ODTÜ Biyoteknoloji
25. Yıl Etkinliği
14 Kasım 2014
Editor: Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
www.btec.metu.edu.tr
ÖNSÖZ
Değerli Biyoteknoloji EABD Öğretim Üyeleri, Mezunlarımız ve Sevgili Öğrencilerimiz,
Bildiğiniz üzere, EABD’mız, Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde Biyoloji, Kimya, Kimya
Mühendisliği, Gıda Mühendisliği ve Çevre Mühendisliği Bölümlerinin katkılarıyla 1989
yılında disiplinlerarası ve lisansüstü bir program olarak kurulmuĢ, yüksek lisans ve doktora
programları ile bugüne kadar gelmiĢtir. BaĢlıca uygulama alanları olan sanayi, tarım, tıp/ilaç
ve çevre alanlarında gerek Ülkemizde gerekse Dünya’da biyoteknoloji çalıĢmaları giderek
önem kazanmıĢ ve yeni yaklaĢımlar ile farklı boyutlara taĢınmıĢtır. ODTÜ Biyoteknoloji
EABD olarak, bizler de bu geliĢime ayak uydurarak, bu alanlardaki uygulamalara yönelik
Ülkemizin ihtiyacı olan mezunlar yetiĢtirmek ve Biyoteknoloji araĢtırmalarına katkı sağlamak
adına özverili bir Ģekilde uğraĢmakta ve emek vermekteyiz.
2014 yılının, Biyoteknoloji EABD’nın kuruluĢunun 25. yıldönümü nedeniyle, kuruluĢundan
bu güne kadar Bölümümüzün gerek ulusal gerekse uluslararası ölçekli araĢtırma/çalıĢmalara
yaptığı katkıları özetleyen bu kitapçığı hazırladık. Böyle bir dökümanın, tüm üye, mezun ve
öğrencilerimize ıĢık tutacağına, gelecekte yapılacak çalıĢmalara yön vererek ivme
kazandıracağına ve EABD’mızı daha da iyi bir yere taĢıyacağına inanıyoruz.
25 Yıldır Biyoteknoloji EABD’mıza katkı veren ve bundan sonrada verecek olan herkese
sonsuz teĢekkürlerimizle ve saygılarımızla,
ODTÜ Biyoteknoloji EABD Yürütme Komitesi Üyeleri
Prof. Dr. Filiz B. Dilek
Doç. Dr. ÇağdaĢ Son
Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
Doç.Dr. Deniz Çekmecioğlu
i
Prof. Dr.Ġnci Eroğlu
Doç.Dr. Can Özen
Editörün Notu
ODTÜ Biyoteknoloji EABD’nda 25 yıl geçirmek ve geçen yıllar içinde Bölümümüzün çok
güzel ürünlerini bir anlamda meyvalarını görmek, benim için olduğu kadar eminim ki diğer
meslektaĢlarım için de büyük bir onurdur. ‘25.Yıl’ımızı kutlamak için bir etkinlik
düzenleyelim’ fikri ortaya çıktığı an hepimiz çok heyecanlandık. Amacımız, ‘ODTÜBiyoteknoloji’ paydaĢlarının tümünü mütevazi bir etkinlik çerçevesinde bir araya getirmek,
küçük bir kitapcık ile ‘geçmişte neler olmuş – şu anda neler varmış’ konularında biraz bilgi
vermekti.
ġu anda ODTÜ içinde bulunan öğretim üyelerimizin çalıĢma konularını web sayfalarından
aldık, belli bir düzene koyduk ve pdf dosyası olarak onların onayına sunduk. Pek çok öğretim
üyemiz bize geri dönüĢ yaptı ve bazı değiĢiklikler istedi. Bir kısmı istemlerini bana, bir kısmı
asistanlarımıza ilettiği için bir karıĢıklık yaĢadıysakta tüm düzeltme, ekleme veya çıkartmaları
yaptığımızı sanıyorum. Eğer gözümüzden kaçan, eksik bıraktığımız veya düzeltmediğimiz bir
durum varsa lütfen kusurumuza bakmayın.
‘Bölümümüzün tarihçesini yazalım’ dediğimizde, 25 yıl öncesine ait belgelere ulaĢmak
tahmin edebileceğiniz gibi pek de kolay olmadı. Fen Bilimleri Enstitüsü, Rektörlük, Bölümler
ve kiĢisel arĢivler tarandı. O tarihlerde idareci olan ve çeĢitli toplantılara katılan
meslekteĢlarımız ile konuĢuldu. Toplayabildiğimiz dökümanları bu kitapta sizlere sunduk.
‘Ekler’ kısmında göreceğiniz belgelerin çok büyük kısmı Prof. Dr. Vasıf Hasırcı’nın
arĢivinden alınmıĢtır. 25 hatta 30 sene önceye dayanan dosyalarını dolaplardan çıkarıp
dökümanlarını önüme koyduğu ve tüm belgelerini benimle paylaĢtığı için kendisine
Ģükranlarımı sunuyorum.
Ayrıca, elinizdeki kitabın hazırlanmasında bana yardım eden ve yoğun emek harcayan
Biyoteknoloji EABD asistanlarımızdan özellikle Derya Gökçay, Adnan Yaramış, Evrim
Elçin ve A. Hamit Battal’a çok teĢekkür ediyorum.
Kitabın hazırlanmasından ayrı, 25.yıl etkinliğinin baĢarılı geçebilmesi amacıyla, afiĢ
hazırlığından yaka kartına kadar her türlü koĢuĢturma iĢlerini yürüten ve büyük özveri ile
çalıĢan Biyoteknoloji Laboratuvarı uzmanı Dr. Tamay Şeker’e, Bölüm asistanlarımız Ayten
Eroğlu, Fadime Kara Murdoch, Damla Arslantunalı, Taner Tuncer, Mehmet Sefa Ulutaş,
Mustafa Çiçek ve Mustafa Nakipoğlu’na, Yürütme Komitesi adına çok teĢekkür ediyorum.
Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
Yürütme Komitesi, Kimya Bölümü Temsilcisi
ii
İÇİNDEKİLER
BÖLÜMÜMÜZÜN TARİHÇESİ ......................................................................................................................... 1
ÖĞRENCİ LİSTELERİ ........................................................................................................................................6
DOKTORA MEZUNLARI .................................................................................................................................6
YÜKSEK LĠSANS MEZUNLARI .................................................................................................................... 10
KAYITLI ÖĞRENCĠLER ................................................................................................................................. 21
YAYIN BİLGİLERİ ........................................................................................................................................... 22
YAYIN GRAFĠKLERĠ ...................................................................................................................................... 22
YAYIN LĠSTESĠ ............................................................................................................................................... 24
BÖLÜM BAġKANLARI ...................................................................................................................................... 58
ÖĞRETĠM ÜYELERĠ .......................................................................................................................................... 59
ÖĞRETĠM ÜYELERĠ BĠLGĠLERĠ ....................................................................................................................... 61
ARAŞTIRMA GRUPLARI ............................................................................................................................... 114
ODTÜ BĠTKĠ BĠYOTEKNOLOJĠSĠ GRUBU ................................................................................................ 115
ODTÜ BĠYOHĠDROJEN ARAġTIRMA GRUBU ......................................................................................... 119
BĠYOMALZEME VE DOKU MÜHENDĠSLĠĞĠ ARAġTIRMA GRUBU (BIOMAT) ................................. 123
ÇEVRE BĠYOTEKNOLOJĠSĠ GRUBU ......................................................................................................... 127
ODTÜ MERKEZ LABORATUVARI ........................................................................................................... .131
BAZI ÖĞRETİM ÜYELERİNİN ÇALIŞMALARI ....................................................................................... 151
EKLER ............................................................................................................................................................... 151
EK 1 ................................................................................................................................................................. 151
EK 2 ................................................................................................................................................................. 163
EK 3 ................................................................................................................................................................. 171
EK 4 ................................................................................................................................................................. 172
EK 5 ................................................................................................................................................................. 173
EK 6 ................................................................................................................................................................. 175
EK 7 ................................................................................................................................................................. 177
EK 8 ................................................................................................................................................................. 179
EK 9 ................................................................................................................................................................. 180
EK 10 ............................................................................................................................................................... 181
EK 11 ............................................................................................................................................................... 182
EK 12 ............................................................................................................................................................... 189
EK 13 ............................................................................................................................................................... 196
EK 14 ............................................................................................................................................................... 198
EK 15 ............................................................................................................................................................... 202
iii
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitü Anabilim Dalı
Bölümümüzün Tarihçesi
1989 - 2014
Orta Doğu Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji Anabilim Dalı, 1989 yılında,
ODTÜ içindeki beĢ bölümün katkısı ile disiplinler arası lisansüstü bir program olarak kurulmuĢtur.
Programa katkı veren bölümler, Fen-Edebiyat Fakültesinden Biyoloji ve Kimya ile Mühendislik
Fakültesinden Çevre Mühendisliği, Gıda Mühendisliği ve Kimya Mühendisliği bölümleridir.
‘Geleneksel biyoteknoloji’nin, yani bakteri, maya, mantar kullanımı ile fermentasyon teknolojileri
uygulayarak yoğurt, peynir, alkol, ekmek gibi gıda malzemelerinin üretimi çok eski çağlara uzanmakla
birlikte, „Modern biyoteknoloji’nin önem kazanması ancak 20.yüzyılda olmuĢtur. 1940‟lı yıllarda,
deoksiribonükleik asidin (DNA) keĢfedilmesi „Genetik Bilimi‟nin baĢlangıcını oluĢturmuĢ ve 1950
sonrası yıllarda pek çok laboratuvar genetiği oynanmıĢ bitki-ve-canlı çalıĢmalarına baĢlamıĢtır.
Genlerin bakterilere yerleĢtirilmesi ve rekombinant insan insulini üretimi ilk kez 1982 yılında
Genentech tarafından gerçekleĢtirilmiĢtir.
Türkiye‟de, „Geleneksel Biyoteknoloji‟ var olmakla birlikte, „Modern Biyoteknoloji’ olgusunun
yerleĢmeye baĢlaması 1970‟li yıllarda olmuĢ ve 1980‟li yıllarda ivme kazanmıĢtır. O tarihlerde, tüm
Dünyada, moleküler biyoloji alanında yapılan araĢtırmaların artması ve elde edilen bulguların hızla
uygulamaya aktarılması, Türkiye‟de de bilim adamlarının bu alana ilgisini artırmıĢ ve modern
biyoteknoloji ve genetik mühendisliği yönünde beyin gücü oluĢturabilmek amacıyla çalıĢmalar
baĢlamıĢtır. Aynı yıllarda, Orta Doğu Teknik Üniversitesi ile Almanya‟da Darmstadt Technische
Hochschule (Darmstadt Teknik Üniversitesi) arasında, daha önce baĢka alanlarda (özellikle Kimya
Bölümünden Prof. Dr. Önder Pamuk ve Doç. Dr. Ersin Yurtsever ile Prof. Dr. Jurgen Brickman
arasında) yürütülen iĢbirliğinin ‘Biyoteknoloji’ alanını kapsaması konusunda giriĢimler baĢlatılmıĢtır.
1985 yılı baĢlarında, o zamanki ODTÜ Rektörü Prof. Dr. Mehmet Gönlübol baĢkanlığında, ve o
zamanki Fen-Edebiyat Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Tuğmaç Sayraç‟ın katılımı ile yapılan görüĢmelerde,
Darmstadt Teknik Üniversitesi Organik ve Biyokimya Bölümü ile ODTÜ Biyoloji Bölümü arasında
iĢbirlikteliği konusunda olumlu görüĢler oluĢturulmuĢtur. Aynı yıl, Darmstadt Teknik Üniversitesi
Organik ve Biyokimya Bölümü öğretim üyesi Prof. H. Günther Gassen ile Orta Doğu Teknik
Üniversitesi Biyoloji Bölümü öğretim üyeleri Doç. Dr. Gürdal Alaeddinoğlu ve Doç. Dr. Vasıf Hasırcı
arasında „Biyoteknoloji’ konusunda ortaklık kurma görüĢmeleri baĢlatılmıĢtır. Nisan 1985 tarihinde
önce ODTÜ Rektörünün baĢkanlığında bir heyet, daha sonra Haziran 1985 tarihinde Doç. Dr. Vasıf
Hasırcı ve Ekim 1985 tarihinde Doç. Dr. Gürdal Alaeddinoğlu ortak proje oluĢturmak amacıyla
Darmstadt Teknik Üniversitesini ziyaret etmiĢlerdir.
1
Darmstadt Teknik Üniversitesi Organik ve Biyokimya Bölümü ile ODTÜ Biyoloji Bölümü öğretim
üyeleri arasında baĢlatılan görüĢmelerin sonucunda oluĢturulan ‘The Establishment of a Genetic
Engineering Unit at METU (Turkey) Through the Cooperation of Darmstadt Technische
Hochschule (F.R.G.)’ baĢlıklı rapor iki kurumun Rektörlüklerine sunulmuĢtur. Bu rapor özetle, „1)
Eğitim ve eleman yetiĢtirme, 2) Temel araĢtırma, ve 3) Uygulamalı araĢtırma‟ olarak belirlenen ortak
amaçların gerçekleĢtirilmesi için ODTÜ‟de yeni bir laboratuvar olanağı yaratılmasını, Darmstadt için
de „Teknik eğitim ve araĢtırma cihazlarını sağlamayı‟ öngörmüĢtür. Maddi desteğin sağlanabilmesi
için çok güncel bir konuda ve özellikle ‘Genetik Mühendisliği’ konusunda ortak proje yazımı
hedeflenmiĢtir. Taraflarca oluĢturulan „Klonierung und heterologe Expression der Glucose Oxydase
aus Aspergillus niger, Produktion eines Lebensmittelstabilisators (ingilizce olarak: Cloning of
Glucose Oxidase Genes from Aspergillus niger, Development of a Model System’ projesi her iki
kurum tarafından ilgili makamlara sunulmuĢtur (Sunulan proje içeriği Ek 1‟de verilmiĢtir). Bu projeye
Alman AraĢtırma ve Teknoloji Bakanlığı (BMFT) tarafından 1.3.1987 tarihinde baĢlamak üzere 3 yıl
için 991.500 Alman Markı destek sağlanmıĢtır. Bütçenin 130.000 Marklık kısmı ODTÜ cihaz alımları
için ayrılmıĢtır. Bütçenin bir kısmı, elemanların diğer kurumları ziyareti ve eğitilmesi için, bir kısmı
da yeni bir „Biyoteknoloji Merkezi‟ kurulması için ayrılmıĢtır. ġu an BIOMATEN Merkezi olan 2
katlı binanın temelini bu destek sağlamıĢtır ve Biyoloji Bölümüne bağlı olarak ‘Biyoteknoloji
Araştırma Birimi’ olarak kurulmuĢtur.
1984 yılında TÜBĠTAK tarafından „Biyoteknoloji İhtisas Komitesi’ oluĢturulmuĢ ve bu komitece
hazırlanan rapor doğrultusunda 1985 yılında TÜBĠTAK Marmara Bilimsel ve Endüstriyel AraĢtırma
Merkezi bünyesinde bir „Biyoteknoloji Merkezi’ kurulmuĢtur. Bu merkezin çalıĢmalarında da, büyük
atılımlar yapabilmek için belirli bir plan, kaynak ve özellikle beyin gücü gereksinimi ortaya çıkmıĢtır.
ODTÜ Biyoteknoloji AraĢtırma Merkezi kurulmasının ana hedeflerinden birisi, disiplinler arası
yapılacak araĢtırmalar ile farklı bilgi birikimlerini biraraya getirmek ve kritik beyin gücünü
olmuĢturmaktır. Biyoteknoloji Anabilim Dalı BaĢkanı Prof. Dr. Gürdal Alaeddinoğlu tarafından, eski
tip bilgisayar programı olan „moonstar‟ ile yazılan, „Biyoteknoloji Araştırma Merkezi Kurulma
Gerekçesi’ baĢlığı ile hazırlanan ve üzerinde el yazısı ile düzeltmeler yapılmıĢ olan 8 sayfalık rapor, o
dönem konunun önemini ve böyle bir merkezin ODTÜ için gereksinimini vurgulamıĢtır. (Ek 2).
ODTÜ ve Darmstadt Üniversiteleri arasındaki bu iĢbirliği, Mayıs 1987'de her iki Üniversitenin
rektörleri tarafından imzalanan bir protokol ile oluĢturulmuĢtur. 25 Kasım 1987 tarihli Darmstadt‟tan
gelen mektup, iki kurum arasında iĢbirliğinin artırılması ile ilgili olarak giriĢimlerin yapılacağını
belirtmektedir (Ek 3). Yürütülen çalıĢmalar ile ilgili hazırlanan, „Darmstadt Teknik ÜniversitesiODTÜ Gen Teknolojisi Ortak Projesi GeliĢme Raporu‟, 4 Mart 1988 tarihinde ODTÜ Rektörlüğüne
sunulmuĢtur.
2
Büyük olasılıkla 1988-1989 yıllarında Prof. Günther Gassen‟a gönderilen mesaj, Biyoteknoloji Birimi
olarak kurulmakta olan yeni binanın inĢası ile ilgili bilgi vermekte, aynı zamanda ODTÜ Rektörünün
de Ağustos 1987‟de değiĢtiğini bildirmekte ve projede çalıĢmak üzere bir elemanın Almanya‟dan
ODTÜ‟ye gelmesini istemektedir (Ek 4). Aynı yıllarda hazırlanan bir baĢka yazı, ‘Biyoteknoloji
Ünitesi‟nin henüz yapım aĢamasında olduğunu, disiplinler arası olarak ve mikrobiyoloji, moleküler
genetik, biyokimya ve biyomateryal alanlarını içeren ve Biyoloji öğretim üyeleri tarafından sunulan 3
projenin maddi olarak desteklenmesi ve alınacak cihazların Biyoloji Bölümünde bulunmayan
cihazlara indirgendiğini belirtmektedir (Ek 5).
31 Mayıs 1988 Tarihli „Üniversite Senatosu Toplantısı‟ tutanağında, Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji
Bölümü‟ne bağlı olmak üzere „Biyoteknoloji‟ adı altında yeni bir anabilim dalı açılması teklifi
görüĢülmüĢ, „Biyoteknoloji‟ isminin Mühendislik Fakültesi‟ndeki Gıda ve Kimya Mühendisliklerinin
bazı alanlarını kapsadığının belirlenmesi üzerine, anabilim dalının „Genetik Bilimleri‟ adı altında
açılmasının ve ayrıca Fen Bilimleri Enstitüsü‟ne bağlı bir „Biyoteknoloji Enstitü Anabilim Dalı‟nın
açılmasının Yükseköğretim Kurulu‟na önerilmesine karar verilmiĢ (Ek 6).
1980‟li yıllarda, bilim ve teknoloji alanında atılımlar yapmanın gereksinimi ve belli alanlarda
‘Mükemmeliyet Merkezleri’ kurmanın önemi TÜBĠTAK tarafından da belirtilmiĢtir. O zamanki
TÜBĠTAK baĢkanı Prof. Dr. Mehmet Ergin tarafından gönderilen 1.6.1988 tarihli yazıda
„Üniversitelerden gönderilecek raporların değerlendirileceği ve ‘Center of Excellence’ sayılabilecek
üst düzeyde çalıĢmaları olan bazı Birimlere destek verileceği belirtilmiĢtir (Ek 7). Bu kapsamda,
ODTÜ‟de kurulacak Mükemmeliyet Merkezlerinden birinin ‘Biyoteknoloji’ alanında olması
önerilmiĢtir. 22 Temmuz 1988 tarihli ve o dönemde ODTÜ Rektörü olan Prof. Dr. Ömer Saatçioğlu
tarafından Biyoloji Bölüm BaĢkanı olan Doç. Dr. Vasıf Hasırcı‟ya gönderilen ileti, TÜBĠTAK‟ın bu
çalıĢmasını ve o dönem Fen Bilimleri Enstitüsü Müdürü olan Prof. Dr. Alpay Ankara
koordinatörlüğünde, ‘Genetik, Enzim ve Mikrobiyal İşlemler, ve Ayırma İşlemleri’ birimlerini içeren
„Biyoteknoloji Merkezi’ kurulması önerisini içermektedir (Ek 8).
ODTÜ ve Darmstadt Teknik Üniversiteleri arasındaki iĢbirliği neticesinde temelleri atılan
„Biyoteknoloji AraĢtırma Birimi‟ 1988 yılında tamamlanmıĢ, proje çerçevsinde alınan cihazlar bu
binaya taĢınmıĢtır. Konu, 17-23 Nisan 2000 tarihli ODTÜ 'Bu Hafta' gazetesinde haber olarak
çıkmıĢtır (Ek 9). 2 Ocak 1989 tarihinde, Biyoloji Bölümünde yürütülen „Biyoteknoloji Projesi’ ve
yapılan ‘ek bina’ hakkında görüĢme yapmak üzere o zamanki Biyoloji Bölüm BaĢkanı Doç. Dr.
Aykut Kence, proje yürütücüsü Doç. Dr. Vasıf Hasırcı‟ya bir ileti göndermiĢtir. (Ek 10).
1998-1999 yıllarında, Biyoloji Bölümünün içinde „Genetik Mühendisliği’ alanında çalıĢan Biyoloji
Bölümü öğretim üyelerinin aktivitelerini belirten bir rapor hazırlanmıĢtır. Bu raporda, Darmstadt ile
yürütülen projelerin yanı sıra, ilgili bölüm üyelerinin makaleleri, yürüttükleri tez çalıĢmaları,
katıldıkları konferanslar ve yaptıkları projeler verilmiĢtir. Bu belgede, 1983 yılında Dr.
3
Alaeddinoğlu‟nun ‘Industrial Aspects of Biochemistry and Genetics’ baĢlığında bir NATO yaz okulu
ve 1988 yılının Haziran ayında Dr. Hasırcı‟nın ‘Biyoteknoloji Simpozyumu düzenlediği
belirtilmektedir (Ek 11). NATO yaz okulu ile ilgili olarak 5.8.1983 tarihli Milliyet gazetesi küpürüde
bu yazıya eklenmiĢtir.
1988 yılında Fen-Edebiyat Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Tuğmaç Sayraç‟ın 5 Eylül 1988 tarihli yazısı ile
Biyoloji Bölüm BaĢkanı Doç. Dr. Vasıf Hasırcı‟ya gönderdiği raporda, 1983 tarihinden itibaren,
ODTÜ Fen-Edebiyat Fakültesinin değiĢik birimleri ile Darmstadt Teknik Üniversitesi arasında
baĢlayan ve aktif olarak yürütülen çalıĢmalar, özetlenmiĢtir (Ek 12).
Biyoteknoloji Projesi, Biyoteknoloji Araştırma Birimi ve Biyoteknoloji Merkezi Ģeklinde değiĢik
olgular geliĢirken ve bu konularda yapılan çalıĢmalar devam ederken, diğer taraftan da ‘Biyoteknoloji
Anabilim Dalı’ kurmanın önemi gündeme gelmiĢtir. Güncel ve teknolojik bilgi sahibi yaratıcı
öğrencilerin yetiĢmesinin sağlanabilmesi için, disiplinlerarası ve Fen Bilimleri Enstitüsüne bağlı olan
„Biyoteknoloji Yüksek Lisans Programı’ baĢlamıĢtır. Biyoteknoloji Programı‟na katkı veren beĢ
bölüm (Biyoloji, Kimya, Gıda, Çevre ve Kimya Mühendisliği) olmuĢtur. O dönem hazırlanan „Ders
Listesi‟ bu beĢ bölümden öğretim üyelerinin verecekleri ve öğrencilerin alabilecekleri dersleri
içermektedir (Ek 13).
Biyoteknoloji EABD BaĢkanı Doç. Dr. Faruk Bozoğlu tarafından gönderilen, 20 Eylül 1989 tarihli
ileti ile 1989-1990 öğretim döneminde Biyoteknoloji EABD programına 5 öğrencinin kabul edildiği
bildirilmiĢtir. Ayrıca, aynı iletide, bir önceki dönemden devam eden 8 öğrencinin ders
yükümlülüklerini görüĢmek üzere 25.9.1989 tarihinde toplantı yapılacağı belirtilmiĢtir (Ek 14).
25.9.1989 Tarihinde yapılan „Biyoteknoloji EABD Toplantısı‟nda, ders programlarının yanı sıra, bir
„Yürütücü Komite - Steering Committee‟ kurulması ve içinde katkı veren bölümlerden elemanların
bulunması, Bölüm baĢkanlığının her sene farklı bir Bölüm elemanına geçmesi ve „Rotasyona
bağlanması‟, asistan ve teknisyen gereksinimi, ortak proje oluĢturulması gibi konularda görüĢler
belirtilmiĢ ve tartıĢılmıĢtır.
1993 yılında 15 sayfa olarak hazırlanan „1992-1993 Ders yılı Akademik Faaliyet Raporu’nda, o
dönemdeki „Yürütücü Komite‟ üyeleri, ders programları, yüksek lisans ve doktora öğrencilerinin
alabilecekleri dersler, kayıtlı öğrenciler, her bölümden programa katkı veren öğretim üyeleri ve
yürütülmekte olan projeler hakkında bilgi verilmiĢtir (Ek 15).
25. Yılını baĢarıyla geride bırakan Biyoteknoloji Anabilim Dalına, 1989 tarihinden bu güne kadar çok
sayıda öğretim üyesi BaĢkanlık yapmıĢtır. Önceleri her yıl değiĢen Bölüm BaĢkanlığının, daha sonra 2
yılda bir değiĢmesi kabul edilmiĢtir. Bu güne kadar 17 dönem Biyoteknoloji EABD BaĢkanlığı
yapılmıĢtır. Bölüme, değerli çalıĢmaları ile katkı veren öğretim üyelerimizin bir kısmı emekli
olmuĢtur. Bazı öğretim üyelerimiz kurum değiĢtirmiĢ ve baĢka kuruluĢlarda çalıĢmalarını devam
4
ettirmektedir, bazı üyelerimiz ise vefat etmiĢtir. Her bir üyemizin verdiği emek çok büyüktür ve
Ģükranla anılmaktadır.
ġu an için Biyoteknoloji EABD‟na katkı veren 54 öğretim üyesi bulunmaktadır. 1989 tarihinden
itibaren Biyoteknoloji Bölümüne kayıtlı 277 Yüksek Lisans ve 136 Doktora öğrencisi olmuĢtur.
Mezunlarımızın sayısı da her yıl artmıĢtır. Ġlk Yüksek Lisans mezunumuz 1991 yılında diplomasını
alan Sadiye Birep Aygün ve ilk Doktora mezunumuz 1997 yılında diplomasını alan Kezban
Ulubayram olmuĢtur.
ODTÜ Biyoteknoloji Bölümünden, bu güne kadar 234 yüksek lisans ve 85 doktora olmak üzere
toplam 319 öğrencimiz mezun olmuĢtur. ġu anda da kayıtlı olarak 43 yüksek lisans ve 51 doktora
(toplam 94) öğrencimiz bulunmaktadır. Bölümümüz, en eski disiplinler arası program olarak
ODTÜ‟de aynı zamanda en çok öğrenci yetiĢtiren EABD da olmuĢtur. Önümüzdeki yıllarda bu sayılar
daha da artacaktır. Mezunlarımız ve öğrencilerimiz, gerek akademik yaĢamda gerekse sanayi
dallarında gösterdikleri ve gösterecekleri baĢarılar ile gurur kaynağımız olmaya devam edeceklerdir.
Bölüm öğrencilerimizin yapmıĢ oldukları araĢtırmalar, gerek yurt içi ve gerek yurt dıĢı bilimsel
dergilerde yayınlanmıĢ, konferanslarda sunulmuĢ ve bazı çalıĢmalar ‘en iyi tez’, 'en iyi sunum' ya da
‘en iyi poster’ ödüllerine layık görülmüĢtür. Öğretim üyelerimizin de çabaları benzeri Ģekilde çok
sayıda ödülle takdir görmüĢtür. Yıllar içinde mezunlarımıza ait yayınların sayısı çok artmıĢtır.
Biyoteknoloji EABD‟na Ģu anda destek veren 8 bölüm ve 55 öğretim üyesi bulunmaktadır. Öğretim
üyelerimizin ODTÜ internet sayfalarından alınan bilgileri kendi onayları ile bu kitaba eklenmiĢtir. Bu
bilgilerin dıĢında, bazı öğretim üyelerimize ait ve belli bir amaca yönelik kurulan Merkez ve Grup
çalıĢmaları ile ilgili bilgiler ve ayrıca bazı üyelerimiz tarafından gönderilen bireysel çalıĢma alanları
ile ilgili bilgiler elinizdeki kitaba eklenmiĢtir.
Bölüm öğretim üyelerimiz, gerek Türkiye‟de gerekse Uluslararası platformlarda Bölümü‟müzün adını
baĢarı ile temsil etmiĢlerdir etmeye devam etmektedirler. Bundan sonrada yapılacak çalıĢmaların çok
baĢarılı devam edeceğine ve Uluslararası platformlarda her zaman olduğu gibi Bölümümüzün
ağırlığını koruyacağına inanmaktayız.
2014'te kuruluĢunun 25. Yılını kutlayan Biyoteknoloji Bölümü’ne, bu süre içinde katkıda bulunan ve
bundan sonra da her türlü katkıyı yapacağına inandığımız tüm paydaĢlarımıza, öğretim üyelerimize,
mezunlarımıza, öğrencilerimize, personelimize ve bizleri her zaman destekleyen Fen Bilimleri
Enstitüsü Müdür ve Yöneticilerine ve özellikle de Rektörlüğümüze en derin teĢekkürlerimizi sunarız.
Biyoteknoloji Yürütme Komitesi adına,
Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
5
ÖĞRENCİ LİSTELERİ
DOKTORA MEZUNLARIMIZ
YEAR
STUDENT
THESIS TITLES
1997
28.11.97
KEZBAN ULUBAYRAM
EGF Containinig Wound Dressing Materials
1998
10.09.98
FARZIN ROUHVAND
PCR-based isolation, cloning and expression of streptokinase gene from a
group C streptococcus equisimilis in E.Coli
09.07.99
ÜLKÜ BAYKAL
Synthesis and antisense activities of DNA oligomers with hydrolytically active
sites
14.07.99
ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU
Purification and characterization of bacteriocins produced by pediococcus
acidilactici and pediococcus pentosaceus
28.10.99
OSMAN ÇATALOLUK
PCR amplication, cloning and sequencing of the gene coding for Salivaricin B
and partial characterisation of the bacteriocin produced by lactobacillus
salivarius M7
04.08.00
MEHRZAD MAHMOUDIAN
Optimisation of tissue culture conditions and gene tarnsfer studies in lentil
08.09.00
BÜLENT İÇGEN
Characterization of local Salmonella enteritidis isolates of chicken, egg and
human origin
28.09.00
AYTEN YAZGAN
Molecular biology and genetics of dipeptide biosynthesis : the system is an
essential component of quorum sensing global regulation
06.11.00
ERDOĞAN EŞREF HAKKI
A novel method for developing microsatellite markers and sequence analysis of
wheat disease resistance gene analogs
08.01.01
EMEL BANU BAL
Genetic relationship analysis of bead wheat varieties by using simple sequence
repeat markers
19.01.01
CİHAN HALICIGİL
Biochemical characterization of N-methylcarbamate pesticide biodegradation
by an methylotropic isolate
19.01.01
FATMA NEŞE KÖK
Construction of an acetylcholinesterase-choline oxidase biosensor for the
determination of aldicarb
08.06.01
FÜSUN EYİDOĞAN
Genetic manipulation of tobacco against osmotic stress via proline
overproduction
03.07.01
ERKAN TÜRKER BARAN
Increase of asparaginase in vivo half life by encapsulation and surface
modification
16.08.01
DİLEK KESKİN
Controlled release of pain relievers for the alleviation of chronic pain
28.08.01
AYŞEN TEZCANER
Tissue engineered retinal pigment epithelium
18.01.02
FAHRİYE ERTUĞRUL
Studies on the development of osmotic stress resistant wheat (Triticum
aestivum L.) by introducing aldose reductase gene through particle
borbardment
18.01.02
GAMZE TORUN
Bone tissue generation on biodegradable polymeric scaffolds
07.03.02
TAMAY ŞEKER
Trehalose and glycogen metabolism of ger1 mutants of saccharomyces
cerevisiae
1999
2000
2001
2002
6
2002
2003
2004
2005
2006
19.08.02
MELEK ÖZKAN
Cloning, sequencing and expression of L-lactate dehydrogenase gene from
clostridium thermocellum and isolation, characterization and transformation of
various cellulolytic, thermophilic, ethanol-producing bacteria
19.08.02
SEDEF TUNCA
Cloning, characterization and heterologous expression of the aspartokinase
and aspartate semialdehyde dehydrogenase genes from the cephamycin C
producer streptomyces clavuligerus
22.08.02
HATİCE BİLGİÇ
Genetic relationship of wild and primitive wheat species from Turkey based on
microsatellite markers and ancient DNA analysis
15.11.02
GÜLSÜM ÖZTÜRK
Calixarene based artificial metalloenzyme and fluorescent sensor for soft-metal
cations
28.01.03
ASLI MUVAFFAK
Controlled release systems for anticancer drugs and drug targeting in cancer
therapy
31.01.03
NOSHIN ASGHARI
Complete microbial degration of aldicarb
31.07.03
TAREK ELBASHITI
Trehalose metabolism in wheat and identification of trehalose metabolizing
enzymes under abiotic stress conditions
30.01.04
ŞEYDA AÇAR
Biochemical and genetic studies on the pyruvate branch point enzymes of
rhizopus oryzae
02.06.04
MUSTAFA CAN ATALAY
Multidrug resistance in logally advanced breast cancer
01.09.04
ELİF ASUMAN KORKUSUZ
Domestic wastewater treatment in pilot-scale constructed wetlands
implemented in the Middle East Technical University
21.03.05
ÇAĞATAY CEYLAN
The evaluation of high hydrostatic pressure effects on bovine blood
constituents and the microbial survival
29.08.05
FİGEN YILDIRIM
Elucidation of r gene mediated yellow rust disease resistance mechanism in
wheat by dual bait yeast two-hybrid analysis
30.12.05
YAVUZ ÖZTÜRK
Characterisation of the genetically modified cytochrome systems and their
application to biohydrogen production in rhodobacter capsulatus
26.09.06
HALİL DÜNDAR
Characterization and purification of a bacteriocin produced by Leuconostoc
mesenteroides subsp. cremoris
19.10.06
ADNAN AL-ASBAHİ
Identification and cloning of genes induced and / or repressed upon treatments
of wheat plants (avocet s) with BTH, BABA and Trichoderma Harzianum Raifi
KRL-AG2
01.11.06
AYŞEGÜL ERSAYIN YAŞINOK
An investigation of bacterial and fungal xylanolytic systems
29.01.07
OSMAN BOZKURT
Determination of genes involved in the yellow rust disease of wheat
24.07.07
ALİ OĞUZ BÜYÜKKİLECİ
Investigation of sugar metabolism in rhizopus oryzae
03.09.07
M.DİLEK AVŞAROĞLU
Isolation, molecular characterization of food-borne drug resistant salmonella
spp. and detection of class 1 integrons
05.12.07
GÖKHAN DURUKSU
Expression and analysis of Endo Beta-1,4-Mannanase of Aspergillus Fumigatus
in heterologous hosts
28.01.08
ÖZLEM AK
Xylooligosaccharide production from cotton and sunflower stalks
05.02.08
BAŞAR UYAR
Hydrogen production by microorganisms in solar bioreactor
2007
2008
7
17.03.08
UFUK ÇELİKKOL AKÇAY
Regeneration of lentil (lens culinaris medik) and genetic transformation by
using agrobacterium tumefaciens-mediated gene transfer
31.07.08
TURGAY ÜNVER
Detection and characterization of plant genes involved in various biotic and
abiotic stress conditions using ddrt-pcr and isolation of interacting proteins
08.10.08
GÖKHAN KARS
Improvement of biohydrogen production by genetic manipulations in
rhodobacter sphaeroides O.U.001
19.12.08
MELTEM DEMİREL KARS
Molecular mechanisms of vincristine and paclitaxel resistance in mcf-7 cell line
30.12.08
HALİME KENAR
3d patterned cardiac tissue construct formation using biodegradable materials
19.01.09
PERUZE AYHAN
Novel bioconversion reactions for the syntheses of a-hydroxy ketones
26.01.09
DENİZ YÜCEL
Stem cell based nerve tissue engineering on guided constructs
13.02.09
ÖZLEM DARCANSOY İŞERİ
Investigation of docetaxel and doxorubicin resistance in mcf-7 breast
carcinoma cell line
02.03.09
ŞAZİYE BETÜL SOPACI
Microorganism mediated stereoselective bio-oxidation and bio-hydrogenation
reactions and thiamine pyrophosphate dependent enzyme catalyzed
enantioselective acyloin reactions
10.07.09
PINAR ZORLUTUNA
Nanopatterned tubular collagen scaffolds for vascular tissue engineering
04.09.09
GÜLSÜM EBRU ÖZER UYAR
Cloning and characterization of trehalose-6-phosphate synthase gene from
rhizopus oryzae
28.09.09
PINAR YILGÖR
Sequential growth factor delivery from polymeric scaffolds for bone tissue
engineering
07.01.10
YONCA YÜZÜGÜLLÜ
Functional and structural analysis of catalase-phenol oxidase from scytalidium
thermophilum
09.06.10
HOUMAN JABBARI FARHOUD
Development of PCR methods for detection and quantification of genetically
modified maize
22.06.10
AYTAÇ KOCABAŞ
Co-production of xylanase and itaconic acid by aspergillus terreus nrrl 1960 on
agricultural biomass and biochemical characterization of xylanase
15.07.10
ERKİN AYDIN
Biodegradable polymer - hydroxyapatite nanocomposites for bone plate
applıcations
03.09.10
NANSALMAA AMARSAIKHAN
The role of the cross pathway control protein in the stress response and
adaptation of aspergillus species to antifungals
17.12.10
FATMA BESTE KINIKOĞLU
Tissue engineering of full-thickness human oral mucosa
24.01.11
GÖZDE KERMAN
The effect of strontium-containing silicon-doped hydroxyapatite ceramics on
bone defect healing
03.02.11
BİLGİN TAŞKIN
Selective quantification of viable Escherichia Coli cells in biosolids upon
propidium monoazide treatment by quantitative PCR
11.02.11
KAMAL ELKAHLOUT
Phototrophic hydrogen production by agar-immobilized Rhodobacter
capsulatus
14.03.11
PEMBEGÜL UYAR
Investigation of chemopreventive and apoptotic characteristics of turkish
medicinal plant rheum ribes
2008
2009
2010
2011
8
2011
10.06.11
GÜLDEN AVCI
Analysis of phenol oxidation products by scytalidium thermophilum
bifunctional catalase/phenol oxidase (catpo)
28.07.11
ALBANA NDREU
Electrospun nanofibrous scaffolds for tissue engineering
12.09.11
HAMDİ KAMÇI
Genetic transformation of lentil ( Lens culinaris m. cv.Sultan.1) with a
transcription factor regulator (MBF1c) and analysis of transgenic plants
14.09.11
AYSEL KIZILTAY
Biodegradable poly (ester-urethane) scaffolds for bone tissue engineering
16.09.11
ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ
In vitro selection of DNA aptamers to glioblastoma multiforme
09.02.12
ASLI ERDOĞ
Characterization of liposomal celecoxib formulation as a drug delivery system
in colorectal cancer cell lines
10.02.12
MEHMET TUFAN ÖZ
Microarray based expression profiling of barley under boron stress and cloning
of 3H boron tolerance gene
13.03.12
CEREN AKSOY
Characterization and identification of human mesenchymal stem cells at
molecular level
26.06.12
ESRA UÇKUN KIRAN
Developing value-added products from agricultural and biorefinery by-products
using biological strategies
25.07.12
KURTULUŞ GÖKDUMAN
The Development of molecular genetic tools for detection of Salmonella
pathogen
14.09.12
SÜMEYRA GÜRKÖK
Heterologous expression, characterization, and optimization of production of
alpha-galactosidase from aspergillus fumigatus in aspergillus sojae
21.06.13
KUBİLAY YILDIRIM
Transcriptional and physiological responses to drought stress in Populus nigra
L.
04.09.13
GÖZDE ÜNSOY
The Synthesis and characterization of doxorubicin and bortezomib loaded
magnetic nanoparticles for targeting tumor cells
04.09.13
ROUHOLLAH KHODADUST
The Preparation and characterization of dendrimer coated magnetic
nanoparticles for targeted cancer therapy
17.09.13
BURÇAK KOCUKLU
Deletion mutagenesis of fusarium graminearum nrrl 2903 galactose oxidase in
escherichia coli to study structure-function relations and for prospective
biosensor applications
20.09.13
EDA ALAGÖZ
Screening of the putative hexokinase genes from rhizopus oryzae
23.09.13
ERİNÇ BAHÇEGÜL
Effect of biomass pretreatment conditions on the glucose and biodegradable
film production from lignocellulosic wastes
27.09.13
ARDA BÜYÜKSUNGUR
Bioactive agents carrying quantum dot labeled liposomes
07.02.14
CEYHUN KAYIHAN
Physiological, biochemical and molecular analysis of wheat cultivars under
boron treatments
10.04.14
DOMINIC DEO ANDROGA
Modeling and simulation of photobioreactors for biological hydrogen
production
11.04.14
NADER ALIPOUR GHORBANI
Genomic characterization of pseudomonas aeruginosa clinical isolates by
pulsed field gel electrophoresis method
05.09.14
CEREN BAYRAÇ
Generation Of Aptamer Against Salmonella Serovar Entitidis And Development
Of Aptamer-Based Capillary Biosensor
2012
2013
2014
9
YÜKSEK LİSANS MEZUNLARIMIZ
YEAR
STUDENT
1991 06.09.91 SADİYE BİREP AYGÜN
05.02.92 VOLKAN SEYRANTEPE
1992 07.02.92 FARZIN ROUHVAND
THESIS TITLES
Microbial utilization of chlorinated hydrocarbons.
Introduction of callus from P.somniferum and P.orientale in vitro conditions
Transformation of saccharomyces cerevisiae with a shuttle vector plasmid
DNA from E.Coli by electroporation.
03.12.92 GÜLHAYAT ALTAY
Genetic studies on bacteriocin producing lactic acid bacteria
10.09.93 NOSHIN ASGHARI
Microbial degradation of temik aldicarb
1993 10.09.93 RAMIN DARVARI
Controlled release of 2', 7'-dichlorofluorescein and aldicarb from car
boxymethyl cellulose microspheres
30.12.93 AYTEN YAZGAN
Studies on heavy metal resistance system and accumulation of metals in
Kluyveroyces marxianus.
08.04.94 EZGİ MUALLA ERGİN
Pseudomonas aeruginosa ses-938-1 elastase: isolation, microbiological and
biochemical characterizations.
07.06.94 BÜLENT İÇGEN
Characterization of various Rhizobium cicer strains and assessment of their
symbiotic effectiveness.
09.09.94 ŞERİFE ESRA ERDAL
Phsiological and genetical aspects of Rhizobium cicer-chickpea.
01.12.94 AYŞEN TEZCANER
Structural stability of libosomes and the influence of constituents.
16.01.95 ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU
Isolation, identification and characterization of non-starter microorganizms
form Turkish Casher Cheese
27.01.95 ÜLKÜ BAYKAL
Interaction of vitamin E with cholesterol-containing phospholid model
membranes:An FTIR study.
27.01.95 CİHAN HALICIGİL
Aldicarb biodegradation by soil bacteria.
1994
1995 27.01.95 MEHRZAD MAHMOUDIAN
Agrobacterium mediated gene transfer in tobacco.
15.09.95 TÜZÜN ARIK
Production of hydrogen by rhodobacter sphaeroides O.U. 001.
05.10.95 FÜSUN EYİDOĞAN
Characterization of superoxide dismustase isoenzmyes in Turkish wheat
varieties under different stress conditions.
28.12.95 BANU KAYA
Hydrogen gas production by halobacterium halobium coupled to escherichia
coli in a photobioreactor.
26.01.96 YELDA ÜNAL
Increase of alpha amylase production of aspergllus oryzae by electroporation.
13.09.96 AYŞE MELTEM MAVİTUNA
Effect of auxin-like plant growth regulators on salt stressed wheat varieties.
13.09.96 GAMZE TORUN
Changing the liposomal surface properties by means of low molecular weigth
heparin.
1996
10
24.01.97 BEKLAN GÜRKAN
Studies on the long term memory of bacteriorhodopsin.
27.01.97 MELEK ÖZKAN
Optimization study on antidipteran (cryiv- type) toxin production.
28.01.97 FAHRİYE ERTUĞRUL
Effects of cell cycle regulatory genes on the utilization of histone H3/H4
promoters in alfaalfa and maize protoplasts.
29.01.97 PELİN KARAKAYA
Effect of filter media and backwash on biomass retention and soluble
substrate removal in biologically active rapid filters.
29.01.97 PERVİN KATMER
Assessment of toxicity and biogdegredability of pulping effluents to microbial
treatment community by electrolytic respirometry.
31.01.97 AYSU GÜNAL
Overproduction of neutral protease in Bacillus subtilis.
31.01.97 FATMA NEŞE KÖK
Control of aldicarb concentration in the environment via use of
carboximethyl cellulose microspheres: A two-pronged biotechnological
approach.
1997 31.01.97 SEDEF TUNCA
Mutational programming of bacillus subtilis: overproduction of alfa-amylase.
29.04.97 NESLİHAN PARLAKGÖZ
Heavy metal biosorption by phanerochaete chrysosporium.
31.07.97 GÜROL MEHMET SÜEL
Cloning and sequencing of a PCR amplicon of a novel dehalogenase gene
from pseudomonas Sp.Strain SEC896
11.08.97 ÖZLEM AK
Production, Purification and characterization of chitosanase from Penicillium
spinulosum
11.08.97 FATOŞ DOĞANEL POLAT
Enantioselective biotransformation of acetoxy ketones to chiral a-hydroxy
derivatives by using Rhizopus Oryzae
11.09.97 BANU ARUN
Construction of a glucose oxidase-catalase bioreactor by employing pHEMAEGDMA microspheres
11.09.97 DİLEK KESKİN
Antibiotic release from biodegradable microbial polyesters
12.09.97 ERDOĞAN EŞREF HAKKI
Amplification and isolation of a fragment of lactate dehydrogenase gene
from Rhizopus Oryzae using RT-PCR
21.08.98 FÜSUN TÜRESİN
Controlled release of antibiotics from biodegradable Polyhydroxyalkanoate
implants for the treatment of osteomyelitis
11.12.98 ORKUN BAŞARIR
Mutagenesis on the aspergillus oryzae a- Amylase gene promoter
28.01.99 GÖKHAN TOLUN
Characterization of Aspergillus oryzae transformed with a plasmid carrying aAmylase gene
29.04.99 HALİL DÜNDAR
Utilization of lignocellulosic compounds for the production of cellulases by
Torula thermophila
29.04.99 RIFAT AYKUT ÖZER
Subcloning and expression of Bacillus amyloliquefaciens alpha-amylase gene
in Lactobacillus plantarum
1998
1999
25.06.99
FİKRİYE ZEYNEP
GÜMÜŞYAZICI
Synthesis of polyhydroxybutyrate and its copolymers by alcaligenes latus and
alcaligenes eutrophus
31.08.99 DENİZ ÖZGÜR YİĞİT
Identification of by-products in hydrogen producing bacteria; Rhodobacter
sphaeroides O.U. 001 grown in waste water of a sugar refinery
10.09.99 ALAADDİN BULAK ARPAT
F-F progeny analysis of herbicide resistant transgenic tobacco plant
11
28.01.00 FERDA GÜVENÇ
Partial purification and characterization of b-1,4-endoxylanase from Rhizopus
oryzae
03.02.00 ÖZLEM ÜNVER
Molecular dynamics of pig citrate synthase
04.02.00 B.ŞEBNEM YAVAŞÇAOĞLU
Optimization of fermentation conditions for the production of xylanases from
Rhizopus oryzae
28.04.00 KEREM BORA
Hydrogen gas production by Escherichia coli in a bioreactor
12.06.00 FATMA NİHAN AKA
Novel reagents for mild and selective hydrolysis of phosphodiester linkages
23.06.00 ZEYNEP AKYOL
Isolation and biochemical characterization of a-Amylase inhibitor from
common bean (Phaseolus vulgaris L.)
06.07.00 BUĞÇE ALBAYRAK
Controlled release of insulin from chitosan microspheres
31.07.00 CEREN NUR BAKİ
A novel calixarene based fluorescent chemosensor for pH
2000 01.08.00 İREM KARAMOLLAOĞLU
2001
Agrobacterium-mediated genetic transformation and microtuberization of
potato (solanum tuberosum L.)
08.09.00 HAYRİYE DURU
The effects of nisin combined with edta and hydrogen peroxide on
salmonella enteritidis in liquid whole EGG
08.09.00 AYŞEGÜL ERSAYIN YAŞINOK
Biochemical characterization of R.oryzae xylanase and heterologous probe
preparation from T. reesei
08.09.00 ÇİĞDEM ÖZCANGAZ
Characterization of lactic isolates from Turkish, sourdough and interaction of
these with yeast
08.09.00 ŞAZİYE BETÜL SOPACI
Southern analysis of Torula Thermophila genome for the multiplicity of
cellulase genes
08.09.00 FİRDEVS YALÇIN
Characterization of bacterial isolates from salt lake
18.09.00 EBRU AKSU
Gelatin sponges as wound dressing materials
28.11.00 SENEM ŞİMŞEK
Multidrug resistance in chronic lymphocytic leukemia
08.12.00 BANU AVCIOĞLU DÜNDAR
Screening of soil microorganisms to isolate xylanase producers
07.05.01 YAVUZ ÖZTÜRK
Construction and analysis of a soluble version of the membrane-attached
cytochrome Cy in Rhodobacter capsulatus
18.05.01 AYLA ARSLAN
Partial purification and kinetic characterization of L-lactate dehydrogenase
from Rhizopus oryzae
29.06.01 DENİZ ÖZASLAN
Methomyl utilisation by methylotrophic bacteria
03.07.01 AYÇA DOĞAN
The effects of gamma irradiation on hazelnut tissue at molecular level by
fourier transform infrared spectroscopy
04.09.01 FİGEN YILDIRIM
AFLP markers in molecular characterization and genetic relationship analysis
of Triticum SSP.In Turkey and bulk segregant analysis for determination of
linked yellow rust resistance marker
12
2001
06.09.01 ÇAĞLA ALTUN
Genetic transformation of tobacco with HS1(PRO1) gene and evaluation of
nematode resistance in transgenic plants
14.09.01 BANU EYÜBOĞLU
Production and characterization of a thermostable xylanase from a
thermophilic soil bacterium
25.09.01 RAHŞAN NESLİHANOĞLU
Synthese of bioactive compounds using biotechnological methods: fungal
culture mediated syntheses of chiral a-hydroxy ketones and diols
27.09.01 KUTLU GÖKSU ELPEK
Molecular characterization of multi-drug resistant salmonella isolates in
Turkey
05.12.01
KADRİ KIVANÇ
YARANGÜMELİ
optimization of culture conditions for scytalidium thermophilum
endoglucanase production on lignocellulosic biomass
21.12.01 İPEK ZEYNEP DURUSU
Optimization of in vitro regeneration of Turkish wheat cultivars from
immature embryo and inflorescence explants
18.01.02 UFUK ÇELİKKOL AKÇAY
Optimization of an integrated bombardment and agrobacterium infiltration
based transformation system for lentil
18.01.02 KAMAL ELKAHLOUT
Effect of bacteriorhodopsin on hydrogen gas production by rhodobacter
sphaeroides O.U.001 in a photobioreactor
18.01.02 ALTAN TABANOĞLU
Hydrogen production by rhodobacter sphaeroides O.U.001 in a solar
bioreactor
18.04.02 GÜLSÜM EBRU ÖZER UYAR
Effect of different stress conditions on trehalose accumulation and
degradation in Rhizopus oryzae
04.07.02 SEMA DOĞA ÇAPANOĞLU
Fungus mediated biohydrogenation of carbonyl compounds
16.07.02 SÜLEYMAN COŞKUN
Biodegradable bone plates and bone marrow extract loaded microcapsules in
bone repair
02.08.02 PELİN MUTLU
Polymophism in the human MRP1 gene
08.08.02 BİRGÜL EREN ATAK
Biological phosphorus removal in Ni(II)containing synthetic wastewaters
15.08.02 ELİF UZ
Analysis of triticum monococcum ssp, boeoticum accessions distributed over
Turkey using aflp markers and assesment of polymorphism levels of newly
isolated ssr markers
28.08.02 YAVUZ BARBAROS
Differential screening to search for wheat genes activated in zinc involved
processes
28.08.02 OSMAN BOZKURT
Differential display of wheat mRNAs for the detection of yellow rust diase
resistance genes
03.09.02 GÖNÜL SEYİT
Cloning of alpha and beta subunit genes of 20s proteasome from
thermoplasma volcanium
06.09.02 SEÇİL ÇETİN
Cassette mutagenesis to identify the genes involved in quorum-sensing
pathway and bacilysin biosynthesis in bacillus subtilis
03.12.02 MİSKET HEPER
Sodium, calcium, ammonium, magnesium and hydrogen forms of zeolite Y
for the adsorption of glucose and fructose from aqueous solutions
06.01.03 AYSEL KIZILTAY
Gelatin based drug release systems for thalassaemia treatment
2002
2003 05.03.03 MOHAMED LAMİN SESAY
Investigation of solids residence time on sludge characteristics with specific
emphasis on extracellular polymers
13
28.04.03 SİBEL METE
Scytalidium thermophilum polyphenol oxidase : production and partial
characterization
15.07.03 M.DİLEK AVŞAROĞLU
Inactivation of lactococcal bacteriophages by high hydrostatic pressure ( HHP)
22.07.03 SUZAN BER
Collagen matrices for guided tissue engineering
30.07.03 ERHAN ASTARCI
Production and biochemical characterization of polyphenol oxidase from
thermomyces lanuginosus
31.07.03 SİBEL ÇINAR
Poly(N-vinyl 2- pyrrolidone) based hydrogels for the delivery of bioactive
species
22.08.03 MİNE TÜRKTAŞ
Investigation of wheat genes involved in zinc efficiency mechanism using
differential display technique
05.09.03 YASEMİN AKTAŞ
Identification of the genes involved in phytosiderophore" synthesis and metal
ion uptake in wheat using RT-PCR
05.09.03 HALİME KENAR
In vitro bone tissue engineering on patterned biodegradable polyester blends
05.09.03 MEHMET SOMEL
Characterisation of DNA from archaelogical wheat (Triticum L.) seeds from
Anatolia
05.09.03 DENİZ YÜCEL
Construction of a choline oxidase biosensor
29.01.04 ÇAĞLAR ÇEKİÇ
Cloning, expression and sequencing of citrate synthase from thermoplasma
volcanium
30.03.04 MUAMMER ÖZGÜR ÇEVİK
Effect of neuropeptide-y (NPY) on bone metabolism as a neuromediator
30.04.04 HAYRİYE ÖZÇELİK
Productivity Analyses in Fermentations with Three Different Biolarvacides
23.06.04 SELİN ZAİMOĞLU
Inhibitory effects of plant originated extracts on bovine lens aldose reductase
28.06.04 OYA AKÇELİK
Charaterization and indentification of bacteriocins from two lactococcus
lactis subs lactis strains
02.07.04 BETÜL DEÇANİ
Extension of flower longevity in transgenic plants via antisense blockage of
ethylene bıosynthesis
16.07.04 NİHAD YAQUBOV
The effects of thidiazuron on callus development and organogenesis from
mature embryos of selected Turkish bread and durum wheat varieties
21.07.04 IŞIN NUR CİCERALİ
Effect of salt stress on antioxidant defense systems of sensitive and
resistance cultivars of lentil(Lens culinaris M.)
2003
2004
02.09.04
CANDAN ZEYNEP
SÖNMEZALP
Detection of genetically modified insect resistant tomato via polymerase
chain reaction
02.09.04 GAMZE AYDIN
Detection of genetically modified maize via polymerase chain reaction
02.09.04 HÜMEYRA BAHÇECİ
Fatty acid methyl ester analysis of bacterşal isolates from salt lake, Turkey
and characterization of their extracellular enzymes
03.09.04 DİDEM DEMİRBAŞ
Optimization of Regeneration and Agrobacterium mediated transformation
of wheat (Triticum aestivum L.cv. Yüregir 89)
14
03.09.04 CEREN AKSOY
Identification of serotype specific dna marker for salmonella typhimurium by
rapd-pcr method
03.09.04 ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ
Optimization of a regeneration and transformation system for lentil (lens
culinaris M., cv. Sultan-I) cotyledonary petioles and epicotyls
03.09.04 HAMDİ KAMÇI
Optimisation of agrobacterium mediated gene transfer and micrografting
systems in lentil (lens culinaris medik)
03.09.04 YELDA KAPTAN
Utilization of Scytalidium thermophilum phenol oxidase in bioorganic
synthesis
08.09.04 HOUMAN JABBARI FARHOUD
Morphometric, mtdna and microsatellite analysis in honeybee populations
(apis mellifera L.) of north and northwest İran
16.12.04 FIRAT KARA
Release and characterization of beta-galactosidase from lactobacillus
plantarum
18.01.05 ABUBAKER MUWONGE
Detection of genetically modified potatoes by the polymerase chain reaction
27.01.05 PINAR ZORLUTUNA
Cornea engineering on biodegradable polyesters
28.01.05 ŞERİFE AYAZ
Development of a genetic material transfer approach for gene therapy
28.01.05 ZEYNEP AHSEN KOÇER
In vitro induction of growth and development of common juniper(Juniperus
communis L.) from shoot and bud explants
28.01.05 MEHMET TUFAN ÖZ
Optimization of selection conditions and agrobacterium mediated
transformation of chickpea (cicer arietinum L. cv. Gökçe)
28.01.05 OYA TAĞIT
Development and analysis of controlled release polymeric rods containing
vancomycin
25.07.05 BİLGİN TAŞKIN
Effect of homologous multiple copies of aspartokinase gene on cephamycin c
biosynthesis in streptomyces clavuligerus
01.08.05 GÖKÇEN EYÖVGE
Preparation and characterization of poly(d,l-lactide-co-glycolide)
microspheres for controlled release of anticancer drugs
02.09.05 EDA ALAGÖZ
Kınetic analysis of glucose-6-phosphate branch point in saccharomyces
cerevisiae
02.09.05 KURTULUŞ GÖKDUMAN
Effects of hydrogen peroxide bleaching on human dentin and enamel
microstructure and function
13.12.05 GÜLDEN AVCI
Molecular analysis of fungal laccase genes
13.12.05 BURÇAK KOCUKLU
Analysis of pro-peptide selfprocessing mechanism of galactose oxidase by
site-directed mutagenesis
18.01.06 GÖZDE ÜNSOY
Biochemical characterization of recombinant 20s proteasome from
thermoplasma volcanium and cloning of its vat gene
2004
2005
2006 23.01.06 FULYA KAYAGİL
Effect of traditional starter cultures on quality of cheese
27.01.06 TANER TUNCER
Transformation of tobacco (Nicotiana tabaccum) with antimicrobial pflp gene
and analysis of transgenic plants
17.07.06 SİNAN GÜVEN
Integrated biomimetic scaffolds for soft tissue engineering
15
2006
19.07.06 SUAT BORA YEŞİLTEPE
Studies on selective adsorption of aqueous glucose or fructose on various
cationic forms of Zeolite
17.08.06 ARDA BÜYÜKSUNGUR
Cloning and expression ofbenzaldehydelyase from Pseudomonas fluorescens
Biovar I in Pichia pastoris
04.09.06 NİHAL ENGİN VRANA
Collagen-based scaffolds for cornea tissue engineering
04.09.06 ARAZ ZEYNİYEV
Cephamycin C production by Streptomyces clavuligerus mutants impaired in
regulation of aspartokinase
30.01.07 ALBANA NDREU
Electrospun nanofibrous scaffolds for tissue engineering
02.02.07 DİDEM DEDEOĞLU
Purification and characterization of Hexokinase isoenzymes from Rhizopus
oryzae
02.02.07 SÜLEYMAN SARI
Development of helical tubular reactor for hydrogen producing
photosynthetic bacteria
05.02.07 UMUT DEMİRTAŞ
Fungi mediated enantioselective biohydrogenation of benzils to benzoins
20.04.07 EMRAH ALTıNDİŞ
Identification of the new immunogenic proteins of bordetella pertussis by
immunoproteomics
21.05.07 SELDA TÜRKOĞLU
Screening of tomato seeds for genetic modification and identification of
genetically modified ripening delayed tomato seeds
12.06.07 FADİME KARA MURDOCH
Investigation of sodium and potassium ions in relation to bioflocculation of
mixed culture microorganisms
05.07.07 CEYHUN KAYIHAN
Effect of cold stress on barley (hordeum vulgare L.) superoxide dismutase
isozyme activities and expression levels of cu/znsod gene
23.07.07 ALİYE SEDA YILMAZ
Compementation studies to identify genes with roles in zinc efficiency in
barley
07.09.07 ESRA UÇKUN KIRAN
Screening for genetically modified tomatoes & tomato seeds and
identification of CRY1AC and SAM-K specific modifications using gene and
construct specific PCR
19.09.07 FİTNAT BUKET BAŞMANAV
Sequential growth factor delivery from complexed microspheres for bone
tissue engineering
30.11.07 İLAY ÇELİK
Detection of differentially expressed genes upon compatible and
incompatible inoculation of wheat with yellow rust using suppression
subtractive hybridization (SSH)
30.11.07 DEMET DEMETÇİ
Preparation and evaluation of polymer based microcarriers for hydrophobic
anti-cancer drugs
18.12.07 ZEYNEP DUMAN
Polymerase chain reaction (pcr) for detection of borrelia burgdorferi sensu
lato
30.01.08 HACI EŞİYOK
Enantioselective chemoenzymatic synthesis of oseltamivir (tamiflu)(r)
intermediates
2007
2008 04.02.08 KUBİLAY YILDIRIM
Inheritance of wood specific gravity and its genetic correlation with growth
traits in young pinus brutia progenies
05.02.08 UMUT ERKILIÇ
Biotechnological modification of steroidal structures
07.02.08 OĞUZ BALCI
Affinity chromatographic purification of recombinant human growth
hormone
16
2008
07.02.08 MEHLİKA KARAMANLIOĞLU
Xylan-based biodegradable and wheat gluten-based antimicrobial film
production
08.02.08 ORHAN ÖZCAN
Medium development for production of bacillus thuringiensis based
biopesticides
12.05.08 NİHAN ÖZTÜRK
Thermoresponsive smart polymeric cell carriers of pnipan and elp for bone
tissue engineering
15.05.08 ÖZGE ŞENYURT
Development of paper type tyrosinase biosensor
05.09.08 İSMAİL ÖĞÜLÜR
The effects of twelve quorum-sensing gene products on the expression of
bacabcde operon in bacillus subtilis
18.03.09 BANU BAYYURT
Design of intelligent nanoparticles for use in controlled release
15.06.09 CEREN BAYRAÇ
The development of alkaline phosphatase based paper bioreporter for
evaluation of milk pasteurization
23.06.09 GÜLAY DAĞDAŞ
Functional analysis of a mirna putatively involved in powdery mildew disease
susceptibility in barley
23.06.09 YASİN FATİH DAĞDAŞ
Investigating the roles of micrornas in biotic stress responses and functional
characterization of a novel ztl-type f-box protein via virus induced gene
silencing
08.09.09 KRESHNIK BOZHANAJ
The effect of virus induced gene silencing of fas associated factor1 in
blumeria graminis infected barley
11.09.09 ERİNÇ BAHÇEGÜL
Preparation of biodegradable films from agricultural biomass
2009 11.09.09 ASUDE ÇALLAK KİRİŞÖZÜ
Molecular characterization of blumeria graminis f. sp. hordei using aflp
markers
11.09.09 BERNA KANKILIÇ
Vancomycin containing plla delivery system for bone tissue biocompatibility
and treatment of implant related chronic osteomyelitis
11.09.09 NEŞE ÖZGAZİ
Proteome analysis of blumeria graminis f. sp. hordei inoculated barley
02.12.09 MAHER DERNAIKA
Molecular characterization of strawberry by applying dna fingerprinting
technique using simple sequence repeats (ssrs) markers
10.12.09 GÜLSEREN PETEK ŞEN
Poly (Dl-Lactic-Co-Glycolic Acid) microparticles and synthetic peptide drug
conjugate for anti-cancer drug delivery
11.12.09 DİDEM CORAL
Studies on novel immunogenic proteins of Clostridium Chauvoei
11.12.09 HANDE SELAMOĞLU
high-level expression of hepatitis b surface antigen in pichia pastoris, its
purification and immunological characterization
11.01.10 AYŞE GİZEM SEBER
Preparation of antimicrobial films from agricultural biomass
18.01.10 UMUT ÇEKMEZ
Isolation of antimicrobial molecules from agricultural biomass and utilization
in xylan-based biodegradable films
2010 28.05.10 SAHRA UYGUN
Development of analysis methods for cry1ac and sam-k gene lines in tomato
using pcr and real-time pcr
15.06.10 SEZİN DAĞDEVİREN
Role of tnf-alpha in skeletal muscle atrophy in ovariectomized rats : an
experimental functional, histological and molecular biology study
17
28.06.10 PELİN SEVİNÇ
Kinetic analyses of the effects of temperature and light intensity on growth,
hydrogenm production and organic acid utilization by rhodobacter capsulatus
31.08.10 HATİCE TAŞPINAR
Exponential feeding strategy development for benzaldehyde lyase production
by recombinant "Escherichia coli"
06.09.10 ASENA GÜLŞAH PEKĞÖZ
Deletion mutation of GLNB and GLNK genes in rhodobacter capsulatus to
enhance biohydrogen production
15.09.10 MURAT KAVRUK
Development of acetylcholinesterase biosensor for the detection of
pesticides
15.09.10 GÜLİZ VANLI
Integration of clavaminate synthase 2 gene into the chromosome of an
industrial strain of Streptomyces Clavuligerus for enhanced clavulanic acid
production
17.09.10 CEREN AKSU
The role of calcium ion on activated sludge biochemical and physical
properties in phosphorus deficient growth medium
17.09.10 ABDULHAMİT BATTAL
Optimization of mature embryo based regeneration and genetic
transformation of Turkish wheat cultivars
17.09.10 EDA ÜNAL
Investigation of magnesium ions effect on sludge properties in phosphorus
deficient bioreactors
01.10.10 SENA CANSIZ
Development of a sandwich-type DNA array platform for the detection of
label-free oligonucleotide targets
01.10.10 FATMA GÜL
Development of an oligonucleotide based sandwich array platform for the
detection of transgenic elements from plant sources using labal-free PCR
products
28.01.11 LÜTFİYE YILDIZ
Isolation and characterization of Taq DNA polymerase and optimization and
validation of newly designed thermal cyclers
10.02.11 BARIŞ BOYLU
Genetic screening of Turkish wheat varieties for the durable resistance gene,
Lr34
10.02.11 ÖZGE KARADAŞ
Collagen scaffolds with in situ grown calcium phosphate for osteogenic
differentiation of wharton’s jelly and menstrual blood stem cells
15.09.11 ENDAM ÖZKAN
Photofermentative hydrogen production using dark fermentation effluent of
sugar beet thick juice by Rhodobacter Capsulatus
2010
2011 16.09.11 BİRSEN DEMİRBAĞ
2012
UV responsive drug delivery from suprofen incorporated liposomes
16.09.11 MÜGE ERKAN
Reactivation potential of indicator bacteria in anerobically digested sludges
after dewatering processes
16.09.11 ESEN SAYIN
In-vitro characterization of a novel cdte-cds/2mpa-dmsa quantum dot
21.09.11 IŞKIN KÖSE
Survival of probiotic microorganisms during storage after marketing
15.12.11 GÖKHAN BAHÇECİOĞLU
Poly(L-Lactic acid) (PLLA)-based meniscus tissue engineering
09.02.12 EMILIA EKENEL
Microarray applications for determination of the effects of emodin on breast
cancer cell lines
09.02.12 GÖZDE KUMAŞ
Detecting g-protein coupled receptor interactions using enhanced green
fluorescent protein reassembly
10.02.12 DAMLA ARSLANTUNALI
Multiwalled Carbon Nanotube- Poly(2-Hydroxyethyl Methacrylate)
Composite Conduitfor Peripheral Nerve Repair
18
2012
10.02.12 BEGÜM PEKSEL
Proteome analysis of hydrogen production mechanism of Rhodobacter
capsulatus grown on different growth conditions
07.06.12 RENGİN ERDEM
AG2S/2-MPA quantum dots; cytocompatibility and cellular iinternalization
15.06.12 FULYA EKİZ KANIK
Bioactive surface design based on conducting polymers and applications to
biosensors
19.07.12 BAHAR BOZKURT
Feeding strategy development for human growth hormone production by
Pichia pastoris
02.08.12 BAYANTES DAGVADORJ
Identification of proteins interacting with tagged-pathogen effector protein
in agro-delivered planta
02.08.12 İBRAHİM KUTAY ÖZTÜRK
Elucidation of the role of GCN2 gene in response to powdery mildew
infection
17.08.12 ÖZGE ATA AKYOL
Metabological engineering of Pichia Pastoris for extracellular thermostable
glucose isomerase production
12.09.12 BURCU GÜNDÜZ
Recombinant transglutaminase production by metabolically engineered
Pichia pastoris
14.09.12 GÖRKEM BAYSAL
Biological hydrogen production by using co-cultures of PNS bacteria
14.09.12 DERYA GÖKÇAY
Physiological and biochemical screeing of different Turkish Lentil (Lens
culinaris M.) cultivars under drought stress condition
14.09.12 FATMA SELİN KÖSE
Physiological and biochemical screening of different Turkish lentil cultivars
under salt stress conditions
13.11.12 YAĞMUR AKSOY
Bio-functional analysis of RAD23 gene using virus induced gene silencing
method in response to powdery mildew attack in Barley
20.12.12 SEÇİL YILMAZ
Manufacturing and analysis of thermal and chemical properties of potato
starch - gelatin biofilms
27.12.12 ALİ İNCEMEHMETOĞLU
Investigation the effects of different support medium on product with
nutrient film technique
17.01.13 AYLİN ACUN
Construction of a collagen-based, split thickness cornea substitute
15.07.13 BAHTİYAR YILMAZ
Optimization of piriformospora indica application and observation of
piriformospora indica induced disease resistance against various plant
pathogens in wheat and barley
02.09.13 İLKE SÜDER
Labeling and optimization of organelle markers for co-localization with yeast
GPCR dimers
04.09.13 TUĞBA DURSUN
Study on the influence of scaffold inner organization on the treatment of
spinal cord injury
2013 04.09.13 EVRİM ELÇİN
Panomycocin-incorporated chitosan-tpp nanoparticles : preparation,
characterization and in vitro determination of antifungal activity against
human dermatophytes
04.09.13 BERKE BİLGENUR KANDEMİR
PEI – starch nanoparticles for cancer gene therapy
20.09.13 AYŞE ANDAÇ
Investigation of subcellular localization of a yellow rust pathogen effector
candidate
20.09.13 AHMET ÇAĞLAR ÖZKETEN
Cloning, transformation and wheat infiltration assay of a puccinia striiformis
f. sp. tritici effector candidate
27.09.13 BURCU AKDAĞ
Investigation of thermostable recombinant glucose isomerase production by
sucrose utilizing escherichia coli
19
30.01.14 CEREN KAZANCI
Asymmetric synthesis of beta-hydroxy phoshponates via benzaldehyde lyase
catalyzed cross acyloin reactions
06.02.14 SENA YAMAN
A Comparative study for the production of recombinant intracellular glucose
isomerase by escherichia coli and pichia pastoris
07.02.14 ZEYNEP BARÇİN
Anti-parkinsonian drug delivery across the blood-brain barrier
07.02.14 MUSTAFA ÇİÇEK
Investigation on immunoprotectivity of recombinant vaccine candidates
glutamine-binding periplasmic protein and putative peptidoglycan-binding
protein in mouse model
16.06.14 BORA DURUL
Molecular Characterization Of Salmonella Isolates From Animals And Various
Foods
23.07.14 EMMANUEL OWUSU KYERE
Molecular Evaluation And Antimicrobial Susceptibility Testing Of Escherichia
Coli Isolates Collected From Various Food Products In Turkey
2014 24.07.14 ŞEBNEM GÜLEL
Probiotic And Molecular Characterization Of Lactobacillus Isolates From
Turkish Kefir
25.07.14 ECE BULUT
Subtyping Of Salmonella Isolated From Human And Animal Clinical Cases, As
Well As From Different Food Samples Using Pulsed-Field Gel Electrophoresis
(PFGE)
07.08.14 SİBEL ÖZTÜRK
Semi-Defined Medium Based Feeding Strategy Development For Human
Growth Hormone Production By Recombinant Bacillus Subtilis
04.09.14 SENEM HEPER
Controlled Doxorubicin Delivery From Photoresponsive Liposomes Carrying
Vitamin A Derivatives
05.09.14 ÖZGE AKTUNA
Optimization Of Hypericum Perforatum L Tissue Culture For Hypericin
Production
05.09.14 ŞEYMA ÜNSAL BEYGE
Design And Characterization Of 5-L Autoclavable Batch-Culture Bioreactor
16.09.14 BURÇE ÇİFÇİ
Synthesis Of Peptide Inhibitors For Matrix Metalloproteinase-2 And
Angiotensin Converting Enzyme
20
BĠYOTEKNOLOJĠ KAYITLI ÖĞRENCĠLER
DOKTORA
AYġE ANDAÇ
EZGĠ ANTMEN
DAMLA ARSLANTUNALI
ÖZGE ATA AKYOL
GÖKHAN BAHÇECĠOĞLU
OĞUZ BALCI
ABDULHAMĠT BATTAL
ORKUN CEVHEROĞLU
MUSTAFA ÇĠÇEK
BAYANTES DAGVADORJ
TANER DEHA DURMUġ
TUĞBA DURSUN
BORA DURUL
ĠPEK ZEYNEP DURUSU
GÖZDE EKE
FULYA EKĠZ KANIK
EVRĠM ELÇĠN
SAYIT MAHMUT ERDOĞAN
ERKAN FEHĠM ERGÜLEN
MÜGE ERKAN
AYTEN EROĞLU
DERYA GÖKÇAY
BURCU GÜNDÜZ ERGÜN
SENEM HEPER
BERNA KANKILIÇ
FADĠME KARA MURDOCH
MURAT KAVRUK
CEMĠLE KILIÇ
IġKIN KÖSE
ASLAN MASSAHI
REZA MOONESI RAD
BORA ONAT
SEPREN ÖNCÜ
ORHAN ÖZCAN
AHMET ÇAĞLAR ÖZKETEN
SĠBEL ÖZTÜRK
MARYAM PARSIAN
ELĠF SAKALLI
ESEN SAYIN
DENĠZ SEZLEV
NEGAR TAGHAVI POURIANAZAR
TANER TUNCER
ABDUVALI VALIEV
ADNAN YARAMIġ
BAHTĠYAR YILMAZ
IQBAL AAMIR
ELĠF AġIK
GÜLHAN IġIK
YÜKSEK LĠSANS
DĠLAN AKIN
EVRĠM AKSU
MÜSLÜM KAAN ARICI
FERAMUZ ATAK
HEVAL ATAġ
GÜNCE BAYRAM
MAHMUT BEYGE
AYġENUR BĠBER
YAĞMUR ÇALIġKAN
DĠRENĠġ ÇAYLI
CANSU DEĞĠRMENCĠ
HALĠL ĠBRAHĠM DERTLĠ
EFE ERDEġ
AYSHIN GHALICHI
NĠL GÖL
MERVE GÜLDIKEN
BURCU GÜLEZ
BEDRĠYE BÜġRA GÜNAY
ONUR HASTÜRK
HASAN HÜSEYIN KAZAN
AYLĠN KÖMEZ
CEREN KUVVET
YANUAR DWI PUTRA
LIMASALE
ESRA METĠN
MUSTAFA NAKĠPOĞLU
BURCU ONURLU
GĠZEM ÖZBEK
SERHAT ÖZDEMIR
ENDRI SOLLAKU
AYLA ġAHĠN
KÜBRA TOSUN
TUĞÇE CEREN TUĞRUL
GÖZDE NEZĠHE TUNCER
GÖKÇE UYANIK
TUĞÇE UYANIK
SIDIKA YAĞMUR ÜNAL
ÜMMÜGÜLSÜM YURTERI
21
BĠLĠMSEL HAZIRLIK
MEHMET SEDAT FEYAT (Ph.D.)
MEHMET SEFA ULUTAġ (Ph.D.)
ZĠRVE YĠĞĠT (Ph.D.)
HANI ALISSA ALAM (M.S.)
ZEYNEP BILGIN (M.S.)
SELAY FIRTINA (M.S.)
BERNA LEYLUHAN
YURTSEVEN (M.S.)
ONUR TUNA (M.S.)
FATMA MELEK UYSAL (M.S.)
BĠYOTEKNOLOJĠ YAYIN BĠLGĠLERĠ
YAYIN GRAFĠKLERĠ
Year
Documents
Year
Documents
2014
51
2003
14
2013
51
2002
25
2012
43
2001
14
2011
38
2000
5
2010
26
1999
7
2009
29
1998
9
2008
10
1997
6
2007
14
1996
3
2006
12
1995
3
2005
11
1993
4
2004
10
Total
385
22
YAYINLARIN KONULARA GÖRE DAĞILIMI
Subject Area
Documents
Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
162
Chemistry
126
Chemical Engineering
115
Materials Science
102
Engineering
63
Immunology and Microbiology
53
Agricultural and Biological Sciences
51
Environmental Science
38
Medicine
38
Physics and Astronomy
37
Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics
33
Energy
18
Mathematics
7
Dentistry
3
Social Sciences
3
Business, Management and Accounting
2
Earth and Planetary Sciences
2
Neuroscience
1
Veterinary
1
Total
385
23
BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ YAYIN LİSTESİ
Unsoy, G., Khodadust, R., Yalcin, S., Mutlu, P., Gunduz, U.
Synthesis of Doxorubicin loaded magnetic chitosan nanoparticles for pH responsive targeted
drug delivery
(2014) European Journal of Pharmaceutical Sciences, 62, pp. 243-250.
Ucan, D., Kanik, F.E., Karatas, Y., Toppare, L.
Synthesis and characterization of a novel polyphosphazene and its application to biosensor in
combination with a conducting polymer
(2014) Sensors and Actuators, B: Chemical, 201, pp. 545-554.
Udum, Y.A., Yildiz, H.B., Azak, H., Sahin, E., Talaz, O., Çirpan, A., Toppare, L.
Synthesis and spectroelectrochemistry of dithieno(3,2-b:2′,3′- d)pyrrole derivatives
(2014) Journal of Applied Polymer Science, 131 (17), pp. 8676-8683.
Hippius, C., Bütün, V., Erel-Goktepe, I.
Bacterial anti-adhesive properties of a monolayer of zwitterionic block copolymer micelles
(2014) Materials Science and Engineering C, 41, pp. 354-362.
Yusan, P., Tuncel, I., Bütün, V., Demirel, A.L., Erel-Goktepe, I.
PH-responsive layer-by-layer films of zwitterionic block copolymer micelles
(2014) Polymer Chemistry, 5 (12), pp. 3777-3787.
Toksabay, S., Hacioglu, S.O., Unlu, N.A., Cirpan, A., Toppare, L.
Thieno[3,2-b]thiophene as π-bridge at different acceptor systems for electrochromic
applications
(2014) Polymer (United Kingdom), 55 (14), pp. 3093-3099.
Akdaǧ, B., Çalik, P.
Recombinant protein production by sucrose-utilizing Escherichia coli W: Untreated beet
molasses-based feeding strategy development
(2014) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, . Article in Press.
Acun, A., Hasirci, V.
Construction of a collagen-based, split-thickness cornea substitute
(2014) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, . Article in Press.
Kirdeciler, S.K., Ozen, C., Akata, B.
Fabrication of nano- to micron-sized patterns using zeolites: Its application in BSA adsorption
(2014) Microporous and Mesoporous Materials, 191, pp. 59-66.
Unsoy, G., Yalcin, S., Khodadust, R., Mutlu, P., Onguru, O., Gunduz, U.
Chitosan magnetic nanoparticles for pH responsive Bortezomib release in cancer therapy
(2014) Biomedicine and Pharmacotherapy, . Article in Press.
24
Liu, S., Lorenzen, E.D., Fumagalli, M., Li, B., Harris, K., Xiong, Z., Zhou, L., Korneliussen, T.S., Somel,
M., Babbitt, C., Wray, G., Li, J., He, W., Wang, Z., Fu, W., Xiang, X., Morgan, C.C., Doherty, A.,
O'Connell, M.J., McInerney, J.O., Born, E.W., Dalén, L., Dietz, R., Orlando, L., Sonne, C., Zhang, G.,
Nielsen, R., Willerslev, E., Wang, J.
Population genomics reveal recent speciation and rapid evolutionary adaptation in polar bears
(2014) Cell, 157 (4), pp. 785-794. Cited 2 times.
Yildiz, H.B., Kamaci, M., Karaman, M., Toppare, L., Sayin, S.
Photoelectrochemical biosensing approach for alcohol determination by "wiring" of alcohol
oxidase photonically with P(SNS-NH 2)/AOx/CNT/[Ru(bpy) 3]2+ Modified electrodes
(2014) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 51 (5), pp. 385-393.
Aydemir Sezer, U., Arslantunali, D., Aksoy, E.A., Hasirci, V., Hasirci, N.
Poly(ε-caprolactone) composite scaffolds loaded with gentamicin-containing β-tricalcium
phosphate/gelatin microspheres for bone tissue engineering applications
(2014) Journal of Applied Polymer Science, 131 (8), art. no. 40110, .
Demirci Uzun, S., Kayaci, F., Uyar, T., Timur, S., Toppare, L.
Bioactive surface design based on functional composite electrospun nanofibers for
biomolecule immobilization and biosensor applications
(2014) ACS Applied Materials and Interfaces, 6 (7), pp. 5235-5243.
Thliveros, P., Uçkun Kiran, E., Webb, C.
Microbial biodiesel production by direct methanolysis of oleaginous biomass
(2014) Bioresource Technology, 157, pp. 181-187.
Kekec, N.C., Kanik, F.E., Udum, Y.A., Hizliates, C.G., Ergun, Y., Toppare, L.
A novel conducting polymer based platform for ethanol sensing
(2014) Sensors and Actuators, B: Chemical, 193, pp. 306-314. Cited 1 time.
Kocabas, A., Ogel, Z.B., Bakir, U.
Xylanase and itaconic acid production by Aspergillus terreus NRRL 1960 within a biorefinery
concept
(2014) Annals of Microbiology, 64 (1), pp. 75-84. Cited 1 time.
Hacioglu, S.O., Toksabay, S., Sendur, M., Toppare, L.
Synthesis and electrochromic properties of triphenylamine containing copolymers: Effect of πbridge on electrochemical properties
(2014) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 52 (4), pp. 537-544. Cited 4 times.
Androga, D.D., Sevinç, P., Koku, H., Yücel, M., Gündüz, U., Eroglu, I.
Optimization of temperature and light intensity for improved photofermentative hydrogen
production using Rhodobacter capsulatus DSM 1710
(2014) International Journal of Hydrogen Energy, 39 (6), pp. 2472-2480. Cited 1 time.
Soylemez, S., Kanik, F.E., Uzun, S.D., Hacioglu, S.O., Toppare, L.
Development of an efficient immobilization matrix based on a conducting polymer and
functionalized multiwall carbon nanotubes: Synthesis and its application to ethanol biosensors
(2014) Journal of Materials Chemistry B, 2 (5), pp. 511-521. Cited 2 times.
Endogan, T., Kiziltay, A., Kose, G.T., Comunoglu, N., Beyzadeoglu, T., Hasirci, N.
Acrylic bone cements: Effects of the poly(methyl methacrylate) powder size and chitosan
addition on their properties
(2014) Journal of Applied Polymer Science, 131 (3), art. no. 39662, .
25
Güney, A., Hasirci, N.
Properties and phase segregation of crosslinked PCL-based polyurethanes
(2014) Journal of Applied Polymer Science, 131 (1), art. no. 39758, .
Ak, M., Yildiz, H.B., Toppare, L.
Enzyme immobilization in a photosensitive conducting polymer bearing azobenzene in the
main chain
(2014) Polymer Bulletin, 71 (7), pp. 1827-1841.
Turac, E., Sahmetlioglu, E., Toppare, L.
Synthesis and characterization of conducting copolymers of thiophene derivatives
(2014) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 51 (3), pp. 210-216.
Eke, G., Kuzmina, A.M., Goreva, A.V., Shishatskaya, E.I., Hasirci, N., Hasirci, V.
In vitro and transdermal penetration of PHBV micro/nanoparticles
(2014) Journal of Materials Science: Materials in Medicine, 25 (6), pp. 1471-1481.
Selcan Gungor-Ozkerim, P., Balkan, T., Kose, G.T., Sezai Sarac, A., Kok, F.N.
Incorporation of growth factor loaded microspheres into polymeric electrospun nanofibers for
tissue engineering applications
(2014) Journal of Biomedical Materials Research - Part A, 102 (6), pp. 1897-1908. Cited 1 time.
Aydogan, C., Kiskan, B., Hacioglu, S.O., Toppare, L., Yagci, Y.
Electrochemical manipulation of adhesion strength of polybenzoxazines on metal surfaces:
From strong adhesion to dismantling
(2014) RSC Advances, 4 (52), pp. 27545-27551.
Aydin, G., Yucel, M., Chan, M.-T., Oktem, H.A.
Evaluation of abiotic stress tolerance and physiological characteristics of potato (Solanum
tuberosum L. cv. Kennebec) that heterologously expresses the rice Osmyb4 gene
(2014) Plant Biotechnology Reports, 8 (3), pp. 295-304.
Karahan, A., Borsa, P., Gucu, A.C., Kandemir, I., Ozkan, E., Orek, Y.A., Acan, SC., Koban, E., Togan,
I.
Geometric morphometrics, Fourier analysis of otolith shape, and nuclear-DNA markers
distinguish two anchovy species (Engraulis spp.) in the Eastern Mediterranean Sea
(2014) Fisheries Research, 159, pp. 45-55.
Yilmaz, R., Cabi, E., Dogan, M.
Molecular analyses of the genera Eremopyrum (Ledeb.) Jaub. & spach and Agropyron gaertner
(Poaceae) by PCR methods
(2014) Pakistan Journal of Botany, 46 (3), pp. 769-774.
Khan, M.K., Pandey, A., Choudhary, S., Hakki, E.E., Akkaya, M.S., Thomas, G.
From RFLP to DArT: Molecular tools for wheat (Triticum spp.) diversity analysis
(2014) Genetic Resources and Crop Evolution, 61 (5), pp. 1001-1032.
Göker, S., Hizalan, G., Udum, Y.A., Toppare, L.
Electrochemical and optical properties of 5,6-bis(octyloxy)-2,1,3 benzooxadiazole containing
low band gap polymers
(2014) Synthetic Metals, 191, pp. 19-27.
Soylemez, S., Ekiz Kanik, F., Ileri, M., Hacioglu, S.O., Toppare, L.
Development of a novel biosensor based on a conducting polymer
(2014) Talanta, 118, pp. 84-89. Cited 2 times.
26
Taghavi Pourianazar, N., Mutlu, P., Gunduz, U.
Bioapplications of poly(amidoamine) (PAMAM) dendrimers in nanomedicine
(2014) Journal of Nanoparticle Research, 16 (4), .
Zaifoglu, B., Hacioglu, S.O., Unlu, N.A., Cirpan, A., Toppare, L.
Structure-property relations in donor-acceptor-donor type benzimidazole containing
conjugated polymers
(2014) Journal of Materials Science, 49 (1), pp. 225-231.
Yiǧit, D., Udum, Y.A., Güllü, M., Toppare, L.
Electrochemical and optical properties of novel terthienyl based azobenzene, coumarine and
fluorescein containing polymers: Multicolored electrochromic polymers
(2014) Journal of Electroanalytical Chemistry, 712, pp. 215-222.
Bahcecioglu, G., Buyuksungur, A., Kiziltay, A., Hasirci, N., Hasirci, V.
Construction and in vitro testing of a multilayered, tissue-engineered meniscus
(2014) Journal of Bioactive and Compatible Polymers, 29 (3), pp. 235-253.
Eskitoros, M.S., Çalik, P.
Co-substrate mannitol feeding strategy design in semi-batch production of recombinant
human erythropoietin production by Pichia pastoris
(2014) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 89 (5), pp. 644-651.
Demirci, S., Koban Baştanlar, E., Daǧtaş, N.D., Pişkin, E., Engin, A., Özer, F., Yüncü, E., Doǧan, Ş.A.,
Togan, I.
Mitochondrial DNA diversity of modern, ancient and wild sheep (Ovis gmelinii anatolica) from
Turkey: New insights on the evolutionary history of sheep
(2013) PLoS ONE, 8 (12), art. no. e81952, .
Gokduman, K., Demir, A.S.
Camptothecin anticancer drug loaded iron oxide micro and nanoparticles: Tuning targeted and
sustained release of the drug in bioactive form
(2013) Current Nanoscience, 9 (6), pp. 704-710.
Bahcegul, E., Akinalan, B., Toraman, H.E., Erdemir, D., Ozkan, N., Bakir, U.
Extrusion of xylans extracted from corn cobs into biodegradable polymeric materials
(2013) Bioresource Technology, 149, pp. 582-585. Cited 1 time.
Ramazanoglu, M., Lutz, R., Rusche, P., Trabzon, L., Kose, G.T., Prechtl, C., Schlegel, K.A.
Bone response to biomimetic implants delivering BMP-2 and VEGF: An immunohistochemical
study
(2013) Journal of Cranio-Maxillofacial Surgery, 41 (8), pp. 826-835.
Uzun, S.D., Unlu, N.A., Sendur, M., Kanik, F.E., Timur, S., Toppare, L.
A novel promising biomolecule immobilization matrix: Synthesis of functional benzimidazole
containing conducting polymer and its biosensor applications
(2013) Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 112, pp. 74-80. Cited 2 times.
Aydemir Sezer, U., Arslantunali, D., Aksoy, E.A., Hasirci, V., Hasirci, N.
Poly(ε-caprolactone) composite scaffolds loaded with gentamicin-containing β-tricalcium
phosphate/gelatin microspheres for bone tissue engineering applications
(2013) Journal of Applied Polymer Science, . Article in Press.
27
Eskitoros, M.Ş., Ata, O., Çalik, P.
Metabolic reaction network of Pichia pastoris with glycosylation reactions: Flux analysis for
erythropoietin production
(2013) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, . Article in Press.
Haykir, N.I., Bakir, U.
Ionic liquid pretreatment allows utilization of high substrate loadings in enzymatic hydrolysis
of biomass to produce ethanol from cotton stalks
(2013) Industrial Crops and Products, 51, pp. 408-414.
Soylemez, S., Kanik, F.E., Tarkuc, S., Udum, Y.A., Toppare, L.
A sepiolite modified conducting polymer based biosensor
(2013) Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 111, pp. 549-555. Cited 2 times.
Endogan, T., Ozyaylali, I., Kulacoglu, H., Serbetci, K., Kiyak, G., Hasirci, N.
Effects of ethylene oxide resterilization and in-vitro degradation on mechanical properties of
partially absorbable composite hernia meshes
(2013) Chirurgia (Romania), 108 (6), pp. 840-848.
Erdoǧ, A., Putra Limasale, Y.D., Keskin, D., Tezcaner, A., Banerjee, S.
In vitro characterization of a liposomal formulation of celecoxib containing 1,2-Distearoyl-snGlycero-3-Phosphocholine, Cholesterol, and Polyethylene Glycol and its functional effects
against colorectal cancer cell lines
(2013) Journal of Pharmaceutical Sciences, 102 (10), pp. 3666-3677.
Kence, M., Oskay, D., Giray, T., Kence, A.
Honey bee colonies from different races show variation in defenses against the varroa mite in a
'common garden'
(2013) Entomologia Experimentalis et Applicata, 149 (1), pp. 36-43.
Namal, I., Ozelcaglayan, A.C., Udum, Y.A., Toppare, L.
Synthesis and electrochemical characterization of fluorene and benzimidazole containing
novel conjugated polymers: Effect of alkyl chain length on electrochemical properties
(2013) European Polymer Journal, 49 (10), pp. 3181-3187.
Uçkun Kiran, E., Akpinar, O., Bakir, U.
Improvement of enzymatic xylooligosaccharides production by the co-utilization of xylans from
different origins
(2013) Food and Bioproducts Processing, 91 (4), pp. 565-574. Cited 1 time.
Akpinar, H.Z., Udum, Y.A., Toppare, L.
Spray-processable thiazolothiazole-based copolymers with altered donor groups and their
electrochromic properties
(2013) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 51 (18), pp. 3901-3906. Cited 5 times.
Çalik, P., Bozkurt, B., Zerze, G.H., Inankur, B., Bayraktar, E., Boy, E., Orman, M.A., Açik, E.,
Özdamar, T.H.
Effect of co-substrate sorbitol different feeding strategies on human growth hormone
production by recombinant Pichia pastoris
(2013) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 88 (9), pp. 1631-1640. Cited 1 time.
28
Yilgor, P., Yilmaz, G., Onal, M.B., Solmaz, I., Gundogdu, S., Keskil, S., Sousa, R.A., Reis, R.L.,
Hasirci, N., Hasirci, V.
An in vivo study on the effect of scaffold geometry and growth factor release on the healing of
bone defects
(2013) Journal of Tissue Engineering and Regenerative Medicine, 7 (9), pp. 687-696. Cited 4 times.
Ileri, M., Hacioglu, S.O., Toppare, L.
The effect of para- and meta-substituted fluorine on optical behaviorof benzimidazole
derivatives
(2013) Electrochimica Acta, 109, pp. 214-220. Cited 1 time.
Kavas, M., Baloǧlu, M.C., Akça, O., Köse, F.S., Gökçay, D.
Effect of drought stress on oxidative damage and antioxidant enzyme activity in melon
seedlings
(2013) Turkish Journal of Biology, 37 (4), pp. 491-498. Cited 1 time.
Kesik, M., Kanik, F.E., Hizalan, G., Kozanoglu, D., Esenturk, E.N., Timur, S., Toppare, L.
A functional immobilization matrix based on a conducting polymer and functionalized gold
nanoparticles: Synthesis and its application as an amperometric glucose biosensor
(2013) Polymer (United Kingdom), 54 (17), pp. 4463-4471. Cited 6 times.
Kesik, M., Kocer, O., Kanik, F.E., Unlu, N.A., Rende, E., Aslan-Gurel, E., Rossi, R.M., Udum, Y.A.,
Toppare, L.
Effective and functional surface design for biosensing applications based on a novel
conducting polymer and PMMA/Clay nanocomposite
(2013) Electroanalysis, 25 (8), pp. 1995-2006. Cited 2 times.
Yüncü, E., Demirci, S., Koban Baştanlar, E., Doǧan, T.A., Taşdemir, U., Togan, T.
Comparative study of three simple molecular approaches in search of mtDNA haplogroup
identification of domestic sheep
(2013) Small Ruminant Research, 114 (1), pp. 64-71. Cited 1 time.
Kanik, F.E., Kolb, M., Timur, S., Bahadir, M., Toppare, L.
An amperometric acetylcholine biosensor based on a conducting polymer
(2013) International Journal of Biological Macromolecules, 59, pp. 111-118. Cited 3 times.
Khodadust, R., Mutlu, P., Yalcin, S., Unsoy, G., Gunduz, U.
Polyinosinic:polycytidylic acid loading onto different generations of PAMAM dendrimer-coated
magnetic nanoparticles
(2013) Journal of Nanoparticle Research, 15 (8), art. no. 1860, .
Baloglu, M.C., Battal, A., Aydin, G., Eroglu, A., Oz, M.T., Kavas, M., Oktem, H.A., Yucel, M.
Vector construction strategies for transformation of wheat plant
(2013) Journal of Animal and Plant Sciences, 23 (3), pp. 906-912.
Karakus, M., Nurioglu, A.G., Akpinar, H.Z., Toppare, L., Cirpan, A.
Synthesis and electrochromic properties of trans-stilbene bearing copolymers obtained with
different repeat unit and chain length
(2013) Electrochimica Acta, 100, pp. 110-117. Cited 2 times.
Corakci, B., Hacioglu, S.O., Toppare, L., Bulut, U.
Long wavelength photosensitizers in photoinitiated cationic polymerization: The effect of
quinoxaline derivatives on photopolymerization
(2013) Polymer (United Kingdom), 54 (13), pp. 3182-3187. Cited 8 times.
29
Rouhollah, K., Pelin, M., Serap, Y., Gozde, U., Ufuk, G.
Doxorubicin loading, release, and stability of polyamidoamine dendrimer-coated magnetic
nanoparticles
(2013) Journal of Pharmaceutical Sciences, 102 (6), pp. 1825-1835. Cited 3 times.
Cicek, M., Mutlu, O., Erdemir, A., Ozkan, E., Saricay, Y., Turgut-Balik, D.
Single mutation in Shine-Dalgarno-like sequence present in the amino terminal of lactate
dehydrogenase of plasmodium effects the production of an eukaryotic protein expressed in a
prokaryotic system
(2013) Molecular Biotechnology, 54 (2), pp. 602-608.
Yildiz, G., Arslan-Ergul, A., Bagislar, S., Konu, O., Yuzugullu, H., Gursoy-Yuzugullu, O., Ozturk, N.,
Ozen, C., Ozdag, H., Erdal, E., Karademir, S., Sagol, O., Mizrak, D., Bozkaya, H., Ilk, H.G., Ilk, O.,
Bilen, B., Cetin-Atalay, R., Akar, N., Ozturk, M.
Genome-Wide Transcriptional Reorganization Associated with Senescence-to-Immortality
Switch during Human Hepatocellular Carcinogenesis
(2013) PLoS ONE, 8 (5), art. no. e64016, . Cited 1 time.
Keshtov, M.L., Udum, Y.A., Toppare, L., Kochurov, V.S., Khokhlov, A.R.
Synthesis of aromatic poly(pyridinium salt)s and their electrochromic properties
(2013) Materials Chemistry and Physics, 139 (2-3), pp. 936-943. Cited 1 time.
Cevher, S.C., Unlu, N.A., Ozelcaglayan, A.C., Apaydin, D.H., Udum, Y.A., Toppare, L., Cirpan, A.
Fused structures in the polymer backbone to investigate the photovoltaic and electrochromic
properties of donor-acceptor-type conjugated polymers
(2013) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 51 (9), pp. 1933-1941. Cited 4 times.
Angardi, V., Çalik, P.
Beet molasses based exponential feeding strategy for thermostable glucose isomerase
production by recombinant Escherichia coli BL21 (DE3)
(2013) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 88 (5), pp. 845-852. Cited 2 times.
Hakki, S.S., Korkusuz, P., Purali, N., Korkusuz, F., Bozkurt, B.S., Hakki, E.E., Onder, M.E., Gorur, I.,
Nohutcu, R.M., Timucin, M., Ozturk, A.
Periodontal ligament cell behavior on different titanium surfaces
(2013) Acta Odontologica Scandinavica, 71 (3-4), pp. 906-916.
Deniz, T.K., Nurioglu, A.G., Unlu, N.A., Sendur, M., Toppare, L., Cirpan, A.
Syntheses, electrochemical and photophysical properties of biphenyl containing conjugated
copolymers
(2013) Polymer (United Kingdom), 54 (9), pp. 2243-2249. Cited 1 time.
Soylemez, S., Kanik, F.E., Nurioglu, A.G., Akpinar, H., Toppare, L.
A novel conducting copolymer: Investigation of its matrix properties for cholesterol biosensor
applications
(2013) Sensors and Actuators, B: Chemical, 182, pp. 322-329. Cited 6 times.
Ozgen, O., Aksoy, E.A., Hasirci, V., Hasirci, N.
Surface characterization and radical decay studies of oxygen plasma-treated PMMA films
(2013) Surface and Interface Analysis, 45 (4), pp. 844-853. Cited 1 time.
Ak, M., Cetişli, H., Toppare, L.
Blend or copolymer? Spectroelectrochemical evidence of copolymerization and blending of
two electrochromic monomers
(2013) Colloid and Polymer Science, 291 (4), pp. 767-772.
30
Özgür, E., Peksel, B.
Biohydrogen production from barley straw hydrolysate through sequential dark and
photofermentation
(2013) Journal of Cleaner Production, 52, pp. 14-20.
Nurioglu, A.G., Akpinar, H., Kanik, F.E., Toffoli, D., Toppare, L.
Further investigation of intramolecular H-bonding in benzimidazole and EDOT containing
monomer
(2013) Journal of Electroanalytical Chemistry, 693, pp. 23-27.
Khodadust, R., Unsoy, G., Yalcin, S., Gunduz, G., Gunduz, U.
PAMAM dendrimer-coated iron oxide nanoparticles: Synthesis and characterization of different
generations
(2013) Journal of Nanoparticle Research, 15 (3), art. no. 1488, . Cited 3 times.
Ertan, A.B., Yilgor, P., Bayyurt, B., Çalikoǧlu, A.C., Kaspar, Ç., Kök, F.N., Kose, G.T., Hasirci, V.
Effect of double growth factor release on cartilage tissue engineering
(2013) Journal of Tissue Engineering and Regenerative Medicine, 7 (2), pp. 149-160. Cited 3 times.
Uçkun Kiran, E., Trzcinski, A., Webb, C.
Microbial oil produced from biodiesel by-products could enhance overall production
(2013) Bioresource Technology, 129, pp. 650-654. Cited 4 times.
Koclar Avci, G., Coruh, N., Bolukbasi, U., Ogel, Z.B.
Oxidation of phenolic compounds by the bifunctional catalase-phenol oxidase (CATPO) from
Scytalidium thermophilum
(2013) Applied Microbiology and Biotechnology, 97 (2), pp. 661-672. Cited 1 time.
Bilgic, H., Demiriz, M., Ozler, M., Ide, T., Dogan, N., Gumus, S., Kiziltay, A., Endogan, T., Hasirci, V.,
Hasirci, N.
Gelatin based scaffolds and effect of EGF dose on wound healing
(2013) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 3 (2), pp. 205-211.
Yildiz, D.E., Apaydin, D.H., Toppare, L., Cirpan, A.
Dielectric and electrical properties of an organic device containing benzotriazole and fluorene
bearing copolymer
(2013) Journal of Applied Polymer Science, 128 (3), pp. 1659-1664. Cited 4 times.
Yilgor Huri, P., Huri, G., Yasar, U., Ucar, Y., Dikmen, N., Hasirci, N., Hasirci, V.
A biomimetic growth factor delivery strategy for enhanced regeneration of iliac crest defects
(2013) Biomedical Materials (Bristol), 8 (4), art. no. 045009, .
Halili, A.N., Hasirci, N., Hasirci, V.
A mechanically functional collagen-based construct designed as a meniscus substitute
(2013) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 3 (2), pp. 173-184. Cited 2 times.
Erkan, M., Sanin, F.D.
Can sludge dewatering reactivate microorganisms in mesophilically digested anaerobic
sludge? Case of belt filter versus centrifuge
(2013) Water Research, 47 (1), pp. 428-438. Cited 1 time.
31
Haykir, N.I., Bahcegul, E., Bicak, N., Bakir, U.
Pretreatment of cotton stalk with ionic liquids including 2-hydroxy ethyl ammonium formate to
enhance biomass digestibility
(2013) Industrial Crops and Products, 41 (1), pp. 430-436. Cited 8 times.
Al Layla, A.M.T., Türkarslan, O., Kurbanoglu, S., Sulaiman, S.T., Al-Flayeh, K.A., Toppare, L.
A new amperometric biosensor for diamine: Use of a conducting polymer layer
(2013) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 50 (9), pp. 914-922.
Zaifoglu, B., Sendur, M., Unlu, N.A., Toppare, L.
High optical transparency in all redox states: Synthesis and characterization of benzimidazole
and thieno[3,2-b]thiophene containing conjugated polymers
(2012) Electrochimica Acta, 85, pp. 78-83. Cited 3 times.
Aksoy, E.A., Hasirci, N.
Detailed characterization of structure-property relationship of polyurethanes synthesized as
biomaterials
(2012) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 2 (4), pp. 345-354. Cited 1 time.
Gunel, A., Asbahi, A., Ozgazi, N., Akkaya, M.S.
Identification of differentially expressed proteins in wheat after benzothiadiazole treatment
(2012) Journal of Plant Diseases and Protection, 119 (5-6), pp. 182-190.
Isik, Z., Ersahin, T., Atalay, V., Aykanat, C., Cetin-Atalay, R.
A signal transduction score flow algorithm for cyclic cellular pathway analysis, which
combines transcriptome and ChIP-seq data
(2012) Molecular BioSystems, 8 (12), pp. 3224-3231.
Aksoy, C., Severcan, F.
Characterization of stem cells by vibrational spectroscopy
(2012) Advances in Biomedical Spectroscopy, 6, pp. 138-164.
Kanik, F.E., Rende, E., Timur, S., Toppare, L.
A novel functional conducting polymer: Synthesis and application to biomolecule
immobilization
(2012) Journal of Materials Chemistry, 22 (42), pp. 22517-22525. Cited 7 times.
Turac, E., Sahmetlioglu, E., Demircan, A., Toppare, L.
Synthesis and characterization of conducting copolymer of Trans-1-(4-methyl-3'-thienyl)-2(ferrocenyl)ethene with EDOT
(2012) Journal of Applied Polymer Science, 126 (3), pp. 808-814. Cited 6 times.
Unsoy, G., Yalcin, S., Khodadust, R., Gunduz, G., Gunduz, U.
Synthesis optimization and characterization of chitosancoated iron oxide nanoparticles
produced for biomedical applications
(2012) Journal of Nanoparticle Research, 14 (11), art. no. 964, . Cited 13 times.
Mutlu, P., Ural, A.U., Gündüz, U.
Differential oncogene-related gene expressions in myeloma cells resistant to prednisone and
vincristine
(2012) Biomedicine and Pharmacotherapy, 66 (7), pp. 506-511. Cited 1 time.
32
Aksoy, C., Severcan, F.
Role of vibrational spectroscopy in stem cell research
(2012) Spectroscopy (New York), 27 (3), pp. 167-184. Cited 1 time.
Demirci, S., Emre, F.B., Ekiz, F., Oguzkaya, F., Timur, S., Tanyeli, C., Toppare, L.
Functionalization of poly-SNS-anchored carboxylic acid with Lys and PAMAM: Surface
modifications for biomolecule immobilization/stabilization and bio-sensing applications
(2012) Analyst, 137 (18), pp. 4254-4261. Cited 7 times.
Cansiz, S., Özen, C., Bayraç, C., Bayraç, AT., Gül, F., Kavruk, M., Öktem, HA., Yilmaz, R., Eyidogan,
F.
A sandwich-type DNA array platform for detection of GM targets in multiplex assay
(2012) European Food Research and Technology, 235 (3), pp. 429-437. Cited 1 time.
Endogan, T., Kiziltay, A., Hasirci, V., Hasirci, N.
Modification of acrylic bone cements with oxygen plasma and additives
(2012) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 2 (3), pp. 236-243. Cited 2 times.
Çelik, E., Çalik, P.
Production of recombinant proteins by yeast cells
(2012) Biotechnology Advances, 30 (5), pp. 1108-1118. Cited 26 times.
Akpinar, H., Nurioglu, A.G., Toppare, L.
Influence of hydrogen bonding on electrochromic properties of conducting polymers
(2012) Journal of Electroanalytical Chemistry, 683, pp. 62-69. Cited 3 times.
Hasirci, V., Pepe-Mooney, B.J.
Understanding the cell behavior on nano-/micro-patterned surfaces
(2012) Nanomedicine, 7 (9), pp. 1375-1389. Cited 5 times.
Nurioglu, A.G., Akpinar, H., Sendur, M., Toppare, L.
Multichromic benzimidazole-containing polymers: Comparison of donor and acceptor unit
effects
(2012) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 50 (17), pp. 3499-3506. Cited 10
times.
Başkurt, E., Ekiz, F., Demirkol, D.O., Timur, S., Toppare, L.
A conducting polymer with benzothiadiazole unit: Cell based biosensing applications and
adhesion properties
(2012) Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 97, pp. 13-18. Cited 1 time.
Hocaoglu, I., Çizmeciyan, M.N., Erdem, R., Ozen, C., Kurt, A., Sennaroglu, A., Acar, H.Y.
Development of highly luminescent and cytocompatible near-IR-emitting aqueous Ag 2S
quantum dots
(2012) Journal of Materials Chemistry, 22 (29), pp. 14674-14681. Cited 11 times.
Hakki, S.S., Bozkurt, S.B., Hakki, E.E., Korkusuz, P., Purali, N., Koç, N., Timucin, M., Ozturk, A.,
Korkusuz, F.
Osteogenic differentiation of MC3T3-E1 cells on different titanium surfaces
(2012) Biomedical Materials, 7 (4), art. no. 045006, .
33
Aksoy, C., Guliyev, A., Kilic, E., Uckan, D., Severcan, F.
Bone marrow mesenchymal stem cells in patients with beta thalassemia major: Molecular
analysis with attenuated total reflection-fourier transform infrared spectroscopy study as a
novel method
(2012) Stem Cells and Development, 21 (11), pp. 2000-2011. Cited 3 times.
Bahcegul, E., Apaydin, S., Haykir, N.I., Tatli, E., Bakir, U.
Different ionic liquids favor different lignocellulosic biomass particle sizes during pretreatment
to function efficiently
(2012) Green Chemistry, 14 (7), pp. 1896-1903. Cited 7 times.
Oktem, H.A., Senyurt, O., Eyidogan, F.I., Bayrac, C., Yilmaz, R.
Development of a laccase based paper biosensor for the detection of phenolic compounds
(2012) Journal of Food, Agriculture and Environment, 10 (2), pp. 1030-1034. Cited 1 time.
Nur, Y., Duygulu, Ş., Pitcher, M.W., Toppare, L.
The electrochemical synthesis of poly(methylcarbyne) for diamond film coatings
(2012) Journal of Applied Polymer Science, 124 (5), pp. 3626-3632.
Kiziltay, A., Fernandez, A.M., Roman, J.S., Hasirci, V., Hasirci, N.
Lysine based poly(ester-urethane) films for tissue engineering applications
(2012) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 2 (2), pp. 143-153. Cited 1 time.
Uçkun Kiran, E., Salakkam, A., Trzcinski, A.P., Bakir, U., Webb, C.
Enhancing the value of nitrogen from rapeseed meal for microbial oil production
(2012) Enzyme and Microbial Technology, 50 (6-7), pp. 337-342. Cited 5 times.
Bulut, U., Yilmaz, S., Yigitsoy, B., Toppare, L.
Long wavelength photosensitizers for diaryliodonium salts based on the 2-benzyl-2 H -benzo[ d
][1,2,3]triazole Skeleton
(2012) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 49 (5), pp. 445-449.
Ozelcaglayan, A.C., Sendur, M., Akbasoglu, N., Apaydin, D.H., Cirpan, A., Toppare, L.
Synthesis and electrochemical properties of a new benzimidazole derivative as the acceptor
unit in donor-acceptor-donor type polymers
(2012) Electrochimica Acta, 67, pp. 224-229. Cited 13 times.
Kalkan, N.A., Aksoy, S., Aksoy, E.A., Hasirci, N.
Adsorption of reactive yellow 145 onto chitosan coated magnetite nanoparticles
(2012) Journal of Applied Polymer Science, 124 (1), pp. 576-584. Cited 5 times.
Mutlu, P., Ural, A.U., Gündüz, U.
Differential gene expression analysis related to extracellular matrix components in drugresistant RPMI-8226 cell line
(2012) Biomedicine and Pharmacotherapy, 66 (3), pp. 228-231. Cited 3 times.
Kaya, E., Apaydn, D.H., Yldz, D.E., Toppare, L., Cirpan, A.
Solution processable benzotriazole and fluorene containing copolymers for photovoltaic
applications
(2012) Solar Energy Materials and Solar Cells, 99, pp. 321-326. Cited 12 times.
34
Ozdemir, S., Sendur, M., Oktem, G., Doǧan, O., Toppare, L.
A promising combination of benzotriazole and quinoxaline units: A new acceptor moiety
toward synthesis of multipurpose donor-acceptor type polymers
(2012) Journal of Materials Chemistry, 22 (11), pp. 4687-4694. Cited 14 times.
Karakus, M., Apaydn, D.H., Yldz, D.E., Toppare, L., Cirpan, A.
Benzotriazole and benzothiadiazole containing conjugated copolymers for organic solar cell
applications
(2012) Polymer, 53 (6), pp. 1198-1202. Cited 14 times.
Tanriverdi, S., Tuncagil, S., Toppare, L.
A new amperometric alcohol oxidase biosensor based on conducting polymer of (4,7-dithien-2yl-2, 1,3-benzothiadiazole)
(2012) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 49 (3), pp. 185190. Cited 1 time.
Ashammakhi, N., Ndreu, A., Yang, Y., Ylikauppila, H., Nikkola, L.
Nanofiber-based scaffolds for tissue engineering
(2012) European Journal of Plastic Surgery, 35 (2), pp. 135-149. Cited 8 times.
Karakus, M., Balan, A., Baran, D., Toppare, L., Cirpan, A.
Electrochemical and optical properties of solution processable benzotriazole and
benzothiadiazole containing copolymers
(2012) Synthetic Metals, 162 (1-2), pp. 79-84. Cited 5 times.
Bulut, U., Kolay, M., Tarkuc, S., Udum, Y.A., Toppare, L.
Quinoxaline derivatives as long wavelength photosensitizers in photoinitiated cationic
polymerization of diaryliodonium salts
(2012) Progress in Organic Coatings, 73 (2-3), pp. 215-218. Cited 3 times.
Tarkuc, S., Udum, Y.A., Toppare, L.
Tailoring the optoelectronic properties of donor-acceptor-donor type π-conjugated polymers
via incorporating different electron-acceptor moieties
(2012) Thin Solid Films, 520 (7), pp. 2960-2965. Cited 4 times.
Yilmaz, R., Akça, O., Baloǧlu, M.C., Öz, M.T., Öktem, H.A., Yücel, M.
Optimization of yeast (Saccharomyces cerevisiae) RNA isolation method for real-time
quantitative PCR and microarray analysis
(2012) African Journal of Biotechnology, 11 (5), pp. 1046-1053. Cited 1 time.
Apaydin, D.H., Akpinar, H., Sendur, M., Toppare, L.
Electrochromism in multichromic conjugated polymers: Thiophene and azobenzene
derivatives on the main chain
(2012) Journal of Electroanalytical Chemistry, 665, pp. 52-57. Cited 3 times.
Kalkan, N.A., Aksoy, S., Aksoy, E.A., Hasirci, N.
Preparation of chitosan-coated magnetite nanoparticles and application for immobilization of
laccase
(2012) Journal of Applied Polymer Science, 123 (2), pp. 707-716. Cited 23 times.
Guven, B., Boyaci, I.H., Tamer, U., Çalik, P.
A rapid method for detection of genetically modified organisms based on magnetic separation
and surface-enhanced Raman scattering
(2012) Analyst, 137 (1), pp. 202-208. Cited 8 times.
35
Bahcegul, E., Toraman, H.E., Ozkan, N., Bakir, U.
Evaluation of alkaline pretreatment temperature on a multi-product basis for the co-production
of glucose and hemicellulose based films from lignocellulosic biomass
(2012) Bioresource Technology, 103 (1), pp. 440-445. Cited 12 times.
Tunca, R.I., Kence, M.
Genetic diversity of honey bee (Apis mellifera L.: Hymenoptera: Apidae) populations in Turkey
revealed by RAPD markers
(2011) African Journal of Agricultural Research, 6 (29), pp. 6217-6225.
Esmer, E.N., Tarkuc, S., Udum, Y.A., Toppare, L.
Near infrared electrochromic polymers based on phenazine moieties
(2011) Materials Chemistry and Physics, 131 (1-2), pp. 519-524. Cited 7 times.
Androga, D.D., Özgür, E., Eroglu, I., Gündüz, U., Yücel, M.
Significance of carbon to nitrogen ratio on the long-term stability of continuous
photofermentative hydrogen production
(2011) International Journal of Hydrogen Energy, 36 (24), pp. 15583-15594. Cited 9 times.
Aydar, S., Elif Böyükbayram, A., Şendur, M., Toppare, L.
Immobilization of invertase in DAD type polymers: Combination of benzothiadiazole acceptor
unit and 3,4-ethylenedioxythiophene and thiophene donor units
(2011) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 48 (11), pp. 855861. Cited 3 times.
Kaya, I., Kirişözü, A.C., Ersoy, F.Y., Dere, S., Akkaya, M.S.
Genetic diversity and relationship analysis among accessions of Aegilops ssp. in Turkey using
amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers
(2011) African Journal of Biotechnology, 10 (72), pp. 16167-16174.
Emre, F.B., Ekiz, F., Balan, A., Emre, S., Timur, S., Toppare, L.
Conducting polymers with benzothiadiazole and benzoselenadiazole units for biosensor
applications
(2011) Sensors and Actuators, B: Chemical, 158 (1), pp. 117-123. Cited 14 times.
Yüzügüllü, Y., Ögel, Z.B., Bölükbaşi, U.B., Çoruh, N., Karakaş, G.
Production of a novel bifunctional catalase-phenol oxidase of scytalidium thermophilum in the
presence of phenolic compounds [Scytalidium thermohilum'un özgün çift aktiviteli katalazfenol oksidazi{dotless}ni{dotless}n fenolik maddeler varli{dotless}ǧi{dotless}nda üretimi]
(2011) Turkish Journal of Biology, 35 (6), pp. 697-704.
Kankilic, B., Bayramli, E., Kilic, E., Daǧdeviren, S., Korkusuz, F.
Vancomycin containing PLLA/β-TCP controls MRSA in vitro
(2011) Clinical Orthopaedics and Related Research, 469 (11), pp. 3222-3228. Cited 3 times.
Unver, E.K., Tarkuc, S., Udum, Y.A., Tanyeli, C., Toppare, L.
The effect of the donor unit on the optical properties of polymers
(2011) Organic Electronics: physics, materials, applications, 12 (10), pp. 1625-1631. Cited 6 times.
Pekgöz, G., Gündüz, U., Erolu, I., Yücel, M., Kovács, K., Rákhely, G.
Effect of inactivation of genes involved in ammonium regulation on the biohydrogen
production of Rhodobacter capsulatus
(2011) International Journal of Hydrogen Energy, 36 (21), pp. 13536-13546. Cited 5 times.
36
Bahcegul, E., Tatli, E., Haykir, N.I., Apaydin, S., Bakir, U.
Selecting the right blood glucose monitor for the determination of glucose during the
enzymatic hydrolysis of corncob pretreated with different methods
(2011) Bioresource Technology, 102 (20), pp. 9646-9652. Cited 7 times.
Sendur, M., Balan, A., Baran, D., Toppare, L.
Syntheses and optoelectronic properties of quinoxaline polymers: The effect of donor unit
(2011) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 49 (18), pp. 4064-4070. Cited 1 time.
Ekiz, F., Ouzkaya, F., Akin, M., Timur, S., Tanyeli, C., Toppare, L.
Synthesis and application of poly-SNS-anchored carboxylic acid: A novel functional matrix for
biomolecule conjugation
(2011) Journal of Materials Chemistry, 21 (33), pp. 12337-12343. Cited 11 times.
Akturk, O., Tezcaner, A., Bilgili, H., Deveci, M.S., Gecit, M.R., Keskin, D.
Evaluation of sericin/collagen membranes as prospective wound dressing biomaterial
(2011) Journal of Bioscience and Bioengineering, 112 (3), pp. 279-288. Cited 10 times.
Kenar, H., Kose, G.T., Toner, M., Kaplan, D.L., Hasirci, V.
A 3D aligned microfibrous myocardial tissue construct cultured under transient perfusion
(2011) Biomaterials, 32 (23), pp. 5320-5329. Cited 22 times.
Bulut, U., Kolay, M., Tarkuc, S., Toppare, L.
Dibenzophenazine derivatives as visible photosensitizers for diaryliodonium salts
(2011) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 49 (15), pp. 3299-3303. Cited 4 times.
Tuncagil, S., Ozdemir, C., Demirkol, D.O., Timur, S., Toppare, L.
Gold nanoparticle modified conducting polymer of 4-(2,5-di(thiophen-2-yl)- 1H-pyrrole-1-l)
benzenamine for potential use as a biosensing material
(2011) Food Chemistry, 127 (3), pp. 1317-1322. Cited 13 times.
Ilk, O., Rajabli, F., Dungul, D.C., Ozdag, H., Ilk, H.G.
A novel approach for small sample size family-based association studies: Sequential tests
(2011) European Journal of Human Genetics, 19 (8), pp. 915-920. Cited 2 times.
Raposo, F., Fernández-Cegrí, V., de la Rubia, M.A., Borja, R., Béline, F., Cavinato, C., Demirer, G.,
Fernández, B., Fernández-Polanco, M., Frigon, J.C., Ganesh, R., Kaparaju, P., Koubova, J., Méndez,
R., Menin, G., Peene, A., Scherer, P., Torrijos, M., Uellendahl, H., Wierinck, I., de Wilde, V.
Biochemical methane potential (BMP) of solid organic substrates: Evaluation of anaerobic
biodegradability using data from an international interlaboratory study
(2011) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 86 (8), pp. 1088-1098. Cited 30 times.
Tural, B., Betül Sopac, Š., Özkan, N., Demir, A.S., Volkan, M.
Preparation and characterization of surface modified γ-Fe 2O 3 (maghemite)silica
nanocomposites used for the purification of benzaldehyde lyase
(2011) Journal of Physics and Chemistry of Solids, 72 (8), pp. 968-973. Cited 3 times.
Kocabas, A., Suday Kocabas, D., Bakir Bolukbasi, U.
One-step purification and characterization of a low molecular weight xylanase from Aspergillus
terreus NRRL 1960
(2011) Journal of Applied Biological Sciences, 5 (2), pp. 61-65. Cited 1 time.
37
Köroǧlu, T.E., Öǧülür, I., Mutlu, S., Yazgan-Karataş, A., Özcengiz, G.
Global regulatory systems operating in bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilis
(2011) Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 20 (3), pp. 144-155. Cited 3 times.
Ozdemir, C., Tuncagil, S., Demirkol, D.O., Timur, S., Toppare, L.
Design of carbon nanotube modified conducting polymer for biosensing applications
(2011) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 48 (7), pp. 503508. Cited 4 times.
Soyaslan, E.T., Çalik, P.
Enhanced recombinant human erythropoietin production by Pichia pastoris in methanol fedbatch/sorbitol batch fermentation through pH optimization
(2011) Biochemical Engineering Journal, 55 (1), pp. 59-65. Cited 7 times.
Unver, E.K., Tarkuc, S., Baran, D., Tanyeli, C., Toppare, L.
Synthesis of new donor-acceptor polymers containing thiadiazoloquinoxaline and
pyrazinoquinoxaline moieties: Low-band gap, high optical contrast, and almost black colored
materials
(2011) Tetrahedron Letters, 52 (21), pp. 2725-2729. Cited 8 times.
Balan, A., Baran, D., Toppare, L.
Benzotriazole containing conjugated polymers for multipurpose organic electronic
applications
(2011) Polymer Chemistry, 2 (5), pp. 1029-1043. Cited 43 times.
Nielsen, R., Kingshott, P., Uyar, T., Hacaloglu, J., Larsen, K.L.
Characterization of β-cyclodextrin modified SiO2
(2011) Surface and Interface Analysis, 43 (5), pp. 884-892. Cited 3 times.
Baran, D., Oktem, G., Celebi, S., Toppare, L.
Neutral-state green conjugated polymers from pyrrole bis-substituted benzothiadiazole and
benzoselenadiazole for electrochromic devices
(2011) Macromolecular Chemistry and Physics, 212 (8), pp. 799-805. Cited 6 times.
Öktem, G., Balan, A., Baran, D., Toppare, L.
Donor-acceptor type random copolymers for full visible light absorption
(2011) Chemical Communications, 47 (13), pp. 3933-3935. Cited 25 times.
Gurkok, S., Cekmecelioglu, D., Ogel, Z.B.
Optimization of culture conditions for Aspergillus sojae expressing an Aspergillus fumigatus
α-galactosidase
(2011) Bioresource Technology, 102 (7), pp. 4925-4929. Cited 1 time.
Bayrac, A.T., Sefah, K., Parekh, P., Bayrac, C., Gulbakan, B., Oktem, H.A., Tan, W.
In vitro selection of DNA aptamers to glioblastoma multiforme
(2011) ACS Chemical Neuroscience, 2 (3), pp. 175-181. Cited 23 times.
Çalik, P., Şahin, M., Taşpinar, H., Soyaslan, E.Ş.., Inankur, B.
Dynamic flux balance analysis for pharmaceutical protein production by Pichia pastoris:
Human growth hormone
(2011) Enzyme and Microbial Technology, 48 (3), pp. 209-216. Cited 2 times.
38
Hizalan, G., Balan, A., Baran, D., Toppare, L.
Spray processable ambipolar benzotriazole bearing electrochromic polymers with multicolored and transmissive states
(2011) Journal of Materials Chemistry, 21 (6), pp. 1804-1809. Cited 14 times.
Dagdeviren, S., Kandilci, H.B., Uysal, B., Zeybek, N.D., Korkusuz, P., Gümüsel, B., Korkusuz, F.
Tumor necrosis factor-alpha antagonist administration recovers skeletal muscle dysfunction in
ovariectomized rats
(2011) Journal of Orthopaedic Research, 29 (2), pp. 275-280.
Özdemir, S., Balan, A., Baran, D., Doan, O., Toppare, L.
Green to highly transmissive switching multicolored electrochromes: Ferrocene pendant group
effect on electrochromic properties
(2011) Reactive and Functional Polymers, 71 (2), pp. 168-174. Cited 8 times.
Yigitsoy, B., Abdul Karim, S.M., Balan, A., Baran, D., Toppare, L.
Multichromic polymers of benzotriazole derivatives: Effect of benzyl substitution
(2011) Electrochimica Acta, 56 (5), pp. 2263-2268. Cited 8 times.
Kaya, E., Balan, A., Baran, D., Cirpan, A., Toppare, L.
Electrochromic and optical studies of solution processable benzotriazole and fluorene
containing copolymers
(2011) Organic Electronics: physics, materials, applications, 12 (1), pp. 202-209. Cited 17 times.
Gürakan, G.C., Aydin, G., Yilmaz, R.
Qualitative detection of GM maize (Bt11) in food and feed sold commercially in Turkey by PCR
based methods
(2011) Indian Journal of Biotechnology, 10 (1), pp. 143-146. Cited 4 times.
Ekiz, F., Yuksel, M., Balan, A., Timur, S., Toppare, L.
Electrochemical Polymerization of (2-Dodecyl-4, 7-di (thiophen-2-yl)-2H-benzo[d][1,2,3]
triazole): A Novel Matrix for Biomolecule Immobilization
(2010) Macromolecular Bioscience, 10 (12), pp. 1557-1565. Cited 10 times.
Akpinar, H., Balan, A., Baran, D., Ünver, E.K., Toppare, L.
Donor-acceptor-donor type conjugated polymers for electrochromic applications:
Benzimidazole as the acceptor unit
(2010) Polymer, 51 (26), pp. 6123-6131. Cited 24 times.
Heybeli, T., Kulacoglu,H., Genc,V., Ergul, Z., Ensari, C., Kiziltay,A., Yilmazer, D., Serbetci,K., Hasirci,
N.
Basic fibroblast growth factor loaded polypropylene meshes in repair of abdominal wall
defects in rats
(2010) Chirurgia (Romania), 107 (6), pp. 809-816.
Ivanova, E.N., Petrov, P., Bouga, M., Emmanouel, N.G., Tunca, R.I., Kence, M.
Genetic variation in honey bee (Apis mellifera L.) populations from Bulgaria [Zmienność
Genetyczna w populacjach pszcoły miodnj(Apis mellifera L.)w Bułagartoii]
(2010) Journal of Apicultural Science, 54 (2), pp. 51-62. Cited 4 times.
Akbaşoǧlu, N., Balan, A., Baran, D., Cirpan, A., Toppare, L.
Electrochemical and optical studies of furan and thieno[3,2-b]thiophene end capped
benzotriazole derivatives
(2010) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 48 (23), pp. 5603-5610. Cited 20
times.
39
Sendur, M., Balan, A., Baran, D., Karabay, B., Toppare, L.
Combination of donor characters in a donor-acceptor-donor (DAD) type polymer containing
benzothiadiazole as the acceptor unit
(2010) Organic Electronics: physics, materials, applications, 11 (12), pp. 1877-1885. Cited 19 times.
Yigitsoy, B., Karim, S.M.A., Balan, A., Baran, D., Toppare, L.
Benzyl substituted benzotriazole containing conjugated polymers: Effect of position of the
substituent on electrochromic properties
(2010) Synthetic Metals, 160 (23-24), pp. 2534-2539. Cited 11 times.
Çalik, P., Bayraktar, E., Inankur, B., Soyaslan, E.Ş., Şahin, M., Taşpinar, H., Açik, E., Yilmaz, R.,
Özdamar, T.H.
Influence of pH on recombinant human growth hormone production by Pichia pastoris
(2010) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 85 (12), pp. 1628-1635. Cited 9 times.
Özdurak, R.H., Şeker, T., Korkusuz, P., Korkusuz, F.
Quantification of anandamide and 2-arachidonylglycerol in plasma samples: A short, non-toxic
HPLC method and sample storage [Plazma örneklerinde anandamid ve 2-araşidonilgliserol'ün
kantitatif deǧerlendirmesi: Ki{dotless}sa, nontoksik bir HPLC metodu ve örnek saklama]
(2010) Turkish Journal of Biochemistry, 35 (3), pp. 279-284.
Saraç, Ö.S., Atalay, V., Cetin-Atalay, R.
GOPred: GO molecular function prediction by combined classifiers
(2010) PLoS ONE, 5 (8), art. no. e12382, . Cited 5 times.
Raposo, F., Fernández-Cegrí, V., De la Rubia, M.A., Borja, R., Beltrán, J., Cavinato, C., Clinckspoor,
M., Demirer, G., Diamadopoulos, E., Frigon, J.C., Koubova, J., Launay, M., Méndez, R., Menin, G.,
Noguerol, J., Uellehdahl, H., West, S.
Quality improvement in determination of chemical oxygen demand in samples considered
difficult to analyze, through participation in proficiency-testing schemes
(2010) TrAC - Trends in Analytical Chemistry, 29 (9), pp. 1082-1091. Cited 11 times.
Deniz, A., Sade, A., Severcan, F., Keskin, D., Tezcaner, A., Banerjee, S.
Celecoxib-loaded liposomes: Effect of cholesterol on encapsulation and in vitro release
characteristics
(2010) Bioscience Reports, 30 (5), pp. 365-373. Cited 9 times.
Bozkurt, T.O., Mcgrann, G.R.D., Maccormack, R., Boyd, L.A., Akkaya, M.S.
Cellular and transcriptional responses of wheat during compatible and incompatible racespecific interactions with Puccinia striiformis f. sp. tritici
(2010) Molecular Plant Pathology, 11 (5), pp. 625-640. Cited 13 times.
Yasinok, A.E., Biran, S., Kocabas, A., Bakir, U.
Xylanase from a soil isolate, Bacillus pumilus: Gene isolation, enzyme production, purification,
characterization and one-step separation by aqueous-two-phase system
(2010) World Journal of Microbiology and Biotechnology, 26 (9), pp. 1641-1652. Cited 7 times.
Uyar, E.O., Hamamci, H., Türkel, S.
Effect of different stresses on trehalose levels in Rhizopus oryzae
(2010) Journal of Basic Microbiology, 50 (4), pp. 368-372. Cited 4 times.
Makas, Y.G., Kalkan, N.A., Aksoy, S., Altinok, H., Hasirci Nesrin, N.
Immobilization of laccase in κ-carrageenan based semi-interpenetrating polymer networks
(2010) Journal of Biotechnology, 148 (4), pp. 216-220. Cited 16 times.
40
Giray, T., Kence, M., Oskay, D., Döke, M.A., Kence, A.
Scientific note: Colony losses survey in Turkey and causes of bee deaths
(2010) Apidologie, 41 (4), pp. 451-453. Cited 11 times.
Gürkök, S., Söyler, B., Biely, P., Ögel, Z.B.
Cloning and heterologous expression of the extracellular alpha-galactosidase from Aspergillus
fumigatus in Aspergillus sojae under the control of gpdA promoter
(2010) Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 64 (3-4), pp. 146-149. Cited 1 time.
Norris, A.L., Özen, C., Serpersu, E.H.
Thermodynamics and kinetics of association of antibiotics with the aminoglycoside
acetyltransferase (3)-IIIb, a resistance-causing enzyme
(2010) Biochemistry, 49 (19), pp. 4027-4035. Cited 8 times.
Iwai, H., Öztürk, B., Ihara, M., Ueda, H.
Antibody affinity maturation in vitro using unconjugated peptide antigen
(2010) Protein Engineering, Design and Selection, 23 (4), pp. 185-193. Cited 6 times.
Serpersu, E.H., Özen, C., Norris, A.L., Steren, C., Whittemore, N.
Backbone resonance assignments of a promiscuous aminoglycoside antibiotic resistance
enzyme; The aminoglycoside phosphotransferase(3′)-IIIa
(2010) Biomolecular NMR Assignments, 4 (1), pp. 9-12. Cited 2 times.
Çelik, E., Çalik, P., Oliver, S.G.
Metabolic flux analysis for recombinant protein production by Pichia pastoris using dual
carbon sources: Effects of methanol feeding rate
(2010) Biotechnology and Bioengineering, 105 (2), pp. 317-329. Cited 22 times.
Çalik, P., Inankur, B., Soyaslan, E.Ş., Şahin, M., Taşpinar, H., Açik, E., Bayraktar, E.
Fermentation and oxygen transfer characteristics in recombinant human growth hormone
production by Pichia pastoris in sorbitol batch and methanol fed-batch operation
(2010) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 85 (2), pp. 226-233. Cited 8 times.
Çalik, P., Balci, O., Özdamar, T.H.
Human growth hormone-specific aptamer identification using improved oligonucleotide ligand
evolution method
(2010) Protein Expression and Purification, 69 (1), pp. 21-28. Cited 6 times.
Özdamar, T.H., Şentürk, B., Yilmaz, O.D., Kocabaş, P., Çalik, G., Çalik, P.
Bioreaction network flux analysis for human protein producing Bacillus subtilis based on
genome-scale model
(2010) Chemical Engineering Science, 65 (1), pp. 574-580.
Demircan, T., Akkaya, M.S.
Virus induced gene silencing in Brachypodium distachyon, a model organism for cereals
(2010) Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 100 (1), pp. 91-96. Cited 21 times.
Çimen, I., Tunçay, S., Banerjee, S.
15-Lipoxygenase-1 expression suppresses the invasive properties of colorectal carcinoma cell
lines HCT-116 and HT-29
(2009) Cancer Science, 100 (12), pp. 2283-2291. Cited 13 times.
41
Uz, E., Yildirim-Ersoy, F., Hakki, E.E., Akkaya, M.S.
Genetic relationship of wild einkorn based on geographical distribution in Anatolia and Thrace
using AFLP markers
(2009) Journal of Applied Biological Sciences, 3 (2), pp. 20-25. Cited 1 time.
Çelik, E., Çalik, P., Oliver, S.G.
Fed-batch methanol feeding strategy for recombinant protein production by Pichia pastoris in
the presence of co-substrate sorbitol
(2009) Yeast, 26 (9), pp. 473-484. Cited 32 times.
Raposo, F., de la Rubia, M.A., Borja, R., Alaiz, M., Beltrán, J., Cavinato, C., Clinckspoor, M., Demirer,
G., Diamadopoulos, E., Helmreich, B., Jenicek, P., Martí, N., Méndez, R., Noguerol, J., Pereira, F.,
Picard, S., Torrijos, M.
An interlaboratory study as useful tool for proficiency testing of chemical oxygen demand
measurements using solid substrates and liquid samples with high suspended solid content
(2009) Talanta, 80 (1), pp. 329-337. Cited 7 times.
Öz, M.T., Yilmaz, R., Eyidoǧan, F., de Graaff, L., Yücel, M., Öktem, H.A.
Microarray Analysis of Late Response to boron toxicity in barley (Hordeum vulgare L.) leaves
[Arpa (Hordeum vulgare L.) Yapraklari{dotless}nda Bor Toksisitesine Geç Tepkinin Mikroarray
Analizleri]
(2009) Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 33 (2), pp. 191-202. Cited 10 times.
Özgür, E., Yücel, M., Öktem, H.A.
Identification and characterization of hydrolytic enzymes from the midgut of the cotton
bollworm, Helicoverpa armigera Hübner (Lepidoptera: Noctuidae)
(2009) Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 33 (3), pp. 285-294. Cited 3 times.
ÇalIk, P., Levent, H.
Effects of pulse feeding of beet molasses on recombinant benzaldehyde lyase production by
Escherichia coli BL21(DE3)
(2009) Applied Microbiology and Biotechnology, 85 (1), pp. 65-73. Cited 5 times.
Kaya-Çeliker, H., Angardi, V., Çalik, P.
Regulatory effects of oxygen transfer on overexpression of recombinant benzaldehyde lyase
production by Escherichia coli BL21 (DE3)
(2009) Biotechnology Journal, 4 (7), pp. 1066-1076. Cited 2 times
Kocabaş, P., Çalik, P., Çalik, G., Özdamar, T.H.
Microarray studies in Bacillus subtilis
(2009) Biotechnology Journal, 4 (7), pp. 1012-1027. Cited 3 times.
Valiev, A., Ogel, Z.B., Klepzig, K.D.
Analysis of cellulase and polyphenol oxidase production by southern pine beetle associated
fungi
(2009) Symbiosis, 49 (1), pp. 37-42. Cited 4 times.
Endogan, T., Serbetci, K., Hasirci, N.
Effects of ingredients on thermal and mechanical properties of acrylic bone cements
(2009) Journal of Applied Polymer Science, 113 (6), pp. 4077-4084. Cited 12 times.
42
Yücel, O., Sargin, A.K., Tekiner, A., Kunak, Z.I., Halili, I., Aydin, A., Ndreu, A., Gözübüyük, A., Can, B.,
Karayilanoglu, T., Genç, O.
Influence of proanthocyanidin on blunt traumatized lungs after nitrogen mustard exposure
(real terror attack simulation) [Proantosiyanidinin nitrojen mustarda maruz
bi{dotless}raki{dotless}lmi{dotless}ş künt travma oluşturulmuş akciǧerlerdeki etkisi (Gerçek
terör saldi{dotless}ri{dotless} simülasyonu)]
(2009) Gulhane Medical Journal, 51 (1), pp. 39-44.
Çelik, E., Çalik, P., Oliver, S.G.
A structured kinetic model for recombinant protein production by Mut+ strain of Pichia
pastoris
(2009) Chemical Engineering Science, 64 (23), pp. 5028-5035. Cited 9 times.
Karahan, M.A., Kulacoglu, H., Seker, D., Ergul, Z., Kiziltay, A., Yilmazer, D., Captug, O., Yavuz, A.,
Serbetci, K., Bilgili, H., Hasirci, N.
How safe is the use of prosthetic materials in the repair of abdominal-wall defects in
malnourished subjects?
(2009) Central European Journal of Medicine, 4 (3), pp. 331-336. Cited 1 time.
Uyar, B., Schumacher, M., Gebicki, J., Modigell, M.
Photoproduction of hydrogen by rhodobacter capsulatus from thermophilic fermentation
effluent
(2009) Bioprocess and Biosystems Engineering, 32 (5), pp. 603-606. Cited 23 times.
Şimşek, Ö., Buzrul, S., Akkoç, N., Alpas, H., Akçelik, M.
Stress response kinetics of two nisin producer strains of lactococcus lactis spp. lactis
(2009) Applied Biochemistry and Biotechnology, 158 (2), pp. 387-397. Cited 1 time.
Molnár, J., Kars, M.D., Gündüz, U., Engi, H., Schumacher, U., Van Damme, E.J., Peumans, W.J.,
Makovitzky, J., Gyémánt, N., Molnár, P.
Interaction of tomato lectin with ABC transporter in cancer cells: Glycosylation confers
functional conformation of P-gp
(2009) Acta Histochemica, 111 (4), pp. 330-334. Cited 12 times.
Acar, H.Y., Kas, R., Yurtsever, E., Ozen, C., Lieberwirth, I.
Emergence of 2MPA as an effective coating for highly stable and luminescent quantum dots
(2009) Journal of Physical Chemistry C, 113 (23), pp. 10005-10012. Cited 24 times.
Ceylan, C., Severcan, M., Bozoglu, F., Severcan, F.
Evaluation of high hydrostatic pressure effects on bovine red blood cells and platelets
(2009) High Pressure Research, 29 (2), pp. 358-368. Cited 2 times.
Koban, E., Gökçek Saraç, Ç., Açan, S.C., Savolainen, P., Togan, I.
Genetic relationship between Kangal, Akbash and other dog populations
(2009) Discrete Applied Mathematics, 157 (10), pp. 2335-2340. Cited 3 times.
Karamollaoǧlu, I., Öktem, H.A., Mutlu, M.
QCM-based DNA biosensor for detection of genetically modified organisms (GMOs)
(2009) Biochemical Engineering Journal, 44 (2-3), pp. 142-150. Cited 16 times.
Uyar, B., Eroglu, I., Yücel, M., Gündüz, U.
Photofermentative hydrogen production from volatile fatty acids present in dark fermentation
effluents
(2009) International Journal of Hydrogen Energy, 34 (10), pp. 4517-4523. Cited 42 times.
43
Orman, M.A., Çalik, P., Özdamar, T.H.
The influence of carbon sources on recombinant-human-growth-hormone production by Pichia
pastoris is dependent on phenotype: A comparison of Muts and Mut+ strains
(2009) Biotechnology and Applied Biochemistry, 52 (3), pp. 245-255. Cited 11 times.
Kars, G., Gündüz, U., Yücel, M., Rakhely, G., Kovacs, K.L., Eroǧlu, I.
Evaluation of hydrogen production by Rhodobacter sphaeroides O.U.001 and its hupSL
deficient mutant using acetate and malate as carbon sources
(2009) International Journal of Hydrogen Energy, 34 (5), pp. 2184-2190. Cited 29 times.
Selcuklu, S.D., Yakicier, M.C., Erson, A.E.
An investigation of microRNAs mapping to breast cancer related genomic gain and loss
regions
(2009) Cancer Genetics and Cytogenetics, 189 (1), pp. 15-23. Cited 16 times.
Çalik, P., Angardi, V., Haykir, N.I., Boyaci, I.H.
Glucose isomerase production on a xylan-based medium by Bacillus thermoantarcticus
(2009) Biochemical Engineering Journal, 43 (1), pp. 8-15. Cited 3 times.
Özdamar, T.H., Şentürk, B., Yilmaz, Ö.D., Çalik, G., Çelik, E., Çalik, P.
Expression system for recombinant human growth hormone production from Bacillus subtilis
(2009) Biotechnology Progress, 25 (1), pp. 75-84. Cited 12 times.
Dagdas, Y.F., Dagdas, G., Unver, T., Akkaya, M.S.
A new ZTL-type F-box functions as a positive regulator in disease resistance: VIGS analysis in
barley against powdery mildew
(2009) Physiological and Molecular Plant Pathology, 74 (1), pp. 41-44.
Duruksu, G., Ozturk, B., Biely, P., Bakir, U., Ogel, Z.B.
Cloning, expression and characterization of endo-β-1,4-mannanase from aspergillus fumigatus
in aspergillus sojae and pichia pastoris
(2009) Biotechnology Progress, 25 (1), pp. 271-276. Cited 13 times.
Ashammakhi, N., Ndreu, A., Nikkola, L., Wimpenny, I., Yang, Y.
Advancing tissue engineering by using electrospun nanofibers
(2008) Regenerative Medicine, 3 (4), pp. 547-574. Cited 28 times.
Severcan, F., Gokduman, K., Dogan, A., Bolay, S., Gokalp, S.
Effects of in-office and at-home bleaching on human enamel and dentin: An in vitro application
of fourier transform infrared study
(2008) Applied Spectroscopy, 62 (11), pp. 1274-1279. Cited 13 times.
Demir, A.S., Ayhan, P., Demirtaş, U., Erkiliç, U.
Fusarium roseum and Aspergillus oryzae-mediated enantioselective reduction of benzils to
benzoins
(2008) Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 55 (3-4), pp. 164-168. Cited 10 times.
Gürakan, G.C., Aksoy, C., Ögel, Z.B., Ören, N.G.
Differentiation of Salmonella typhimurium from Salmonella enteritidis and other Salmonella
serotypes using random amplified polymorphic DNA analysis
(2008) Poultry Science, 87 (6), pp. 1068-1074. Cited 4 times.
44
Kara, F., Gurakan, G.C., Sanin, F.D.
Monovalent cations and their influence on activated sludge floc chemistry, structure, and
physical characteristics
(2008) Biotechnology and Bioengineering, 100 (2), pp. 231-239. Cited 19 times.
Eda Çelik, S., Ozbay, N., Oktar, N., Çalik, P.
Use of biodiesel byproduct crude glycerol as the carbon source for fermentation processes by
recombinant Pichia pastoris
(2008) Industrial and Engineering Chemistry Research, 47 (9), pp. 2985-2990. Cited 29 times.
Akbulut, M., Yücel, M., Öktem, H.A.
Analysis and optimization of DNA delivery into chickpea (Cicer arietinum L.) seedlings by
Agrobacterium tumefacience
(2008) African Journal of Biotechnology, 7 (8), pp. 1011-1017. Cited 5 times.
Ndreu, A., Nikkola, L., Ylikauppilar, H., Ashammakhi, N., Hasirci, V.
Electrospun biodegradable nanofibrous mats for tissue engineering
(2008) Nanomedicine, 3 (1), pp. 45-60. Cited 21 times.
Bayraktar, E., Kocapiçak, O., Mehmetoǧlu, U., Parlaktuna, M., Mehmetoǧlu, T.
Recovery of amino acids from reverse micellar solution by gas hydrate
(2008) Chemical Engineering Research and Design, 86 (2), pp. 209-213. Cited 4 times.
Vrana, E., Builles, N., Hindie, M., Damour, O., Aydinli, A., Hasirci, V.
Contact guidance enhances the quality of a tissue engineered corneal stroma
(2008) Journal of Biomedical Materials Research - Part A, 84 (2), pp. 454-463. Cited 24 times.
Goksu, E.I., Karamanlioglu, M., Bakir, U., Yilmaz, L., Yilmazer, U.
Production and characterization of films from cotton stalk xylan
(2007) Journal of Agricultural and Food Chemistry, 55 (26), pp. 10685-10691. Cited 37 times.
Uyar, B., Eroglu, I., Yücel, M., Gündüz, U., Türker, L.
Effect of light intensity, wavelength and illumination protocol on hydrogen production in
photobioreactors
(2007) International Journal of Hydrogen Energy, 32 (18), pp. 4670-4677. Cited 72 times.
Çelik, E., Çalik, P., Halloran, S.M., Oliver, S.G.
Production of recombinant human erythropoietin from Pichia pastoris and its structural
analysis
(2007) Journal of Applied Microbiology, 103 (6), pp. 2084-2094. Cited 29 times.
Demir, A.S., Ayhan, P., Betül Sopaci, S.
Thiamine pyrophosphate dependent enzyme catalyzed reactions: Stereoselective C-C bond
formations in water
(2007) Clean - Soil, Air, Water, 35 (5), pp. 406-412. Cited 24 times.
Aydoǧan, Ö., Bayraktar, E., Parlaktuna, M., Mehmetoǧlu, T., Mehmetoǧlu, Ü.
Production of L-aspartic acid by biotransformation and recovery using reverse micelle and gas
hydrate methods
(2007) Biocatalysis and Biotransformation, 25 (5), pp. 365-372. Cited 5 times.
Çalik, P., Ileri, N.
pH influences intracellular reaction network of β-lactamase producing Bacillus licheniformis
(2007) Chemical Engineering Science, 62 (18-20), pp. 5206-5211. Cited 1 time.
45
Akpinar, O., Ak, O., Kavas, A., Bakir, U., Yilmaz, L.
Enzymatic production of xylooligosaccharides from cotton stalks
(2007) Journal of Agricultural and Food Chemistry, 55 (14), pp. 5544-5551. Cited 50 times.
Yucel, D., Ozer, N., Hasirci, V.
Construction of a choline biosensor through enzyme immobilization on a poly(2-hydroxyethyl
methacrylate)-grafted teflon film
(2007) Journal of Applied Polymer Science, 104 (5), pp. 3469-3477. Cited 11 times.
Yildirim, M., Bahar, B., Genç, I., Korkmaz, K., Karnez, E.
Diallel analysis of wheat parents and their F2 progenies under medium and low level of
available N in soil
(2007) Journal of Plant Nutrition, 30 (6), pp. 937-945. Cited 1 time.
Ileri, N., Çalik, P., Şengül, A.
Phosphate enrichment and fed-batch operation for prolonged β-lactamase production by
Bacillus licheniformis
(2007) Journal of Applied Microbiology, 102 (5), pp. 1418-1426.
Açar, S., Yücel, M., Hamamci, H.
Purification and characterisation of two isozymes of pyruvate decarboxylase from Rhizopus
oryzae
(2007) Enzyme and Microbial Technology, 40 (4), pp. 675-682. Cited 5 times.
Karahuseyinoglu, S., Cinar, O., Kilic, E., Kara, F., Akay, G.G., Demiralp, D.Ö., Tukun, A., Uckan, D.,
Can, A.
Biology of stem cells in human umbilical cord stroma: In situ and in vitro surveys
(2007) Stem Cells, 25 (2), pp. 319-331. Cited 253 times.
Tükel, Ç., Avşaroǧlu, M.D., Şimsek, Ö., Akçelik, M.
Isolation and partial characterization of a novel bacteriocin produced by Lactococcus lactis
ssp. lactis MC38
(2007) Journal of Food Safety, 27 (1), pp. 17-29. Cited 7 times.
Dogan, A., Siyakus, G., Severcan, F.
FTIR spectroscopic characterization of irradiated hazelnut (Corylus avellana L.)
(2007) Food Chemistry, 100 (3), pp. 1106-1114. Cited 57 times.
Büyükkileci, A.O., Hamamci, H., Yucel, M.
Lactate and ethanol productions by Rhizopus oryzae ATCC 9363 and activities of related
pyruvate branch point enzymes
(2006) Journal of Bioscience and Bioengineering, 102 (5), pp. 464-466. Cited 4 times.
Zorlutuna, P., Tezcaner, A., Kiyat, I., Aydinli, A., Hasirci, V.
Cornea engineering on polyester carriers
(2006) Journal of Biomedical Materials Research - Part A, 79 (1), pp. 104-113. Cited 10 times.
Dilek Sanin, F., Vatansever, A., Turtin, I., Kara, F., Durmaz, B., Sesay, M.L.
Operational conditions of activated sludge: Influence on flocculation and dewaterability
(2006) Drying Technology, 24 (10), pp. 1297-1306. Cited 9 times.
46
Kocabaş, P., Çalik, P., Özdamar, T.H.
Fermentation characteristics of l-tryptophan production by thermoacidophilic Bacillus
acidocaldarius in a defined medium
(2006) Enzyme and Microbial Technology, 39 (5), pp. 1077-1088. Cited 8 times.
Öztürk, Y., Yücel, M., Daldal, F., Mandaci, S., Gündüz, U., Türker, L., Eroǧlu, I.
Hydrogen production by using Rhodobacter capsulatus mutants with genetically modified
electron transfer chains
(2006) International Journal of Hydrogen Energy, 31 (11), pp. 1545-1552. Cited 43 times.
Ögel, Z.B., Yüzügüllü, Y., Mete, S., Bakir, U., Kaptan, Y., Sutay, D., Demir, A.S.
Production, properties and application to biocatalysis of a novel extracellular alkaline phenol
oxidase from the thermophilic fungus Scytalidium thermophilum
(2006) Applied Microbiology and Biotechnology, 71 (6), pp. 853-862. Cited 22 times.
Hasirci, V., Kenar, H.
Novel surface patterning approaches for tissue engineering and their effect on cell behavior
(2006) Nanomedicine, 1 (1), pp. 73-90. Cited 25 times.
Sesay, M.L., Özcengiz, G., Dilek Sanin, F.
Enzymatic extraction of activated sludge extracellular polymers and implications on
bioflocculation
(2006) Water Research, 40 (7), pp. 1359-1366. Cited 27 times.
Çalik, P., Yilgör, P., Demir, A.S.
Influence of controlled-pH and uncontrolled-pH operations on recombinant benzaldehyde lyase
production by Escherichia coli
(2006) Enzyme and Microbial Technology, 38 (5), pp. 617-627. Cited 17 times.
Akçelik, O., Tükel, Ç., Özcengiz, G., Akçelik, M.
Characterization of bacteriocins from two Lactococcus lactis subsp. lactis isolates
(2006) Molecular Nutrition and Food Research, 50 (3), pp. 306-313. Cited 24 times.
Ileri, N., Çalik, P.
Effects of pH strategy on endo- and exo-metabolome profiles and sodium potassium hydrogen
ports of β-lactamase-producing Bacillus licheniformis
(2006) Biotechnology Progress, 22 (2), pp. 411-419. Cited 18 times.
Kenar, H., Köse, G.T., Hasirci, V.
Tissue engineering of bone on micropatterned biodegradable polyester films
(2006) Biomaterials, 27 (6), pp. 885-895. Cited 46 times.
Ulubayram, K., Kiziltay, A., Yilmaz, E., Hasirci, N.
Desferrioxamine release from gelatin-based systems
(2005) Biotechnology and Applied Biochemistry, 42 (3), pp. 237-245. Cited 5 times.
Coskun, S., Korkusuz, F., Hasirci, V.
Hydroxyapatite reinforced poly(3-hydroxybutyrate) and poly(3-hydroxybutyrate-co-3hydroxyvalerate) based degradable composite bone plate
(2005) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 16 (12), pp. 1485-1502. Cited 25 times.
47
Çalik, P., Ileri, N., Erdinç, B.I., Aydogan, N., Argun, M.
Novel antifoam for fermentation processes: Fluorocarbon-hydrocarbon hybrid unsymmetrical
bolaform surfactant
(2005) Langmuir, 21 (19), pp. 8613-8619. Cited 12 times.
Çalik, P., Arifoǧlu, M., Çalik, G.
Oxygen transfer effects in β-lactamase fermentation by Bacillus licheniformis in a glucosebased defined medium
(2005) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 80 (9), pp. 1062-1071. Cited 4 times.
Hakki, S.S., Nohutcu, R.M., Hakki, E.E., Berry, J.E., Akkaya, M.S., Somerman, M.J.
Dexamethasone and basic-fibroblast growth factor regulate markers of mineralization in
cementoblasts in vitro
(2005) Journal of Periodontology, 76 (9), pp. 1550-1558. Cited 22 times.
Köse, G.T., Korkusuz, F., Özkul, A., Soysal, Y., Özdemir, T., Yildiz, C., Hasirci, V.
Tissue engineered cartilage on collagen and PHBV matrices
(2005) Biomaterials, 26 (25), pp. 5187-5197. Cited 57 times.
Mozafari, M.R., Reed, C.J., Rostron, C., Hasirci, V.
A review of scanning probe microscopy investigations of liposome-DNA complexes
(2005) Journal of Liposome Research, 15 (1-2), pp. 93-107. Cited 20 times.
El-Bashiti, T., Hamamci, H., Öktem, H.A., Yücel, M.
Biochemical analysis of trehalose and its metabolizing enzymes in wheat under abiotic stress
conditions
(2005) Plant Science, 169 (1), pp. 47-54. Cited 30 times.
Muvaffak, A., Gurhan, I., Gunduz, U., Hasirci, N.
Preparation and characterization of a biodegradable drug targeting system for anticancer drug
delivery: Microsphere-antibody conjugate
(2005) Journal of Drug Targeting, 13 (3), pp. 151-159. Cited 15 times.
Korkusuz, E.A., Beklioǧlu, M., Demirer, G.N.
Comparison of the treatment performances of blast furnace slag-based and gravel-based
vertical flow wetlands operated identically for domestic wastewater treatment in Turkey
(2005) Ecological Engineering, 24 (3), pp. 187-200. Cited 57 times.
Avcioglu, B., Eyupoglu, B., Bakir, U.
Production and characterization of xylanases of a Bacillus strain isolated from soil
(2005) World Journal of Microbiology and Biotechnology, 21 (1), pp. 65-68. Cited 10 times.
Korkusuz, E.A., Beklioǧlu, M., Demirer, G.N.
Treatment efficiencies of the vertical flow pilot-scale constructed wetlands for domestic
wastewater treatment
(2004) Turkish Journal of Engineering and Environmental Sciences, 28 (5), pp. 333-344. Cited 6
times.
Muvaffak, A., Gurhan, I., Hasirci, N.
Prolonged cytotoxic effect of colchicine released from biodegradable microspheres
(2004) Journal of Biomedical Materials Research - Part B Applied Biomaterials, 71 (2), pp. 295304. Cited 31 times.
48
Çalik, G., Pehlivan, N., Özçelik, I.Ş., Çalik, P., Özdamar, T.H.
Fermentation and oxygen transfer characteristics in serine alkaline protease production by
recombinant Bacillus subtilis in molasses-based complex medium
(2004) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 79 (11), pp. 1243-1250. Cited 2 times.
Demir, A.S., Hamamci, H., Ayhan, P., Duygu, A.N., Igdir, A.C., Capanoglu, D.
Fungi mediated conversion of benzil to benzoin and hydrobenzoin
(2004) Tetrahedron Asymmetry, 15 (16), pp. 2579-2582. Cited 22 times.
Köse, G.T., Korkusuz, F., Korkusuz, P., Hasirci, V.
In vivo tissue engineering of bone using poly(3-hydroxybutyric acid-co-3-hydroxyvaleric acid)
and collagen scaffolds
(2004) Tissue Engineering, 10 (7-8), pp. 1234-1250. Cited 36 times.
Muvaffak, A., Gürhan, I., Hasirci, N.
Cytotoxicity of 5-fluorouracil entrapped in gelatin microspheres
(2004) Journal of Microencapsulation, 21 (3), pp. 293-306. Cited 17 times.
Çirli, Ö.Ö., Hasirci, V.
UV-induced drug release from photoactive REV sensitized by suprofen
(2004) Journal of Controlled Release, 96 (1), pp. 85-96. Cited 8 times.
Çelik, E., Çalik, P.
Bioprocess parameters and oxygen transfer characteristics in β-lactamase production by
Bacillus species
(2004) Biotechnology Progress, 20 (2), pp. 491-499. Cited 22 times.
Kok, F.N., Hasirci, V.
Determination of binary pesticide mixtures by an acetylcholinesterase- choline oxidase
biosensor
(2004) Biosensors and Bioelectronics, 19 (7), pp. 661-665. Cited 69 times.
Keskin, D.S., Wise, D.L., Hasirci, V.
Pain control via opioid analgesic-local anesthetic loaded IPNs.
(2004) Current drug delivery., 1 (1), pp. 57-64. Cited 7 times.
Çalik, P., Kalender, N., Özdamar, T.H.
Overexpression of serine alkaline protease encoding gene in Bacillus species: Performance
analyses
(2003) Enzyme and Microbial Technology, 33 (7), pp. 967-974. Cited 9 times.
Çalik, P., Çelik, E., Telli, I.E., Oktar, C., Özdemir, E.
Protein-based complex medium design for recombinant serine alkaline protease production
(2003) Enzyme and Microbial Technology, 33 (7), pp. 975-986. Cited 8 times.
Torun Köse, G., Korkusuz, F., Korkusuz, P., Purali, N., Özkul, A., Hasirci, V.
Bone generation on PHBV matrices: An in vitro study
(2003) Biomaterials, 24 (27), pp. 4999-5007. Cited 63 times.
Muvaffak, A., Hasirci, N.
The use of antibodies in diagnosis and therapy of cancer.
(2003) Advances in experimental medicine and biology, 534, pp. 309-325. Cited 3 times.
49
Sendil Keskin, D., Hasirci, V.
Controlled release of bioactive agents in gene therapy and tissue engineering.
(2003) Advances in experimental medicine and biology, 534, pp. 279-296. Cited 2 times.
Hasirci, V., Bonney, I., Goudas, L.C., Shuster, L., Carr, D.B., Wise, D.L.
Antihyperalgesic effect of simultaneously released hydromorphone and bupivacaine from
polymer fibers in the rat chronic constriction injury model
(2003) Life Sciences, 73 (26), pp. 3323-3337. Cited 9 times.
Tezcaner, A., Bugra, K., Hasirci, V.
Retinal pigment epithelium cell culture on surface modified poly(hydroxybutyrate-cohydroxyvalerate) thin films
(2003) Biomaterials, 24 (25), pp. 4573-4583. Cited 50 times.
Baran, E.T., Özer, N., Hasirci, V.
Solid-phase enzyme modification via affinity chromatography
(2003) Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life
Sciences, 794 (2), pp. 311-322. Cited 11 times.
Şeker, T., Hamamci, H.
Trehalose, glycogen and ethanol metabolism in the gcr1 mutant of Saccharomyces cerevisiae
(2003) Folia Microbiologica, 48 (2), pp. 193-198. Cited 3 times.
Şendil-Keskin, D., Altunay, H., Wise, D.L., Hasirci, V.
In vivo pain relief effectiveness of an analgesic-anesthetic carrying biodegradable controlled
release rod systems
(2003) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 14 (6), pp. 497-514. Cited 6 times.
Sendil, D., Maszczynska Bonney, I., Carr, D.B., Lipkowski, A.W., Wise, D.L., Hasirci, V.
Antinociceptive effects of hydromorphone, bupivacaine and biphalin released from PLGA
polymer after intrathecal implantation in rats
(2003) Biomaterials, 24 (11), pp. 1969-1976. Cited 10 times.
Torun Köse, G., Kenar, H., Hasirci, N., Hasirci, V.
Macroporous poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) matrices for bone tissue
engineering
(2003) Biomaterials, 24 (11), pp. 1949-1958. Cited 111 times.
Çalik, P., Bayram, A., Özdamar, T.H.
Regulatory effects of alanine-group amino acids on serine alkaline protease production by
recombinant Bacillus licheniformis
(2003) Biotechnology and Applied Biochemistry, 37 (2), pp. 165-171. Cited 6 times.
Yagmurlu, A., Barlas, M., Gursel, I., Gokcora, I.H.
Reduction of surgery-induced peritoneal adhesions by continuous release of streptokinase
from a drug delivery system
(2003) European Surgical Research, 35 (1), pp. 46-49. Cited 5 times.
Elpek, G., Içgen, B., Özcengiz, G.
Colicinogeny, lipopolysaccharide and outer membrane protein profiles of multi-drug resistant
Salmonella typhimurium isolates from turkey
(2002) Turkish Journal of Medical Sciences, 32 (6), pp. 483-486. Cited 1 time.
50
Çalik, P., Şenver Özçelik, I., Çalik, G., Özdamar, T.H.
Enzyme-ion exchanger interactions in serine alkaline protease separation: Theory, equilibria
and kinetics
(2002) Biochemical Engineering Journal, 12 (3), pp. 193-204. Cited 4 times.
Içgen, Y., Içgen, B., Özcengiz, G.
Regulation of crystal protein biosynthesis by Bacillus thuringiensis: II. Effects of carbon and
nitrogen sources
(2002) Research in Microbiology, 153 (9), pp. 605-609. Cited 18 times.
Içgen, Y., Içgen, B., Özcengiz, G.
Regulation of crystal protein biosynthesis by Bacillus thuringiensis: I. Effects of mineral
elements and pH
(2002) Research in Microbiology, 153 (9), pp. 599-604. Cited 10 times.
Gen, B., Gurakan, G.C., Ozcengiz, G.
Characterisation of local isolates of Enterobacteriaceae from Turkey
(2002) Microbiological Research, 157 (3), pp. 233-238. Cited 2 times.
Dünkelmann, P., Kolter-Jung, D., Nitsche, A., Demir, A.S., Siegert, P., Lingen, B., Baumann, M., Pohl,
M., Müller, M.
Development of a donor-acceptor concept for enzymatic cross-coupling reactions of
aldehydes: The first asymmetric cross-benzoin condensation
(2002) Journal of the American Chemical Society, 124 (41), pp. 12084-12085. Cited 152 times.
Çalik, P., Bilir, E., Çalik, G., Özdamar, T.H.
Influence of pH conditions on metabolic regulations in serine alkaline protease production by
Bacillus licheniformis
(2002) Enzyme and Microbial Technology, 31 (5), pp. 685-697. Cited 29 times.
Köse, G.T., Tezcaner, A., Hasirci, V.
Fundamentals of tissue engineering: Carrier materials and an application
(2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 187-201. Cited 8 times.
Demir, A.S., Hamamci, H., Sesenoglu, O., Neslihanoglu, R., Asikoglu, B., Capanoglu, D.
Fungal deracemization of benzoin
(2002) Tetrahedron Letters, 43 (36), pp. 6447-6449. Cited 37 times.
Içgen, B., Özcengiz, G., Alaeddinoglu, N.G.
Evaluation of symbiotic effectiveness of various Rhizobium cicer strains
(2002) Research in Microbiology, 153 (6), pp. 369-372. Cited 10 times.
Içgen, B., Candan Gürakan, G., Özcengiz, G.
Characterization of Salmonella Enteritidis isolates of chicken, egg and human origin from
Turkey
(2002) Food Microbiology, 19 (4), pp. 375-382. Cited 17 times.
Kok, F.N., Bozoglu, F., Hasirci, V.
Construction of an acetylcholinesterase-choline oxidase biosensor for aldicarb determination
(2002) Biosensors and Bioelectronics, 17 (6-7), pp. 531-539. Cited 65 times.
51
Baran, E.T., Özer, N., Hasirci, V.
Poly(hydroxybutyrate-co-hydroxyvalerate) nanocapsules as enzyme carriers for cancer
therapy: An in vitro study
(2002) Journal of Microencapsulation, 19 (3), pp. 363-376. Cited 35 times.
Çalik, P., Özdamar, T.H.
Metabolic flux analysis for human therapeutic protein productions and hypothesis for new
therapeutical strategies in medicine
(2002) Biochemical Engineering Journal, 11 (1), pp. 49-68. Cited 11 times.
Şendil, D., Wise, D.L., Hasirci, V.
Assessment of biodegradable controlled release rod systems for pain relief applications
(2002) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 13 (1), pp. 1-15. Cited 13 times.
Hasirci, V., Litman, A.E., Trantolo, D.J., Gresser, J.D., Wise, D.L., Margolis, H.C.
PLGA bone plates reinforced with crosslinked PPF
(2002) Journal of Materials Science: Materials in Medicine, 13 (2), pp. 159-167. Cited 3 times.
Hasirci, V., Tezcaner, A., Hasirci, N., Süzer, Ş.
Oxygen plasma modification of poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) film surfaces for
tissue engineering purposes
(2002) Journal of Applied Polymer Science, 87 (8), pp. 1285-1289. Cited 23 times.
Gursel, I., Yagmurlu, F., Korkusuz, F., Hasirci, V.
In vitro antibiotic release from poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) rods
(2002) Journal of Microencapsulation, 19 (2), pp. 153-164. Cited 34 times.
Özalp, Y., Özdemir, N., Hasirci, V.
Vancomycin release from poly(D,L-lactide) and poly(lactide-co-glycolide) disks
(2002) Journal of Microencapsulation, 19 (1), pp. 83-94. Cited 5 times.
Coşkun, S., Hasirci, V.
Biodegradable bone plate integrated with growth factor releasing microcapsule system
(2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 267-269.
Şendil, D., Wise, D.L., Hasirci, V.
Pain reliever delivery from two different controlled release systems
(2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 338-342.
Şendil, D., Maszcynska, I., Carr, D.B., Lipkowski, A.W., Wise, D.L., Hasirci, V.
Pain control via intrathecal polymeric implants
(2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 334-338.
Çirli, Ö.Ö., Hasirci, V.
Photoactive liposomes as drug carriers
(2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 332-334.
Muvaffak, A., Hasirci, N.
Controlled release from glutaraldehyde crosslinked gelatin microspheres
(2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 347-350. Cited 10 times.
52
Çinar, S., Hasirci, V.
Characterization of gamma radiation initiated, highly swellable poly(N-vinyl 2-pyrrolidone)
hydrogels
(2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 311-314.
Içgen, B., Gürakan, G.C., Özcengiz, G.
Effects of plasmid curing on antibiotic susceptibility, phage type, lipopoly saccharide and
outer membrane protein profiles in local Salmonella isolates
(2001) Food Microbiology, 18 (6), pp. 631-635. Cited 6 times.
Çalik, P., Çalik, G., Özdamar, T.H.
Bioprocess development for serine alkaline protease production: A review
(2001) Reviews in Chemical Engineering, 17 (4 SUPPL.), pp. 1-59. Cited 13 times.
Kok, F.N., Bozoglu, F., Hasirci, V.
Immobilization of acetylcholinesterase and choline oxidase in / on pHEMA membrane for
biosensor construction
(2001) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 12 (11), pp. 1161-1176. Cited 7 times.
Bakir, U., Yavascaoglu, S., Guvenc, F., Ersayin, A.
An endo-β-1,4-xylanase from Rhizopus oryzae: Production, partial purification and biochemical
characterization
(2001) Enzyme and Microbial Technology, 29 (6-7), pp. 328-334. Cited 44 times.
Hasirci, V., Berthiaume, F., Bondre, S.P., Gresser, J.D., Trantolo, D.J., Toner, M., Wise, D.L.
Expression of liver-specific functions by rat hepatocytes seeded in treated poly(lactic-coglycolic) acid biodegradable foams
(2001) Tissue Engineering, 7 (4), pp. 385-394. Cited 45 times.
Demir, A.S., Hamamci, H., Sesenoglu, O., Aydogan, F., Capanoglu, D., Neslihanoglu, R.
Simple chemoenzymatic access to enantiopure pharmacologically interesting (R)-2hydroxypropiophenones
(2001) Tetrahedron Asymmetry, 12 (13), pp. 1953-1956. Cited 33 times.
Türesin, F., Gürsel, I., Hasirci, V.
Biodegradable polyhydroxyalkanoate implants for osteomyelitis therapy: In vitro antibiotic
release
(2001) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 12 (2), pp. 195-207. Cited 39 times.
Çalik, P., Özdamar, T.H.
Carbon sources affect metabolic capacities of Bacillus species for the production of industrial
enzymes: Theoretical analyses for serine and neutral proteases and α-amylase
(2001) Biochemical Engineering Journal, 8 (1), pp. 61-81. Cited 31 times.
Ögel, Z.B., Yarangümeli, K., Dü, H., Ifrij, I.
Submerged cultivation of Scytalidium thermophilum on complex lignocellulosic biomass for
endoglucanase production
(2001) Enzyme and Microbial Technology, 28 (7-8), pp. 689-695. Cited 33 times.
Hasrc, V., Lewandrowski, K., Gresser, J.D., Wise, D.L., Trantolo, D.J.
Versatility of biodegradable biopolymers: Degradability and an in vivo application
(2001) Journal of Biotechnology, 86 (2), pp. 135-150. Cited 80 times.
53
Korkusuz, F., Korkusuz, P., Ekşioĝlu, F., Gürsel, I., Hasirci, V.
In vivo response to biodegradable controlled antibiotic release systems
(2001) Journal of Biomedical Materials Research, 55 (2), pp. 217-228. Cited 39 times.
Hakki, E.E., Akkaya, M.S.
RT-PCR amplification of a Rhizopus oryzae lactate dehydrogenase gene fragment
(2001) Enzyme and Microbial Technology, 28 (2-3), pp. 259-264. Cited 13 times.
Özalp, Y., Özdemir, N., Kocagöz, S., Hasirci, V.
Controlled release of vancomycin from biodegradable microcapsules
(2001) Journal of Microencapsulation, 18 (1), pp. 89-110. Cited 24 times.
Gürsel, I., Korkusuz, F., Türesin, F., Gürdal Alaeddinoǧlu, N., Hasirci, V.
In vivo application of biodegradable controlled antibiotic release systems for the treatment of
implant-related osteomyelitis
(2001) Biomaterials, 22 (1), pp. 73-80. Cited 90 times.
Ozturk, Z.N., Ogel, Z.B.
PCR with degenerate primers amplifies a subgenomic DNA fragment from the endoglucanase
gene(s) of Torula thermophila, a thermophilic fungus
(2000) Applied Biochemistry and Biotechnology - Part B Molecular Biotechnology, 16 (2), pp. 109115. Cited 2 times.
Demir, A.S., Aksoy-Cam, H., Camkerten, N., Hamamci, H., Doǧanel, F.
An efficient synthesis of (1S, 2R)-1-amino-2-indanol, a key intermediate of HIV protease
inhibitor, indinavir
(2000) Turkish Journal of Chemistry, 24 (2), pp. 141-146. Cited 11 times.
Türker, L., Sudaǧidan, M.
Theoretical aspects of some 4-[2,6-substituted-9H-purin-9-yl]-2-cyclopentene-1-methanol
derivatives as anti-HIV agents
(2000) ACH - Models in Chemistry, 137 (1), pp. 49-56.
Hasirci, V., Lewandrowski, K.U., Bondre, S.P., Gresser, J.D., Trantolo, D.J., Wise, D.L.
High strength bioresorbable bone plates: Preparation, Mechanical properties and in vitro
analysis
(2000) Bio-Medical Materials and Engineering, 10 (1), pp. 19-29. Cited 11 times.
Lewandrowski, K.-U., Gresser, J.D., Wise, D.L., Trantolo, D.J., Hasirci, V.
Tissue responses to molecularly reinforced polylactide-co-glycolide implants
(2000) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 11 (4), pp. 401-414. Cited 6 times.
Yiǧit, D.Ö., Gündüz, U., Türker, L., Yücel, M., Eroǧlu, n.
Identification of by-products in hydrogen producing bacteria; Rhodobacter sphaeroides O.U.
001 grown in the waste water of a sugar refinery
(1999) Progress in Industrial Microbiology, 35 (C), pp. 125-131. Cited 1 time.
Kök, F.N., Yakup Arca, M., Gencer, O., Abak, K., Hasrc, V.
Controlled release of aldicarb from carboxymethyl cellulose microspheres: In vitro and field
applications
(1999) Pesticide Science, 55 (12), pp. 1194-1202. Cited 19 times.
54
Yildiz, E.E., Özcengiz, G., Içgen, B., Alaeddinoǧlu, N.G.
Assignment of biological functions to specific plasmids in a local isolate of Rhizobium cicer
(1999) Folia Microbiologica, 44 (1), pp. 55-58.
Yagmurlu, M.F., Korkusuz, F., Gürsel, I., Korkusuz, P., Örs, U., Hasirci, V.
Sulbactam-cefoperazone polyhydroxybutyrate-co-hydroxyvalerate (PHBV) local antibiotic
delivery system: In vivo effectiveness and biocompatibility in the treatment of implant-related
experimental osteomyelitis
(1999) Journal of Biomedical Materials Research, 46 (4), pp. 494-503. Cited 60 times.
Kök, F.N., Wilkins, R.M., Cain, R.B., Arica, M.Y., Alaeddinoǧlu, G., Hasirci, V.
Controlled release of aldicarb from lignin loaded ionotropic hydrogel microspheres
(1999) Journal of Microencapsulation, 16 (5), pp. 613-623. Cited 14 times.
Yaylaoglu, M.B., Yildiz, C., Korkusuz, F., Hasirci, V.
A novel osteochondral implant
(1999) Biomaterials, 20 (16), pp. 1513-1520. Cited 73 times.
Yaylaoǧlu, M.B., Korkusuz, P., Örs, U., Korkusuz, F., Hasirci, V.
Development of a calcium phosphate-gelatin composite as a bone substitute and its use in
drug release
(1999) Biomaterials, 20 (8), pp. 711-719. Cited 72 times.
Ak, O., Bakir, U., Guray, T.
Production, purification and characterization of chitosanase from Penicillium spinulosum
(1998) Biochemical Archives, 14 (4), pp. 221-225. Cited 7 times.
Köse, G.T., Arica, M.Y., Hasirci, V.
Low-molecular-weight heparin-conjugated liposomes with improved stability and
hemocompatibility
(1998) Drug Delivery: Journal of Delivery and Targeting of Therapeutic Agents, 5 (4), pp. 257264. Cited 1 time.
Ak, Ö., Bakir, U., Güray, T.
Isolation of a chitosan degrading fungus, Penicillium spinulosum, and chitosanase production
by the isolate
(1998) Studies in Organic Chemistry, 53 (C), pp. 265-268.
Eker, F., Haris, P.I., Severcan, F.
Vitamin Dr-Melittia-phospholipid model membrane interactions
(1998) Biochemical Society Transactions, 26 (4), . Cited 1 time.
Arica, M.Y., Denizli, A., Baran, T., Hasirci, V.
Dye derived and metal incorporated affinity poly(2-hydroxyethyl methacrylate) membranes for
use in enzyme immobilization
(1998) Polymer International, 46 (4), pp. 345-352. Cited 31 times.
Erdogdu, G., Hasirci, V.
An overview of the role of mineral solubility in silicosis and asbestosis
(1998) Environmental Research, 78 (1), pp. 38-42. Cited 15 times.
55
Mozafari, M.R., Zareie, M.H., Piskin, E., Hasirci, V.
Formation of supramolecular structures by negatively charged liposomes in the presence of
nucleic acids and divalent cations
(1998) Drug Delivery: Journal of Delivery and Targeting of Therapeutic Agents, 5 (2), pp. 135141. Cited 14 times.
Arica, M.Y., Alaeddinoǧlu, N.G., Hasirci, V.
Immobilization of glucoamylase onto activated pHEMA/EGDMA microspheres: Properties and
application to a packed-bed reactor
(1998) Enzyme and Microbial Technology, 22 (3), pp. 152-157. Cited 62 times.
Mozafari, M.R., Hasirci, V.
Mechanism of calcium ion induced multilamellar vesicle-DNA interaction
(1998) Journal of Microencapsulation, 15 (1), pp. 55-65. Cited 21 times.
Kök, F.N., Arica, M.Y., Hasirci, V.
Construction of a bioraactor for the degradation of the pesticide, aldicarb
(1997) Studies in Environmental Science, 66 (C), pp. 603-610.
Arica, M.Y., Yiǧtoǧlu, M., Lale, M., Kök, F.N., Hasirci, V.
Controlled release of Aldicarb from carboxymethylcellulese microcapsules
(1997) Turkish Journal of Chemistry, 21 (2), pp. 100-104. Cited 2 times.
Baran, T., Arica, M.Y., Denizli, A., Hasirci, V.
Comparison of β-galactosidase immobilization by entrapment in and adsorption on poly(2hydroxyethylmethacrylate) membranes
(1997) Polymer International, 44 (4), pp. 530-536. Cited 16 times.
Zareýe, M.H., Mozafarý, M.R., Hasirci, V., Pýpkýn, E.
Scanning tunnelling microscopy investigation of liposome-DNA-Ca2+ complexes
(1997) Journal of Liposome Research, 7 (4), pp. 491-502. Cited 14 times.
Kaplan, O., Bakir, U., Erarslan, A.
Thermal inactivation of native and crosslinked invertases
(1997) Biotechnology Techniques, 11 (9), pp. 621-623. Cited 2 times.
Arica, M.Y., Denizli, A., Salih, B., Piskin, E., Hasirci, V.
Catalase adsorption onto Cibacron Blue F3GA and Fe(III)-derivatized poly(hydroxyethyl
methacrylate) membranes and application to a continuous system
(1997) Journal of Membrane Science, 129 (1), pp. 65-76. Cited 57 times.
Arica, B., Arica, M.Y., Kaş, H.S., Hincal, A.A., Hasirci, V.
In-vitro studies of enteric coated diclofenac sodium-carboxymethylcellulose microspheres
(1996) Journal of Microencapsulation, 13 (6), pp. 689-699. Cited 16 times.
Zareie, M.H., Borucu, A., Ozden, M.Y., Hasirci, V., Pişkin, E.
Imaging of liposomes by scanning tunneling microscopy
(1996) Artificial Cells, Blood Substitutes, and Immobilization Biotechnology, 24 (5), pp. 525-531. Cited
5 times.
56
Darvari, R., Hasirci, V.
Pesticide and model drug release from carboxymethylceullose microspheres
(1996) Journal of Microencapsulation, 13 (1), pp. 9-24. Cited 22 times.
Arica, M.Y., Hasirci, V., Alaeddinoǧlu, N.G.
Covalent immobilization of α-amylase onto pHEMA microspheres: Preparation and application
to fixed bed reactor
(1995) Biomaterials, 16 (10), pp. 761-768. Cited 88 times.
Gursel, I., Hasirci, V.
Properties and drug release behaviour of poly(3-hydroxybutyric acid) and various poly(3hydroxybutyrate-hydroxyvalerate) copolymer microcapsules
(1995) Journal of Microencapsulation, 12 (2), pp. 185-193. Cited 48 times.
Gursel, M., Hasirci, V.
Influence of membrane components on the stability and drug release properties of reverse
phase evaporation vesicles (REVs): Light sensitive all-trans retinal, negatively charged
phospholipid dicetylphosphate and cholesterol
(1995) Journal of Microencapsulation, 12 (6), pp. 661-669. Cited 4 times.
Arica, M.Y., Hasirci, V.
Glucose oxidase sandwiched between pHEMA layers: A continuous flow reactor application
(1993) Biomaterials, 14 (11), pp. 809-816. Cited 12 times.
Arica, M.Y., Hasirci, V.
Bioreactor applications of glucose oxidase covalently bonded on pHEMA membranes
(1993) Biomaterials, 14 (11), pp. 803-808. Cited 16 times.
Arica, M.Y., Hasirci, V.
Immobilization of glucose oxidase: A comparison of entrapment and covalent bonding
(1993) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 58 (3), pp. 287-292. Cited 53 times.
Arica, M.Y., Sharif, F.A., Alaeddinoglu, N.G., Hasirci, N., Hasirci, V.
Covalent immobilization of Aspergillus niger on pHEMA membrane: Application to continuous
flow reactors
(1993) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 58 (3), pp. 281-285. Cited 19 times.
57
BĠYOTEKNOLOJĠ BÖLÜM BAġKANLARI
GÖREV TARĠHĠ
ADI SOYADI
1989 – 1990 (GIDA MÜH.)
Prof. Dr. Faruk Bozoğlu
1990 – 1991 (BĠYOLOJĠ)
Prof. Dr. Gürdal Aleaddinoğlu
1991 – 1992 (BĠYOLOJĠ)
Prof. Dr. Ufuk Gündüz
1992 – 1993 (KĠMYA MÜH.)
Prof. Dr. Ġnci Eroğlu
1993 – 1994 (KĠMYA)
Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
1994 – 1995 (ÇEVRE MÜH.)
Prof. Dr. Ülkü YetiĢ
1995 – 1997 (GIDA MÜH.)
Prof. Dr. Haluk Hamamcı
1997 – 1999 (BĠYOLOJĠ)
Prof. Dr. Meral Yücel
1999 – 2001 (KĠMYA MÜH.)
Prof. Dr. Suzan Kıncal
2001 – 2003 (KĠMYA)
Prof. Dr. Ayhan Sıtkı Demir
2003 – 2005 (ÇEVRE MÜH.)
Prof. Dr. F. Dilek Sanin
2005 – 2006 (GIDA MÜH.)
Prof. Dr. Zümrüt Ögel (09.2005 – 11.2005)
Prof. Dr. Candan Gürakan (11.2005 – 08.2006)
2006 – 2007 (GIDA MÜH.)
Prof. Dr. Fatih Yıldız
2007 – 2009 (BĠYOLOJĠ)
Prof. Dr. Gülay Özcengiz
2009 – 2011 (KĠMYA MÜH.)
Prof. Dr. Ġnci Eroğlu
2011 – 2013 (KĠMYA)
Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
2013 – ........ (ÇEVRE MÜH.)
Prof. Dr. Filiz B. Dilek
58
BĠYOTEKNOLOJĠ EABD ÖĞRETĠM ÜYELERĠ
2014
Bilgisayar Mühendisliği
Doç. Dr. Tolga Can
Biyoteknoloji
Doç. Dr. Can Özen (Bölüm BaĢkan Yrd.)
Biyoloji
Prof. Dr. Orhan Adalı
Prof. Dr. Ufuk Gündüz
Prof. Dr. Tülin Güray
Prof. Dr. Vasıf Hasırcı
Prof. Dr. Fatih Ġzgü
Prof. Dr. Zeki Kaya
Prof. Dr. Semra Kocabıyık
Prof. Dr. Hüseyin Avni Öktem
Prof. Dr. Gülay Özcengiz
Prof. Dr. Feride Severcan
Prof. Dr. Ġnci Togan
Prof. Dr. Meral Yücel
Doç. Dr. Sreeparna Banerjee
Doç. Dr. AyĢe Elif Erson Bensan
Doç. Dr. AyĢegül Gözen
Doç. Dr. Sertaç Önde
Doç. Dr. ÇağdaĢ Son
Doç. Dr. Mayda Gürsel
Doç. Dr. Tülin Yanık
Yrd. Doç. Dr. Mehmet Somel
Çevre Mühendisliği
Prof. Dr. Göksel Demirer
Prof. Dr. Filiz Bengü Dilek (Bölüm BaĢkanı)
Prof. Dr. F. Celal Gökçay
Prof. Dr. F. Dilek Sanin
Prof. Dr. Ülkü YetiĢ
Doç. Dr. Tuba Hande Ergüder Bayramoğlu
Doç. Dr. Bülent Ġçgen
Dr. Robert W. Murdoch
59
Gıda Mühendisliği
Prof. Dr. Alev Bayındırlı
Prof. Dr. Faruk Bozoğlu
Prof. Dr. G. Candan Gürakan
Prof. Dr. Haluk Hamamcı
Prof. Dr. Zümrüt Begüm Ögel (emekli)
Prof. Dr. Fatih Yıldız (emekli)
Doç. Dr. Deniz Çekmecelioğlu
Yrd. Doç. Dr. YeĢim Soyer
Yrd. Doç. Dr. Halil Mecit Öztop
Kimya
Prof. Dr. Mahinur Akkaya
Prof. Dr. Erdal Bayramlı
Prof. Dr. Ayhan Sıtkı Demir (vefat)
Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
Prof. Dr. Cihangir Tanyeli
Prof. Dr. Levent Toppare
Doç. Dr. Nursen Çoruh
Yrd. Doç. Dr. Ġrem Erel
Yrd. Doç. Dr. Salih Özçubukçu
Kimya Mühendisliği
Prof. Dr. Ufuk BölükbaĢı
Prof. Dr. Ġnci Eroğlu
Prof. Dr. Pınar Çalık
Yrd. Doç. Dr. Harun Koku
Yrd. Doç. Dr. Erhan Bat
Mühendislik Bilimleri
Doç. Dr. Dilek Keskin
Doç. Dr. AyĢen Tezcaner
60
ÖĞRETĠM ÜYELERĠ BĠLGĠLERĠ
Prof. Dr. Alev Bayındırlı
ÇalıĢmaAlanları
Food Engineering (Fruit and vegetable processing,
food enzymes)
Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği
Biotechnology (Production of enzymes)
PhD., ODTÜ, Gıda Mühendisliği
M.S., ODTÜ, Gıda Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Alev Bayindirli (Editor) “Enzymes in Fruit and Vegetable Processing: Chemistry and Engineering
Applications” CRC press/Taylorand Francis Group,USA, 2010
Umut Yücel, Hami Alpas and Alev Bayındırlı “Evaluation of High Pressure Pretreatment for
Enhancing the Drying Rates of Carrot, Apple, and Green Bean” Journal of Food Engineering
(2010)98: 266-272
M.D. Avsaroglu, F. Bozoglu F, M. Akcelik, A. Bayındırlı “Effect of High Pressure on Lactococcal
Bacteriophages” Journal of Food Safety (2009) Volume: 29: 26-36
I. Hasbay Adil, M.E. Yener , A. Bayındırlı “Extraction of total phenolics of sour cherry pomace by
high pressure solvent and subcritical fluid and determination of the antioxidant activities of the
extracts” Separation Science and Technology (2008) 43: 1091-1110
I. Hasbay Adil, H., I. Çetin, M.E.Yener , A. Bayındırlı “Subcritical (carbon dioxide + ethanol)
extraction of polyphenols from apple and peach pomaces, and determination of the antioxidant
activities of the extracts” Journal of Supercritical Fluids (2007) 43 (2007):55–63
61
Doç. Dr. AyĢe Elif Erson Bensan
ÇalıĢmaAlanları
Identification and characterization of novel genes
that are abnormally expressed in breast cancer cells.
Investigation of the role of non-coding RNAs
(microRNAs) in neoplatic transformation events
Lisans ,ODTÜ, Biyoloji
Investigation of polyadenylation mechanisms and
their impact on mRNA profiles when deregulated in
cancer cells.
M.S., University of Michigan, Ġnsan Genetiği
Ph.D., University of Michigan, Ġnsan Genetiği
[email protected]
http://www.metu.edu.tr/~erson/
SeçilmiĢ Yayınları
H. Begum Akman and A. Elif Erson-Bensan. Alternative Polyadenylation and Its Impact on Cellular
Processes. MicroRNA 2014; 3(1):2-9
Akman BH, Can T, Erson-Bensan AE. Estrogen-induced upregulation and 3'-UTR shortening of
CDC6. Nucleic Acids Res. 2012 Nov;40(21):10679-88.
Akhavantabasi S, Sapmaz A, Tuna S, Erson-Bensan AE, miR-125b targets ARID3B in breast cancer
cells. Cell Structure and Function. 2012; 37(1):27-38
Astarci E, Erson-Bensan AE, Banerjee S. MMP16 expression is downregulated by microRNA-146a in
spontaneously differentiating Caco-2 cells. Dev Growth Differ. 2012 Feb 20. doi: 10.1111/j.1440169X.2011.01324.x.
Ozek NS, Tuna S, Erson-Bensan AE, Severcan F. Characterization of microRNA-125b expression in
MCF7 breast cancer cells by ATR-FTIR spectroscopy. Analyst. 2010 Dec 15;135(12):3094-102.
Keller JA, Erson-Bensan AE and Petty EM, Connections between CHFR, the cell cycle, and
chemosensitivity: Are they critical in cancer?, Cancer Biol Ther.2010 Nov 6;10(9).
Akhavantabasi S, Akman HB, Sapmaz A, Keller J, Petty EM, Erson AE. USP32 is an active,
membrane bound ubiquitin protease overexpressed in breast cancers. Mamm Genome. 2010 Aug;
21(7-8): 388-397
Erson AE, Petty EM miRNAs and cancer: New research developments and potential clinical
applications, Cancer Biol Ther.2009 Dec; 8 (24): 2319 - 2324
Selcuklu DS, Yakicier C, Erson AE. An investigation of microRNA genes mapping to genomic
instability regions in breast cancer. Cancer Genet Cytogenet. 2009,189(1):15-23
Sukas S, Erson AE, Sert C, Kulah H, A parylene based double-channel micro-electrophoresis system
for rapid mutation detection via heteroduplex analysis. Electrophoresis. 2008, 29: 3752–3758
62
Doç. Dr. AyĢegül Gözen
ÇalıĢmaAlanları
Lisans ,ODTÜ, Biyoloji
Physiology and genetics of freshwater bacteria;
Nosocomial infections; bacterial pneumonia
Ph.D., Michigan State University, Mikrobiyoloji
[email protected]
http://bio.metu.edu.tr/pp?un=agozen
SeçilmiĢ Yayınları
Baysallar, M. , Güçlü, A.U., Yetiser, S. , Kiliç, A. , Gözen, A.G. , Açikel, C. Comparison of culture
and PCR methods in detection of haemophilus influenzae, streptococcus pneumoniae and moraxella
catarrhalis in children with otitis media with effusion. 2013. Turkiye Klinikleri Journal of Medical
Sciences. 33 (1):54-58.
ÖzaktaĢ, T., TaĢkın, B., Gözen A.G. High level antibiotic resistance among fish surface associated
bacterial populations in non-aquaculture freshwater environment. Water Research. 2012.46(19)63826390.
Kocer, Z.A., Gozen, A.G., Önde, S., Kaya, Z. Indirect organogenesis from bud explants of Juniperus
communis L. : Effects of genotype, gender, sampling time, and growth regulator combinations. 2011.
Dendrobiology 66: 33-40
Taskin, B., Gozen, A.G., Duran, M. Selective quantification of viable Escherichia coli bacteria in
biosolids by quantitative PCR with propidium monoazide modification. 2011. Applied and
Environmental Microbiology 77 (13), 4329-4335
Dogan, O., Babız, H., Gozen, A.G., Budak, S. Synthesis of 2-aziridinyl phosphonates by modified
Gabriel-Cromwell reaction and their antibacterial activities. 2011. European Journal of Medicinal
Chemistry 46 (6), 2485-2489
Garip, S., Gozen A.C., Severcan, F. Use of Fourier transform infrared spectroscopy for rapid
comparative analysis of Bacillus and Micrococcus isolates. 2008.Food Chemistry 113(4): 1301-1307
Beklioğlu, M., Gözen, A.G., Yıldırım, F. Zorlu, P. and Önde, S. Ġmpact of food levels in trade-off
between temperature and fish predation pressure in vertical distribution of Daphnia. 2008.
Hydrobiologia 614(1):321-327
Beklioğlu, M., Telli, M. and Gözen, A.G. Fish and mucus-dwelling bacteria interact to produce a
kairomone that induces diel vertical migration in Daphnia. 2006. Freshwater Biology 51: 2200-2206
63
Doç. Dr. AyĢen Tezcaner
ÇalıĢma Alanları
Biyomalzemeler
Doku Mühendisliği
Lisans, ODTÜ, Biyoloji
EriĢkin Kök Hücreler
M.S., ODTÜ, Biyoteknoloji
Ġlaç Salım Sistemleri
PhD., ODTÜ, Biyoteknoloji
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
O.Erdemli, S. Ozen, D. Keskin, A. Usanmaz, E. D. Batu, B. Atilla, A. Tezcaner, In vitro evaluation of
effects of sustained anti-TNF release from MPEG-PCL-MPEG and PCL microspheres on human
rheumatoid
arthritis
synoviocytes,
Journal
of
Biomaterial
Applications
2014
DOI:10.1177/0885328214535958
Ocal Y, Kurum B, Karahan S, Tezcaner A, Ozen S, Keskin D. Characterization and Evaluation of
Triamcinolone, Raloxifene, and Their Dual-Loaded Microspheres as Prospective Local Treatment
System in Rheumatic Rat Joints Journal of Pharmaceutical Sciences, 2014 Jun 17. doi:
10.1002/jps.24058.
O. Erdemli, A.Usanmaz, D. Keskin, A.Tezcaner, Characteristics and release profiles of MPEG-PCLMPEG microspherescontaining immunoglobulin G Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, Volume
117, 2014.
N. E. Vrana, O. Erdemli, G. Francius, A. Fahs, M. Rabineau, C. Debry, A. Tezcaner, D. Keskin, P.
Lavalle Double entrapment of growth factors by nanoparticles loaded into polyelectrolyte multilayer
film Journal of Materials, J. Mater. Chem. B, 2014, 2,999-1008
Yaprakci, V., Erdemli, O., Kayabolen, A., Tezcaner, A., Bozkurt F. and D. Keskin In vitro/in vivo
comparison of cefuroxime release from poly(ε-caprolactone)–calcium sulfate implants for
osteomyelitis treatment, Biotechnol Appl Biochem. 2013 Nov-Dec;60(6):603-16. doi:
10.1002/bab.111.
Erdoğ, A., Putra Limasale, Y.D., Keskin D., Tezcaner A., Banerjee S. “In Vitro Characterization of a
Liposomal Formulation of Celecoxib Containing 1,2-Distearoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine,
Cholesterol, and Polyethylene Glycol and its Functional Effects Against Colorectal Cancer Cell
Lines”. Journal of Pharmaceutical Sciences, Jul 29. doi: 10.1002/jps.23674. (2013)
Kavas, A., Tuncay, S., Banerjee, S., Keskin D. ve Tezcaner A. “Potential of Raloxifene in reversing
osteoarthritis-like alterations in rat chondrocytes: An in vitro model study”. Journal of Biosciences, 38,
135-147 (2013)
64
Doç. Dr. Bülent Ġçgen
ÇalıĢma Alanları
Bacterial degradation & transformation & detoxification
Bioremediation of contaminated environments
Biotechnology of aerobic & anaerobic waste treatment
Lisans, Hacettepe Üniversitesi, Biyoloji
Metabolic engineering & catabolic genes
M.S., ODTÜ, Biyoteknoloji
Biomolecular tools in engineering applications
PhD., ODTÜ, Biyoteknoloji
Biomarkers & bioindicators & DNA probes
Environmental omic technologies
[email protected]
http://www.metu.edu.tr/~bicgen/
SeçilmiĢ Yayınları
Icgen, B. and Yilmaz F. Co-occurrence of antibiotic and heavy metal resistance in Kızılırmak river
isolates (2014) Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology, doi:10.1007/s00128-0141383-6.
Cerit, S., Yilmaz, F., and Icgen, B. Challenging tin toxicity by a novel strain isolated from fresh waters
(2014) Desalination and Water Treatment, doi:10.1080/19443994.2014.933038.
Yilmaz, F. and Icgen, B. Characterization of SDS-degrading Delftia acidovorans and in situ
monitoring of its temporal succession in SDS-contaminated surface waters (2014) Environmental
Science and Pollution Research, 21 (12), 7413-7424.
Akbulut, S., Yilmaz, F., and Icgen, B. Surface water isolates of hemolytic and non-hemolytic
Acinetobacter with multiple drug and heavy metal resistance ability (2014) Journal of Water and
Health, 12 (1), 1-12.
Yilmaz, F., Orman, N., Serim, G., Kochan, C., Ergene, A., and Icgen, B. Surface water-borne
multidrug and heavy metal-resistant Staphylococcus isolates characterized by 16S rDNA sequencing
(2013) Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology, 91 (6), 697-703.
Koc, S., Kabatas, B., and Icgen, B. Multidrug and heavy metal-resistant Raoultella planticola isolated
from surface water (2013) Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology, 91 (2), 177-183.
Aktan, Y., Tan, S., and Icgen, B. Characterization of lead-resistant river isolate Enterococcus faecalis
and assessment of its multiple metal and antibiotic resistance (2013) Environmental Monitoring and
Assessment, 185 (6), 5285-5293.
Ozer, G., Ergene, A., and Icgen, B. Biochemical and molecular characterization of strontium-resistant
environmental isolates of Pseudomonas fluorescens and Sphingomonas paucimobilis (2013)
Geomicrobiology Journal, 30 (5), 381-390.
65
Doç. Dr. Can Özen
ÇalıĢmaAlanları
Peptide Drug Discovery and Design
Lisans ,ODTÜ, Biyoloji
Venomics
PhD, University of Tennessee-Oak Ridge
National Labs, Knoxville, TN, USA, Biyokimya
[email protected]
http://www.syborg.btec.metu.edu.tr/
SeçilmiĢ Yayınları
Kırdeciler K, Özen C, Akata B. Fabrication of nano- to micron-sized patterns using zeolites: Its
application in BSA adsorption. Microporous and Mesoporous Materials 2014, 191, 59-66. [SCI]
Hocaoglu, I, Cizmeciyan, MN, Erdem, R, Ozen, C, Kurt, A, Sennaroglu, A, Acar HY. Development of
highly luminescent and cytocompatible near-IR-emitting aqueous Ag2S quantum dots. J. Mater.
Chem. 2012, 29 (22), 14674-14681.
Sevinc E, Ertas FS, Ulusoy G, Ozen C and Acar HY. (2012) Meso-2,3-dimercaptosuccinic acid: From
Heavy Metal Chelation to CdS Quantum Dots. J. Mater. Chem., 2012, 22 (11), 5137-5144.
Cansiz S, Ozen C, Bayrac C, Bayrac AT, Gul F,Kavruk M, Yilmaz R, Eyidogan F, Oktem HA. A
sandwich-type DNA array platform for detection of GM targets in multiplex assay. European Food
Research and Technology, 2012; 3(235), 429-437.
Prado M E; Almeida R A; Ozen C; Luther D A; Lewis M J; Headrick S J; Oliver S P (2011)
Vaccination of dairy cows with recombinant Streptococcus uberis adhesion molecule induces
antibodies that reduce adherence to and internalization of S. uberis into bovine mammary epithelial
cells. Veterinary immunology and immunopathology 2011; 141(3-4):201-8.
Norris AL, Ozen C, Serpersu EH (2010). Thermodynamics and kinetics of association of antibiotics
with the aminoglycoside acetyltransferase (3)-IIIb, a resistance-causing enzyme. Biochemistry 2010;
49(19):4027-35.
Serpersu EH, Özen C, Norris AL, Stern C, Whittemore NA (2010). Backbone resonance assignments
of a promiscuous aminoglycoside antibiotic resistance enzyme; the aminoglycoside
phosphotransferase(3')-IIIa. Biomol NMR Assign, 2010; 4(1):9-12.
66
Prof. Dr. G. Candan Gürakan
ÇalıĢmaAlanları
Food microbiology
Hygiene
Molecular identification and characterization of
bacteria
Lisans, ODTÜ, Biyoloji
Lactic acid bacteria
PhD., ODTÜ, Biyokimya
M.S., ODTÜ, Biyokimya
Detection of genetically modified microorganisms
Pathogenic bacteria
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Nielsen, B., Gurakan G.C., Unlu G. 2014. Kefir: a multifaceted fermented dairy product. Probiotics
and antimicrobial Proteins. DOI 10.1007/s12602-014-9168-0
Altay-Dede, N., Acar-Soykut E., Gurakan, G.C. 2014. Phenotypic diversity and technologica
properties of yogurt cultures isolated from traditionally produced Turkish yogurts with comparison to
commercial starter cultures. Italian Journal of Food Science 26, 308-316.
Ghazi F., Benmechernene, Z., Kihal, M., Gurakan, G.C. 2013. The reproducibility of random
amplified polymorphic DNA (RAPD) profiles of Streptococcus thermophilus strains with XD9, M13
and OPI-02 MOD primers. African Jornal of Biotechnology, 12, 6245-6252.
Kayagil, Fulya and G. Candan Gurakan. 2009. Effects of starter culture combinations using isolates
from traditional cheese of Turkish white cheese, International Journal of Dairy Technology, 62, 387396.
Gürakan, G.C. and Altay, N. Yogurt Microbiology and Biochemistry In Development and
Manufacture of Yogurt and other Functional Dairy Products, Fatih Yıldız (Ed). 2010. CRC Press
Taylor and Francis Group, Fl, USA. (ISBN: 978-1-4200-8207-8).
Gürakan, G.C. and Cebeci, A. Barboros Özer. Probiotic Dairy Beverages: Microbiology and
Technology.In Development and Manufacture of Yogurt and other Functional Dairy Products, Fatih
Yıldız (Ed). 2010. CRC Press Taylor and Francis Group, USA. (ISBN:978-1-4200-8207-8). pp.165195.
Gürakan, G.C., Aydin, G. and Yilmaz, R. 2011. Qualitative detection of GM maize (Bt 11) in food and
feed sold commercially in Turkey by PCR based methods. Indian Journal of Biotechnology, 10: 143146.
Cebeci, A. and Gurakan, G.C. 2011. Comparative typing of L. delbruckeii subsp bulgaricus strains
using multilocus sequence typing and RAPD-PCR. European Food Research and Technology 233,
377-385.
67
Prof. Dr. F. Celal Gökçay
ÇalıĢmaAlanları
Biodegradation of unusual compounds
Bio-leaching and recovery of mining residues and
wastes
Bacterial desulfurization of coals
Microbial solubilization of lignites
Activated sludge kinetics. Nutrient removing
PhD., University of Wales, UC Cardiff,
activated sludge.
Effect of heavy metals on activated sludge kinetics Microbiology
Biological treatment of paper pulp bleachery
effluents
[email protected]
Treatability of chlorinated organic compounds
SeçilmiĢ Yayınları
U. G. Ozkan-Yucel, C. F. Gökçay, Application of ADM1 model to a full-scale anaerobic digester under
dynamic organic loading conditions. "Environmental Technology ", 31, (2010), p.633-640.
Umay Gokce Ozkan Yucel, Celal Ferdi Gokcay, Effect of Initial Azo Dye Concentration and Biomass
Acclimation on Sludge Digestion and Dye Co-treatment.. "Clean-Soil, Air, Water ", 38, (2010), p.387393.
Cisem Yigita, Gulnur Madena, Nur Disaa, Ozge Yılmaza, Abdullah Ogutvericia, Emre, Hazardous
waste management in Turkey: current legislative requirements and future challenges. ". Desalination
and Water Treatment ", 26, (2011), p.152-159.
Okan Tarık Komesli, Sezgin Bakırdere, Ceren Bayören and Celal F Gokcay., Simultaneous
determination of selected endocrine disrupter compounds in wastewater samples in ultra trace levels
using HPLC-ES-MS/MS. "Environment and Assessment ", 10.1007, (2011), p..
M. Muz, M. S. Sonmez, O. T. Komesli, S. Bakırdere and C. F. Gokcay, Determination of selected
natural hormones and endocrine disrupting compounds in domestic wastewater treatment plants by
liquid chromatography electrospray ionization tandem mass spectrometry after solid phase
extraction. "Analyst", 137, (2012), p.884-889.
68
Prof. Dr. Cihangir Tanyeli
ÇalıĢmaAlanları
Lisans, ODTÜ, Kimya
Organik kimya
M.S., ODTÜ, Kimya
PhD., ODTÜ, Kimya
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Elif K. Unver, Simge Tarkuc, Derya Baran, Cihangir Tanyeli, Levent Toppare, Synthesis of new
donor–acceptor polymers containing thiadiazoloquinoxaline and pyrazinoquinoxaline moieties: lowband gap, high optical contrast, and almost black colored materials. "Tetrahedron Letters", 52, (2011),
p.2725-2729.
Hüseyin Karaca, Serdar Sezer, Cihangir Tanyeli, Synthesis of L-prolinol substituted novel optically
active phthalocyanines. "Dyes & Pigments", 90, (2011), p.100-105.
Elif K. Unver, Simge Tarkuc, Yasemin A. Udum, Cihangir Tanyeli, Levent Toppare, The effect of the
donor unit on the optical properties of polymers. "Organic Electronics", 12, (2011), p.1625-1631.
Gumus,
A.,
Tanyeli,
C.,
Stereoselective
synthesis
cyclopentanoids."Tetrahedron:Asymmetry", , (2012), p.1405-1409.
of
gamma-lactone
fused
Sezer, S., Gumrukcu, Y., Bakırcı, I., Unver, M. Y., Tanyeli, C., Stereoselective synthesis of optically
active cyclopenta[c]pyridines and tetrahydropyridines. "Tetrahedron:Asymmetry", , (2012), p.662669.
Demirci, S., Emre, F., Ekiz,F., Oguzkaya,F., Timur, S., Tanyeli, C., Toppare, L., Functionalization of
poly SNS anchored carboxylic acid with Lys and PAMAM: surface modifications for biomolecule
immobilization stabilization and biosensing applications. "Analyst", , (2012), p.4254-4261.
69
Doç. Dr. ÇağdaĢ Devrim Son
ÇalıĢmaAlanları
Membrane proteins, Protein-protein interactions,
GPCRs, nAChRs, Fluorescence proteins, Confocal
microscopy, Total Internal Reflection Fluorescence
microscopy, FRET, HPLC, Mass spectrometry,
MALDI-TOF, protein purification, Photo affinity
cross-linking
Lisans ,ODTÜ, Biyoloji
M.S., ODTÜ, Biyoloji
Ph.D., University of Tennessee, Knoxville,
Biyokimya
[email protected]
http://www.metu.edu.tr/~cson/
SeçilmiĢ Yayınları
Srinivasan R, Pantoja R, Moss FJ, Mackey ED, Son CD, Miwa J, Lester HA. Nicotine up-regulates
α4β2 nicotinic receptors and ER exit sites via stoichiometry-dependent chaperoning. J Gen Physiol
(2011) Jan;137(1):59-79
Cagdas D. Son, Fraser J. Moss, Bruce N. Cohen, Henry A. Lester. Nicotine Normalizes Intracellular
Subunit Stoichiometry of Nicotinic Receptors Carrying Mutations linked to Autosomal Dominant
Nocturnal Frontal Lobe Epilepsy. Molecular Pharmacology (2009) May;75(5):1137-48
Lester HA, Xiao C, Srinivasan R, Son CD, Miwa J, Pantoja R, Banghart MR, Dougherty DA, Goate
AM, Wang JC. Nicotine is a Selective Pharmacological Chaperone of Acetylcholine Receptor Number
and Stoichiometry. Implications for Drug Discovery. AAPS J. (2009) March; 11(1):167-77.
George K. E. Umanah, Cagdas Son, FaXiang Ding, Fred Naider and Jeffrey M. Becker. Cross-Linking
of a DOPA-Containing Peptide Ligand into Its G Protein-Coupled Receptor.Biochemistry (2009)
March; 48(9):2033-44.
Li-Yin Huang, George Umanah, Melinda Hauser, Cagdas Son, Boris Arshava, Fred Naider, and
Jeffrey M. Becker. Unnatural amino acid replacement in a yeast G protein-coupled receptor in its
native environment. Biochemistry (2008) May; 47(20):5638-48.
Byung-Kwon Lee, Kyung-Sik Jung, Cagdas Son, Heejung Kim, Nathan C. VerBerkmoes, Boris
Arshava, Fred Naider, and Jeffrey M. Becker. Affinity purification and Characterization of a G-Protein
Coupled Receptor, Saccharomyces cerevisiae Ste2p. Protein Expression and Purification (2007) Nov;
56(1):62-71.
Cagdas D. Son, Hasmik Sargsyan, Hurst GB, Fred Naider, Jeffrey M. Becker. Analysis of LigandReceptor Cross-linked Fragments by Mass Spectrometry. Journal of Peptide Research (2005) Mar;
65(3):418-26
70
Doç. Dr.Deniz Çekmecelioğlu
ÇalıĢmaAlanları
Microbial conversion of food and agricultural
byproducts to value-added products
Bio-chemical treatment of foods, food and
agricultural wastes
Lisans, Gaziantep Üniversitesi, Gıda
Mühendisliği
Food safety
M.S., Gaziantep Üniversitesi, Gıda Mühendisliği
Modeling and optimization of food and
agricultural processing systems
PhD., Pennsylvania State University, Agric And
Biolo Eng
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Cekmecelioglu, D. and O.N. Uncu. Kinetic modeling of enzymatic hydrolysis of pretreated kitchen
wastes
for
enhancing
bioethanol
production.
Waste
Management
(2012),
http://dx.doi.org/10.1016/j.wasman.2012.08.003.
Celebioglu, H.Y., D. Cekmecelioglu, M. Dervisoglu, T. Kahyaoglu. Effect of extraction conditions on
hemicellulose yields and optimisation for industrial processes. International Journal of Food Science
and Technology (2012), http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2621.2012.03139.x.
Uncu, O.N. and D. Cekmecelioglu. 2011. Cost-effective approach to ethanol production and
optimization by response surface methodology. Waste Management 31: 636-643.
Gurkok, S., D. Cekmecelioglu, and Z.B. Ogel. 2011. Optimization of culture conditions for
Aspergillus sojae expressing an Aspergillus fumigatus α-galactosidase. Bioresource Technology 102:
4925-4929.
Ozturk, B., D. Cekmecelioglu, and Z. B. Ogel. 2010. Optimal conditions for enhanced β-mannanase
production by recombinant Aspergillus sojae. Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 64: 135139.
71
Doç. Dr. Dilek Keskin
ÇalıĢmaAlanları
Biomaterials
Controlled drug delivery systems
Lisans, ODTÜ, Biyoloji
Biomaterials for bone, cartilage and skin
M.S., ODTÜ, Biyoteknoloji
Biomechanics
PhD., ODTÜ, Biyoteknoloji
Osteoporosis, osteoarthritis
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Deniz A., A. Sade, F. Severcan, D. Keskin, A. Tezcaner, S Banerjee, Celecoxib loaded liposomes:
effect of cholesterol on encapsulation and in vitro release characteristics. "Bioscience Reports", 30,
(2010), p.365-373.
Erdemli, O., O. Çaptug, H. Bilgili, D. Orhan, A. Tezcaner ve D. Keskin, In Vitro and In Vivo
Evaluation of the Effects of Demineralized Bone Matrix or Calcium Sulfate Addition to
Polycaprolactone-Bioglass Composites. "Journal of Materials Science: Materials in Medicine", 21,
(2010), p.295-308.
Tasci, A., H. Bilgili, H. Altunay, M.R. Geçit ve D. Keskin, Biomechanical and Histological Outcome
of Combined Raloxifene-Estrogen Therapy on Skeletal and Reproductive Tissues. "European Journal
of Pharmacology", 327, (2010), p.354-361.
Basar, B., A. Tezcaner, D. Keskin, ve Z. Evis, Improvements in microstructural, mechanical, and
biocompatibility properties of nano-sized hydroxyapatites doped with yttrium and fluoride. "Ceramics
International", 10, (2010), p.1643-53.
Tasci, A.G, H. Bilgili, H. Altunay, M.R. Gecit, D. Keskin, Prospective evaluation of Vitamin K2,
Raloxifene and their co-administration in osteoporotic rats. "European Journal of Pharmaceutical
Sciences", 17, (2011), p.270-277.
Basar B., A. Tezcaner, D. Keskin, Z. Evis, Synthesis, phase transitions and cellular biocompatibility of
nanophase alumina–hydroxyapatite composites. "Advances in Applied Ceramics", 110, (2011), p.238245.
Akturk, O., A. Tezcaner, H. Bilgili, M.S. Deveci, M.R. Gecit, D. Keskin, Evaluation of
sericin/collagen membranes as prospective wound dressing biomaterial. "Journal of Bioscience and
Bioengineering", 112, (2011), p.279-288.
72
Prof. Dr. F. Dilek Sanin
ÇalıĢmaAlanları
Biodegradation and removal of xenobiotic
compounds
Recevery of bioenergy from wastewater sludge
Microbial extracellular polymers and use in water
and wastewater treatment
Lisans, ODTÜ, Çevre Mühendisliği
M.S., ODTÜ, Çevre Mühendisliği
Bioflocculation of pure and mixed culture
microorganisms
PhD., Duke University, Çevre Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Ömeroğlu, S. ve Sanin, F.D. Fate and degradation kinetics of nonylphenol compounds in aerobic
batch digesters. “Water Research” 64, 1-12, 2014.
Zorba, G. T. ve Sanin, F. D. Disintegration of Sludge by Sonication and Improvement of Methane
Production Rates in Batch Anaerobic Digesters. Clean – Soil, Air, Water, 41, 4, 396–402, 2013.
Kıvılcımdan Moral, C. ve Sanin, F.D., An Investigation of Agitation Speed as a Factor Affecting
the Quantity and Monomer Distribution of Alginate from Azotobacter vinelandii ATCC® 9046.
"Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology", 39, 513-519, 2012.
Kıvılcımdan Moral, Ç., Doğan, Ö. ve Sanin, F.D. Use of Laboratory-grown Bacterial Alginate in
Copper Removal. “Water Science and Technology” 65, 11, 2003-2009, 2012.
Koksoy, G. T. ve Sanin, F. D., Effect of digester F/M ratio on gas production and sludge
minimization of ultrasonically treated sludge. "Water Science and Technology ", 62, 1510-1517,
2010.
Apul, O. G., ve Sanin, F. D., Ultrasonic pretreatment and subsequent anaerobic digestion under
different operational conditions. "Bioresource Technology ", 101, 8984-8992, 2010.
Kara, F., Gürakan, C. G. ve Sanin, F.D. Monovalent Cations and their Influence on Activated
Sludge Floc Chemistry, Structure and Physical Characteristics. “Biotechnology and
Bioengineering” 100, 2, 231-239, 2008.
Sesay, M. L., Özcengiz, G. ve Sanin, F.D. Enzymatic Extraction of Activated Sludge Extracellular
Polymers and Implications on Bioflocculation. “Water Research” 40, 7, 1359-1366, 2006.
Onur Guven Apul, Ilgin Dogan, F. Dilek Sanin, Can Capillary Suction Time be an Indicator for
Sludge Disintegration? . "JOURNAL OF RESIDUALS SCIENCE & TECHNOLOGY", 6, (2009),
p.99-104.
73
Prof. Dr. Erdal Bayramlı
ÇalıĢmaAlanları
Lisans, ODTÜ, Kimya
Fiziksel kimya
M.S., ODTÜ, Kimya
PhD., Mcgill University, Kimya
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Doğan M., Yılmaz A., Bayramlı E., Synergistic effect of boron containing substances on flame
retardancy and thermal stability of intumescsnt polypropylene composites. "Polymer Degradation and
stability", 95, (2010), p.2584-2588
Nihat Ali IĢıtman, Mehmet Doğan, Erdal Bayramlı and Cevdet Kaynak, Fire Retardent Properties of
Intumescent P0lypropylene Composites filled with Calcium Carbonate. "Polymer Engineering and
Science", 51, (2011), p.875-883.
Mehmet Doğan , AyĢen Yılmaz and Erdal Bayramlı, Effect of Boron Containing Materials on
Flammability and Thermal Degradation of Polyamide-6 Composites Containing Melamine
Cyanurate."Polymers for Advanced Technologies", 22, (2011), p.560-566.
Erdal Bayramlı et al, Physical Properties and Cure Characteristics of Natural Rubber/Nanoclay
Composites with Two Different Compatibilizers. "Journal of Applied Polymer Science", 121, (2011),
p.1530-1435.
Mehmet Doğan and Erdal Bayramlı, Synergistic Effect of Boron Containing Substances on Flame
Retardancy and Thermal Stability of Clay Containing Intumescent Polypropylene Nanoclay
Composites."Polymers for Advanced Tchnologies", 22, (2011), p.1628-1632.
74
Yrd. Doç. Dr. Erhan Bat
ÇalıĢmaAlanları
Polymers for Biomedical Applications
Micro and Nanofabrication Techniques
Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği
Design and Fabrication of Functional Materials
and Surfaces
M.S., ODTÜ, Kimya Mühendisliği
PhD., University of Twente, Polymer Chemistry
and Biomaterials Group
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
E. Bat, E.W. Lin, S. Saxer, H.D. Maynard “Morphing Hydrogel Patterns by Thermo-Reversible
Fluorescence Switching” Macromolecular Rapid Communications, 2014, 35:1260-1265.
E. Bat, Z. Zhang, J. Feijen, D.W. Grijpma, A.A. Poot “Biodegradable Elastomers for Biomedical
Applications and Regenerative Medicine” Regenerative Medicine, 2014, 9:385-398.
R. de la Rica*, E. Bat*, K.L. Herpoldt, H. Xie, H.D. Maynard, M.M. Stevens “Nanoparticle Growth
via Concentration Gradients Generated by Enzyme Nanopatterns” Advanced Functional Materials,
2014, 24:3692-3698 (* co-first author, inside front cover article).
Z.P. Tolstyka, W. Richardson, E. Bat, C.J. Stevens, D.P. Parra, J.K. Dozier, M.D. Distefano, B.
Dunn,and H.D. Maynard. “Chemoselective Immobilization of Proteins by Microcontact Printing and
Bioorthogonal Click Reactions” ChemBioChem 2013, 14:2464-2471.
P.F. Moonen, E. Bat, W.P. Voorthuijzen, J. Huskens. “Soft-lithographic Patterning of Room
Temperature Sintering Ag Nanoparticles on Foil” RSC Advances 2013; 3:18498-18505.
J. Lee, E.W. Lin, U.Y. Lau, J.L. Hedrick, E. Bat, H.D. Maynard. “Trehalose Glycopolymers as
Excipients for Protein Stabilization” Biomacromolecules 2013; 14(8):2561-2569.
E. Bat, T.G. van Kooten, J.A. Plantinga, M.C. Harmsen, M.J.A. van Luyn, J. Feijen, D.W. Grijpma.
“Physical Properties and Erosion Behavior of Poly(trimethylene carbonate–co-e-caprolactone)
Networks” Macromolecular Bioscience 2013; 13(5):573-583.
E. Bat, T.G. van Kooten, J. Feijen, D.W. Grijpma. “Crosslinking of Trimethylene Carbonate and D,Llactide (Co)polymers by Gamma Irradiation in the Presence of Pentaerythritol Triacrylate”,
Macromolecular Bioscience 2011;11(7):952-961.
75
Prof. Dr. Faruk Bozoğlu
ÇalıĢmaAlanları
Food Microbiology
Lisans, ODTÜ, Kimya
Biochemistry
M.S., ODTÜ, Kimya
Biotechnology
PhD., North Carolina State University, Food
Science
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Bozoglu Faruk, Inactivation Mechanisms of Different Mycotoxins, NATO Advanced Research
Workshop on Advances in Food Security and Safety against Terrorist Threats and Natural
Disasters, ADVANCES IN FOOD PROTECTION: FOCUS ON FOOD SAFETY AND DEFENSE,
Book Series: NATO Science for Peace and Security Series A-Chemistry and Biology, 197-204, 2011
Stanciugelu, H, Alpas, D. Stanescu F. Bozoglu: A social cognitive perspective of terrorism risk
perception on food chain security. ESA RN 22 Sociology of risk and umcertainity Conference. (21).
Sweeden, 2011
Stanciugelu, H, Alpas, D. Stanescu, F. Bozoglu and S.Stan; Terrorism risk perception and crisis
communication planning. ESA 10th Conference-Social Relations in Turbulent Times. (30), Switzerland
2011.
BOZOGLU F and SAGDICOGLU CELEP A.G, Polyphenolic and Probiotic Ingredients of Common
Foods in Turkish Diet and their Health Benefits. Bioactive compounds and Functional Foods in Health
and Diseases. 10 (68-70). Texas ,USA 2012
Ceylan Cagatay; Severcan Feride; Ozkul Aykut; et al. Biophysical and microbiological study of high
hydrostatic pressure inactivation of Bovine Viral Diarrheavirus type 1 on serum ; VETERINARY
MICROBIOLOGY, 154 : 3-4 , 266-271 DOI: 10.1016/j.vetmic.2011.07.026 .JAN, 2012
76
Prof. Dr. Fatih Ġzgü
ÇalıĢmaAlanları
Pharmaceutical Biotechnology;
Yeast genetics and molecular biology;
Lisans , Ankara Üniversitesi
Mammalian cell culture technology
M.S., Ankara Üniversitesi
Ph.D., Ankara Üniversitesi, Farmasötik Biyoloji
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Fatih Izgu, Demet Altinbay, Ayfer Yucelis, Identification and killer activity of a yeast contaminating
starter cultures of Saccharomyces cerevisiae strains used in Turkish baking industry. "Food
Microbiology ", 14 , (1997), p.125-131 .
Fatih Izgu, Demet Altinbay, Killer toxins of certain yeast strains have potential growth inhibitory
activity on Gram-positive pathogenic bacteria. "Microbios ", 89 , (1997), p.15-22 .
Fatih izgu et.al, Biological substances (chapter ın a book). "European Pharmacopeia", 3, (1999), p.11387.
Fatih Izgu, Demet Altınbay , Armagan Koçer, Isolation and characterization of K6 type yeast killer
protein. "Microbios", 99, (1999), p.161-172.
Fatih Ġzgü, Demet Alyınbay, Yasemin Derinel, Immunization of saccharomyces cerevisiae to a
contaminating killer toxin producing candida tropicalis. "Food Microbiology", 21, (2004), p.635-640.
Fatih Ġzgü, Demet Altınbay, Isolation and characterization of the K-5 type yeast killer protein and its
homology with an exo-beta-1,3 - glucanase. "Bioscience, Biotechnology, Biochemistry", 68, (2004),
p.685-693.
Fatih Izgü, Demet Altınbay, Abdullah Sertkaya, Enzymic Activity of the K5 Type Yeast Killer Toxin
and its Characterization. "Biosci. Biotechnol. Biochem.", 69, (2005), p.2200-2206.
Ġzgü, F., Altınbay, D., Acun T, Killer toxin of Pichia anomala NCYC 432; Purification,
characterization and its exo-β-1,3 glucanase activity. "Enzyme and Microbial Technology", 39,
(2006), p.669-67.
Fatih Ġzgü, Demet Altınbay Akif Emre Türeli, In vitro activity of panomycocin, a novel exo-β-1,3glucanase isolated from Pichia anomala NCYC 434, against dermatophytes. "Mycoses", 50, (2007),
p.31-34.
Fatih Izgü, Demet Altınbay, Akif Emre Türeli, In Vitro Susceptibilities of Candida spp. to
Panomycocin, a Novel Exo-β-1,3-Glucanase Isolated from Pichia anomala NCYC 434. "Microbiol.
Immunol.,", 51, (2007), p.797-803.
77
Prof. Dr. Fatih Yıldız
ÇalıĢmaAlanları
Health and Food ; Nutritional needs of Hormonal
system and Somatic cell nutrition.
Photovoltaics in Food and agricultural Industries.
Lisans , Atatürk Üniversitesi
Food Traceability based on DNA fingerprinting,
RFID applications in packaging, and storage ; GIS M.S., University of Maryland,College Park
sytems in agricultural Production.
U.S.A
Effects of Packaging on food product safety, and
sensory quality.
Ph.D., University of Maryland,College Park
U.S.A
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
YILDIZ F.(2015) Novel Natural Ingredients and Technologies to Provide Stable and Clean Label
Products, (Accepted for publication), online journal, Cogent Food and Agriculture, Published by
Taylor and Francis Group, New York,NY,USA
YILDIZ F.,(2014) Pro and prebiotic addition to baby formulas and nutritional indices for infants.
“First 1000 days of mother and infant Nutrition Congress : From Fetal Life to childhood.” Ministry of
Health and YĠSAV Foundation, March 27-29, 2014 , J.W. MARRIOT HOTEL, ANKARA,Turkey.
YILDIZ F.(2014)Molecular Health Indicators of Functional Foods: Emerging ingredients for the food
and beverage sectors. Fi Food Ingredients Conference 2014,Ġstanbul, Mogan International Research
Center Publication No:1.
YILDIZ F.,ĠLALAN K.(2013) ODTÜ Gıda Ambalaj Malzemeleri AraĢtırma Projesi. ODTÜ Gıda
Mühendisliği Bölümü AraĢtırma Raporu,191 sayfa, ODTÜ Ankara. METU Food packaging research
papers.
YILDIZ F.,(2013) Hydrolyzed proteins in infant formulas. (Bebek formulasyonlarında hidrolize
kazein ve peyniraltı suyu proteinleri) Nutrition of Infants and mothers in the first 1000 days: From
Fetal life to childhood life. Congress organized by Ministry of Health and YĠSAV Foundation) 0910 May 2013 Hilton Hotel,Ankara,Turkey.
YILDIZ F. CÖMERT N.(2013) Stem cell nutrition in Human. “Probiotics and Functional Foods
Congress”11-13 April 2013, Side Antalya, Organized by www.ppd2013.org
YILDIZ F.(2012) International,Food,Agriculture and Gastronomy Congress, in Antalya Belek,
Turkish Agricultural Federation Publication No.10. METU-Department of Food Engineering,
Ankara,Turkey.
YILDIZ, F., Çelebi Celalettin R.,Uçar Ömür (2010) “Measuring Emotions among Perfume consumers
by EMG Technique”1st World Congress on Olfaction and Issues,November 4-5,2010,Maison de la
Recherche, Paris, France
78
Prof. Dr. Feride Severcan
ÇalıĢmaAlanları
Molecular Biophysics;
Cell Biophysics;
Lisans , Ankara Üniversitesi, Fizik
Ecotoxilogy;
M.S., Ankara Üniversitesi, Fizik
Environmental Biophysics
Ph.D., Rochester University, Fizik Mühendisliği
[email protected]
http://bio.metu.edu.tr/pp?un=fsevercan
SeçilmiĢ Yayınları
Cakmak G., Miller L.M., Zorlu F., Severcan F., “Amifostine, a Radioprotectant Agent, Protects Rat
Brain Tissue Lipids against Ionizing Radiation Induced Damage: An FTIR Microspectroscopic
Imaging Study”, Archives of Biochemistry and Biophysics, 520, 67-73, 2012.
Aksoy C, Guliyev A, Kilic E, Uckan D, Severcan F., “Bone marrow mesenchymal stem cells in
patients with beta thalassemia major: Molecular analyses with attenuated total reflection-fourier
transform infrared (ATR-FTIR) spectroscopy study as a novel method”,. Stem Cells Dev. 2012 Jan 4.
In press PMID:22214206
Bezirci, G. , Akkas, S.B. Rinke, K. , Yildirim, F. , Kalaylioglu, Z., Severcan, F., Beklioglu, M.
“Impacts of salinity and fish-exuded kairomone on the survival and macromolecular profile of
Daphnia pulex”, Ecotoxicology , 21(2):601-614, 2012.
Ceylan, C., Severcan, F, Ozkul, A Severcan, M Bozoglu, F, Taheri, N “Biophysical and
microbiological study of high hydrostatic pressure inactivation of Bovine Viral Diarrheavirus type 1
on serum”, Veterinary Microbiology, 154:266-,2012.
Cakmak G, Zorlu F, Severcan M, and F. Severcan, “Screening of Protective Effect of Amifostine on
Radiation-Induced Structural and Functional Variations in Rat Liver Microsomal Membranes by FTIR Spectroscopy”, Analytical Chemistry, 83 (7) 2438-2444 , 2011.
Bozkurt O., Severcan M., Severcan F., Diabetes induces compositional, structural and functional
alterations on rat skeletal soleus muscle revealed by FTIR spectroscopy: a comparative study with
EDL muscle. "ANALYST ", 135, (2010), p.3110-3119
Akkas SB, Kepenek AO, Beklioglu M, Severcan F. Mollecular approach to the chemical
characterization of fish-exuded kairomone: a Fourier transform infrared spectroscopic study .
"AQUATIC SCIENCES", 72, (2010), p.71-83.
Garip S., Severcan F., Low Concentration of Simvastatin is More Effective in Strengthening the Bone
than High Concentration of Simvastatin Treatment. "Journal of Pharmaceutical and Biomedical
Analysis, 52, (2010), p.580-588.
79
Prof. Dr. Filiz Bengü Dilek
ÇalıĢmaAlanları
Water and wastewater treatment
Biological treatment of wastewaters
Lisans, ODTÜ, Çevre Mühendisliği
Industrial wastewater treatment
M.S., ODTÜ, Çevre Mühendisliği
Microbiology of wastewater treatment
PhD., ODTÜ, Çevre Mühendisliği
Physico-chemical treatment processes
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Erkan Sahinkaya, Nigmet Uzal, Ulku Yetis, Filiz B. Dilek, Biological treatment and nanofiltration of
denim textile wastewater for reuse. "Journal of Hazardous Materials", 153, (2008), p.1142-1148.
Sahinkaya, E., Dilek, F. B, The Growth Behavior of Chlorella vulgaris in the presence of 4Chlorophenol and 2,4-Dichlorophenol. "Ecotoxicology and Environmental Safety", 72, (2009), p.781786.
Kaya, D., Dilek, F.B., Gökçay, C.F. Reuse of lagoon effluents in agriculture by post-treatment in a
step feed dual treatment (SFTD®) process. Desalination, 215, 29-36, 2007.
Sahinkaya, E., Dilek, F. B. Modelling Chlorophenols Degradation in Sequencing Batch Reactors with
Instantaneous Feed- Effect of 2,4-DCP Presence on 4-CP Degradation Kinetics. Biodegradation,
18(4), 427-437, 2007.
Bural C.B., Demirer, G.N., Kantoglu, O., Dilek, F.B., Treatment of opium alkaloid contaınıng
wastewater in sequencing batch reactor (SBR)- effect of gamma irradiation. "Radiation Physics and
Chemistry", 79, (2010), p.519-526.
Sahinkaya, E., Dilek, F. B. Biodegradation Kinetics of 2,4-Dichlorophenol by Acclimated Mixed
Cultures. Journal of Biotechnology, 127(4), 716-726, 2007.
Sahinkaya, E., Dilek, F. B. Biodegradation of 4-CP and 2,4-DCP Mixture in a Rotating Biological
Contactor (RBC). Biochemical Engineering Journal, 31(2), 141-147, 2006
80
Prof. Dr. Göksel Niyazi DEMĠRER
ÇalıĢmaAlanları
Anaerobic Environmental Biotechnology
Wastewater Engineering
Cleaner Production/Pollution Prevention
Lisans, ODTÜ, Çevre Mühendisliği
Natural Treatment Systems
M.S., ODTÜ, Çevre Mühendisliği
Bioenergy and Biobased Products
PhD., Vanderbilt University, Çevre
Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Yılmazel Y.D. and Demirer G.N., Removal and recovery of nutrients from anaerobic digestion residues
of poultry manure as struvite. "Environmental Technology", 32, (2011), p.783-794.
Yılmaz V. and Demirer G.N.,, Anaerobic digestion of cattle manure: Effect of phase-separation. "WIT
Transactions on Ecology and the Environment", 143, (2011), p.133-144 .
Alkaya E. and Demirer G.N, Anaerobic acidification of sugar-beet processing wastes: Effect of
operational parameters. "Biomass and Bioenergy", 35, (2011), p.32-39.
Raposo F, Fernández-Cegrí V, de la Rubia Maria, Béline F, Cavinato C, Demirer GN, Biochemical
Methane Potential (BMP) of solid organic substrates: Evaluation of anaerobic biodegradability using data
from an international interlaboratory study. "Journal of Chemical Technology & Biotechnology", 86,
(2011), p.1088–1098.
Ulutas F., Alkaya E., Bogurcu M., Demirer G.N., A comparative analysis of Turkish and European Union
environmental legislation regarding cleaner (sustainable) production concept. "International Journal of
Environment and Sustainable Development", 10, (2011), p.246-266.
Ulutas F., Alkaya E., Bogurcu M. and Demirer G.N., Determination of the framework conditions and
research-development needs for the dissemination of cleaner (sustainable) production applications in
Turkey. "International Journal of Sustainable Development & World Ecology", 19, (2012), p.203-209.
Ulutas F., Alkaya E., Bogurcu M. and Demirer G.N., The national capacity assessment on cleaner
(sustainable) production in Turkey. "Sustainable Cities and Society", 5, (2012), p.30-36.
81
Prof. Dr. Gülay Özcengiz
ÇalıĢmaAlanları
Molecular Microbiology and Genetics
Lisans ,
Proteomics
M.S., ODTÜ
Biotechnology
Ph.D., ODTÜ
[email protected]
http://molmicrobio.metu.edu.tr
SeçilmiĢ Yayınları
Tefon, B.E., Özcengiz, E., Özcengiz, G.2013. Pertussis Vaccines: State-of-the-Art and Future Trends.
Current Topics in Medicinal Chemistry. 13: 2581-2596.
Özcengiz G., Demain A. L. 2013. Recent advances in the biosynthesis of penicillins, cephalosporins
and clavams and its regulation. Biotechnology Advances. 31: 287-311
Kurt A., Alvarez-Alvarez R., Liras P., Özcengiz G. 2013. Role of cmcH-ccar intergenic region and
ccar overexpression in cephamycin C biosynthesis in Streptomyces clavuligerus. Applied
Microbiology and Biotechnology. DOI 10.1007/s00253-013-4721-4
Okay, S., Özcengiz, E. and Özcengiz G. 2012. Immunogenicity and protective efficacy of the
recombinant Pasteurella lipoprotein E and outer membrane protein H from Pasteurella multocida A:3
in mice. Research in Veterinary Science. 93: 1261 - 1265
Köroğlu, T.E., Öğülür, Ġ., Mutlu, S., Yazgan-KarataĢ, A. and Özcengiz, G. 2011. Global Regulatory
Systems Operating in Bacilysin Biosynthesis in Bacillus subtilis.Journal of Molecular Microbiology
and Biotechnology. 20:144-155.
Tefon, B.E., Kühnel, S., Özcengiz, E., Becher, D., Hecker, M. andÖzcengiz, G. 2011. A
comprehensive analysis of Bordetella pertussis surface proteome and identification of new
immunogenic proteins. Vaccine. 29: 3583-3595.
Altindis, E., Tefon, B.E, Yildirim, V. Özcengiz, E., Becher, D., Hecker, M. and Özcengiz, G. 2009.
Immunoproteomic analysis of Bordetella pertussis and identification of new immunogenic proteins.
Vaccine. 27: 542-548.
Yıldırım V., Özcan, S., Becher, D., Buettner, K., Hecker, M., and Özcengiz, G. 2011. Characterization
of proteome alterations in Phanerochaete chrysosporium in response to lead exposure. BMC Proteome
Science.9: 12-27.
82
Yrd. Doç. Dr. Halil Mecit Öztop
ÇalıĢmaAlanları
Magnetic Resonance Imaging (MRI)
NMR Relaxometry
Lisans, ODTÜ, Gıda Mühendisliği
Colloidal systems
M.S., ODTÜ, Gıda Mühendisliği
PhD., University of California Davis, Biological
Controlled release
Systems Engineering
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Williams P., Oztop, MH. McCarthy, MJ. , McCarthy, KL., Lo, YM., 2011. Characterization of Water
Distribution in Xanthan-Curdlan Hydrogel Complex Using Magnetic Resonance Imaging, Nuclear
Magnetic Resonance Relaxometry, Rheology, and Scanning Electron Microscopy, Journal of Food
Science, 76 (6):E472-478.
Kong, F., Oztop, MH., Singh, RP., McCarthy MJ., 2013. Physical changes of peanuts during
simulated gastric digestion. 50 : 32-38
Oztop, M., McCarthy, MJ. , McCarthy, KLM., Rosenberg, M., 2012. Characterization of diffusion of
divalent ions (Mn+2 and Ca+2) from heat-set whey protein gels: An NMR Relaxometry and Magnetic
Resonance Imaging (MRI) Study. Submitted to Journal of Food Science.
Wichchukit S., Oztop, M., McCarthy, MJ., McCarthy, KLM. Use of whey protein/alginate beads to
design a sustained release system in a viscous media. Submitted to Food Hydrocolloids
Oztop, M., Bansal, H., McCarthy, MJ McCarthy, KL., Takhar , P. Using Multi-Slice-Multi-Echo MR
images with NMR Relaxometry to asses water and fat distribution in coated chicken nuggets.
Submitted to Journal of Food Engineering as a communication
83
Prof. Dr. Haluk Hamamcı
ÇalıĢmaAlanları
Yeast physiology
PhD., University of California at Davis, Kimya
Lactic acid production
Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Ertugay, N. and Hamamcı, H., Storage Behaviour of Immobilized Dried Micro-organisms. "Food
Microbiology ", 15 , (1998), p.3-11 .
Yarar, S., Hamamcı, H. and Bakır, U., Partial Purification and Charecterization of Neutral Trahalase
Enzyme from Commercial Bakers' Yeast, S. Cerevisiae. "Journal of Food Biochemistry", 24, (2000), p.443451.
Demir, A.S., Hamamcı, H., Doğanel, F. and Özgül E., Chemoenzymatic Synthesis of (1S,2R)-1-amino-2indanol, a Key Intermediate of HIV Protease Inhibitor, Indinavir. "Journal of Molecular Catalysis B:
Enzymatic", 9, (2000), p.157-161.
Uyar EO, Hamamci H, Turkel S, Effect of different stresses on trehalose levels in Rhizopus oryzae ."Journal
of Basic Microbiology ", 50, (2010), p.368-372 .
Alagoz E., Acar S., Yucel M., Hamamci H., Cloning and expression studies of putative Rhizopus oryzae
hexokinase genes in Saccharomyces cerevisiae. "FEBS Journal ", 277, (2010), p.118-118 .
84
Yrd. Doç. Dr. Harun Koku
ÇalıĢmaAlanları
Analysis of Chromatographic Stationary Phases
Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği
Electron Microscopy Imaging and Image Processing
M.S., ODTÜ, Kimya Mühendisliği
Biological Hydrogen Production
PhD., University of Delaware, Kimya
Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Androga DD, Sevinç P, Koku H, Yücel M, Gündüz U and Eroğlu Ġ. Optimization of temperature and
light intensity for improved photofermentative hydrogen production using Rhodobacter capsulatus
DSM 1710. Int J Hydrogen Energy. 39(6): 2472-2480, 2014.
Koku H, Maier RS, Schure MR, Lenhoff AM, Modeling of Dispersion in a Polymeric
Chromatographic Monolith. J Chromatogr A, 1237, 55–63, 2012.
Koku H, Maier RS, Czymmek KJ, Schure MR, Lenhoff AM, Modeling of Flow in a Polymeric
Chromatographic Monolith. J. Chromatogr. A, 1218(22), 3466-3475, 2011.
85
Prof. Dr. Hüseyin Avni Öktem
ÇalıĢmaAlanları
Nanobiotechnology, Nanotechnology, CBRN, Plant
biotechnology, Transgenic techonologies, GMO,
Signal transduction, Molecular diagnostics, Array
technologies, Biosensors, Aptamers, Renewable
bio-energy technologies
Lisans , ODTÜ, Biyoloji
M.S., ODTÜ, Biyokimya
Ph.D., Joszef Attila Univ
[email protected]
http://plantbiotech.metu.edu.tr
SeçilmiĢ Yayınları
Bayrac AT, Sefah K, Parekh P, Bayrac C, Oktem HA, Tan W, In vitro Selection of DNA Aptamers to
Glioblastoma Multiforme, ACS Chemical Neuroscience (2011) in publication.
Akcay UC, Ercan O, Kavas M, Yildiz L, Yilmaz C, Oktem HA, Yucel M, Drought-induced oxidative
damage and antioxidant responses in peanut (Arachis hypogaea L.) seedlings. Plant Growth
Regulation, 61: 21-28, 2010.
Oz MT, Yilmaz R, Eyidogan F, de Graaff L, Yucel M, Oktem HA, Microarray Analysis of Late
Response to Boron Toxicity in Barley (Hordeum vulgare L.) Leaves, Turkish Journal of Agriculture
and Forestry, 33: 191-202, 2009.
Akcay UC, Mahmoudian M, Kamci H, Yucel M, Oktem HA, Agrobacterium tumefaciens-mediated
genetic transformation of a recalcitrant grain legume, lentil (Lens culinaris Medik) Plant Cell Reports
28: 407-417, 2009.
Karamollaoglu I, Oktem HA, Mutlu M, QCM-based DNA biosensor for detection of genetically
modified organisms (GMOs) Biochemical Engineering Journal 44: 142-150, 2009.
Oktem HA, Eyidooan F, Demirba D, Bayrac AT, Oz MT, Ozgur E, Selcuk F, Yucel M, Antioxidant
responses of lentil to cold and drought stress Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology 17: 1521, 2008.
Öktem H.A., Bayramoğlu G., Özalp V.C., Arica M.Y. Single step purification of recombinant
Thermus aquaticus DNA-polymerase using DNA-aptamer immobilized novel affinity magnetic beads.
Biotechnology Progress, 23:146-154, 2007.
Eskiocak U, Ozkan-Ariksoysal D, Ozsoz M, Oktem HA, Label-free detection of telomerase activity
using guanine electrochemical oxidation signal Analytical Chemistry 79: 8807-8811, 2007.
86
Prof. Dr. Ġnci Eroğlu
ÇalıĢmaAlanları
Chemical Reaction Engineering
Process Design
Multiphase Reactors
Bioreactors
Hydrogen Energy System
Biyological Hydrogen Production
Fuel Cell
Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği
M.S., ODTÜ, Kimya Mühendisliği
PhD., ODTÜ, Kimya Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Eroğlu, Ġ., Tabanoğlu, A., Gündüz, U., Eroğlu, E., Yücel, M., Hydrogen production by Rhodobacter
sphaeroides O.U.001 in a flat plate solar bioreactor. "International Journal of Hydrogen Energy", 33,
(2008), p.531-541.
E.Ozgur, A.E.Mars, B.Peksel, A.Louwerse, M.Yücel, U.Gündüz, P.Claassen, I.Eroglu, Biohydrogen
production from beet molasses by sequential dark and photofermentation ."International Journal of
Hydrogen Energy", 35, (2010), p.511-517.
Ela Eroglu, Ufuk Gunduz, Meral Yucel, Inci Eroglu, Photosynthetic bacterial growth and productivity
under continuous illumination or diurnal cycles with olive mill wastewater as feedstock. "International
Journal of Hydrogen Energy", 35, (2010), p.5293-5300.
P.A.M Claassen, T.Vrije, E.Koukios, E.V.Niel, I. Eroglu, M.Modigell,A. Fried, Non-thermal
production of pure hydrogen from biomass: HYVOLUTION Michael , ,, Walter Werner
Ahrer. "Journal of Cleaner Production", 18, (2010), p.S4-S8.
Androga DD, Özgür E, Yücel M, Gündüz U, Eroglu I., Factors affecting the longterm stability of
biomass and hydrogen productivity in outdoor photofermentation.. "Int J Hydrogen Energy", 36,
(2011), p.11369-11378.
Pekgöz G, Gündüz U, Eroğlu I, Yücel M, Kovács K, Rákhely G, Effect of inactivation of genes
involved in ammonium regulation on the biohydrogen production of Rhodobacter capsulatus.. "Int J
Hydrogen Energy ", 36, (2011), p.13536-13546.
Boran E., Özgür E., Yücel M., Gündüz U. and Eroğlu Ġ, Biohydrogen production by Rhodobacter
capsulatus in solar tubular photobioreactor on thick juice dark fermenter effluent. "J Cleaner Prod", 31,
(2012), p.150-7.
87
Prof. Dr. Ġnci Togan
ÇalıĢmaAlanları
Population genetics
Lisans , ODTÜ, Fizik
Ancient DNA
M.S., Johns Hopkins University, Biyofizik
Ph.D., ODTÜ, Biyoloji
[email protected]
http://www.metu.edu.tr/~togan/
SeçilmiĢ Yayınları
Eren Y, Demirci S, EvrenKoban Bastanlar E, Dogan S.A, Tasdemir,U, Togan i. Comparative study of
three simple molecular approaches in search of mtDNA haplogroup identification of domestic sheep
(revised and resubmitted to Small Ruminant Research)
Dinc H, Ozkan E, Koban E, Togan,I Beta-casein, Kappa-casein and Beta-lactoglobulin
Polymorphisms in Relation to Breeding Practices of Cattle in Turkey (revised and resubmitted to
Archiv Tierzucht)
Altunok, V., Yüksek, N., Berkman, C.C., Ağaoğlu, Z.T., Togan, I. 2011. Genetic Structure and
Variation of Van Cats. Biochemical Genetics, 49:511–522.
Can, OE., Kandemir, I., Togan, I. 2011. The wildcat Felis silvestris in northern Turkey: assessment of
status using camera trapping. Fauna & Flora International, Oryx, 45(1), 112–118.
Birler, S., Pabuccuoğlu, S., Demir, K., Cirit, Ü., Karaman, E., Bacınoglu, S., ÖzdaĢ, Ö.B., Evecen, M.,
Alkan, S., Baran, A., Bakırer, G., Hamzaoğlu, Ġ., Öztürk, Ö.A., Özcan, C., Koçak, Ö., Kılıçarslan, R.,
KaĢıkçı, G., Toydemir, S., Dinç, H., Koban, E., Togan, Ġ., Ġleri, Ġ.K. and Ak, K. 2010. Production of
cloned lambs: Transfer of early cleavage stage embryos to fınal recipients. Ġstanbul Üniv. Vet. Fak.
Derg. 36(1): 1-8.
Avcı, G., Uğuz, C., Bayram, Ġ., Erdoğan, M., Küçükkurt, Ġ., Dosay Akbulut, M., Özdemir, M., Lenger,
ÖF., ĠĢcan, M., Togan, Ġ. 2010. Effects of Nonylphenol on Growth Parameters and Antioxidant
Defense System in Japanese Quails (Coturnix japonica). Kafkas Univ Vet Fak Derg, 16 (4): 823-832.
Beklioğlu, M., AkkaĢ, SB., Ozcan, HE., Bezirci, G., Togan, I. 2010. Effects of 4-Nonylphenol, Fish
Predation and Food Availability on Survival and Life History Traits of Daphnia magna
Straus,Ecotoxicology, 19: 901-910.
Uğuz, C., ĠĢcan, M. ve Togan, I. 2009. Alkylphenols in the environment and their adverse effects on
living organisms. Kocatepe Veterinary Journal. 2 (1): 49-58.
88
Yrd. Doç. Dr. Ġrem Erel-Göktepe
ÇalıĢmaAlanları
Preparation of functional surfaces
Lisans, ĠTÜ, Kimya
Stimuli responsive polymer multilayer films
M.S., ĠTÜ, Polimer Bilim ve teknolojisi
PhD., Stevens Institute of Technology, Polimer
Kimyası
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Bag, E.; Begik, O.; Yusan, P.; Erel-Goktepe, I., Hydrogen-bonded Multilayers with Controllable pHinduced Disintegration Kinetics for Controlled Release Applications from Surfaces. “Journal of
Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry”, accepted.
Yusan P.; Tuncel, I.; Bütün, V.; Demirel, A.L; Erel-Goktepe, I., pH-Responsive Layer-by-layer Films
of Zwitterionic Micelles “Polymer Chemistry”, 5, (2014), p.3777.
Hippius, C.; V.Butun; Erel-Goktepe, I., Bacterial Anti-adhesive Properties of a Monolayer of
Zwitterionic Block Copolymer Micelles. “Materials Science and Engineering: C Materials for
Biological Applications”, 41, (2014), p.354.
Taskin, O.S.; Erel-Goktepe, I; Khan, M.A.A; Pispas, S.; Yagci, Y., Polystyrene-b-poly(2-vinyl
phenacyl pyridinium) Salts as Photoinitiators for Free Radical and Cationic Polymerizations and Their
Photoinduced Molecular Associations. “Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry”,
285, (2014), p.30.
Erel, I.; Karahan, E.H., Tuncer, C.; Bütün, V.; Demirel, A.L, Hydrogen-Bonded Multilayers of
Micelles of a Dually Responsive Dicationic Block Copolymer. “Soft Matter”, 8, (2012), p.827.
Erel, I.; Zhu, Z.; Zhuk, A.; Sukhishvili, S. A., Hydrogen-Bonded Layer-by-Layer Films of Block
Copolymer Micelles with pH-Responsive Cores. “J. Colloid Interface Sci.”, 355, (2011), p.61.
Erel, I.; Schlaad, H.; Demirel, A.L., Effect of Structural Isomerism and Polymer End Group on the
pH-Stability of Hydrogen Bonded Multilayers. “J. Colloid Interface Sci.”, 361, (2011), p.477.
Erel, I.; Zhu, Z.; Sukhishvili, S. A.; Patyukova, E.; Potemkin, I.; Kramarenko, E., Two Types of Block
Copolymer Micelles with Ion-containing Cores. “Macromolecular Rapid Communications”, 31,
(2010), p.490.
89
Prof. Dr. Levent Toppare
ÇalıĢmaAlanları
Conducting Polymers
Biosensors
Lisans, ODTÜ, Kimya
Electrochromism
M.S., ODTÜ, Kimya
PhD., ODTÜ, Kimya
Organic Solar Cells
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Effects of dopant on characteristics of polypyrrole and its Copolymers, E. Aslan Gürel, L. Toppare,
J. Hacaloğlu, J. Thermal Anal Calorimetry, 11, 1133 (2013)
Dielectric and electrical properties of a benzotriazole and fluorene containing copolymer. D. Esra
Yıldız D. Hazar Apaydın, L. Toppare , Ali Cirpan, J. Appl. Polym Sci.,3, 1659 (2013)
Blend or Copolymer? Spectroelectrochemical evidence copolymerization or blending two
electrochromic polymer, M. Ak, H. ÇetiĢli, L. Toppare Coll. Polym. Sci.,291, 767 (2013)
A novel conducting polymer: Investigation of its matrix properties for cholesterol biosensor
applications. S. Söylemez, F. Ekiz, L. Toppare. Sensors Actuators B, 182, 322 (2013)
Synthesis of Aromatic Poly(pyridinium salt)s and their Electrochromic Properties. M. L. Keshtov,Y.
Arslan Udum, L. Toppare, V. S. Kochurov, A. R. Khokhlov. Mat.Chem.Phys. 139, 936 (2013)
90
Prof. Dr. Mahinur S. Akkaya
ÇalıĢmaAlanları
Plant-pathogen interactions
Protein-protein interactions
Lisans, ODTÜ, Kimya
Plant functional genomics
M.S., The Ohio State University, Kimya
Applications of Molecular Markers
PhD., The Ohio State University, Biyokimya &
Click Chemistry
Moleculer Biyoloji ve Genetik
[email protected]
http://curie.chem.metu.edu.tr/~akkayalab/
SeçilmiĢ Yayınları
Gunel A., Asbahi A., Ozgazi N., Akkaya M.S. Identification of differentially expressed proteins in
wheat after benzothiadiazole treatment. Journal of Plant Diseases and Protection (JPDP). 2012,
119:182-190.
Yildirim-Ersoy F., Ridout C.J., Akkaya M.S. Detection of physically interacting proteins with the CC
and NB-ARC domains of a putative yellow rust resistance protein, Yr10, in wheat. Journal of Plant
Diseases and Protection, 2011, 118:119-126
Ogul H., Akkaya M.S. Data Integration in Functional Analysis of MicroRNAs Current Bioinformatics
2011, 6:462-472
Bozkurt O., McGrann G.R.D., MacCormack R., Boyd L.A., Akkaya M.S. Cellular and transcriptional
responses of wheat during compatible and incompatible race-specific interactions with Puccinia
striiformis f. sp. tritici
Molecular Plant Pathology. 2010, 11: 625-640. DOI: 10.1111/J.13643703.2010.00633.X
Demircan T. and Akkaya M.S. Virus induced gene silencing in Brachypodium distachyon, a model
organism for cereals. Plant. Cell. Tiss. Organ. Cult. 2010, 100:91-96, (DOI 10.1007/s11240-0099623-x).
Dagdas Y.F., Dagdas G., Unver T., and Akkaya M.S. A new ZTL type F-box functions as a positive
regulator in disease resistance: VIGS analysis in barley against powdery mildew. Physiological and
Molecular Plant Pathology. 2009, 74:41-44.
Bozkurt O., Unver T., and Akkaya M.S. Genes differentially expressed in wheat associated with
resistance to yellow rust disease caused by Puccinia striiformis f.sp. tritici (Physiological and
Molecular Plant Pathology 2007, 71:251–259: (DOI: 10.1016/J.pmpp.2008.03.002)
91
Yrd. Doç. Dr. Mayda Gürsel
ÇalıĢmaAlanları
Lisans , ODTÜ, Biyoloji
Innate immunity
M.S., ODTÜ, Biyoloji
Ph.D., University of London
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Steinhagen F, Meyer C, Tross D, Gursel M, Maeda T, Klaschik S, Klinman DM, Activation of type I
interferon-dependent genes characterizes the "core response" induced by CpG DNA. J Leukoc Biol.
2012 Oct;92(4):775-85
E. Erikçi, M. Gürsel, I. Gursel , Differential Immune Activation Following Encapsulation of
Immunostimulatory CpG Oligodeoxynucleotide in Nanoliposomes. Biomaterials, 32:1715, 2011.
FC. Yagci, O. Aslan, M. Gursel, G. Tincer, Y. Ozdamar, K. Karatepe, KC. Akcali, I. Gursel,
Mammalian telomeric DNA suppresses endotoxin induced uveitis. J Biol Chem. 285:28806, 2010.
M. Gürsel, I. Gursel, HS. Mostowski, DM. Klinman, CXCL16 Influences the Nature and Specificity
of CpG-Induced Immune Activation, J. Immunol., 177:1575, 2006.
C. Coban, KJ. Ishii, M. Gürsel, DM. Klinman, N. Kumar, Effect of plasmid backbone modification by
different human CpG motifs on the immunogenicity of DNA vaccine vectors, J.Leuko.Biol., 78:647,
2005.
H. Shirota, I. Gursel, M. Gürsel, D. M. Klinman, Suppressive oligodeoxynucleotides protect mice
from lethal endotoxic shock, J. Immunol, 174:4579, 2005.
T. Sugiyama, M. Gürsel, F. Takeshita, C. Coban, J. Conover, T. Kaisho, S. Akira, DM. Klinman, CpG
RNA: identification of single stranded RNA that stimulates human CD14+CD11c+ monocytes, J.
Immunol, 174:2273, 2005.
S. Ito, K.J. Ishii, M. Gürsel, H Shirota, A. Ihata, D. M. Klinman, CpG oligodeoxynucleotides enhance
neonatal resistance to listeria infection, J. Immunol, 174:777, 2005.
H. Shirota, M. Gürsel, D. M. Klinman, Suppressive oligodeoxynucleotides inhibit Th1 differentiation
by blocking IFNg and IL-12 mediated signaling, J. Immunol,173:5002, 2004.
F. Takeshita, I. Gursel, K.J. Ishii, K. Suzuki, M. Gürsel, D. M. Klinman, Signal transduction pathways
mediated by the interaction of CpG DNA with toll-like receptor 9, Semin. Immunol., 16:17, 2004.
92
Yrd. Doç. Dr. Mehmet Somel
ÇalıĢmaAlanları
Evolutionary genetics
Mechanisms and evolution of aging
Brain aging
Lisans , ODTÜ, Biyoloji
Transcriptome evolution
M.S., ODTÜ, Biyoteknoloji
Ph.D., University of Leipzig, Biyoloji
Human evolution & population genetics
Human ancient DNA
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Y Yuan, YPP Chen, J Boyd‐Kirkup, P Khaitovich, M Somel, Accelerated aging‐related transcriptome
changes in the female prefrontal cortex, Aging cell 11 (5), 894-901
M Somel, S Guo, N Fu, Z Yan, HY Hu, Y Xu, Y Yuan, Z Ning, Y Hu, MicroRNA, mRNA, and
protein expression link development and aging in human and macaque brain, Genome research 20 (9),
1207-1218
M Somel, H Franz, Z Yan, A Lorenc, S Guo, T Giger, J Kelso, B Nickel, Transcriptional neoteny in
the human brain, Proceedings of the National Academy of Sciences 106 (14), 5743-5748
S Myles, M Somel, K Tang, J Kelso, M Stoneking, Identifying genes underlying skin pigmentation
differences among human populations, Human genetics 120 (5), 613-621
M Somel, X Liu, L Tang, Z Yan, H Hu, S Guo, X Jiang, X Zhang, G Xu, MicroRNA-driven
developmental remodeling in the brain distinguishes humans from other primates, PLoS biology 9
(12), e1001214
S Myles, K Tang, M Somel, RE Green, J Kelso, M Stoneking, Identification and Analysis of Genomic
Regions with Large Between‐Population Differentiation in Humans, Annals of human genetics 72 (1),
99-110
M Somel, P Khaitovich, S Bahn, S Pääbo, M Lachmann, Gene expression becomes heterogeneous
with age, Current Biology 16 (10), R359-R360
X Liu, M Somel, L Tang, Z Yan, X Jiang, S Guo, Y Yuan, L He, A Oleksiak, Extension of cortical
synaptic development distinguishes humans from chimpanzees and macaques, Genome research 22
(4), 611-622
93
Prof. Dr. Meral Yücel
ÇalıĢmaAlanları
Bitki Biyoteknolojisi: Tahıl bitkilerinin doğal stres
koĢullarına dayanıklı çeĢitlerinin Fizyolojik,
Biyokimyasal ve Moleküler Yöntemlerle tesbiti ve
Gen Mühendisliği yolu ile dayanıklı çeĢitlerin
geliĢtirilmesi. Gen transferi ve transgenik bitkilerin
rejenerasyonu.
Biyo Enerji: Fotosentetik mikroorganizmalar
kullanarak yenilenilebilir enerji eldesi için süreç ve
teknolojilerin geliĢtirilmesi (Biyohidrojen ve
Biyodizel Üretimi).
Lisans , ODTÜ, Kimya
M.S., ODTÜ, Kimya
Ph.D., ODTÜ, Biyoloji
[email protected]
Enzim saflaĢtırılması ve karakterizasyonu
SeçilmiĢ Yayınları
Melih Onay, Çağla Sönmez, Hüseyin Avni Öktem, Meral Yücel “Thermo-resistant green microlagae
for effective biodiesl production : isolation and characterization of unialgal species from geothermal
flora of central Anatolia”: Bioresource Technology (2014) 169:62-71
M.C. Baloğlu, A.Battal, G.Aydın, A.Eroğlu, M.T.Oz; M.Kavas, H.A.Öktem, M.Yücel Vector
Construction Strategies For Transformation of Wheat Plant” The Journal of Animal and Plant Sciences
(2013) 23(3) 906-912 . ISSN:1018-7081A.Gökce, Y Öztürk,Z.P.Çakar, M. Yücel, Temperature
resistant mutants of Rhodobacter capsulatus generatted by a directed evolution approach and effects of
temperature resistance on hydrogen production. "Int.J.of Hydrogen Energy", 37, (2012), p.1646616472.
Öztürk Y, Gökce A.M, Peksel B, Gürgan M, Öztürk Y, Gündüz U, Eroglu Ġ,Yücel M., Hydrogen
production properties of Rhodobacter capsulatus with genetically modified redox balancing pathways..
"Int.J.of Hydrogen Energy", 32, (2012), p.2014-2020.
Androga D., Özgür E, Eroglu I,Gündüz U, Yücel M., Amelioration of photofermentative hydrogen
production from molasses dark fermenter effluent by zeolite-based removal of ammonium ion..
"International J.of Hydrogen Energy", 37, (2012), p.16421-164
C.Kayıhan, F.Eyidogan, N. Afsar, H.A.Öktem , M.Yücel, Cu/Zn Superoxide dismutase activity and
respective gene expression during cold acclimation and freezing stress in barley cultivar.. "Biological
Plantarum ", 56, (2012), p.693-698.
Boran E, Özgür E, Yücel M, Gündüz U, Eroglu I., Biohydrogen production by Rhodobacter capsulatus
Hup- mutant in pilot solar tubular photobioreactor.. "Int.J of Hydrogen Energy", 37, (2012), p.1643716445.
94
Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
ÇalıĢma Alanları
Synthesis, modification, characterization and
biocompatibility studies of biomaterials:
Wound Dressing Materials
Biodegradable Scaffolds
Lisans, ODTÜ, Kimya
Responsive Hydrogels
M.S., ODTÜ, Kimya
Enzyme Immobilization
PhD., ODTÜ, Kimya
Controlled Release
Bone Cement Compositions
[email protected]
Micro and Nano Delivery Systems
http://biomat.metu.edu.tr/prof-dr-nesrin-hasirci
SeçilmiĢ Yayınları
Aysun Güney, Nesrin Hasirci, Properties and Phase Segregation of Crosslinked PCL-Based
Polyurethanes, Journal of Applied Polymer Science, DOI: 10.1002/app.39758, 2014
Seniz Ucar, Pinar Yilgor, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci, Chitosan Based Wet Spun Scaffolds for
Bioactive Agent Delivery in Bone Tissue Engineering, J. Appl. Polm. Sci, doi:10.1002/APP.39629,
2014
Endogan-Tanir, T., Hasirci, V., Hasirci, N. Electrospinning of chitosan/poly (lactic acid-co-glycolic
acid)/hydroxyapatite composite nanofibrous mats for tissue engineering applications. Polymer
Bulletin. DOI:10.1007/s00289-014-1234-y, 2014
Filiz Kara, Eda Ayse Aksoy, Zehranur Yuksekdag, Nesrin Hasirci, Serpil Aksoy, Synthesis and
surface modification of polyurethanes with chitosan for antibacterial properties, Carbohydrate
Polymers, DOI:.org/10.1016/j.carbpol.2014.05.019, 2014
I. Saygun, V. Bal, A. Kızıltay, P. Yilgor Huri, F. Avcu, K. Üstün, V. Hasirci, N. Hasirci, Proliferation
and Differentiation of Mesenchymal Stem Cells in Chitosan Scaffolds Loaded with Nanocapsules
Containing Bone Morphogenetic Proteins-4, Platelet-Derived Growth Factor and Insulin-Like Growth
Factor 1, Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 4, 181-188, 2014.
U. Aydemir Sezer, D. Arslantunali, E.A. Aksoy, V. Hasirci, N. Hasirci, Poly(ε-caprolactone)
Composite Scaffolds Loaded with Gentamicin Containing β-TCP/ Gelatin Microspheres for Bone
Tissue Engineering Applications, Journal of Applied Polymer Science, 131 (8) 1-11, 2014
O. Ozgen, V. Hasirci, N. Hasirci, Effects of oxygen nitrogen and argon plasmas on PMMA surfaces,
Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, J. Biomater. Tissue Eng., 4, 479-487, 2014.
Maria Teresa Calejo, Nesrin Hasirci, Shahla Bagherifam, Reidar Lund and Bo Nyström, Selfassembled Stimuli-responsive Structures from Cationic Polymers for Biomedical Applications; Ed:
Dr.Sangram Keshari Samal and Dr. Peter Dubruel; Royal Society of Chemistry (RSC publisher),
2014.
95
Doç. Dr. Nursen Çoruh
ÇalıĢmaAlanları
Medicinal plants: Chemical extract preparation
Investigation of antioxidant activity: medicinal
plant extracts and isolated bioactive compounds
Lisans, ODTÜ, Kimya
Bioactive compound isolation from plant extracts:
TLC, HPLC, Liquid column chromatograpy
Spectroscopy: Fluorescence, Luminescence, CD,
UV-VIS
M.S., ODTÜ, Kimya
PhD., University of Missouri,St-Louis, Kimya
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Çoruh, Celep, Özgökçe, ĠĢcan, antioxidant capacities of gundelia tournefortii L. Extracts and
inhibition on glutathione-S-transferase activity. "food chemistry", 100, (2007), p.1249-1253.
Çoruh, Celep, Özgökçe,, antioxidant properties of prangos ferulacea (L) Lindl.,chaerophyllum
macropodum boiss. And heracleum persicum desf. From apiaceae family used as food in eastern
anatolia and their inhibitory effects on glutathione-s-transferase. "food chemistry", 100, (2007),
p.1237-1242.
Yuzugullu, Y.; Koclar A., G.; Soyler, B.; Bakir, U. ; Karakas, G.;Coruh, N., “Production of a novel
bifunctional catalase-phenol oxidase of Scytalidium thermophilum in the presence of phenolic
compounds” , 2011, "Türk Biyoloji Dergisi", 35, (2011), p.697-704.
Sagdicoglu Celep, A. G.; Yilmaz, S. and Coruh, N., Antioxidant Capacity and Cytotoxicity of
Aesculus hippocastanum on Breast Cancer MCF-7 Cells "JOURNAL OF FOOD AND DRUG
ANALYSIS", 20, (2012), p.692-698.
96
Prof. Dr. Orhan Adalı
ÇalıĢmaAlanları
Biochemistry and Molecular Biology,
Lisans , ODTÜ, Biyoloji
Biochemical Pharmacology and Toxicology,
M.S., ODTÜ, Biyoloji
Pharmacogenetic
Ph.D., ODTÜ, Biyokimya
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
A. Türkanoğlu Özçelik, B. C. Demirdöğen, ġ. Demirkaya, O. Adalı “Flavin containing
monooxygenase 3 genetic polymorphisms Glu158Lys and Glu308Gly and their relation to ischemic
stroke” Gene, 521(1-5), 116–121, 2013.
B. C. Demirdöğen, A.Ç. Adalı, ġ. Demirkaya, S. Bek and O. Adalı “Cytochrome P4501A1 genotypes
and smoking- and hypertension-related ischemic stroke risk” Human and Experimental Toxicology,
32(5), 483-491, 2013.
S. Karakurt, A. Semiz, G. Celik, A. M. Gencler-Ozkan, A. Sen, O. Adalı “Epilobium hirsutum alters
xenobiotic metabolizing CYP1A1, CYP2E1, NQO1 and GPx activities, mRNA and protein levels in
rats” Pharmaceutical Biology, 51(5), 650-658, 2013.
Çiğdem Gökçek-Saraç, Orhan Adalı, Ewa Jakubowska-Doğru “Hippocampal levels of ChAT, PKA,
phospho-PKA and phospho-CaMKIIα but not CaMKIIα positively correlate with spatial learning skills
in rats” Neuroscience Letters, 545(6), 112-116, 2013.
Gurbet Celik, Asli Semiz, Serdar Karakurt, Sevki Arslan, Orhan Adalı, Alaattin Sen “A Comparative
Study for the Evaluation of Two Doses of Ellagic Acid on Hepatic Drug Metabolizing and Antioxidant
Enzymes in the Rat” BioMed Research International (Journal of Biomedicine and Biotechnology),
Vol. 2013 (7), Article ID 358945, 9 pages, (doi:10.1155/2013/358945), 2013.
Ç. G. Saraç, S. Karakurt, O. Adalı, E.J. Doğru “Correlation between hippocampal levels of neural,
epithelial and inducible NOS and spatial learning skills in rats” Behavioural Brain Research, 235 (12),
326-333, 2012.
B. C. Demirdögen, E. ġahin, A. Türkanoğlu Özçelik, S. Bek, S. Demirkaya, O. Adali “Apolipoprotein
A5 polymorphisms in Turkish population: association with serum lipid profile and risk of ischemic
stroke” Molecular Biology Reports, 39 (12), 10459-10468, 2012.
97
Prof. Dr. Pınar Çalık
ÇalıĢmaAlanları
Biochemical reaction engineering for industrial bioprocess
development
Recombinant gene products (Production of
pharmaceutical proteins and enzymes)
Lisans, Ankara Üni., Kimya Mühendisliği
Catalysis through metabolic engineering
Modeling of intracellular reaction networks and analysis M.S., Ankara Üni., Kimya Mühendisliği
Site-directed biomimetic chemisorption based protein
PhD., Ankara Üni., Kimya Mühendisliği
affinity separation
Biomolecular modelling through metabolic engineering
[email protected]
for bioseparation of proteins
Enzyme enhanced ultrafiltration for the separation of
enantiomers
SeçilmiĢ Yayınları
Eskitoros, M. ġ., Ata, Ö., Çalık, P. 2014. Metabolic reaction network of Pichia pastoris with
glycosylation reactions: flux analysis for erythropoietin production, Journal of Chemical Technology
and Biotechnology, 89(11), 1675-1685.
Eskitoros, M. ġ., Çalık, P. 2014. Co-substrate mannitol feeding strategy design in semi-batch
production of recombinant human erythropoietin production by Pichia pastoris, Journal of Chemical
Technology and Biotechnology, 89 (5), 644-651.
Çalık, P., Bozkurt, B., Zerze, G.H., Inankur, B., Bayraktar, E., Boy, E., Orman, M.A., Açık, E.,
Özdamar, T.H., 2013. Effect of co-substrate sorbitol different feeding strategies on human growth
hormone production by recombinant Pichia pastoris, Journal of Chemical Technology &
Biotechnology, 88(9), 1631-1640.
Angardi, V., Çalık, P., 2013. Beet molasses based exponential feeding strategy for thermostable
glucose isomerase production byrecombinant Escherichia coli BL21 (DE3), Journal of Chemical
Technology and Biotechnology, 88 (5) , pp. 845-852.
Çelik, E., Çalık, P., 2012. Production of recombinant proteins by yeast cells, Biotechnology
Advances, 30, 1108-1118.
Çalık, P., Ġnankur, B., Soyaslan, E.ġ., ġahin, M., TaĢpınar, H., Açık, E., Bayraktar, Fermentation and
oxygen transfer characteristics in recombinant human growth hormone production by Pichia pastoris
in sorbitol batch and methanol fed-batch operation. Journal of Chemical Technology and
Biotechnology, 85, (2010), p.226-233..
98
Dr. Robert W. Murdoch
ÇalıĢmaAlanları
Genetics and biochemistry of novel microbial
biodegradation pathways
Molecular and microbiological techniques for
assessing toxicity
Molecular analysis of bacterial community
structure
Lisans, University of Texas at Austin, ZoologyBotany
PhD., Cornell University, Environmental
Toxicology
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Murdoch, R. and A. Costello Staniec. Diversity and composition of ammonia oxidizing bacteria in a
streambed surrounding an artificial dam. Journal of Environmental Management 127 p.237-243, 2013.
doi: 10.1016/j.jenvman.2013.05.032.
Murdoch, R. and A.G. Hay. Genetic and chemical characterization of ibuprofen and degradation by
Sphingomonas Ibu-2. Microbiology 159 p.621-632, 2013. doi: 10.1099/mic.0.062273-0.
Kagle, J., Porter, A.W., Murdoch, R., Rivera-Cancel, G. and A.G. Hay. Biodegradation of
Pharmaceutical and Personal Care Products. Advances in Applied Microbiology, 67 p.65-108, 2009.
doi: 10.1016/S0065-2164(08)01003-4.
Murdoch, R. and A.G. Hay. Formation of catechols via acid side chain removal from ibuprofen and
related aromatic acids. Applied and Environmental Microbiology, 71(10) p.6121-6125, 2005.
doi:10.1128/AEM.71.10.6121-6125.2005.
99
Yrd. Doç. Dr.Salih Özçubukçu
ÇalıĢmaAlanları
Metal and Light-Triggered Self Assembly of
Peptide Hydrogels and Biomaterial Applications
Lisans, ODTÜ, Kimya
M.S., ODTÜ, Kimya
PhD., RWTH Aachen University, Kimya
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Zhou, L.; Bosscher, M.; Zhang, C.; Özçubukçu, S.; Zhang, L.; Zhang, W.; Li, C. L.; Jensen, M. P.;
Lai, L.; He, C. “A protein engineered to bind uranyl selectively and with femtomolar affinity“. Nature
Chemistry, 2014, 6,236. (News in C&EN)
Beemelmanns, C., Husmann, R., Whelligan, D.K., Özçubukçu, S., Bolm, C. “Planar Chiral Disilanols
and Diols as H-Bonding Asymmetric Organocatalysts” Eur. J. Org. Chem. 2012, 3373.
Özkal, E., Özçubukçu, S.; Pericas, M.A. “Covalently Immobilized tris(triazolyl)methanol–Cu(I)
Complexes: Highly Active and Recyclable Catalysts for CuAAC Reactions” Catal. Sci. Technol.,
2012, 2, 195.
Özçubukçu, S.; Wegner, S.; Mandal, K.; Jensen, M. P.; He, C. “Selective Recognition of Americium
by Peptide-Based Reagents” Inorg. Chem. 2011, 50, 7937.
Özçubukçu, S.; Özkal, E,; Jimeno, C.; Pericas, M. A.” A Highly Active Catalyst for Huisgen 1,3Dipolar Cycloadditions Based on the Tris(triazolyl)methanol-Cu(I) Structure” Org. Lett. 2009,
11,4680.
Özçubukçu, S.; Schmitt, E.; Leifert, A.; Bolm, C. “A General and Efficient Synthesis of NitrogenSubstituted Ferrocenes”. Synthesis, 2007, 389.
100
Prof. Dr. Semra Kocabıyık
ÇalıĢmaAlanları
Structure / function analysis of thermostable
proteins;
Lisans , Ankara Üniversitesi
molecular biology of energy dependent progressive
M.S., Ankara Üniversitesi
and programmed proteolysis;
Ph.D., ODTÜ, Biyoloji
heat-shock response in thermohilic archaea.
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
S. Kocabıyık and S. Aygar. Improvement of protein stability and enzyme recovery under stress
conditions by using a small SHP (tpv-HSP 14.3) form Thermoplasma volcanium. Process
Biochemistry, 47: 1676-1683, 2012
S. Kocabıyık et al., Molecular cloning and co-expression of Thermoplasma volcanium proteasome
subunit genes. Protein Expression and Purification, 73 : 223–230, 2010.
S. Kocabıyık. Essential Structural and Functional Features of Small Heat Shock Proteins in Molecular
Chaperoning Process. Protein & Peptide Letters, 16, 613-622, 2009.
S. Kocabıyık, B. Demirok. Cloning and overexpression of a thermostable signal peptide peptidase
(SppA) from Thermoplasma volcanium GSS1 in E.coli. Biotechnology Journal, 4(7): 1055-1065, 2009
S. Kocabıyık and H.Ozel. An Extracellular pepstatin insensitive acid protease produced by
Thermoplasma volcanium. Bioresource Technology, 98: 112-117, 2007.
S. Kocabıyık and Ġ.Özdemir. Purification and Characterization of an intracellular Chymotrypsin-Like
Serine Protease from Thermoplasma volcanium. Bioscience, Biotechnology and Biochemistry.
70(1):126-134, 2006.
S. Kocabıyık and B.Erdem : Intracellular Alkaline Proteases Produced by Thermoacidophiles.
Detection of Protease Heterogeneity by Gelatin Zymography and Polymerase Chain Reaction (PCR).
Bioresource Technology, 84:29-33, 2002.
S. Kocabıyık and I.Erduran. The Effect of Valine Substitution for Glycine in the Dimer Interface of
Citrate Synthase from Thermoplasma acidophilum on Stability and Activity. Biochem. Biophys. Res.
Commun., 275:460-465, 2000.
Erduran, S. Kocabıyık. Amino acid substitutions in the subunit interface enhancing thermostability of
Thermoplasma acidophilum citrate synthase. Biochem. Biophys. Res. Commun., 249: 566-571, 1998.
101
Doç. Dr. Sertaç Önde
ÇalıĢmaAlanları
Plant tissue culture;
Lisans , ODTÜ, Biyoloji
Plant Gene Transfer Plant phylogenetics
M.S., ODTÜ, Biyoloji
Ph.D., Leeds University
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
S. Önde, T.S. Futers, A.C. Cuming 1994 Rapid analysis of an osmotic stress responsive promoter by
transient expression in intact wheat embryos. J. Exp. Bot. 45(274):561-566.
Özgen, M., Önde, S., Birsin, M., Sancak, C. “Transient expression of -glucuronidase (GUS) gene in
mature embryos of winter durum wheat via microprojectile bombardment”. Wheat Information
Service, Number: 89, pp 30-32, 1999.
Önde, S., Birsin, M., Yıldız, M., Sancak, C., Özgen, M. “Transfer of a -glucuronidase reporter gene to
sugarbeet (Beta vulgaris L.) via microprojectile bombardment” Turk. J. Agric. For. Vol 24, pp 487490, 2000.
Özgen M, Birsin MA, Önde S. The effect of hybrid vigor on callus induction and plant regeneration
from mature embryo culture of barley (Hordeum vulgare). Plant Cell, Tissue and Organ Cult. 2005;
82(1): 67 – 74.
Lise Y, Kaya Z, IĢık F, Sabuncu R, Kandemir Ġ, Önde S. The impact of over-exploitation on the
genetic structure of Turkish red pine (Pinus brutia Ten.) populations determined by RAPD markers.
Silva Fennica 2007; 41(2): 211-220.
Yıldız M, Önde S, Özgen M. Sucrose effects on concentration and plant regeneration from sugarbeet
leaf and petiole explants. J Sugarbeet Res. 2007; 44(1&2): 1-15.
Özgen M, Yıldız M, Koyuncu N, Önde S. The effect of seed size on tissue culture response of callus
from endosperm-supported mature embryos of Barley (Hordeum vulgare L.). Cereal Res Commun.
2007; 35(3): 1415-1425.
Dizkırıcı, A., Özcan, H.E., Önde, S., Temel, F., Akar, T. Budak, H. and Kaya, Z. Microsatellite (SSR)
variation in Barley germplasm and its potential use for marker assisted selection in scald resistance
breeding. International Journal of Integrative Biology 4 (1):9-15, 2008.
102
Doç. Dr. Sreeparna Banerjee
ÇalıĢmaAlanları
Non steroidal Anti-iflamatuvar ilaç olan
Celecoxib‟in, EGFR antikoru yardımıyla kanserli
hücreye ulaĢtırılması. Böylece, Celecoxib
gönderimindeki kardiyovasküler yan etkileri
azaltır.
Hedefli kanser terapisi, kemoterapinin baĢka
hücrelerde ortaya çıkarabileceği yan etkileri
azaltır. Katı tümörler genellikle EGFR proteinini
fazla ifade etmektedirler. Bu yeni lipozom
formülü lipozomun, EGFR sentezleyen kanser
hücrelerine hedeflenmesini sağlayarak, toksik
olmayan, biyo-uyumlu bir çözüm sunmaktadır.
Lisans , Presidency College, Calcutta
University, Physiology
M.S., Leeds University, Food Science
Ph.D., Leeds University, Food Biochemistry
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Enayat S and Banerjee S. The ethanolic extract of bark from Salix aegyptiaca inhibits the metastatic
potential and epithelial to mesenchymal transition of colon cancer cell lines. Nutrition and Cancer: An
International Journal 2014. (doi: 0.1080/01635581.2014.936949).
Milackova I, Prnova MS, Majekova M, Sotnikova R, Stasko M, Kovacikova L, Banerjee S, Veverka
M, Stefek M. 2-Chloro-1,4-naphthoquinone derivative of quercetin as an inhibitor of aldose reductase
and anti-inflammatory agent. J Enzyme Inhib Med Chem. 2014. (doi:10.3109/14756366.2014.892935)
Erdoğ A, Limasale YD, Keskin D, Tezcaner A, Banerjee S. In vitro characterization of a liposomal
formulation of celecoxib containing 1,2-Distearoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DSPC), cholesterol
and polyethylene glycol (PEG) and its functional effects against colorectal cancer cell lines. Journal of
Pharmaceutical Sciences. 2013, 102:3666-77.
Enayat S, Ceyhan MS, Basaran AA, Gursel M, Banerjee S. Anticarcinogenic effects of the ethanolic
extract of Salix aegyptiaca in colon cancer cells: involvement of Akt/PKB and MAPK pathways.
Nutrition and Cancer: An International Journal. 2013, 65:1045-58
Tunçay Çağatay S, Çimen I, SavaĢ B, Banerjee S. MTA-1 expression is associated with metastasis and
epithelial to mesenchymal transition in colorectal cancer cells. Tumor Biology 2013, 34:1189-1204.
Kavas A, Tunçay Çağatay S, Banerjee S, Keskin D, Tezcaner A. Potential of raloxifene on reversing
osteoarthritis-like alterations in rat chondrocytes: An in vitro model study. Journal of Biosciences,
2013 38, 1–13.
Astarci E, Sade A, Çimen I, SavaĢ B and Banerjee S. The NF-κB target genes ICAM-1 and VCAM-1
are differentially regulated during spontaneous differentiation of Caco-2 cells. FEBS J. 2012, 279,
2966-86.
Astarci E, Erson-Bensan AE, Banerjee S. MMP16 expression is downregulated by microRNA-146a in
spontaneously differentiating Caco-2 cells. Development Growth & Differentiation. 2012, 54, 216–
226.
103
Doç. Dr. Tolga Can
ÇalıĢmaAlanları
Bioinformatics: Computational Systems Biology,
Construction and Analysis of Protein Networks
Lisans, ODTÜ, Bilgisayar Mühhendisliği
M.S., University of California, Santa Barbara,
Statistical learning (Kernel Methods, Graphical
Models)
Computer Science
Ph.D., University of California, Santa Barbara,
Computer Science
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
T. Ersahin, L. Carkacioglu, T. Can, O. Konu, V. Atalay, R. Cetin-Atalay, "Identification of Novel
Reference Genes Based on MeSH Categories," PLoS ONE 9(3): e93341, 2014.
doi:10.1371/journal.pone.0093341
O. Eren Ozsoy and T. Can, "A divide and conquer approach for construction of large-scale signaling
networks from PPI and RNAi data using linear programming," IEEE/ACM Transactions on
Computational Biology and Bioinformatics, 10(4):869-883, July 2013. doi:10.1109/TCBB.2013.80
S. Hashemikhabir, E. S. Ayaz, Y. Kavurucu, T. Can, and Tamer Kahveci, "Large-Scale Signaling
Network Reconstruction," IEEE/ACM Transcations on Computational Biology and Bioinformatics,
Nov.-Dec. 2012 (vol. 9 no. 6), pp. 1696-1708. doi:10.1109/TCBB.2012.128
B. H. Akman, T. Can, and A. E. Erson-Bensan, "Estrogen-induced upregulation and 3'-UTR
shortening of CDC6," Nucl. Acids Res., September 12, 2012 doi:10.1093/nar/gks855
M. Sualp and T. Can, "Using network context as a filter for miRNA target prediction," Biosystems,
105(3):201-209, 2011. doi:10.1016/j.biosystems.2011.04.002.
L. Carkacioglu, R. C. Atalay, O. Konu, V. Atalay, and T. Can, "Bi-k-Bi Clustering: Mining Large
Scale Gene Expression Data Using Two-Level Biclustering," International Journal of Data Mining and
Bioinformatics (IJDMB), 4(6):701-721, 2010. doi:10.1504/IJDMB.2010.037548.
O. Camoglu, T. Can, and A. K. Singh, "Accurate and Scalable Techniques for the Complex/Pathway
Membership Problem in Protein Networks," Advances in Bioinformatics, vol. 2009, Article ID
787128, 2009. doi:10.1155/2009/787128.
104
Doç. Dr. Tuba H. Erguder-Bayramoğlu
ÇalıĢmaAlanları
Anaerobic biotechnology
Renewable energy and bio-based products
Bio-granulation
Agro-industrial waste treatment
Removal of chlorinated compounds
Biological nitrogen removal
Lisans, ODTÜ, Çevre Mühendisliği
M.S., ODTÜ, Çevre Mühendisliği
PhD., ODTÜ, Çevre Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
ErĢan ÇY, Erguder TH. 2014. The effects of seed sludge type on aerobic granulation via anoxicaerobic operation. Environmental Technology, 35 (23), 2928-2939.
ErĢan ÇY, Erguder TH. 2013. The effects of aerobic / anoxic period sequence on aerobic granulation
and COD/N treatment efficiency. Biores. Technol., 148:149-156.
Diamantis V., Erguder TH., Aivasidis A, Verstraete W, Voudrias E. 2013. Wastewater disposal to
landfill-sites: a synergistic solution for centralized management of olive mill wastewater and enhanced
production of landfill gas. Journal of Environ. Manage., 128: 427-434.
Ozkan L., Erguder TH., Demirer GN., 2011. Effects of pretreatment methods on solubilization of beetpulp and bio-hydrogen production yield. Intern. J Hydrogen Energy, 36(1):382-389.
Alkaya, E., Erguder T.H., Demirer GN., 2010. Effect of operational parameters on anaerobic codigestion of dairy cattle manure and agricultural residues: A case study for the Kahramanmaras region
in Turkey, Eng. Life Sci. 10(6):552-559.
Erguder T.H., Wittebolle L., Marzorati M., Boon N., Verstraete W., 2009. Environmental factors
shaping the ecological niches of ammonia-oxidizing archaea. FEMS Microbiology Reviews, 33 (5),
855-869.
Erguder T.H., Boon N., Vlaeminck S.E., Verstraete W., 2008. Partial nitrification achieved by pulse
sulfide doses in a sequential batch reactor, Environ. Sci. Tech., 42 (23), 8715-8720.
Dogan E., Dunaev T., Erguder T.H., Demirer G.N., 2008. Performance of leaching bed reactor
converting the organic fraction of municipal solid waste to organic acids and alcohols, Chemosphere,
74 (6), 797-803.
Erguder T.H., Demirer G.N., 2008. Low strength wastewater treatment with combined granular
anaerobic and suspended aerobic cultures in upflow sludge blanket reactors, J. Environ. Eng. ASCE.,
134 (4), 295-303.
105
Prof. Dr. Tülin Güray
ÇalıĢmaAlanları
Lisans , ODTÜ, Biyoloji
M.S., ODTÜ, Biyoloji
Ph.D., ODTÜ, Biyoloji
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
C.Chirica,T.Güray, G.C.Gürakan and T.F.Bozoğlu, Characterization of extracellular B-lactamases
from penicillin G resistant cells of Streptococcus thermophilus.. "J. of Food Protection", 61, (1998),
p.896-898.
T.Güray and T.Güvenç, Characterization of sheep liver N-acetyltransferase. "Biochem. Arch.", 13,
(1997), p.107-111.
T.Güray and T.Güvenç, Sheep tissue acetyl coenzyme A-dependent arylamine N-acetyltrans- ferases..
"Comp.Biol.Physiol.", 118C, (1997), p.305-310.
ĠĢcan, M.Moderasi and T.Güray, Production of superoxide radicals by sheep liver nitrofurantoin
reductase:in vitro effects of nitrofurantoin in metabolites on DNA.. "Toxicol. in Vitro", 9, (1995),
p.743-750.
M.ĠĢcan, H.Rostami, M.ĠĢcan, T.Güray, A.Rautio and O.Pelkonen, Interindividual variability of
coumarin 7-hydroxylation in a Turkish population.. "Eur. J. Clin. Pharmacol", 47, (1994), p.315-318.
G Sadi,N Eryilmaz,E Tütüncüoğlu,ġ Cingir,T Güray, Changes in expression profiles of antioxidant
enzymes in diabetic rat kidneys. "Diabetes Metab Res Rev ", 28, (2012), p.228-235.
Sadi G, Eryılmaz N, Tütüncüoğlu E, Cıngır ġ, Güray T, Changes in expression profiles of antioxidant
enzymes in diabetic rat kidneys. "DIABETES/METABOLISM RESEARCH AND REVIEWS DOI:
10.1002/dmrr.1302", , (2011), p..
Sadi G and Guray T, Gene expressions of Mn-SOD and GPx-1 in streptozotocin induced
diabetes:effect of antioxidants.. "Mol Cell Biochem", 327, (2009), p.127-134.
Sadi G, Yilmaz O, Guray T, Effect of vitamin C and lipoic acid on streptozotocin-induced diabetes
gene expression:mRNA and protein expressions of Cu-ZnSOD and catalase.. "Molecular and cellular
biochemistry", 309, (2008), p.109-116.
106
Yrd. Doç. Dr.Tülin Yanık
ÇalıĢmaAlanları
Monogenic obesity
Lisans , Ege Üniversitesi, Biyoloji
Neurodegeneration
Ph.D., The George Washington University,
Genetics And Cell Biology
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Niamh X. Cawley, Tulin Yanik, Irina Arnaoutova, Hong Lou, Nimesh Patel, and Y. Peng Loh.
Techniques in neuropeptides processing, trafficking, and secretion. (2008)Springer protocols:
Neurochemistry, Neuropeptide Techniques 39:67-96
Tulin Yanik, Geraldina Dominguez, Michael J. Kuhar, Emanuele Miraglia Del Guidice and Y. Peng
Loh. (2006) The Leu34Phe ProCART Mutation leads to CART deficiency: A possible cause for
obesity in humans. Endocrinology. 147(1):39-43.
Tulin Yanik and Robert P. Donaldson. (2005) A protective interaction between catalase and isocitrate
lyase in peroxisomes. Arch. of Biochem. and Biophys. 435:243-252.
Niamh X. Cawley, Jiechun Zhou, Joanna M. Hill, Daniel Abebe, Sylvie Romboz,
Tulin Yanik, Ramona M. Rodriguiz, William C. Wetsel, Y. Peng Loh. (2004). The carboxypeptidase E
knockout mouse exhibits endocrinological and behavioral deficits. Endocrinology 145:5807-19.
107
Prof. Dr. Ufuk BölükbaĢı
ÇalıĢmaAlanları
Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği
Biotechnology
Enzyme Technology
M.S., ODTÜ, Gıda Mühendisliği
Ph.D., Iowa State University, Kimya
Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
KocabaĢ, D.S., Bakir U., Philips SEV, McPherson M.J., Ögel Z.B., Purification, characterization, and
identification of a novel bifunctional catalase-phenol oxidase from Scytalidium
thermophillum. "Applied Microbiology and biotechnology", 79, (2008), p.407-415.
YaĢinok, A.E., Biran, S., KocabaĢ, A., Bakir, U., Xylanase from a soil isolate, Bacillus pumilus: gene
isolation, enzyme production, purification, characterization and one-step separation by aqueous-two
phase system. "World journal of microbiology and biotechnology", 26, (2010), p.1641-1652
Akpinar, O., Erdogan, K., Bakir, U., Yilmaz, L., Comparison of acid and enzymatic hydrolysis of
tobacco stalk xylan for preparation of xylooligosaccharides. "LWT-Food Science and Technology",
43, (2010), p.119-125.
Kocabas, D.S., Ogel, Z.B. and Bakir U., Screening of tree leaves as annual renewable green biomass
for phenol oxidase production and biochemical characterization of mulberry (Morus alba) leaf phenol
oxidases . "World journal of biotechnology and microbiology", 27, (2011), p.701-707
Bahcegul, E., Tatli, E., Haykir, I., Apaydin, S., Bakir, U., Selecting the right blood glucose monitor for
the determination of glucose during the enzymatic hydrolysis of corncob pretreated with different
methods,."Bioresource Technology", 102, (2011), p.9646-9652
Akpinar, O., Okan, L., Bostanci, S., Bakir U. and Yilmaz, L, Title: The Optimization of Dilute Acid
Hydrolysis of Cotton Stalk in Xylose Production . "Applied Biochemistry and biotechnology", 163,
(2011), p.313-325.
108
Prof. Dr. Ufuk Gündüz
ÇalıĢmaAlanları
Multi-drug resistance in various cancer types,
Lisans , Iowa State University, Kimya
Drug targeting in cancer by nanoparticles,
Mühendisliği
Bio-Hydrogen Production using photosynthetic
bacteria
M.S., Iowa State University, Kimya
Mühendisliği
Ph.D., ODTÜ, Biyoloji Bölümü
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Yakar, A., Tansik, G., Keskin, T., Gündüz, U., “Tailoring the magnetic behavior of polymeric
particles for bioapplications”, Journal of Polymer Engineering 33, 3, (2013) 265-74 .
Khodadust, R., Mutlu, P.,Yalçın, S., Ünsoy, G., Gündüz, U. , “Polyinosinic:polycytidylic acid loading
onto different generations of PAMAM dendrimer-coated magnetic nanoparticles”, Journal of
Nanoparticle Research (2013) 15:1860.
Alpsoy,A., YaĢa,S., Gündüz,U., “ Etoposide resistance in MCF-7 breast cancer cell line is marked by
multiple mechanisms”, Biomedicine & Pharmacotherapy 68 (2014) 351–355
Ozgur, E., Mars, A.E., Peksel, B., Louwerse, A., Yucel, M., Gündüz, U., Claassen, P.A.M., Eroglu, I.,
"Biohydrogen Production from Beet Molasses by Sequential Dark and Photofermentation",
International J. of Hydrogen Energy 35, (2010) 511-517.
Kosova, B., Tezcanlı, B., Ekiz, H.A., Cakir, Z., Selvi, N., Dalmizrak, A., Kartal, M., Gündüz, U.,
Baran, Y., “Suppression of STAT5A Increases Chemotherapeutic Sensitivity in Imatinib-Resistant and
Imatinib-Sensitive K562 Cells” Leukemia & Lymphoma 51, 10 (2010) 1895-1901.
AfĢar, N., Özgür, E., Gürgan, M., Akköse, S., Yücel, M., Gündüz, U., Eroglu, E., “Hydrogen
Productivity of Photosynthetic Bacteria on Dark Fermenter Effluent of Potato Steam Peels
Hydrolysate”, International J. of Hydrogen Energy 36, (2010) 432-438.
Iseri, O.D., Kars, M.D., Arpaci, F., Atalay, C., Pak, I., Gündüz, U., “Drug resistant MCF-7 cells
exhibit epithelial-mesenchymal transition gene expression pattern”, Biomedicine and
Pharmacotherapy 65 , 1 (2011) 40-45
Dönmez, Y., Akhmetova, L., IĢeri, O.D., Kars, M.D., Gündüz, U., “Effect of MDR Modulators
Verapamil and Promethazine on Gene Expression Levels of MDR1 and MRP1 in DoxorubicinResistant MCF-7 Cells”, Cancer Chemotheraphy and Pharmacology 67, 4, (2011) 823-828.
109
Prof. Dr. Ülkü YetiĢ
ÇalıĢmaAlanları
Primary research interest is on physiochemical
operations in water, wastewater and hazardous
waste treatment systems
Current research focuses on hazardous waste
management
Applications of membranes processes for drinking
water treatment and industrial wastewater
treatment/reclamation
Integrated pollution prevention and control, and
understanding of disinfection by-product formation
in water treatment
Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği
M.S., University of Pittsburgh, Kimya
Mühendisliği
PhD., ODTÜ, Çevre Mühendisliği
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Uzal, N., Yilmaz, L. and Yetis, U, Microfiltration/Ultrafiltration as Pretreatment for Reclamation of
Rinsing Waters of Indigo Dyeing Wastewater. "Desalination", 240, (2009), p.198-208.
M. Unlu, H. Yukseler, U. Yetis, Indigo dyeing wastewater reclamation by membrane-based filtration
and coagulation processes. "Desalination", 240, (2009), p..
Al, E., Yetis, U, Application of the contingent valuation method in a developing country: a case study
of the Yusufeli Dam in northeast Turkey. "Water Science and Technology", 62, (2010), p.99-105.
Dogru, B, Kerestecioglu, M., Yetis, U., Assessment of the Best Available Wastewater Management
Techniques for a Textile Mill: Cost and Benefit Analysis. "Water Science and Technology", 61,
(2010), p.963-970.
Uzal,N., Yılmaz, L., and Yetis, U, Nanofiltration and Reverse Osmosis for Reuse of Indigo Dye
Rinsing Waters. "Separation Scıence and Technology", 45, (2010), p.331-338.
Yigit,C.,Maden,G., Disa, N., Yılmaz, O., Ogutverici, A., Alp,E.,Unlu,K., Gokç, Hazardous Waste
Management in Turkey: Current Legislative Requirements and Future Challenges. "Desalination and
Water Treatment", 26, (2011), p.152-159.
Yilmaz, O., Dogru, B., Yetis, U., Current practices in hazardous waste management in Turkey,
Desalination and Water Treatment. "Desalination and Water Treatment ", 26, (2011), p..
110
Prof. Dr. Vasıf Hasırcı
ÇalıĢmaAlanları
Hydrogels, controlled drug delivery (antibiotic, pain
reliever, growth factor, anticancer agent), intelligent
systems and liposomes, tissue engineering (bone,
cartilage, retinal pigment epithelial cells, cornea,
nerve, cardiac tissue), biodegradable polymers, hard
tissue repair, nanobiomaterials.
Biosensors, bioreactors, biodegradation
(biopolymers, pesticides)
Lisans , ODTÜ, Biyoloji
M.S., ODTÜ, Biyoloji
Ph.D., University of Reading, Kimya
[email protected]
www.biomat.metu.edu.tr,
www.biomaten.metu.edu.tr
SeçilmiĢ Yayınları
Karadas, O., Yucel, D., Kenar, H., Kose, G., Hasirci, V. (2014). Collagen scaffolds with in situ-grown
calcium phosphate for osteogenic differentiation of Wharton‟s jelly and menstrual blood stem cells.
Journal of Tissue Engineering And Regenerative Medicine, 8,534–545
Kilic, C., Girotti, A., Rodriguez-Cabello, J., C., Hasirci, V. (2014). A collagen-based corneal stroma
substitute with micro-designed architecture. Biomaterial Science, 2, 318-329
Bahcecioglu, G., Buyuksungur, A., Kiziltay, A., Hasirci, N., Hasirci, V. (2014). Construction and in
vitro testing of a multilayered, tissue-engineered meniscus. Journal of Bioactive and Compatible
Polymers, 29(3), 235-253.
Ozcelik H., Padeste C., Hasirci V. (2014) Systematically organized nanopillar arrays reveal
differences in adhesion and alignment properties of BMSC and Saos-2 cells. Colloids and Surfaces B:
Biointerfaces. DOI:10.1016/j.colsurfb.2014.03.019.
Halili A. N., Hasirci N., Hasirci V. (2014). A multilayer tissue engineered meniscus substitute. Journal
of Material Science: Materials in Medicine, 25, 1195-1209.
Eke G., Kuzmina A., Goreva A., Shishatskaya E., Hasirci N., Hasirci V. (2014) In vitro and
Transdermal Penetration of PHBV Micro/Nanoparticles. Journal of Nanomaterials Science: Materials
in Medicine. DOI:10.1007/s10856-014-5169-5.
D. Arslantunali, G. Budak, V. Hasirci. 2013, "Multiwalled CNT-pHEMA composite conduit for
peripheral nerve repair", Society for Biomaterials, DOI:10.1002/jbm.a.34727
Pinar Yilgor Huri, Gazi Huri, Umit Yasar, Yurdanur Ucar, Nurten Dikmen, Nesrin Hasirci, Vasif
Hasirci, A Biomimetic Growth Factor Delivery Strategy for Enhanced Regeneration of Iliac Crest
Defects, Biomedical Materials,(doi:10.1088/1748-6041/8/4/045009)
111
Yrd. Doç. Dr. YeĢim Soyer
ÇalıĢmaAlanları
Food Microbiology, Food Safety, Molecular
Subtyping of Foodborne Pathogens
ODTÜ Gıda Mühendisliği Bölümü bünyesindeki
Gıda Güvenliği Laboratuvarımızdaki araĢtırma
konumlarımız gıda kaynaklı hastalık etmeni olan
mikroorganizmaların, özellikle de bakterilerin,
insanlara nasıl gıda yolu ile iletildiğini ve de
farklı konakçılardaki evrimini incelemektir.
Çiftlikten çatala giden zinciri incelerken klasik
mikrobiyolojik yönetmelerin yanı sıra modern
moleküler biyoloji tekniklerini de kullanmaktayız.
Lisans, Ankara Üniversitesi, Gıda Mühendisliği
M.S., Ankara Üniversitesi, Gıda Mühendisliği
PhD., Cornell University , Food Science
[email protected]
SeçilmiĢ Yayınları
Yeni, F., Yavas, S., Soyer, Y. and H. Alpas. 2014. Rapid and standardized methods for detection of
foodborne pathogens and mycotoxins on fresh produce. Food Control, 40: 359-267.
Soyer, Y., J. Richards, K. Hoelzer, L.D. Warnick, E. Fortes,P. McDonough, N.B. Dumas, Y.T. Grohn,
and M. Wiedmann. 2013. Antimicrobial drug resistance patterns among cattle and human associated
Salmonella strains. Journal of Food Protection, 76 (10): 1676-1688.
Soyer, Y., A. Moreno Switt, M. A. Davis, J. Maurer, P. L. McDonough, D. J. Schoonmaker-Bopp, N.
B. Dumas, T. Root, L. D. Warnick, Y. T. Gröhn and M. Wiedmann. 2009 Salmonella 4,5,12:i:-: an
emerging Salmonella serotype that represents multiple distinct clones. Journal of Clinical.
Microbiology 47 (11):3546-3556.
Soyer, Y., R. H. Orsi, L. D. Rodriguez-Rivera, Q. Sun and M. Wiedmann. 2009. Genome wide
evolutionary analyses reveal serotype specific patterns of positive selection in selected Salmonella
serotypes. BMC Evolutionary Biology 9: 264- 381.
Soyer, Y., S. D. Alcaine, D. Schoonmaker-Bopp, T. P. Root, L. D. Warnick, P. L. McDonough, N. B.
Dumas, Y. T. Gröhn and M. Wiedmann. 2010. Pulsed-field Gel Electrophoresis diversity of human
and bovine clinical Salmonella isolates. Foodborne Parthogens and Disease 7 (10): 707-717.
Davis, M. A., J. Y. Lim, Y. Soyer, H. Harbottle, Y. F. Chang, D. New, L. Orfe, T. E. Besser, and D. R.
Call.2010. Development and validation of a resistance and virulence gene microarray targeting
Escherichia coli and Salmonella enterica. Journal of Microbiology Methods 82 (1): 36-41.
112
Prof. Dr. Zeki Kaya
ÇalıĢmaAlanları
Molecular genetics of trees and crops (QTL
mapping, genomic mapping, DNA markers).
Conservation of genetic resources of crop and tree
species.
Lisans , Ġstanbul Üniversitesi, Orman Bilimi
M.S., Oregon State University, Forest Science
Population genetics of forest trees, genetic
adaptation, ecological genetics of plants.
Ph.D., Oregon State University, Forest Science
Breedings of forest trees.
[email protected]
Propagation of forest trees by tissue culture.
http://www.metu.edu.tr/~kayaz/
SeçilmiĢ Yayınları
Gulsoy, A.D., Gulsoy, A.M., Cengel, B. and Kaya Z.2014.The evolutionary divergence of Pinus nigra
subsp. pallasiana and its varieties based on noncoding trn regions of chloroplast genomes. Turk. J. Bot.
38:627-636 (DOI:10.3906/bot-1312-26)
Dizkirici A., Ekici M and Kaya Z.2013.Comparative Molecular Phylogenetics of Astragalus sections
from Turkey with New World Astragalus species using nrDNA ITS sequences. Plant Sytematics and
Evolution (in Press) .
Dizkirici A., Kansu C., Onde S., Birsin M., Ozgen M. and Kaya Z.2013.Phylogenetic relationships
among Triticum L. and Aegilops L. species as genome progenitors of bread wheat based on sequence
diversity in trnT-F region of chloroplast DNA.Genetic Resources and Crop Evolution . (2013. DOI
10.1007/s10722-013-9988-x).
Ozgen M., Ozdilek A., Birsin M.A., Onde S., Sahin D., Acikgoz E. and Kaya Z.2012.Analysis of
ancient DNA from in vitro grown tissues of1600-year-old seeds revealed the species asAnagyris
foetida. Seed Science Research 22, 279–286. ((doi:10.1017/S0960258512000207).
Cengel, B., Kaya, Z., Tayanc, Y., Kandemir, G.E., Velioglu, E., Alan, M. and Kaya Z.2012.Magnitude
and efficiency of genetic diversity captured from seed stands of Pinus nigra (Arnold) subsp. pallasiana
in established seed orchards and plantations.New Forests 43(3) :303-313 . ((DOI: 10.1007/s11056011-9282-8).
Zeybek, E., Onde, S. and Kaya, Z.2012.Improved in vitro micropropagation method with adventitious
corms and roots for endangered saffron. Cent. Eur. J. Biol. 7(1):138-145.
Ozdilek, A., Cengel, B., Kandemir, G., Tayanc, Y., Velioglu, E.,and Kaya, Z.2012.Molecular
phylogeny of relict endemic Liquidambar orientalis Mill based on sequence diversity of the
chloroplast-encoded matK gene.Plant Sytematics and Evolution 298:237-349.
113
BĠYOTEKNOLOJĠ ARAġTIRMA GRUPLARI
114
ODTÜ BĠTKĠ BĠYOTEKNOLOJĠSĠ GRUBU
Prof. Dr. Meral Yücel ([email protected])
Prof. Dr. Hüseyin Avni Öktem ([email protected])
Prof. Dr. Füsun Ġnci Eyidoğan ([email protected])
Doç. Dr. Remziye Yılmaz
Modern biyoteknolojinin tarıma yönelik uygulamaları 1990‟lı yıllara kadar herbisit, böcek ve
hastalıklara karĢı direncin artırılması konularında yoğunlaĢırken, yeni nesil transgenik bitkilerle stres
direnci, kalite iyileĢtirilmesi, yenilebilir aĢılar, biyomölekül üretimi ve çevreyi korumaya yönelik geniĢ
bir yelpaze de geliĢmektedir.
Orta Doğu Teknik Üniversitesi‟nde Bitki Biyoteknolojisi ve Genetiğine yönelik çalıĢmalar 1990‟lı
yılların baĢında grubumuzca baĢlamıĢ olup 24 yıllık bir birikim oluĢmuĢtur. Grubumuz bu alanda
ülkemizde bir çok ilke imza atmıĢ ve gen transferi, mikroarray teknolojileri, DNA çipleri gibi bazı
ileri teknolojilerin ülkemizde öncülüğünü yapmıĢtır.
ODTÜ Bitki Biyoteknolojisi AraĢtırma Alanları
Transgenik teknolojiler: kullanılarak bitkilere abiyotik stres (tuz-kuraklık) toleransı kazandırılması
MicroArray (Dizi) Teknolojileri: Stres koĢulları altında mikroarray sistemleri ile gen ifade
profillerinin belirlenmesi ve moleküler mekanizmanın anlaĢılmasına yönelik çalıĢmalar
Stres Fizyolojisi ; Sıcaklık, kuraklık, tuz ve ağır metaller gibi abiyotik stres faktörlerinin bitkiler
üzerinde oluĢturdukları etkilerin fizyolojik ve biyokimyasal yöntemler ile saptanması.
Ġlk proje çalıĢması; “Sıcaklık, Soğukluk, Kuraklık, Tuzluluk ve Metal Stresine Dayanıklı Zirai
Bitkilerin Tesbiti ve Gen Transferine Yönelik ÇalıĢmalar” TÜBĠTAK –TBAG 31-DPT Projesi (19931996) ile resmi çalıĢmalar Biyoloji Bölümünde Prof.Dr.Meral Yücel ve Prof.Dr.Hüseyin A.Öktem‟in
Laboratuvarında baĢlatılmıĢtır. Bu projeyi diğer projeler takip etmiĢ ve yaklaĢık 10 adet TÜBĠTAK,
3 DPT, 2 BOREN ve 45 ODTÜ-BAP ve 1 adet EUREKA projesi gerçekleĢtirilmiĢ olup bazıları
aĢağıda belirtilmiĢtir.
 “Herbisitlere Dirençli Transgenik Tütün Bitkilerinin Biyoteknolojik Yöntemlerle
GeliĢtirilmesi” TÜBĠTAK TBAG-1262 (1994-1996)
115



“Bitki Hormonlarının Buğdayda Stres faktörlerini (Sıcaklık, Kuraklık, Tuzluluk) Önleyici
Etkilerinin Moleküler Düzeyde AraĢtırılması”( 1996-2000) TÜBĠTAK- BDP
“Farklı Bitki Transformasyon Vektörlerinin Hazırlanması ve Protoplast ve Agrobacterium
Sistemlerinde denenmesi” TÜBĠTAK-TBAG-1586 (1997-1999)
“Borun Tahıllar Üzerinde OluĢturduğu Toksik Etkinin Fizyolojik ve BiyokimyasAl Yönlerinin
AraĢtırılması” TOGTAG-TARP (1999-2001)
Bu çalıĢmalar kapsamında Biyoloji Bölümünde Bitki Moleküler Biyolojisi, Biyoteknolojisi ve
Biyokimya laboratuvarında - bitki doku kültürü, rejenarasyonu ve gen aktarımına yönelik yöntemler
(Agrobacteriuma dayalı gen aktarımı, Partikül bombardımanı , Elektroporasyon gibi) oturtulmuĢtur.
Ağırlıklı olarak çalıĢmalar buğday, arpa, mercimek, patates, nohut, pirinç, Ģekerpancarı ve tütün
bitkilerinde gerçekleĢtirilmiĢtir. Aynı zamanda “Deneysel Bitki Fizyolojisi” dersi (Experimental
Plant Physiology -Bio442) ile bu konularda çalıĢmak isteyen Lisans ve Y.Lisans öğrencileri bitki
fizyolojisi, genetik ve bitki biyoteknolojisinin temel ilkeleri konularında eğitilmiĢ ve eğitilmeye devam
edilmektedir.
Laboratuvarımızda ilk gen taransferi çalıĢmaları tütün bitkisinde Agrobacterium tumefaciens ile
gercekleĢtirilmiĢtir (1993). Daha sonra, genetik transformasyonun en zor olduğu bitkilerden biri olan
mercimekte sekiz yılı aĢkın bir araĢtırma sonucunda dünyada ilk kez Agrobakteriyuma dayalı stabil bir
gen transferi yöntemi geliĢtirilmiĢtir. Buna ek olarak yine zor bitkiler olarak kabul edilen buğday, arpa,
Ģekerpancarı gibi bitkiler ile de çalıĢmalar yürütülmüĢtür.
 Mahmoudian M., Yücel M., Oktem H.A. Transformation of Lentil (Lens culinaris M.)
Cotyledonary Nodes via Vacuum Infiltration of Agrobacterium tumefaciens. Plant Mol. Biol.
Rep. Vol 20 (3), 251- 257, 2002. Mahmoudian M., Celikkol U., Yücel M., Oktem H.A.
 Vaccum Infiltration Based Agrobacterium Mediated Gene Transfer to Lentil (Lens culinaris)
Tissues. Biotech. Biotechnol. Eq. 16 (1), 24-29, 2002.
 Çelikkol Akçay, U., Mahmoudian, M., Kamci,H., Yucel M., Öktem, H.A. Agrobacterium
tumefaciens-mediated genetic transformation of a recalcitrant grain legume lentil (Lens
culinaris Medik). Plant Cell Reports,.1 – 11, 2008
2007 yılında ODTÜ Biyoloji Bölümü öğretim üyelerinden Prof.Dr. Hüseyin Avni Öktem ve
Prof.Dr.Meral Yücel yönetiminde 13 kiĢilik (içinde Moleküler Biyoloji, Biyoloji, Biyokimya,
Biyoteknoloji uzmanları ve Elektrik Elektronik, Makina ve Uçak Mühendislerinden oluĢan) bir ekip
ile bitki biyoteknolojisi çalıĢmalarında kullanılacak bir “Gen Tabancası” geliĢtirilmiĢtir. Bu cihazla
tütün, mercimek, nohut, pamuk, arpa , soğan, Ģekerpancarı gibi bitkilere gen aktarım çalıĢmalarında
baĢarılı olduğu gösterilmiĢtir. “Gen Tabancası Projesi çalıĢması TÜBĠTAK, TTGV ve TÜSĠAD
tarafından organize edilen Yedinci Teknoloji Ödülleri kapsamında Biyoteknoloji, Nanoteknoloji ve
Nanobiyoteknoloji Özel Ödül kategorisinde birincilik ödülü almıĢtır.
Son yıllarda ise grubumuzun koordinatörlüğünde bazı kaynakların TürkçeleĢtirilmesine katkı
sağlanması amacı ile muhtelif çeviriler gerçekleĢtirilmiĢtir.
 C.N. Stewart, JR. (Ed.) Bitki Biyoteknolojisi ve Genetik : Ġlkeler, Teknikler ve Uygulamalar,
Hüseyin Avni Öktem, Meral Yücel (Çeviri Editörleri); Plant Biotechnology and Genetics :
Principles, Techniques and Applications, 1. Basımından çeviri, XXVI+374+16 renkli s.,Nobel
Yayıncılık, Ankara, 2012.
Bu çeviri kitabı Ülkemizde Bitki Biyoteknolojisinin geliĢmesine katkı sağlamıĢ ve çoğu bitki
biyoteknolojisi konusunda araĢtırma yapan ve ders veren bilim insanlarının katkıları ile
gerçekleĢtirilmiĢtir.
116
Ülkemizde Biyogüvenlik Kanunu 2010 yılında yürürlüğe girmiĢtir. Buna yönelik Gıda ve yem amaçlı
genetik yapısı değiĢtirilmiĢ organizmaların ve ürünlerin ithalat iĢlemleri ile ilgili kontrol ve denetime
yönelik yönetmelikler oluĢturulmuĢ ve GDO tespit ve miktar tayini önem kazanmıĢtır. Kanun ve
yönetmelik hazırlıklarında grubumuz üyelerinin uzun yıllara dayanan katkı ve destekleri olmuĢtur.
Laboratuvarımızda bu konuya yönelik olarak gıda, yem ve tohumlarda GDO analiz yöntemleri
oturtulmuĢtur. Biyoloji Bölümü ve Merkez Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-GE
Merkezi ortak çalıĢmaları sonunda ODTÜ Merkez Laboratuvarı Moleküler Biyoloji Biyoteknoloji
AR-GE Merkezi gıda, tohum ve yemlerde GDO tespiti, miktar tayini konusunda 31 Aralık. 2013
tarihinde TÜRKAK Akreditasyon belgesi alarak bu konuda ülkemizde analiz yapabilen az sayıdaki
laboratuvarlar arasında yer almıĢtır.
Grubumuz, Biyoteknoloji konusunun ülkemizde tanıtılması geliĢtirilmesi amacıyla faaliyet
göstermekte olan en köklü sivil toplum kuruluĢu olan Biyoteknoloji Derneğinin faaliyetlerine de aktif
olarak katkı sağlamaktadır. Bu çerçevede grup üyelerimizin yoğun katkıları ile dünyanın en büyük
Biyoteknoloji etkinliklerinden biri olan “15th European Congress on Biotechnology”, Prof. Öktem
BaĢkanlığında Eylül 2012‟de Ġstanbul‟da düzenlenmiĢtir.
Grubumuz araĢtırmalarını gerçekleĢtirdiği 25 yıllık dilimde yurtiçi ve yurtdıĢından birçok farklı
kurum, kuruluĢ ve araĢtırmacılar ile ortak faaliyetler geçekleĢtirmiĢ ve ülkemizi birçok platformda
baĢarı ile temsil etmiĢtir. Bu bağlamda, Macaristan, Hollanda, Ġngiltere, ABD, Ġsrail, gibi farklı
ülkelerle ortak faaliyetler gerçekleĢtirilmiĢtir.
Bitki Biyoteknolojisi dinamik bir alan olup bu konuda birçok Y.Lisan ve Doktora öğrencisi
yetiĢtirimiĢ bulunuyoruz. 25 yıllık bir zaman diliminde toplam 46 Y.Lisans ve 25 Doktora tez
çalıĢması tamamlanmıĢ, halen 10 Doktora ve 2 Y.Lisans çalıĢması devam etmektedir. Toplam SCI
yayın sayısı 50 ve ulusal hakemli yayın ve Ulusal/uluslararası tebliğlerin sayısı 170‟ in üzerindedir .
12 Kitap bölümü ve bir kitap çevirisi mevcuttur. Tuz ve kuraklık sterine dayanıklı transgenik buğday
çeĢitlerinin geliĢtirilmesine yönelik çalıĢmalarımız devam etmektedir.
Bitki biyoteknolojisinin,bu konuda çalıĢmalar yapan araĢtırmacıların yanı sıra bitki yetiĢtiriçileri
içinde güclü ve yeni bir araç olma potansiyeli çok yüksektir. Hızlı iklim değiĢikliği, su baskınları ve
kuraklık, küresel ısınma ve bunlara ek olarak söz konusu değiĢikliklerin getirecegi yeni zararlılarla ve
hastalıklarla mücadelede ihtiyaç duyulan bir teknoloji olduğu görüĢündeyiz .
Bu bağlamda yeni geliĢmekte olan “Yenilenebilir Biyoenerji” konusunda da grubumuzda son yıllarda
yoğun araĢtırma faaliyetleri baĢlatılmıĢ olup, mikroalglerden biyodizel üretimi konusunda baĢarı
sağlanmıĢtır.
Ülkemizde Bitki biyoteknolojisi, çoklu disiplin anlayıĢına sahip ve dünyanın gıda ve giyim ihtiyacına
olduğu kadar enerji (biyodizel yakıt), ilaç ve farmasötik ihtiyaçlarına da çözümler sunacak olan genç
ve dinamik araĢtırmacılar tarfından Ģekillendirilecektir. Bu çalıĢmaların daha ileri taĢınacagını ümit
ediyoruz.
Bu bağlamda, laboratuvarımızda çalıĢmalarını tamamlayan bir çok öğrencimiz halen ülkemizde ve
yurtdıĢında muhtelif Üniversite ve kuruluĢlarda bitki biyoteknolojisi konusundaki faaliyetlerini son
derece baĢarılı bir Ģekilde sürdürmekte ve bayrağı yeni nesillere taĢımaktadırlar.
DOKTORA ÖĞRENCĠLERĠ: Abdülhamit BATTAL, Ayten EROĞLU, Oya ERCAN, Ceren
KARAKAS, Ferhunde AYSĠN, Melih ONAY, IĢkın KÖSE, Derya GÖKÇAY, Dilek ÇAM
YÜKSEK LĠSANS ÖĞRENCĠLERĠ: Görkem BAYSAL, Çaka ĠNCE,
117
SeçilmiĢ Yayınlar ve Projeler:
1. Aydın G, Yücel M, Chan M.T., Öktem H.A. Evaluation of abiotic stress tolerance and
physiological characteristics of potato (Solanum tuberosum L. cv. Kennebec) that heterologously
expresses the rice Osmyb4 gene. Plant Biotechnology Reports, 8(3): 295:304, 2014.
2. M. C. Baloglu, A. Battal, G. Aydin, A. Eroglu, M. T. Oz, M. Kavas, H. A. Oktem, M. Yucel.
Vector constructıon strategies for transformation of wheat plant. The Journal of Animal & Plant
Sciences, 23(3): 906-912, 2013.
3. Baloglu, MC; Oz, MT; Oktem, HA; Yucel, M. Expression Analysis of TaNAC69-1 and
TtNAMB-2, Wheat NAC Family Transcription Factor Genes Under Abiotic Stress Conditions in
Durum Wheat (Triticum turgidum). Plant Molecular Bıology Reporter, 30(5) pp. 1246-1252,
2012.
4. Kayihan, C., Eyidoğan, F., Afsar, N., Oktem H.A., Yucel, M., , “Cu/Zn superoxide dismutase
activity and respective gene expression during cold acclimation and freezing stress in barley
cultivars”, Biologia Plantarum, 56:693-698. 2012
5. Akcay U. C., Ercan O., Kavas M., Yildiz L., Yilmaz C., Oktem H. A., Yucel M. Drought-induced
oxidative damage and antioxidant responses in peanut (Arachishypogaea L.) seedlings. Plant
Growth Regul. 61, 21-28. 2010.
6. Öz M.T., Yılmaz R, Eyidoğan F, Graaf L.D., Yüce M., Öktem H.A. Microarray Analysis of Late
Response to Boron Toxicity in Barley (Hordeum vulgare L.) Leaves, Turk J Agric For, Volume
33 (2) 191-203. 2009
7. Nac Tipi Transkripsiyon Faktörleri Kullanılarak Abiyotik Stres Dirençli Transgenik Buğday
ÇeĢitlerinin GeliĢtirilmesi ve Elde Edilen Bitkilerde Abiyotik Stres KoĢullarında Gen Ġfade
Profillerinin Mikroarray Yöntemiyle Ġncelenmesi, 2009-2011. TÜBĠTAK TOVAG (180.000 TL)
8. BDP Kültür Bitkilerinde Tuz ve Kuraklık Stresine Dirençli Transgenik Bitkilerin GeliĢtirilmesi.
Öktem H.A., Ellialtıoğlu ġebnem, Laszlo Szabados, 2001- 2006. TÜBĠTAK
9. Patates ve Tütünde Namatod Dirençli Transgenik Bitkilerin GeliĢtirilmesi, 2002-2005. DPT (80
Milyar TL)
10. Bor Stresi Altında Buğday Bitkisinin Gen Ġfade Profillerinin Ġncelenmesi ve Tarımborun Bu
Strese Tepki Üzerine Etkilerinin Moleküler Seviyelerde Belirlenmesi, 2009-2011. BOREN
(125,000 TL)
118
ODTÜ BĠYOHĠDROJEN ARAġTIRMA GRUBU
2002
2010
Prof. Dr. Ġnci Eroğlu ([email protected])
Prof. Dr. Meral Yücel ([email protected])
Prof. Dr. Ufuk Gündüz ([email protected])
Yrd. Doç. Dr. Harun Koku ([email protected])
ArĢ. Gör. Muazzez Gürgan ([email protected])
ArĢ. Gör. Emrah Sağır ([email protected])
ArĢ. Gör. Emine Kayahan ([email protected])
FOTOSENTEZĠ TAKLĠT EDEN BĠR ENERJĠ DÖNÜġÜM SĠSTEMĠ KEġFEDEBĠLĠR
MĠYĠZ?
Bacteriorhodopsin kullanılarak ıĢık güdümlü proton pompalarından oluĢan enerji dönüĢüm
hücresi tasarımı (1982-2002)
A: Bacteriorhodopsinin (BR) ıĢığa bağlı yapısal değiĢimi.
B: BR‟ın uzun süreli aydınlatmaya tepkisi (Prof. Dr. Lemi Türker‟in katkılarıyla) 1,2
C: BR‟ın flaĢ ıĢığa tepkisi (Prof. Dr. Ordal Demokan ve Prof. Dr. Çiğdem Erçelebi‟nin katkılarıyla)
119
Hidrojen Enerji Sistemi AraĢtırılması ve GeliĢtirilmesi (1990 ve sonrası)
Mor, Kükürtsüz Bakterilerle Fotosentetik Hidrojen Üretimi
 Fizyoloji, Metabolizma ve Genetik ÇalıĢmaları 3,4
Rhodobacter türlerinin hidrojen üretim metabolizmasının Ģematik gösterimi 5,7
Rhodobacter capsulatus DSM1710 için istek üzerine tasarlanmıĢ Affymetrix GeneChip ile metabolik analizler (2008 ve
sonrası)
120
 Biyokütleden Isısal ĠĢlem Yapılmadan Saf Hidrojen Eldesi (2006 ve sonrası)
Zeytin atık suyu, patates kabuğu, Ģeker pancarı melası, Ģeker pancarı koyu Ģerbeti, arpa samanı
gibi biyokütleden biyolojik hidrojen üretimi prosesleri geliĢtirilmiĢtir.6,8
 Fotobiyoreaktör Ölçek Büyütme AraĢtırmaları
Küçük ölçekli laboratuvar denemeleri 55 mL‟lik cam reaktörlerde (A) soğutmalı inkübatörlerde yapılmaktadır.
Fotobiyoreaktör ölçeği açıkhava denemelerinde içten soğutmalı (B) panel reaktörlerde 4-40 L ve (C) borusal reaktörlerde 90
L‟ye kadar büyütülmüĢtür. 3 aya varan sürekli hidrojen üretimi gerçekleĢtirilmiĢtir. 8,9
121
SeçilmiĢ Projeler
1. "Biyolojik Model Sistemlerde IĢık Enerjisinin Elektrik Enerjisine DönüĢümü", Türkiye Bilimsel
ve Teknik AraĢtırma Kurumu, TBAG 706, Ocak 1986 - Ocak 1988.
2. "GüneĢ Enerjisi ile Hidrojen Gazı Üretimi için bir Foto Biyo Reaktör GeliĢtirilmesi”, TÜBĠTAK
KTÇAG 115, Eylül 1993-1995.
3. "Mikroorganizmalar ve GüneĢ Enerjisi ile Sürekli Hidrojen Üreten Biyoproseslerin GeliĢtirilmesi",
TÜBĠTAK-TBAG 1535, Eylül 1995 - Eylül 1999.
4. “Rhodobacter Türlerindeki Hidrojenaz Enzimlerinin Biyoreaktörde Fotobiyolojik Hidrojen Üretim
Verimliliğinin Arttirilmasina Yönelik Genetik Ve Biyokimyasal ÇalıĢmalar”, EU COST-841
Aksiyonu AraĢtıma Projesi, 2002-2005.
5. “HYVOLUTION: Non- thermal production of pure hydrogen from biomass”, Avrupa Birliği
Altıncı Çerçeve AraĢtırma Projesi (IP), Kontrat No 019825, Ocak 2006 – Ocak 2011.
6. “Soğuk ve sıcaklık stresinin Rhodobacter capsulatus bakterisinde hidrojen üretim metabolizması
üzerine etkileri” TÜBĠTAK 108T455. Kasım 2008- Kasım 2011.
SeçilmiĢ Yayınlar
1. Eroğlu Ġ., Aydemir A., Türker L., Yücel A.M., "Photoresponse of Bacteriorhodopsin Immobilized
in Polyacrylamide Gel Membranes", Journal of Membrane Science, 86: 171-179, 1994.
2. Yücel M., Zabut B.M., Eroğlu Ġ., Türker L., “Kinetic Analysis of Light Induced Proton
Dissociation and Association of Bacteriorhodopsin in Purple Membrane Fragments under
Continuous Illumination”, Journal of Membrane Science, 104: 65-72, 1995.
3. Yiğit D.Ö., Gündüz U., Türker L., Yücel M., Eroğlu Ġ., "Identification of By-Products in
Hydrogen Producing Bacteria; Rhodabacter spheroides OU001 Grown in the Waste Water of a
Sugar Refinery", Journal of Biotechnology, 70:125-131, 1999.
4. YetiĢ M., Gündüz U., Eroğlu Ġ., Yücel M., Türker L., “Photoproduction of Hydrogen from Sugar
Refinery Wastewater by Rhodobacter sphaeroides O.U.001”, International Journal of Hydrogen
Energy, 25:1035-1041, 2000.
5. Koku H, Eroğlu Ġ, Gündüz U, Yücel M, Türker L., “Aspects of the metabolism of hydrogen
production by Rhodobacter sphaeroides”, Int J. Hydrogen Energy, 27(11-12): 1315-1329, 2002.
6. Eroğlu E., Gündüz U, Yücel M, Türker L, “Photobiological hydrogen production by using olive
mill wastewater as a sole substrate source”, International Journal of Hydrogen Energy, 29/2: 163171, 2004.
7. Kars G, Gündüz U, Yücel M, Türker L, and Eroğlu Ġ, “Hydrogen production and transcriptional
analysis of nifD, nifK and hupS genes in Rhodobacter sphaeroides O.U.001 grown in media with
different concentrations of molybdenum and iron”, International Journal of Hydrogen Energy
(IJHE), 31/11: 1536 - 1544, 2006.
8. Boran E., Özgür E., Yücel M., Gündüz U., Eroğlu Ġ. “Biohydrogen production by Rhodobacter
capsulatus in solar tubular photobioreactor on thick juice dark fermenter effluent”, Journal of
Cleaner Production, 31/150-157, 2012.
9. Androga D.D., Sevinç P., Koku H., Yücel M., Gündüz U., Eroğlu, Ġ. “Optimization of temperature
and light intensity for improved photofermentative hydrogen production using Rhodobacter
capsulatus DSM 1710”, International Journal of Hydrogen Energy (IJHE), 39/ 2472-2480, 2014.
122
BĠYOMALZEME VE DOKU MÜHENDĠSLĠĞĠ ARAġTIRMA GRUBU
(BIOMAT)
Prof. Dr. Vasıf Hasırcı
Prof. Dr. Gamze Köse
Doç. Dr. Türker Baran
Dr. Aysel Kızıltay
Prof. Dr. Nesrin Hasırcı
Doç. Dr. Fatma NeĢe Kök
Y. Doç. Dr. Deniz Yücel
Dr. Tugba Endoğan Tanır
Prof. Dr. Gürdal Alaeddinoğlu
Doç. Dr. AyĢe Eda Aksoy
Y. Doç. Dr. Halime Kenar
Dr. Arda Büyüksungur
BIOMAT Grubu, 40 yıldır yaptıkları çalıĢmalarla Türkiye‟de biyomalzemeler, doku mühendisliği,
rejeneratif tıp, medikal nanoteknoloji, kontrollu ilaç salım sistemleri, biyoreaktörler ve biyosensörler
gibi biyoteknolojinin tıp uygulamaları konularında ilk çalıĢmaları baĢlatan öncü grup olmuĢtur. Bu
gruptan yetiĢen pek çok bilim insanı Türkiye‟nin ve Dünya‟nın değiĢik üniversitelerinde ve
kurumlarında değerli araĢtırmalar yapmaktadır.
BIOMAT Grubu’nun AraĢtırma Alanları:
 Nano ve mikrodesenli yüzeyler: Saos 2, BMSC, HOP, kıkırdak ve meniscus, Wharton Jelly hücrelerinin
çukur, kanal ve sütunlarla bezeli yüzeylerdeki davranıĢlarının incelenmesi
 Yüzey modifikasyonu: biyomalzeme yüzeylerinin antimikrobiyal, antitrombojenik, protein ve hücre
bağlanmasını artıran, süper-hidrofilik veya süper-hidrofobik yapılması
 Doku mühendisliği: Polimerik ve kompozit gözenekli yapıların 2- ve 3-boyutlu destekler olarak kalıcı veya
biyobozunur olarak hazırlanması (kornea, sinir, kemik, kıkırdak, damar, retina, kalp kası, ağız mukozası,
menisküs dokuları üretilmiĢ, in vitro ve preklinik ortamlarda denenmiĢtir). Yara iyileĢmesini hızlandıracak,
doku hasarını kısa sürede giderecek polimerik ve kompozit biyobozunur desteklerin hazırlanması (Deri
desteği olarak hazırlanan bir malzememiz ticari ürüne dönüĢmüĢtür)
 Biyobozunur implantlar: kemik plakaları, ilaç salım sistemleri, nano ve mikrolifli sistemler, süngerlerin
yapımı ve amaçlarına uygun biyobozunurluk özelliklerinde tasarlanması
 Biyouyumluluk: Polimerik ve kompozit malzemelerin hücre ile etkileĢimi, toksik etkilerin araĢtırılması ve
biyouyumluluğun artırılması çalıĢmaları
 Nano ve mikro biyoaktif molekül taşıyıcı sistemler: antibiyotikler, antikanser ilaçlar, büyüme faktörleri,
pestisitler, deri hastalıklarına yönelik ilaçlar, genetik malzemeleri taĢıyan sistemlerin yapımı, ve baĢka
biyoaktif ajanların vücut içinde yayılmadan kanser hücrelerine hedeflenmesini sağlayan akıllı mikro ve nano
sistemlerin tasarım ve üretimi
 Lipozomlar: heparinle yüzey modifikasyonu yapılmıĢ lipozomlar, silikoz mekanizmasının incelenmesi,
fotoaktif lipozomlar, enzim hapseden yüzeyi polimer kaplı lipozomlar, kuantum taneciği yüklü lipozomlar ve
bunlardan DNA ve ilaç salım çalıĢmaları
 Enzim ve Hücre İmmobilizasyon sistemleri ve Biyosensörler: Enzim (glikoz oksidaz, katalaz, kolin oksidaz,
amilaz, lakkaz) ve biyoaktif moleküllerin bağlandığı sistemler ve pestisit gibi atıklar ve benzeri moleküller
için uygulanabilecek sensörler, kandaki Ģekeri ölçebilmek amacıyla geliĢtirilmiĢ glikoz sensörü
123
BIOMAT Grubu’nun ÇalıĢmaları:
Grubumuz öğretim üyelerinin danıĢmanlığını yaptığı en az 80 Yüksek Lisans tezi ve 40 doktora tezi
yönetilmiĢtir. Bu çalıĢmaların sonuçları 300'den fazla makale olarak hakemli bilimsel dergilerde yayınlanmıĢtır.
Ayrıca, grup üyelerinin, 3-boyutlu doku destekleri, yara örtüsü, kıkırdak desteği, yüzey-hücre etkileĢimi,
antimikrobiyal sert doku destekleri, zeolit-polimer kompozitleri ile ilgili buluĢları için 8 patent baĢvurusu
yapılmıĢ ve bunların bazıları onaylanmıĢ, diğerleri incelemededir.
BIOMAT Grubu’nun Ġlkleri:
BIOMAT grubu üyeleri „Biyomalzeme ve Doku Mühendisliği‟ alanında Türkiye‟de pek çok ilke imza atmıĢtır.
Bunların bazıları aĢağıda verilmiĢtir.
 Türkiye'deki ilk Biyomalzeme dersi olan Biomaterials (Bio 514) dersi ve bunun lisans düzeyi hali olan Bio
414 dersi 1980'lerin baĢında ODTÜ‟de verilmiĢtir.
 Türkiye'deki ilk ve en sürekli biyomalzeme alanındaki konferans olan „Biyomedikal Bilim ve Teknoloji
Sempozyumlarını (BIOMED)‟ 1994'te baĢlatmıĢtır ve bu toplantı bu sene 20. yılını kutlamaktadır. 2., 5.,
8.,13. ve 15. BIOMED toplantıları BIOMAT üyelerince düzenlenmiĢtir.
 Uluslararası toplantılardan „4th European Symposium on Biopolymers (ESBP 2007)‟ ve „Mediterranean
School for Biotechnology (1992)‟ BIOMAT üyelerince ve ilk kez Türkiye‟de düzenlenmiĢtir.
 Türkiye'deki ilk „Biyomalzeme ve Doku Mühendisliği Merkezi‟ 2011 yılında üyelerimizce kurulmuĢtur.
 Türkiyedeki ilk Biyoteknoloji AraĢtırma Birimi 1988 yılında kurulmuĢtur.
 Tümüyle ODTÜ‟de yapılan çalıĢmalara dayanan ve Türk Patent Enstitüsü tarafından „Ġncelemeli Patent‟.
 ODTÜ içinde ilk kez oluĢturulan Disiplinlerarası programların (Biyoteknoloji, Polimer Bilim ve Teknolojisi,
Biyomedikal Mühendisliği, Mikro ve Nanoteknoloji) kurucu üyeleri arsında BIOMAT üyeleri önemli rol
oynamıĢlardır.
BIOMAT Grubu’nun Uluslararası Projeleri:
BIOMAT üyeleri pek çok Avrupa Topluluğu projesinde rol almıĢ almıĢ ve 50'den fazla grupla ortak çalıĢmalar
yürütmüĢtür. Uluslararası etkileĢimleri ile ilgili bazı projeler aĢağıda verilmiĢtir.
 FP 6 STREP projesi olan „Cornea Engineering‟
 FP 6 Network of Excellence Projesi olan „ExperTissues‟
 FP 6 Marie Curie RTN projesi olan „BioPolySurf
 FP7 projesi olan „SkinTreat‟
 Prof. D.L.Wise (North Eastern Univ., Boston, ABD) ve Prof. V. Hasırcı'nın birlikte yürüttüğü Controlled
Release Antibiotics projesi (NATO Collaborative Research Grant)
 NATO Science For Stability (SfS) Project The Production and Application of Microbial Polyesters In the
Construction of Biodegradable Controlled Antibiotic Release Systems and Bone Fracture Repair Rods. V.
Hasırcı liderliğinde ODTÜden 8 öğretim üyesi ve 1 endüstriyel ortak (Hipokrat) ile
 Dual Pain Reliever Controlled Release System projesi, V Hasırcı, D.B. Carr (Tufts University and New
England Medical Center) ve D.L. Wise (Cambridge Scientific Inc. ve Northeastern University) ile
 Prof. R.Cain ve Dr.R.M.Wilkins (University of Newcastle upon Tyne) ve G.Alaeddinoğlu ve V. Hasırcı'nın
ortaklaĢa yürüttüğü Controlled Pesticide Release and Microbial Detoxification projesi (British Council
Research Link)
 Prof. W. Bonfield ve Prof. G. Hastings, Interdisciplinary Research Centre (IRC) in Biomedical Materials
(University of London Queen Mary and Westfield College, Royal Free Hos. Sch. Medicine, and Inst.
Orthopedics,Royal Natl. Orth. Hosp, Ġngiltere)
 Prof. J.O.B.Carioca ve Prof.A.Harbans (Federal University of Ceara, Fortaleza, Brezilya) ve V. Hasırcı
tarafından ortaklaĢa yürütülen "Hydrogels of Natural Origin" projesi (CNPQ, Brezilya)
 V.Hasırcı H.G.Gassen ve N.G.Alaeddinoglu ortaklaĢa baĢlattığı "Cloning and Expression of The Glucose
Oxidase Gene From Aspergillus niger" projesi (B.M.F.T. Grant; ODTÜ- Darmstadt T.H (Almanya). Bu proje
ODTÜ‟de Biyoteknoloji EABD‟nın kuruluĢuna yol açmıĢtır.
 V. Hasırcı, N. Hasırcı ve Prof. I.L.Kamel (Drexel University, ABD) tarafından yürütülen "Mode of
Crosslinking of Degradible PVNO Gels" projesi (NATO Research Grant)
 V.Hasirci, N.Hasirci ve I.L.Kamel (Drexel University, ABD) tarafından ortaklaĢa yürütülen "Surface
Modification of Intraocular Lenses" projesi (Destek: Cilco Inc., Iolab Inc., ve Drexel University Biomedical
Eng. and Sci. Inst.).
124
Ulusal Projeler (son yıllar)
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Kalkınma Bakanlığı (DPT.2011K120350): Biyomalzeme ve Doku Mühendisliği Mükemmeliyet Merkezi
Kurulması (BIOMATEN)
Kalkınma Bakanlığı (MĠGEP Projesi): Bazı Omurga Sorunlarına Çözüm Olmak Ġçin Biyoaktif Polimerik
Kafes Tasarımı ve Ġn Vitro Testlerle Biyouyumluluğunun Ġncelenmesi
TÜBĠTAK (213M651): Doku Mühendisliği Yöntemi ile Kollajen ve NaCMC Kullanılarak Çift Katmanlı
Deri Modeli OluĢturulması
TÜBĠTAK (213M708): Doku Mühendisliği Yöntemi Ġle Hastaya Özel Ortopedik Ġmplant Tasarımı ve
Üretimi.
OGEK ODTÜ-GATA (BAP-08-11-2013-014) Retina Hasarlarının Tedavisinde Kullanılmak Üzere Doku
Mühendisliği Yöntemiyle Yapay Bruk Membranı Kontrüksiyonu
TÜBĠTAK Biyobozunur polikaprolaktan temelli kopolimer sistemlerin doku mühendisliği iskele yapıları
olarak sentezlenmesi, karakterizasyon ve optimize edilmesi
TÜBĠTAK Polisebasik anhidrit bazlı nano kapsüllerin hazırlanması, farklı parametrelerin ilaç yükleme
kapasitesi ve salım profiline etkisinin incelenmesi
ODTÜ-BAP Kemik doku mühendisliğinde antibiyotik sağlayan biyobenzer yapı iskelelerinin tasarımı ve
üretimi, BAP-07-02-2012-101-155, 01.01.2013
ODTÜ-BAP Gözenekli biyobozunur poliüretan nanoparçacıklarının tasarımı, BAP-07-02-2012-101-261.
BIOMAT AraĢtırmalarından Örnekler
Biyomalzemeler
Biyobozunur sünger, mikrofiber mesh ve hızlı prototiplenme yoluyla üretilmiĢ biyomalzemeler sert ve yumuĢak
dokuların defektlerinde implant olarak ve doku mühendisliği uygulamaları için hücre taĢıyıcı sistemler olarak
kullanılmaktadır.
Biyo Nanoteknolojik uygulamalar
Elektroeğirme yöntemiyle üretilen nanofiber filmler kullanılarak ekstraselüler matris benzeri yapılar, yapay
damarlar, ve sinir yönlendiriciler (nerve guide) üretilmektedir.
Litografik yöntemler kullanılarak hücre farklılaĢmasını, çoğalmasını ve biçimlerini denetleyen ve belirleyen
biyomalzeme yüzeyleri oluĢturulmaktadır.
Nanofiberlerin elektron mikroskopisi ve nanofiberler üzerinde
büyüyen hücrelerin floresan görüntüleri.
Mikro sütünlu biyobozunur filmler ve üzerinde çoğalan hücrelerin
AFM ve SEM görüntüleri.
İlaç Taşıma Sistemleri
Ġlaç yüklenmiĢ biyobozunur nano ve mikroküreler ile kontrollu ve hedeflenmiĢ ilaç salım sistemleri
oluĢturulmaktadır. Sağdaki NEODERM yaraörtüsü BIOMAT tarafından patently bir üründür.
125
SeçilmiĢ Makaleler (2014)
 Karadas, O., Yucel, D., Kenar, H., Kose, G., Hasirci, V. (2014).Collagen scaffolds with in situ-grown
calcium phosphate for osteogenic differentiation of Wharton‟s jelly and menstrual blood stem cells. Journal
of Tissue Engineering and Regenerative Medicine, 8,534-545.
 Kilic, C., Girotti, A., Rodriguez-Cabello, J., C., Hasirci, V. (2014). A collagen-based corneal stroma
substitute with micro-designed architecture. Biomaterial Science, 2, 318-329.
 Bahcecioglu, G., Buyuksungur, A., Kiziltay, A., Hasirci, N., Hasirci, V. (2014). Construction and in vitro
testing of a multilayered, tissue-engineered meniscus. Journal of Bioactive and Compatible Polymers, 29(3),
235-253.
 Eke G., Kuzmina A., Goreva A., Shishatskaya E., Hasirci N., Hasirci V. (2014) In Vitro and Transdermal
Penetration of PHBV Micro/Nanoparticles. Journal of Nanomaterials Science: Materials in Medicine.
25:1471-1481.
 Umran Aydemir Sezer, Damla Arslantunali, Eda Ayse Aksoy, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci (2014) Poly(εcaprolactone) Composite Scaffolds Loaded with Gentamicin Containing β-TCP/ Gelatin Microspheres for
Bone Tissue Engineering Applications, Journal of Applied Polymer Science, 131 (8) 1-11.
 Ozge Ozgen, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci (2014) Effects of Oxygen Nitrogen and Argon Plasmas on
PMMA surfaces, Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, J. Biomater. Tissue Eng., 4(6), 479-487.
 Filiz Kara, Eda Ayse Aksoy, Zehranur Yuksekdag, Nesrin Hasirci, Serpil Aksoy, (2014) Synthesis and
surface modification of polyurethanes with chitosan for antibacterial properties, Carbohydrate Polymers,
Carbohydrate Polymers, 112, 39-47.
 I. Saygun, V. Bal, A. Kızıltay, P. Yilgor Huri, F. Avcu, K. Üstün, V. Hasirci, N. Hasirci (2014) Proliferation
and Differentiation of Mesenchymal Stem Cells in Chitosan Scaffolds Loaded with Nanocapsules Containing
Bone Morphogenetic Proteins-4, Platelet-Derived Growth Factor and Insulin-Like Growth Factor 1, Journal
of Biomaterials and Tissue Engineering, 4, 181-188.
 Nesrin Hasırcı, Polimer-Ġlaç ve Polimer-Protein Konjugatları, Ed: Ayla Zırh Gürsoy, Nanofarmasötikler ve
Uygulamaları, Kontrollu Salım Sistemleri Derneği Yayını, ISBN: 978-605-85318-0-2, No:3, 151-166, 2014
 Aysun Güney, Nesrin Hasirci (2014) Properties and Phase Segregation of Crosslinked PCL-Based
Polyurethanes, Journal of Applied Polymer Science, Article first published online: 9 AUG 2013, DOI:
10.1002/app.39758, 131 (1) 1-13.
 Halili A. N., Hasirci N., Hasirci V. (2014). A Multilayer Tissue Engineered Meniscus Substitute. Journal of
Material Science: Materials in Medicine, 25, 1195-1209.
 Umran Aydemir Sezer, Deniz Billur, Gazi Huri, Pinar Yilgor Huri, Eda Ayse Aksoy, Hakan Terzioglu, Ertan
Konukseven, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci (2014) In vivo Performance of Poly(ε-caprolactone) Constructs
Loaded with Gentamicin Releasing Composite Microspheres for Use in Bone Regeneration, J. Biomater.
Tissue Eng., 4, 1-10.
 Shahla Bagherifam, Frode Miltzow Skjeldal, Gareth Griffiths, Gunhild M. Mælandsmo, Bo Nyström, Vasif
Hasirci, Nesrin Hasirci, pH-Responsive Nano Carriers for Doxorubicin Delivery, Pharmaceutical Research,
DOI 10.1007/s11095-014-1530-0, 2014.
 Tugba Endogan Tanir, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci, Electrospinning of Chitosan and PLGA Based
Nanofibrous Mats for Tissue Engineering Applications, Polymer Bulletin, DOI 10.1007/s00289-014-1234-y.
Article published online: SEP, 2014.
 Shahla Bagherifam, Gareth W. Griffiths, Gunhild M. Mælandsmo, Bo Nyström, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci
(2014), Poly(sebacic anhydride) Nanocapsules as Carriers: Effects of Preparation Parameters on Properties
and Release of Doxorubicin, Journal of Microencapsulation: (doi:10.3109/02652048. 2014.973073), Article
first published online: 17 Oct 2014.
 Tugba Endogan Tanir, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci Preparation and Characterization of Chitosan and PLGA
Based Scaffolds for Tissue Engineering Applications, Polymer Composites, DOI: 10.1002/pc.23100, Article
first published online: 6 JUN 2014.
 Maria Teresa Calejo, Nesrin Hasirci, Shahla Bagherifam, Reidar Lund and Bo Nyström (2014) Selfassembled Stimuli-responsive Structures from Cationic Polymers for Biomedical Applications; Ed:
Dr.Sangram Keshari Samal and Dr. Peter Dubruel; Royal Society of Chemistry (RSC publisher).
 Aysel Kızıltay, Angel M. Fernandez, Julio San Roman, Rui A. Sousa, Rui L. Reis, Vasıf Hasirci, Nesrin
Hasirci, Poly(ester-urethane) scaffolds: Effect of Structure on Properties and Osteogenic Activity of Stem
Cells, TERM, Article first published online: 26 DEC 2013, DOI: 10.1002/term.1848, 2014
126
ÇEVRE BĠYOTEKNOLOJĠSĠ GRUBU
Prof. Dr. Celal F. Gökçay ([email protected])
Prof. Dr. Filiz B. Dilek ([email protected]
Prof. Dr. F. Dilek Sanin ([email protected])
Prof. Dr. Göksel N. Demirer ([email protected])
Doç. Dr. Bülent Ġçgen ([email protected])
Doç. Dr. Tuba H. Ergüder Bayramoğlu ([email protected])
Dr. Robert Murdoch ([email protected])
Makaleler
45
40
35
30
25
20
15
10
5
0
Uluslararası (SCI)
Projeler
1990- 1996- 2001- 200620111995 2000 2005 2010
Tübitak
Projeleri
7
18
38
32
3
Uluslararası
Projeler
1985 1991 1996 2001 2006
2011
1990 1995 2000 2005 2010
3
7
Uygulamalı
Araştırma
Projeleri
44
1
4
6
5
1
3
6
5
3
Prof. Dr. Celal F Gökçay
Türk Linyitlerinden mikrobiyolojik yolla kükürt arıtımı - Yürütülen ilk biyoteknoloji çalıĢmasıdır. Türk
linyitlerinin bakteriyel yolla desufirizasyonu araĢtırılmıĢtır. ÇalıĢmada hava kirliliğine neden olan linyitlerdeki
kükürtün bakteriler tarafından oksitlenerek uzaklaĢtırılabileceği gösterilmiĢtir.
Kağıt fabrikası atıksularından funguslar kullanılarak renk ve organik klor arıtımı –
Atıksulardan izole edilen Penicillium türü bir fungusun havasız Ģartlarda herhangi
bir ilave enerji kaynağına gerek göstermeksizin organik kloru uzaklaĢtırdığı
gösterilmiĢtir.
Atıksu Arıtma tesislerinin modellenmesi - Ankara arıtma tesisi ASM 1 modeli,
Ġzmir ve Kayseri ileri arıtma tesisleri ASM2 modeli modellenmiĢtir.
Modellemelerde bulanık mantık algoritmaları kullanılmıĢtır.Arıtma tesislerinde
çamurların çöktürülmesi ise FILAMENT modeli kullanılarak modellenmiĢtir.
Membran biyoreaktörlerle (MBR) atıksuların arıtılması ve geri kullanımı - Bu konu ile ilgili olarak ODTÜ
kampusunda 240 m3/gün kapasiteli bir MBR tesisi kurulmuĢ ve 12 yıl boyunca iĢletildikten sonra Teknokent
idaresine devredilmiĢtir. Arıtılan atıksular ODTÜ Teknokent arazisinin sulanması için kullanılmakta ve bu tesis
sayesinde su tüketiminden yılda 250 000 TL civarında tasarruf edilmektedir.
127
Endokrin bozucu maddelerin (EBM) arıtma tesislerinde arıtılabilirliği - Bu konuda Türkiye‟de iĢletilmekte olan
12 adet arıtma tesisinde model EBM‟ler periyodik sürelerle alınan kompozit su örnekleriyle örneklenmiĢ ve
konsantrasyonları belirlenmiĢtir. EBM Arıtımına arıtma tesisi konfigurasyonlarının etkileri incelenmiĢtir.
Atık çamurların ozon destekli havasal ve havasız çürütülmesi - Atık çamurların kesikli ozonlanarak hızlı ve
yüksek oranda havasal çürütülmeleri çalıĢılmıĢtır. ÇalıĢmalar sonucunda çamur çürütme süresi klasik 15-30
günden 4 güne indirilmiĢ ve çürütülen çamur oranı %40-50‟den %80 üzerine çıkarılmıĢtır. Bu çalıĢma için üç adet
uluslararası patent alınmıĢtır. Kesikli ozon destekli havasal çürütme sonucunda çamurlarda biriken
mikrokirleticilerin %99 üzerinde artılıdığı ve çamurlaırın steril hale gelerek bu Ģekilde toprağa verilebileceği
göstrilmiĢtir. Ortaya çıkan stabilize çamur miktarı sıfıra indirilmiĢ, üretilen metan gazı miktarı kontrol reaktörüne
göre %100 arttırılmıĢtır. Bu Ģekilde enerji tüketen arıtma tesislerinin enerji üreten tesisler haline getirilmesi
mümkün olmaktadır.
Prof. Dr. Filiz B. Dilek
Atıksularda bulunması muhtemel ağır metallerin aktif çamur prosesi üzerine etkileri çalıĢılmıĢtır. Metallerin gerek
tek baĢına gerekse birlikte bulundukları durumlarda arıtım performansı üzerine etkileri incelenmiĢ, aklimasyon
koĢulları ve mikrobiyal konsorsiyum değiĢimi ile bağlantısı araĢtırılmıĢtır. