Te vermenigvuldigen DNA-fragment

Aaltjes en DNA
blgg.agroxpertus.nl
Introductie
3
Door verhitting wordt
het DNA gesplitst in
twee strengen.
BLGG AgroXpertus analyseert de meest relevante vrijlevende
aaltjes met behulp van een geaccrediteerde DNA-techniek.
Eén schadelijk doelaaltje kan te midden van duizenden andere
onbekende aaltjes opgespoord worden.
4
Unieke stukjes DNA van
het doelaaltje (primers)
worden toegevoegd en
binden aan het DNA
wanneer de volgorde
exact overeenkomt.
Voordelen qPCR-techniek
O Hogere gevoeligheid, betere betrouwbaarheid
O Zeer specifiek waardoor de kans op vals-positieve
uitslagen verwaarloosbaar is
O Kortere onderzoeksduur
O Grotere kans op het vinden van schadelijke aaltjes
welke in lage aantallen voorkomen
O Alle aaltjes die uit het monster worden geïsoleerd worden
ook geanalyseerd. Met microscopie wordt slechts een
beperkte fractie visueel beoordeeld
O Alle doelaaltjes worden herkend, ongeacht de leeftijd
en het geslacht van de aaltjes
O Het aantal doelaaltjes kan worden gekwantificeerd
Te vermenigvuldigen DNA-fragment
Te vermenigvuldigen DNA-fragment
Te
Te vermenigvuldigen
vermenigvuldigen DNA-fragment
DNA-fragment
5
primer
primer
Het DNA wordt
vermenigvuldigd en
de cyclus wordt
meerdere keren herhaald.
De hoeveelheid DNA
van het aaltje waarnaar
gezocht wordt (doelaaltje)
groeit exponentieel.
primer
primer
DNA-polymeren
DNA-polymeren
DNA-polymeren
DNA-polymeren
6
qPCR: zo werkt het
Het signaal van deze
vermenigvuldiging wordt
zichtbaar gemaakt.
qPCR is een techniek waarmee een kleine hoeveelheid specifiek
doel-DNA van een bepaald aaltje een groot aantal keren
gekopieerd wordt. qPCR staat voor Quantitative Polymerase
Chain Reaction.
1
7
De aaltjes uit het monster
worden opgespoeld en
kruipen door een filter heen.
Het aantal doelaaltjes
wordt bepaald aan de hand
van een ijklijn.
Soorten aaltjes
2
Het DNA van de aanwezige
aaltjes wordt geëxtraheerd.
BLGG AgroXpertus biedt de analyse aan in de vorm van DNApakketten. De volgende soorten aaltjes worden op dit moment
met qPCR geanalyseerd. Meer testen zijn in ontwikkeling.
Wortelknobbelaaltjes
O Meloidogyne chitwoodi
O Meloidogyne fallax
O Meloidogyne hapla
O Meloidogyne minor
O Meloidogyne naasi
Wortellesieaaltjes
O Pratylenchus crenatus
O Pratylenchus neglectus
O Pratylenchus penetrans
O Pratylenchus thornei
O Pratylenchus vulnus
Contact
Natasja Poot
Vrijlevende wortelaaltjes
O Paratrichodorus nanus
O Paratrichodorus pachydermus
O Paratrichodorus teres
O Paratrichodorus totaal
O Trichodorus primitivus
O Trichodorus similis
O Trichodorus viruliferus
O Trichodorus totaal
Stengelaaltje
O Ditylenchus dipsaci
Destructoraaltje
O Ditylenchus destructor
: [email protected]
8
Resultaat
Vrijlevende aaltjes DNA
Wortelknobbelaaltjes
Meloidogyne chitwoodi**
Meloidogyne fallax**
Meloidogyne hapla
Meloidogyne minor
Meloidogyne naasi
aantal/100 ml
mais
cons.
aard.
35
5
0
0
60
++
+
–
?
–
+++
+++
+++
?
–
**quarantaine organisme
Volg ons op:
BLGG AgroXpertus
Binnenhaven 5
Postbus 170
6700 AD Wageningen
T. 088 - 876 10 10
F. 088 - 876 10 11
E. [email protected]
waspeen
wintertarwe
++
+++
++
?
–
++
+
–
?
+++
lelie
–
–
?
–

Download Report