DS-11Series Spectrophotometer Users Manual NanoPad DS-11／DS-11+ 1. イントロダクション 2 2. 設置と安全性 2 3. 基本操作 3 4. 測定スクリーン 5 5. ソフトウェアガイド 7 6. 核酸測定 9 7. 精製・標識タンパク質、ペプチド測定 12 8. 比色法 15 9. 紫外・可視フルスペクトラム測定 17 10. OD600 測定 18 11. カイネティクス 19 12. カスタムメソッド 21 13. スクリーンキャプチャーとデータエク 23 ポート 14. ユーティリティーアプリ 25 15. ラボツールアプリ 28 16. メンテナンス 29 17. 診断アプリ 30 18. トラブルシューティング 31 19. カスタマーサービス 31 1 １ イントロダクション DS-11 シリーズに搭載されているテクノロジーについて DS-11 微量分光光度計は内蔵プロセッサーと高分解能タッチスクリーンを統合したコンパクト設計され た機器です。ソフトウェアは目的の測定に特化したアイコンからなり、アンドロイドのオペレーションシ ステムと併用することにより直観的に使いやすい微量測定を実現しました。 SmartPath™ テクノロジーは自動で光路長を可変的に調整することにより 0.04AU~500AU(10mm で換 算)のダイナミックレンジで測定を行うことができます。 専用アプリは核酸・タンパク質の濃度測定が簡単に行えるよう予め専用プログラムがプリセットされて います。UV-Vis アプリ関しては 190nm~840nm のフルスペクトラム表示が可能です。User Method を 用いることによりお客様自身で測定条件をカスタマイズすることができます。 DS-11＋モデルはキュベットを用いた測定が可能で、低濃度域サンプル測定やカイネティクスアッセイに 対応します。 主な特長 内蔵プロセッサーと高分解能 7 インチタッチスクリーン カスタムアンドロイドコントロールインターフェース 直観的アプリ ●微量測定とキュベット測定 フルスペクトラム測定 ●幅広い広いダイナミックレンジ ２ 設置と安全性 梱包材をすべて取り除いた後、スクリーン保護カバーを取り除きます。 機器をアースのとれた 100～240VAC 50/60Hz の電源に付属の電源ケーブルで接続します。 機器背面にある電源スイッチを ON にします。LED 点灯後、アンドロイド OS が約 1 分で立ち上が ります。 機器背面パネル DS-11 シリーズはイーサーネットと 3 つの USB ポートを備えています。イーサネットはインターネット に接続するために使用されます。USB ポートは FAT32 フォーマットされた USB メモリにデータを保存 するために使用されます。USB ポートのその他の使用目的として専用プリンターDymo4XL（オプショ ン）に接続したりバーコードリーダー OpticonOPI3601（オプション）に接続するためにも使用されま す。 ※ 注意 本体カバーは取り外さないでください。 DS-11 は屋内の使用を目的として設計されています。温度 15℃～35℃、湿度 35～ 65％の環境下でご使用ください。 電源コードは必ず付属のものをご使用してください。 2 3 基本操作 微量測定 1. 上部（アーム部）と下部（台座部）のサンプル検出面をきれいに拭き取ります。 2. 1µl のブランク溶液を下部（台座部）にピペットでアプライしてアームを下げます。 その後、本体画面上の“Blank”をタップしてブランクを測定します。 3. 乾いたきれいなラボワイプで上部（アーム部）下部（台座部）の検出面をきれいにふき取ります。 4. クリーニング後 1µl のサンプルを台座部にアプライします。 5. アームを下げて“Measure”ボタンをタップします。測定値は 10 ㎜光路長の値に換算されて表示さ れます。 キュベット測定 本体の表示されている、矢印の方向に合わせてキュベットを挿入してください。 また、キュベットは下記の仕様のものをご使用ください。 ※キュベット仕様 幅 12.5 ㎜（外径） 、奥行き 12.5 ㎜（外径） 、高さ 45 ㎜（外径） 検出高さ：8.5mm UV 波長域／石英もしくは UV 透過プラスティック 1. 2. ブランク溶液の入ったキュベットを挿入します。挿入後アームを下げて“Blank”をタップします。 ブランク測定後、サンプルの入ったキュベットを挿入します。挿入後アームを下げて“Measure” をタップします。 AutoRun 測定 ブランク測定後、 “AutoRun”にチェックを入れて 1µl のサンプルを下部（台座部）にアプライします。 アームを下げると“Measure”アイコンをタップすることなく自動的に吸光度測定が行われます。ブラン クを取り直したい場合は“AutoRun”のチェックボックスを外して新しく“Blank”を測定を実施してく ださい。 “AutoRun”機能は微量測定モードとキュベットモードの両方でご使用できます。 サンプル測定モード 測定モードの選択は“Run”画面の Measure ボタンの横のドロップダウンメニューから選択できま す。 Microvolue モードは 1µl のサンプルを検出部下部（台座部）にアプライします。 ShortPath モードではサンプル面に 0.5µl のサンプルをアプライします。長光路側 0.5 ㎜の測定を行 わないためサンプル量を抑えることができます。 DS-11+は 10、5、2、1 ㎜の光路長キュベットに対応しています。 キュベットモードのレポートはキュベットの光路長を元に吸光度表示します。 吸光度スペクトラムは光路長 10 ㎜に変換して表示します。 スクリーンセーバーモード スクリーンのバックライトは 10 分間操作しないと自動的にスリープモードに入ります。スクリーンをタ ップすると操作を再開できます。 タイマーやカイネティクスモードではスクリーンセーバーが起動中でも動作しています。スイッチを切 る前にこれらの機能がオンになっていないか確認してください。 メカニズムビジーインディケーター 測定機構が動作している間は Busy インディケーターが点灯します。 測定の最中にインディケーターが点滅するのは正常です。 Busy インディケーターが点灯している間はアームを上げたりソフトウェアボタンを押したりスイ ッチを切ったりしないでください 測定セッション 新しい測定セッションはアプリが開かれたとき、もしくはアカウントが変更されたときに作成され ます。 レポートのサンプル数が 9999 を超えた時も 新しいセッションが始まります。 3 最良な結果を得るためには？ サンプルの接触面である検出部（台座部、アーム部）を測定前にラボワイプでクリーニングしてくだ さい。 定期的なサンプル接触面のクリーニングにはアルコールや洗剤を使わずに蒸留水を使ってください。 測定後すぐに検出部（台座部、アーム部）からラボワイプを用いてサンプルを拭き取ってください。 通常の微量測定には 1µl のサンプルを使ってください。0.5µl の高濃度サンプルには”ShortPath”モ ードを選択してください。 各測定には必ずフレッシュな溶液と、未使用のチップを使用してください。 サンプルをアプライした際に、サンプルに気泡が入っていないことを確認してください。 ブランク溶液はサンプルが溶解している溶液と同一のものを使用してください。 RIPA のような特定波長も強いピークのあるバッファーの使用は避けてください。 フレッシュなブランク溶液を用いてブランク測定後、同一バッファーで計測を行いスペクトラムが ベースラインに近くで安定してることを確認してください。 キュベットモードでは検出窓高さ 8.5 ㎜のキュベットをご使用してください。“Run”画面でキュベ ット測定モードに切り替えて正しい向きにキュベットを挿入してください。 4 4 測定スクリーン Run 画面 AutoRun チェックを入れるとアームを下げるだけで測定が開始 ブランク 測定モード 測定 ドロップダウンメニューで選択できます Overflow 機能 サンプル番号 サンプル名 タッチして画面上のキーボードで入力 ファクター サンプルによってファクターで変 更できます。 濃度 スペクトラム 吸光度は 10 ㎜で換算されています。 タッチ画面上でピンチズームができます。 サンプルタイプ レシオ Report 画面 現在のセッションの測定サンプルのデータを表示します。 データを Export するには Export す るデータの行をタップしてハイラ イト。Select All/UnSelect All アイ コンはすべての列を選択したり、選 択を解除することができます。 変更する行をタップしてハ イライトします。その後、 Edit アイコンタップしてサ ンプル名の編集を行えます。 Undo アイコン 5 ハイライトしたデータを消 去することができます。 測定データをハイライトし ‟ Overflow” ア イ コ ン を タ ップ。“ScreenCaputure” か“Export Selected”を選 択してデータを USB メモ リーやプリンターに出力し ます。 Graph スクリーン すべてを表示するには Select All/すべての表示を しない場合は UnSelect All を選択してください。 表示したいスペクトラムデ ータをハイライトして表示 します。 最大 24 のグラフをオーバー レイが可能です。 一つだけデータをハイライトして “Edit”をタップするとサンプル名 を編集できます。 ハイライトされたサンプルデータ OverFlow の Screen Capture また は Export Selected 機能で Export もしくは印刷できます。データは csv ファイルで Export され スプ レッドシートのチャート機能で再 グラフ化することができます。 詳 細 な 情 報 は Screen Capture と Export の章を参照してください。 名前の変更をキャンセ ルするには Undo を選択 してください。 ハイライトされたサン プルデータ OverFlow の Screen Capture または Export Selected 機能で Export もしくは印刷で きます。データは csv フ ァ イ ル で Export さ れ スプレッドシートのチ ャート機能で再グラフ 化することができます。 詳 細 な 情 報 は Screen Capture と Export の章 を参照してください。 6 ５ ソフトウェアガイド アイコン OverFlow アイコンは上部のバーにあり Screen Capture、ユーザーガイドや、Exit 機能に アクセスできます。 Select All アイコン。リストすべてのサンプルを選択します。 Undo アイコン 編集、削除を元に戻します。 入力フィールドをタッチして編集します。 Add アイコン ユーザー定義の入力をリストに加えます Delete アイコン…. 削除したいフィールドをタッチしてこのアイコンで削除します。 ハイライトされたサンプルデータを Shara アイコンで Export します。 保存されたカーブは編集できなくなります。 もう一度タッチすると 緑の Unlock の状態になります。 Sort アイコンは Data App の Search Result List で使用します。列のヘッダーをクリック して 検索結果をの順番を変更して整理します。 現在使用している機能に関連した情報がこちらから見ることができます。 AutoExport ステイタスは Run 画面右上に表示されます。 測定の前に Wi-Fi が接続されていることを確認してください。 ソフトウェアボタン Blank ボタン Measure ボタンはサンプル測定を行います。Blank 測定が終わるまでアクティブになっ ていません。モードを変更した際も、新しいブランクが測定されるまで Measure はアク ティブになりません。 ドロップダウンメニュー 入力フィールド タッチするとキーボード、数字キーボード、ダイアログボックスが表示されます。 Accept/Cancel New Method 色素、サンプルタイプ、スタンダードカーブリストなどのアプリケーシ ョンに特化したメニューにアクセスできます。 On/Off ボタンはカイネティクスアプリでキュベットのヒーターを ON にしたりタイマ ー機能を使用することができます。 7 ソフトウェアナビゲーション アプリはホームスクリーンのアイコンから起動できます。ホームページを左にス ワイプして他のアイコンを表示してください。 Run、Report、Gragh スクリーンは、トップバーのタブかスクリーンを左右にス ワイプすることでアクセスできます。 Account アプリでアカウントを作成してユーザーごとに設定等の管理を行えま す。 一つ前の画面に戻ります。 ホームに戻ります。 最近使ったアプリ画面を表示します。 キーボードが表示されている場合に Up and back ボタンのところに表示されて これをタッチするとキーボードを隠します。 新しいアップデートのお知らせなどのソフトウェアのお知らせがアクションバーの RecentsButton の横に 表示されます。お知らせは上にスワイプすると詳細を確認できます。