DISS. ETH. NO. 23517 Molecular Dynamics in Brown Adipocyte Biology A thesis submitted to attain the degree of DOCTOR OF SCIENCES of ETH ZURICH (Dr. sc. ETH Zurich) presented by SEBASTIAN MÜLLER Dipl.-Mol.Med., Albert-Ludwigs-Universität Freiburg i.Br. born on 20.04.1986 citizen of Germany accepted on the recommendation of Prof. Dr. Christian Wolfrum (examiner) Prof. Dr. Bernd Wollscheid (co-examiner) Prof. Dr. Ruedi Aebersold (co-examiner) Prof. Dr. Stephan Herzig (co-examiner) 2016 Summary Summary White adipocytes store energy to release it back to the body when needed, while brown adipocytes convert chemical energy to heat to maintain body temperature. In rodents, brown adipocytes are located predominantly in the interscapular region as distinct fat pad, but are also found in other anatomical locations interspersed between white adipocytes where they are termed brite (brown-in-white) adipocytes. When exposed to cool ambient temperatures, the body preserves its core temperature by increasing the number of brown and brite adipocytes. This is achieved through the direct conversion of energy storing mature adipocytes into heat-producing brite adipocytes. This process involves a complex remodeling at the cellular level, most notably by increasing mitochondrial capacity and expression of mitochondrial uncoupling protein 1 (UCP1), which facilitates the efficient conversion of chemical energy into heat. Many stimuli are known to expedite the formation of brite adipocytes, but our understanding of the transcriptional network underlying this conversion is still sparse. Through analyzing whole transcriptome profiles of adipocytes during cold exposure, I discovered that ESRRG (estrogenrelated receptor gamma) as well as PERM1 (PPARGC1 and ESRR induced regulator in muscle 1) are promising novel mediators of brite adipocyte formation. While ESRRG is involved in the induction of UCP1, PERM1 positively regulates mitochondrial proteins involved in the respiratory chain. These findings improve our understanding of how conversion to a brite adipocyte occurs on the molecular level. In humans, a distinct brown adipose tissue fat pad only exists in infants. However, it has been recently shown that, similar to mice, brown adipocytes also reside in patches in white adipose tissue depots in adults. Furthermore, the amount of brown adipocytes present in adults has been shown to inversely correlate with obesity and its associated co-morbidities. Based upon this, a better understanding of brown adipose tissue formation and function, and its potential enhancement, has become an attractive study target. Up until now, however, the human brown adipocyte steadyP a g e | iv Summary state protein abundance profile, termed the proteotype, has not been directly analyzed in humans, but was only inferred from rodent studies. I employed state-of-the-art mass-spectrometry based proteome profiling techniques to characterize patient biopsies of both brown and white adipose tissue. In doing so, I was able to show, that human brown adipose tissue possesses a high mitochondrial capacity and UCP1 abundance. I further discovered that additionally ATP-synthase coupled respiration considerably contributes to human brown adipose tissue function, contrary to studies in rodents. These findings indicate the versatile role of brown adipose tissue in human physiology. Analysis of the transcriptome and proteotype of brite and brown adipocytes provided important novel insights into their formation and function in rodents and humans. These findings lay important groundwork for future research on how an increase in non-shivering thermogenesis could be utilized to counteract the current epidemical spread of obesity. Page |v Zusammenfassung Zusammenfassung Weisse Adipozyten speichern Energie, um sie bei Bedarf an den Körper abzugeben, während braune Adipozyten chemische Energie in Wärme umwandeln um die Körpertemperatur konstant zu halten. In Nagetieren findet man braune Adipozyten in einem abgegrenzten Fettpolster zwischen den Schulterblättern, aber auch in anderen Körperregionen eingestreut zwischen weissen Adipozyten, welche dann brite (brown-inwhite; braun-in-weiss) Adipozyten genannt werden. Bei kühlen Umgebungstemperaturen erhält der Körper seine Kerntemperatur, indem er die Anzahl an braunen und brite Adipozyten vergrössert. Dies geschieht durch die direkte Umwandlung von Energie speichernden reifen Adipozyten in Wärme produzierende brite Adipozyten. Dieser Vorgang geht einher mit komplexen Umbauprozessen auf zellulärer Ebene, insbesondere die Erhöhung der mitochondrialen Kapazität und die Expression von UCP1 (mitochondriales Entkopplungs-Protein 1), was die Umwandlung von chemischer Energie in Wärme begünstigt. Viele Wege um die Bildung von brite Adipozyten anzuregen sind bekannt, allerdings ist das zugrunde liegende transkriptionelle Netzwerk noch wenig verstanden. Durch das Untersuchen des kompletten Transkriptoms von Adipozyten während diese Kälte ausgesetzt waren, habe ich entdeckt, dass ESRRG (Östrogen-Rezeptor ähnliches Protein gamma) und PERM1 (PPARGC1 und ESRR induzierter Regulator im Muskel 1) vielversprechende neue Regulatoren bei der Bildung von brite Adipozyten sind. Während ESRRG bei der Induktion von UCP1 beteiligt ist, beeinflusst PERM1 die Erzeugung mitochondrialer Proteine, die an der Atmungskette beteiligt sind. Diese Ergebnisse vertiefen unser Verständnis, wie die Umwandlung zu einem brite Adipozyten auf molekularer Ebene funktioniert. Im Menschen existiert ein abgegrenztes braunes Fettpolster nur in Neugeborenen. Allerdings wurde vor kurzem gezeigt, dass ähnlich wie in Mäusen, braune Adipozyten als Inseln in weissen Fettpolstern auch in Erwachsenen existieren. Weiterhin wurde nachgewiesen, dass die Menge an braunen Adipozyten mit Fettleibigkeit und dessen Folgeerkrankungen P a g e | vi Zusammenfassung invers korreliert. Deshalb ist die Bildung und Funktion von braunem Fettgewebe, und wie man beides verstärken könnte, ein begehrtes Forschungsfeld geworden. Nichtsdestotrotz wurde der Proteotyp, was als die quantitative Menge der Proteine im Gleichgewichtszustand einer Zelle definiert ist, im Menschen noch nicht direkt untersucht, sondern nur von Studien in Nagetieren abgeleitet. Braunes und weisses Fettgewebe aus Patienten Biopsien habe ich mithilfe hochmoderner, auf MassenSpektrometrie basierender, Protein-Analyse Techniken charakterisiert. Dabei konnte ich zeigen, dass menschliches braunes Fettgewebe eine hohe mitochondriale Kapazität und grosse Mengen an UCP1 aufweist. Weiterhin habe ich entdeckt, dass ATP-Synthase gekoppelte zelluläre Atmung erheblich zur Funktionalität von humanem braunem Fettgewebe beiträgt, was gegenteilig zu den Forschungsergebnissen in Nagetieren ist. Diese Ergebnisse verdeutlichen die vielseitige Rolle von braunem Fettgewebe in der menschlichen Physiologie. Die Untersuchung des Transkriptoms und des Proteotyps von brite und braunen Adipozyten hat zu wichtigen neuen Erkenntnissen bezüglich deren Bildung und Funktionen in Nagetieren und Menschen geführt. Diese Ergebnisse beeinflussen die zukünftige Forschung wie man die zitterfreie Thermogenese nutzen könnte um gegen die momentane epidemische Ausbreitung von Fettleibigkeit vorgehen zu können. P a g e | vii
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