パスワード: nj-150527 細胞周期と癌の悪性化 Cell cycle and tumor malignancy ~ゲノムの不安定性が癌を悪性化させる~ ~Genome instability augments malignancy~ Title 大阪大学・微生物病研究所:野島 博 RIMD, Osaka Univ. Hiroshi Nojima, Ph.D. 生命機能研究科講義: 平成27(2015)年5月27日(水) レポート課題(Report subjects) 1 (1)講義の内容から1つのキーワード(あるいはテーマ)を選 び、その解説を600~800字の日本語で記せ (解説図を必ず1枚含めること)。 Select one key word in my lecture and explain it with 600-800 words in English; never forget to attach at least one figure. (2) 4つのパートごとの講義内容理解度を数値で示せ : Evaluate how well you understood each part of the lecture (4 parts): 極めてよく理解できた (+5) ~殆ど理解できなかった (-5) Very well understood (+5) ~ Very poorly understood (-5) (3) 講義の感想を200字以上で記せ。 Describe about the impression of this lecture with >200 words in English. #1 図1-1 本日の講義内容 Contents of today’s lecture Part 1 癌の悪性化とは何か? What is tumor malignancy? Part 2 がん治療薬としての分子標的薬(イレッサなど) Molecular-targeted drugs such as iressa as a useful anticancer therapy Part 3 新しい癌の治療法 Future aspects of cancer therapy 2 癌におけるゲノムの不安定性とそれを標的とした診断・治療の可能性 Genome instability in cancer cells; possible diagnosis and therapy that targets the genome instability . Part 4 研究紹介: ELAS1ペプチドの同定と抗癌作用 Introduction to one of our research projects: Identification and anti-cancer effects of ELAS1 peptide. Part 1 3 癌の悪性化とは何か? What is tumor malignancy? 癌におけるゲノムの不安定性と それを標的とした診断・治療の可能性 Genome instability in cancer cells; possible diagnosis and therapy that targets the genome instability #. Human body consists of ~ 6 x 1013 cells Diameter of human cell is about 40 micrometer in average. Human 4 Size of human body is about 1.6 meter. = 6.4 x 1013 One dimensional ratio between these values is 40,000. Thus, three dimensional size difference is 6.4 x 1013. This means that human body may consist of 6.4 x 1013 cells. Tumor is derived from a single cancer cell. Four kinds of malignant tumors 「癌」は皮膚や内臓の表面など上皮性の悪性腫瘍 Carcinoma is tumor tissue derived from putative epithelial cells that contact with external environment. 5 Leukemia is a malignant disease, or cancer, of the Leukocytes in blood and bone marrow. 、神経性腫瘍 Sarcomas (Greek for “fleshy tumors”) are derived from mesenchymal (間葉 系) tissue, the tissue forming the structure of the body. Lymphoma is a cancer that starts in cells called lymphocytes. 悪性腫瘍(malignant tumor) 癌腫(carcinoma):上皮組織由来の悪性腫瘍 肉腫(sarcoma), 神経芽細胞腫(neuroblastoma):非上皮組織由来の悪性腫瘍 白血病(leukemia) リンパ腫(lymphoma) Cancer is a disease of the genome (DNA) 「がん」はゲノム(DNA)の病である 6 Most of the tumors are due to acquired, but not inherited, abnormality in a specific gene; a proto-oncogene or a tumor suppressor gene. 大部分のがんは後天的な特定遺伝子の異常に起因する。 原癌遺伝子の過剰発現や癌抑制遺伝子の欠損による場合もあるが、これらは遺伝性ではない。 Rarely, the following cases are hereditary cancers. ただし、ごくまれに遺伝的原因に起因する遺伝性のがんもある。 1)遺伝性の乳癌、子宮癌:BRCA1遺伝子の欠損。Hereditary breast and uterine cancers; defects in BRCA1 gene. DNA diagnosis of BRCA1 gene is practically available. 2)多発性内分泌腺腫(multiple endocrine neoplasia; defects in MEN types 1, 2a, 2b genes) - 遺伝子MEN types 1, 2a, 2bの欠損による種々の内分泌腺の腫瘍 3)Li-Fraumeni症候群(Li-Fraumeni syndrome; defects in p53 gene) - p53遺伝子の変異による骨肉腫、乳がん、軟組織肉腫、脳腫瘍など種々の腫瘍。 4)家族性大腸腺腫症(Familial adenomatous polyposis; defects in APC gene) - APC遺伝子の変異による若年期の大腸癌の発症。 5)遺伝性非ポリポーシス大腸癌(Hereditary nonpolyposis colorectal cancer; defects in hMLH1, 2, 6 genes) - hMLH1, hMSH2, hMSH6などDNA修復遺伝子の変異による若年期の大腸癌の発症。 