下にスワイプすると最小化すること ができます。 トップバーの Overflow 機能 Screen Capture 現在のスクリーンを jpg でメール送信できます。また、ネットワークフォルダー への保存や USB メモリに保存でき印刷も可能です。 Export Selected csv ファイルをメール送信できます。また、ネットワークフォルダーへの保存や Samples USB メモリに保存でき印刷も可能です。 Archive Selected csv ファイルをネットワークフォルダー、USB メモリに保存後、装置本体から完 Samples 全にデータを消去します。 Clear Sample Report and Graph スクリーンを保存してクリアします。サンプル番号は 0 にな ります。 ベースライン補正 アプリで Run スクリーンの Overflow からベースラインの補正ができるものが あります。 User Guide User Guide アプリか Overflow アイコンからユーザーガイドをみることができ ます。 About 現在のソフトウェアバージョンが表示されます。 Lamp Reset キセノンフラッシュランプの最適化を行います。 Tech Support 診断アプリの Tech Support はカスタマーサポートが必要な情報を送るために使 用します。 Exit アプリを閉じます。アプリを再度開いた場合は General Account に戻りサンプ ル番号が 0 に戻ります。 8 ６核酸測定 4 つの核酸アプリは 260nm の吸光度に基づき核酸定量、ラベル効率の確認等に使用されます。 クイックプロトコル 1. ホームスクリーンから目的のアプリを立ち上げます。 2. サンプル溶液に用いたバッファーで Blank を測定します。 3. サンプル名を入力します。 4. 必要に応じてファクターのマニュアル入力、色素タイプを選択します。 ユーザー定義の ng-cm/uL ファクター (ssDNA と MicroArray) 色素のタイプ(MicroArray のみ) 5. フレッシュなサンプルをアプライして Measure をタップしてデータを取得します。 Note TE バッファーでサンプル溶液を調製した場合は、同一バッファーでブランクを測定してください。 吸光度測定の前にサンプルが精製されていることを確認してください。 サンプル測定の前にすべての溶液が均一で撹拌されていることを確認してください。 必ずフレッシュなサンプルを使用してください。 dsDNA、RNA、ssDNA 核酸アプリは核酸の定量のために最適化されたアプリです。 スクリーンの機能ｌの ng-cm/µl ファクターを使って濃度計算をするかを決めます。dsDNA、 RNA では固定ですが ssDNA ではユーザーでファクターを入力できます。 ファクター：dsDNA：50ng-cm/µl RNA: 40ng-cm/µl ssDNA:33ng-cm/µl 濃度は ng/µl で表示されます。 A260 ベースライン補正した 260nm での吸光度を表示します。 260/230 …260nm 230nm での吸光度の比を表示します 260/280 …260nm 280nm での吸光度の比を表示します。 DNA,RNA の種類をソフトウェア上で識することはできません。正確な値を得るために精製を確実に行う ようにしてください。 9 MicroArray マイクロアレイに用いられる蛍光標識された核酸の定量と色素ラベルの効率を確認するモードです。 画面の機能 サンプルタイプ：ssDNA が初期設定になりますが、その他に下記の選択ができます。 ssDNA ファクター：33 RNA ファクターは 40 ファクターのユーザーによる入力 色素のタイプ Cy3 は初期設定です。 核酸の濃度の結果 ng/µl での結果が表示されます。 蛍光色素の濃度：µM で表示されます。 A260＊：ベースライン補正と色素の補正後の A260 です。 補正ファクターがアプライされているので A260 より低いことがあります。 AXXX:ベースライン補正後の指定した色素の吸光度 色素リスト 入力済みの 11 色素タイプがプリセットされています。（MicroArray アプリ、Labeled Protein アプリ） 10 色素リストのドロップダウンメニューの OverFlow アイコンから新規の色素を保存することができます。 色素の吸光波長、吸光係数は色素のメーカーに確認してください。 保存された色素情報は MicroArray からも LabeledProtein からも見ることができます。 色素情報はすべてのアカウントで使用できますが ユーザー定義の色素情報は Administrator アカウントか らのみ編集できます。 新しい色素の入力には下記の情報が必要となります。 色素名 分析波長 分析波長での吸光度係数 260nm での吸光度補正係数 280nm での吸光度補正係数 初期に登録されている色素情報は消去も変更もできません。 色素のベースライン補正 ソフトウェアはすべての測定のスペクトラムを自動的に 750nm でベースライン補正をしています。 A260 は 340nm で標準化しています。蛍光色素については 400～750nm のスロープを使って色素の濃度を計 算しています。 新しい色素情報を加える場合、750nm でのベースライン補正が適切かどうか実験を通じて確認することが必 要です。 ベースライン補正画面は Overflow アイコンからアクセスできます。 Add アイコンを使って 750～840nm の範囲内でベースライン波長を選択します。 ベースライン補正が選択されれば、その後の測定に適用されます。色素を変更する場合は適切なベースラ イン補正が適用されているか確認してください。 核酸濃度の計算 Beer-Lambert 公式は ｃ＝（A＊e）/b C= 核酸濃度 ng/µl A= 吸光度(AU 単位) e= 特定波長での ng-cm/µl b= 光路長 (cm) 純度率 260/280 は DNA では 1.8 いる可能性を示します。 RNA では 2.0 です。低い値はタンパク、フェノール、などの不純物が混在して 260/230 は 1.8～2.2 で比率が低い場合は精製の過程で混入した不純物が原因である可能性を示しています。 ベースライン補正 BichromaticNormalization は サンプルによるベースラインオフセットを補正します。ベースライン補正が 行われないとサンプルスペクトラムはベースラインからオフセットとなりサンプルの濃度が変わってきます。 ベースライン補正は Overflow アイコンから選択できます。