DataSheet GeneChip® Medicago transcriptome solution 収穫までの間に結果を得たいマメ科植物の研究者にとって最速かつ最も効率的な全トランスクリプトームのプロファイリング法です n 1回の解析で、タルウマゴヤシ（Medicago truncatula）の比較品種 A17 とR108、およびムラサキウマゴヤシ（Medicago sativa）における発現量の変動を測定します。 n 低発現の転写産物に対してもRNA-Seqよりも高い再現性で信頼できるデータが得られます。 n 数分間で、遺伝子の発現量、エクソン、および転写産物のアイソフォームを解析し、視覚的なデータ解析をおこないます。ウマゴヤシ（Medicago）は大豆、ピーナッツやアルファルファなどマメ科植物の研究に用いられるモデル生物です。マメ科植物研究では、遺伝子組換え生物（GMO）の全トランスクリプトームプロファイリングを用い、最小限の肥料で作物が十分に生育できるような遺伝子の同定が積極的におこなわれています。このような遺伝子の発見やその利用は環境に対して大きな意味を持つ可能性があります。 GeneChip® Medicago Transcriptome Assayはマメ科植物の研究のためにデザインされており、幅広いインプット量（100 pg-500 ng）から迅速に全トランスクリプトームプロファイリングを行うことができます。無料かつ直観的に使えるソフトウェアによって素早い統計解析や包括的な発現量の変動が視覚化できるため、GMOの栽培継続に関する十分な情報を集めることができます。 GeneChip® Medicago Transcriptome Assayは、たった1回の解析で2種の主要なタルウマゴヤシの比較品種であるA17とR108のトランスクリプトームの解析が可能であり、さらにムラサキウマゴヤシのトランスクリプトームもカバーしています。各転写産物の全長にわたり検出プローブを配置することで、様々な生物学的変化を解釈するのに十分なデータセットを得ることができます。これにより重要な生物学的現象を見過ごすことなく、また時間のかかる実験を繰り返しおこなうことを避けることができます。各転写産物アイソフォームの全長にわたって配置されたプローブにより、全トランスクリプトームをより包括的に解析したり各アイソフォームを識別したりすることが可能となりました。IVTプローブは各遺伝子の3'末端の配列に限らており、そのため同じ3'末端を持つアイソフォームを識別することができませんでした（図1）。またこのアッセイにはタルウマゴヤシA17トランスクリプトームのエクソンジャンクションに対するプローブが含まれており、この栽培品種における選択的スプライシングを確実に検出します。図1：全トランスクリプトーム解析のデザイン従来の3' IVTマイクロアレイアッセイと、新規の全トランスクリプトームアレイのアッセイにおけるプローブ数と位置の比較。転写産物全体を対象としたプローブを選択・デザインすることにより、アイソフォームの識別が可能となっている。 . Transcripts and annotations Probe selection Gene model Probe selection regions Probes for IVT 3' assay Probes for whole-transcript assay 1 データから解釈までを数分間で迅速におこなう完全なソリューション当社が提供する無料で直観的に扱えるTranscriptome Analysis Console（TAC）Softwareを用いることで、生物学的洞察を簡潔かつ迅速に、そしてシームレスに得ることができます。このソフトウェアは解析によって生成された高品質な発現データを、数分のうちに生物学的に有意義な情報に変換します。図２：Scatter plotとアイソフォームの可視化無料かつ直観的なTACソフトウェアを用いることで、ウマゴヤシトランスクリプトームから得られるさまざまな生物学的情報を数分で視覚的に解釈し理解することができる。アレイコンテンツのサマリーアレイのデザインとアノテーションに使用されたデータソース Array content Mt4/A17 R108 M. sativa Genes (transcript clusters) >50,000 >68,000 >54,000 Transcripts >69,000 >83,000 >71,000 Medicago Hapmap Project Exons >298,000 >221,000 >172,000 Samuel Noble Institute Exon clusters >209,000 >221,000 >172,000 Controls Design and annotation source JCVI Mt4/A17 R108 M. sativa ü ü ü ERCC probe set1,2 155 Background probes Antigenomic set Poly-A controls2 dap, lys, phe, thr Hybridization controls bioB, bioC, bioD, creX 1. Ambion® ERCC RNA Spike-In Control Mixes(製品番号4456740および4456739)に含まれる外部RNAコントロールを検出するプローブセット。 2.このアレイはERCCおよびPoly-A-Spike-in controlの両方に対するプローブセットを含みます。