6)網膜芽細胞腫(Retinoblastoma; defects in Rb gene ) - Rb遺伝子の変異による幼少期で網膜内に発生する癌。 7)フォン・ヒッペル・リンドウ病(von hippel Lindau disease; defects in VHL gene ) - VHL遺伝子の変異により若年期に高頻度に多発性嚢胞腎を発症し、後に腎癌を発生する。 DNA damage is caused by environmental stimuli and aging. 7 DNAは環境からの刺激や加齢により損傷する UV or gamma ray from the Universe or nuclear accident. Various causes of DNA damage Spontaneous mistakes in DNA replication and repair Pathogen Inhaled chemical carcinogen Exhaust gas Virus, Helicobact er pylori Spontaneous cellular dysfunction Chemical carcinogen dissolved in food Cancer cells divide and grow uncontrollably, forming malignant tumors, and invade nearby parts of the body. Cancer cells require no scaffold for their growth; they cannot arrest growth due to lack of contact inhibition. 接触阻害異常は Lats2欠損に由来する Loss of contact inhibition in cancer cell is due to the defect in the Hippo pathway where Lats2 kinase is one of the major players. がん細胞は足場が不 要なため 接触阻害が起きず、増 殖停止できない Malignant tumor cells invade and metastasize nearby parts of the body. 悪性化すると浸潤・転移する Chromosomes are unequally distributed into daughter cells がん細胞の染色体は不均等に 分配される 8 Cancer cells are immortalized and continue their endless growth がん細胞の増殖は不死化 されていて際限なく増殖し てゆく Cancer cells show chromosome instability 染色体不安定性の 獲得 Vogelstein’s model for multi-step tumorigenesis of colon cancer Cancer is caused by sequential mutations of specific oncogenes and tumor suppressor genes. Normal epithelial cell Mutation in a proto-oncogene Cell hypertrophy Demethylation of DNA Adenoma K-ras mutation (Chr-12) ゲノムの不安定性 と癌の悪性化 が始まる境界線 P53の欠損 This is the boundary where chromosomal instability begins to form malignant tumor Loss of DCC (Chr-17) Loss of p53 Loss of p53 (Chr-18) Metastasis 9 Cancer cells show abnormal M phase progression during the cell cycle 10 がん細胞は細胞周期の進行が異常となっている 静止期 (Go phase) M phase progression is abnormal In particular, abnormal regulation in the spindle assembly checkpoint (SAC) of cancer cells causes chromosome instability, thereby leading to augmented malignancy of cancer cells. とくにM期の紡錘体チェックポイント制御の異常が染色体不安定性を介した癌の悪性化を引き起こす What is cell cycle checkpoint ? A 11 Normal progression of cell cycle a b Checkpoint factor DNA damage B a c b Checkpoint factor arrests cell cycle progression until the defect is properly repaired. 図29;チェックポイント制御の原理。(A)通常は細胞周期は順調に進行しています。(B)もし、ある過程に異 状が生じると、その信号がチェックポイント因子(c)に伝えられます。活性化されたチェックポイント制御 機構因子は異常が修復されるまで細胞周期の進行を停止させておきます。 . What is chromosomal instability of cancer cells ? 12 DNA replication of cancer cells is retarded Chromosome of normal cells Normal segregation Chromosome segregation Abnormal M phase checkpoint regulation initiates premature chromosome segregation M期の紡錘体チェックポイント制御の 異常によりDNA 複製の途中で染色 体分配が開始してしまう Chromosome is torn off Only ~1000 genes are required for cellular growth Unicellular organism Normal cell 13 Essential genes for cell growth Required genes for coordination with other cells Deletion of nonessential genes are OK for growth of cancer cells Cancer cell What is proto-oncogene? 