選択するとその後の測定に適用されます。 11 ７精製・標識タンパク質、ペプチド測定 クイックプロトコル 1. ホームスクリーンよりサンプルに適したアプリを立ち上げます。 2. 適切なバッファーで Blank を測定します。 3. サンプル名前入力します。 4. サンプルのタイプを選択します。 新しいタンパクやペプチドタイプは選択リストから追加します。 色素のタイプを選択します。(標識タンパクのみ) 5. Measure ボタンで測定します。 バッファーが 280 で吸光度を有する場合は比色法などで定量してください。 すべての溶液は均一でよく撹拌されていることを確認してください。 必ずフレッシュなサンプルを使用してください。 A280 Protein A280 は 280nm の吸光度に基づいて定量します。 スクリーンの機能 E1%、吸光係数と分子量のどちらの情報もな い場合は 1A=1mg/ml を選択してください。 サンプルタイプ：サンプルのタイプと対 応した吸光係数 濃度：㎎/mL の単位で結果をレポートし ます。 A280：ベースライン補正後の 280nm での吸光度 260/280：260 と 280 での吸光度の比率 サンプルタイプリスト サンプルタイプの右横の Overflow アイコンから新しいタンパクの E1%もしくは分子量と吸光係数が 保存できます。 新しいサンプルタイプはどのアカウントからも使用できます。 サンプルタイプはアカウントホルダーか管理者により削除編集できます。 ベースライン補正 二波長標準化はサンプルによるベースラインオフセットを補正します。ベースライン補正が行われな いスペクトラムはベースラインからオフセットとなりサンプルの濃度が変わってきます。ベースライ ン補正は Overflow アイコンから選択できます。選択するとその後の測定に適用されます。 12 標識タンパク タンパク定量 280nm での測定と蛍光色素特有の波長で定量を行います。 スクリーン機能 サンプルタイプと吸光度係数 E1%、吸光係数と分子量のどちらの情報もない場合は 1A=1mg/ml を選択してください。 Dye type 選択してください 濃度 ㎎/mL の単位で結果をレポートします。 色素の濃度：µM でレポートされます A280* ベースラインと色素補正後の 280nm での吸光度。スペクトラム表示の A280 より補正後 のほうが低いことがあります。 Axxx ベースライン補正後の色素の波長での吸光度 タンパクのタイプのリスト 新しいタンパクタイプは Overflow アイコンから保存できます。 新しいサンプルタイプはどのアカウントからも使用できます。 新しいサンプルタイプは作成したアカウントホルダーか管理者により編集消去できます。 色素リスト 11 の色素タイプが保存されています。Microarray と Label Protein の両方で使用できます。 ベースライン補正 二波長標準化はサンプルによるベースラインオフセットを補正します。ベースライン補正が行われない とサンプルスペクトラムはベースラインからオフセットとなりサンプルの濃度が変わってきます。ベー スライン補正は Overflow アイコンから選択できます。選択するとそのあとの測定に適用されます。 13 ペプチド ペプチド定量は 215nm と 205nm いずれかの波長を選択します。 スクリーン機能 サンプルタイプ：サンプルタイプドロップダウンリストからは下の設定済みの E0.1%と波長が保存され ています。これにより特定波長の吸光度に基づき濃度が計算されます。 ペプチドアプリは E0.1%を用いて定量しています。 （ProteinA280 は E1%） Analysis Wavelength Selector：e215 e205 を含んだサンプルタイプが表示されます。適切なサンプ ルタイプを選択してください。 濃度 ㎎/ml 単位 AXXX ベースライン補正後の分析波長での吸光度 タンパクとペプチド濃度計算 Beer-Lambert 公式 は A=E1%＊b*c ｃ=g/100mL でのタンパク濃度 A＝10 ㎜での吸光度 E1%＝吸光度係数％ B=光路長(10 ㎜) ペプチドアプリは E0.1％を使います。 ProteinA280 と標識タンパクとペプチドアプリで㎎/ml の単位を使用します. 濃度は分析波長の吸光度によって計算されます。 14 8 比色法 アッセイの試薬のメーカーからのプロトコルに従ってください。 クイックプロトコル 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. ホームスクリーンからアプリを立ち上げます。 Run スクリーンからアッセイタイプを選択します。スタンダードカーブの画面に移動します。 MicroVolume か Cuvette かのどちらを使うかを選択してください。 バッファーか 0.00mg/mL のサンプルを使って Blank を取ります。 少なくとも 2 点のスタンダードでスタンダードカーブを作成します。もしくはドロップダウンからす でに作成されたスタンダードカーブを選択します。 Run スクリーンにサンプル名を入力します。 サンプルを Measure で測定します。 スタンダードは 2 点から 8 点としてください。 すべてのサンプル溶液はアプライする前によく撹拌してください。 スタンダードカーブの作成 1. スタンダードカーブスクリーンのドロップダウンメニューから New Curve を選択するか、保存され たスタンダードカーブかスタンダードカーブ濃度リストをインポートします。 2. New Curve オプションを選択して Enter Standards をタッチしてスタンダード濃度を入力します。 0.000 のほかに最大７つのスタンダードが入力できます。 0.000 はアッセイ試薬を希釈したものの濃度として使います。これは変更できますがおすすめは しません。 3. 各濃度の行をタッチして各スタンダード（1 回~5 回）を Measure で測定します。 それぞれのスタンダード濃度測定に対して最大 5 回測定（複数回測定の場合は平均値が反映されます） できます。微量モードの場合はフレッシュなサンプルを使うようにしてください。 5 回以上測定した場合は、5 回目の測定数値に上書きされます。 最低 2 つのスタンダードが入力されないと Run スクリーンの Measure ボタンが ON になりません。 スタンダードの行か各レプリケートをタッチして Delete アイコンをタッチすると削除のオプション 15 が表示されます。 Undo アイコンをタッチすると一番最近に行った編集や削除をもとに戻せます。 