初めてのAll-in-one 合同講習会 ∼生命科学DB・ツールの使い方∼ 今日から使える (DBCLS謹製の) 塩基配列・遺伝子発現 DB・ウェブツールの紹介 小野 浩雅 2015年7月18日(土) ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 小野 浩雅 https://sites.google.com/a/dbcls.rois.ac.jp/hono/ • ふりがな: おの ひろまさ 所属: ライフサイエンス統合データベースセンター • twitter: • h_ono • もともと実験系 • 脂肪細胞とか使った分化・脱分化＠マイクロアレイ解析 DBCLS RA第一号 兼 RAから職員第一号 統合TV 番組作成人 → 編集人 • • • • 発現データリファレンス RefEx 開発 統合データベース講習会AJACS 講師 (遺伝子発現DB 等) ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 講習・実習に際してのお願い • 資料を見ながら自力で進められそうな方はどんどん先に、 そうでない方は講師と一緒にすすめていきましょう。 • サイトの反応が悪い時は一呼吸置いてから実行してみましょう • 反応が無いからと言って何度もクリックするとますます繋がら なくなってしまいます。おおらかな気持ちで臨みましょう。 • わからないことがあったら挙手にてお知らせください。 講師の説明が足りないせいかもしれません。 ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 統合TV http://togotv.dbcls.jp 生命科学分野の有用なDB やツールの使い方を 動画 で手取り足取り解説!! 最低限知っておくべき バイオ系DBを網羅!! さらに 中級者・上級者 向けの番組も!! 困ったら、統合TV !! ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 塩基配列 in 統合TV http://togotv.dbcls.jp/ja/contents/category/genome/ ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 遺伝子発現 in 統合TV http://togotv.dbcls.jp/ja/contents/category/expression/ ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 どんな番組がよく見られているか http://togotv.dbcls.jp/ja/rankings/total ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 統合TV YouTube 支店 https://www.youtube.com/user/togotv ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 統合TV YouTube 支店 統計情報 ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 新着論文レビュー、領域融合レビュー http://first.lifesciencedb.jp/ http://leading.lifesciencedb.jp/ トップジャーナルに掲載 された日本人を著者とする 生命科学分野の論文につい て、論文の著者自身の執筆 による日本語のレビュー を、だれでも自由に閲覧・ 利用できるサービス 生命科学において注目され る分野・学問領域における 最新の研究成果について、 第一線の研究者の執筆によ る日本語のレビューを、 だれでも自由に閲覧・利用 できるサービス ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 GGRNA、GGGenome http://ggrna.dbcls.jp/ja/ http://gggenome.dbcls.jp/ 【GGRNA】NCBI RefSeq に登録された転写産物の情 報を高速に全文検索 遺伝子名や各種ID、タンパ クの機能など、どのような キーワードからでも簡単に 遺伝子を検索 【GGGenome】ゲノムや 転写産物から塩基配列を 高速に検索 BLASTやBLATでは検索の 難しい20塩基以下の短い 配列の検索が得意 ミスマッチやギャップを含 む塩基配列にも対応 ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 CRISPRdirect http://crispr.dbcls.jp/ 入力した塩基配列に対して CRISPR/Cas9システムの ガイドRNAを設計すること ができるツール 目的以外の部位で誤って ゲノム編集が起こる 「オフターゲット効果」の 少ないガイドRNAを 効率よく設計できる ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 テキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》 http://difff.jp diffコマンドを使った比較結 果をWeb上に表示するツー ル テキストボックスに比較し たい文章をコピペしてボタ ンを押すだけで2つの文章 でどこが変更されたのか、 差分の確認ができる 日本語のテキストも対応 Word文章はもちろんソース コード、遺伝子リストなど の比較も可能 ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 RefEx http://refex.dbcls.jp 4つの異なる実験手法（EST、 GeneChip、CAGE、RNAseq）によって得られた 40種類の正常組織における 遺伝子発現データを直感的に 比較することが可能な リファレンスデータセット 遺伝子発現解析などで見出さ れた不詳な遺伝子群の関係性 を知るためのツールとしても 有用 ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 DBCLS SRA http://sra.dbcls.jp 公共データベース（SRA [NCBI], ENA [EBI], DRA [DDBJ] ）に登録された 「次世代シーケンサ」データ について、さまざまな 統計情報から閲覧、比較、 データのダウンロードが できる目次サイト 複数に分かれた登録でも同じ プロジェクトの実験ならば一 度に表示 目的別、機器別、生物種別に 登録データを検索可能 ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 All of gene Expression (AOE) http://aoe.dbcls.jp 公共遺伝子発現データベース (ArrayExpress)の 目次サイト 遺伝子発現データベースの 中身をヒストグラムから データを選択、項目を選択 してリスト表示 生物種ごと、手法ごとの データ数のランキングを一覧 クリック操作で見たい生物種、 手法に絞り込んだ ヒストグラムが動的に表示 ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1 togo picture gallery http://g86.dbcls.jp/togopic/ だれでも自由に閲覧・利用で きるように、Web上にて無料 で公開しているライフサイエ ンス分野のイラスト集 モデル生物、実験器具、実験 装置、模式図、次世代シーケ ンサー、細胞、顕微鏡があり、 幅広い資料に利用可能 Creative Commons ライセ ンスで提供されているので、 クレジットを記載するだけで、 どのように利用してもOK ©2015 DBCLS Licenced Under CC 表示 2.1
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