14 がん原遺伝子(原型がん遺伝子:Proto-oncogene)とは? Normal expression Normal gene Normal growth Over-expression Cancer cell Mutated proto-oncogene Over-expression of mutated protooncogene Cancer cell Proto-oncogene causes cancer when it is overexpressed. Mutated protooncogene is a potent cancercausing gene, particularly when it is overexpressed. The experiment that lead the discovery of proto-oncogene. 15 Grind the tumor Inject it into a healthy chicken Tumor Tumor formation was observed at the injected site Oncogenic virus discovered from avian sarcoma. Genome structure of retrovirus 16 Src-carrying retrovirus Infection Infection Transformation v-src =viral src Infection and steal c-src (cellular src) from the genome Over-expression of activated c-src (v-src) Classification of proto-oncogenes がん原遺伝子(原型がん遺伝子:Proto-oncogene)の分類 Growth factor Steroid hormone Growth factor Cys rich region Growth signal Protooncogene products transmit growth signals. Transcriptions of growth promoting genes EGFR EGF 17 Two hit model of Knudson lead the discovery of Rb gene 癌抑制遺伝子(pRB)の発見を導いたクヌーツソンのツーヒットモデル In babies from normal parents, two hits (second mutation), but not a single hit, induces cancer. Single hit Two hits Normal Cancer Rb: retinoblastoma In babies from a carrier mother or father, a single hit induces cancer. Single hit 18 From a carrier mother/father (y=ax) Two hits Time lag From normal parents (y=ax2) Normal Cancer Loss of Rb gene leads to tumor formation 癌抑制遺伝子(たとえばpRB)が欠損すると細胞は癌化する Normal pRB inhibits activation of DP-1/EF2 transcription factors that induce transcription of S phase promoting genes. Normal pRB Abnormal pRB G1/S phase 19 Abnormal pRB fails to inhibit activation of DP1/EF2, thereby constantly inducing S phase initiation, namely, continuous cell cycle progression. Loss of Rb protein (pRB) fails to stop the cell cycle at G1/S phase pRBの欠損により細胞周期(S期開始)が停止できなくなる Mutations of p53 tumor suppressor gene is frequently observed in cancer patients 20 多くのヒトの癌細胞で欠損が見つかるp53も癌抑制遺伝子で、 多彩なp53の機能が正常に働かないため細胞は癌化する p53 is the guardian of the genome p53はゲノムの 守護神と呼ばれ ている p53 plays multiple important roles p53は数多くの重要 な役割を果たす Defects in p53 gene cause dysregulation of checkpoint control, thereby inducing genome instability of cancer cells. p53の欠損によりチェックポイント制御が効かなくなり染色体不安定性が増悪する p53 regulates replication and maturation of centrosome p53は中心体の複製や成熟を制御する 21 Mitosis 細胞分裂 Cell death 細胞死 Three centrosomes are observed in p53 defective cells 3極/5極紡錘体を持つp53欠損細胞核 Mitosis 細胞分裂 多極紡錘体を 持つp53欠損 細胞核 Abnormal number of centrosome causes chromosome instability 中心体数の異常は 染色体不安定性を引き起こす Malignant tumor 悪性化した がん細胞 Malignant tumor 悪性化した がん細胞 Cell death 細胞死 Multiple centrosomes are observed in p53 defective cells 図89;p53は中心体の複製や成熟も制御します。そのためp53の欠損した細胞では紡錘体極の数が異常になり、細胞 分裂ごには細胞は異常な染色体を持ちます。それらの細胞の多くは死滅しますが、なかには染色体不安定性を獲得 . したまま生き延びて悪性のがん細胞となるものも出てきます。 Life style to inhibit carcinogenesis 癌を防ぐ生活習慣 22 Anti-mold agents included in imported fruits may cause cancer 輸入フルーツに含まれている防かび剤も 発がん性が疑われている。 ポストハーベスト農薬: post-harvest chemicals Anti-mold agent; 防カビ剤 オルトフェニルフェノール orthophenyl phenol; OPP ポリ塩素化ビフェニル polychlorinated biphenyl; PCB チアベンダゾール Thiabendazole:TBZ Insecticide (Piperonyl butoxide, PBO) 防虫剤(ピペロニルブトキシド) Nitrous acid may induce cancer Lemons, grapefruits, banana, potato and grains レモン、グレープフルーツなどの柑橘類、 バナナ、ジャガイモ、穀物 UV light is classified into UV-A, -B and -C 23 It is recommended to avoid from UV light (UV-A and –B). Part 2 24 Molecular targeted drug is useful as anti-cancer therapy 有用ながん治療薬としての 分子標的薬 . Conventional anticancer drug kills both normal and cancer cells, so far as they are growing. 