DGE

Premier Scientific Partner
Digital Gene Expression Profiling (DGE)
全ゲノムにわたる遺伝子発現解析は機能ゲノム学の基礎です。次世代シーケンシング技術とコンピ
ューティング技術を融合したDGEは、迅速かつ費用対効果の高い遺伝子発現解析方法の一つとし
て、基礎研究、医学研究、薬品開発など様々な分野で広く応用されています。
特長
ワークフロー
Total RNA
高感度：
数コピーから数百万コピーまで転写物を定量可能
mRNA Purification
mRNA
高費用対効果：
cDNA Synthesis
少量データで遺伝子発現を解析可能
AAAAAAAA
TTTTTTTT
幅広い検出範囲：
Nialll Enzyme Digestion and
Ligation of Adaptor 1
新たな転写物の予測とセンス-アンチセンス転写
産物解析が可能
adaptor 1
CATG
GTAC
AAAAAAAA
TTTTTTTT
Mmel Enzyme Digestion
and Ligation of Adaptor 2
adaptor 1
CATG
GTAC
adaptor 1
CATG
GTAC
NN adaptor 2
NN
PCR Amplification
NN adaptor 2
NN
Sequencing
NN
GTAC
reads
Bioinformatics Analysis
図1　2つの独立した実験の再現性評価
図 2　DGEのワークフロー
バイオインフォマティクス解析
アンチセンス転写物の発現アノテーション
表 1　アンチセンス転写物を含む遺伝子リスト
Gene
100
GeneExpression GeneExpression TPM(+)
(+)
(-)
TPM(-)
Symbol
Description
adenosine
deaminase
cadherin
2...
15
2
1.98
0.26
ADA
1000
3
28
0.4
3.7
CDH2
100008588
502
11
66.34
1.45
LOC10000858 18S ribosomal RNA
8
GO
Component
GO
Function
GO
Process
transcriptID
GO:0005737
GO:0004000
GO:0001666
GO:0005886
GO:0005509
GO:0007155
gi|47078294|...
gi|14589888|...
-
-
-
gi|124517659|.
新たな転写物の検出
表 2　新たに検出された転写物リスト
Tag
Copy
5
Num
TPM
hits
+/-
chr
Start
type
0.66
1
+
gi|89161185|ref|NC_000001.9|N
C_000001
225904543
0
CATGAAGATG
GGCAATCCATC
2
0.26
1
-
gi|51511727|ref|NC_000011.8|N
C_000011
127227583
0
CATGCTGACTA
TAAAAAAAAA
6
0.79
1
-
gi|89161207|ref|NC_000004.10|
NC_000004
97101441
1
CATGTAGATAT
TCTTTTTGCC
mismatch
7:A>T
Number of DEGs
遺伝子発現差異解析
2487
2500
2093
図 4
2000
遺伝子発現差異のクラスター解析
◎赤：遺伝子発現量の上方制御
◎緑：遺伝子発現量の下方制御
1500
1000
500
0
図 3 DEGデータ統計
1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
0.0
受け入れサンプル
サンプル
DNase処理後のRNA、タンパク質の混入なし
サンプル量
≥ 4 μg
≥ 80 ng /μL
サンプル濃度
動物
植物
※ライブラリー作製が困難と判断された場
合がございますので、予備のサンプルを同
封していただくことをご推奨いたします。
サンプル純度 OD 260/280 = 1.8～2.2 OD 260/230 ≥ 2.0 28S:18S ≥ 1.0
RIN ≥ 6.5
RIN ≥ 7.0
注意事項
1. ご依頼の内容により、サンプルの必要量が異なりますので、お問合せください。
2. サンプルはなるべくドライアイスを同梱してご送付下さい。
3. 送料はお客様のご負担となります。また、輸送時のトラブルに関して、弊社はその責任を負いかねます。
4. 土・日・祝日のサンプル受け入れは行っておりません。
5. 再度品質検査の結果によっては、再度サンプルのご提供をいただく場合がございます。
6. サンプルはライブラリー作製･納品後、破棄させていただきます。返送、保管についてはご相談下さい。
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住所：〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島
南町1-5-2 神戸キメックセンタービル８F
Tel： 078-599-6108
Fax： 078-599-6109
E-mail: [email protected]

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