List of publications - Universiteit Leiden

Cover Page
The handle http://hdl.handle.net/1887/26502 holds various files of this Leiden University
dissertation.
Author: Willems, Lianne Irene
Title: Direct and two-step activity-based profiling of proteases and glycosidases
Issue Date: 2014-06-24
List of publications
Azido-BODIPY acid reveals quantitative Staudinger-Bertozzi ligation in two-step activity
based proteasome profiling
Verdoes, M.; Florea, B. I.; Hillaert, U.; Willems, L. I.; van der Linden, W. A.; Sae-Heng, M.;
Filippov, D. V.; Kisselev, A. F.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. ChemBioChem 2008, 9,
1735-1738.
A panel of subunit-selective activity-based proteasome probes
Verdoes, M.; Willems, L. I.; van der Linden, W. A.; Duivenvoorden, B. A.; van der Marel, G. A.;
Florea, B. I.; Kisselev, A. F.; Overkleeft, H. S. Org. Biomol. Chem. 2010, 8, 2719-2727.
Small molecule antagonists for chemokine CCR3 receptors
Willems, L. I.; IJzerman, A. P. Med. Res. Rev. 2010, 30, 778-817.
Two-step labeling of endogenous enzymatic activities by Diels-Alder ligation
Willems, L. I.; Verdoes, M.; Florea, B. I.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. ChemBioChem
2010, 11, 1769-1781.
Proteasome activity imaging and profiling characterizes bacterial effector syringolin A
Kolodziejek, I.; Misas-Villamil, J. C.; Kaschani, F.; Clerc, J.; Gu, C.; Krahn, D.; Niessen, S.;
Verdoes, M.; Willems, L. I.; Overkleeft, H. S.; Kaiser, M.; van der Hoorn, R. A. L. Plant Physiol.
2011, 155, 477-489.
Bioorthogonal chemistry: applications in activity-based protein profiling
Willems, L. I.; van der Linden, W. A.; Li, N.; Li, K.-Y.; Liu, N.; Hoogendoorn, S.; van der Marel,
G. A.; Florea, B. I.; Overkleeft, H. S. Acc. Chem. Res. 2011, 44, 718-729.
163
List of publications
Synthesis of pH-activatable red fluorescent BODIPY dyes with distinct functionalities
Hoogendoorn, S.; Blom, A. E. M.; Willems, L. I.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. Org.
Lett. 2011, 13, 5656-5659.
Activity-based
chemical
proteomics
accelerates
inhibitor
development
for
deubiquitylating enzymes
Altun, M.; Kramer, H. B.; Willems, L. I.; McDermott, J. L.; Leach, C. A.; Goldenberg, S. J.;
Kumar, K. G. S.; Konietzny, R.; Fischer, R.; Kogan, E.; Mackeen, M. M.; McGouran, J.;
Khoronenkova, S. V.; Parsons, J. L.; Dianov, G. L.; Nicholson, B.; Kessler B. M. Chem. Biol.
2011, 18, 1401-1412.
Discovery of a potent and highly β1 specific proteasome inhibitor from a focused library of
urea-containing peptide vinyl sulfones and peptide epoxyketones
van der Linden, W. A.; Willems, L. I.; Shabaneh, T. B.; Li, N.; Ruben, M.; Florea, B. I.; van der
Marel, G. A.; Kaiser, M.; Kisselev, A. F.; Overkleeft, H. S. Org. Biomol. Chem. 2012, 10, 181194.
Triple bioorthogonal ligation strategy for simultaneous labeling of multiple enzymatic
activities
Willems L. I.; Li, N.; Florea, B. I.; Ruben, M.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. Angew.
Chem. Int. Ed. 2012, 51, 4431-4434.
Tuning the leaving group in 2-deoxy-2-fluoroglucoside results in improved activity-based
retaining β-glucosidase probes
Walvoort, M. T. C.; Kallemeijn, W. W.; Willems, L. I.; Witte, M. D.; Aerts, J. M. F. G.; van der
Marel, G. A.; Codée, J. D. C.; Overkleeft, H. S. Chem. Commun. 2012, 48, 10386-10388.
