BIOVIA DISCOVERY STUDIO® 4.5 ライフ サイエンスのための包括的なモデリングおよびシミュレーション データシート 抗体プロファイリングの自動化 創薬研究とは多目的最適化にほかなりません。研究者は生 化学的有効性と、ADMEや毒性といった特性の両方について 最適化を行わなければなりません。BIOVIA の予測科学向け アプリケーション「Discovery Studio®」の最新リリースで は、業界をリードするバイオ向けシミュレーション ツール に引き続き新たなサイエンスが導入されたほか、低分子デ ザインの機能にもさらなる強化が行われています。BIOVIA Foundation™ を基盤とした Discovery Studio® は、ライフ サ イエンス研究分野における最も包括的かつコラボレーション 性の高いモデリングおよびシミュレーション アプリケーシ ョンとして独自の地位を築いています。 DISCOVERY STUDIO 4.5 バージョン 4.0 と 4.1 を基盤としたこの最新リリースでは、 これまでと同様、新たなサイエンスの導入とパフォーマンス の強化に主眼を置いています。 サイエンス機能の新規導入と強化 • New! Antibody Modeling Cascade: このプロトコルは、抗 体モデリング アセスメント1,2 の一環として開発、検証が 実施されました。堅牢で高品質な Fab または Fv 領域の 3D 抗体モデルを簡単かつ自動的に生成することができます。 –– 3年間にわたる盲検試験に裏付けられた 3 種類の手法を 使用可能 –– 複合体または単体の軽鎖および重鎖、1本鎖のそれぞれ の抗体配列をサポート –– 軽鎖と重鎖を自動認識 –– BIOVIA Pipeline Pilot を使用し、翻訳後修飾および開発 可能性インデックス プロトコルによる結果を組み合わ せることで、特に重要な製造可能性プロファイルの予 測を高いスループットで実現 • Updated: Annotate Antibody Sequence プロトコル で、Chothia のカノニカル ループ タイプの追加が可能に なり、生殖細胞系列抗体配列を同定することができるよう になりました。 • New! Assign Forcefield Types (プロトタイプ): BIOVIA Pipeline Pilot の部分構造の照合に基づいて、charmm36 、charmm27、charmm22 の各力場に原子タイプをアサイ ンできます。 –– カスタマイズした原子タイプやパラメーターのインポ ートとアサインが可能 –– 糖、脂質、リガンドをはじめとする多数の化学官能基 のタイピングを改善 –– グルコシル化アスパラギンなどの修飾されたアミノ酸 残基に対応 • Protein Ionization and Residue pK: タンパク質イオン化と 残基 pK の計算手順を改良しました。 –– 平均原子電荷、平均双極子モーメント、正味荷電、溶 媒和エネルギーへの静電相互作用の寄与を pH の関数と して計算する機能を新たに追加 –– タンパク質の溶解度と粘度、タンパク質-タンパク質結 合、酵素活性の研究に好適 プラットフォーム 互換性: Discovery Studio 4.5 は最新リリースの BIOVIA Foundation バージョン 9.5 を基盤として構築されており、 これをサポートしています。 パートナーの技術 視覚化 • New! 3D WebGL コンポーネント(プロトタイプ): 次世代 Web ビューアである Pipeline Pilot コンポーネントは、ク ライアント側のプラグインを必要とせず、インタラクティ ブな 3D オブジェクトをサポート対象の各種 Web ブラウ ザに埋め込むことができます。 • 2D リガンド相互作用ダイアグラム: 非結合相互作用タイ プの拡張ライブラリが完全にサポートされるようになりま した。 –– スクリプトから利用でき、Pipeline Pilot コンポーネン トとしても利用可能 データベース • B L A S T デ ー タ ベ ー ス が 更 新 さ れ ､ P D B _ n r 9 5 ､ P D B ､ UniRef90､Swiss-Prot、および NR に対応しました。 • 抗体データベースが更新され、PDBの最新の抗体テンプレ ート構造が追加されました。 