従来の抗がん剤はがん細胞の増殖が速いと いう特徴に注目しているので 増殖する細胞を無差別に殺す。 25 This causes severe side effects, damaging immune cells, intestine cells, hair matrix cells etc. 増殖している正常細胞(免疫系、小腸細胞、毛根 細胞など)も無差別に殺すので副作用がきつい。 . Conventional anticancer drug inhibits S phase or M phase progression of both normal and cancer cells 26 従来の抗がん剤は、がん細胞と正常細胞のS期またはM期の進行を阻害する 静止期 (Go phase) Inhibition of S phase S期進行阻害 Inhibition of M phase M期進行阻害 Inhibition of M phase M期進行阻害 27 Inhibition of S phase S期進行阻害 Inhibition of S phase S期進行阻害 図8-1:がんの化学療法に使われる薬剤。(a)メソトレキセートは核酸の前駆体である葉酸代謝酵素の基質のひとつに構造が類似し ているが役立たないため、間違って取り込んだ細胞のDNAの複製を阻止することで細胞増殖をS期で停止させる。(b)フルオロウラ シル(5-FU) は構造がウラシルと似ているが機能できないため、間違って取り込んだ細胞の増殖を阻害する。(c)シスプラチンは中央 に白金を含み、DNAの中にはまり込んで、DNAの複製と分配を阻止することで細胞増殖をS期で停止させる。(d)パクリタキセルは 植物アルカロイドで、DNAを細胞分裂の時に分配する微小管の微小管の脱重合を阻害することで、細胞増殖をM期で停止させる。 (e)マイトマイシンCはDNAの小溝に沿うようにはまり込んでDNAの動きを封じることで細胞増殖を阻害する。(f)アンスラサイクリン 類はDNAの塩基対間の隙間に挟みこまれる形で挿入されることで、DNAの複製と分配を阻止することで細胞増殖を阻害する。 分子標的薬は 28 一つの異常分子のみを特異的 に阻害する薬剤である。 Molecular targeted drugs specifically inhibit the function of targeted proteins . List of molecular target drugs presently used at the bedside 29 …mab means (Monoclonal Antibody) 抗体製剤(青字)はマブ という略称を持つ。 Iburitumomab omab(o=mouse) means mouse Mab Gefitinib (iressa) will be explained in detail. rituximab ximab(xi=chimeric) means chimera of mouse and human Mab alemutuzumab (anti-CD52) (zu=humanized) means humanized Mab Panitumumab umab(u=human) means complete human Mab …nib comes from (inhibitor) ニブという略称はプロテインキ ナーゼ阻害薬(化学製剤)を意味 する。 Herceptin (trastuzumab) inhibits dimerization of HER2 30 Herceptin = antibody Ligand binding is inhibited HER2 No more signaling Herceptin = antibody HER2 Apoptosis of cancer cell NK cell HER2 図44:トラスツズマブ(ハーセプチン)の作用の仕組み。(a)上皮性細胞成長因子受容体は膜貫通型受容体チロシンキ ナーゼであり、構造が類似したHER1(EGFR),HER2,HER3,HER4の4種類が知られている。それに結合して細胞外の 増殖信号を細胞内に伝える働きをするリガンドにはEGF,TGF-α,アンフィレギュリンなど13種類も知られているが、HER2 には未だリガンドが見つかっていない。またHER3はチロシンキナーゼ部位が失活している。(b)トラスツズマブはこのうち HER2の細胞外領域に結合してHER2の機能を阻害するモノクローナル抗体製剤である。(c)トラスツズマブの薬効の一 部は抗体依存性細胞障害によって説明される。 Iressa (gefitinib) 31 Anticancer drug especially for non-small cell lung cancer an epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitor Crystal structure of EGFR kinase domain and Iressa EGF EGF receptor Iressa ATP ATP Yun CH et al., Cancer Cell (2007), 2ITY Gefitinib (Iressa) Induction of apoptosis Growth suppression Function of EGF receptor (ErbB) and erbB (a proto-oncogene) 32 Growth signal; Always ON! Phosphorylation target Enhanced expression of target gene Iressa (gefitinib); Good or Bad? Good for; Bad for; Super-responder Adverse effects Asian, female, and non-smoker. 33 (~0.7% of patients) Acute lung injury Interstitial pneumonia Iressa (gefitinib) potently inhibits tumor cells harboring mutations of EGFR gene. EGFR gene 34 Gefitinib is supereffective to the patients whose EGFR genes of cancer cells harbor these mutations. EGFR protein 図8-3:ゲフィチニブ(商品名イレッサ)の構造と働く仕組み。(a)ゲフィチニブはEGFRの細胞質側にあるチロシンキナーゼ (TKATP)領域に特異的に結合する阻害剤で、EGFRの自己リン酸化を阻害する事でシグナル伝達を妨害し、EGFRを過 剰発現しているがん細胞の増殖を阻止してアポトーシスにより殺傷する。