを 包括的にカバーします。 表 1: PrimeView Human Gene Expression Arrayのアノテー ションおよび（主要な）データソース データソース（2011年6月） PrimeView UniGene (design time) 219 はじめに GeneChip® PrimeView™ Human Gene Expression Array RefSeq 41 はカートリッジフォーマットで、業 界で 最も高 品 質、包 括 的 な NCBI genome version 37 全ゲノム遺伝子発現解析を実現しています。本製品はきわめ UCSC 19 Ensembl 57 GenBank® 177 Entrez 6/2010 て性能が高く、サンプル反復間でシグナルとfold changeの強 い相関が示されています。薬剤と疾患の調節機序の研究ツー ルとして、強力かつ費用効果の高い製品です。 PrimeView™アレイの主な特長 遺伝子発現での特異性および再現性に優れたデータを提供 パフォーマンス します。 図1および表3では、PrimeView Arrayが他の3 遺伝子発現解析 各転写産物について複数種類のプローブを用いることによ り、信頼の置ける結果を取得できます。十分にアノテーショ ンが付いた配列については1セットあたり11個のプローブ、 残りの配列については1セットあたり9個のプローブを用い ます。 アノテーションが付いたゲノムのカバー率は100％です。 最 新のアノテーションによる業 界 最 高の転 写 産 物カバ アレイと同 等 に高 い 性 能を示 すことが 示されています。弊 社で は、変動係数（CV）の中央値が10％未満であることを確認しまし た。サンプルレプリケート間のピアソン変動係数は0.990より大 きくなりました。 ハイブリダイゼーションターゲットは、GeneChip® 3 IVT Express Kit を用いて、Microarray Quality Control（MAQC）A および B total RNAならびにHeLa（ 表2）から調製しました。 各サンプルの ー率：RefSeqの十分にアノテーションが付いた遺伝子 標識したターゲットをプールして、アレイにハイブリダイズさせま および転写産物すべてをカバーしています。 し た 。C E L ファイ ル は E x p r e s s i o n C o n s o l e ソフトウェア で 、 quantile normalizationで補正し、RMAアルゴリズムでプロー ブセットのサマライズを行いました。 DS1110 02-01 1 図1：シグナル相関性 MAQC A（A）、MAQC B（B）、HeLa（C）のハイブリダイゼーションのレプリケートを比較したRMAプローブセットシグナルの中央値の 散布図。それぞれの比較についてピアソン相関係数（R）を算出しました。 A B C 表2：本研究で用いたtotal RNAサンプル RNA 内容 供給業者 製品番号 MAQC A Universal Human Reference RNA Stratagene® 740000 MAQC B Human Brain Reference RNA Ambion AM6050; AM6051; AM6052 HeLa 子宮頸部腺癌 (HeLa-S3) Ambion® ® AM7852 表3：レプリケートハイブリダイゼーションのCV MAQC A、MAQC B、HeLaから調製し、プールした標識化ターゲットをPrimeView™ Arrayと4回ハイブリダイゼーションしました。RMAシ グナルを対数スケールからリニアスケールに変換し、全てのレプリケート（N=4）から各プローブセットのCVを算出しました。次に、全プ ローブセットに対するCVの中央値を算出しました。 No. of replicates MAQC A MAQC B HeLa 4 5.8% 6.1% 6.1% アレイコンテンツ RefSeq プローブセット PrimeView™ Array RefSeqプローブセット（合計） 48,658 RefSeqプローブセットではカバーされていないUniGeneプローブセット 419 その他のプローブセット（コントロールおよびその他の配列ソース） 318 総プローブセット数 49,395 コントロールプローブセット Poly-A controls dap, lys, phe, thr Hybridization controls bioB, bioC, bioD, cre Housekeeping/control genes GAPDH, beta-actin Normalization controls 100 probe sets 2 仕様 1 必要とされるRNA使用量 50–500 ng 感度 1 ≥1:100,000 検出可能なfold change ≥2.0 fold ダイナミックレンジ 1 ≥3log プローブ長 25-mer 感度およびダイナミックレンジは、Hela細胞のtotal RNAに添加された、in vitroで転写された（IVT）完全長の転写産物61種類（61転写物）によるラテンスクエア実験デザインにより 決定されています。この実験では、それぞれ異なる相対的濃度を有するスパイクプール12種類を検定しました。スパイク濃度の差は、t-検定結果が、3回の実験および95%信頼度に 基づき設定した閾値よりも大きい場合に、有意と定義しています。 ご注文情報 製品番号 製品名 内容量 901837 GeneChip® PrimeView™ Human Gene Expression Array アレイ10枚入り 901838 GeneChip® PrimeView™ Human Gene Expression Array アレイ30枚入り 901839 GeneChip® PrimeView™ Human Gene Expression Array and 3’ IVT Express Kit Bundle 10反応分 901840 GeneChip® PrimeView™ Human Gene Expression Array and 3' IVT Express Kit Bundle 30反応分 製品番号 製品名 内容量 901228 GeneChip® 3' IVT Express Kit 10反応分 901229 GeneChip 3' IVT Express Kit 30反応分 900720 GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit 30反応分 関連製品 ® 3 本製品は試験研究用ですので、診断の目的には使用できません。 製品の仕様は予告なく変更される場合がありますので、予めご了承ください。 製品の開発は随時進んでおりますので、最新の情報については、お問合せください。 Part No. DS1010 Rev. 1 (translated into Japanese) ©2011 Affymetrix, Inc. All rights reserved. Affymetrix ® , Axiom® , Command Console®, DMET™, GeneAtlas ® , GeneChip®, GeneChip-compatible™, GeneTitan®, Genotyping Console™, myDesign™, ® ® NetAffx®, Powered by Affymetrix™, Procarta®, and QuantiGene® are trademarks or registered trademarks of Affymetrix, Inc. Luminex and xMAP are registered trademarks of Luminex Corp. All other trademarks are the property of their respective owners. アフィメトリクス・ジャパン株式会社 所在地：〒105-0013 東京都港区浜松町1-24-8 O RIX浜松町ビル7F phone ：03-6430-4020(代表） facsimile：03-6430-4021 http://www.affymetrix.com/jp/ salesjapan@affymetrix.com AFFYMETRIX,INC. http://www.affymetrix.com 取扱店
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