坊農秀雅情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベース

統合データベースと
DBCLSとは?
坊農秀雅
情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベース
センター(DBCLS)
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
歴史
http://dbcls.rois.ac.jp/about/history より
2
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
I
B
C
http://dbcls.rois.ac.jp/about
和をもって貴しとなす
本
日
N
版
• DDBJ: DNAデータアーカイブ
• DBCLS: データベース統合基盤技術開発
• NBDC: 戦略立案、funding
3
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
代表的な統合DB提供サービス
• DBカタログ
http://integbio.jp/dbcatalog/
• DB横断検索 http://biosciencedbc.jp/dbsearch/
• DBアーカイブ http://dbarchive.biosciencedbc.jp/
• 新着論文レビュー/領域融合レビュー
http://first.lifesciencedb.jp/
• 統合TV
http://togotv.dbcls.jp/ http://leading.lifesciencedb.jp/
• 統合データベース講習会AJACS
–次世代シークエンサ速習コース
4
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
統合DB講習会AJACSの開催
All Japan Annotator/Curator/System DB administrator
• 約50回ほど
–Since 2008年3月
–当初はDBCLS,
2011年からは
NBDCが主催
• 北は北海道から
南は沖縄まで
• 主に初心者向け
でウェブベース
5
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
6
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
生物学者による情報処理技術研究会
7
http://www.kazusa.or.jp/meeting/infobio2003a/
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
そして干支は一周して2015年
• 誰もが”バイオインフォマティシャン”の時代
–Nature ダイジェスト2015年1月号
• 「これからは、生物学者自身がデータ解析す
る時代なんです」坊農秀雅
–言っていることが変わっていないw
「生物学者による情報処理技術研究会」
AJACSadvance(AJACSa)へ
8
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
1. Exhaustive, but functional index for public raw data repository
DBCLS SRA
AOE(All Of gene Expression)
Yellow pages for Sequence Read Archive(SRA)
Graph shortcut for gene expression data
http://AOE.dbcls.jp/
http://SRA.dbcls.jp/
Next generation reads(SRA)
Samples(BioSample)
RNAseq
ChIPseq
Studies(BioProject)
Capillary reads
Public
gene expression DB
Annotated sequences
INSDC
4. Ultrafast search engine
for nucleotides
http://GGRNA.dbcls.jp/
http://GGGenome.dbcls.jp/
microarray
(GeneChip, Oligoarray)
Refseq
2. Curated dataset for functional analysis
→ Reference transcriptome data
http://RefEx.dbcls.jp/
3. Text mining & visualization
→ Gene-disease mapping by OMIM and MeSH
http://gendoo.dbcls.jp/
9
© 2014 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN

Download Report