Novel activity-based probes for broad-spectrum profiling of retaining β-exoglucosidases in
situ and in vivo
Kallemeijn, W. W.; Li, K.-Y.; Witte, M. D.; Marques, A. R. A.; Aten, J.; Scheij, S.; Jiang, J.;
Willems, L. I.; Voorn-Brouwer, T. M.; van Roomen, C. P. A. A.; Ottenhoff, R.; Boot, R. G.; van
den Elst, H.; Walvoort, M. T. C.; Florea, B. I.; Codée, J. D. C.; van der Marel, G. A.; Aerts, J. M.
F. G.; Overkleeft, H. S. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 12529-12533.
164
List of publications
Relative quantification of proteasome activity by activity-based protein profiling and LCMS/MS
Li, N.; Kuo, C.-L.; Paniagua, G.; van den Elst, H.; Verdoes, M.; Willems, L. I.; van der Linden,
W. A.; Ruben, M.; van Genderen, E.; Gubbens, J.; van Wezel, G. P.; Overkleeft, H. S.; Florea,
B. I. Nat. Protoc. 2013, 8, 1155-1168.
Gaucher disease and Fabry disease: New markers and insights in pathophysiology for two
distinct glycosphingolipidoses
Ferraz, M. J.; Kallemeijn, W. W.; Mirzaian, M.; Herrera Moro, D.; Marques, A.; Wisse, P.;
Boot, R. G.; Willems, L. I.; Overkleeft, H. S.; Aerts, J. M. Biochim. Biophys. Acta 2014, 1841,
811-825.
Acylazetine as a dienophile in bioorthogonal inverse electron-demand Diels-Alder ligation
Engelsma, S. B.; Willems, L. I.; van Paaschen, C. E.; van Kasteren, S. I.; van der Marel, G. A.;
Overkleeft, H. S.; Filippov, D. V. Org. Lett. 2014, doi: http://dx.doi.org/10.1021/ol501049c.
Potent and selective activity-based probes for human retaining α-galactosidases
Willems, L. I.; Beenakker, T. J. M.; Murray, B.; Scheij, S.; Kallemeijn, W. W.; Boot, R. G.;
Verhoek, M.; Donker-Koopman, W. E.; Ferraz, M. J.; van Rijssel, E. R.; Florea, B. I.; Codée, J.
D. C.; van der Marel, G. A.; Aerts, J. M. F. G.; Overkleeft, H. S. Submitted for publication.
Current developments in activity-based protein profiling
Willems, L. I.; Overkleeft, H. S.; Van Kasteren, S. I. Submitted for publication.
Synthesis of α- and β-galactopyranose-configured isomers of cyclophellitol and
cyclophellitol aziridine
Willems, L. I.; Beenakker, T. J. M.; Murray, B.; Gagestein, B.; van den Elst, H.; van Rijssel, E.
R.; Codée, J. D. C.; Kallemeijn, W. W.; Aerts, J. M. F. G.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S.
Submitted for publication.
165
Curriculum Vitae
Nederlands
Lianne Willems werd op 18 januari 1986 geboren te Leiden. Zij behaalde in 2004 cum
laude het Gymnasium diploma (profielen Natuur&Gezondheid en Natuur&Techniek) aan het
Adelbert College te Wassenaar. Datzelfde jaar begon zij aan de bacheloropleiding BioFarmaceutische Wetenschappen aan de Universiteit Leiden, die zij in 2006 cum laude
afrondde. Aansluitend begon ze aan de masteropleiding Bio-Pharmaceutical Sciences aan
dezelfde universiteit.