(b)ゲフィチニブが薬効を示す非小細胞肺がん患 者において頻繁に見つかるEGFR遺伝子の変異点。Δ746-750はこの位置で5個のアミノ酸が欠失しているしていることを 示す。Ins747-753はこの位置にアミノ酸の挿入が見つかることを意味する。これらの変異が見つかった場合にはゲフィチ ニブが劇的に効くことが期待できる。 Imatinib mesylate (Gleevec®) inhibits ABL kinase ABL kinase Tyr phosphorylation 経口化学製剤 Oral formulation Growth Application of imatinib causes cell death of cancer cells with enhanced expression of ABL kinase. 35 Molecular mechanism how Gleevec (Imatinib) functions as an anti-tumor drug 36 図36:イマチニブ(グリベック)の 働く仕組み。 Fusion of Bcr-Abl genes causes overexpression of Abl protein. (a)殆どの慢性骨髄性白血病患 者では、がん化した白血球細胞 の9番目(Ablが配座)と22番目 (Bcrが配座)の染色体が相互 転座したフィラデルフィア染色体 (Ph)を持って異常Bcr-Abl融合 タンパク質を発現している。 (b)イマチニブはATP の入るポ ケットをふさぐように入り込み、 キナーゼ活性発動を妨害する。 (c)移行期や急性転化期の患者 では新たな変異によりイマチニ ブ耐性となる。それを乗り越え るために新規な薬剤が開発され ている。 Part 3 新しい癌の治療法 Future aspects of cancer therapy 1) ミア と オンコミア miRNA and OncoMiR 2)エクソソーム Exosome 3)がん幹細胞 Cancer Stem Cells(CSCs) 4) がんの遺伝子治療 Gene therapy of cancer 37 ミア と オンコミアとは何か? What is miRNA and OncoMiR? 38 Transcription of OncoMiR miRNA (A)n 癌抑制遺伝子から転写されたmRNAの翻訳抑制 Suppression in translation of mRNA transcribed from tumor suppressor gene Same as disruption of tumor suppressor gene 癌抑制遺伝子の欠損と同じ効果 腫瘍形成 Tumor formation エクソソーム(exosome)とは何か? 39 What is exosome? ** 直径30-100nmの小型膜小胞 Small vesicles (diameter: 30-100 nm) エクソソーム(exosome) =エクソゾーム =エキソソーム エクソソーム Endocytosis エンドサイトーシス 初期エンドソーム(EE) Early Endosome エキソサイトーシス Budding 出芽 多胞体(MLV) Multilamellarvesicle ライソゾーム エクソソームの形成と放出の仕組 み。 Exosome formation and release . エクソソームの中には多彩なmRNAやタンパク 質のみでなく、miRNAも多種類存在する。 Exosomes include not only mRNAs and proteins but also miRNAs. Exosomal miRNAs 40 エクソソームは分泌細胞とその標的細胞の間で 蛋白質や脂質を交換する重要なメッセンジャー である。 Exosomes are important messengers that exchange proteins and lipids between secretary cells and target cells. 血清からは4億個以上の 細胞培養液からは約68億個の エクソソームが採取できる。 Serum contains > 4 x 10 8 exosomes. Cell culture supernatant contains > 6.8 x 109 exosomes. . エクソソームは腫瘍細胞による免疫抑制誘導に関 与する可能性が示唆されている。 Exosome may cause immunosuppressive effects induced by tumor cells. 41 腫瘍由来のエキソソームは、腫瘍形成 メディエーターである。 Exosomes derived from tumors are the mediators of tumor formation. がん幹細胞とは何か? What is Cancer Stem Cells(CSCs)? 42 X-ray Chemicals X線治療 抗がん剤治療 Cancer cells die 普通のがん細胞 は死滅する Non-growing CSC remain alive 増殖していない CSCは健在 Relapse of cancer がんの再発 CSC Cancer cell 普通のがん細胞 Gradual death of cancer cells 普通のがん細胞は徐々に減少する Application of CSC-specific anti-CSC drug CSCのみを殺す薬剤の投与 Annihilation of cancer cells がんは全滅! がんの遺伝子治療とは何か? What is gene therapy of cancer? 43 血中循環がん細胞 (Circulating Tumor Cell: CSC) の早期発見 TelomeScan detects small tumors and circulating tumor cells (CSC). Telomelysin specifically kills cancer cells ヒトの逆転写酵素(hTERT)を発現するテ ロメスキャンの構造。 Structure of TelomeScan that can expresse hTERT (Telomerase reverse transcriptase). がん細胞の中だ けで増えてがん 細胞を破壊する ことが Gene therapy of cancer がんの遺伝子治療 44 岡山大学・ 藤原俊義教授 Prof. Fujiwara; Okayama Univ. テロメスキャンで腫瘍を視覚化する Vusualize the tumors by telomescan テロメライシンで癌細胞のみを殺す Only cancer cells are killed by telomelysin がん細胞の中だ けで増えてがん 細胞を破壊する Viruses grow rapidly in cancer cells alone, thereby killing them efficiently. 