カーブフィット スタンダード測定後は以下のカーブフィットでスタンダードカーブを作成しサンプルの濃度に反映され ます。 リニア 2nd オーダー Interpolation 各ポイント間に直線を引きます。 スタンダードカーブの保存 Overflow アイコンからカーブの保存、濃度リストの保存ができます。 スタンダードカーブの Export スタンダードカーブの値は Screen Capture 機能で Export できます。 スタンダードカーブのレプリケート値は csv では入手できません。Screen Capture 機能で画像ファイル として Export してください。Run 画面からのデータは Report や Graph のデータは csv で Export でき ます。 BCA ビジンコジン酸アッセイ(BCA アッセイ)は タンパクの存在により形成される Cu-BCA キレートを定量 します。波長は 562nm で測定され 750nm でベースライン補正します。 Bradford クマシーブルーの吸光度のシフトでタンパク定量をします。測定波長は 595nm,ベースライン補正は 750nm です。 Lowry 四配座配位子銅タンパク複合体の吸光度でタンパク質の定量をします。650nm で吸光度測定をして ベースラインは 405nm で補正します。 Pierce660 色素と金属の結合により赤茶色の複合体の色がタンパクとの結合により緑になることを利用してタンパ クの濃度を測定します。測定は 660nm, ベースライン補正は 750nm で行われます。 16 9 紫外・可視フルスペクトラム測定 UV-Vis アプリは最大６つまでの波長の吸光度をモニターします。吸光度は保存され Report スクリーン、 Graph スクリーンの Export 機能よりアクセスできます。 クイックプロトコル UV-Vis をホームスクリーンから立ち上げます。 Blank を適切なバッファーを使って取ります。 分析波長 nm を最初のインプットフィールドに入力します。最大 6 つの波長を設定できます。 波長リスト 波長リストのドロップダウンメニューの横の Overflow アイコンを使って最大 6 つの波長を保存すること ができます。 波長レンジ選択 2 つの波長レンジがあり チェックボックスで 220～750nm か、190-840nm の波長レンジかいずれかを 選択できます。レンジを変えると今までのデータが保存され画面からクリアされます。また新しいブラン が必要となります。Custom Formula アプリで、ユーザー定義の波長レンジを使ったメソッドを作成で きます。 カーソルの位置 UV-Vis は移動できるカーソルがあり、測定後このカーソルを動かすことにより任意の波長の吸光度を確 認できます。 ベースライン補正 UV-Vis は 750nm をベースライン補正の初期設定としています。ベースライン補正は特定の波長の吸光 度ですべてのスペクトラムをノーマライズします。 ベースライン補正が使用されないとサンプルのスペクトラムがオフセットとなりレポートされるサンプ ルの濃度が変更されます。 ベースライン補正リストは Overflow アイコンから見ることができます。ベースライン補正波長が選択さ れたらその後の測定に適用されます。 17 10 OD 600 濁度測定モードです。細胞数/ml はユーザー定義のファクターに依存します。 クイックプロトコル ホームスクリーンからアプリを立ち上げます。 サンプル溶液と同一のバッファーを使用して Blank を測定します。 Cell Conversion Factor を入力します（マニュアル入力） Measure ボタンでサンプルを測定します。 Conversion factor はすべてユーザー定義です。 ピペットでサンプルを分取する前によく撹拌してください。 OD600 の測定はキュベット測定を強くお勧めします。（DS-11+） 細胞のタイプや分光光度計の光学的なコンフィグレーションで A600 のデータが異なることがあります。 新しい分光光度計を使用する場合、細胞のタイプごとに実験を通して最適な細胞の濃度を決める必要があ ります。 Cell Number Conversion Factor：600nm での吸光度を細胞数/ ml に変換するものです。 1x108 でレポートされます。ファクターは測定の前に入力する必要があります。 ベースラインの補正 OD600 は光の散乱測定なので DS-11 のソフトウェアはベースライン補正を行いません。 Overflow アイコンからベースライン補正を選択することができます。ベースライン補正が選択されると その後の測定に適用されます。 18 11 カイネティクス カイネティクスアプリは DS-11＋で使うことのできるキュベット専用アプリです。 クイックプロトコル 1. Home スクリーンからアプリを立ち上げます。 2. Run スクリーンから Create New ボタンをタッチしてパラメーターを入力します。 ボタンは一つの Method を完成するとドロップダウンメニューになります。Overflow アイコン から新しいメソッドを定義したり以前に保存した Method を変更することができます。 3. Run ボタンからキュベットを予め加熱するかを決めてください。 4. キュベットブロックにキュベットを入れる際は→のマークの方向に入れてください。 5. Measure ボタンをタッチします。 キュベットは検出窓高さ 8.5 ㎜のものを使用してください。 UV レンジの吸光度を測定する場合、キュベットはクオーツか UV 透過プラスティックのものと してください。 メソッドスクリーンの機能 Method Name メソッドの名前を決めます Analysis nm 分析波長です。 Analysis nm2…. 二つ目の波長をオプションで選択できます。 Min nm, Max nm 波長レンジを 190～840nm で設定します。 Baseline Correction Wavelength … ベースライン補正波長。750nm が一般的ですが実験で最適な 波長を確かめる必要があります。 Heater Set Point … ヒーターの温度を 37℃から 45℃で設定します。 Delay 各ステージの最初の測定までの時間です。 Interval Seconds． 測定間の時間。最短の設定可能時間は 5 秒です。 Duration: Delay を含まない各ステージの合計時間。 19 Run スクリーン Method をドロップダウンメニューから選択します。 Graph Type Selector… Spectra.. 