Campusnet Brochure dei corsi Indice Indice Co rsi di insegnamento : 25 gennaio 20 15 Aspetti eco no mici e no rmativi delle bio tecno lo gie - nuo vo o rd. Bio chimica Strutturale Bio chimica, Bio chimica Applicata e Pro teo mica - nuo vo o rd. Bio info rmatica Bio lo gia Mo leco lare e Labo rato rio Integrato di Bio tecno lo gie III - nuo vo o rd. Bio lo gia: dalle cellule agli o rganismi - nuo vo o rd. Bio tecno lo gie applicate - nuo vo o rd. Chimica analitica - nuo vo o rd. Chimica bio -o rganica Chimica Generale ed Ino rganica - nuo vo o rd. Chimica industriale Chimica Industriale Chimica o rganica e bio -o rganica - nuo vo o rd. Fisio lo gia Generale (fino all'a.a. 20 10 -20 11) Fisio lo gia generale - nuo vo o rd. Genetica agraria - nuo vo o rd. Genetica e Labo rato rio Integrato di Bio tecno lo gie I - nuo vo o rd. Genetica mo leco lare umana - Genetica di o rganismi mo dello Geno mica e marcato ri mo leco lari - nuo vo o rd. Geno mica/Meto di di analisi del trascritto ma Immuno lo gia e immuno pato lo gia - nuo vo o rd. Isto lo gia e anato mia umana - nuo vo o rd. Lingua inglese - nuo vo o rd. Meccanismi genetico -mo leco lari di adattamento all'ambiente - nuo vo o rd. Meto di bio analitici Meto di Fisici - nuo vo o rd. Meto di matematici - nuo vo o rd. Meto do lo gie genetiche per le bio tecno lo gie - nuo vo o rd. Micro bio lo gia applicata e pro bio geno mica Micro bio lo gia industriale e Chimica delle fermentazio ni Micro bio lo gia, viro lo gia e fisio lo gia micro bica - nuo vo o rd. Organismi transgenici per la ricerca e le applicazio ni - nuo vo o rd. Pato lo gia generale - nuo vo o rd. Rego lazio ne genica eucario tica e chemo geno mica Statistica applicata alle bio tecno lo gie Statistica e info rmatica applicate alle bio tecno lo gie - nuo vo o rd. System bio lo gy - Bio lo gia dei sistemi - nuo vo o rd. Tecno lo gie rico mbinanti e Labo rato rio Integrato di Bio tecno lo gie II - nuo vo o rd. Viro lo gia mo leco lare e immuno lo gia -1- 1 2 2 3 3 5 6 6 9 11 12 13 16 18 18 21 22 23 24 26 29 31 35 36 37 39 40 41 43 44 46 46 47 49 51 52 54 57 59 62 66 Università degli Studi di Parma Classe delle Lauree in Biotecnologie Co rsi di insegnament o : 25 gennaio 20 15 Aspet t i economici e normat ivi delle biot ecnologie - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Maria Cecilia Mancini (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521 902383 [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 8 SSD: AGR/01 - e conomia e d e s timo rurale Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto OBIET T IVI Il cors o tras me tte le conos ce nz e di bas e in mate ria di: 1. microe conomia,2. e conomia agroalime ntare ; 3. le gis laz ione naz ionale e d inte rnaz ionale OGM. Al te rmine de l cors o, lo s tude nte s arà in grado inte rpre tare il te ma de gli OGM ne l conte s to de lla s ua comple s s ità s ocio-e conomica. RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Al te rmine de l cors o, lo s tude nte s arà in grado di affrontare il te ma de gli OGM ne l conte s to de lla s ua comple s s ità s ocio-e conomica. Le conos ce nz e e la capacità di compre ns ione ve rranno acce rtate con domande ape rte , in nume ro variabile , in bas e all'ampie z z a de i conte nuti. Ve rrà as s e gnato lo s te s s o valore a cias cuna domanda. L'autonomia di giudiz io e la capacità di appre ndime nto ve rranno acce rtate chie de ndo allo s tude nte il proprio giudiz io s u de te rminate e vide nz e e mpiriche , dati e tc. La capacità di comunicare con linguaggio te cnico appropriato ve rrà acce rtata ve rificando il linguaggio utiliz z ato dallo s tude nte . PROGRAMMA 1. Noz ioni di bas e di microe conomia 2. Caratte ri de l s is te ma agroalime ntare italiano conte s tualiz z ati Comunitaria e de ll'Organiz z az ione mondiale de l comme rcio (WTO). ne ll'ambito de lla Politica Agricola 3. As pe tti le gis lativi e d e conomici de lle biote cnologie ne l panorama naz ionale , e urope o e mondiale . 4. Noz ioni di bas e di e conomia e ge s tione de lla produz ione . 5. Economia de ll'ambie nte : s tudio de gli s trume nti e conomici finaliz z ati alla tute la e alla valoriz z az ione de i be ni ambie ntali. T EST I Samue ls on P.A. "Le bas i de ll'e conomia" Fanfani R. "Il s is te ma agroalime ntare in Italia" Me s s ori F., Fe rre tti F. "Economia de l me rcato agroalime ntare " ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 12:30 - 17:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 13:30 - 15:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 06/10/2014 al 12/12/2014 -2- http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=a7ac Biochimica St rut t urale Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Claudio Rivet t i Re capito: 0521-905650 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/10 - biochimica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale Avvale nz a: http://s cie nz e biologiche .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=0fb0 ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Me rcole dì 14:00 - 16:00 Aula B Pode re "La Grande " Giove dì 14:00 - 16:00 Aula B Pode re "La Grande " Lezio ni: dal 06/10/2014 al 30/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=b137 Biochimica, Biochimica Applicat a e Prot eomica - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Alessio PeracchiPro f . Ro do lf o Berni Re capito: 0521-905137 [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: BIO/10 - biochimica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto e d orale OBIET T IVI Durante que s to cors o, allo s tude nte ve rranno fornite conos ce nz e indis pe ns abili pe r le analis i s pe rime ntali e l'inte rpre taz ione de i ris ultati ne l campo de lle dis cipline biochimiche . Ne lla prima parte de l cors o, le conos ce nz e impartite riguardano la s truttura e le molte plici funz ioni de lle prote ine , di cui ve rrà s ottoline ato il ruolo fondame ntale ne i proce s s i ce llulari. Lo s tude nte ve rrà inoltre introdotto alla conos ce nz a de lle principali clas s i di piccole mole cole biologiche (z ucche ri, lipidi, amminoacidi, nucle otidi) e d appre nde rà le vie me taboliche di bas e attrave rs o cui que s te mole cole ve ngono de gradate e s inte tiz z ate . Ne lla s e conda parte de l cors o, allo s tude nte s aranno fornite conos ce nz e s is te matiche s ulle principali te cniche s pe rime ntali impie gate ne l laboratorio di biochimica, nonché compe te nz e riguardo all'analis i e compre ns ione de i ris ultati s pe rime ntali. Le te cniche e s aminate riguarde ranno l'ide ntificaz ione , l'is olame nto, e lo s tudio s trutturale e funz ionale de lle macromole cole biologiche . Infine , ve rranno affrontate le te matiche , le s trate gie e le te cniche principali impie gate ne gli s tudi di prote omica. Il cors o pre ve de s ia le z ioni frontali s ia (s e i finanz iame nti alla didattica lo pe rme ttono) e s e rcitaz ioni di laboratorio. Ne lle ore di le z ione frontale , s aranno illus trate – anche con il s upporto di me z z i audiovis ivi le proprie tà de lle prote ine e de gli e nz imi, nonché de s critte le vie me taboliche fondame ntali. Ne lle ore di laboratorio, s aranno pre s e in e s ame e me s s e in atto le principali me todologie biochimiche pe r l'ide ntificaz ione , l'is olame nto, e lo s tudio s trutturale e funz ionale de lle prote ine . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Le conos ce nz e acquis ite , la capacità di utiliz z arle in pratica, s ono ve rificate ne l cors o di e s ami s critti, con te s t che s i articole ranno in una s e z ione di quiz a ris pos ta multipla e d in una s e z ione di domande a ris pos ta ape rta. Tramite i te s t a ris pos ta multipla s aranno ve rificate s oprattutto le conos ce nz e acquis ite e la capacità di -3- compre nde re . Ne lle domande a ris pos ta ape rta, dove lo s tude nte dovrà ris ponde re s crive ndo un te s to re lativame nte e s te s o s u un argome nto o s u un proble ma, ve rranno valutate le capacità di applicare conos ce nz a e compre ns ione , nonchè l'autonomia di giudiz io e la capacità di e s porre ide e analis i con chiare z z a e proprie tà. I te s t s critti s aranno due , da s os te ne rs i in te mpi dive rs i. La prima prova s critta riguarde rà il programma di Biochimica (s trutture -funz ione de lle prote ine e me tabolis mo) e la s e conda riguarde rà il programma di Biochimica Applicata e Prote omica (Me todi di laboratorio di bas e e te cniche prote omiche ) Soltanto dopo ave re s upe rato con s ucce s s o la prima prova s critta, lo s tude nte potrà acce de re alla s e conda. PROGRAMMA Parte I Struttura e funz ione de lle prote ine . Gli aminoacidi. Il le game pe ptidico. La s truttura tridime ns ionale de lle prote ine : s trutture primaria, s e condaria, te rz iaria e quate rnaria. Funz ione e d e voluz ione de lle prote ine . L'e moglobina come mode llo di prote ina allos te rica. Gli e nz imi: conce tti di bas e e cine tica. Il mode llo di Michae lis -Me nte n. Inibiz ione compe titiva e non compe titiva de ll'attività e nz imatica. Un e nz ima e s e mplare : la chimotrips ina. Strate gie di re golaz ione de ll'attività e nz imatica. Me tabolis mo Fondame nti di bioe ne rge tica: DG0 e DG0'. L'ATP come mole cola e ne rge tica. Altre mole cole -chiave de l me tabolis mo e ne rge tico: NADH, FADH2, coe nz imi e vitamine . I carboidrati: proprie tà e conce tti ge ne rali. Glicolis i e fe rme ntaz ioni; ciclo de ll'acido citrico; via de l pe ntos o fos fato e glucone oge ne s i; me tabolis mo de l glicoge no. La fos forilaz ione os s idativa: la cate na mitocondriale di tras portatori di e le ttroni; gradie nti protonici e bios inte s i di ATP. Il me tabolis mo de gli acidi gras s i: vie de gradativa (be ta-os s idaz ione ) e bios inte tica e loro re golaz ione . Bios inte s i e d utiliz z az ione de i corpi che tonici. De gradaz ione de gli amminoacidi e ciclo de ll'ure a. Bios inte s i de gli amminoacidi e de i nucle otidi. Parte II Me todologie biochimiche di bas e . Fraz ioname nto s ubce llulare . Es traz ione e purificaz ione di prote ine . Te cniche e le ttrofore tiche e ce nni s ulle te cniche cromatografiche . Te cniche immunochimiche e loro applicaz ioni. Impie go de i radiois otopi ne ll'analis i biochimica. Saggi e nz imatici e unità di attività. Prote omica. La prote omica, conce tti ge ne rali. Prote omica s is te matica e bas i me todologiche de ll'approccio prote omico: e le ttrofore s i mono- e bidime ns ionale di prote ine ; s pe ttrome tria di mas s a accoppiata all'analis i di banche dati. Studio prote omico de lle modificaz ioni pos t-traduz ionali. Prote omica diffe re nz iale e prote omica funz ionale : e s ame de ttagliato di alcuni e s e mpi s ignificativi di approcci prote omici allo s tudio di proble mi biologici. T EST I Parte I David L. Ne ls on e Michae l M. Cox I Principi di Biochimica di Le hninge r (V e diz ione ) Zaniche lli, Bologna, 2010 Mary K. Campbe ll, Shawn O. Farre ll Biochimica (III e diz ione ) EdiSES, Napoli, 2009 Parte II Re e d, Holme s , We ye rs & Jone s , Me todologie di bas e pe r le s cie nz e biomole colari, Zaniche lli, 2002 Pe r gli argome nti di prote omica, gran parte de lle le z ioni s i bas ano s u articoli s cie ntifici (in ingle s e ) me s s i a dis pos iz ione de gli s tude nti. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Me rcole dì 10:30 - 12:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 8:30 - 10:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 06/10/2014 al 30/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=a931 -4- Bioinf ormat ica Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Barbara Mo nt anini Re capito: 0521-905149 [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/11 - biologia mole colare Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Obie ttivo principale de l cors o è l'acquis iz ione di me todi pe r l'analis i di s e que nz e biologiche e pe r la rice rca in databas e di s e que nz e , domini e caratte ris tiche funz ionali. Parte ndo da s e que nz e primarie di acidi nucle ici o prote ine è infatti pos s ibile ipotiz z arne la funz ione , la s toria e volutiva, la s truttura e la localiz z az ione . Gli s trume nti utiliz z ati pe r raggiunge re que s ti obie ttivi s ono i databas e pubblici e i programmi di analis i e vis ualiz z az ione . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Conos ce nz a e compre ns ione . Gli s tude nti potranno acquis ire una conos ce nz a de i me todi pe r l'analis i di s e que nz e biologiche e pe r la rice rca in databas e di s e que nz e e di domini, e d una buona familiarità con i databas e pubblici e i programmi di analis i e vis ualiz z az ione Capacità di applicare conos ce nz a e compre ns ione . Attrave rs o le e s e rcitaz ioni guidate , gli s tude nti acquis iranno le compe te nz e di bas e ne ce s s arie pe r affrontare lo s tudio di nuove s e que nz e biologiche , ipotiz z andone la funz ione , la s toria e volutiva, la s truttura e la localiz z az ione AT T IVIT À DI SUPPORT O Il cors o è organiz z ato in le z ioni che pre ve dono una bas e te orica affiancata a e s e rcitaz ioni in aula di informatica pe r l'appre ndime nto de ll'us o di programmi di analis i e vis ualiz z az ione de i ris ultati. Le e s e rcitaz ioni s aranno la bas e de ll'e s ame , che ve rrà condotto s otto forma di pre s e ntaz ione de i ris ultati e domande s ulla parte te orica. PROGRAMMA Le z ioni te oriche 1. Informaz ioni biologiche e banche dati biologiche . 2. Alline ame nti e mis ure di s imilarità. Alline ame nti a coppie locali e globali. Matrici di s os tituz ione e punte ggi di alline ame nto. 3. Me todi pe r la rice rca di s e que nz e in databas e . 4. Alline ame nti multipli di s e que nz e prote iche e il loro us o pe r l'infe re nz a funz ionale e s trutturale . 5. Cre az ione di patte rn e profili da alline ame nti multipli. Rice rca in databas e di profili, domini e motivi. 6. Pre diz ioni biochimiche -s trutturali di prote ine . Pre diz ione de lla localiz z az ione intrace llulare . Profili di idrofobicità e topologia di prote ine di me mbrana. 7. Evoluz ione mole colare , filoge ne s i. 8. L'e ra de lla ge nomica: annotaz ione funz ionale s u s cala ge nomica 9. Clas s ificaz ione funz ionale de lle prote ine : ge ne ontology, pathway, ne twork 10. Inte rpre taz ione funz ionale di dati de rivanti da e s pe rime nti condotti s u larga s cala (tras crittomica, che moge nomica…) -5- Le z ioni applicate 1. Proge ttaz ione di oligonucle otidi da utiliz z are in PCR 2. Analis i approfondita di s e que nz e prote iche 3. Inte rpre taz ione funz ionale di dati de rivanti da e s pe rime nti condotti s u larga s cala T EST I "BIOINFORMATICA", TRAMONTANO Anna, Ed. Zaniche lli "INTRODUZIONE ALLA BIOINFORMATICA", VALLE Giorgio-HELMER CITTERICH Manue la-ATTIMONELLI Marce lla-PESOLE Graz iano, Ed. Zaniche lli ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 10:30 - 12:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Giove dì 10:30 - 12:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 06/10/2014 al 30/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=4c87 Biologia Molecolare e Laborat orio Int egrat o di Biot ecnologie III - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Simo ne Ot t o nello Re capito: 0521-905646 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: BIO/11 - biologia mole colare Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale NOT A Il cors o, di 8 CFU fino all'aa. 2010/11, pas s e rà a 9 CFU dall'aa. 2011/12 ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 10:30 - 12:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Marte dì 10:30 - 12:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 11:30 - 13:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 10/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=962f Biologia: dalle cellule agli organismi - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 1000871 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Elena Maest riPro f . Ada Ricci Re capito: 0521-905687 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 15 SSD: BIO/04 - fis iologia ve ge tale , BIO/13 - biologia applicata Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto e d orale -6- OBIET T IVI Italiano Fornire le conos ce nz e di bas e s ulla ce llula e ucariotica, in particolare animale , e s ugli organis mi animali. Fornire e s e mpi di applicaz ioni biote cnologiche di tali conos ce nz e . Fornire allo s tude nte il linguaggio e i te rmini s pe cifici de lla biologia. Il cors o s i s volge principalme nte con le z ioni frontali, in cui s i us ano pre s e ntaz ioni che illus trano i conce tti fondame ntali. Le pre s e ntaz ioni s ono inte grate con approfondime nti s ulle applicaz ioni biote cnologiche de gli organis mi animali, e occas ionalme nte con mate riale tratto dalla le tte ratura inte rnaz ionale . Modulo di Biologia Ve ge tale : Lo s tude nte avrà la pos s ibilità di acquis ire conos ce nz e di bas e re lative alla citologia, is tologia e d anatomia de lle piante s upe riori (Spe rmatofite ). Succe s s ivame nte s aranno forniti ce nni riguardanti alcuni de i più importanti proce s s i fis iologici, quali fotos inte s i, tras porto di acqua e s oluti, tras porto de i fotos intati, az ione de i fitore golatori. Gli s tude nti avranno quindi le compe te nz e pe r pote r compre nde re il funz ioname nto de gli organis mi ve ge tali. Inoltre s i forniranno e s e mpi di applicaz ioni biote cnologiche de gli organis mi ve ge tali. English To provide bas e knowle dge about the e ukaryotic ce ll, animal in particular, and on animal organis ms . To provide e xample s of biote chnological applications of the knowle dge . To provide to the s tude nt the s pe cific language and te rms of biology. The cours e is organis e d with frontal le cture s , us ing s lide s to illus trate the fundame ntal conce pts . The s lide s are inte grate d with in de pth information about application of animal organis ms to biote chnology, and at time s with mate rial take n from the inte rnational lite rature . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Italiano Conos ce nz e s ull'organiz z az ione e s ulle funz ioni de lle ce llule e ucariotiche , de gli organis mi ve ge tali e animali Capacità di organiz z are una re laz ione s critta Capacità di e s pos iz ione orale de gli argome nti English Knowle dge on the organis ation and function of e ukaryotic ce lls , plant and animal organis ms Ability in organis ing a writte n e s s ay Ability in oral e xplanations of s pe cific topics PROGRAMMA Italiano Prima parte : Biologia ge ne rale Introduz ione (ge ne rale approccio de lla biologia, me todo s cie ntifico) Le bas i chimiche de lla vita (carbonio, acqua) Macromole cole biologiche (carboidrati, lipidi, prote ine ) Come s i s tudiano le ce llule (micros copia, approcci s pe rime ntali) La ce llula in ge ne rale (s trutture principali) Me mbrane e tras porto Enz imi, me tabolis mo e re s piraz ione ce llulare Ciclo ce llulare , mitos i, me ios i Se conda parte : Biologia ve ge tale Ce nni di tas s onomia ve ge tale (Briofite , Pte ridofite , Spe rmatofite ) La ce llula ve ge tale , pe culiarità Pare te ce llulare , plas tidi, vacuolo -7- Forma e funz ione ne lle Spe rmatofite Te s s uti me ris te matici e de finitivi Anatomia di radice , fus to, foglia Tras porto de ll'acqua e de i s oluti La fotos inte s i e la fotore s piraz ione Tras porto de i fotos intati Re golaz ione de llo s viluppo Riproduz ione Te rz a parte : Biologia animale Protis ti e Funghi Dive rs ità animale : Porife ri, Ce le nte rati, Plate lminti, Rotife ri, Ne matodi, Mollus chi, Ane llidi, Artropodi, Echinode rmi e Cordati Organiz z az ione tis s utale de gli animali e ome os tas i Organiz z az ione de gli animali, ge ne ralità Apparati e funz ioni: te gume ntale , mus colare , s che le trico, dige re nte , re s piratorio, circolatorio, e s cre torio, ne rvos o e organi di s e ns o, immunitario, e ndocrino, ge ne ralità s ulla riproduz ione English Firs t part: Ge ne ral biology Introduction (ge ne ral approache s in biology, s cie ntific me thod) The che mical bas e s of life (carbon, wate r) Biological macromole cule s (carbohydrate s , lipids , prote ins ) How to s tudy ce lls (micros copy, e xpe rime ntal approache s ) The ce ll s tructure (main s tructure s ) Me mbrane s and trans port Enz yme s , me tabolis m and re s piration Ce ll cycle , mitos is , me ios is Se cond part: Plant biology Fundame ntals of plant taxonomy (Bryophyte s , Pte ridophyte s , Gimnos pe rms , Angios pe rms ) The plant ce ll, s pe cific fe ature s Ce ll wall, plas tids , vacuole Form and function in Spe rmatophyte s Me ris te matic and de finitive tis s ue s Anatomy of root, s te m, le af Trans port of wate r and s olute s Photos ynthe s is and photore s piration Trans port of photos ynthate s Re gulation of plant de ve lopme nt Re production Third part: Animal biology Protis ts and Fungi Animal dive rs ity: Porife ra, Cnidaria, Platyhe lminthe s , Rotife ra, Ne matoda, Mollus ca, Anne lida, Arthropoda, Echinode rmata and Chordata Tis uue organis ation of animals and homoe os tas is Organis ation of animals , ge ne ral conce pts Sys te ms and functions : inte gume ntary, mus culos ke le tal, dige s tive , re s piratory, cardiovas cular, urinary, ne rvous s ys te m and s e ns e organs , immune s ys te m, e ndocrine s ys te m, re production T EST I Campbe ll-Re e ce BIOLOGIA, ottava e diz ione . Pe ars on, 2009 Made r BIOLOGIA: L'ESSENZIALE. Piccin, 2012 Pe r il s olo modulo di BIOLOGIA VEGETALE s i cons iglia gli s tude nti di avvale rs i di uno de i s e gue nti te s ti: - Biologia de lle Piante , volume 1 Evoluz ione -Sviluppo-Me tabolis mo, e d. Zaniche lli, autori Smith, Coupland, Dolan, Harbe rd, Jone s , Martin, Sablows ki, Ame y oppure -8- - Biologia de lle Piante , e d. Zaniche lli, autori Ros t, Barbour, Stocking, Murphy oppure - Introduz ione alla Biologia Ve ge tale , e d. McGraw-Hill, autori Ste rn, Bidlack, Jans ky NOT A Italiano ATTENZIONE: dall'aa. 2011/12 il cors o cons te rà di s oli due moduli ris pe ttivame nte di 9 CFU (Prof. s s a Mae s tri) e 6 CFU (Prof.s s a Ricci). Modalità di ve rifica L'e s ame de l modulo 2 (Biologia ge ne rale e animale )è orale . Pe r acce de re lo s tude nte de ve pre s e ntare un te s to originale compos to da due parti: 1-approfondime nto s u un gruppo di animali, di cui dis cute re le caratte ris tiche e le applicaz ioni in biote cnologia; 2-comme nto a una s e rie di pre parati is tologici di mammife ri, forniti come immagini. La valutaz ione de l te s to s critto concorre al punte ggio de l voto parz iale pe r il 15%. L'orale compre nde due domande . La prima riguarda la s truttura e le funz ioni de lla ce llula animale , e il s uo s upe rame nto è indis pe ns abile pe r acce de re alla s e conda. Concorre al voto parz iale pe r il 50%. La s e conda domanda riguarda s truttura e funz ioni di un apparato de i mammife ri, e concorre al voto parz iale pe r il 35%. Il voto de l modulo 2 cos ì compos to concorre alla formaz ione de l voto finale de ll'ins e gname nto inte grato in proporz ione ai cre diti, cioè pe r 9/15. Ve rifica de lle capacità (de s crittori di Dublino): -le conos ce nz e ve ngono ve rificate con le domande de ll'e s ame orale -l'applicaz ione de lle conos ce nz e vie ne ve rificata con la re laz ione s critta, e durante l'orale -la abilità comunicativa s critta e orale e la capacità di appre ndime nto ve ngono ve rificate ne lle dive rs e fas i de ll'e s ame . L'e s ame de l modulo 1 (Biologia Ve ge tale ) è orale : tramite domande s pe cifiche ve rrà valutata la conos ce nz a de lla citologia, is tologia e d anatomia de gli organis mi ve ge tali. Que s ta parte pe s e rà pe r il 70% de l voto finale . Domande più ge ne rali ve rte ranno s ulla parte re lativa ai proce s s i fis iologici, che concorre rà pe r il re s tante 30% alla de finiz ione de l voto. English The e xam for module 2 (ge ne ral and animal biology) is oral. To acce s s the e xam, the s tude nt mus t de live r an original te xt made of two parts : 1-dis cus s ion about a group of animals , highlighting the main fe ature s and the applications to biote chnology; 2-comme nt to a s e rie s of hys tological s lide s of mammals , provide d as image s . The e valuation of the te xt contribute s to the mark for 15%. The oral e xam include s two que s tions . The firs t one is on s tructure and functions of the animal ce ll, and mus t be s ucce s s fully comple te d to gain acce s s to the s e cond one . Contribution to the mark is 50%. The s e cond que s tion conce rns s tructure and functions of an apparatus of mammals , and contribute s to the mark as 35%. The mark of module 2, made up as de s cribe d, contribute s to the final mark of the cours e in proportion to the numbe r of cre dits , i.e . 9/15. Ve rification of abilitie s (Dublin de s criptors ): -knowle dge is ve rifie d with the que s tions in the oral e xams -application of knowle dge is ve rifie d through the writte n te xt, and in the e xam -communication s kills and le arning s kills are ve rifie d in the diffe re nt parts of the e xam. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 11:30 - 13:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Marte dì 11:30 - 13:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 11:30 - 13:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Ve ne rdì 11:30 - 13:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 13/10/2014 al 23/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=fdab Biot ecnologie applicat e - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Mart a Marmiro li Re capito: 0521-905107 [[email protected]] -9- Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/13 - biologia applicata Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale PROGRAMMA Programma de l cors o Biote cnologie Ve ge tali Applicate , AA 2011-2012 Organis mi mode llo pe r le biote cnologie Arabidops is thaliana L He ynn Colture in vitro e s te rilità Micropropagaz ione Te rre ni di cre s cita s inte tici pe r organis mi ve ge tali e ormoni ve ge tali Epige ne tica Variaz ioni s omaclonali Colture di calli Embrioge ne s i s omatica Es traz ione de l DNA da varie matrici ve ge tali, me todi, e s e mpi Quantificaz ione DNA e d RNA, me todi, e s e mpi Prime rs PCR Enz imi di re s triz ione Clonaggio ge nico Libre rie ge niche Ce nni s ui conce tti principali de l s is te ma immunitario umano Saggi ELISA, tipologie principali e us i Es traz ione , coltura incrocio di protoplas ti (e s e mpi) Piante aploidi: androge ne s i e ginoge ne s i: us o biote cnologico Ploidità: variaz ioni e cons e gue nz e fe notipiche (e s e mpi), le chime re (e s e mpi) Triticace ae : T. ae s tivum e T. durum, e voluz ione e diffe re nz e , us i Prote ine de l T. durum Frutti s e nz a s e mi e frutti comme rciali Me tabolis mo s e condario ve ge tale : principi di bas e Pathway de ll'acido s hikimico Ce nni s ul s is te ma ne rvos o umano Alcaloidi ve ge tali: caratte riz z az ione e applicaz ioni in farmacologia, me dicina e biote cnologie Morfina: pathway me tabolico bios inte tico, az ione s ull'organis mo umano, funz ioni Te rpe ni e Carote noidi, e s e mpi Is opre noidi, e s e mpi Compos ti fe nolici ve ge tali, e s e mpi Fitoale s s ine : funz ione , e s e mpio - 10 - T EST I Ve de re is truz ioni date durante le le z ioni NOT A ATTENZIONE: il cors o, che ne ll'aa. 2010/11 e ra di 9 CFU, ne ll'aa. 2011/12 pas s a a 6 CFU. ATTENZIONE! L'appe llo de l 20 MAGGIO è s tato duplicato pe r e rrore , gli s tude nti pos s ono is crive rs i indiffe re nte me nte ne ll'uno o ne ll'altro ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 10:30 - 12:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 10:30 - 12:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 14/10/2014 al 30/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=a5d6 Chimica analit ica - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Maria Careri Re capito: 0521-905477 [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: CHIM/01 - chimica analitica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Il cors o s i propone di fornire agli s tude nti noz ioni avanz ate de lle principali te cniche analitiche s trume ntali, con particolare riguardo alle te cniche analitiche s pe ttros copiche e s e parative , e de lle fas i di un proce s s o analitico. Obie ttivo de l cors o è inoltre orie ntare gli s tude nti ad una valutaz ione critica de i ris ultati s pe rime ntali e de lle pote nz ialità de lle te cniche utiliz z ate ne l campo de lle biote cnologie . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Appre ndime nto de i conce tti di bas e de lla chimica analitica s trume ntale . Acquis iz ione di un linguaggio formalme nte corre tto, e laboraz ione di colle game nti tra le dive rs e parti de l cors o. Valutaz ione critica de lle te cniche analitiche s trume ntali e corre tta clas s ificaz ione de i me todi analitici. Valutaz ione critica de i parame tri di qualità de i me todi. Le conos ce nz e acquis ite e la capacità di compre ns ione de i conce tti trattati s ono ve rificati attrave rs o un e s ame orale . AT T IVIT À DI SUPPORT O Illus traz ione di cas i di s tudio applicativi de lle te cniche analitiche s trume ntali in campo alime ntare , ambie ntale , biologico con rife rime nto alle biote cnologie . Slide s de l cors o a dis pos iz ione de gli s tude nti. PROGRAMMA Fas i di un proce s s o analitico. Campioname nto. Introduz ione alle te cniche di analis i s trume ntale Clas s ificaz ione de lle te cniche analitiche s trume ntali. Clas s ificaz ione de i me todi analitici e crite ri di s ce lta. De finiz ione di parame tri di valutaz ione de i me todi analitici. Inte rvallo di line arità di ris pos ta, limite di rive laz ione , s e ns ibilità, s e le ttività, pre cis ione , accurate z z a. Me todi di de te rminaz ione de lle conce ntraz ioni; calibraz ioni con s tandard e s te rni, me todo de ll'addiz ione - 11 - s tandard; us o di s tandard inte rni. Te cniche s pe ttros copiche Origine de gli s pe ttri; corre laz ione tra trans iz ioni e ne rge tiche e z one s pe ttrali di as s orbime nto e d e mis s ione . Spe ttrofotome tria mole colare UV-vis ibile in as s orbime nto e fluore s ce nz a. Re laz ione tra s truttura e le ttronica e bande s pe ttrali. Strume ntaz ione pe r s pe ttrofotome tria di as s orbime nto UV-vis ibile mole colare . Sorge nti, monocromatore , rive latori. Rive latore a s e rie di diodi. De finiz ione di tras mittanz a e di as s orbanz a. Le gge di Lambe rt-Be e r. Applicaz ioni all'analis i quantitativa. Strume ntaz ione pe r s pe ttrofotome tria di fluore s ce nz a UV-vis ibile mole colare . Effe tto de lla te mpe ratura s ulla fluore s ce nz a. Re s a quantica. Es e mpi di fluore s ce nz a di biomole cole . Sonde fluore s ce nti pe r prote ine e DNA. Spe ttrofotome tria mole colare in as s orbime nto IR. Origine de gli s pe ttri; re laz ione tra modi di vibraz ione e z one di as s orbime nto. Strume ntaz ione : s pe ttrofotome tro FT-IR, applicaz ioni alla caratte riz z az ione di s os tanz e . Spe ttrofotome tria di as s orbime nto atomico Origine de gli s pe ttri atomici, s trume ntaz ione : s orge nti, s is te mi di atomiz z az ione . Inte rfe re nz e non s pe ttrali. Trattame nto de i campioni pe r la de te rminaz ione di me talli a bas s e conce ntraz ioni. Pre s taz ioni de i dive rs i s is te mi di atomiz z az ione . Spe ttrofotome tria di e mis s ione atomica Strume ntaz ione : s orge nte ICP, monocromatori ad alta ris oluz ione , rive latori. Pre s taz ioni de lla te cnica pe r analis i di e le me nti. Spe ttrome tria di mas s a Principi. Strume ntaz ione : s orge nti (ioniz z az ione e le ttronica, ioniz z az ione chimica, ioniz z az ione e le ctros pray). Analiz z atori a s e ttore magne tico, quadrupolari, a trappola ionica, a te mpo di volo. Rive latori. Te cniche s e parative Principi di cromatografia. Cromatografia in fas e gas s os a e d in fas e liquida. Parame tri cromatografici. Te mpo di rite nz ione . Te mpo di rite nz ione corre tto. Fattore di capacità. Fattore di s e paraz ione . Ris oluz ione . Efficie nz a di una colonna cromatografica. Gas cromatografia Me ccanis mi di inte raz ione in cromatografia gas -s olido e gas -liquido. Fas i s taz ionarie liquide e s olide . Strume ntaz ione : inie ttori, colonne , rive latori. Colonne capillari. Rive latori unive rs ali e s e le ttivi. Accoppiame nto gas cromatografia-s pe ttrome tria di mas s a. Ope raz ioni in is ote rma e in programmata di te mpe ratura. Me todo de llo s tandard inte rno pe r de te rminaz ioni quantitative . Cromatografia liquida Me ccanis mi di s e paraz ione s u fas i s taz ionarie s olide e liquide . Clas s i di polarità di s os tanz e e di fas i s taz ionarie . Cromatografia di ads orbime nto, ripartiz ione , s cambio ionico, e s clus ione mole colare . Strume ntaz ione pe r HPLC, colonne , pompe , rive latori. Eluiz ione in is ocratica e in gradie nte di e luiz ione . Accoppiame nto cromatografia liquida-s pe ttrome tria di mas s a: s orge nte /inte rfaccia e le ctros pray. T EST I D.A. Skoog, F. J. Holle r, S.R. Crouch Chimica Analitica Strume ntale , EdiSES, 2009. K.A. Rubins on, J.F. Rubins on, Chimica Analitica Strume ntale , Zaniche lli, 2002. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 13:30 - 15:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 13:30 - 15:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 06/10/2014 al 20/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=577e Chimica bio-organica - 12 - Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 1004401 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Arnaldo Do ssena Re capito: 0521 905413 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: CHIM/06 - chimica organica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Facoltativa Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Obie ttivo de l modulo di chimica bioorganica è lo s tudio de lle principali vie biologiche che portano alla produz ione di me taboliti s e condari. Tali compos ti s i trovano s olo in s pe cifici organis mi o gruppi di organis mi e s ono e s pre s s ione de lla individualità de lla s pe cie . Sarà, inoltre , dis cus s o il ruolo me tabolico, fis iologico e farmace utico che tali compos ti hanno ne gli organis mi che li producono, oppure ne gli organis mi che ve ngono in contatto con tali mole cole . AT T IVIT À DI SUPPORT O Dis ponibilità de l doce nte , in orari dive rs i da que lli de lle le z ioni, alla dis cus s ione de i te mi di ins e gname nto e d alla e ffe ttuaz ione di s e minari inte grativi riguardanti te mi non pre vis ti ne l cors o PROGRAMMA Chimica Bioorganica Modulo 1Ene rgia, lavoro, ordine ; cons e rvaz ione de ll'e ne rgia e le ggi de lla te rmodinamica; flus s i di e ne rgia in natura e ne i s is te mi non all'e quilibrio. Evoluz ione ne i s is te mi biologici; chimica pre biotica, omochiralità biologica, prokarioti e d e ukarioti, Catabolis mo, fotofos forilaz ione . Enz imi e coe nz imi; ruolo di e nz imi e coe nz imi ne lla catalis i biologica; gruppi pros te tici, vitamine . Modulo 2Te rpe ni; bioge ne s i te rpe nica, monote rpe ni, s e s quite rpe ni, dite rpe ni, gomma naturale ; s quale ne e fitoe ne , carote noidi, ciclo vis ivo. Ste roidi; bioge ne s i s te roidica, s quale ne , lanos te rolo, cole s te rolo; corticos te roidi, ormoni s e s s uali, acidi biliari; implicaz ioni fis iologiche . Acidi gras s i; bioge ne s i de gli acidi gras s i s aturi, monoins aturi, poliins aturi; Bioge ne s i di pros taglandine , tromboxani, le ukotrie ni, lipos s ine ; ruolo fis iologico. Ace toge nine ; bioge ne s i de lle ace toge nine , flavanoidi. Antibiotici; bioge ne s i e ruolo fis iologico de gli antibiotici; me ccanis mi di az ione de gli antibiotici. Acido s hikimico; bioge ne s i de llo s hikimato; ammino acidi aromatici, te tracicline . Alcaloidi; nome nclatura, clas s ificaz ione e ruolo biologico; ce nni di bioge ne s i T EST I P. M. De wick, Chimica, bios inte s i e bioattività de lle s os tanz e naturali, Piccin, Padova ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 8:30 - 10:30 Aula 2 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Ve ne rdì 8:30 - 10:30 Aula 2 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 06/10/2014 al 30/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=4d80 Chimica Generale ed Inorganica - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 00130 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Gio rgio Pelo si Re capito: 0521-905420 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: CHIM/03 - chimica ge ne rale e inorganica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale - 13 - Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto e d orale OBIET T IVI Italiano Conos ce nz e e compre ns ione : il cors o di "Chimica Ge ne rale e d Inorganica" ha lo s copo di fornire agli s tude nti di Biote cnologie i conce tti fondame ntali de lla Chimica ne ce s s ari pe r inte rpre tare a live llo mole colare i fe nome ni biologici. Il cors o cons ta di 9 CFU de i quali 7 di didattica frontale e 2 di e s e rcitaz ioni di calcolo e di laboratorio. La parte te orica è s uddivis a in quattro s e z ioni, cias cuna de lle quali fornis ce gli s trume nti chimici di bas e pe r il futuro biote cnologo, vale a dire : 1. Implicaz ioni de lla te oria atomica e mole colare (chimica inorganica, nome nclatura e s te chiome tria) 2. Te oria de l le game chimico (s truttura atomica, te oria de l le game s e condo Le wis , te oria VSEPR, te oria VB e MO) 3. Te rmodinamica chimica (i tre principi de lla te rmodinamica applicati alla chimica, e quilibri in s oluz ione , ce nni di e le ttrochimica) 4. Cine tica chimica. La parte di e s e rcitaz ioni di calcolo mira a concre tiz z are la te oria trattata a le z ione me tte ndo in e vide nz a i protocolli da applicare ne lle dive rs e tipologie di proble mi (bilanciame nti, calcoli s te chiome trici, calcoli di pH e tc). Que lla di laboratorio è indiriz z ata allo s viluppo de lle capacità di os s e rvaz ione e alle abilità di comunicaz ione orale e s critta. Una particolare atte nz ione ve rrà data all'us o corre tto de l linguaggio s pe cialis tico de lla chimica. Applicaz ione de lle conos ce nz e : Le conos ce nz e imparate a le z ione ve ngono concre tiz z ate con e s e rcitaz ioni di calcolo e d e s e rcitaz ioni di laboratorio. Ne l cors o de lle e s e rcitaz ioni pratiche gli s tude nti de vono te ne re un quade rno di laboratorio ne l quale de vono riportare il lavoro s volto e d i ris ultati de ll'e s pe rime nto condotto. Capacità di comunicare : il cors o porta all'acquis iz ione di linguaggio te cnico-s pe cialis tico che pe rme tte allo s tude nte di dialogare s u argome nti di tipo chimico utiliz z ando un linguaggio formale corre tto. English Knowle dge and unde rs tanding: the cours e of "Ge ne ral and Inorganic Che mis try" is aime d at e quipping the Biote chnology s tude nts with the fundame ntal conce pts of Che mis try ne ce s s ary to inte rpre t the biological phe nome na at mole cular le ve l. The cours e is 9 CFU of which 7 of le cturing and 2 of s toiche iome try and laboratory activitie s . The the ore tical part is divide d into four s e ctions , e ach of which give s the s tude nts the bas ic che mical tools ne ce s s ary for the future biote chnologis t, that is : 1. Implications of the atomic and mole cular the ory of matte r (inorganic che mis try, nome nclature and s toiche iome try) 2. The ory of the che mical bond (atom s tructure , bond the ory according to Le wis , VSEPR the ory, VB and MO the ory) 3. Che mical the rmodinamics (the thre e principle s of the rmodynamics applie d to che mis try, s olution e quilibria, bas ics of e le ctroche mis try) 4. Che mical kine tics . The computational part aims at us ing the tools le arnt in the the ore tical part giving e mphas is to the protocols that mus t be applie d in the diffe re nt proble m typologie s (che mical e quation balance , s toiche iome try, pH calculations e tc). The laboratory part is aime d at de ve loping obs e rvation and communication s kills both in oral and in writte n form. A particular atte ntion will be de vote d to a corre ct us age of the s pe cialis tic language of Che mis try. Knowle dge application: the knowle dge acquire d during the le cture s will be concre tiz e d with computational e xe rcis e s and laboratory e xpe rime nts . During the practical training s tude nts are re que s te d to ke e p a laboratory log-book in which the y take note of all the work carrie d out and the re s ults of the e xpe rime nt done in e ach lab s e s s ion. Communication s kills : the cours e le ads to the acquis ition of a te chnical language that allows the s tude nts to communicate with s pe cialis ts in the fie ld of che mis try us ing a formally corre ct language . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Italiano - 14 - I ris ultati de ll'appre ndime nto s ono ve rificati attrave rs o un e s ame finale s critto che cons ta di una s e rie di 13 domande de lle quali: 1. Quattro s ui conce tti de lla te oria atomica e mole colare (10 punti) 2. Tre s ulla te oria de l le game chimico (6 punti) 3. Quattro s ulla te rmodinamica chimica (10 punti) 4. Due s ulla cine tica chimica (4 punti) Affinché l'e s ame s ia s upe rato tuttavia non bas ta accumulare 18 punti, ma lo s tude nte dovrà otte ne re alme no la me tà de i punti as s ociati a cias cuna s e z ione . English The acquire d knowle dge and the compre he ns ion of the conce pts taught in the cours e will be ve rifie d through a final writte n te s t. The te s t cons is ts of 13 que s tions of which: 1. four about the atomic and mole cular the ory (10 points ) 2. thre e about the che mical bond the ory (6 points ) 3. four about che mical the rmodynamics (10 points ) 4. two about che mical kine tics (4 points ) The e xam is pas s e d only if the s tude nt has gathe re d at le as t 18 points and has obtaine d for e ach que s tion at le as t half of the as s ociate d points . AT T IVIT À DI SUPPORT O Italiano Il doce nte fornis ce on-line de l mate riale didattico di s upporto che non s i trova s ul te s to adottato. Su richie s ta de gli s tude nti il doce nte è dis ponibile a fare tutorato in aula, in particolare in vis ta de gli e s ami. English Te aching mate rial not include d in the adopte d te xtbook is downloadable from the inte rne t. On s tude nts ' re que s t tutoring is available , in particular in proximity of the e xams . PROGRAMMA Italiano Te oria atomica e mole colare Atomi e d e le me nti - Compos ti e mole cole – Nome nclatura chimica Inorganica - Re az ioni chimiche : introduz ione - Le re az ioni in s oluz ione acquos a Struttura atomica e mole colare La s truttura de ll'atomo - Configuraz ione e le ttronica de gli atomi e pe riodicità - Conce tti di bas e s ul le game chimico e s ulla s truttura mole colare : Te oria di Le wis e VSEPR (forma e polarità de lle mole cole ), Te oria VB (ibridiz z az ione ) e Te oria MO (applicaz ione con mole cole biatomiche omo- e e te ronucle ari) Te rmodinamica Stati di aggre gaz ione de lla mate ria - I gas e d il loro comportame nto - Forz e inte rmole colari Te rmodinamica: i principi de lla te rmodinamica e le loro implicaz ioni ne l conte s to chimico – Te rmochimica - La s pontane ità de lle re az ioni chimiche : l'e ntropia e l'e ne rgia libe ra di Gibbs - Equilibrio chimico: conce tti ge ne rali - La chimica de gli acidi e de lle bas i - Sis te mi tampone – Solubilità Cine tica Ve locità di re az ione – Equaz ioni cine tiche – Ordine di re az ione – Equaz ione di Arrhe nius – Te oria de llo s tato attivato - Me ccanis mi de lle re az ioni chimiche – Es e rcitaz ioni - 15 - Ste chiome tria. Bilanciame nto de lle re az ioni chimiche . Re age nte limitante . Principi de ll'analis i volume trica. Equilibri in s oluz ione . Calcolo de l pH in s oluz ioni di acidi e bas i de boli. Soluz ioni tampone . Calcoli di s olubilità. English Atomic the ory Atoms and e le me nts - Compounds and mole cule s - Nome nclature of Inorganic Compounds - Che mical re actions : an ove rvie w - Re actions in aque ous s olution Atomic and mole cular s tructure The s tructure of the atom - Ele ctronic configuration of atoms and pe riodicity - Bas ics on mole cular s tructure and che mical bonding: Le wis and VSEPR the ory, VB the ory (hybridiz ation) and MO the ory (application with homo- and he te ronucle ar diatomic mole cule s ) The rmodynamics State s of matte r - Gas e s and the ir be haviour - Inte rmole cular force s - The rmodynamics : the principle s of the rmodynamics and the ir implications in che mis try - The rmoche mis try - The s pontane ity of che mical re actions : e ntropy and Gibbs fre e e ne rgy - Equilibrium: ge ne ral conce pts - The che mis try of we ak acids and bas e s - Buffe r s olutions - Solubility Kine tics Re action rate - kine tic e quations - Re action orde r - Arrhe nius e quation - Activate d comple x the ory Me chanis ms in Che mical Re actions Tutorials Stoiche iome try. Balancing che mical re actions . Limiting re age nt. Principle s of volume tric analys is . Equilibria in s olution. Calculation of pH in s olutions of we ak acids and bas e s . Buffe r s olutions . Calculations of s olubility. T EST I Laird B.B. CHIMICA GENERALE McGrawHill Companie s , Milano 2010 ISBN: 8838665605 Altri te s ti cons igliati Chang R. FONDAMENTI DI CHIMICA GENERALE McGraw Hill Companie s , Milano 2009 ISBN: 9788838664991 Tro - CHIMICA un approccio mole colare - e d Edis e s , Napoli 2011 NOT A ATTENZIONE: il cors o, che fino all'aa. 2010/11 e ra di 7 CFU, dall'aa. 2011/12 pas s a a 9 CFU. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 8:30 - 11:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 9:30 - 11:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Ve ne rdì 9:30 - 11:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 13/10/2014 al 13/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=8e 7a Chimica indust riale Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Mart a Cat ellani Re capito: +39 0521 905415 [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 6 - 16 - SSD: CHIM/04 - chimica indus triale Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Conos ce nz e : il cors o è dire tto a fornire le conos ce nz e di bas e e gli as pe tti più rile vanti de ll'impie go di polime ri s inte tici in biote cnologia. Capacità di compre ns ione applicate , autonomia di giudiz io, abilità comunicative : allo s tude nte vie ne richie s to di pre s e ntare durante l'e s ame orale un argome nto da lui approfondito; que s to s timola la ne ce s s ità di acquis ire e us are corre nte me nte un linguaggio formalme nte corre tto, la capacità di e s prime re i conte nuti in modo chiaro e line are e di fare colle game nti con la parte te orica e gli e s e mpi pre s e ntati ne l cors o. Inoltre porta lo s tude nte a formulare un giudiz io pe rs onale , s ulla bas e de lla proprie conos ce nz e , s ulla s os te nibilità de i mate riali di cui parla, e la fattibilità de i proge tti pre s i in e s ame . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Appre ndime nto di conos ce nz e di bas e s ui polime ri e in particolare s ui polime ri di inte re s s e in biote cnologie . Acquis iz ione di un linguaggio formalme nte corre tto, capacità di e s prime re le conos ce nz e acquis ite e i conce tti con linguaggio chiaro e line are , e laboraz ione di colle game nti tra le varie parti de l cors o e conos ce nz e acquis ite in pre ce de nz a. Le conos ce nz e acquis ite e la capacità di compre ns ione de i conce tti trattati s ono ve rificati attrave rs o l' e s ame orale durante il quale lo s tude nte de ve dimos trare di s ape r approfondire uno de gli argome nti trattati de l cors o, cioè di rius cire a re pe rire in le tte ratura, compre nde re , de s crive re e comme ntare un e s e mpio in modo autonomo e critico. AT T IVIT À DI SUPPORT O Il mate riale didattico è s caricabile dagli s tude nti s ul we b. Il doce nte fornis ce i te s ti bibliografici di rife rime nto. Inoltre lo s tude nte può e s s e re s upportato dal doce nte (durante le re golari ore di rice vime nto o a richie s ta) ne lla proge ttaz ione de lla pre s e ntaz ione de ll'argome nto s ce lto pe r l'e s ame , in particolare s ulla s ce lta de l mate riale da pre s e ntare e s ulla compre ns ione de i te s ti trovati. PROGRAMMA De finiz ioni, nome nclatura; principali proprie tà; cris tallinità, s olubilità, punto di fus ione , s tato di trans iz ione ve tros a; dis tribuz ione de i pe s i mole colari; s truttura de i polime ri; conformaz ione e configuraz ione . Proprie tà me ccaniche e re ologiche . Ce nni s ui me todi di otte nime nto de i polime ri e s ui proce s s i di polime riz z az ione . Copolime ri Ce nni s ulla clas s ificaz ione de i polime ri Polime ri da fonti rinnovabili e loro utiliz z i Polime ri in me dicina Polime ri pe r l'inge gne ria tis s utale Polime ri ne lla compos iz ione de i farmaci T EST I Mate riale fornito dal doce nte F.W. Billme ye r, Te xtbook of polyme r s cie nce , Inte rs cie nce Publis he rs , J.Wile y and s ons , 1966 (pos s ibile pre s tito pre s s o Bibliote ca Chimica) ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 10:30 - 12:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Me rcole dì 10:30 - 12:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 03/03/2014 al 06/06/2014 - 17 - http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=11e f Chimica Indust riale Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Do t t . Ro bert a Pinalli (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521/905464 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: CHIM/04 - chimica indus triale Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Il cors o s i propone di dare le conos ce nz e di bas e e gli as pe tti più rile vanti de ll'impie go di polime ri s inte tici in biote cnologia. Ne lla prima parte de l cors o ve rrà introdotto il conce tto di polime ro, ve rranno illus trate le principali proprie tà de i polime ri e ve rranno s pie gate le te cniche più comuni pe r otte ne re e caratte riz z are i polime ri. La s e conda parte de l cors o riguarde rà la proge ttaz ione , la s inte s i e l'utiliz z o di polime ri ne l campo de lle biote cnologie . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Lo s tude nte impare rà il conce tto di polime ro, come s i s inte tiz z a e il s uo utiliz z o ne lla vita pratica PROGRAMMA De finiz ioni e nome nclatura de i polime ri; principali proprie tà de i polime ri; noz ioni s ulla cris tallinità, s olubilità, punto di fus ione e s tato di trans iz ione ve tros a de i polime ri; cos 'è e come s i de te rmina la dis tribuz ione de i pe s i mole colari; s truttura, conformaz ione e configuraz ione de i polime ri. Proprie tà me ccaniche e re ologiche de i polime ri. Ce nni s ui me todi di otte nime nto de i polime ri e s ui proce s s i di polime riz z az ione . Cos a s ono e come s i otte ngono i copolime ri Ce nni s ulla clas s ificaz ione de i polime ri Polime ri da fonti rinnovabili e loro utiliz z i Polime ri in me dicina Polime ri pe r l'inge gne ria tis s utale Polime ri ne lla compos iz ione de i farmaci T EST I Dis pe ns e de lle le z ioni e rife rime nti citati http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=d2cf Chimica organica e bio-organica - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 1004363 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Ro bert o Co rradini Re capito: +39 0521 905406 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: CHIM/06 - chimica organica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto e d orale OBIET T IVI Acquis ire conos ce nz a de lla s truttura e de lla re attività di mole cole organiche , con particolare rife rime nto ai compos ti biologici. Acquis ire conos ce nz a ne lla clas s ificaz ione e de lla nome nclatura de i compos ti organici me diante l'individuaz ione de i gruppi funz ionali che li caratte riz z ano e , tramite que s ti, de s crive rne la re attività. Appre nde re i conce tti di is ome ria, conformaz ione e s te re ochimica de lle mole cole organiche e de lle cons e gue nz e di que s te ne i s is te mi biologici. Acquis ire conos ce nz e riguardo - 18 - mole cole organiche e de lle cons e gue nz e di que s te ne i s is te mi biologici. Acquis ire conos ce nz e riguardo ai principali conce tti che gove rnano la re attività de i compos ti organici in re az ioni di tipo radicalico, e le ttrofilo o nucle ofilo. Conos ce re i gruppi funz ionali e le proprie tà di alcune importanti clas s i di mole cole biologiche quali i carboidrati, i triglice ridi e gli ammino acidi. De s crive re i biopolime ri fondame ntali pe r i s is te mi biologici: polis accaridi, pe ptidi e acidi nucle ici, le loro caratte ris tiche chimiche , il loro ruolo biologico e i fondame nti de lla s inte s i chimica di que s te mole cole . Acquis ire e s pe rie nz a s ulle principali te cniche di laboratorio di purificaz ione e modificaz ione di compos ti organici. RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Acquis ire conos ce nz e e capacità di compre ns ione caratte riz z ato dall'us o di libri di te s to avanz ati di Chimica Organica. Capacità di applicare le conos ce nz e di Chimica Organica con un approccio profe s s ionale , di ide are , s os te ne re argome ntaz ioni e ris olve re proble mi ne l campo de lla Chimica Organica; acquis ire la maturità e le conos ce nz e ne ce s s arie pe r intrapre nde re s tudi s ucce s s ivi con un buon grado di autonomia. Padronanz a de lla s truttura de i compos ti organici de lla loro rappre s e ntaz ione e de i formalis mi de lla Chimica Organica. Conos ce nz a de llle principali clas s i di mole cole organiche e de lle principali tipologie di re az ioni di compos ti organici. Conos ce nz a de i gruppi funz ionali, inparticolare que lli cos titue nti de lle biomole cole . Struttura e re attività de i compos ti di inte re s s e biologico, carboidrati, lipidi, pe ptidi e acidi nucle ici. Acquis iz ione de lle noz ioni e adde s trame nto s ulla s icure z z a ne l laboratorio chimico. Te cniche di bas e de l laboratorio di chimica organica e de lle me todologie di purificaz ione , s e paraz ione , caratte riz z az ione di compos ti organici. Es pe rie nz a s ulla s inte s i di mole cole organiche . AT T IVIT À DI SUPPORT O Incontri pe riodici con il doce nte pe r la ris oluz ione di proble mi e alla fine de l cors o pe r la pre paraz ione de lle prove d'e s ame PROGRAMMA Parte te orica 1-Il le game covale nte e la forma de lle mole cole . Struttura e le ttronica de gli atomi, le gami e forz e inte rmole colari, compos iz ione , s truttura e formula de lle mole cole organiche , is ome ri s trutturali, ris onanz a. Orbitali de ll'atomo di carbonio in compos ti s aturi e ins aturi. 2-Alcani: s truttura, nome nclatura, is ome ria, conformaz ioni. Re attività: formaz ione e s tabilità de i radicali ne lle re az ioni di aloge naz ione . 3- Cicloalcani. te ns ione di ane llo, conformaz ioni a s e dia e a barca de l cicloe s ano e di cicloe s ani s os tituiti. 4- Ste re ochimica. Is ome ri conformaz ionali e configuraz ionali, chiralità, attività ottica, configuraz ione re lativa e as s oluta, clas s ificaz ione e s e paraz ione de gli s te re ois ome ri, s ignificato de lla chiralità ne i s is te mi biologici e ne lla te cnologia. 5-Alche ni. Is ome ria cis /trans . Riduz ione . Re attività ne i confronti di e le ttrofili.Es e mpi di polime riz z az ione . Die ni: clas s ificaz ione . Die ni coniugati: proprie tà chimiche e e le ttroniche . 4-Alchini. Struttura e nome nclatura. 5- Compos ti aromatici. De finiz ione di aromaticità. Re gola di Hücke l. Sche ma di re attività ne lla s os tituz ione e le ttrofila aromatica. 6- Aloge noalcani. Struttura e re attività. Sche ma ge ne rale di nome nclatura de i gruppi funz ionali. Re az ioni di s os tituz ione e di e liminaz ione mono- e bimole colari. - 19 - Me ccanis mi di re az ione . 7- Alcoli. Struttura, nome nclatura. Proprie tà chimiche : acidità, nucle ofilia. Re az ioni di s os tituz ione e e liminaz ione applicate agli alcoli. Ce nni s ulla s truttura e re attività di e te ri, e pos s idi, tioli e tioe te ri. Es e mpi di compos ti naturali conte ne nti que s ti gruppi funz ionali 8- Alde idi e che toni. Struttura ge ne rale , nome nclatura e formule di ris onanz a de l gruppo carbonilico. Re az ioni di addiz ione di nucle ofili re ve rs ibili e irre ve rs ibili. Os s idaz ione e riduz ione . Tautome ria che to-e nolica. Acidità de gli idroge ni in alfa. 9- Acidi carbos s ilici e de rivati. Struttura. Acidità de gli acidi carbos s ilici. Re az ione di s os tituz ione nucle ofila acilica. Scala di re attività. Struttura e re az ioni di cloruri acilici, anidridi, e s te ri, ammidi. Struttura de i triglice ridi. Re az ione di idrolis i bas ica. Chimica Bioorganica 1- Introduz ione alla chimica de i carboidrati. Clas s ificaz ione de i carboidrati, monos accaridi e loro proprie tà, mutarotaz ione , glucos idi, dis accaridi, oligos accaridi e polis accaridi. 2- Ammine e ammino acidi. Proprie tà acido bas e e re attività. 3-Pe ptidi. Struttura, proprie tà fis iche , re attività. Ce nni di s inte s i pe ptidica. Gruppi prote ttori. 4-Nucle os idi e nucle otidi. Struttura, proprie tà fis iche e re attività. Ce nni di s inte s i de l DNA. Us o biologico e biome dico di nucle os idi e nucle otidi. Modulo di e s e rcitaz ioni. Es e rcitaz ioni s critte : ve rranno propos ti e s e rciz i di e laboraz ione de i conce tti fondame ntali, che al conte mpo aiutino a familiariz z are con gli s trume nti de lla Chimica Organica (formule di s truttura, formule di ris onanz a, conformaz ioni e d as pe tti s te re ochimici) me diante dis cus s ione di cas i a comple s s ità cre s ce nte . Allo s te s s o te mpo s i utiliz z e rà la dis cus s ione de gli e s e rciz i pe r chiarire , anche con e s e mpi, i conce tti re lativi agli argome nti trattati ne l modulo di le z ioni frontali. Es e rcitaz ioni di laboratorio. Introduz ione ai proble mi de lla s icure z z a ne i laboratori: ris chi conne s s i con l'us o di s os tanz e chimiche e parame tri che de s crivono la pe ricolos ità. Es pe rie nz e pratiche : 1) Es traz ione in fas e organica me diante e quilibri acido-bas e . De te rminaz ione de l punto di fus ione Analis i qualitativa me diante cromatografia s u s trato s ottile (TLC) 2)Purificaz ione di alcoli me diante dis tillaz ione Analis i de lla pure z z a me diante gas -cromatografia 3)Sinte s i di un e s te re . Saggi s ugli z ucche ri e mutarotaz ione . Ve rranno illus trate le te cniche più comuni di laboratorio pe r la s e paraz ione e - 20 - ide ntificaz ione di s os tanz e organiche . T EST I Parte te orica P.Y. Bruice "Chimica Organica" EdiSES (2-Ediz ione 2011). J. McMurry "Chimica Organica" 8 Ediz ione . Piccin (2013). B. Botta "Chimica Organica" EDI-ERMES (2011) W.H. Brown – C.S.Foote – B.L.Ive rs on E.V. Ans lyn "Chimica Organica" IV Ediz ione EdiSES (2009) K. Pe te r, C. Vollhardt, N.E. Schore "Chimica Organica" 3 Ediz ione . Zaniche lli 2005. Dis pe ns e de l doce nte dis ponibili pre s s o il s ito de l cors o. Parte di e s e rcitaz ioni: W.H. Brown, B. L. Ive rs on, S. A. Ive rs on: "Guida alla s oluz ione de i proble mi di Chimica Organica" Edi Se s . R.M. Robe rts , J.C. Gilbe rt, S.F. Martin : " Chimica Organica Spe rime ntale " Zaniche lli Editore . Copie de lle proce dure di laboratorio dis ponibili pre s s o il s ito de l cors o ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 10:30 - 12:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 14:30 - 16:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 9:30 - 10:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Ve ne rdì 9:30 - 12:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 10/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=26aa Fisiologia Generale (f ino all'a.a. 2010-2011) CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Massimiliano Zanibo ni Re capito: 0521-905623 (905620) [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 4 SSD: BIO/09 - fis iologia Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Fornire una de s criz ione de i me ccanis mi ge ne rali che s tanno alla bas e de lle funz ioni de lle ce llule e ucariotiche in re laz ione principalme nte alla e ccitabilità di me mbrana, ai me ccanis mi di tras duz ione de i s e gnali e ai proce s s i di inte graz ione che cons e ntono ai dive rs i tipi ce llulari di s volge re s pe cifiche funz ioni in modo coordinato. PROGRAMMA I tras porti di me mbrana Le le ggi di diffus ione Pote nz iali di me mbrana e s e gnali e le ttrici Comunicaz ione ce llulare Ne uroni e s inaps i Sis te mi s e ns oriali Mus coli e ghiandole T EST I FISIOLOGIA DELLA CELLULA Munaron L, Lovis olo D. Bollati Boringhie ri, 2003 DALLO STIMOLO ALLA SENSAZIONE Gus s oni M, Montice lli G, Ve z z oli A. Cas a Editrice Ambros iana, 2006 ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Me rcole dì 10:30 - 13:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale - 21 - Lezio ni: dal 09/03/2011 al 03/06/2011 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=ac0f Fisiologia generale - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Massimiliano Zanibo ni Re capito: 0521-905623 (905620) [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/09 - fis iologia Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Fornire una de s criz ione de i me ccanis mi ge ne rali che cons e ntano la compre ns ione de lle funz ioni de lle ce llule e ucariotiche in re laz ione principalme nte alla e ccitabilità di me mbrana, ai me ccanis mi di tras duz ione de i s e gnali e ai proce s s i di inte graz ione che cons e ntono ai dive rs i tipi ce llulari di s volge re s pe cifiche funz ioni in modo coordinato. La fre que nz a de l cors o cons e ntirà di conte s tualiz z are me ccanis mi di fis iologia ce llulare ge ne rali in cas i particolari che ve rranno approfonditi. Es e mpi di que s to s ono la de s criz ione de lla re golaz ione ne urove ge tativa de ll'attività cardiaca e la tras duz ione vis iva e uditiva, di cui gli s tude nti dovranno acquis ire una conos ce nz a approfondita dal live llo mole colare , a que llo ce llulare e d'organo. Il cors o ha, tra i s uoi obie ttivi formativi, anche que llo di fornire compe te nz e , riguardanti i s ingoli me ccanis mi mole colari ce llulari, atte a de s crive rne e ve ntuali s ine rgie , accoppiame nti e antagonis mi. Es e mpi di que s to s ono la up- e down-re gulation de ll'ade nilato ciclas i di me mbrana o il funz ioname nto accoppiato de lla pompa s odio-potas s io e de llo s cambiatore s odio-calcio. RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O La pre paraz ione de llo s tude nte ve rrà ve rificata tramite que s iti orali s u alme no tre de gli argome nti principali trattati. Ve rrà ve rificata la conos ce nz a ne i tre ambiti principali ogge tto de l cors o di ins e gname nto: 1. me ccanis mi di tras porto trans -me mbranari 2. attività e le ttrica e me ccanica ce llulare 3. tras duz ione s e ns oriale Pe r raggiunge re la s ufficie nz a s arà ne ce s s ario mos trare buona conos ce nz a di alme no uno de i tre argome nti richie s ti. Sarà in ogni cas o ve rificata la capacità de llo s tude nte di de s crive re i s ingoli me ccanis mi mole colari trattati e di dis cute rne la funz ione ne i dive rs i conte s ti de lla fis iologia ogge tto di ve rifica. AT T IVIT À DI SUPPORT O E' pre vis to un s e minario s pe cialis tico di nuove me todiche s pe rime ntali pe r la fis iologia ce llulare PROGRAMMA I tras porti di me mbrana Le le ggi di diffus ione Pote nz iali di me mbrana e s e gnali e le ttrici Comunicaz ione ce llulare Ne uroni e s inaps i Sis te mi s e ns oriali Mus coli e ghiandole T EST I Vande r - FISIOLOGIA. Cas a Editrice Ambros ia ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì Aula B Ple s s o Polifunz ionale 12:30 - 14:30 - 22 - Giove dì 12:30 - 14:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 10/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=d7c6 Genet ica agraria - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Mario Mo t t o (T it o lare del co rso ) Re capito: [] Tipologia: A s ce lta de llo s tude nte Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: AGR/07 - ge ne tica agraria Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Fornire le noz ioni fondame ntali de lla ge ne tica formale e mole colare ne ce s s ari pe r la compre ns ione de i me ccanis mi di tras mis s ione de i caratte ri e re ditari e de lla variabilità de i caratte ri di inte re s s e agrario. Il cors o mira inoltre a fornire gli s trume nti di bas e pe r l'analis i ge nomica e la manipolaz ione ge ne tica, nonché le conos ce nz e pe r la s ce lta de lle proce dure più idone e ad inte grare le proce dure tradiz ionali de lla ge ne tica applicata con gli s trume nti biote cnologici pe r la cos tituz ione di nuove varie tà. The aim is to give to s tude nts the knowle dge and tools to e valuate and us e for s e le ction the natural and induce d ge ne tic variability. Additionally, the s tude nts will acquire compe te nce s in ge nome analys e s and in ge ne tic and mole cular te chnologie s for the improve me nt of agricultural s pe cie s ; this will include the ability to s e le ct and run the mos t s uitable proce dure s for de ve loping ne w varie tie s by matching conve ntional bre e ding me thods with biote chnological s kills . PROGRAMMA Pros pe ttive e importanz a de l migliorame nto ge ne tico ve ge tale . Richiami di Ge ne tica Clas s ica, Ge ne tica Quantitativa e Ge ne tica di Popolaz ione . Me todi di riproduz ione de lle piante coltivate : allogamia, autogamia e propagaz ione ve ge tativa. Auto incompatibilità e mas chio s te rilità. Struttura ge ne tica de lle popolaz ioni di s pe cie pre vale nte me nte autogame e di s pe cie pre vale nte me nte allogame . Ere ditabilità. Me todi di s e le z ione : te oria de lla s e le z ione , ris pos ta alla s e le z ione , me todi e crite ri di s e le z ione . Ete ros i e cos tituz ione di varie tà ibride . Mutage ne s i e poliploidia. Marcatori mole colari bas ati s ull'ibridaz ione s pe cifica (RFLP), PCR (SSR, CAPS, RAPD) e s e que nz iame nto (SNP). Utiliz z o de i marcatori mole colari: mappatura, tipiz z az ione , ide ntificaz ione di QTL (Quantitative Trait Loci) e s e le z ione as s is tita da marcatori (MAS). Ge nomica: un quadro ge ne rale . Clonaggio pos iz ionale e ge ne tagging. Mappe fis iche e mappe di as s ociaz ione . Linkage dis e quilibrium. TILLING e d ECOTILLING. Te cnologie ge ne tiche e mole colari a s upporto de l migliorame nto. Principi e te cniche di coltura in vitro di ce llule e te s s uti ve ge tali. Inge gne ria ge ne tica e te cnologia de l DNA ricombinante .Tras formaz ione ge ne tica e produz ione di organis mi ge ne ticame nte modificati: tolle ranz a a s tre s s biotici e abiotici, migliorame nto de lla qualità de lle produz ioni agricole . Mole cular farming. Pe rs pe ctive s and importance of ge ne tic improve me nt of agricultural s pe cie s . An ove rvie w of the bas ic principle s of inhe ritance and of Quantitative and Population Ge ne tics . Plant re productive s ys te ms and the ir control. Se lf-incompatibility and male -s te rility. Ge ne tic variation in natural and bre e ding populations . Bas ic ge ne tic s tructure and me thods for improving s e lf-pollinate d and cros s -pollinate d s pe cie s . Inbre e ding de pre s s ion and he te ros is . Ge ne tic bas e s of s e le ction. Se le ction for monoge nic and quantitative trait loci (QTLs ). Conce pt of he ritability. Re s pons e to s e le ction. Mutage ne s is and polyploidy. Mole cular bre e ding. Mole cular marke rs bas e d on DNA re s triction and hybridiz ation te chnique s and on PCR amplification. Ge ne tic finge rprinting. QTL analys is and mapping. As s ociation mapping and linkage dis e quilibrium. Marke r-as s is te d s e le ction (MAS). Ge nomics : an ove rvie w. Map pos ition-bas e d cloning of ge ne s . Ge ne tagging. TILLING and ECOTILLING. Ge ne tic and mole cular biote chnologie s s upporting plant and animal bre e ding. Principle s and te chnique s of plant ce ll and in vitro tis s ue culture s . Ge ne tic e ngine e ring and re combinant DNA te chnologie s . Trans ge nic varie tie s for the improve me nt of biotic and abiotic s tre s s e s and for incre as ing quality re late d traits . Mole cular farming. T EST I Barcaccia, Falcine lli - Ge ne tica e ge nomica: Miglioramne to Ge ne tico, volume II - Liguori Editore . Barcaccia G., Falcine lli M. Ge ne tica e ge nomica:, Vol. III – Ge nomica e Biote cnologie ge ne tiche , vol. III - . Liguori Editore . Kang M.S., Quantitative Ge ne tics , Ge nomics and Plant Bre e ding. CABI Publ., - 23 - Chris pe e ls M.J., D.E. Sadawa Ge ne tica, Biote cnologie e Agricoltura s os te nibile . Cas a Editrice Ide ls onGnocchi s rl. Snus tad, D.P., M.J. Simmons , Principi di Ge ne tica, Ediz ione Edis e s ./D.P.Snus tad. M.J. Simmons , Principle of Ge ne tics , 6th Edition. J. Wile y & Son, Inc., 2011. Durante il cors o s aranno s e gnalate indicaz ioni bibliografiche s pe cifiche NOT A Modalità di e rogaz ione e organiz z az ione de lla didattica/Te aching organiz ation Le z ioni frontali in aula 38 ore . Es e rcitaz ioni e s e minari 4 ore . Ore totali 42. Me todi di valutaz ione /Examination me thods La ve rifica di profitto s i s volge con le s e gue nti modalità: s critta con te s t a quiz , te s t a domande ape rte , e s e rciz i. Sono pre vis ti acce rtame nti in itine re . ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Giove dì 10:30 - 12:30 Aula C Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 14:30 - 16:30 Aula C Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 11/03/2013 al 06/06/2013 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=c71d Genet ica e Laborat orio Int egrat o di Biot ecnologie I - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 1000863 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . T iziana Lo di Re capito: 0521-905494 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: BIO/18 - ge ne tica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto e d orale OBIET T IVI Gli s tude nti che fre que nte ranno il cors o acquis iranno conos ce nz e re lative alla tras mis s ione de ll'informaz ione ge ne tica, s ia in ce llule e ucariotiche che procariotiche , attrave rs o l'inte graz ione de llo s tudio de i principi fondame ntali che gove rnano l'e re ditarie tà e de gli as pe tti mole colari che de finis cono i me ccanis mi ge ne tici. Lo s trume nto me todologico è rappre s e ntato dall'analis i critica de lla s pe rime ntaz ione che ha portato alla compre ns ione de i me ccanis mi ge ne tici e de l s uo ruolo ne lle acquis iz ioni s cie ntifiche . Lo s tude nte quindi, attrave rs o la fre que nz a de l cors o e lo s tudio individuale acquis irà conos ce nz e re lative alla ge ne tica formale nonché conos ce nz e s ulla natura mole colare de l mate riale e re ditario, de lla s ua re plicaz ione , e s pre s s ione e mutaz ione . Attrave rs o una s e rie di e s e mpi e di proble mi applicati, s volti durante la compone nte e s e rcitativa de l cors o, lo s tude nte potrà applicare le conos ce nz e acquis ite e valutare la s ua compre ns ione . L'e s ame finale , cos tituito da una prova s critta e una prova orale pe rme tte rà di valutare la capacità di appre ndime nto de gli argome nti trattati e la capacità di comunicare le conos ce nz e acquis ite . PROGRAMMA -Tras mis s ione de i caratte ri ge ne tici Mitos i e Me ios i Ere dità me nde liana Se gre gaz ione de i caratte ri As s ortime nto indipe nde nte - 24 - Alle li multipli, alle li le tali Inte raz ione ge nica Ere dità le gata al s e s s o Te oria cromos omica de ll'e re ditarie tà As s ociaz ione ge nica Mappatura ne gli e ucarioti: mappatura a tre punti in Dros ophila Analis i de lle te tradi in lie vito - Tras mis s ione de i caratte ri ge ne tici in procarioti Coniugaz ione Tras formaz ione Tras duz ione -Natura de l mate riale e re ditario Ide ntificaz ione de l mate riale ge ne tico DNA: s truttura e re plicaz ione Struttura e organiz z az ione de l cromos oma in procarioti e d e ucarioti RNA: s truttura, tras criz ione e traduz ione Il codice ge ne tico. Caratte ris tiche de l codice e s ua de cifraz ione . - Struttura e funz ione de l ge ne Organiz z az ione de lla s truttura de l ge ne Ge ni inte rrotti Te oria un ge ne -un e nz ima. Cos truz ione di cate ne me taboliche Comple me ntaz ione ge nica Es pre s s ione ge nica - Cambiame nti ne lla s truttura de l ge noma Variaz ione ne l nume ro e ne lla s truttura di cromos omi Mutaz ioni ge niche Caus a de ll'ins orge nz a di mutaz ioni ge niche Cons e gue nz a de lle mutaz ioni a live llo di prodotto ge nico Re ve rs ione e s oppre s s ione Is olame nto di mutanti e s is te mi di s e le z ione Mutanti s pontane i e indotti - Re golaz ione de ll'e s pre s s ione ge nica Re golaz ione a live llo tras criz ionale ne i procarioti Ope ron Lac: controllo ne gativo e pos itivo Re troinibiz ione Laboratorio inte grato di Biote cnologie Ve rrà propos ta una s e rie di e s e rcitaz ioni te oriche s ugli argome nti di ge ne tica formale da s volge re in clas s e . - 25 - T EST I Snus tad DP, Simmons MJ (2009) Principi di Ge ne tica 4a Ediz ione EdiSES Griffiths AJF, We s s le r SR, Carroll SB, Doe ble y J (2013) Ge ne tica 7a Ediz ione Zaniche lli Ed Klug WS, Cummins MR, Spe nce r CA (2007) Conce tti di Ge ne tica 8a Ediz ione Pe ars on Pre ntice Hall Rus s e l PJ (2007) Ge ne tica 2a Ediz ione NOT A Me todi didattici. Il cors o s arà s volto me diante le z ioni frontali s ugli s pe cifici argome nti de l programma, con l'aus ilio di diapos itive e d e s e mpi alla lavagna. Il mate riale didattico proie ttato ve rrà re s o dis ponibile . E' comunque forte me nte cons igliato l'utiliz z o di un te s to pe r lo s tudio individuale . Il cors o s arà inte grato da una s e rie di e s e rcitaz ioni, in cui gli s tude nti potranno applicare le conos ce nz e acquis ite a s pe cifici proble mi re ali. Potranno anche e s s e re s volte e s e rcitaz ioni di laboratorio, durante le quali gli s tude nti potranno re aliz z are individualme nte s e mplici e s pe rime nti s u alcuni de gli argome nti trattati.Alla fine di tali attività ve rrà propos to un te s t pe r la ve rifica de ll'appre ndime nto me diante que s iti s ulle e s pe rie nz e s volte in laboratorio. Ve rifica La ve rifica de ll'appre ndime nto ve rrà e ffe ttuata attrave rs o un e s ame finale . L'e s ame s arà cos tituito da una prova s critta che avrà come argome nto s pe cifici e s e rciz i s u proble mi di ge ne tica, s imili a que lli affrontati durante le e s e rcitaz ioni. La prova s critta, da s volge rs i in un te mpo mas s imo di due ore , s arà compos ta da s e i e s e rciz i/domande atte a valutare la capacità di applicare le conos ce nz e a proble mi s pe cifici da parte de llo s tude nte (De s crittori di Dublino 2).Lo s volgime nto corre tto di alme no il 50% de gli e s e rciz i propos ti pe rme tte rà l'ammis s ione alla prova orale s volta me diante domande s ugli argome nti trattati durante le le z ioni frontali. Il colloquio orale avrà lo s copo di ve rificare la capacità di compre ns ione de i dive rs i argome nti trattati durante le le z ioni e le conos ce nz e acquis ite (De s crittori di Dublino 1) e di e vide nz iare la capacità da parte de llo s tude nte di formulare colle game nti tra i vari argome nti trattati. L'e s ame s arà s upe rato con voto s ufficie nte s e lo s tude nte s aprà dimos trare una la conos ce nz a de gli argome nti bas ilari de lla ge ne tica. Il voto s arà incre me ntato qualora lo s tude nte dimos tri di ave re buona cons ape vole z z a de gli argome nti trattati, capacità di colle gare le varie noz ioni acquis ite e buona capacità di e s pos iz ione de i conce tti (De s crittori di Dublino 3 e 4). Alla formulaz ione de l giudiz io finale contribuirà inoltre la valutaz ione de l te s t/que s tionario propos to al te rmine de lle e s e rcitaz ioni ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 10:30 - 12:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 11:30 - 13:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 10:30 - 12:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 10/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=df02 Genet ica molecolare umana - Genet ica di organismi modello - 26 - Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 1001176 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . T iziana Lo di Re capito: 0521-905494 [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: BIO/18 - ge ne tica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Il cors o, di ge ne tica avanz ata, è cos tituito da due s e z ioni. 1.Ge ne tica mole colare di organis mo mode llo. La maggior parte de lle conos ce nz e s cie ntifiche che riguardano le proprie tà fondame ntali de gli organis mi vive nti de riva dallo s tudio di organis mi mode llo. Obie ttivo di que s ta s e z ione s arà la de finiz ione de l ruolo di alcuni organis mi mode llo ne ll'analis i ge ne tica in e poca