単純ヘルペスウイルス1型(HSV-1) Herpes Simplex Virus; HSV-1(G47Δ) 45 東大医科学研究所・藤堂具紀 教授; Prof. Tomoki Todo, Tokyo Univ. HSV-1(G47Δ)は がん細胞の中でのみ 増殖して、がん細胞を 選択的に殺す HSV-1(G47Δ) specifically kills cancer cells Since HSV-1(G47Δ)lacks γ34.5 gene, it can synthesize protein only in cancer cells because they produce proteins (e.g. GADD34), which complements the lack of γ34.5. Since ICP6 gene of HSV-1(G47Δ)is inactivated, it can synthesize viral DNA only in cancer (growing) cells. Since α47 gene of HSV-1 (G47Δ)is deleted, it can efficiently replicate only in cancer cells. Moreover, this deletion enhances antitumor immunity. 単純ヘルペスウイルス1型(HSV-1) 第3世代HSV-1(G47Δ) 東大・藤堂具紀 教授 平成21年より悪性脳腫瘍患者を対象に臨床試験を開始 平成25年より前立腺癌患者を対象に臨床試験を開始 HSV-1(G47Δ)は がん細胞の中でのみ増殖し たのち、周辺に存在する がん細胞を次々と殺してゆく HSV-1(G47Δ) are distributed to the surrounding cancer cells by infection 46 E. coli competent cells Plasmid DNA cannot enter into an E. coli cell Preparation of an E. coli competent cell Plasmid DNA enters into a competent E. coli cell Loosened membrane of competent cell is repaired after incorporation of DNA competent 47 The essential point of this technique is to vigorously shake E. coli cells at 18oC for >32 hours. 48 Overnight culture Shake at 37oC for ~12 hours Pick up a single colony 3 x 109 cfu/mg plasmid Streak E. coli stock on LB plate Safely stocked for >2 years in liquid nitrogen Liq N2 Less than 250 ml in 5 liter flask Shake vigrously >200 rpm at 18oC for 32 hours Treatment with TB solution Quick chill. Immerse in liquid nitrogen . This competent cell is cited as Ultra-Competent cells in “Molecular Cloning” 49 Sambrook 3 x 109 cfu/mg plasmid Page 1.112-115 Sambrook 大腸菌コンピテントセルの調整と形質転換の手順。 Ultra competent cell Molecular Cloning: Page 1.112-115 1. 準備するもの: 1) SOB培地 最終濃度 Bacto Tryptone 20g 2.0% Bacto Yeast extract 5g 0.5% 5M NaC1 2ml 10mM 2M KCl 1.25ml 2.5mM ミリQ水約990mlを加え全量を 1L に調整してよく混ぜてからオートク レーブにて滅菌する.使用前に,別滅菌しておいた2M Mg2+溶液 (1M MgSO4・7H2O+1M MgCl2・6H2O)を10ml加える。 2) SOC培地 SOB培地に滅菌済み2Mグルコースを1/100量加え,0.22mmを用 いてフィルター滅菌する.保存は4℃。 3) Transformation Buffer <TB> 最終濃度 PlPES 3.0g 10mM CaCl2・2H2O 2.2g 15mM KCl 18.6g 250mM これらを約950mlの滅菌水に懸濁した後,5N KOHにてpHを6.7~6.8 に合わせる(低pHでは白濁状態.pH調整によって溶解する). 次いで,最終濃度が55mMとなるようMnCl2・4H2O (10.9g)を添加・溶 解し,液量を1Lに調製後,0.22umを用いてフィルター滅菌する.保存 は4℃ 4)SOC:SOB培地に2Mグルコースを1/100加える。 5)LB+アンピシリン寒天培地 6)液体窒素 50 2.コンピテントセルの調製法: (1) 液体窒素(またはー80℃ )保存から取り出した大腸菌をL B培地にストリークし、37℃で1~2昼夜培養。 (2) 1~3mm径のコロニーをまず、1mlのSOBに懸濁し、一夜 (約12時間)培養する。 (3)この全量を250mlのSOB培地の入った5Lの三角フラスコに 移す(1Lのフラスコなら 50ml SOB)。 (4)回転型シェーカーで激しく(>200rpm)振とうし、18℃(無理なら 室温でも良い)で19~50時間培養する。 (5) 培養液が濁ってきたら(OD600=0.4~1.5のどこでも良 い)に達したら、培養を止め直ちに氷中にて、10分間冷却する。 (6) 培養液を500mlの遠沈管に移し、4℃で3000rpm、15分 間遠心する。 (7) 上静を再使用のため元の三角フラスコに戻す。沈殿物は 80mlの氷冷TBに懸濁し、さらに氷中で10分間冷却する。 (8) 4℃で3000rpm、15分間遠心する。 (9) 上澄みは捨て、沈殿物を20mlの氷冷TBに懸濁した後、1. 5mlのDMSO(最終濃度7%)を添加し氷中で10分間冷却する。 (10) 0.1~0.5mlずつ1.5mlチューブに分注し、直ちに液体窒 素に浸し凍結させる(コールドショックは必須)。 (11)そのまま液体窒素あるいはー80℃冷凍庫で保存する。 3.形質転換操作 (1)冷凍庫から取り出したコンピテントセル手のひらの中で融解 後、氷中に置く。 (2)10~50μlずつ1.5mlチューブに分注し、1~20μlのDNAサ ンプルを加え、氷中で30分間冷却する。 (3) 42℃のヒートブロック中で30秒間保持し、氷中で2分間冷 却する。 (4) 40~200μl(4倍量)のSOC液体培地を加え、37℃で1時 図4 間ほど振とう培養する。 (5) LB+アンピシリン寒天培地にストリーク、あるいは軟寒天培 地によって撒いたあと、37℃で一晩培養する。 注意点 大腸菌コンピテントセルの調整と形質転換の手順(注意点)。 250mL/5Lあるいは 50mL/1Lの割合は厳 守すること! 濁っていれば良いので OD600を測定する必要 なし。 上済みを再度振とう培養し、数時間 たって濁った時点で同じ調整をすれば 同等なコンピテントセルが調整できる。 その上澄みを再度、調整することも可 能である。 液体窒素保存では1年以上は効率 は変化しないが、-80℃冷凍庫の 保存では1ケ月に10分の1位に 効率が低下する。