吸光度を波長に対してプロットします。 Trend …特定波長での吸光度を時間でプロットします。 Heater control ヒータのオンオフを制御します。 Stop ボタン。 。Measure ボタンが Run の最中は Stop ボタンに変わります。Stop をタップするとす べてのデータを保存してボタンが Measure に戻ります。 ヒーター温度 温度表示ボックスは色で分かりやすく表示されます 白：ヒーターがオフ 黄色：ヒーターがオン。ヒーターがセットポイントに到達していません。 オレンジ：ヒーターがオン。キュベットホルダーの温度がメソッドのセットポイントの±0.5℃の範囲の 温度に到達しています。 サンプル溶液の温度 キュベットの溶液はヒーターが温度に達してからその温度に達するまで時間がかかります。Run スクリ ーンでウォームアップ時間を計ってください。下の表は溶液のウォームアップ時間の概算時間です。 すでに設定温度にヒーターが達した後、水を満たしたキュベットを入れて時間を計ったものです。 画面上のボックスの温度はヒーターの温度で溶液の温度ではありません。 レポート、グラフ、トレンドスクリーン 他の DS- 11 測定のアプリとは異なり、カイネティクスレポート画面の一覧で 1 アッセイの実行に関連付 けられています。以前の結果を保存した後に新しいアッセイの実行が開始されます。 グラフ画面 Method で定義した波長での吸光度をプロットしています。 トレンド画面 吸光度を時間でプロットしたものです。時間を絞り込むには上部バーの Start time, End time で絞り込 んでください。 20 12 カスタムメソッド ユーザー定義のメソッドを作成します。 クイックプロトコル 1. Custom Method アプリを立ち上げます 2. Create New ボタンで Method のパラメーターを設定します。 3. 一つメソッドを定義した後はドロップダウンメニューになります。 4. Overflow アイコンを使って Method の追加、変更ができます。 5. Method はすべてのアカウントから使用できますが、編集は Method の作成者か管理者によりの み行えます。 6. サンプル溶液に使用した同一のバッファーで Blank を測定します。 7. Method でスタンダードカーブを使用する場合、まずブランクとスタンダードを Std Curve 画面 で測定。その後 Run スクリーンに移ります。 8. サンプル名を入力します 9. Measure ボタンでフレッシュなサンプルを測定します。 Primary Setting Analysis nm….メソッドの分析波長を決めます。Starndard Curve メソッドのカーブを決めるこ とにも、微量モードでの光路長を決めるのにも使います。 Baseline nm… ベースライン補正はスタンダードカーブメソッドには必要ですが Formula Method には必要ではありません。2 波長標準化でベースライン補正が行われます。もし補正が行 われない場合、ベースラインはベースよりオフセットとなります。340nm を UV 波長に使い、 750nm を可視光のアプリケーションに勧めますが、実験的に確かめてください。 Formula Method 21 Result 結果に名前を付けます。 Enter Formula 右の公式が使えます。 Std Curve Method 新しい Method を作成もしくは選択した後 Colorimetic と同様の手順で スタンダードカーブを作成してください。 22 13 スクリーンキャプチャーとデータエクスポート スクリーンキャプチャーと Export は、ほとんどの測定画面の右上にある Overflow アイコンからアクセス できます。 スクリーンキャプチャー jpg でスクリーンキャプチャーを保存します。 ファイルはメール送信、FAT32 フォーマットの USB メモリに保存することができます。 またネットワークフォルダーに格納することも可能です。 Export Selected Report や Graph スクリーンのデータはメール、ネットワークフォルダ、USB メモリに Export でき ます。 データはネットワークフォルダーに自動的に Export することが可能です。ネットワークフォルダの 設定を参照してください。 データについてはエクセルで閲覧できます。 csv ファイルは各波長における数光度と、Report スクリーンで計算されたデーターなどが含まれて います。 選択したサンプルデータは Dymo4XL プリンター（別売）で印刷できます。 Email データファイルは Wi-Fi もしくはイーサーネット接続してメールで送信できます。 Account アプリの Overflow 電話帳機能で頻繁に使われる受信者のメールアドレスを保存してくださ い。 すべてのメール送信には 専用の POP3 Gmail アカウントを使うことを推奨します。個人のメール が機器の内部に保存されないので便利です。 Email 設定 機器は Wi-Fi もしくはイーサーネットに接続されていることを確認してください。 画面を左にスワイプして Email アプリを開きます。 Input Incoming Server 情報 POP3 オプションを Account Types スクリーンから選択してください。 IMAP についてはメモリがすぐに一杯になる可能性があるので推奨していません。 Account Option で Inbox checking frequency を Never にしてください。データとスクリーンキャ プチャーの Export のみで使ってください。 Input Outgoing Server サーバーの情報を入れてください 23 Network フォルダ スクリーンキャプチャー、データレポート、csv ファイル、機器のバックアップデータはネットワー クフォルダに Export できます。 FTP か SMB を使用します。 通常ネットワークフォルダーの作成は Disable に設定されています。Setting アプリで Enable に設 定してください。 Accounts アプリで Networkfolder のパスを設定します。PrimaryAdministrator のネットワークフ ォルダはバックアップや Restore 機能に使用されます。 ネットワーク設定 ① IT の担当者にローカルサーバーや FTP サイトにアクセスがあるか確認してください。 ② Account アプリを立ち上げて ③ ドロップダウンメニューから Add New Network folder を選択します。 ④ SMB もしくは FTP を選択します。 ⑤ ネットワークパスのニックネームを入力します ⑥ パソコンのホスト名を入力します ユーザーアカウントを選択してください Anonymous：ユーザー名もパスワードも必要ありません。 Login：ネットワークフォルダーのユーザー名とパスワードを入力します。 File（SMB のみ）：設定ファイルをアップロードします ⑦ Browse でフォルダーを選択します。 ⑧ AutoExport アイコンから Browse を選択してください。 ⑨ Autoexport にチェックを入れてください。 24 14 Utility アプリと機能 Account アプリ ユーザーアカウントは各アプリの初期設定や色素のタイプやサンプルのタイプ、波長リストやユーザー定 義メソッドを管理します。アカウントはデータサーチでのフィルターとしても使えます。 Add New Network folder 機能はドロップダウン機能から使用できます。 システムアカウント 二つの設定済みのシステムアカウントが用意されています Primary Administrator 機器の設定を管理します。測定のアプリでは使われません。 初期設定でパスワード保護されていません。パスワードを設定することもできます。 General Account このアカウントはアプリが開かれたとき最初の初期アカウントとなっています。このアカウントは パスワード保護できませんし削除もできません ユーザー定義アカウント すべてのユーザー定義の Administrator もしくはスタンダードアカウントはパスワード保護するこ とができます。 Adminstrator レベルのアカウンドは Adminstrator によりのみ作成できます。 Adminstrator はどのアカウントも変更削除できます。 スタンダードアカウント スタンダードレベルのアカウントは誰でも作成できます。 スタンダードアカウントは作成したサンプル、色素タイプを変更削除できます。 アカウントが削除されても、Administrator に削除されない限り、そのアカウントで作成された色素 タイプなどは削除されません。 スタンダードユーザーのパスワードが分からなくなった場合は Adminstrator に連絡してください。 Primary Administrator のパスワードが分からなくなった場合は販売店にお問い合わせください Data Apps 25 データは右上に表示されているアカウントで、自動的にフィルタリングされています。 Advanced Search は複数のフィルターを使います。Quick サーチは一つのフィルターでサーチします。 キネティクスと診断アプリの内容は Deta アプリではサーチできません。 Export と Archive すべてのデータは、自動的にコンピュータデータベースオンボード DS- 11 に保存されます ネットワークフォルダがセットアップされている場合使用•自動エクスポート機能が利用可能です Export SelectedSamples は、レポートとグラフからご使用できる機能です。 スクリーンオーバーフローメニューから csv を作成しネットワークに送信、電子メールで送信、ま たは FAT32 フォーマットされた USB サムドライブに保存できます。 エクスポート機能を使用する場合• 、データから削除されていません。データベースとデータのア プリを使用してアクセスできます。 キネティクスデータは一度に一つだけレポートに加えられます。 Archive Selected Samples は ファイル名を指定して csv ファイルを Overflow アイコンから FAT32 フォーマットの USB サムドライブ上アーカイブする機能です。アーカイブ機能を使用する場 合• 、データが DS-11 から永久に削除されリストアすることはできません。 複数のカイネティクスランのデータを一度でアーカイブすることもできます 標準アカウントのアーカイブ権限は無効にした場合は Administrator のみでアーカイブが行えま す。 DS- 11 / DS- 11 +の貯蔵能力は数年のデータを保存するのに充分です。アーカイブ機能は 頻繁に 使う機能ではありません。 DS- 11 のデータベースから大量のデータをアーカイブすると時間がか かる場合があります。Cancel をタッチするとそれまでのデータを移し停止することができます Setting バックアッププロセスは、Method、色素情報、サンプルの種類、などのすべてのユーザ定義 の情報のコピーを電子メールアドレス、共有フォルダパス、USB サムドライブまたはネットワ ークフォルダのいずれかに Export します。 バックアップファイルが DeNovix 特定の拡張子を含めるとパソコンで開かない場合がありま す。ファイルは、いつでも DS- 11 に復元することができます。 26 •tore 機能は 2 つのオプションがあります： Restore All は：ユーザーのサンプルデータを含むすべてを Restore します。 •ユーザーをリカバリ情報のみ：このオプションでは、サンプルデータを復元したり、新しいデータ を上書きしません。 MAC アドレス メディアアクセス制御アドレスはこちらから参照できます。 Permission Archive すべてのスタンダードアカウント(General Accont を含む)のデータを機器からアーカイブ します。 Automatic Update 自動アップデートをするかどうかを決めます Network フォルダ アカウントでのネットワークフォルダーの作成を許可します。 スクリーンセイバーモード スクリーンは 10 分でスリープに入りますが 画面をタッチするともとの画面が復帰します。 スリープ中もタイマー、カイネティクスは動いているのでスイッチを切るときはこれらのアプリが 動作していないか確認してください Wi-Fi Wi-Fi がオンになっていることを確かめます。タッチしてパスワードを入力します。 Update 1. 2. 3. 4. 5. アプリ Denovix.com のウェブサイトから ZIP ファイルをダウンロードします 青のアイコンは Automated Updater と Latest software version を必要とします。 USB メモリを後部に挿入します すべてのアプリを終了します。 ホーム画面を左にスワイプして Updater を立ち上げます 27 15 Labtool アプリ Calculators アプリ 上部のタブで切り替えて使用します。 