pos t-ge nomica, con particolare atte nz ione alle me todiche utiliz z ate e agli s trume nti ge ne tici dis ponibili pe r l'analis i funz ionale di ge ni. Ve rrà approfondito lo s tudio di vari organis mi mode llo e ucariotici in rice rche di bas e e in applicaz ioni di tipo biote cnologico te s e all'utiliz z az ione s trate gica de lle informaz ioni fornite dal s e que nz iame nto de i ge nomi. 2.Ge ne tica mole colare umana L'attuale inte graz ione de lla Ge ne tica Umana con la biologia mole colare e con la bioinformatica las cia intrave de re un futuro ricco di prome s s e pe r la rice rca biologica e , di cons e gue nz a, pe r pote nz iali applicaz ioni alla Me dicina e d alla Biote cnologia. Poiché tra gli as pe tti applicativi que lli più inte re s s anti riguardano ovviame nte la s alute umana, que s ta s e z ione de l cors o ha l'obie ttivo di fornire le informaz ioni di bas e s u alcuni s e ttori quali: la citoge ne tica, gli as pe tti mole colari di malattie monoge niche e comple s s e , la farmacoge ne tica che s tudia il patte rn di ris pos ta ai farmaci in re laz ione alle variaz ioni de lla s e que nz a de l DNA de i paz ie nti e la te rapia ge nica umana che s i s pe ra tragga ulte riore impuls o dalle s e mpre più puntuali informaz ioni de rivanti dalla ide ntificaz ione de lla s e que nz a e funz ione de i ge ni umani ("Proge tto Ge noma Umano"). Ve rrà inoltre affrontato l'argome nto de lla mutage ne s i ambie ntale e de lla tos s icologia ge ne tica attrave rs o lo s tudio, s oprattutto a live llo mole colare , de ll'inte raz ione tra age nti mutage ni e mate riale e re ditario. Un s e condo approccio più applicativo cons is te rà ne lla de s criz ione de lle te cniche in us o pe r la rile vaz ione de ll'attività ge notos s ica e de lle cons e gue nz e biologiche da e s s a de rivanti. PROGRAMMA Ge ne tica mole colare di organis mi mode llo IL LIEVITO COME ORGANISMO MODELLO Forward e re ve rs e ge ne tics - Il s e que nz iame nto de l ge noma de l lie vito S. ce re vis iae e di altre s pe cie di lie vito - Ge nomica comparativa in microrganis mi e ucariotici unice llulari - La colle z ione de i de le tanti e s ua utiliz z az ione ne ll'analis i funz ionale - Me todi ge ne tici pe r lo s tudio s is te matico de ll'inte raz ione ge nica. Applicaz ioni allo s tudio di patologie umane - Il lie vito come organis mo mode llo pe r lo s tudio de lla ge ne tica mitocondriale - Il lie vito come organis mo mode llo pe r lo s tudio di malattie mitocondriali. ANALISI FUNZIONALE IN ORGANISMI MODELLO VEGETALI Ricombinaz ione omologa ne lle piante - Il s ile nz iame nto ge nico ne lle piante - MicroRNA in organis mi ve ge tali. Cae norhabditis e le gans COME ORGANISMO MODELLO ANIMALE "Forward e re ve rs e ge ne tics " in C. e le gans - Analis i funz ionale me diante RNAi - Applicaz ione di "ge nome wide s cre e ns " ne llo s tudio di patologie umane . Dros ophila me lanogas te r COME ORGANISMO MODELLO ANIMALE Te cniche ge ne tiche tradiz ionali- Tras formaz ione e clonaz ione me diata dall'e le me nto P- Me todi pe r la - 27 - cos truz ione di mutanti me diante re ve rs e ge ne tics : mutage ne s i ins e rz ionale me diata da e le me nti P, mutage ne s i con e xcis ione ; analis i funz ionale me diante RNAi- Ruolo di Dros ophila ne lla drug dis cove ry e come mode llo ne llo s tudio di patologie umane . Ze bra fis h COME ORGANISMO MODELLO VERTEBRATO Ciclo vitale . Te cniche di laboratorio. Forward e re ve rs e ge ne tics in Ze bra fis h. Produz ione di line e e aploidi omoz igoti. Abbattime nto de ll'e s pre s s ione ge nica me diante morfolino.Inattivaz ione ge nica me diante Zn finge r nucle as i, te cnica TALEN e te cnica CRISPR Ge ne tica mole colare umana GENETICA UMANA Struttura, funz ione e patologie de i cromos omi umani - Albe ri ge ne alogici - Le gge di Hardy-We inbe rg e s ue applicaz ioni – Az ione de l ge ne e dos aggio ge nico: ge ni de lla e moglobina, malattie dis me taboliche e inattivaz ione de l cromos oma X – Organiz z az ione e re golaz ione de ll'e s pre s s ione di ge ni umani LE MALATTIE GENETICHE NELL'UOMO Mutaz ioni con pe rdita di funz ione – mutaz ioni con acquis iz ione di funz ione – gli e ffe tti de l dos aggio ge nico – patologia mole colare . FARMACOGENETICA Ge ni coinvolti ne lla farmacocine tica e farmacodinamica – polimorfis mi ne i ge ni che influe nz ano la dis ponibilità de i farmaci – polimorfis mi ge ne tici de i re ce ttori e de i s is te mi di riparaz ione – s trate gie mole colari pe r la ottimiz z az ione de lla te rapia farmacologica TERAPIA GENICA Le diffe re nti s trate gie pe r la te rapia ge nica – te rapia ge nica pe r le malattie e re ditarie , ne oplas ie e malattie infe ttive – l'e tica de lla te rapia ge nica ne ll'uomo. Ge notos s icità La continua e voluz ione de lle s cope rte riguardanti i s is te mi pre pos ti al mante nime nto de lla s tabilità de l ge noma e l'ide ntificaz ione di un nume ro s e mpre più vas to di s os tanz e di age nti fis ici, chimici o biologici in grado di alte rare il mate riale e re ditario è alla bas e de l re ce nte s viluppo di s e ttori de lla rice rca quali la mutage ne s i ambie ntale e la tos s icologia ge ne tica. Le rice rche riguardanti la mutage ne s i e la cance roge ne s i tras ce ndono l'inte re s s e te orico de gli s tudios i de l mate riale ge ne tico pe r as s ume re un'importanz a de cis iva s ul piano s ociale , e conomico e d e cologico. Il programma de l modulo cons is te di una prima parte ine re nte le conos ce nz e di bas e , s oprattutto a live llo mole colare , de ll'inte raz ione tra age nti mutage ni e mate riale e re ditario e di una s e conda parte più applicativa in cui ve ngono de s critte le te cniche in us o pe r la rile vaz ione de ll'attività ge notos s ica e de lle cons e gue nz e biologiche da e s s a de rivanti. INSTABILITA' DEL GENOMA UMANO: MUTAZIONE E RIPARAZIONE DEL DNA Me ccanis mi mole colari de lla mutaz ione e de l rias s ortime nto de l mate riale e re ditario riparaz ione de l DNA - Sis te mi di AGENTI GENOTOSSICI Mutage ni fis ici e chimici - Sis te mi me tabolici di attivaz ione /inattivaz ione di xe no biotici -Antimutage ni Effe tti fe notipici de lla mutaz ione s omatica: ge ne tica de i tumori Mutaz ioni patoge ne - Induz ione e s viluppo tumorale - Stabilità de l ge noma - 28 - Fonti de lla contaminaz ione da age nti ge notos s ici Mutage ni e cance roge ni naturali e prodotti dall'uomo: die ta, farmaci, matrici ambie ntali (aria, acqua, s uolo) Strume nti di rile vame nto de ll'attività ge notos s ica Marcatori biologici e biomonitoraggio - Te s t di mutage ne s i in vitro e in vivo T EST I Philip Me ne e ly Analis i Ge ne tica Avanz ata ED. McGraw-Hill Articoli originali cons igliati T.STRACHAN, A.P.READ – Ge ne tica Umana Mole colare – UTET, L.MIGLIORE – Mutage ne s i Ambie ntale Zaniche lli. Di approfondime nto: P.LOLLINI, C.DE GIOVANNI, P .NANNI – Te rapia ge nica – Zaniche lli, P.PARHAM – Immunologia – Zaniche lli, H.GREIM, E.DEML - Tos s icologia NOT A Me todi didattici Il cors o s arà s volto me diante le z ioni frontali s ugli s pe cifici argome nti de l programma, con l'aus ilio di diapos itive e d e s e mpi alla lavagna. Il mate riale didattico proie ttato ve rrà re s o dis ponibile . E' comunque forte me nte cons igliato l'utiliz z o di te s ti pe r lo s tudio individuale . Ve rifica La ve rifica de ll'appre ndime nto ve rrà e ffe ttuata attrave rs o un e s ame finale . Pe r quanto riguarda la ge ne tica mole colare umana ve rrà e ffe ttuata una prova orale di tipo tradiz ionale , che avrà lo s copo di ve rificare la capacità di compre ns ione de i dive rs i argome nti trattati durante le le z ioni e le conos ce nz e acquis ite e di e vide nz iare la capacità da parte de llo s tude nte di formulare colle game nti tra i vari argome nti. Pe r quanto riguarda la ge ne tica mole colare di organis mo mode llo, la ve rifica de ll'appre ndime nto avve rrà attrave rs o la le ttura critica e d e s pos iz ione di un articolo re ce nte che tratti de ll'us o di un organis mo mode llo in proble matiche le gate alla ge ne tica di bas e o applicata. L'e s ame cons is te rà in una pre s e ntaz ione ppt in cui lo s tude nte dovrà dimos trare di ave re buona cons ape vole z z a de lla proble matica s cie ntifica trattata, compre ns ione de gli e s pe rime nti s volti, de i ris ultati otte nuti e de lla loro inte rpre taz ione . Que s to tipo di e s ame cons e ntirà di valutare la capacità di applicare le conos ce nz e a proble mi s pe cifici da parte de llo s tude nte la capacità di colle gare le varie noz ioni acquis ite e di darne un giudiz io critico e inoltre l'abilità di comunicare e d e s porre le conos ce nz e appre s e Il giudiz io finale te rrà conto de llo s volgime nto di e ntrambe le parti de ll'e s ame , pe r il cui s upe rame nto e ntrambe dovranno ris ultare s ufficie nti. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 10:30 - 12:30 Aula 2 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Me rcole dì 9:30 - 11:30 Aula 6 (Botanica) Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Giove dì 10:30 - 12:30 Aula 6 (Botanica) Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 06/10/2014 al 12/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=d337 Genomica e marcat ori molecolari - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Mario lina Gulli - 29 - Re capito: 0521-905486 [[email protected]] Tipologia: A s ce lta de llo s tude nte Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/18 - ge ne tica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale PROGRAMMA Il cors o s i compone di due gruppi di le z ioni. Il primo gruppo cons is te in le z ioni de dicate alla de s criz ione de i principali tipi di "Marcatori Mole colari" comune me nte utiliz z ati ne lle analis i de l DNA. Ve rranno illus trati i protocolli più utiliz z ati e i proble mi ad e s s i as s ociati. Attrave rs o la dis cus s ione di cas i di s tudio ve rranno forniti e s e mpi de lle principali applicaz ioni de i marcatori mole colari (cos truz ione di mappe ge ne tiche , finge rprinting, ide ntificaz ione e clonaggio di ge ni re s pons abili di malattie , "marke ras s is te d s e le ction" e "as s ociation mapping", applicaz ioni fore ns i). Ne lla s e conda parte de l cors o ve rrà affrontato il dis cors o de lle analis i ge nomiche , al fine di fornire le ade guate conos ce nz e pe r compre nde re che cos a è un ge noma e quali s ono le s ue caratte ris tiche in vari tipi di organis mi. Ve rranno inoltre dis cus s e le principali tappe de ll'analis i de i ge nomi (la produz ione di mappe ge ne tiche , la produz ione di mappe fis iche , il s e que nz iame nto, il proce s s o di annotaz ione ). Ve rranno propos ti cas i di s tudio re lativi al s e que nz iame nto de l ge noma in organis mi mode llo. L'analis i e la dis cus s ione de i cas i di s tudio cons e ntirà anche di inte grare le conos ce nz e te oriche s ui marcatori mole colari ne l conte s to de ll'analis i ge nomica. The cours e is organiz e d in two groups of le cture s . The firs t group is focaliz e d on "Mole cular marke rs " and will give an ove rvie w of the mos t popular mole cular marke rs us e d for DNA analys is . Protocols and as s ociate d proble ms will be de s cribe d. Cas e s tudie s will be de s cribe d and dis cus s e d in orde r to give s ome e xample s of the main applications of mole cular marke rs (ge ne tic mapping, finge rprinting, marke r-as s is te d s e le ction, as s ociation mapping, locating and cloning ge ne s for important traits , fore ns ic s cie nce s , pos itional cloning of dis e as e ge ne s ). The s e cond group of le cture s will re gard ge nomic analys is , in orde r to provide the knowle dge about the characte ris tics of a ge nome in diffe re nt type s of organis ms . The main s te ps of ge nomic analys is will be dis cus s e d (ge ne tic mapping, phys ical mapping, ge nome s e que ncing, and annotation) Cas e s tudie s will be dis cus s e d about ge nomic characte riz ation in mode l organis ms . The dis cus s ion of cas e s tudie s will allow the s tude nts to unde rs tand how mole cular marke rs can be us e ful in ge nomic analys is . T EST I Libri di te s to Brown TA, "Ge nomi" Edis e s (cap 1-9) Gre g Gibs on and Spe nce r V. Mus e ,"Indroduz ione alla Ge nomica" - Zaniche lli (cap. 1,2,5) Le win B, e t al. " Il ge ne " Zaniche lli (s e conda e diz ione compatta 2011) ( cap. 4, 5, 23) Barcaccia, Falcine lli "Ge ne tica e Ge nomica" vol III cap 17,18 Cap 20 (come approfondime nto) Approfondime nti -Wang D.G, Fan J.B., Siao C.J., Be rno A., Young P., Sapols ky R., Ghandour G., Pe rkins N., Winche s te r E., Spe nce r J., Kruglyak L., Ste in L., Hs ie L., Topaloglou T., Hubbe ll E., Robins on E., Mittmann M., Morris M.S., She n N., Kilburn D., Rioux J., Nus baum C., Roz e n S., Huds on T.J., Lips hutz R., Che e M., Lande r E.S. Large s cale ide ntification, mapping, and ge notypimg of s ingle -nucle otide polymorphis ms in the human ge nome . Scie nce . 1998, 280: 1077-1082 -Rafals ki A. Applications of s ingle nucle otide polymorphis ms in crop ge ne tics . Curre nt Opinion in Plant Biology. 2002, 5:94-100 -Morgante , M., and A.M. Olivie ri. PCR-amplifie d micros ate llite s as marke rs in plant ge ne tics . Plant J. 1993, 3:175-182. -Hunt D.J., Parke s H.C., Lumle y I.D. Ide ntification of the Spe cie s of Origin of Raw and Cooke d Me at Products Us ing Oligonucle otide s Probe s . Food Che m. 1997, 60: 437-442 -Gupta P.K., Roy J.K., Pras ad M. Single nucle otide polymorphis ms : a ne w paradigm for mole cular marke r te chnology and DNA polymorphis m de te ction with e mphas is on the ir us e in plants . Curr.Sci. 2001, 80: - 30 - 524-535 -Ande rs e n J.R. and Lübbe rs te dt T. Functional marke rs in plants . Tre nds in Plant Scie nce . 2003, 8 (11): 554-560 ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 10:30 - 12:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 10:30 - 12:30 Aula C Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 10:30 - 12:30 Aula C Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 21/01/2014 al 07/03/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=c08a Genomica/Met odi di analisi del t rascrit t oma Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Nelso n Marmiro li Re capito: 0521905606 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: BIO/13 - biologia applicata, BIO/18 - ge ne tica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Italiano Ne gli ultimi anni l'analis i de i ge nomi ha conos ciuto un e norme s viluppo: inte ri ge nomi, tra cui que llo umano, s ono s tati s e que nz iati e d altri s ono in fas e di s e que nz iame nto. La s fida attuale è quindi conos ce re le funz ioni e la re golaz ione de i vari ge ni e le loro inte raz ioni. Ciò può e s s e re e ffe ttuato attrave rs o dive rs i approcci: 1. analis i de i tras critti de i vari ge ni in dive rs e condiz ioni ambie ntali e /fis iologiche di ce llule , te s s uti o organis mi (tras crittomica). 2. s tudio di mutanti in cui i ge ni s pe cifici s ono inattivati oppure s ovra e s pre s s i (ge nomica funz ionale ). Il cors o s i propone pe rciò di fornire allo s tude nte una conos ce nz a de lle comple s s e te cnologie che s ono alla bas e de lla tras crittomica, de lla ge nomica funz ionale e de lle loro pos s ibili applicaz ioni. Il cors o è s uddivis o in tre moduli: 1) Ge nomica 2) Tras crittomica 3) Ge nomica Funz ionale English In the las t ye ars the ge nome analys is has be e n dramatically de ve lope d: e ntire ge nome s , including human, have be e n s e que nce d and othe r are be ing s e que ncing. The actual challe nge is to know the functions , re gulation and inte ractions among the ge ne s . This can be done through diffe re nt approache s : 1. the analys is of trans cripts in diffe re nt e nvironme ntal or phys iological conditions of ce lls , tis s ue s or organis ms (trans criptomic) 2. the s tudy of mutants in which s pe cific ge ne s are inactivate d or ove re xpre s s e d (functional ge nomics ) The aim of the cours e is to illus trate the comple x me thodologie s of trans criptomics , functional ge nomics and the ir pos s ible applications . The cours e is divide d in thre e module s : 1) Ge nomics 2)Trans criptomic 3) Functional ge nomics Italiano 2011-12 - Che cos a è un ge noma - Il s e que nz iame nto de i ge nomi - Come inte rpre tare le informaz ioni conte nute in una s e que nz a ge nomica (me todi in s ilico) - Anatomia de i ge nomi - La tras criz ione de i ge nomi comple s s i (umano, animale , ve ge tale ) - Sinte s i e maturaz ione de ll'RNA - Re golaz ione de ll'attività de l ge noma - Analis i de l tras crittoma: me todi low e high throughput - Altri me todi di indagine de l tras crittoma (diffe re ntial dis play, cDNA-AFLP, SAGE, e cc.) - Array mole colari e me todi di analis i de gli array Quantificaz ione de l tras crittoma: me todi qualitativi, quantitativi e s e mi-quantitativi - Me todologie in Re alTime e bas i te oriche - Me todologie ge ne tico-mole colari pe r s tudiare la funz ione di s ingoli ge ni (two - 31 - hybrid, phage dis play, footprinting ge ne tico, inattivaz ione di ge ni, e cc.) - Mutage ne s i s ito-s pe cifica Me todi in vivo pe r l'analis i de lla funz ione de i ge ni in organis mi s upe riori (animali e ve ge tali) Me todologie mole colari pe r otte ne re animali knock-out, knock-in, e piante mutage niz z ate (tras pos oni, TDNA, tilling e cc.) - Applicaz ione de lla ge nomica funz ionale (farmacologia, me dicina, agricoltura e ambie nte ) RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Italiano STIMA DEL CARICO DI LAVORO PER LO STUDENTE N° di ore Pe rce ntuale Pre s e nz a Le z ioni te oriche Es ame finale 2 63 28% English 71.1 ESTIMATED WORKLOAD FOR THE STUDENT 0.9% Individuale Pre paraz ione de ll'e s ame 160 Ore totali 225 PROGRAMMA N° of hours Pe rce ntage Italiano Pre s e nce The ore tical clas s e s Final e xamination 2 63 28% 0.9% Individual Pre paration of e xamination 160 Total of hours 225 71.1 Modulo 1: Ge nomica Che cos a è un ge noma Il s e que nz iame nto de i ge nomi Come inte rpre tare le informaz ioni conte nute in una s e que nz a ge nomica (me todi in s ilico) Anatomia de i ge nomi La tras criz ione de i ge nomi comple s s i (umano, animale , ve ge tale ) Sinte s i e maturaz ione de ll'RNA Re golaz ione de ll'attività de l ge noma Modulo 2: Tras crittomica Analis i de l tras crittoma: me todi low e high throughput Altri me todi di indagine de l tras crittoma (diffe re ntial dis play, cDNA-AFLP, SAGE, e cc.) Array mole colari e me todi di analis i de gli array Quantificaz ione de l tras crittoma: me todi qualitativi, quantitativi e s e mi-quantitativi Me todologie in Re alTime e bas i te oriche Modulo 3: Ge nomica Funz ionale Me todologie ge ne tico-mole colari pe r s tudiare la funz ione di s ingoli ge ni (footprinting ge ne tico, inattivaz ione di ge ni, e cc.) Mutage ne s i s ito-s pe cifica - Me todi in vivo pe r l'analis i de lla funz ione de i ge ni in organis mi s upe riori (animali e ve ge tali) Me todologie mole colari pe r otte ne re animali knock-out, knock-in, e piante mutage niz z ate (tras pos oni, T-DNA, tilling e cc.) Applicaz ione de lla ge nomica funz ionale (farmacologia, me dicina, agricoltura e ambie nte ) English Module 1: Ge nomics What is a ge nome Se que ncing ge nome s How to inte rpre t information in a ge nomic s e que nce (in s ilico me thods ) Ge nome anatomy Trans cription of comple x ge nome s (human, animal, plant) Synthe s is and proce s s ing of RNA Re gulation of ge nome activity - 32 - Module 2: Trans criptomics Analys is of trans criptome Mole cular arrays and me thods for analys is of arrays Othe r me thods for analys ing the trans criptome (diffe re ntial dis play,cDNA-AFLP, SAGE) Quantification of the trans criptome Me thodologie s in Re alTime and the ore tical bas e s Module 3: Functional ge nomics Ge ne tic-mole cular me thods to s tudy the function of individual ge ne s (two hybrid, phage dis play, ge ne tic footprinting, ge ne inactivation) Site -s pe cific mutage ne s is In vivo me thods to analys e ge ne function in highe r organis ms (plant and animals ) Mole cular me thodologie s to obtain knock-in, knock-out animals and mutage nis e d plants Applications of functional ge nomics to pharmacology, me dicine , agriculture , e nvironme nt Italiano 2012-13 A.A. 2012-2013 A. GENOMICA - Che cos a è un ge noma? - Il s e que nz iame nto de i ge nomi - Come inte rpre tare le s e que nz e ge nomiche (ge nomica in s ilico) - Anatomia de i ge nomi - Ge nomica comparata (diffe re nz e fra ge nomi in conte nuto e dime ns ioni) - Ge nomi organe llari (cloroplas ti e mitocondri) - Se que nz e ge ne tiche particolari (tras pos oni, re trotras pos oni, s e que nz e virali) - Evoluz ione de i ge nomi (ipote s i ge ne tica conve nz ionale e non conve nz ionale ) B. TRASCRITTOMICA - La tras criz ione de i ge nomi comple s s i (umano, animale , ve ge tale ) - Sinte s i e maturaz ione de ll'RNA - Re golaz ione de ll'attività de l ge noma - Analis i de l tras crittoma in vitro: me todi low e high throughput - Array mole colari e me todi di analis i de gli array - Quantificaz ione de l tras crittoma: me todi qualitativi, quantitativi e s e mi-quantitativi - Me todologie in Re alTime (bas i te oriche e me todologiche ) C. GENOMICA FUNZIONALE - Me todologie ge ne tico-mole colari pe r s tudiare la funz ione di s ingoli ge ni - Mutage ne s i s ito-s pe cifica - Me todi in vivo pe r l'analis i de lla funz ione de i ge ni in organis mi s upe riori (animali e ve ge tali) - Me todologie mole colari pe r otte ne re animali knock-out e knock-in - Piante mutage niz z ate (tras pos oni, T-DNA, TILLING e cc.) - Applicaz ione de lla ge nomica funz ionale alla farmacologia, me dicina, agricoltura e ambie nte . T EST I Le tture cons igliate : - Brown, T.A. Ge nomi 3 (EdiSES 2008) - Sche na, M. Microarray Biochip Te chnology (Biote chnology Books , 2e ds ) - 33 - - Dale , J.W., von Schantz , M. Dai ge ni ai ge nomi (EDISES) - Gibs on G., Mus e S.V. Introduz ione alla Ge nomica (ZANICHELLI 2004) - Le s k A.M. Introduz ione alla Ge nomica (ZANICHELLI 2009) - Rus s e ll P.J. Ge ne tica. Un Approccio Mole colare (EdiSES 2010) Il mate riale s ui topi knock-out è il s e gue nte : Galli-Taliadoros LA, Se dgwick JD, Wood SA, Koe rne r H (1995) Ge ne knock-out te chnology: a me thodological ove rvie w for the inte re s te d novice . Journal of Immunological me thods 181:1-15. Mue lle r U (1999) Te n ye ars of ge ne targe ting: targe te d mous e mutants , from ve ctor de s ign to phe notype analys is . Me chanis ms of De ve lopme nt 82:3-21. NOT A Italiano Sono ne ce s s arie conos ce nz e di biologia, ge ne tica, biochimica e biologia mole colare e d una conos ce nz a de lla lingua ingle s e pe r cons ultare te s ti. La modalità di e s ame può e s s e re la pre s e ntaz ione di un argome nto ine re nte al cors o, da concordare con il doce nte oppure un orale con una domanda pe r ognuno de i moduli. L'e s ame è orale . Lo s tude nte ha due s ce lte pos s ibili: e s ame orale re golare con due domande , oppure una pre s e ntaz ione con s lide s u un argome nto concordato con il doce nte . Ve rifica de i de s crittori di Dublino: -conos ce nz e , applicaz ione de lle conos ce nz e e capacità di appre ndime nto s ono ve rificate durante la dis cus s ione de ll'e s ame o de lla pre s e ntaz ione , ne lle ris pos te alle domande . -Capacità di comunicaz ione , ve rificata me diante l'e s pos iz ione de lla pre s e ntaz ione o ne lla ris pos ta alle domande . Si richie de l'us o de l linguaggio appropriato e de lla te rminologia corre tta. Si s volgono pre s s o le aule de l ple s s o biologico (v.le Parco Are a de lle Scie nz e , 11/A), s alva dive rs a dis pos iz ione . E' richie s ta l'is criz ione e le ttronica (chius ura is criz ione all'e s ame : una s e ttimana prima) Date e luoghi de ll'e s ame potranno e s s e re modificati anche con bre ve anticipo pe r improvvis i e improrogabili impe gni de l doce nte o de gli altri compone nti la commis s ione di e s ame . Gli s tude nti s ono pe rciò invitati a ins e rire la propria mail al mome nto de ll'is criz ione e le ttronica pe r pote r e s s e re e ve ntualme nte avve rtiti oppure a cons ultare il s ito de l cors o prima de ll'e s ame . English Some pre vious knowle dge of biology, ge ne tics , bioche mis try and mole cular biology as we ll a s uitable le ve l of Englis h to re ad re fe re nce s in the language . Stude nt will be as s e s s e d by a le cture about a s pe cific topic of the cours e , in according with the te ache r, or by oral e xamination, with one que s tion for e ach module . The e xam is oral. The s tude nt has two pos s ible options : a re gular oral e xams with two que s tions , or e ls e a s lide pre s e ntation on a topic agre e d upon with the le cture r. Ve rification of Dublin de s criptors : -knowle dge , application of knowle dge and le arning ability are ve rifie d during the dis cus s ion of the e xam or the pre s e ntation, in the re plie s to que s tions . -communication ability, ve rifie d through the pre s e ntation or re plie s to que s tions . It is re quire d that the s tude nt us e s an appropriate language and corre ct te rms . The e xaminations will be conducte d at the biological building (V.le Parco Are a de lle Scie nz e , 11/A), if not othe rwis e provide d. The re gis tration s hould be done on line on we e k be fore the date of e xamination. Date s and locations of e xaminations can be modifie d als o with a s hort advance in cas e of s udde n and - 34 - urge nt commitme nts of the te ache r and othe r me mbe rs of e xamination commis s ion. The re fore , the s tude nts s hould provide the ir e -mail at re gis tration to be contacte d or the y s hould che ck the s ite of the cours e be fore the e xamination. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 8:30 - 10:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Me rcole dì 8:30 - 10:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Giove dì 8:30 - 10:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 06/10/2014 al 23/12/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=8a01 Immunologia e immunopat ologia - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Do t t . Benedet t a Passeri (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521032725 [[email protected]] Tipologia: A s ce lta de llo s tude nte Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: VET/03 - patologia ge ne rale e anatomia patologica ve te rinaria Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto OBIET T IVI Ne ll'ambito de i me ccanis mi di ris pos ta al danno ve rranno pre s e ntati il proce s s o infiammatorio e d il s is te ma immunitario. Saranno fornite le bas i pe r la compre ns ione de ll'organiz z az ione , de lle funz ioni e de lla re golaz ione di que s ti me ccanis mi di dife s a, cos ì importanti pe r il mante nime nto de llo s tato di s alute . Con opportuni e s e mpi s arà dimos trata l'importanz a e s s e nz iale che le re az ioni di riconos cime nto de ll'antige ne s volgono a prote z ione de ll'organis mo. Ve rranno inoltre pos te le bas i pe r la compre ns ione de lle re az ioni ipe re giche de l s is te ma immunitario quando non funz ionano i me ccanis mi di autore golaz ione . Ve ngono pre s e ntati i principali me ccanis mi di inne s co de ll'autoimmunità. RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O L'e s ame richie de , a s ce lta de llo s tude nte , la prova orale o la s ottomis s ione di un e laborato s u 4 argome nti s volti a le z ione . Lo s tude nte de s crive i me ccanis mi de ll'immunità. L'applicaz ione de lle conos ce nz e e me rge dalla prova o dall'e laborato, pe rchè lo s tude nte è in grado di as s ociare i s udde tti me ccanis mi alle patologie immunitarie . La capacità di giudiz io autonomo s i manife s ta ne lla compre ns ione de ll'argome nto e ne lla capacità di as s ociaz ione alle dive rs e s ituaz ioni patologiche . La prova s critta ha una durata di circa 2 ore . Se lo s tude nte s ce glie la prova orale , la durata s arà in bas e alla capacità de llo s tude nte di ris ponde re in modo e s aurie nte alle quattro domande che gli ve rranno pos te s ugli argome nti s volti PROGRAMMA Il s is te ma immunitario (le ce llule immunitarie , organi linfoidi primari e s e condari, la circolaz ione linfocitaria infiammaz ione acuta: de finiz ione , e z iologia, fas i vas colari e ce llulari, ce llule infiammatorie e me diatori chimici, e s iti infiammaz ione cronica primaria e granulomatos a: as pe tti ce llulari e me diatori e ffe tti s is te mici de ll'infiammaz ione - 35 - Immunità innata e d immunità acquis ita. Barrie re e s te rne fis ico-chimiche Ce llule infiammatorie Alcune prote ine e matiche Fattori umorali Antige ni. Struttura e funz ioni de gli anticorpi. Le game antige ne -anticorpo. Anticorpi monoclonali. Re ce ttore de l linfocita B (BCR) e de l linfocita T (TCR). Formaz ione de i re pe rtori linfocitari e s e le z ione clonale . Struttura e funz ione de gli MHC di clas s e I e II. Proce s s az ione de ll'Ag e s oge no e d e ndoge no. Le ce llule APC. I trapianti. Attivaz ione de i linfociti. Ris pos ta primaria e s e condaria anticorpale . Me moria immunologica. Le te cniche di laboratorio bas ate s ulla re az ione antige ne -anticorpo o s u ce llule de ll'immunità adattativa. Principi di immunopatologia. Le Ipe rs e ns ibilità (tipo I, II, III, IV); Tolle ranz a e d autoimmunità: principali me ccanis mi patoge ne tici; Immunode ficie nz e e d immunode pre s s ione ; Stre s s e immunità T EST I Ve te rinary Immunology, Tiz ard I.R., Els e vie r 8°e diz ione (2013) Pie r G., Lycz ak J.B., We tz le r L.M., Immunologia Infe z ione , Immunità, (2006) Piccin Murphy K, Trave rs P., Walport M, Jane way's Immunobiologia, (2009) Saunde rs McGavin M.D., Zachary J.F., Patologia Ge ne rale Ve te rinaria, (2008) Els e vie r Robbins e Cotran-le bas i patologiche de lle malattie vol 1 (2010) Els e vie r ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 8:30 - 10:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 15:30 - 17:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Ve ne rdì 10:30 - 12:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 26/01/2015 al 13/03/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=5e b8 Ist ologia e anat omia umana - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Do t t . Cecilia Carubbi Re capito: 0521033140 [[email protected]] Tipologia: A s ce lta de llo s tude nte Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/16 - anatomia umana Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto OBIET T IVI Il Cors o s i propone di fornire agli Stude nti gli s trume nti e d i conce tti te orici pe r lo s tudio de lla organiz z az ione morfo-funz ionale de l corpo umano ai s uoi diffe re nti live lli: la ce llula, la organiz z az ione ce llulare ne i te s s uti, la inte graz ione tis s utale ne gli organi, la organiz z az ione anatomica macros copica de gli organi, apparati e s is te mi. Al te rmine de l cors o lo s tude nte dovrà conos ce re , e s ape r riconos ce re al micros copio ottico, la s truttura de lle ce llule e la s truttura de i te s s uti de ll'uomo. Inoltre dovrà conos ce re la morfologia de i dive rs i s is te mi e apparati de ll'uomo. Al te rmine de l cors o lo s tude nte dovrà e s s e re in grado di ris olve re s e mplici "cas e s tudie s ". Al te rmine de l cors o lo s tude nte dovrà e s prime rs i con un linguaggio te cnico appropriato. Al te rmine de l cors o lo s tude nte dovrà e s s e re in grado di rias s ume re un bre ve te s to anatomico. - 36 - RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O La ve rifica de ll'appre ndime nto s arà e ffe ttuata al te rmine de l Cors o, me diante te s t s critto con 30 domande a ris pos te multiple . Le domande di ve rifica s aranno focaliz z ate s ui principali argome nti di is tologia e anatomia umana. La pre paraz ione de llo Stude nte s arà cons ide rata idone a con 18/30 ris pos te corre tte . AT T IVIT À DI SUPPORT O LEZIONI FRONTALI E LABORATORIO MICROSCOPICO PROGRAMMA La ce llula e le s ue compone nti: il plas male mma, il citoplas ma, l'apparato de l Golgi, il re ticolo e ndoplas matico, mitocondri, il nucle o. La formaz ione e l'organiz z az ione de i te s s uti. Te s s uto e pite liale di rive s time nto e ghiandolare : clas s ificaz ione , localiz z az ione e corre laz ioni morfo-funz ionali. Te s s uto conne ttivo: clas s ificaz ione , localiz z az ione , corre laz ioni morfo-funz ionali; os s ificaz ione ; e mopoie s i; le ce llule de l s angue e le pias trine . Te s s uto mus colare : clas s ificaz ione , localiz z az ione e corre laz ioni morfo-funz ionali. Te s s uto ne rvos o: clas s ificaz ione e localiz z az ione de i tipi ce llulari. Me todiche pe r l'alle s time nto de i pre parati e le principali coloraz ioni is tologiche . Analis i di pre parati is ologici al micros copio ottico. Apparato Locomotore : organiz z az ione s trutturale (citologica e mole colare ) de l te s s uto os s e o, cartilagine o e mus colare . ge ne ralità s ulle os s a, s ulle articolaz ioni e s ui principali gruppi mus colari. Anatomia macros copica de lle os s a che compongono lo s che ltro de lla te s ta, de l tronco e de gli arti. Anatomia macros copico-funz ionale de lle articolaz ione de lle rachide , s capoloome rale , de l gomito, de l pols o, coxofe morale , de l ginocchio e de lla caviglia. Apparato circolatorio: organiz z az ione ce llulare e mole colare de gli e ndote li. Anatomia macros copia e micros copia de l cuore , de i vas i coronarici, de lle valvole cardiache . Struttura de lla pare te de lle arte rie , de lle ve ne e de i capillari. De cors o de lle principali arte rie e ve ne . Anatomia funz ionale de gli organi e mopoie tici primari (midollo os s e o) e linfoidi primari (timo) e s e condari (milz a e linfonodi). Apparato dige re nte : organiz z az ione ge ne rale : bocca, faringe , e s ofago, s tomaco, inte s tino te nue , inte s tino cras s o. Fe gato e le vie biliari. Il pancre as e le vie pancre atiche . Il pe ritone o. Apparato re s piratorio: organiz z az ione ge ne rale : laringe , trache a, bronchi, polmoni. Anatomia morfologico-funz ionale de ll'alve o polmonare . Apparato urinario: anatomia macros copica e micros copico-funz ionale de i re ni. Anatomia mole colare de l ne frone . Apparato e ndocrino: organiz z az ione ge ne rale . L'ipotalamo e d i nucle i ne uros e ce rne nti, l'ipofis i. Tiroide e paratiroidi, le ghiandole s urre nali, le ins ulae pancre atiche . Sis te ma ne rvos o ce ntrale e pe rife rico: organiz z az ione ge ne rale . T EST I F.H. Martini, Anatomia Umana EdiSES (http://www.e dis e s .it) Marinoz z i G. - Anatomia Clinica 2° e d. (Antonio De lfino Editore ) Anatomia de ll'Uomo 2° e d. (Ambros i e t al.) Ed. Edi-Erme s Ste ve ns A. – Lowe J., Is tologia Umana. Cas a Editrice Ambros iana ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 13:30 - 16:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 13:30 - 16:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Ve ne rdì 14:00 - 18:00 Lezio ni: dal 10/10/2014 al 07/11/2014 No t a: Le le z ioni de l VENERDI' s i s volge ranno pre s s o Dip. S.Bi.Bi.T - Se z . Anatomia Umana - Via Grams ci, 14 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=3a3a Lingua inglese - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Re capito: [] Tipologia: Di bas e Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 3 SSD: L-LIN/12 - lingua e traduz ione - lingua ingle s e Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale - 37 - Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Portare gli s tude nti al live llo di conos ce nz a B1 de lla lingua ingle s e in bas e al Quadro Comune di Rife rime nto Europe o. RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O L'appre ndime nto pre ve de r le z ioni in aula, pre s e ntaz ione de lle s trutture principali, de duz ione de lla re gola, us o contras tivo de lla lingua, utiliz z o di s us s idi didattici vari (audioCD, s lide , libro di te s to, e cc.). La prova di lingua ingle s e è compos ta dalle s e gue nti parti: A. Conos ce nz a grammaticale e le s s icale (Te mpo conce s s o - 30 minuti) · Es e rciz i in cui il candidato de ve individuare l'e s pre s s ione e rrata (e s . forma/te mpo ve rbale , us o de l comparativo, omis s ione de l s ogge tto, e cc.) all'inte rno di una fras e , s ce glie re fra varie alte rnative la ris pos ta che comple ta lo s paz io all'inte rno de lla fras e (e s .: te mpo ve rbale , pre pos iz ione , e cc.), e s ce glie re fra varie alte rnative la parola (ve rbo, pre pos iz ione , s os tantivo, e cc.) che me glio comple ta uno s paz io all'inte rno di un brano. B. Compre ns ione di bre vi te s ti s critti (Te mpo conce s s o - 30 minuti) · Il candidato dovrà le gge re la riproduz ione di alcuni carte lli e /o annunci pubblici, e uno o più brani e s ucce s s ivame nte ris ponde re a domande di compre ns ione . C. As colto di bre vi dialoghi e dis cors i (Durata - 25 minuti circa) · Il candidato dovrà as coltare un nas tro s u cui s ono re gis trati bre vi dialoghi e /o dis cors i, e ris ponde re a domande riguardanti il s ignificato de gli e nunciati. Ogni brano s i as colta due volte . Le ris pos te pe r tutte e tre le s e z ioni de lla prova s ono de l tipo SCELTA MULTIPLA - Il punte ggio finale s i ottie ne s ommando le ris pos te corre tte . Non c'è pe naliz z az ione pe r le ris pos te e rrate , e le ris pos te mancanti valgono come e rrore . PROGRAMMA Grammatica gli articoli e i dimos trativi i pos s e s s ivi e il ge nitivo s as s one i pronomi pe rs onali s ome / any e compos ti i s os tantivi contabili e non-contabili much / many / a little / a fe w i comparativi e s upe rlativi &nb s p; ; i pronomi re lativi le principali pre pos iz ioni di te mpo e di luogo le domande indire tte le principali congiunz ioni &n bs p; &nbs p; i principali ve rbi + pre pos iz ioni &n bs p; Pre s e nt Simple and Pre s e nt Continuous Pas t Simple (ve rbi re golari e irre golari) Pas t Continuous Pre s e nt Pe rfe ct Simple il futuro (going to, will, Pre s e nt Simple , Pre s e nt Continuous ) il Condiz ionale 1 e le s ubordinate te mporali (whe n, afte r, e tc. + Pre s e nt Simple ) il Pas s ivo (Pre s e nt Simple , Pas t Simple , Pre s e nt Pe rfe ct) i ve rbi modali (can, could, mus t, will, would, s hould) Le s s ico &nbs p; s pe lling nume ri (pre z z i, quantità, date , e cc.) famiglia te mpo libe ro cas a e arre dame nto luoghi pubblici e ne goz i lavori e profe s s ioni cibi e be vande &n bs p; &nbs p; - 38 - T EST I C. Latham-Koe nig, C. Oxe nde n, P. Se ligs on, Englis h File Digital Pre -inte rme diate Stude nt's book & workbook Third Edition (libro Mis to) STND with Ke y, OUP (ISBN 978-0-19-459888-0) NOT A Gli s tude nti s ono invitati a cons ultare la Home page de lla dott.a Anila Scott-Monkhous e pe r informaz ioni e aggiorname nti (http://www.cla.unipr.it/cla/doce ntiPage .as p?ID=34) APPELLI - Pe r le date e le modalità http://www.cla.unipr.it/cla/s tandardpage .as p?s ubPage =true &ID=354 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=e 543 Meccanismi genet ico-molecolari di adat t ament o all'ambient e - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Gio vanna Visio li Re capito: 0521-905692/6092 [[email protected]] Tipologia: Affine o inte grativo Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/13 - biologia applicata Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Gli organis mi, la loro forma, la loro s toria, la loro attività, le loro pote nz ialità s ono il prodotto di comple s s e inte raz ioni tra patrimonio e re ditario e ambie nte . Se l'ambie nte cambia, cambiano anche i caratte ri de gli organis mi. Il principale obie ttivo de l cors o è que llo di compre nde re dal punto di vis ta mole colare le ris pos te de gli organis mi, con una particolare atte nz ione alle piante , a dive rs i tipi di s tre s s biotici e abiotici. Le compe te nz e che lo s tude nte acquis irà s aranno s ia di tipo te orico che di tipo me todologico (II De s crittore di Dublino). Sulla bas e di que s te conos ce nz e analiz z e re mo poi alcuni approcci di tipo biote cnologico in campo agronomico pe r l'otte nime nto di colture più re s is te nti a s tre s s biotici a abiotici e in campo ambie ntale pe r l'utiliz z o di organis mi s e ntine lle di pe rturbaz ioni ambie ntali. Es s e ndo un cors o che tratta di argome nti in continua e voluz ione s i pre s ta anche molto a tras me tte re ne llo s tude nte una capacità di giudiz io e una capacità di appre ndime nto che ve rrà s viluppata me diante la s pie gaz ione e la cons ultaz ione di articoli s cie ntifici s ugli argome nti trattati molto re ce nti (III, IV, V De s crittore di Dublino). Allo s tude nte ve rrà anche cons igliato di e ffe ttuare rice rche s u uno o più argome nti di s uo inte re s s e ne ll'ambito de l programma de l cors o pe r migliorare la s ua capacità di appre ndime nto de lla mate ria. RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Durante le le z ioni frontali s i proce de rà ad e ffe ttuare te s t orali di ve rifica de ll'appre ndime nto. Ve rranno e ffe ttuate anche domande pe r ve rificare la capacità di colle game nto tra dive rs i argome nti. L'e s ame orale finale cons is te rà ne lla pre paraz ione di un e laborato s critto s u un argome nto a s ce lta tra que lli trattati e una dis s e rtaz ione de l me de s imo. Da qui s i partirà poi pe r e ffe ttuare domande s u altri argome nti trattati ne l cors o. La valutaz ione de ll'e s ame s e guirà i s e gue nti crite ri (de s crittori di Dublino 1,2): - capacità ne lla trattaz ione de llo s pe cifico argome nto pre s e ntato all'e s ame - capacità di colle game nti tra l'argome nto pre s e ntato in re laz ione ad altri as pe tti e argome nti trattati ne l cors o. - grado di padronanz a di tutte le te matiche trattate , cons ide rando s ia gli as pe tti te orici che que lli pratici. L'e s ame s i ritie ne s upe rato s e lo s tude nte ha cons e guito la s ufficie nz a in alme no due de i quattro indicatori di valutaz ione PROGRAMMA 1. Adattame nto all'ambie nte e ris pos ta allo s tre s s ne gli organis mi s upe riori: - Adattame nto e ris pos ta fe notipica - 39 - - Adattame nto e ris pos ta ge notipica (DNA e cromos omi: mutaz ioni ge niche , cromos omiche e ge nomiche , la poliploidia) - Variaz ioni e pige ne tiche e d e ffe tti s ul fe notipo 2. La comple s s ità de lla ris pos ta de lla pianta all'ambie nte : - Stre s s biotici - Stre s s abiotici (care nz a idrica, s tre s s da conge ame nto, s tre s s te rmico, s tre s s da me talli) 3. Approcci biote cnologici in campo agronomico: -Se le z ione di piante re s is te nti a s tre s s biotici e abiotici - Produz ione di piante trans ge niche re s is te nti a s tre s s biotici e abiotici 4. Applicaz ione de lle Biote cnologie in campo ambie ntale : - Utiliz z o de lla capacità de gli organis mi di ris ponde re a cambiame nti ambie ntali (s aggi di mutage nicità, s aggi e co-tos s icologici, utiliz z o di bioindicatori e biomarcatori ambie ntali) T EST I Non e s s e ndoci un libro di te s to compre ns ivo di tutti gli argome nti trattati, il doce nte fornirà articoli e te s ti da cons ultare pe r i s ingoli argome nti. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 8:30 - 10:30 Aula C Dipartime nto di Bios cie nz e - Cas cina Ambolana Me rcole dì 8:30 - 10:30 Aula D Dipartime nto di Bios cie nz e - Cas cina Ambolana Giove dì 8:30 - 10:30 Aula D Dipartime nto di Bios cie nz e - Cas cina Ambolana Lezio ni: dal 21/01/2014 al 28/02/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=381e Met odi bioanalit ici Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Claudio Co rradini (T it o lare del co rso ) Re capito: +39 0521 906023 [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: CHIM/01 - chimica analitica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale PROGRAMMA Campioname nto e pre paraz ione de l campione analitico. Validaz ione di nuovi me todi analitici. Me todi s e parativi. Cromatografia. Gas cromatografia: Principi e s trume ntaz ione . Colonne e fas i s taz ionarie . Cromatografia liquida ad alte pre s taz ioni (HPLC): principi e s trume ntaz ione . Caratte ris tiche de lle fas i fis s e e mobili. Cromatografia Ionica (IC): principi e s trume ntaz ione . Rive latori s pe cifici pe r la cromatografia ionica: conduttime trici e d ampe rome trici. Applicaz ione de lla cromatografia a s cambio anionico forte con rive laz ione ampe rome trica puls ata (HPAEC-PAD) ne lla s e paraz ione e caratte riz z az ione di oligo e polis accaridi. Caratte ris tiche de lle fas i fis s e e mobili. Cromatografia ad e s clus ione dime ns ionale . Cromatografia s u s trato s ottile . Cromatografia di ads orbime nto e di ripartiz ione Ele ttros e paraz ioni. Principi. Ele ttrofore s i s u ge l. Ele ttrofore s i capillare : te oria e d applicaz ioni. Valutaz ione s tatis tica de i dati analitici. Fondame nti de lla s pe ttrome tria di mas s a, principali te cniche di ioniz z az ione (EI, CI, ESI, APCI, APPI, MALDI, DESI, DART). Gli analiz z atori (a s e ttore , doppia focaliz z az ione , quadrupolo, trappola ionica, ICR, Orbitrap, te mpo di volo), l'accoppiame nto GC-MS e HPLC-MS. Spe ttrome tria di mas s a tande m. Rive laz ione s e le ttiva de gli ioni. Ce nni di prote omica. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Me rcole dì 11:30 - 13:30 Aula C Ple s s o Polifunz ionale Ve ne rdì 10:30 - 12:30 Aula C Ple s s o Polifunz ionale - 40 - Lezio ni: dal 07/10/2013 al 31/01/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=37ff Met odi Fisici - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 1000855 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Ant o nio Deriu Re capito: 0521 905267 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: FIS/07 - fis ica applicata (a be ni culturali, ambie ntali, biologia e me dicina) Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto e d orale OBIET T IVI Il cors o s i propone di fornire : una conos ce nz a di bas e de lle principali le ggi de lla Fis ica clas s ica con particolare riguardo alla me ccanica, alla te rmodinamica e d all'e le ttromagne tis mo, anche me diante l'acquis iz ione di abilità ne lla s oluz ione di proble mi s e mplici; una conos ce nz a qualitativa de i principi de lla fis ica mode rna con particolare riguardo alla te oria de i quanti, alla fis ica atomica, alla radioattivita' e d alle loro principali applicaz ioni in campo biologico e me dico (las e r, PET, MRI). le conos ce nz e me todologiche di bas e che cons e ntono di acquis ire dati quantitativi da e s pe rime nti s e mplici di fis ica clas s ica e di analiz z are i dati otte nuti in bas e alla te oria de gli e rrori RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Conos ce nz a de gli as pe tti fondame ntali de lla Fis ica Clas s ica e de i principi bas e de lla Fis ica Mode rna, ins ie me alla capacità di ris olve re proble mi e le me ntari e di condurre e d analiz z are quantitativame nte s e mplici e s pe rime nti di Fis ica. AT T IVIT À DI SUPPORT O Proge tto IDEA. Il Prof. Pie ro Cipriani che s volge le e s e rcitaz ioni in Aula il Marte di' pome riggio (14:30 -15:30) e ' anche dis ponibile pe r rice ve re gli s tude nti s u appuntame nto pe r s pie gaz ioni e /o aprofondime nti s u cio' che e ' s tato pre s e ntato ne lle e s e rcitaz ioni. Pe r il rice vime nto s tude nti il Prof. Cipriani e ' dis ponibile il Marte di' dalle ore 13:00 alle 14:30 e dalle 17:30 alle 18:30 ne lla Sala Me lloni al primo piano de l Dipartime nto di Fis ica. Gli s tude nti inte re s s ati de vono contattare via mail il Prof. Cipriani (pie ro.cipriani@alice .it) pe r fis s are un appuntame nto. PROGRAMMA LEZIONI IN AULA: Introduz ione de l Cors o, Unità, dime ns ioni & e rrori, ve ttori. Moto in una e due dime ns ioni, le ggi di Ne wton de l moto, attrito, moto circolare . Lavoro, e ne rgia & pote nz a, quantità di moto, urti, ce ntro di mas s a, me ccanica rotaz ionale , gravitaz ione . Moto armonico s e mplice , moti ondulatori e d onde s onore . Me ccanica de i fluidi, te ore ma di Be rnoulli, moti vis cos i. Proprie tà de lla mate ria, Principio z e ro e primo principio de lla te rmodinamica, calorime tria, conduz ione de l calore , te oria cine tica de i gas . Te rmodinamica: primo principio, macchine te rmiche . Te rmodinamica: s e condo principio e d e ntropia. Forz a e le ttrica, campo e pote nz iale , conde ns atori. - 41 - Corre nte e le ttrica, circuiti e le ttrici, e ffe tti te rmici de lla corre nte . Forz a magne tica, magne ti pe rmane nti, Induz ione e le ttromagne tica, corre nti alte rnate . Rifle s s ione da s upe rfici piane e s fe riche , rifraz ione da s upe rfici piane e s fe riche , s trume ntaz ione ottica, dife tti de lla vis ione . Equaz ioni di Maxwe ll. ATTIVITA' DI LABORATORIO Introduz ione alla te oria de gli e rrori, dis tribuz ione de gli e rrori: de viaz ione s tandard e dis tribuz ione normale , le gge di propagaz ione de gli e rrori, re gre s s ioni line ari & appros s imaz ioni non line ari, te s t de l chi-quadrato. Utiliz z o de l Programma "Origin" pe r l'analis i de i dati. ESPERIMENTI Me ccanica: Moto de l pe ndolo s e mplice , Mis ura de lla vis cos ità de lla glice rina. Te rmodinamica: Mis ura de lla cos tante di Joule . Ele ttromagne tis mo: Ve rifica de lla le gge di Ohm, Circuiti RC. Ottica: &nbs p; Mis uraz ione de ll'indice di rifraz ione di un mate riale . T EST I Me ccanica, te rmodinamica e d e le ttromagne tis mo: J. W. Je we tt Jr. & R. A. Se rway Principi di Fis ica – EdiSES in alte rnativa: J.S. Walke r &n bs p; D.C. Giancoli &nbs p; Fondame nti di Fis ica – Pe ars on Italia. &n bs p; Fis ica. Principi e applicaz ioni – CEA Te oria de gli e rrori e proce dure di e laboraz ione dati: J.R. Taylor &n bs p; &nbs p; Introduz ione all'analis i de gli e rrori - Zaniche lli NOT A Pre re quis iti cons igliati Alge bra, trigonome tria e ge ome tria a live llo di s cuola me dia s upe riore Fondame nti de l calcolo diffe re nz iale e d inte grale Me todologie di ins e gname nto Le z ioni frontali con aus ilio di s trume nti audio-vis ivi multime diali. Se s s ioni s pe rime ntali di laboratorio in cui gli s tude nti in piccoli gruppi (tre -vcinque pe rs one ) conducono s e mplici e s pe rime nti di fis ica e ne analiz z ano i ris ultati s otto la s upe rvis ione de l doce nte e di alcuni e s e rcitatori. Ogni gruppo di s tude nti dovra' compilare una re laz ione s u ogni e s pe rime nto s volto. La fre que nz a a tutte le e s e rcitaz ioni di laboratorio e ' obbligatoria e d e ' un pre re quis ito indis pe ns abile pe r pote r s os te ne re l'e s ame . Una parte de l cors o s arà de dicata ad e s e rcitaz ioni in aula. Dopo ave r s viluppato la te oria re lativa, gli s tude nti ris olve ranno con la guida de l doce nte e s e rciz i e proble mi in modo da chiarire e d approfondire gli argome nti di te oria s volti. Modalita' di e s ame L'e s ame s i articola in una prova s critta e d un colloquio orale . La prova s critta pre ve de la ris oluz ione di s e mplici e s e rciz i di me ccanica, te rmodinamica e d e le ttromagne tis mo e d e ' volta a ve rificare la capacita' de llo s tude nte di utiliz z are praticame nte le noz ioni te oriche appre s e ne l Cors o. Pe r l'ammis s ione all'orale occorre otte ne re ne lla prova s critta un voto maggiore o uguale a 15/30. Ogni prova s critta ha valore s olame nte pe r l'Appe llo di cui fa parte . Non e ' pos s ibile s os te nre la prova s critta e d il colloquio orale in due appe lli diffe re nti. - 42 - Il colloquio orale e ' volto a valutare quantitativame nte la conos ce nz a de i principali argome nti di me ccanica, te rmodinamica, e le ttromagne tis mo e de lle bas i de lla fis ica mode rna pre s e ntati durante il cors o e la capacita' di utiliz z arli in conte s ti pratici s uffice nte me nte s e mplici. Gli s tude nti is critti al primo anno pos s ono s os te ne re tre te s t parz iali che s i te rranno durante il Cors o (argome nti de i te s t: Me ccanica, Te rmodinamica, Ele ttromagne tis mo). Un voto comple s s ivo non infe riore a 18/30 (con voti s ingoli non infe riori a 15/30) e s one ra lo s tude nte dal s os te ne re la prova s critta d'e s ame . L'e s one ro vale pe r la s e conda e te rz a s e s s ione d'e s ame (Giugno-Luglio e Se tte mbre ). Il colloquio d'e s ame orale e ' obbligatorio pe r tutti. Tutti gli s tude nti de vono is crive rs i agli appe lli d'e s ame utiliz z ando la piattaforma ESSE3. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 14:30 - 16:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Marte dì 14:30 - 16:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 03/03/2014 al 06/06/2014 No t a: Il Laboratorio s i s volge rà il MERCOLEDI' dalle ore 8.30 alle ore 11.30 pre s s o i Laboratori didattici de l Dip. di Fis ica. http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=e cc8 Met odi mat emat ici - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 01765 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Alessandra Lunardi (T it o lare del co rso ) Re capito: +39 0521 906922 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: MAT/05 - analis i mate matica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto e d orale AT T IVIT À DI SUPPORT O Rice vime nto s tude nti s u appuntame nto, da chie de re via e -mail a ale s s [email protected] PROGRAMMA 1) I nume ri e le funz ioni re ali. Calcoli con i nume ri re ali, e quaz ioni e dis e quaz ioni. Il linguaggio de lla te oria de gli ins ie mi. Nume ri naturali, inte ri, raz ionali. Funz ioni e loro rappre s e ntaz ione carte s iana. Funz ioni monotòne . Funz ioni line ari. Pote nz a, e s pone nz iale , logaritmo. Funz ioni trigonome triche . Il principio di induz ione . Mas s imo, mimino, e s tre mo s upe riore , e s tre mo infe riore . 2) Limiti di s ucce s s ioni. Succe s s ioni: de finiz ioni e d e s e mpi. Limite di una s ucce s s ione . Succe s s ioni limitate . Ope raz ioni con i limiti. Forme inde te rminate . Limiti note voli. Il nume ro e . 3) Funz ioni continue . - 43 - Limiti di funz ioni di variabile re ale . De finiz ione di funz ione continua, e s e mpi e proprie tà. Dis continuità. Le game tra i limiti di funz ioni e i limiti di s ucce s s ioni. Il te ore ma di We ie rs tras s . Il te ore ma di e s is te nz a de i valori inte rme di. 4) De rivate . De finiz ione di de rivata. Significato ge ome trico de lla de rivata. Re gole di de rivaz ione . De rivate de lle funz ioni e le me ntari. De rivate s ucce s s ive . 5) I te ore mi fondame ntali de l calcolo diffe re nz iale . I te ore mi di Rolle , Lagrange , Cauchy. Cons e gue nz e e applicaz ioni. Punti di cre s ce nz a, di de cre s ce nz a, di mas s imo e di minimo di una funz ione . Funz ioni conve s s e . Formula di Taylor e s ue applicaz ioni al calcolo de i limiti. 6) Te oria de ll'inte graz ione s e condo Rie mann. Notaz ioni e de finiz ione di inte grale . Proprie tà de lle funz ioni inte grabili. Significato ge ome trico de ll'inte grale . Il te ore ma de lla me dia e il te ore ma fondame ntale de l calcolo inte grale . Inte grali inde finiti (primitive ). Re gole di inte graz ione : inte graz ione pe r de compos iz ione in s omma, pe r parti, pe r s os tituz ione . T EST I P. Marce llini, C. Sbordone : Calcolo, Liguori Editore G. Prodi: Is tituz ioni di Mate matica, Mc-Graw-Hill Italia A. Nannicini, L. Ve rdi, S. Ve s s e lla: Note e d e s e rciz i s volti di Calcolo 1, Pitagora Editrice G. De Marco: Analis i Ze ro, De cibe l-Zaniche lli A. Zaccagnini, M.G. Rinaldi: Es e rciz i pe r i cors i di Is tituz ioni di Mate matica, Az z ali Editore I primi tre libri coprono tutto il programma, anz i c'e ' anche qualcos a in piu'. Il te rz o copre la prima parte de l programma, s i tratta di un libro prope de utico s u que s tioni di bas e . L'ultimo e ' un e s e rciz iario. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 14:30 - 16:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 10:30 - 11:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 14:30 - 16:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Ve ne rdì 14:30 - 16:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 13/10/2014 al 23/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=a302 Met odologie genet iche per le biot ecnologie - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Pao la Go f f rini Re capito: 0521-905107 [[email protected]] Tipologia: Affine o inte grativo Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/18 - ge ne tica Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale - 44 - OBIET T IVI Il cors o s i propone di e s aminare le principali me todologie ge ne tico-mole colari in re laz ione alle loro applicaz ioni s ia ne lla rice rca di bas e che in campo indus triale e biome dico. I gruppi di le z ioni a caratte re monografico tratte ranno argome nti e proble matiche re lative alla produz ione microbica di me taboliti primari e s e condari e alla produz ione di prote ine ricombinanti in dive rs i s is te mi os pite procariotici e d e ucariotici. Ve rranno inoltre affrontate le me todologie ge ne tiche clas s iche e mole colari pe r lo s tudio de lle funz ioni e de lle inte raz ioni ge niche . PROGRAMMA I microrganis mi come "ce ll factory". -I microorganis mi di inte re s s e biote cnologico -Approcci me todologici mirati alla s e le z ione e al migliorame nto ge ne tico de lle colture indus triali -Amminoacidi e antibiotici e : dall'is olame nto de l microrganis mo produttore alla produz ione indus triale -Produz ione di biomas s e microbiche -Produz ione di e tanolo -Te cnologie fe rme ntative : mate rie prime e te rre ni di fe rme ntaz ione ; colture batch, continue e fe d batch Inge gne ria ge ne tica e produz ione di prote ine ricombinanti -Is olame nto di un ge ne di inte re s s e . Te cniche di mutage ne s i. La s ce lta de ll'os pite -Analis i e ottimiz z az ione de ll'e s pre s s ione ge nica in microrganis mi procarioti (E. coli, B. s ubtilis ). Promotori inducibili. Prote ine di fus ione e loro impie go. -Analis i e ottimiz z az ione de ll'e s pre s s ione ge nica in microrganis mi e ucarioti. Ve ttori d'e s pre s s ione pe r lie vito promotori cos titutivi e d inducibili. La manipolaz ione de lla s e cre z ione in Saccharomyce s ce re vis iae . Il s is te ma Pichia pas toris e Kluyve romyce s lactis . -Il s is te ma di e s pre s s ione ce llule di ins e tto/Baculovirus . - Es pre s s ione in ce llule di mammife ro. Es pre s s ione trans ie nte e tras formanti s tabili. Promotori e ge ni re porte r. Ve ttori virali. I prodotti -Prodotti farmace utici, e nz imi. -Vaccini di II ge ne raz ione e ce nni di immunoge ne tica -Anticorpi monoclonali. Studio de ll'e s pre s s ione e de lla funz ione ge nica. -Analis i de ll'e s pre s s ione ge nica Analis i Northe rn, ge ni re porte r, analis i me diante arrays -Inte raz ioni ge niche : s oppre s s ori, le tali s inte tici, mutaz ioni dos aggio ge nico dipe nde nte -Il s is te ma de l doppio ibrido. T EST I Donadio e Marino "Biote cnologie microbiche " Cas a Editrice ambros iana Manz oni M."Microbioloogia Indus triale " Cas a Editrice ambros iana Glick, Pas te rnak and Patte n "Mole cular Biote chnology" ASM pre s s IV e diz ione Dale and von Schantz "Dai ge ni ai ge nomi" Principi e applicaz ioni de lla te cnologia de l DNA ricombinante . Edis e s . Wats on J.D e t al "DNA ricombinante " Zaniche lli Durante il cors o ve rranno s e gnalate indicaz ioni bibliografiche s pe cifiche ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì Aula B Ple s s o Polifunz ionale 10:30 - 12:30 - 45 - Giove dì 11:30 - 13:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 09/10/2014 al 19/12/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=41f5 Microbiologia applicat a e probiogenomica Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Marco Vent ura (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521905666 [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/19 - microbiologia ge ne rale Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Me rcole dì 11:30 - 13:30 Aula 6 (Botanica) Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Ve ne rdì 10:30 - 12:30 Aula 2 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 06/10/2014 al 30/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=a8d0 Microbiologia indust riale e Chimica delle f erment azioni Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Chiara Dall'Ast a (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521 905431 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/19 - microbiologia ge ne rale Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale PROGRAMMA Parte Ge ne rale I microrganis mi de i proce s s i indus triali. Vie me taboliche coinvolte ne i proce s s i di bios inte s i. Approccio alla rice rca di me taboliti primari e s e condari. Migliorame nto ge ne tico e s viluppo di un ce ppo produttore . Te rre ni di coltura e s ubs trati de i proce s s i fe rme ntativi indus triali. Te cnologia de lle fe rme ntaz ioni: laboratorio e impianto. Me todi di fe rme ntaz ione , tipi di biore attori. Pianificaz ione de lle fas i de l proce s s o fe rme ntativo. Is olame nto e purificaz ione de i prodotti finali. Prodotti / Proce s s i analiz z ati( bas i biochimiche , me todi di produz ione , as pe tti applicativi e di me rcato)Mate rie prime organiche : e tanolo, ace tone butanolo, glice rolo. Acidi organici: citrico, ace tico, lattico, gluconico, itaconico. Aminoacidi: glutammico, lis ina, triptofano, fe nilalanina, a.as partico. Vitamine : B12, B2, C. Enz imi: amilas i, prote as i, lipas i, pe n. acilas i, lattas i, L-as paraginas i, Bioconve rs ioni: ormoni s te roide i, aminoacidi, antibiotici, che micals . Polis accaridi e s oce llulari, SCP, bioins e tticidi. Me tabolis mo s e condario: funz ione e rapporti con il me tabolis mo primario. Alcaloidi de ll'Ergot. Microrganis mi produttori di antibiotici: as pe tti morfologici, biochimici e ge ne tici. Bios inte s i de gli antibiotici: me todi di s tudio e clas s i di bios inte s i. - 46 - Re golaz ione e controllo de lle bios inte s i. Organiz z az ione ge nica de i ce ppi produttori Bios inte s i de lla principali clas s i di antibiotici di us o te rape utico. Antibiotici modificati pe r biotras formaz ione Rice rca di un nuovo antibiotico: dall'is olame nto de l microrganis mo produttore al bre ve tto de lla mole cola. T EST I Dis pe ns e de l doce nte W. Crue ge r, A. Crue ge r, "Biote chnology: a te xtbook of indus trial microbiology" s e cond e dition, e d. Sinaue r As s ociate s GLAZER, NIKAIDO "Microbial Biote chnology" Ed Fre e man A.L. De main, N.A. Solomon "Manual of indus trial microbiology and biote chnology" e d. Ame rican Socie ty for Microbiology (1986) "Bas ic Biote chnology" e d. C. Ratle dge , B. Kris tians e n Cambridge G.C. Lancini, F. Pare nti, G.G.Gallo "Biochimica e biologia de gli antibiotici" s e conda e diz ione e d. Mome nto Me dico G.C. Lancini, R. Lore nz e tti "Biote chnology of antibiotics and othe r bioactive microbial me tabolite s " e d. Ple num Publis hing Corporation, 233 s pring s tre e t N.Y. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Me rcole dì 10:30 - 12:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Giove dì 14:30 - 16:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 06/10/2014 al 30/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=b236 Microbiologia, virologia e f isiologia microbica - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 Codice : 1000859 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Marco Vent ura Re capito: 0521905666 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: BIO/19 - microbiologia ge ne rale Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Fornire le conos ce nz e di bas e s ulla microbiologia ne ce s s arie pe r l'applicaz ione de lle biote cnologie . Fornire la compre ns ione de lle caratte ris tiche principali de lle ce llule procariotiche . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Conos ce nz e s ull'organiz z az ione e s ulle funz ioni de lle ce llule procariotiche Capacità di e s pos iz ione orale de gli argome nti PROGRAMMA 1) Introduz ione alla microbiologia - la microbiologia - procarioti e e ucarioti (diffe re nz e ) - i microrganis mi e il loro ambie nte naturale - impatto de i microrganis mi s ull'uomo 2) Macromole cole - Polis accaridi - lipidi - 47 - - acidi nucle ici - aminoacidi e le game pe ptidico - prote ine 3) Struttura e funz ione ce llulare - micros copia e morfologia ce llulare - me mbrana e pare te ce llulare - locomoz ione microbica - le s trutture di s upe rficie e inclus ioni ce llulari ne i procarioti 4) Nutriz ione colture di laboratorio e me tabolis mo de i microrganis mi - nutriz ione e coltura - e ne rge tica e d e nz imi - os s idoriduz ione e compos ti ad alta e ne rgia - le principali vie cataboliche , il tras porto di e le ttroni e la forz a proton-motrice - la dive rs ità catabolica e ras s e gna de lle bios inte s i 5) Cre s cita microbica - divis ione ce llulare - cre s cita di una popolaz ione batte rica - parame tri ambie ntali che influe nz ano lo s viluppo microbico 6) Principi di biologia mole colare de i microrganis mi - introduz ione ai ge ni e all'e s pre s s ione ge nica - s truttura de l DNA - re plicaz ione de l DNA - s inte s i de ll'RNA - s inte s i prote ica 7) Ce nni di tas s onomia microbica - tas s onomia clas s ica e mole colare - us o de l Be rge y's manual - principali gruppi microbici 8) Ge ne tica de i microrganis mi e ce nni di biologia mole colare - Virus - I batte riofagi 1) Introduction to Microbiology - microbiology - prokaryotic and e ukaryotic ce ll - microorganis ms and the ir natural e nvironme nts - the impact of microorganis m of humans 2) Macromole cule s - polys accharide s - lipids - nucle ic acids - amino acids and pe ptide bond - 48 - 3) prote ins Ce ll s tructure and functions - micros copy and ce ll morphology - ce ll me mbrane s and ce ll walls - microbial locomotion - s urface s tructure s and inclus ion of prokaryote s 4) Nutrition, laboratory culture s , and me tabolis m of microorganis ms - nutrition and culture of microorganis ms - e ne rge tic and e nz yme s - oxidation-re duction and e ne rgy-rich compounds - major catabolic pathways , e le ctron trans port and the proton motive force - catabolic alte rnative s and bios ynthe s is 5) Microbial growth - bacte rial ce ll divis ion - growth of bacte rial population - e nvironme ntal e ffe cts on microbial growth 6) Es s e ntial of mole cular biology - ge ne and ge ne e xpre s s ion - DNA s tructure s - DNA re plication - RNA s ynthe s is - prote in s ynthe s is 7) Introduction to microbial taxonomy - clas s ical and mole cular taxonomy - the us e of Be rge y's manual - main bacte rial groups 8) Ge ne tics of microorganis ms and ove rvie w of mole cular biology - Virus - bacte riophage s ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 16:30 - 18:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Marte dì 16:30 - 18:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 16:30 - 18:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 10/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=c25a Organismi t ransgenici per la ricerca e le applicazioni - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Elena Maest ri (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521-905687 [[email protected]] Tipologia: A s ce lta de llo s tude nte Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 - 49 - SSD: BIO/13 - biologia applicata Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Prova pratica OBIET T IVI Italiano Fornire le conos ce nz e bas ilari s ulla produz ione di organis mi trans ge nici e ucariotici. Portare alla compre ns ione de lle s trate gie utiliz z ate pe r la produz ione di organis mi trans ge nici ai fini de lle loro applicaz ioni. Portare alla compre ns ione di come la rice rca s ugli organis mi trans ge nici pos s a portare ad aume ntare le conos ce nz e in campo s cie ntifico. L'ins e gname nto pre ve de le z ioni frontali con proie z ione . Il mate riale didattico provie ne dalla le tte ratura inte rnaz ionale re ce nte , e ne lle le z ioni s i le ggono e comme ntano e s tratti de gli articoli originali. English To provide fundame ntal knowle dge on the production of trans ge nic e ukaryotic organis ms . To le ad to unde rs tanding of the s trate gie s us e d for producing trans ge nic organis ms according to the ir applications . To le ad to unde rs tanding how re s e arch on trans ge nic organis ms can provide incre as e d knowle dge . The cours e is organis e d with frontal le cture s in which s lide s are s hown. The mate rial de rive s fromt the re ce nt inte rnational lite rature ; during le cture s e xtracts from original pape rs are re ad and dis cus s e d. RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Italiano Conos ce nz e s u dive rs i e s e mpi e cas i di applicaz ioni de gli organis mi trans ge nici. Approccio critico alla le ttura e alla compre ns ione di articoli s cie ntifici. L'e s ame richie de la s ottomis s ione di un e laborato originale re lativo ad una applicaz ione de gli organis mi trans ge nici, s u un argome nto s ce lto dallo s tude nte . L'e laborato de ve e s s e re pre parato s e condo le is truz ioni pubblicate s ul s ito (formato. lunghe z z a, e cc.). De ve e s s e re un s aggio s u un articolo di rice rca dalla le tte ratura s cie ntifica, e include un comme nto pe rs onale s ulle implicaz ioni e tiche , s ociali e le gali de gli OGM. Ve rifica de lle capacità (de s crittori di Dublino): -le conos ce nz e e me rgono dall'e laborato, pe rché lo s tude nte de s crive i me todi -l'applicaz ione de lle conos ce nz e e me rge dall'e laborato, pe rchè lo s tude nte le gge e comme nta un articolo -le abilità comunicative s critte ve ngono ve rificate ne lla qualità de ll'e laborato e ris ponde nz a ai re quis iti -la capacità di giudiz io autonomo s i manife s ta ne lla s ce lta de ll'argome nto e ne l comme nto pe rs onale English Knowle dge on s e ve ral e xample s and applications of trans ge nic organis ms . Critical approach to re ading and unde rs tanding of s cie ntific pape rs . The e xam re quire s s ubmis s ion of an original e s s ay conce rning one application of trans ge nic organis ms , with the topic chos e n by the s tude nt. The e s s ay is pre pare d according to ins tructions publis he d on the we bs ite (format, le ngth, e tc.). It mus t be an e s s ay conce rning a re s e arch pape r from the s cie ntific lite rature , including a pe rs onal comme nt about the e thical, s ocial, le gal implicaz tions of GMOs . Ve rification of abilitie s (Dublin de s criptors ): -knowle dge is include d in the e s s ay, s ince the s tude nts de s cribe s the me thods -application of knowle dge is include d in the e s s ay, s ince the s tude nt rads and comme nts on a pape r -communication s kills are ve rifie d by the quality of the e s s ay and compliance with re quis ite s -making judge me nts is ve rifie d in the choice of the topic and in the pe rs onal comme nts PROGRAMMA Italiano Introduz ione - ce nni s ulle principali te cniche de lle biote cnologie Come s i producono organis mi trans ge nici: batte ri, funghi, piante , animali - 50 - Es e mpi di utiliz z o di organis mi trans ge nici ne lla rice rca (le tte ratura inte rnaz ionale ) Le principali applicaz ioni de gli organis mi trans ge nici (le tte ratura inte rnaz ionale ) -Agricoltura -Me dicina -Proble mi ambie ntali Ce nni s ulle proble matiche e tiche e s ociali English Introduction - bas ics of the main te chnique s in biote chnology How to produce trans ge nic organis ms : bacte ria, fungi, plants , animals Example s of the us e of trans ge nic organis ms in re s e arch (Inte rnational lite rature ) Main applications of trans ge nci organis ms (Inte rnational lite rature ) -Agriculture -Me dicine -Environme ntal proble ms Ethical and s ocial is s ue s T EST I Italiano Mate riale fornito dal doce nte ins e rito ne l Mate riale Didattico s ul s ito English Mate rial provide d by the le cture r, available in "Mate riale Didattico" ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 12:30 - 14:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Marte dì 12:30 - 14:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 10/03/2014 al 13/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=d41c Pat ologia generale - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Ovidio Busso lat i (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521033783 [[email protected]] Tipologia: A s ce lta de llo s tude nte Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: MED/04 - patologia ge ne rale Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Il cors o inte nde fornire le conos ce nz e di bas e ne ce s s arie alla compre ns ione de lle caus e e de i me ccanis mi de i proce s s i patologici a live llo ce llulare , te s s utale e de ll'inte ro organis mo. Le conos ce nz e acquis ite s aranno applicate agli approcci biote cnologici riguardanti importanti patologie de lla s pe cie umana. I rife rime nti bibliografici potranno e s s e re utiliz z ati pe r acquis ire autonomia di giudiz io, capacità comunicative e capacità di appre ndime nto, che potranno e s s e re dimos trate in s e de di e s ame . RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O La/lo s tude nte dovrà acquis ire le noz ioni fondame ntali pe r compre nde re l'e z iopatoge ne s i de lle principali patologie umane e compre nde re le bas i culturali de gli approcci biote cnologici pe r la loro diagnos i e - 51 - te rapia. AT T IVIT À DI SUPPORT O Il mate riale didattico s arà me s s o a dis pos iz ione on-line . PROGRAMMA 1) Me ccanis mi di danno, morte e d adattame nto ce llulare - Il danno ce llulare : s tre s s os s idativo, lo s tre s s di re ticolo - Il danno is che mico-ipos s ico - La morte ce llulare : ne cros i e d apoptos i - Adattame nti: atrofia, ipe rtrofia, ipe rplas ia, me taplas ia, dis plas ia 2) Ris pos ta tis s utale al danno - I me ccanis mi e mos tatici: fas e pias trinica e fas e plas matica - Sindromi e morragiche -Tr ombos i -Embolia 3) Patologia ge ne tica: - Le mutaz ioni e d i loro e ffe tti fe notipici - M. ad e re ditarie tà me nde liana (e s e mpi e dis cus s ione di m. autos omiche dominanti, autos omiche re ce s s ive e le gate al s e s s o) - M. ad e re ditarie tà non me nde liana -M.cr omos omiche 4)Itumor i: - Nome nclatura e clas s ificaz ione - Tumori be nigni e tumori maligni - Oncologia mole colare : controllo ge ne tico de lla prolife raz ione e de lla morte ce llulare ; i protooncoge ni e d i ge ni oncos oppre s s ori - Caus e di tumore : chimiche , fis iche , biologiche - Il fe notipo ne oplas tico: invas ività, me tas tas i, angioge ne s i, progre s s ione ne oplas tica T EST I Robbins e Cotran - Le bas i patologiche de lle malattie vol. 1 Patologia ge ne rale - Els e vie r Parola - Patologia Ge ne rale - Edis e s ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 10:30 - 12:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 14:00 - 15:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Ve ne rdì 8:30 - 10:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 26/01/2015 al 13/03/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=d2cd Regolazione genica eucariot ica e chemogenomica Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Simo ne Ot t o nello (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521-905646 [[email protected]] - 52 - Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: BIO/11 - biologia mole colare Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Fornire informaz ioni di bas e e s pe cifici e s e mpi di applicaz ione s u uno de i s e ttori più avanz ati di rice rca pos t-ge nomica, con particolare rife rime nto alle nuove frontie re de lla farmacologia e tos s icologia mole colare , de lla "s ys te m biology" e ad altre applicaz ioni de lle biote cnologie in ambito farmace utico. AT T IVIT À DI SUPPORT O Conos ce nz e di bas e di chimica, biochimica, biologia mole colare e ge nomica e chimica farmace utica PROGRAMMA Le finalità e i campi di applicaz ione de lla che moge nomica Che moge nomica applicata a "drug dis cove ry" "targe t / mode of action ide ntification" e "drug validation" Che moge nomica s u bas e tras crittomica, prote omica e fe nomica. Te cnologie che moge nomiche in lie vito: microarray e l'approccio de l "compe ndio", il doppio ibrido e le s ue varianti, la colle z ione de i mutanti pe r de le z ione . "Ge nomic phe notyping" di piccole mole cole in lie vito e impie go di banche dati di inte rattomica (SGD) e di s pe cifici s oftware pe r l'analis i de i dati (con dimos traz ioni pratiche ) Me ccanis mo d'az ione , e ffe tti collate rali e nuove pos s ibili applicaz ioni pe r "ve cchi" farmaci o pe r "le ad compounds " abbandonati in fas i avanz ate di s viluppo. Nuovi farmaci e compos ti bioattivi di de rivaz ione biologico-mole colare : aptame ri nucle otidici e pe ptidici, RNA inte rfe re nti. Farmaci e vaccini bas ati s u prote ine /pe ptidi ricombinanti: proge ttaz ione , pre paraz ione apiroge na e validaz ione . in forma Analis i de gli obie ttivi, s trate gie e ris ultati di s pe cifiche