図 3: 受容体-リガンド相互作用の 2.5D 表示と 双方向にリンクされた 3D Web ビューア 参考文献 図 2: (pp60)Src (1O43.pdb)の SH2 ドメインに結合 した阻害剤の 2D 受容体-リガンド相互作用 1. Fasnacht M., Butenhof K., Goupil-Lamy A., Hernandez-Guzman F., Huang H. Yan L., Automated antibody structure prediction using Accelrys tools: Results and best practices. Proteins, 2014, 83, 1583 2. Almagro J.C., Teplyakov A., Luo J., Sweet R.W., Kodangattil S., Hernandez-Guzman F., Gilliland G.L., Second Antibody Modeling Assessment (AMA-II). Proteins, 2014, 82, 1553 3. Brooks B. R., Brooks III C. L., Mackerell A. D., Karplus M., et al, J. Comp. Chem., 2009, 30, 1545-1615 4. GOLD is available from the Cambridge Crystallographic Data Centre: http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/life_sciences/gold/ A valid GOLD license is required to run GOLD and GOLDscore 5. Phillips J.C., Braun R., Wang W., Gumbart J., Tajkhorshid E., Villa E., Chipot C, Skeel C.D., Kale L., and Schulten K., J. Comp. Chem., 2005, 26, 1781-1802 6. Eswar N., Marti-Renom M. A. Webb B., Madhusudhan M. S., Eramian D., Shen M., Pieper U., Sali A., Current Protocols in Bioinformatics, John Wiley & Sons, Inc., 2006, Supplement 15, 5.6.1-5.6.30 ダッソー・システムズの3Dエクスペリエンス・プラットフォームでは、12の業界を 対象に各ブランド製品を強力に統合し、各業界で必要とされるさまざまなインダス トリー・ソリューション・エクスペリエンスを提供しています。 ダッソー・システムズは、3Dエクスペリエンス企業として、企業や個人にバーチャル・ユニバースを提供することで、持続可能な イノベーションを提唱します。世界をリードするダッソー・システムズのソリューション群は製品設計、生産、保守に変革をもたら しています。 ダッソー・システムズのコラボレーティブ・ソリューションはソーシャル・イノベーションを促進し、 現実世界をより良い ものとするためにバーチャル世界の可能性を押し広げています。 ダッソー・システムズ・グループは140カ国以上、あらゆる規 模、業種の約19万社のお客様に価値を提供しています。 より詳細な情報は、www.3ds.com（英語） 、www.3ds.com/ja （日本語） を ご参照ください。 Dassault Systèmes Corporate Dassault Systèmes 10, rue Marcel Dassault CS 40501 78946 Vélizy-Villacoublay Cedex France BIOVIA Asia Pacific ダッソー・システムズ・バイオビア株式会社 141-6020 東京都品川区大崎 2-1-1 ThinkPark Tower 21F ©2014 Dassault Systèmes. All rights reserved. 3DEXPERIENCE、CATIA、SOLIDWORKS、ENOVIA、DELMIA、SIMULIA、GEOVIA、EXALEAD、3D VIA、3DSWYM、BIOVIA、およびNETVIBESはアメリカ合衆国、またはその他の国における、 ダッソー・システムズまたはその子会社の登録商標または商標です。その他のブランド名や製品名は、各所有者の商標です。 ダッソー・システムズまたはその子会社の商標を使用する際には、書面による明示の承認が必要です。 図 1: ΔΔGsolv およびタンパク質双極子モーメントと pH の関数のグラフ • CHARMm: 最新リリースのアカデミック版 CHARMM バー ジョン 39b1 が統合されています。 • GOLD のサポート: Dock Ligands (GOLD)では、最新リリー スの CCDC GOLD バージョン 5.3 がサポートされていま す。 • NAMD: CPU エディション バージョン 2.9 が配布されま す。 • MODELER: 最新リリースのアカデミック版 MODELLER バ ージョン 9.146 が統合されています。 BIOVIA Americas BIOVIA 5005 Wateridge Vista Dr., San Diego, CA 92121 USA
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