OligoCalculator ssDNA,RNA を分析します。 出力されるデータは 長さ 分子量 GC content Mass Extention Coefficient (µg/OD@260)です。 この数字は ssDNA,MicroArray アプリのファクターとして入力できます。 計算機 通常の計算機として使用できます。 Dilution Factor 特定の濃度の溶液を作るのにストック溶液をどれだけバッファーに加えればいいかを計算します。 モル分子量とマスの両方が使えます。 タイマーアプリ このアプリは 2 つの独立したタイマーをセットできます。 時間が過ぎるとアラームが最大 90 秒なります。 Off をタップして止めます。 アラームは通知バーかアラームアプリに戻って確認できます。 タイマーはほかのアプリのバックグラウンドで動作します。 28 16 メンテナンス クリーニング 通常のクリーニング 測定間 特別なクリーニング ピペットで 2µl の蒸留水を検出面にアプライします。アームを下げて約 2 分間 待機後ラボワイプで拭き取ります。複数回繰り返します。 乾いた屑の出ないラボワイプで下部と上部の検出面からサンプルを拭き取りま す。 ① 2µl の 0.5M HCL を下部検出面にアプライしてアームを下げ 2~3 分待 機。 ② HCL を検出面（台座部、アーム部）から拭き取ります。 ③ 最上段の“通常のクリーニング”を実施します。 ガイダンス 前面スクリーンのクリーニングにはやわらかい布を使用してください。 スプレーボトルは内部に水が入る可能性があるので仕様しないでください。 洗剤やイソプロピルアルコールの使用はおすすめしません。 一時的にサンプル面の疎水性を損なうことがあります。 Screen Lock アプリ ホーム画面を左にスワイプして Screen Lock アプリをタッチすると画面をクリーニングするときにタッチに 反応しないようにできます。Android アイコンを 3 回タップすると Unlock できます。 キュベットブロックのクリーニング キュベットブロックはエアクリーナーや湿った布で洗浄できます。 内部に水が入らないようにしてください。 キュベットの洗浄はキュベットの製造元にお問い合わせください。 溶剤の適合性 DS-11 の検出部はラボで使われるほとんどの洗剤に耐性があります。 HF（フッ化水素）は検出部を腐食させるので使用しないでください。 29 17 診断アプリ（Diagnostics） DS-11 の SmartPath テクノロジーは正確な光路長を制御 し定期的なキャリブレーションの必要をなくします。し かし診断ツールを使って仕様に適用しているかどうか定 期的に確認することをお勧めします。 セルフテスト 上下の面がクリーニングされていることを確認してください。 DS-11+はキュベット入っていないことを確認してください。 Self Test をタップします。 右の表に結果が表示されます。Fail が一つでも表示されている場合はメンテナンスの章を参照してく ださい。 Lamp Reset DS-11 は 6 か月に 1 回程度キセノンフラッシュランプの最適化を勧めます。 検出面は最適化の前に必ずきれいにクリーニングしてください。 校正溶液（LC-NA） LC-NA 校正溶液は毒性がなく使い切りのバイアルで提供されています。 データ精度が仕様の範囲内であるかを確認します。 手順 ① 上下のサンプルがきれいに洗浄されていることを確認してください。 ② Diagnostic アプリを立ち上げます。 ③ ターゲット濃度を画面上に入力します。 ④ ブランクを 1µl サンプル面に滴下します。 ⑤ 上下の検出面をふき取ります ⑥ アンプルを撹拌して、溶液がすべて底部に沈んでる状態にします。 ⑦ 1µl の LC-NA を検出面にアプライして Measure をクリックします。 ⑧ 上下の検出面をラボワイプで拭き取ります ⑨ ７－８を五回繰り返します。 トラブルシューティング 問題点 原因と解決法 吸光度が低い サンプル面が汚れていた。もしくはブランクに問題があった サンプル面をクリーニングして新しいブランクを使用します。 吸光度が高い 同じサンプルを使った。新しくサンプルを取り直して使ってください。 ピペットチップが交換されていなかった。 サンプル面がきれいにクリーニングされていなかった。 時間経過により、サンプルが乾燥して濃度が上昇した。 ばらつき 1µl のサンプルを繰り返し使った。 ピペットチップを使いまわししていた。 測定間で検出面が洗浄されていなかった。 使い切りのアンプルについて アンプルが 1 時間以上放置されると濃度が大きく変わってきます。未開封のサンプルを暗い室温の環境 で保存してください。フレッシュなアンプルを使ってください。パラフィルムなどを使っても蒸発してエ ラーの原因となります。DS-11 については DeNovix 社の LC-NA だけが校正溶液として認められていま す。その他の溶液は使用しないでください。 30 18 トラブルシューティング 基本的な問題 正確さ、再現性、マイナスのスペクトラム、低い純度はサンプルか下記の手順で解決します。 新しい適切なブランクを使用する サンプルの抽出精製手順をが最適かどうか確認する。 溶液が均一でよく撹拌されていることを確認してください 微量モード ブランク測定前に上下の検出面がクリーニングされていることを確認してください サンプル面から屑の出ないワイプで測定後にきれいにしてください。 タンパク質はチップの外側へ溶液がにじみ、正確に容量をアプライできていなことがございますので 必ず測定の都度きれいなチップを使ってください。 キュベットモード 検出窓が 8.5mm に対応したキュベットを使用してください。 石英か UV 透過プラスティックキュベットを UV 測定時には使用してください。 キュベットの光路長があっていることを確認してください キュベットが→の方向に適切に挿入されていることを確認してください。 ソフトウェアエラー ポップアップエラーが発生した場合は本体を再起動してください。 解決しない場合は、ソフトウェアが最新のものかどうか確認を行い必要に応じてアップデートしてくだ さい。 19 カスタマーサポート 商品に問題が発生した場合は 弊社テクニカルサポートまでお問い合わせください 住所：東京都中野区中野 4-1-1-9F 電話:03-5942-3831 ファックス:03-5942-3601 E-mail：[email protected] 保証 商品はお買い上げから一年間保証されています。 31
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