s tart-up in ambito che moge nomico (Ce llz ome , NASCA, Aptanomics e altre ) Le finalità e i campi di applicaz ione de lla che moge nomica Che moge nomica applicata a "drug dis cove ry" "targe t / mode of action ide ntification" e "drug validation" Che moge nomica s u bas e tras crittomica, prote omica e fe nomica. Te cnologie che moge nomiche in lie vito: microarray e l'approccio de l "compe ndio", il doppio ibrido e le s ue varianti, la colle z ione de i mutanti pe r de le z ione . "Ge nomic phe notyping" di piccole mole cole in lie vito e impie go di banche dati di inte rattomica (SGD) e di s pe cifici s oftware pe r l'analis i de i dati (con dimos traz ioni pratiche ) Me ccanis mo d'az ione , e ffe tti collate rali e nuove pos s ibili applicaz ioni pe r "ve cchi" farmaci o pe r "le ad compounds " abbandonati in fas i avanz ate di s viluppo. Nuovi farmaci e compos ti bioattivi di de rivaz ione biologico-mole colare : aptame ri nucle otidici e pe ptidici, RNA inte rfe re nti. Farmaci e vaccini bas ati s u prote ine /pe ptidi ricombinanti: proge ttaz ione , pre paraz ione apiroge na e validaz ione . in forma Analis i de gli obie ttivi, s trate gie e ris ultati di s pe cifiche s tart-up in ambito che moge nomico (Ce llz ome , NASCA, Aptanomics e altre ) ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 14:30 - 16:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Me rcole dì 14:30 - 16:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 06/10/2014 al 15/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=27e 4 - 53 - St at ist ica applicat a alle biot ecnologie Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Lambert o So liani (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521-905662 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/07 - e cologia Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale PROGRAMMA Il cors o è rivolto a s tude nti che hanno già s e guito s ia il cors o di s tatis tica di bas e , fondato s ui me todi parame trici, s ia il cors o di s tatis tica e bioinformatica, fondato s ui me todi non parame trici. Il programma pre s e nta approfondime nti di alcuni conce tti e l'applicaz ione di quanto già s tudiato all'analis i de i dati, me diante l'applicaz ione de l programma informatico PAST (ultima ve rs ione attuale 2.17b). Inoltre pe r la pote nz a a priori e a pos te riori è mos trato l'us o de l programma G-Powe r (ultima ve rs ione attuale 3.1). Entrambi s ono s caricabili gratuitame nte dalla re te , con il loro manuale d'us o. Il cors o e la ve rifica finale richie dono la capacità di ins e rire i dati (input) e di s pie gare i ris ultati (output) di vari te s t; quando s ono pos s ibili due o più te s t come s ce glie re il te s t più pote nte o più robus to : - s tatis tiche de s crittive e inte rvalli di confide nz a con boots trap; is togramma, box.plot e dis pe rs ione de i dati; - te s t chi quadro, tabe lle di continge nz a, indici di as s ociaz ione ; - te s t t di Stude nt pe r un campione , c on inte rvallo di confide nz a; - te s t t di Stude nt , te s t de i s e gni, te s t T di Wilcoxon (appros s imaz ione normale , Monte carlo e probabilità e s atta) pe r due campioni dipe nde nti; - confronto tra due me die e due varianz e con le s tatis tiche (conos ce nz a di me dia, varianz a e dime ns ione de i campioni); - te s t t pe r due campioni indipe nde nti con varianz e uguali e con varianz e dive rs e , te s t pe r omoge ne ità de lla varianz a,, inte rvallo di confide nz a de lla diffe re nz a tra due me die , te s t di Mann-Whitne y pe r due campioni indipe nde nti con probabilità as intotica, Monte carlo e e s atta; - te s t di Kolmogorov-Smirnov pe r due campioni indipe nde nti, con probabilità pe r campioni piccoli e grandi; - - confronto tra due coe fficie nti di variaz ione ; - ANOVA a un crite rio con varianz e uguali e dive rs e , confronto tra varianz e , confronti multipli, ANOVA non parame trica o te s t di Krus kal-Wallis ; - ANOVA a due crite ri, te s t di Frie dman; - corre laz ione parame trica e corre laz ione non parame trica, re gre s s ione line are parame trica e non parame trica, re tta pas s ante pe r l'orgine . - s tima de lla pote nz a a priori e a pos te riori di vari dis e gni s pe rime ntali con G-Powe r Argome nti nuovi 1 - I confronti multipli. Il controllo de ll'e rrore o di tipo I. La logica de i confronti pianificati o a priori tra più me die . I contras ti line ari o confronti ortogonali me diante i coe fficie nti polinomiali Scompos iz ione de lla de vianz a, con i confronti ortogonali. Input e output di un programma informatico pe r i confronti ortogonali o a priori. I contras ti di He lme rt pe r la ve rifica di gradie nti tra live lli ordinati: La logica de i confronti multipli a pos te riori (UMPC): e xpe rime ntwis e o familywis e e comparis onwis e . Le proce dure de i confronti pos t-hoc e le rappre s e ntaz ioni grafiche de ll'inte rvallo di ince rte z z a. Il principio di Bonfe rroni e la proce dura di Dunn-Bonfe rroni. Le probabilità comparis ons wis e di Dunn-Sidàk. Us o de lla me dia armonica o me todo di Mille r-Wine r. Il te s t LSD di Fis he r e il t prote tto o te s t di Fis he r-Hayte . Il te s t FSD o GSD di Sche ffé , con la SCD. Il te s t di Tuke y; la proce dura di Tuke y-Krame r. Il te s t di Ne wman-Ke ul s tude ntiz z ato o te s t SNK. Il te s t di Duncan. Il te s t di Dunne tt pe r il confronto de i trattame nti con il controllo. Il te s t Gabrie l e il te s t GT2 di Hochbe rg, pe r - 54 - campioni non bilanciati. Il fals e dis cove ry rate (FDR). 2 – Le tras formaz ione de i dati – La tras formaz ione line are , in ranghi, Standard Score , logaritmica, in radice quadrata e in radice cubica, re ciproca, in pote nz a (al quadrato e al cubo), angolare o in gradi (arcos e no) pe r le proporz ioni, probit e logit; la s ce lta de lla tras formaz ione idone a: il me todo di Box-Cox. Es e mpio de gli e ffe tti de lle tras formaz ioni de i dati, s ui ris ultati de ll'ANOVA. La tras formaz ione de i valori ne gativi e ce nni s u altre famiglie di tras formaz ioni di pote nz e 3 -. Te s t pe r l'indipe nde nz a (randomne s s ) de lle mis ure . I te s t de i s e gni e i runs te s t pe r la cas ualità; il te s t o rapporto di von Ne umann e il te s t non-parame trico di Barte ls . 4 - Ve rifiche de lla normalità univariata s u dati campionari. - Normal Quantile e Normal Probability Plot univariati: Q-Q, P-P e SP plot - Mis ure e te s t pe r s imme tria e curtos i, con i mome nti intorno alla me dia (C-mome nts ): , , , , , - Ve rifica de lla normalità con il te s t ; con il te s t di Kolmogorov-Smirnov; il te s t di Lillie fors . - Te s t di tipo quadratico: Cramé r-von Mis e s e Ande rs on-Darling. - Te s t di corre laz ione : Shapiro-Wilk o W te s t, il te s t di Shapiro-Francia o W' te s t e il te s t di Roys ton - Altri te s t di re gre s s ione /corre laz ione : te s t di Fillibe n e te s t di Gan-Koe hle r Te s t con indici di s imme tria e curtos i: D'Agos tino, Ans combe -Glynn e D'Agos tino-Pe ars on Il te s t di Jarque -Be ra pe r la normalità de i re s idui 5 - L'outlie r: dato anomalo o dato s bagliato? De finiz ioni di e xtre me value , s traggle rs e outlie r.. - Ide ntificaz ione de gli outlie r con il grafico Box-and-Whis ke rs di Tuke y: vantaggi, limiti e modifiche - Il probability plot - Me todi s tatis tici pe r grandi campioni: ve rifica de gli outlie r con la dis tribuz ione di Che bys he v e la dis tribuz ione Z, il g te s t di Gaus s , la "huge rule " - Il te s t di Grubbs o maximum norme d re s idual s e condo la Royal Socie ty of Che mis try e il Michigan De partme nt of Environme ntal Quality- Il te s t Q di Dixon (e s tre me value te s t) o te s t ratios for gros s e rrors , pe r un outlie r con campioni piccoli; la modifica di Gibbons pe r più outlie r - Il te s t de lla dis cordanz a (Dis cordance Te s t); il te s t di Ros ne r. Il te s t non parame trico di Wals h - I crite ri di Chauve ne t e di Pe irce 6 – La logica fals ificaz ionis ta di Fis he r e di Ne yman-Pe ars on. Sample s iz e e e ffe ct s iz e . Stima de lla Pote nz a a priori e a pos te riori, con la normale , con il t di Stude nt, ne ll'ANOVA e in altri te s t. Ne l cors o de ll'anno 2012-2013 parte cipano anche s tude nti che ne lla laure a trie nnale non hanno s e guito il cors o di Statis tica non parame trica. Es s i de vono acquis ire anche que s te noz ioni e la capacità di us are i te s t re lativi. 1 - Statis tica de s crittiva pe r me todi non parame trici: richiamo de i me todo parame trici e il box-plot di Tuke y, con s ue varianti. 2 - Confronti tra proporz ioni o rapporti:il te s t chi quadrato e il te s t G. Il te s t chi-quadrato pe r la bontà de ll'adattame nto; s ue condiz ioni di validità e corre z ioni di Yate s . Il chi quadrato pe r tabe lle di continge nz a 2 x 2; condiz ioni di validità e corre z ione di Yate s ; il me todo e s atto di Fis he r pe r campioni piccoli; il te s t z pe r campioni grandi. Le tabe lle di continge nz a 2 x N e M x N. Il log like lihood ratio o te s t G pe r il confronto tra una dis tribuz ione os s e rvata e la dis tribuz ione atte s a, in tabe lle di continge nz a 2 x 2 e in tabe lle M x N. 3 - Me todi non parame trici pe r un campione . - 55 - Il te s t de lle s ucce s s ioni (Runs te s t) con dati qualitativi e con dati quantitativi. Il te s t de i s e gni, il te s t T di Wilcoxon, l'inte rvallo di confide nz a de lla me diana, il te s t di cas ualiz z az ione . Il te s t di KolmogorovSmirnov pe r il confronto tra una dis tribuz ione os s e rvata e una dis tribuz ione atte s a, con clas s i ordinali. 4 - Me todi non parame trici pe r due campioni dipe nde nti. Il te s t di Mc Ne mar. Te s t de i s e gni, te s t T di Wilcoxon, inte rvallo di confide nz a de lla me diana, te s t di cas ualiz z az ione . 5 - Me todi non parame trici pe r due campioni indipe nde nti. Te s t pe r la te nde nz a ce ntrale : il te s t de lla me diana, il te s t T di Wilcoxon-Mann-Whitne y, il te s t U di MannWhitne y, inte rvallo di confide nz a de lla diffe re nz a me diana, il te s t S di Ke ndall, il te s t di cas ualiz z az ione . Te s t pe r la variabilità: il te s t di Le ve ne non parame trico; te s t di Sie ge l Tuke y, te s t di Fre und-Ans aryBradle y, te s t di Mos e s Te s t ge ne ralis ti pe r il confronto tra due dis tribuz ioni. Il te s t di Kolmogorov-Smirnov, il te s t de lle s ucce s s ioni o te s t di Wald-Wolfowitz . 6 - Me todi non parame trici pe r k campioni. Es te ns ione de l te s t de lla me diano o te s t di Brown-Mood; ANOVA non parame trica a un crite rio o te s t di Krus kall-Wallis ; ANOVA non parame trica a due crite ri o te s t di Frie dman; te s t di Quade , te s t di Pe ttitt pe r il punto di s volta, te s t di Jonckhe e re e te s t di Cuz ick pe r il tre nd de lle me die Ne ll'ANOVA a un crite rio, te s t di Mack-Wolfe o umbre lla te s t, te s t di Page pe r il tre nd de lle me die Ne ll'ANOVA a due crite ri. 7 - Corre laz ione non parame trica e re gre s s ione line are non parame trica. La corre laz ione rho di Spe arman e tau di Ke ndall. La re tta non parame trica o robus ta di The il. Us o de lla corre laz ione pe r i tre nd s paz iali e te mporali. Il te s t di Mann-Ke ndall pe r il tre nd in fe nome ni ciclici. T EST I Dis pe ns e cons igliate pe r la parte ge ne rale de gli anni pre ce de nti. Pe r il programma de ll'anno: Soliani Lambe rto (2008) I te s t non parame trici più citati ne lle dis cipline s cie ntifiche , UNI.NOVA, Parma. (pagg. VII + 828); ISBN: 978-88-6319-022-9; www.uninova.ne t Pe r i richiami e gli approfondime nti di s tatis tica parame trica Lambe rto Soliani (2008) Statis tica applicata. UNI.NOVA, Parma. (pagg. X + 694); ISBN:978-88-6319-041-0; www.uninova.ne t Edite dalla cas a e ditrice di te s ti unive rs itari UNINOVA di Parma, gruppo Pe gas o Libre ria;Via Cave dani, 7 Te l. 0521-290245 - Fax 0521-291661 - E-mail: libre ria@gruppope gas o.it Pe r gli argome nti nuovi di approfondime nto s aranno forniti a le z ione i te s ti digitali de l doce nte . Te s ti inte rnaz ionali di rife rime nto: - Sokal R. R. and F. J. Rohlf (1995). Biome try, 3rd Edition. W. H. Fre e man & Co., Ne w York. - Zar Je rrold (2010). Bios tatis tical Analys is , Fifth Edition. Pe ars on Education Inte rnational Te s ti inte rnaz ionali gratuiti in re te - EPA 530/R-09-007, March 2009, Statis tical Analys is of Groundwate r Monitoring Data at RCRA Facilitie s . Unifie d Guidance , Environme ntal Prote ction Age ncy, Unite d State s (pp. 888) - EM 1110-1-4014, 31 Jan 2008, Environme ntal Quality - ENVIRONMENTAL STATISTICS, De partme nt of the Army, U. S. Army Corps of Engine e rs (pp. 544) ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Ve ne rdì Aula 2 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico 8:30 - 11:30 Lezio ni: dal 03/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=33b0 - 56 - St at ist ica e inf ormat ica applicat e alle biot ecnologie - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Lambert o So lianiDo t t . Giuseppe T ambo rino (Esercit at o re) Re capito: 0521-905662 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/07 - e cologia Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Obie ttivo: Conos ce nz a de i conce tti e de i me todi di s tatis tica univariata e bivariata, parame trica e nonparame trica, pe r l'analis i de i dati biologici, me dici e ambie ntali ne lla rice rca e ne lla profe s s ione ; us o di un programma informatico gratuito, di riconos ciuta validità inte rnaz ionale : PAST. PAle ontological STatis tics : www.nhm.uio.no/norle x/pas t/download.html PROGRAMMA PROGRAMMA A.A. 2012-2013 STATISTICA PARAMETRICA 1 - Tipi di s cala e di mis uraz ione . Statis tica de s crittiva pe r dis tribuz ioni univariate . Cos truz ione de lle tabe lle e rappre s e ntaz ione grafiche pe r variabili quantitative e variabili qualitative : is togrammi, poligoni, re ttangoli dis tanz iati, diagrammi circolari. I pittogrammi e il lie factor. Indici di te nde nz a ce ntrale , di dis pe rs ione , di s imme tria e di curtos i. Nume ro di de cimali e di cifre s ignificative . Es e rciz i di s tatis tica de s crittiva con us o de l programma PAST. 2 - Calcolo combinatorio, dis tribuz ione binomiale , pois s oniana, ipe rge ome trica. La dis tribuz ione normale e la normale ridotta. Es e rciz i con us o de lla normale ridotta e de lle tabe lle z . 3 - Confronti tra tas s i e probabilità. La dis tribuz ione chi quadrato. Te s t pe r la bontà de ll'adattame nto; condiz ioni di validità e corre z ione di Yate s . Tabe lle di continge nz a 2 x 2 e R x C, pe r campioni piccoli e grandi: me todo e s atto di Fis he r e te s t z in tabe lle 2 x 2. Il me todo G o log-like lihood ratio ne i te s t pe r la bontà de ll'adattame nto e in tabe lle di continge nz a. Es e rciz i s ul te s t chi-quadrato pe r la bontà de ll'adattame nto e in tabe lle di continge nz a con PAST 4 - Errore alfa e e rrore be ta; pote nz a a priori e a pos te riori. Stima de lle dime ns ioni de i campioni pe r il confronto tra me die con la dis tribuz ione normale . Nume ro di dati pe r una mis ura con la pre cis ione de s ide rata 5 - La dis tribuz ione t di Stude nt. Te s t pe r la me dia di un campione e inte rvallo di confide nz a de lla me dia. Confronto tra le me die di due campioni dipe nde nti e di due campioni indipe nde nti. Te s t pe r l'omoge ne ità de lla varianz a; te s t F, te s t di Bartle tt, te s t di Le ve ne . Ce nni s ui me todi pe r il confronto tra due me die con varianz e diffe re nti. Stima de lle dime ns ioni minime de i due campioni, con la dis tribuz ione t e la dis tribuz ione z . Il bilanciame nto di 2 campioni. Es e rciz i s ul te s t t di Stude nt con il programma PAST, con varianz e uguali e dive rs e . 6 - Analis i de lla varianz a (ANOVA) a un crite rio (one -way): il confronto tra due o più me die . Dis tribuz ione F di Fis he r-Sne de cor e re laz ione con la dis tribuz ione t di Stude nt. Condiz ioni di validità de ll'ANOVA e te s t pe r l'omos che das ticità con k campioni: te s t di Hartle y, te s t di Cochran, te s t di Bartle tt, te s t di Le ve ne e s ue varianti. Confronti multipli a priori o pianificati; confronti multipli a pos te riori o pos t-hoc: il ris chio alfa e il principio di Bonfe rroni; i me todi Bonfe rroni-Dunn, HSD di Tuke y, SNK e i me todi s e que nz iali, il te s t di Dunne tt, il te s t Duncan. Applicaz ioni de ll'ANOVA e de i confronti multipli con il programma PAST. Es e rciz i s ull'ANOVA con il programma PAST. 7 - Analis i de lla varianz a con due (two way) e con più crite ri cros s e d. Me todi pe r ridurre il nume ro di os s e rvaz ioni: i quadrati latini. Efficie nz a re lativa di un dis e gno s pe rime ntale . La pe rdita di dati in tabe lle a due o più fattori cros s e d. Analis i de ll'inte raz ione tra due fattori, con mis ure ripe tute . Inte rpre taz ione de ll'inte raz ione , con rappre s e ntaz ioni grafiche . Analis i ge rarchica o ne s te d a due e a più live lli. Inte raz ione ne ll'ANOVA a più fattori, cros s e d, ne s te d e mis ta. As s unz ioni di validità de ll'ANOVA, tras formaz ioni de i dati; il me todo di Box-Cox pe r la tras formaz ione più ade guata. - 57 - 8 - Statis tica de s crittiva pe r dis tribuz ioni bivariate . Re gre s s ione line are s e mplice : s tima de l coe fficie nte angolare b e de ll'inte rce tta a; s ignificatività e inte rvallo di confide nz a de l coe fficie nte angolare e de ll'inte rce tta. Sce lta de l campione pe r la s ignificatività de l coe fficie nte angolare e de ll'inte rce tta. Il coe fficie nte di de te rminaz ione R-quadro. La re gre s s ione pe r l'origine : vantaggi e s vantaggi. La pre diz ione inve rs a o calibraz ione . Confronto tra i coe fficie nti angolari di due campioni indipe nde nti. Conce tti s ull'analis i de lla covarianz a (confronti tra me die di Y con X dive rs i). La re gre s s ione line are con Y ripe tute . Calcolo de i te rmini de lla re gre s s ione me diante i coe fficie nti polinomiali. Te s t di line arità con Y ripe tute , in campioni non bilanciati. Ce nni s ulla re gre s s ione pe s ata pe r la varianz a e il nume ro di dati; s ua calibraz ione . La corre laz ione : s tima de ll'indice di corre laz ione r di Pe ars on e s ua s ignificatività. Re laz ioni tra coe fficie nte angolare b e indice r di corre laz ione line are . Inte rvallo di confide nz a di r. La corre laz ione parz iale o ne tta. Applicaz ioni de lla re gre s s ione line are e de lla corre laz ione con il programma PAST. STATISTICA NON PARAMETRICA 1 - Statis tica de s crittiva pe r me todi non parame trici: richiamo de i me todo parame trici e il box-plot di Tuke y, con s ue varianti. Us o de l programma PAST pe r la s tatis tica de s crittiva. 2 - Confronti tra proporz ioni o rapporti:il te s t chi quadrato e il te s t G. Il te s t chi-quadrato pe r la bontà de ll'adattame nto; s ue condiz ioni di validità e corre z ioni di Yate s . Il chi quadrato pe r tabe lle di continge nz a 2 x 2; condiz ioni di validità e corre z ione di Yate s ; il me todo e s atto di Fis he r pe r campioni piccoli; il te s t z pe r campioni grandi. Le tabe lle di continge nz a 2 x N e M x N. Il log like lihood ratio o te s t G pe r il confronto tra una dis tribuz ione os s e rvata e la dis tribuz ione atte s a, in tabe lle di continge nz a 2 x 2 e in tabe lle M x N. 3 - Me todi non parame trici pe r un campione . Il te s t de lle s ucce s s ioni (Runs te s t) con dati qualitativi e con dati quantitativi. Il te s t de i s e gni, il te s t T di Wilcoxon, l'inte rvallo di confide nz a de lla me diana, il te s t di cas ualiz z az ione . Il te s t di KolmogorovSmirnov pe r il confronto tra una dis tribuz ione os s e rvata e una dis tribuz ione atte s a, con clas s i ordinali. 4 - Me todi non parame trici pe r due campioni dipe nde nti. Il te s t di Mc Ne mar. Te s t de i s e gni, te s t T di Wilcoxon, inte rvallo di confide nz a de lla me diana, te s t di cas ualiz z az ione . 5 - Me todi non parame trici pe r due campioni indipe nde nti. Te s t pe r la te nde nz a ce ntrale : il te s t de lla me diana, il te s t T di Wilcoxon-Mann-Whitne y, il te s t U di MannWhitne y, inte rvallo di confide nz a de lla diffe re nz a me diana, il te s t S di Ke ndall, il te s t di cas ualiz z az ione . Te s t pe r la variabilità: il te s t di Le ve ne non parame trico; te s t di Sie ge l Tuke y, te s t di Fre und-Ans aryBradle y, te s t di Mos e s Te s t ge ne ralis ti pe r il confronto tra due dis tribuz ioni. Il te s t di Kolmogorov-Smirnov, il te s t de lle s ucce s s ioni o te s t di Wald-Wolfowitz . 6 - I confronti multipli a priori e que lli a pos te riori (dal te s to di Statis tica Applicata). I confronti ortogonali; conce tti e applicaz ioni con il programma SPSS. Il principio de l Bonfe rroni ne i confronti multipli a pos te riori. Il me todo di Bonfe rroni, il me todo di Tuke y o HSD, il me todo SNK, il me todo di Sche ffé , Il me todo di Dunne tt, il me todo di Duncan. 7 - Me todi non parame trici pe r k campioni. Es te ns ione de l te s t de lla me diano o te s t di Brown-Mood; ANOVA non parame trica a un crite rio o te s t di Krus kall-Wallis ; ANOVA non parame trica a due crite ri o te s t di Frie dman; te s t di Quade , te s t di Pe ttitt pe r il punto di s volta, te s t di Jonckhe e re e te s t di Cuz ick pe r il tre nd de lle me die Ne ll'ANOVA a un crite rio, te s t di Mack-Wolfe o umbre lla te s t, te s t di Page pe r il tre nd de lle me die Ne ll'ANOVA a due crite ri. 8 - Corre laz ione non parame trica e re gre s s ione line are non parame trica. La corre laz ione rho di Spe arman e tau di Ke ndall. La re tta non parame trica o robus ta di The il. Us o de lla corre laz ione pe r i tre nd s paz iali e te mporali. Il te s t di Mann-Ke ndall pe r il tre nd in fe nome ni ciclici. - 58 - T EST I Dis pe ns e cons igliate : A) Pe r la s tatis tica parame trica: Lambe rto Soliani (2008) Statis tica applicata. UNI.NOVA, Parma. (pagg. X + 694); ISBN:978-88-6319-041-0; www.uninova.ne t B) Pe r la s tatis tica non parame trica: Soliani Lambe rto (2008) I te s t non parame trici più citati ne lle dis cipline s cie ntifiche , UNI.NOVA, Parma. (pagg. VII + 828); ISBN: 978-88-6319-022-9; www.uninova.ne t Edite dalla cas a e ditrice di te s ti unive rs itari UNINOVA di Parma, gruppo Pe gas o Libre ria;Via Cave dani, 7 Te l. 0521-290245 - Fax 0521-291661 - E-mail: libre ria@gruppope gas o.it Te s ti inte rnaz ionali di rife rime nto: - Sokal R. R. and F. J. Rohlf (1995). Biome try, 3rd Edition. W. H. Fre e man & Co., Ne w York. - Zar Je rrold (2010). Bios tatis tical Analys is , Fifth Edition. Pe ars on Education Inte rnational. Te s ti inte rnaz ionali gratuiti in re te - EPA 530/R-09-007, March 2009, Statis tical Analys is of Groundwate r Monitoring Data at RCRA Facilitie s . Unifie d Guidance , Environme ntal Prote ction Age ncy, Unite d State s (pp. 888). - EM 1110-1-4014, 31 Jan 2008, Environme ntal Quality - ENVIRONMENTAL STATISTICS, De partme nt of the Army, U. S. Army Corps of Engine e rs (pp. 544). ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 8:30 - 10:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 8:30 - 10:30 Aula A Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 06/10/2014 al 30/01/2015 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=3065 Syst em biology - Biologia dei sist emi - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Nelso n Marmiro li (T it o lare del co rso ) Re capito: 0521905606 [[email protected]] Tipologia: A s ce lta de llo s tude nte Anno: 3° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/13 - biologia applicata Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI La Sys te m Biology è la indagine s is te matica e quantitativa di funz ioni ce llulari, ce llule e organis mi, pone ndos i al colle game nto tra biologia mole colare e fis iologia. Si bas a s ulla conos ce nz a de i proce s s i mole colari, chimici e fis ici che ne s ono alla bas e , inte grate con un approccio mode llis tico mate matico. La Sys te m Biology è nata dai nuovi me todi di analis i s pe rime ntale bas ati s ul s e que nz iame nto di inte ri ge nomi e s ui me todi analitici high-throughput (ge nomica, tras crittomica). La Sys te m Biology ve de la ce llula come una "fabbrica chimica" in cui s os tanz e dall'e s te rno s ono proce s s ate pe r fornire e ne rgia e mate riali, con s ofis ticati ptoce s s i e s e guiti da mole cole s pe cializ z ate il cui proge tto è codificato ne l DNA. L'obie ttivo de l cors o è que llo di fornire allo s tude nte i principi ge ne rali de lla Sys te m Biology, chiare ndoli con e s e mpi vicini alle Biote cnologie e forne ndo gli s trume nti pe r compre nde re la le tte ratura de l s e ttore . - 59 - Sys te m Biology is the s ys te matic and quantitative inve s tigation of ce ll functions , ce lls and organis ms , s panning the link be twe e n mole cular biology and phys iology. It is bas e d on knowle dge of mole cular, che mical and phys ical proce s s e s unde rlying the s e functions , inte grate d with a mode llins tic mathe matical approach. Sys te m Biology s te ms from the ne w me thods for e xpe rime ntal analys is , bas e d on the s e que ncing of whole ge nome s and on high-throughput analytical me thodologie s (ge nomics , trans criptomics ). Sys te m Biology s e e s the ce ll as a "che mical factory" in which s ubs tance s from outs ide are proce s s e d to provide e ne rgy and mate rials , in s ophis ticate d proce s s e s pe rforme d by s pe cialis e d mole cule s e ncode d by the DNA. The obje ctive of the cours e is to provide to s tude nts the ge ne ral principle s of Sys te m Biology, e lucidating the m with e xample s take n from Biote chnology, and providing ins trume nts to unde rs tand the lite rature in the fie ld. RISULT AT I DELL'APPRENDIMENT O Gli e s ami s ono orali bas ati s u un approfondime nto pre parato dallo s tude nte s u argome nto concordato con il doce nte . Si s volgono pre s s o le aule de l Ple s s o Biologico (Parco Are a de lle Scie nz e , 11/A), s alva dive rs a dis pos iz ione . E' richie s ta l'is criz ione e le ttronica (chius ura is criz ione all'e s ame : una s e ttimana prima) Date e luoghi de ll'e s ame potranno e s s e re modificati anche con bre ve anticipo pe r improvvis i e improrogabili impe gni de l doce nte o de gli altri compone nti la commis s ione di e s ame . Gli s tude nti s ono pe rciò invitati a ins e rire la propria mail al mome nto de ll'is criz ione e le ttronica pe r pote r e s s e re e ve ntualme nte avve rtiti oppure a cons ultare il s ito de l cors o prima de ll'e s ame . Stude nt will be as s e s s e d by an oral e xamination, bas e d on a pe rs onal s tudy pe rforme d by the s tude nt on a topic pre vious ly agre e d with the te ache r. The e xaminations will be conducte d at the Ple s s o Biologico (Parco Are a de lle Scie nz e , 11/A), if not othe rwis e provide d. The re gis tration s hould be done on line on a we e k be fore . Date s and locations of e xaminations can be modifie d als o with s hort notice in cas e of s udde n and urge nt commitme nts of the te ache r and othe r me mbe rs of the commis s ion. The re fore , the s tude nts s hould provide the ir e -mail at re gis tration to be contacte d or the y s hould che ck the s ite of the te s t be fore the e xamination. PROGRAMMA Introduz ione s ulla Sys te m Biology ne l conte s to de lle biote cnologie mode rne ; La te oria de i grafi; Topologia de i ne twork (grado, dis tanz a, diame tro, coe fficie nte di clus te ring, be twe e nne s s ); Inte raz ioni ne lle re ti e funz ioni biologiche : vie , nodi; Mode lli di ne twork (random, s cale -fre e , ge rarchici); Conce tto di "hub" Moduli, motivi e ne twork ge rarchici; Ide ntificaz ione de lle inte raz ioni tra fattori di tras criz ione e i loro s iti di le game (ChIP) Es e mpi di re ti con fattori di tras criz ione e s e que nz e di DNA: approcci s pe rime ntali pe r lo s tudio di tali re ti in ce llule umane e in S.ce re vis iae ; Saggio mono-ibrido; doppio-ibrido; triplo ibrido; re ve rs e two-hybrid; cas o di s tudio in C. e le gans ; Es e mpi di re ti con inte raz ioni tra prote ine : inte rattomi; Me todi pe r ide ntificare inte raz ioni prote ina-prote ina e prote ina-DNA; Origine e volutiva de lle re ti s cale -fre e ; Origini de lla robus te z z a: ridondanz a de i nodi; pre s e nz a di vie alte rnative ; - 60 - Un s is te ma robus to: il cancro; Limitaz ioni de gli inte rattomi: te cnici e dinamici; Re ti di re golaz ione ge nica: un e s e mpio di s e gnalaz ione de l TGF-β in C.e le gans ; Re ti di le talità s inte tica: progre s s o ve rs o una re te di inte raz ione ge nica; Es e mpio di re te di le talità s inte tica in S.ce re vis iae : analis i de lla via di s e cre z ione ; Robus te z z a, inte raz ioni e fattori di ris chio: s pe culaz ioni; Cons ide raz ioni de ll'e nhance me nt s inte tico in lie vito e uomo; Se minari Proprie tà de lle re ti, Re ti fis iche , logiche e re ti come grafi, Conce tti di dinamicità, s tabilità e robus te z z a; Re ti biologiche , cas uali e me taboliche ; Inte raz ioni prote ina-DNA, prote ina-prote ina: me todi pe r la loro ide ntificaz ione . Re ti di inte raz ione ; Approcci di Sys te m biology pe r analis i di prote ina di me mbrana; Re ti di re golaz ione ge nica; Inte rattomi e loro limitaz ioni; Approcci di s ys te m biology pe r lo s tudio de lla bioge ne s i de ll'arginina in E.coli. Introduction to Sys te m Biology in the conte xt of mode rn biote chnology ; Graphs 's the ory; Topology of the ne twork (de gre e , dis tance , diame te r, clus te ring coe fficie nt , be twe e nne s s ); Inte ractions in ne tworks and biological functions : paths and node s ; Ne twork mode ls (random , s cale -fre e , hie rarchical ) ; Conce pt of " hub"; Module s , motifs and hie rarchical ne twork ; Ide ntification of inte ractions be twe e n trans cription factors and the ir binding s ite s (ChIP ) Example s of ne tworks with trans cription factors and DNA s e que nce s : e xpe rime ntal approache s for the s tudy of s uch ne tworks in human ce lls and in S. ce re vis iae ; Ye as t one -hybrid as s ay, ye as t two-hybrid as s ay, ye as t triple hybrid; re ve rs e two-hybrid; cas e s tudy in C. e le gans ; Example s of ne tworks with prote in-prote in inte ractions : inte ractome s ; Me thods to ide ntify prote in-prote in inte ractions and prote in-DNA; Evolutionary origin of s cale -fre e ne tworks ; Origins of robus tne s s : re dundancy of node s ; pre s e nce of alte rnative route s ; A robus t s ys te m: cance r; Limitations of inte ractome s : te chnical and dynamic; Ge ne re gulatory ne tworks : an e xample of s ignaling of TGF-β in C. e le gans ; Synthe tic le thality ne tworks : progre s s toward a ge ne inte raction ne twork; Example of a ne twork of s ynthe tic le thality in S. ce re vis iae : analys is of the s e cre tory pathway; Robus tne s s , inte ractions and ris k factors : s pe culation; Cons ide rations of e nhance me nt in s ynthe tic ye as t and humans ; TOPICS OF THE SEMINARS Prope rtie s of ne tworks , phys ical ne tworks , and logical ne tworks as graphs , Conce pts of dynamis m, s tability and robus tne s s ; Biological ne tworks , random, and me tabolic; Inte ractions prote in-DNA, prote in-prote in inte ractions : me thods for the ir ide ntification. Inte raction ne tworks ; The Sys te m biology approache s for analys is of me mbrane prote in; - 61 - Ne tworks of ge ne re gulation; Inte ractome s and the ir limitations ; Sys te ms biology approache s to the s tudy of the bioge ne s is of arginine in E. coli. T EST I Il mate riale pe r lo s tudio vie ne fornito dal doce nte e d è dis ponibile come dis pe ns a. Sarà bas ato s u articoli de lla le tte ratura s cie ntifica e s ulle s lide mos trate a le z ione . The mate rial for s tudying the topics is provide d by the te ache r and is available as bookle t. It will be bas e d on pape rs from the inte rnational lite rature and on s lide s s hown during the le cture s . NOT A Sono ne ce s s arie conos ce nz e di mate matica, biologia ge ne rale , biologia mole colare , ge ne tica e d una buona conos ce nz a de lla lingua ingle s e pe r cons ultare te s ti. STIMA DEL CARICO DI LAVORO PER LO STUDENTE N° di ore Pe rce ntuale Pre s e nz a Le z ioni te oriche 42 Es ame finale 2 Some pre vious knowle dge of mathe matics , ge ne ral biology, mole cular biology and ge ne tics is highly advis able , as we ll a s uitable le ve l of Englis h to re ad re fe re nce s in the language . 28% 1% Individuale Pre paraz ione de ll'e s ame 106 Ore totali 150 71% ESTIMATED WORKLOAD FOR THE STUDENT N° of hours Pe rce ntage ORARIO LEZIONI Pre s e nce The ore tical clas s e s Final e xamination 2 42 28% 1% Individual Pre paration of e xamination 106 Total of hours 150 71% Gio rni Ore Aula Lune dì 10:30 - 12:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Marte dì 8:30 - 10:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 10/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=ba18 T ecnologie ricombinant i e Laborat orio Int egrat o di Biot ecnologie II - nuovo ord. Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Doce nte : Pro f . Nelso n Marmiro liDo t t . Ro bert a Ruo t o lo (T it o lare del co rso ) Re capito: [[email protected]] Tipologia: Caratte riz z ante Anno: 2° anno Cre diti/Vale nz a: 9 SSD: BIO/13 - biologia applicata Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Scritto e d orale OBIET T IVI L'obie ttivo de l cors o è fornire agli s tude nti una conos ce nz a te orica e pratica de lle me todologie alla bas e te cnologie ricombinanti de lle loro applicaz ioni in campo ve ge tale e d animale . Il cors o è divis o in tre parti: Importanz a e finalità de l clonaggio ge nico. Illus traz ione de lle te cnologie e de gli s trume nti utiliz z ati Applicaz ione de lle te cnologie ricombinanti in campo ve ge tale Applicaz ione de lle biote cnologie in campo animale Applicaz ione de lle te cnologie ricombinanti in campo me dico Le le z ioni te oriche s ono inte grate da s e minari e da e s e rcitaz ioni pratiche in laboratorio. - 62 - The aim of the cours e is to illus trate the bas ic me thods of re combinant te chnologie s and the ir applications in plants and animals . The cours e is divide d in four parts : 1. 2. 3. 4. Aims and importance of ge ne cloning. Me thods and tools utiliz e d Application of re combinant te chnologie s in plants Application of re combinant te chnologie s in animals Re combinant te chnologie s for he alth The the ore tical clas s e s are inte grate d with s e minars and practical training in laboratory. AT T IVIT À DI SUPPORT O Le Es e rcitaz ioni di Te cnologie Ricombinanti s i s volge rano s e condo il cale ndario alle gato. Pe r acce de re ai laboratori gli s tude nti dovranno e s s e re muniti di un camice da laboratorio, guanti, pe nnare llo a punta inde le bile e d un quade rno s u cui annotare i vari e s pe rime nti. Gli s tude nti s ono te nuti ad is crive rs i alle e s e rcitaz ioni inviando una mail alla Dott.s s a Agrimonti ([email protected]) Si ricorda che la fre que nz a alle e s e rcitaz ioni è OBBLIGATORIA. PROGRAMMA PROGRAMMA A.A. 2011-2012 PARTE 1 (GENERALE) Pe rché è importante il clonaggio ge nico Ve icoli pe r il clonaggio ge nico ( ve ttori plas midici e fagici) Pre paraz ione de l DNA da ce llule Manipolaz ione de l DNA purificato Me todi di introduz ione de l DNA ne lle ce llule Ve ttori di clonaggio in E. coli Ve ttori di clonaggio in organis mi dive rs i da E. coli Me todi pe r l'otte nime nto di uno s pe cifico clone Come s tudiare uno s pe cifico clone Come s tudiare la funz ione e l'e s pre s s ione de i ge ni Come s tudiare la localiz z az ione e la s truttura de i ge ni Libri cons igliati: "Ge ne Cloning" T. A Brown cap. 1- 2- 3- 4- 5- 6- 7- 8- 9 – 10 -11-14 " Scie nz e de l DNA" Milkos / Tre ye s ( Piccin e ditore ) cap. 1- 2- 3- 4 " Inge gne ria ge ne tica : principi e te cniche "Primros e cap. 1- 2- 3- 4- 5- 6- 8 -9 "Inge gne ria ge ne tica"Kings man &Kings man (Piccin) cap. 2 -3 -7- 8 "Biote cnologie mole colari. Principi e te cniche ". Glick. Zaniche lli e ditori. Cap 1-13. PARTE 2° (INGEGNERIA GENETICA VEGETALE) Ve ttori di tras fe rime nto I s is te mi di Agrobacte rium tume facie ns e rhiz oge ne s Altri s is te mi di tras fe rime nto ge nico Piante trans ge niche Libri cons igliati: "Ge ne cloning" T.A. Brown cap 15 " Scie nz e de l DNA" Milkos / Tre ye s ( Piccin e ditore ) cap. 8 " Inge gne ria ge ne tica : principi e te cniche " Primros e cap. 12 "Inge gne ria ge ne tica" Kings man & Kings man" cap.6 "Biote cnologie mole colari", Glick, cap. 15 PARTE 3° (INGEGNERIA GENETICA ANIMALE) Tras fe rime nto ge nico ne lle ce llule animali Cre s cita in coltura de lle ce llule Sis te mi di s e le z ione Ve ttori plas midici s e mplici Gli ampliconi Ve ttori di e s pre s s ione Introduz ione di DNA ne lle ce llule di mammife ro Ve ttori virali e re trovirali - 63 - Malattie ge niche e te rapia ge nica Ve ttori pe r la te rapia ge nica Ins e rime nto mirato di ge ni Te rapia ge nica di malattie comuni Te rapia ge nica de i tumori Libri cons igliati: "Inge gne ria ge ne tica: principi e te cniche " Primros e cap. 10- 11- 14 "Inge gne ria ge ne tica" Kings man & Kings man" cap. 4- 5- 11 "Ge ne tica ge ne rale e umana" volume s e condo, L De Carli, E Boncine lli, GA Danie li, L. Lariz z a (Piccin) cap. 32 "Ge ne Cloning" Brown, cap.14 Te s ti cons igliati e bibliografia "Ge ne cloning an introduction" T.A. Brown (1986) Van Nos trand Re inhold (UK) "Inge gne ria Ge ne tica" SM Kings man, AJ Kings man (1988) Piccin, Padova "Biote cnologie mole colari" BR Glick, JJ Pas te rnak (1999) Zaniche lli, Bologna "Ge ne tica ge ne rale e umana" volume s e condo, L De Carli, E Boncine lli, GA Danie li, L Lariz z a (1998) Piccin, Padova Dis pe ns e s u alcuni argome nti dis ponibili pre s s o copis te ria "Print Se rvice ". 1. Parte ge ne rale I principi fondame ntali de l clonaggio ge nico –L'importanz a de l clonaggio ge nico - Ve ttori di clonaggio: plas midi e batte riofagi - Me todi di purificaz ione de l DNA - Me todi di manipolaz ione de l DNA - Come introdurre DNA ne lle ce llule vive nti; tras formaz ione e s e le z ione de i ricombinanti - Ve ttori di clonaggio in batte ri dive rs i da E. coli - Ve ttori di clonaggio in funghi e lie viti - Se le z ionare uno s pe cifico ge ne e s tudiare un ge ne clonato. 2.Clonaggio in ve ge tali Ve ttori di clonaggio pe r organis mi ve ge tali - Me todi di tras formaz ione pe r organis mi ve ge tali Otte nime nto di piante trans ge niche . 3. Clonaggio in ce llule animali e d applicaz ioni in campo biome dico Cre s cita e proprie tà de lle ce llule animali in coltura - Sis te mi di s e le z ione pe r ce llule animali - Il tras fe rime nto ge nico ne lle ce llule animali - Ve ttori plas midici pe r ce llule animali, ampliconi e ve ttori di e s pre s s ione - Il de s tino de l DNA tras fe rito – Ve ttori virali e re trovirali pe r ce llule animali –Te rapia ge nica -Principi e me todi - Mode lli s pe rime ntali – Alcuni ris ultati s pe rime ntali - Pote nz iali mode lli umani 1. Bas ic module Fundame ntal principle s of ge ne cloning - Importance of ge ne cloning - Cloning ve ctors : plas mids and bacte riophage s – Me thods for DNA purification - Me thods for DNA manipulation - How to introduce DNA in living ce lls ; trans formation and s e le ction of ricombinant clone s -Cloning ve ctors for bacte ria diffe re nt from E. coli - Cloning ve ctors for fungi and ye as ts - How to s e le ct a s pe cific ge ne and analys e a clone d ge ne 2.Cloning in plants Cloning ve ctors for plant organis ms – Trans formation me thods for plant organis ms - Obtainme nt of trans ge nic plants 3. Cloning in animal ce lls and applications in he alth fie ld Growth and prope rtie s of animal ce lls in culture - Se le ction s ys te ms for animal ce lls - Ge ne trans fe r into animal ce lls - Plas mid ve ctors for animal ce lls , amplicons and e xpre s s ion ve ctors - The fate of trans fe rre d DNA - Viral ve ctors and re troviral ve ctors for animal ce lls . Ge ne the rapy: principle s and me thods - Expe rime ntal mode ls – Some e xpe rime ntal re s ults - Pote ntial human mode ls T EST I "Ge ne cloning an introduction" T.A. Brown (1986) Van Nos trand Re inhold (UK) - 64 - "Inge gne ria Ge ne tica" SM Kings man, AJ Kings man (1988) Piccin, Padova "Biote cnologia mole colare " BR Glick, JJ Pas te rnak (1999) Zaniche lli, Bologna "Ge ne tica ge ne rale e umana" volume s e condo, L De Carli, E Boncine lli, GA Danie li, L Lariz z a (1998) Piccin, Padova Pre s e ntaz ioni de lle diapos itive e de i s e minari "Ge ne cloning an introduction" T.A. Brown (1986) Van Nos trand Re inhold (UK) "Inge gne ria Ge ne tica" SM Kings man, AJ Kings man (1988) Piccin, Padova "Biote cnologia mole colare " BR Glick, JJ Pas te rnak (1999) Zaniche lli, Bologna "Ge ne tica ge ne rale e umana" volume s e condo, L De Carli, E Boncine lli, GA Danie li, L Lariz z a (1998) Piccin, Padova Slide s of clas s e s and s e minars NOT A Sono ne ce s s arie conos ce nz e di biologia ge ne rale , botanica, microbiologia, biochimica e chimica e d una buona conos ce nz a de lla lingua ingle s e Gli s tude nti pos s ono s ce glie re tra due modalità di e s ame : 1. una prova s critta che cons is te in s e i domande s ulle parti 1 e 2, s e guita da una prova orale cons is te nte in una domanda s ulla parte 3 2. e s ame inte rame nte orale con tre domande s u ognuna de lle tre parti de l cors o. Ne l primo cas o pe r pote r s os te ne re l'e s ame orale è ne ce s s ario ave re s upe rato la prova s critta. Inoltre , in e ntrambi i cas i, pe r pote re s os te ne re l'e s ame orale lo s tude nte de ve pre parare una re laz ione s ulle e s e rcitaz ioni di laboratorio, che ve rrà valutata in s e de di e s ame dalla commis s ione . L'e s ame orale ve rifica le conos ce nz e acquis ite dallo s tude nte e le capacità comunicative . La prova s critta e la re laz ione s ui laboratori ve rificano conos ce nz e e applicaz ione de lle conos ce nz e . In tutti i cas i, s i ve rifica la capacità di appre ndime nto.. Le prove s critte s i s volgono pre s s o il Ple s s o Polifunz ionale (v.le Parco Are a de lle Scie nz e 11/A), que lle orali pre s s o le aule de l ple s s o biologico (v.le Parco Are a de lle Scie nz e , 11/A), s alvo dive rs e dis pos iz ioni in e ntrambi i cas i. E' richie s ta l'is criz ione e le ttronica (chius ura is criz ione all'e s ame : una s e ttimana prima) Date e luoghi de ll'e s ame potranno e s s e re modificati anche con bre ve anticipo pe r improvvis i e improrogabili impe gni de l doce nte o de gli altri compone nti la commis s ione di e s ame . Gli s tude nti s ono pe rciò invitati a ins e rire la propria mail al mome nto de ll'is criz ione e le ttronica pe r pote r e s s e re e ve ntualme nte avve rtiti oppure a cons ultare il s ito de l cors o prima de ll'e s ame . Some pre vious knowle dge of biology, botany, microbiology, bioche mis try and che mis try is highly advis able , as we ll a s uitable le ve l of Englis h to cons ult lite rature . Stude nts can choos e be twe e n two ways of e xamination: 1. a writte n e xam, cons is ting in s ix que s tions on parts 1 and 2, followe d by an oral e xam cons is ting on a que s tion on the part 3. 2. the oral e xamination on the whole programme . In the firs t cas e , is ne ce s s ary to have obtaine d a pos itive e valuation to be admitte d to the oral e xamination. More ove r, in both cas e s to be admitte d to the oral e xamination the s tude nt s hould pre pare a re port on laboratory training that will be e valuate d during the e xamination. The oral e xamination ve rifie s the knowle dge acquire d by the s tude nt and the communication s kills . The writte n e xam and the laboratory re port ve rifie s knowle dge and application of knowle dge . In all cas e s , the le arning ability is ve rifie d. The e xaminations will be conducte d at the biological building (V.le Parco are a de lle Scie nz e , 11/A), if not othe rwis e provide d. The re gis tration s hould be done on line on a we e k be fore . - 65 - Date s and locations of e xaminations can be modifie d als o with s hort notice in cas e of s udde n and urge nt commitme nts of the te ache r and othe r me mbe rs of the commis s ion. The re fore , the s tude nts s hould provide the ir e -mail at re gis tration to be contacte d or the y s hould che ck the s ite of the te s t be fore the e xamination. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Lune dì 8:30 - 10:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Me rcole dì 9:00 - 11:00 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Giove dì 10:30 - 12:30 Aula B Ple s s o Polifunz ionale Lezio ni: dal 10/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=0421 Virologia molecolare e immunologia Anno accade mico: 2014/2015 CdL: Biote cnologie Indus triali Doce nte : Pro f . Gio rgio Co nt i Re capito: 0521-903494-903499 / 0521-703046 [[email protected]] Tipologia: Di bas e Anno: 1° anno Cre diti/Vale nz a: 6 SSD: BIO/19 - microbiologia ge ne rale Modalità di e rogaz ione : Tradiz ionale Lingua di ins e gname nto: Italiano Modalità di fre que nz a: Obbligatoria Modalità di valutaz ione : Orale OBIET T IVI Conos ce re la natura di que s ti age nti d'infe z ione ; conos ce re come l'impie go de lla biologia mole colare ha cons e ntito e cons e nte l'individuaz ione di s e mpre nuovi virus ;conos ce re quali s ono le pos s ibili cons e gue nz e de ll'infe z ione virale e quali s ono le principali fas i in cui s i s viluppa il rapporto virus ce llula.Infe z ioni acute , late nti,pe rs is te nti, le nte . Sche mi patoge ne tici, me ccanis mi alla bas e de lla pe rs is te nz a. Conos ce re i principali e pos s ibili be rs agli di farmaci antivirali e conos ce re le principali modalita' di alle s time nto de i vaccini e le diffe re nz e ne lla ris pos ta ai dive rs i tipi di vaccino.Conos ce re quali s ono i me ccanis mi immunitari piu' e fficaci ne l contras tare le infe z ioni virali. Ce nni di diagnos tica di laboratorio. PROGRAMMA . Prime os s e rvaz ioni s pe rime ntali s ugli age nti virali · De finiz ione di virus · Caratte ris tiche de i virus · Natura de i virus · Te orie s ulle origini de i virus · Morfologia de lle partice lle virali · Struttura de lle partice lle virali - s imme tria cubica - s imme tria e licoidale - s truttura comple s s a - s truttura combinata · Compos iz ione chimica de lla partice lla virale - acidi nucle ici - prote ine - lipidi - carboidrati · Rapporti virus ce llula - Emoagglutinaz ione virale - De te rminaz ioni quantitative de i virus de te rminaz ioni chimiche e fis iche de te rminaz ioni bas ate s ull'infe ttività - Fas i de lla moltiplicaz ione virale , ads orbime nto, diffe re nti modalita' di pe ne traz ione virale , e s pos iz ione de ll'acido nucle ico, s inte s i de l mate riale virale e d as s e mblaggio, fas e di maturaz ione e libe raz ione de lle partice lle virali - Re plicaz ione de ll'acido nucle ico ne i virus a RNA ad e lica pos itiva e ne gativa, monoe licoidale e bie licoidale , line are e s e gme ntata Re plicaz ione de ll'acido nucle ico ne i virus a DNA bie licoidali, monoe licoidali, virus de ll'e patite B Es pre s s ione mole colare de l ge noma virale - I re trovirus . Virus HIV. Virus HTLV. Viroidi. Prioni. Virus oncoge ni a DNA e d RNA - Tras formaz ione ce llulare indotta dai virus oncoge ni. Coltivaz ione de i virus , coltivaz ione in colture ce llulari "in vitro": e ffe tto citopatico, e moads orbime nto, s aggio immunoe nz imatico e immunofluore s ce nz a coltivaz ione in uova e mbrionate coltivaz ione in animali · Ge ne tica virale mutaz ioni indotte da age nti fis ici e chimici - tipi dive rs i di mutanti - ple iotropis mo o covariaz ione inte raz ioni fe notipiche tra virus : di comple me ntaz ione , me s colanz a fe notipica, trans caps idaz ione inte raz ione ge notipiche tra virus : ricombinaz ione intramole colare , rias s ortime nto ge ne tico, poliploidis mo · Inte rfe re nz a virale - di ads orbime nto - omologa - e te rologa - me diata da inte rfe rone · Rapporti virus organis mo - Patoge ne s i de lle infe z ioni virali - Ris pos ta de ll'os pite alle infe z ioni virali - Infe z ioni pe rs is te nti, late nti, pe rmis s ive , abortive , re s trittive - Ce nni di e pide miologia de lle infe z ioni virali - Ce nni di profilas s i e ce nni s ui farmaci ad az ione antivirale - Diagnos i di laboratorio de lle malattie virali Virologia s pe ciale · Caratte ri morfologici e s trutturali · Ce nni s ui caratte ri colturali e s ui crite ri de ll'ide ntificaz ione · Ce nni s ulla patoge ne s i de lle affe z ioni · Ce nni di e pide miologia · Diagnos i di laboratorio - mate riali patologici · Crite ri diagnos tici e inte rpre tativi de i ris ultati · Ce nni di s is te matica re lativame nte a: - Picornavirus - Orthomyxovirus - Paramyxovirus - Rabdovirus - Re ovirus - Togavirus Re trovirus - Ade novirus - He rpe s virus - Poxvirus - Virus de lle e patiti - Papovavirus - I prioni · Ez iologia e crite ri diagnos tici di laboratorio. - 66 - Immunologia: · Le dife s e organiche as pe cifiche · Le dife s e organiche s pe cifiche · L'antige ne e le condiz ioni de te rminanti l'antige nicità · Gli anticorpi; natura chimica, s pe cificità e clas s i anticorpali. I CDR de l Fab. Ruolo de ll'Fc. Antige nicita' anticorpale : is otipo,allotipo,idiotipo. Evoluz ione de lla ris pos ta s pe cifica: ruolo de lle APC e loro attivaz ione . "Killing" macrofagico. · Il comple me nto · La re az ione antige ne -anticorpo. Caratte ris tiche de ll'antige ne . · La ris pos ta s pe cifica umorale · La ris pos ta s pe cifica ce llulare . La ris pos ta naturale e /o innata. I Toll-like re ce ttori e loro funz ione . · Le te orie s ulla formaz ione de gli anticorpi · L'immunità ve rs o gli antige ni batte rici e virali · Gli anticorpi monoclonali · Il s is te ma maggiore di is tocompatibilità e s uo coinvolgime nto ne lla ris pos ta immunitaria · Le citochine : me ccanis mo d'az ione · Immunità umorale e d immunità ce llulo-me diata. I me ccanis mi e ffe ttori de lla ris pos ta immunitaria. TCR, MHC clas s e 1, MHC clas s e 2,ris pos ta TH1, TH2, TH3-tolle ranz a immunologica. · Ris pos ta primaria e ris pos ta s e condaria e d andame nto ne l te mpo · Ris pos ta umorale timo-dipe nde nte e timo-indipe nde nte · Le diffe re nti popolaz ioni linfocitarie e d i loro "marke rs ". · Ruolo de lle diffe re nti popolaz ioni linfocitarie ne lla ris pos ta umorale e ce llulo- me diata. Citotos s icità linfocitaria, CTL e T-kille r e d anticorpo dipe nde nte . I macrofagi, le ce llule de ndritiche , i granulociti. Citotos s icita' naturale . Citotos s icita' comple me nto dipe nde nte . Ris pos ta DTH. · Le citochine e loro ruolo. Le che mochine . I linfociti T "kille r" MHC-dipe nde nti. Le ce llule "natural kille r" e loro me ccanis mo d'az ione . T EST I Robe rt F. Boyd - Microbiologia Ge ne rale - Me dical Books Eds . Michae l T.Madigan,John M.Martinko,Jack Parke r- Biologia de i Microrganis mi- Cas a Editrice Ambros iana G.B.Pie r,J.B.Lycz ak,L.M.We tz le rImmunologia,Infe z ione ,Immunita'-Piccin Ed. ORARIO LEZIONI Gio rni Ore Aula Marte dì 12:30 - 14:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Me rcole dì 12:30 - 14:30 Aula 1 Dipartime nto di Bios cie nz e - Ple s s o Biologico Lezio ni: dal 03/03/2014 al 06/06/2014 http://biote cnologie .unipr.it/cgi-bin/campus ne t/cors i.pl/Show?_id=334c Aggiornato il 25/01/2015 05:35 - by CampusNet - 67 -
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