次世代シーケンシング受託サービス トランスクリプトームシーケンシング X ゲノムシーケンシング PacBio RS II ロングリードシーケンシング Human Whole Genome Sequencing PacBio RS II Sequencing 使⽤機種 HiSeq X PacBio RS II HiSeq 2000/2500 HiSeq2000 対象⽣物 ヒト 全⽣物 ヒト、マウス、ラット等 ヒト、マウス、ラット等 データ量 約 90 Gb 4 Gb 1 レーン使⽤：約 8 Gb サービス項⽬ mRNA-seq 1 SMRT Cell あたり 500 Mb〜800 Mb （⾮保証） small RNA-seq リード⻑ 150 bp 〜50 Kbp 100 bp 50 bp シーケンス⽅法 Paired End 1 SMRT Cell, P6C4 系 Paired End/Multiplex Single End gDNA量：8 ug以上 濃度：50ng/ul以上 必要サンプル量 gDNA 1 ug 以上（最低 0.2 ug 以上） A260/A280：1.8以上 A260/A230：1.8以上 Total RNA 量 >1 ug/サンプル Total RNA 3 ug 以上 電気泳動でsmearなし（写真を事前にご送付下 さい） ・リファレンスゲノムへのマッピング ・Alignment and Statistics ・SNVの探索 データ解析 ・アノテーション ・Gene expression profile ・Expression profiling による Differentially ・Differentially Expressed Genes（DEGs） Expressed Small RNA の探索 Number Variation（CNV）の検出 ・SNPs and Indel calling by mapping to ・新規 Small RNA の探索 （CNVを含む構造変異の検出はヒトの場合のみ reference genome ・Short InDel、転座などの構造変異、Copy ・アセンブル含む（バクテリアのみ） 対応可） 価格 （税抜） 20 kb ライブラリ作製費⽤：139,000 円/サン 357,000 円/サンプル 1 SMRT Cell のラン費⽤：123,000 円 納期 4-6 週間 （QC合格後） 納品物 4-6 週間 ：11.5 万円/サンプル（10 サンプル以上：10 万円/サンプル） データ解析：52,000 円/サンプル シーケンス： 6-8 週間 データ解析：1-2 週間 ライブラリー作製：65,000 円/サンプル 1 レーン：21.5 万円 データ解析：49,000 円/サンプル 約 8 週間（データ解析まで） 1. シーケンシング結果（fastq） 1. シーケンシング結果（fastq） 1. シーケンシング結果（fastq） 1. シーケンシング結果（fastq） 2. リファレンスゲノムへのマッピング結果 2. bas.h5 2. リファレンスゲノムへのマッピング結果 2. サンプル間の発現レベル⽐較結果 3. SNV（⼀塩基変異）及び InDel（挿⼊・⽋失 3. metadata.xml など 3. 転写産物ごとの発現レベルリスト 変異）のリスト 4. サンプル間の発現レベル⽐較結果 4. CNV（ コピー数変異）および SV（染⾊体構 5. クラスタリング解析結果 造変異）（ヒトの場合のみ） 1 プル シーケンス費⽤（ライブラリ作製込み） 次世代シーケンシング受託サービス キャンサーパネルシーケンシング エクソーム/ターゲットシーケンシング サービス項⽬ Exome Sequencing Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 Comprehensive Cancer Panel エピゲノムシーケンシング ジェノタイピングシーケンシング ChIP Sequencing Genotyping by Sequencing 使⽤機種 HiSeq 4000 Ion PGM Ion Proton HiSeq 2000 HiSeq 2000 対象⽣物 ヒト、マウス等 - - リファレンスのある⽣物のみ 様々 データ量 5GB - - 1レーンで8Gb 32 Gb 以上/レーン リード⻑ 100 bp - - シーケンス⽅法 Paired End/Multiplex - - 50 bp Single End 必要サンプル量 データ解析 価格 （税抜） gDNA 1ug以上 gDNA 1ug以上(分解なし、A260/A280は1.7以 （分解なし、A260/A280は1.7以上） 上)、10uL 以上 ・Variant Calling（SNP, In/Del） ・Annotation gDNA 300 ng 以上、10 uL 以上 （20 サンプル以上で 8.6 万円/サンプル） シーケンス： 6-8 週間 データ解析：1-2 週間 1レーンに 4-8 サンプル IPしたDNA（精製したDNA断⽚）の濃度は DNA 20ng/ul以上 10ng/ul以上で 10ul以上必要です。sizeは A260/280が1.7以上 500bp以下で300bp程度が適しています。 10ul以上、0.2ug以上 ・Standard data analysis - Mapping to the current reference - Mapping to the current reference genome genome - Analysis of mapping statistics - Analysis of mapping statistics ・SNP detection - SNPs calling - SNPs calling ・Genotyping 86,000 円/サンプル 13 万円/サンプル ・Sequenced data basic analysis ・Statistics of GBS tag data production ・ピーク解析 データ解析： 1.4 万円/サンプル 納期 100 bp Paired End ・Standard data analysis シーケンス費⽤： 11.5 万円/サンプル （QC合格後） 納品物 ・Alignment for species with reference ライブラリ作製： 65,000円/サンプル シーケンス費⽤：1,535 千円/サンプル 22 万円/1レーン （データ解析込み） データ解析：65,000円/サンプル 約 2 週間 約 2-4 週間 シーケンス： 6-8 週間 シーケンス： 6-8 週間 データ解析：1-2 週間 データ解析：1-2 週間 1. シーケンシング結果（fastq） 1. シーケンシング結果（fastq） 1. シーケンシング結果（fastq） 1. シーケンシング結果（fastqフォーマットファ 1. シーケンシング結果（fastq） 2. リファレンスゲノムへのマッピング結果 2. 変異検出結果 2. 変異検出結果 イル） 3. クオリティコントロール結果 2. リファレンスゲノムへのマッピング結果 4. ターゲット領域におけるdepth（冗⻑度）の 3. ピークの検出およびアノテーション結果 ヒストグラム 4. モチーフの検出 5. SNV解析結果 6. シーケンシングdepth（冗⻑度）とCCDSエ クソンのカバレッジ解析結果 2 Ion AmpliSeq™ 2. 変異検出結果
© Copyright 2024 ExpyDoc
