生命と情報タンパク質立体構造予測演習 2010年7月6日阿久津達也京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター PDBの利用  PDB（Protein Data Bank）    タンパク質立体構造のデータベース http://www.rcsb.org/pdb/ 演習      キーワードにタンパク質の名前などを入力して検索（例： verotoxin）。一つのタンパク質を選び、その PDBID (例：1qnu)をクリック。このPDBIDを覚えておく。グラフィックソフト（右側のDisplay Optionsのいずれか）で構造を目でみて、その特徴をレポートに記載。左のDisplay FilesのPDB Fileをクリックし、その内容を確認する（これをレポートに添付する必要はない）。以上を例にあげたものとは異なるタンパク質について行うこと。 SCOPの利用  SCOP（Structural Classification Of Proteins）  タンパク質立体構造を分類したデータベース    http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ http://scop.berkeley.edu/ もしくは演習   Top of the hierarchy をクリックし、その概要を体験する。 PDBの利用でメモしたPDBIDを入力して検索し、そのタンパク質がどのクラスに分類されているか（Lineage:の部分）をファイルに保存する。 CASPページからの配列データの取得  CASP(Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction)    タンパク質立体構造予測コンテストのホームページ http://predictioncenter.org/ 演習    2008年のTarget List をクリックし、問題がどのような形式で出されるのかを知る。 T0388, T0391 に対し、PAPIA（後で説明）を適用。それらのPDB IDをPDBのHPで検索し、Sequence の項をクリックし二次構造をチェック PAPIA（二次構造予測）の利用  PAPIA  複数の手法の組み合わせによる二次構造予測   http://mbs.cbrc.jp/papia/ 演習    ４（二次構造予測）を選択し、さらに Typing directly を選択した後、配列データをコピー＆ペーストし、 submit をクリック T0388, T0391 の場合の結果の違いを知る上記以外の配列２種類を入力し、二次構造予測結果を保存し、真の二次構造データと比較レポートの提出法  以下の情報をテキストに埋め込むか、添付する     以下を数行程度にまとめる    SCOPで検索して得たLineage:の部分、および、PDBID PAPIAを適用したCASPのターゲット配列ID PAPIAによる予測結果 PDBにあるグラフィックソフトで見た立体構造の特徴二種類の配列に対する予測結果と実際の二次構造の比較提出先     xxx および yyy へメールを送付件名は「生命と情報レポート課題」とする名前、学部学科、学年、学籍番号を明記締め切り：7月１３日午後8時まで