研究に役立つソフトウエアの紹介

本日の内容
診療放射線学科学術大会 2015 チュートリアル
研究に役立つソフトウエアの紹介
研究に役立つソフトウエア
• 画像処理・表示関連： ImageJ, OsiriX, 3D slicer
• 視覚評価： ROC Viewer, DBM-MRMC, JAFROC
川下郁生
• 物理評価： CT Measure
広島国際大学保健医療学部
診療放射線学科
画像処理・表示関連
• 教育・シミュレーション： CTSim, Virtual MRI
画像処理・表示関連
ImageJ
ImageJ
アメリカ国立衛生研究所(NIH)において開発された
画像処理・解析ソフトウエア（http://imagej.nih.gov/ij/）
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・
images to stack
特徴
使用環境を選ばない（Windows, Mac, Linux）
扱える画像ファイルのタイプが豊富（DICOM, JPEG他）
機能が豊富で拡張性も高い（プラグイン，マクロ機能あり）
フリーソフトウエア（オープンソース, パブリックドメイン）
stack to images
スクロール
弱点
・ 3次元画像表示機能が弱い（CPR× , MPR,VR,SR△）
・ DICOMの圧縮画像に非対応
・ DICOM形式で保存できない（プラグインで対応可能）
画像処理・表示関連
ImageJ
make montage
画像処理・表示関連
ImageJ
Stack Alignment Plugins
http://www.med.harvard.edu/
JPNM/ij/plugins/
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画像処理・表示関連
ImageJ
画像処理・表示関連
ImageJ
プラグインのインストール方法
①プラグインファイルの拡張子が“～.class”、“～.jar”
pluginsフォルダにコピーする。
（C:¥Program Files¥ImageJ¥plugins）
ImageJを再起動すると自動的にメニューに表示される。
②プラグインファイルの拡張子が“～.java”
ダウンロードしたソースファイル（～.java）をコンパイルする。
ImageJ → plugins → Compile and Run → ファイルを選択
ImageJの次回起動時にはpluginsメニューに加えられる。
画像処理・表示関連
ImageJ
画像処理・表示関連
ImageJ
編集後のプラグインファイル
○○○.javaを選択
インストール済
プラグイン
PhantomaJ
http://cmib.curie.fr/en/download/softwares/phantomaj/phantomaj-00900
画像処理・表示関連
画像処理・表計算研修セミナーの紹介
主催：日本放射線技術学会中国・四国支部
会場：徳島文理大学（香川県さぬき市）
日程： 12月12日（土） : 初級編（エクセル、ImageJ）
13日（日） : 中級編（ImageJマクロ開発）
受講料：会員1,000 円、非会員2,000 円、学生無料
詳細 : http://jsrt-chushi.jp
OsiriX
Mac OS Xで動作するDICOM 画像に特化したオープンソースの
3次元画像表示ソフトウェア（http://www.osirix-viewer.com/）
特徴
・ 3次元画像表示機能に優れる
・フリーソフトウエア（オープンソース、パブリックドメイン）
・ DICOMの圧縮画像に対応
・ DICOM形式で保存できる
・拡張性もある（プラグイン機能あり）
弱点
・使用環境が限られる（ Mac）
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画像処理・表示関連
画像処理・表示関連
OsiriX
3DSlicer
OsiriX MD 有料版（＄699≒84,000円）
64 bit FDA-Cleared
OsiriX Lite 無料版 32 bit
OsiriX Mobile 有料版（＄49.99≒6,000円）
iPhone, iPad用
ハーバード大学医学部の関連病院の研究室で開発された
3次元画像表示・画像解析用のオープンソースソフトウェア
（http://www.slicer.org/）
特徴
・ 3次元画像解析・処理機能に優れる
・使用環境を選ばない（Windows, Mac, Linux）
・フリーソフトウエア（オープンソース、パブリックドメイン）
・ DICOMの圧縮画像に対応
・ DICOM形式で保存できる
・拡張性もある（プラグイン機能あり）
弱点
視覚評価関連
視覚評価関連
ROC viewer
ROC関連ソフトウエア
日本放射線技術学会画像部会で開発された
Windowsで動作するROC観察者実験の支援ソフトウエア
特徴
・ ROC観察者実験を容易に実施可能（ROC，LROC，FROC）
・扱える画像ファイルのタイプが豊富（DICOM, JPEG他）
・ 3次元画像・動画像にも対応
・他のROCソフトウエアの入力ファイルを作成支援
弱点
・使用環境が限られる（Windows）
・一般公開されていない（セミナー参加者のみ）
セミナーに参加しなければ使用方法がわからない
ROC（観察者実験）セミナーの紹介
主催：日本放射線技術学会画像部会
1.5日間
受講料：会員9,000 円、非会員18,000 円
詳細 : http://imgcom.jsrt.or.jp/
故シカゴ大学Charles E. Metz教授らが開発したROCソフトウエア
Metz’s ROC USERS GROUP（http://imgcom.jsrt.or.jp/rocGroup/）
ROC-kit
ROC曲線フィッティングソフト
DBM_MRMC
Jackknife法によるROC曲線の
統計的有意差検定ソフト
JAFROC
Jackknife法によるFROC曲線の
統計的有意差検定ソフト
物理評価関連
CTmeasure
日本CT技術学会で開発されたWindowsで動作する
CT画像の画質評価ソフトウエア（http://www.jsct-tech.org/）
会場：平成28年度は未定
日程： 8月（申込期間5月～）
・複雑で慣れるまでに時間を要する
特徴
・ CT画像の画質評価を容易に実施可能
・主な画質評価項目を網羅（MTF, NPS, SSP, TSP他）
弱点
・使用環境が限られる（Windows）
・一般公開されていない
（日本CT技術学会の会費納入者のみ、年会費3,000円）
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教育・シミュレーション関連
教育・シミュレーション関連
CTSim
Virtual MRI
Kevin M. Rosenberg, M.D. らが開発したWindowsとLinux環境で
動作するCTシミュレーションソフトウエア（http://www.ctsim.org/）
ドイツのHospital of the University Wittenで開発されたWindows
で動作するMRIのシミュレーションソフトウエア
（http://www.iftm.de/elearning/vmri/idx_vmri.htm）
特徴
・シミュレーションファントム画像を作成
・サイノグラムの表示と編集が可能
弱点
・使用環境が限られる（Windows, Linux, Unix）
・逐次近似再構成には対応していない
特徴
・ SE, GE, IRのシーケンスでパラメータを変えた画像作成
・ k-空間の表示と編集が可能
弱点
・対応していないシーケンスがある（EPI）
まとめ
•
研究に役立つソフトウエアを紹介した。
古い装置しかない施設でも研究できる！
•
ソフトウエア開発者への敬意を忘れない。
論文に謝辞・参考文献に記載する。
•
共同研究のススメ
職場、職種、専門の垣根を越えたチーム
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