これらふたつのコントロールミックス間には配列の相同性があり、ターゲットとアレイ上に配置されたコントロールプローブとの間でクロスハイブリダイゼーションが生じます。したがってアレイを処理する際には、1種類のコントロールプローブセット（ERCCもしくはPoly-Aコントロール）のみを用いることが重要で、2種類を同時に用いないようにしてください。 2 仕様感度 ≥1:100,000 (≥1.5 pM) 相関係数（ロット内） ≥0.99 検出可能なfold change change 2-fold for 1:100,000 vs. 1:50,000 ダイナミックレンジ ~3 logs 必要とされる総 RNA インプット量 50−500 ng プローブ形状 5 μm プローブ長 25-mer ターゲットRNAの配向1 Sense target 1. アレイに配置されているプローブはアンチセンス方向にデザインされています。よって標識化されたセンス鎖のターゲット分子をアレイとハイブリダイゼーションする必要があります。アレイコンテンツ Probe sets1 Probes/probes per gene1 Junction probes Organism Genome Annotation source Genes1 M. truncatula A17 Mt4 by MTSC JCVI 50,000 genes 61,000 transcripts 227,000 exons 50,000 2.6 million probes2 50 mean per gene Yes M. truncatula R108 R108 v0.9 by the Medicago Hapmap Project Medicago Hapmap Project 68,000 genes 68,000 transcripts 221,000 exons 68,000 1.9 million probes 28 mean per gene No M. sativa Draft by Noble Institute Noble Institute 54,000 genes 54,000 transcripts 172,000 exons 54,000 1.5 million probes per gene 27 mean per gene No 1. これらの数はマッピングされた配列だけを示しています。 2. ジャンクション部位に対するプローブはこの数に含まれません。ご注文情報製品番号製品名 902878 GeneChip Medicago Transcriptome Array and WT Pico Kit (100-2,000 pg of RNA) Sufficient for 12 samples 902879 GeneChip® Medicago Transcriptome Array and GeneChip® WT Pico Kit (100-2,000 pg of RNA) Sufficient for 30 samples 902880 GeneChip® Medicago Transcriptome Array and GeneChip® WT PLUS Reagent Kit (50-500 ng of RNA) Sufficient for 10 samples 902881 GeneChip® Medicago Transcriptome Array and GeneChip® WT PLUS Reagent Kit (50-500 ng of RNA) Sufficient for 30 samples 900720 GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit Sufficient for 30 reactions 包装 ® GeneChip® 本製品は試験研究用ですので、診断の目的には使用できません製品の仕様は予告なく変更される場合がありますので、予めご了承ください。製品の開発は随時進んでおりますので、最新の情報については、お問合せください。 P/N EMI06581 Rev. 1 © 2016 Affymetrix, Inc. All rights reserved. Affymetrix®, Axiom®, GeneChip®, CoMAP™, Command Console®, CytoScan®, DMET™, Eureka™, Eureka Genomics®, Eureka Genotyping™, Expression Console™ GeneAtlas®, GeneChip-compatible™, GeneTitan®, Genotyping Console™, myDesign™, MyGeneChip™, NetAffx®, OncoScan®, Powered by Affymetrix™, PrimeView®, and ViewRNA® are trademarks or registered trademarks of Affymetrix, Inc. Please see affymetrix.com/trademarks for a complete list of Affymetrix trademarks. All other trademarks are the property of their respective owners. 取扱店 3