In het kader van de bacheloropleiding en de masteropleiding deed zij twee
onderzoeksstages bij de vakgroep Bio-organic Synthesis onder leiding van dr. M. Verdoes,
prof. dr. H.S. Overkleeft en prof. dr. G.A. van der Marel. Dit onderzoek was gericht op het
ontwikkelen van een nieuwe methode voor de tweestapslabeling van enzymactiviteit via
Diels-Alder cycloadditie. Daarnaast werd een onderzoeksstage uitgevoerd aan Oxford
University (UK) in de Ubiquitin Proteolysis Group onder leiding van dr. H.B. Kramer en dr.
B.M. Kessler. Het doel van dit onderzoek was het evalueren van nieuwe reversible remmers
voor deubiquitinerende enzymen met behulp van gelabelde ubiquitine derivaten. In
augustus 2009 behaalde zij cum laude het Master of Science diploma.
In september 2009 begon zij als assistent in opleiding met het onderzoek beschreven in
dit proefschrift bij de vakgroep Bio-organic Synthesis onder leiding van prof. dr. H.S.
Overkleeft en prof. dr. G.A. van der Marel. Een deel van het beschreven onderzoek werd
uitgevoerd op het AMC te Amsterdam in de vakgroep Medische Biochemie onder leiding van
prof. dr. J.M.F.G. Aerts en dr. R.G. Boot. Posters over delen van het promotieonderzoek
werden gepresenteerd op verscheidene nationale en internationale conferenties (20102013). Mondelinge presentaties werden gegeven op de West European Activity-Based
Proteomics Meeting in Essen (Duitsland, 2011), de Netherlands Proteomics Centre Progress
Meeting in Utrecht (2012), de COST Chemical Proteomics Meeting in Jeruzalem (Israël, 2012)
en de NWO-CW ‘Design and Synthesis’ conferentie in Lunteren (2012).
In februari 2015 zal zij beginnen met postdoctoraal onderzoek in de vakgroep van prof.
dr. D. J. Vocadlo aan Simon Fraser University in Vancouver (Canada).
166
Curriculum Vitae
English
th
Lianne Willems was born on January 18 1986 in Leiden. In 2004 she completed her high
school (Gymnasium) diploma with distinction at the Adelbert College in Wassenaar (majors
in Life Science&Health and Life Science&Technology). Subsequently, she started with the
bachelor’s programme Bio-Pharmaceutical Sciences at Leiden University, followed by the
master’s programme Bio-Pharmaceutical Sciences at the same university. She obtained both
degrees with distinction in 2006 and 2009, respectively.
As part of the bachelor’s and master’s programmes, she performed two research
internships in the Bio-organic Synthesis group at Leiden University under the supervision of
dr. M. Verdoes, prof. dr. H.S. Overkleeft and prof. dr. G.A. van der Marel. This research was
aimed at the development of a new method for the two-step labeling of enzymatic activity
via Diels-Alder cycloaddition. In addition, she performed a research internship at Oxford
University (UK) in the Ubiquitin Proteolysis Group under the supervision of dr. H.B. Kramer
and dr. B.M. Kessler. The aim of this research was to evaluate new reversible
deubiquitinating enzyme inhibitors by using labeled ubiquitin derivatives.
In September 2009 she started with her doctoral studies in the Bio-organic Synthesis
group at Leiden University under the supervision of prof. dr. H.S. Overkleeft and prof. dr.
G.A. van der Marel. Part of the research described in this thesis was conducted at the
Amsterdam Medical Center in the Medical Biochemistry group under the supervision of
prof. dr. J.M.F.G. Aerts and dr. R.G. Boot. Posters on parts of the Ph.D. research were
presented at various national and international conferences (2010-2013). Oral presentations
were given at the West European Activity-Based Proteomics Meeting in Essen (Germany,
2011), the Netherlands Proteomics Centre Progress Meeting in Utrecht (The Netherlands,
2012), the COST Chemical Proteomics Meeting in Jeruzalem (Israël, 2012) and the NWO-CW
‘Design and Synthesis’ conference in Lunteren (The Netherlands, 2012).
In February 2015 she will start with postdoctoral research in the group of prof. dr. D. J.
Vocadlo at Simon Fraser University in Vancouver (Canada).
167

Download Report