Amira for Life Sciences

Amira for Life Sciences
3D 可視化・解析ソフトウェア
Amira® は、コンピュータトモグラフィや顕微鏡の結果、MRI などの幅広い 3D
データを、可視化、加工、評価をするための多角的かつ高性能な 3D ソフトウェ
アプラットフォームです。Amira のスピードと柔軟性は分子・細胞生物学から
神経科学や生物工学までの、幅広い専門家たち向けの 3D 画像処理ワークフ
ローをサポートします。
 拡散テンソルイメージング(DTI)による人間の脳の可視化
画像提供:Prof. A. Brawanski, University Hospital of Regensburg
主な機能
入出力形式
· · Bio -Formats の導入によって 140 以上のファイル形
式に対応
·· ビットマップ形式:
TIFF、BMP、JPEG、PNG、SGI
·· 顕微鏡用規格:
FEI、Leica*、Zeiss*、Bio-Rad*、Olympus*、MRC
·· 医用画像規格:
DICOM、Analyze
·· 神経科学用規格:
Nifti、Hoc、SWC
·· 分子生物学用規格:
PDB など多数
·· 有限要素モデリング用規格:
FIDAP*、I-DEAS、Fluent、Abaqus
·· DTI に基づくファイバトラッキング
·· 強力なスクリプトインターフェース
·· 多数のマルチコア対応モジュール
可視化機能
·· インタラクティブな高品質ボリューム可視化
·· 直角や斜面などによる断面表示
·· 同値線と同値面レンダリング
·· マルチチャンネル画像
·· イメージ合成
·· ベクトルとテンソルの可視化
·· 任意の構造によるグリッドに対応
·· 分子の可視化
·· 形状モデリングと CAD 用規格:
DXF、STL、VRML、Open Inventor
·· 柔軟な Raw データの読み込み
·· ・大規模データ対応
* 読み込みのみ
 最大値投影処理と境界面再構築によるネズミの胸部画像
画像提供:Dr. E. Stepina and Dr. P. Hauff, Bayer Healthcare.
解析と計測
·· 体積、面積および距離の測定
 脊髄を抽出したボリュームレンダリング
画像提供:A. Ertürk, Max Planck Institute of Neurobiology.
処理機能
·· 2D・3D 画像フィルタ
· · デコンボリューション、 Z- d r o p 補正( Z 軸に基づく
輝 度 補正)
·· 手動/自動スライス整列
·· 濃度測定(輝度の統計情報による)
·· フィラメントネットワークの統計情報
·· 共局在解析
·· 要素分割、数え上げ、形状解析
·· 画像、ベクトル場、非構造グリッドでの数値演算
·· MATLAB® 計算エンジンとの一体化
プレゼンテーション作成
·· 動画作成
·· 画像重ね合わせとモーフィング
·· キーフレーム・オブジェクトによるアニメーション
·· スケルトン化や微小管、導管、神経ネットワークのトラッキ
ング
·· 単体およびタイル状配置スクリーンへの表示
·· 手動/自動による分割
·· 手動での分割用、フィラメントトラッキング用、3D イメー
ジ合成と位置調整用の各専用作業ウィンドウ
·· サーフェス生成
·· FEM グリッド生成
·· テンソル計算
2 FEI Explore. Discover. Resolve.
·· 能動型/受動型立体画像
·· 没入型環境への対応
Raw 画像
データ取得
コンピュータトモグラフィ
(CT)
磁気共鳴トモグラフィ
(MRI)
3D 顕微鏡&トモグラフィ
その他形式
画像フィルタ
&前処理
Amira
3D 診断
分割
" イメージから理解へ
Amira の基本パッケージは、再構築さ
れた形状あるいは時系列データを含
む 3D データへの幅広い可視化と加工
機能を提供します。3D での様々な後
処理機能を用いた、高性能で柔軟性
に富む 3D 可視化とシミュレーションの
プラットフォームを提供します。
測定&解析
境界面再構築
コミュニケーション
Explore. Discover. Resolve. FEI 3
 ヘモクロビンの可視化画像提供:S. De Carlo (FEI Company) / NeCEN, Gorlaeus Labs, Leiden University.
Amira の基本パッケージは多彩な機能を取り揃えてい
ます。さらに、様々な分野における特定のニーズに向
けた拡張パッケージも用意しています。
XBioFormats は生命科学で使われるオリジナルファイ
ルフォーマットをサポートするパッケージです。140 を
超えるファイルフォーマットから 3D や 4D 以上のデー
タを読み込み(Glencoe Software との提携により BioFormats が機能提供)。これにより、最新の顕微鏡に
使われる専用ファイルフォーマットからデータを直接読
み込むことができます。
XImagePAQ は物体、細胞、組織状物に対する画像強
調処理機能、使いやすく自動化にも対応した分割機能、
さらに様々な測定および数量化機能を提供します。
XNeuro はテンソル可視化、方向性によるカラーマッピ
ング(DEC)、ファイバトラッキングを含む拡散テンソル
イメージング(DTI)向けの機能を提供します。さらに
この拡張機能は、MR や CT による灌流画像の時系列
データ解析にも使用できます。
XMolecular を用いることによって、Amira は完全な分
子可視化ツールとなります。他の分子関連ソフトウェ
アと比べて、Amira と XMolecular の組み合わせは、
Amira に備わる最先端の分子の可視化と編集機能にボ
クセル表示とデータ処理の可能性をよりシームレスに
統合します。
XMesh は 3D 画像を有限要素法(FE)のための 3D
四面体モデルに変換するために使われます。同様に、
XMesh による結果表示では高性能なスカラー、ベク
トルおよびテンソル場の表示機能モジュールを提供し
ます。
XWind は生体力学などのための有限要素解析(FEA)
や数値流体力学(CFD)シミュレーションによる数値解
の解析および可視化が可能です。また、XWind は一
般的なサードパーティソルバとのデータの入出力を実現
し、Amira XMesh の機能を補強でき、またシミュレー
ション結果により高度な後処理を施すこともできます。
XL Volume はアウトオブコアによるデータ管理を効果
的に用いることにより、メモリ容量を超える画像の大規
模データの可視化をサポートします。この機能によって、
直角や斜面による断面表示やボリュームレンダリング、
同値面生成などの主な基本モジュールが引き続き大規
模データで利用できます。
XPand は C++ を利用した独自の可視化、データ処理
やファイル入出力のプログラムモジュールを作成できま
す。この機能には手軽に使える入門用のウィザードも
含まれています。
XScreen はタイル状配置された大型ディスプレイや没
入型仮想現実環境での高機能な可視化に必要な拡張
機能です。この機能は 3D ナビゲーションデバイスやマ
ルチスレッド処理、分散レンダリングをサポートします。
AmiraはWindows®、Mac OS®、Linuxでご利用いただけます。
本社(米国)
電話 +1 503 726 7500
Visualization Sciences Group(日本オフィス)
電話 03-3740-0970
©2016 当社は常に製品の改良に努めており、仕様は予告なく変更されることがあります。
FEI および FEI のロゴ、Amira、Avizo、Open Inventor Avizo は、FEI カンパニーおよび関連会社の登録商標です。
その他の商標については、各所有者に帰属します BR0059-JA-05-2016
より詳しくはAvizo3D.com へ
[email protected]