その場合には簡 単なので作り直しましょう。 Molecular Cloning: Page 1.112-115 Ultra competent cell 2.コンピテントセルの調製法: (1) 液体窒素(またはー80℃ )保存から取り出した大腸菌をL B培地にストリークし、37℃で1~2昼夜培養。 (2) 1~3mm径のコロニーをまず、1mlのSOBに懸濁し、一夜 (約12時間)培養する。 (3)この全量を250mlのSOB培地の入った5Lの三角フラスコに 移す(1Lのフラスコなら 50ml SOB)。 (4)回転型シェーカーで激しく(>200rpm)振とうし、18℃(無理なら 室温でも良い)で19~50時間培養する。 (5) 培養液が濁ってきたら(OD600=0.4~1.5のどこでも良 い)に達したら、培養を止め直ちに氷中にて、10分間冷却する。 (6) 培養液を500mlの遠沈管に移し、4℃で3000rpm、15分 間遠心する。 (7) 上静を再使用のため元の三角フラスコに戻す。沈殿物は 80mlの氷冷TBに懸濁し、さらに氷中で10分間冷却する。 (8) 4℃で3000rpm、15分間遠心する。 (9) 上澄みは捨て、沈殿物を20mlの氷冷TBに懸濁した後、1. 5mlのDMSO(最終濃度7%)を添加し氷中で10分間冷却する。 (10) 0.1~0.5mlずつ1.5mlチューブに分注し、直ちに液体窒 素に浸し凍結させる(コールドショックは必須)。 (11)そのまま液体窒素あるいはー80℃冷凍庫で保存する。 3.形質転換操作 (1)冷凍庫から取り出したコンピテントセル手のひらの中で 融解後、氷中に置く。 (2)10~50μlずつ1.5mlチューブに分注し、1~20 μlのDNAサンプルを加え、氷中で30分間冷却する。 (3) 42℃のヒートブロック中で30秒間保持し、氷中で 2分間冷却する。 (4) 40~200μl(4倍量)のSOC液体培地を加え、 37℃で1時間ほど振とう培養する。 図4 (5) LB+アンピシリン寒天培地にストリーク、あるいは 軟寒天培地によって撒いたあと、37℃で一晩培養する。 51 Protocol for preparation of E. coli competent cell with extraordinarily high frequency Ultra competent cell Molecular Cloning: Page 1.112-115 1. prepare the following solutions 1) SOB Final concentration Bacto Tryptone 20g 2.0% Bacto Yeast extract 5g 0.5%% 5M NaC1 2ml 10mM 2M KCl 1.25ml 2.5mM Fill up to 1,000 ml by addition of pure water ~990ml. Mix it well by stirring bar, then autoclave it. When this SOB is cooled down after autoclaving, add 10ml of 2M Mg2+solution (1M MgSO4・7H2O+1M MgCl2・6H2O), which was separately autoclaved. 2) SOC Add 0.01 volume of autoclaved 2M glucose to SOB, and filtrate it using a filter unit with 0.22mm pore size. Store it at 4oC. 3) Transformation Buffer <TB> Final concentration PlPES 3.0g 10mM CaCl2・2H2O 2.2g 15mM KCl 18.6g 250mM Mix them in 950ml pure water, then adjust pH6.7~6.8 by addition of 5N KOH This solution is turbid white at low pH, then turns to transparent as pH value increase. Then, add MnCl2・4H2O (10.9g) to the final concentration of 55mM. Subsequently, fill up to 1,000ml by pure water and filtrate it using a filter unit with 0.22mm pore size. Store it at 4oC. 4) SOC: Add 0.001 volume of 2M glucose to SOB. 5) LB + ampicillin agar plate 6) Liquid nitrogen 2. Preparation of E. coli competent cell (1) Streak E. coli stock (in liquid nitrogen or deep freezer at -80℃) on LB-Amp plate and incubate it at 37℃ for 1-2 days. (2) Pick up a single colony of 1~3mm diameter, inoculate into 1ml SOB, then shake at overnight. (3) Transfer it to 5L flask containing 250ml SOB (4)Incubate it by vigorous rotor shaking (>200rpm) at 18℃ (room temperature may be OK) for 2-3 days (19-50 h). (5) When SOB becomes turbid, anywhere with OD600=0.4~1.5), stop shaking and cool it in ice water for 10 min. (6) Transfer SOB into a centrifuge tube (500ml) and spin at 3,000rpm (Beckman) at 4oC for 15 min. (7) Transfer back the supernatant into the original 5L beaker and start shaking incubation for the 2nd preparation, if necessary. To the precipitate, add 80ml ice cold TB and keep it cool in ice water for 10 min. (8) Spin at 3,000rpm (Beckman) at 4oC for 15 min. (9) Discard the supernatant. Add 20ml ice cold to the precipitate and gently mix it. Then add 1.5ml DMS (final 7%) and keep it cool in ice water for 10 min. (9) Divide this into 1.5ml microfuge tube (0.1ml per tube). Then perform quick chill process (essential process) by immersing them into liquid nitrogen. (10) Store these tubes in into liquid nitrogen or freezer at -80℃. 3. Transformation process (1) Take frozen competent cells and warm them by hand until they dissolve, then put them cool in ice cold water. (2) Divide them into 10~50μl into microfuge tubes and keep them cool in ice cold water for 30 min. (3) Heat them at 42℃ for 30 sec, then cool in cool in ice cold water for 2 min. (4) Add 4 x volume (40~200μl) of SOC and incubate by vigorous shaking at 37℃ for 60 min. 図4at 37℃ (5) Streak or pour onto LB-Amp plate and incubate overnight. Technical notes Keep the volume ratio SOB vs flask size (20 x) 250mL/5L or 50ml/1L. No need to measure OD600 strictly. Just confirm that SOB is turbid. You can repeat the preparation of competent cell by incubating the supernatant again. This time, it will take only several hours before SOB become turbid. The transformation frequency of competent cells thus prepared does not change in liquid nitrogen for more than a year. However, when stored in deep freezer (-80℃), the frequency decreases down to only 10% of the fresh one. Molecular Cloning: Page 1.112-115 Ultra competent cell 2. Preparation of E. coli competent cell (1) Streak E. coli stock (in liquid nitrogen or deep freezer at -80℃) on LB-Amp plate and incubate it at 37℃ for 1-2 days. (2) Pick up a single colony of 1~3mm diameter, inoculate into 1ml SOB, then shake at overnight. (3) Transfer it to 5L flask containing 250ml SOB (4)Incubate it by vigorous rotor shaking (>200rpm) at 18℃ (room temperature may be OK) for 2-3 days (19-50 h). (5) When SOB becomes turbid, anywhere with OD600=0.4~1.5), stop shaking and cool it in ice water for 10 min. (6) Transfer SOB into a centrifuge tube (500ml) and spin at 3,000rpm (Beckman) at 4oC for 15 min. (7) Transfer back the supernatant into the original 5L beaker and start shaking incubation for the 2nd preparation, if necessary. To the precipitate, add 80ml ice cold TB and keep it cool in ice water for 10 min. (8) Spin at 3,000rpm (Beckman) at 4oC for 15 min. (9) Discard the supernatant. Add 20ml ice cold to the precipitate and gently mix it. Then add 1.5ml DMS (final 7%) and keep it cool in ice water for 10 min. (9) Divide this into 1.5ml microfuge tube (0.1ml per tube). Then perform quick chill process (essential process) by immersing them into liquid nitrogen. (10) Store these tubes in into liquid nitrogen or freezer at -80℃. 3. Transformation process (1) Take frozen competent cells and warm them by hand until they dissolve, then put them cool in ice cold water. (2) Divide them into 10~50μl into microfuge tubes and keep them cool in ice cold water for 30 min. (3) Heat them at 42℃ for 30 sec, then cool in cool in ice cold water for 2 min. (4) Add 4 x volume (40~200μl) of SOC and incubate by vigorous shaking at 37℃ for 60 min. (5) Streak or pour onto LB-Amp plate and incubate at 37℃ overnight. 野島博/著(価格:2,200円 )・講談社・ 2014年10月 遺伝子検査でどんな病気がわかるの? どこに行けば検 査できるの? 費用は? 53 野島博/著(価格:2,100円 )・講談社・ 2009年7月 「がん細胞って何?どうして転移するの?どんな治療 法があるの?」遺伝子から読み解くがんの成り立ち。 . Thank you Thank you very much for your attention !
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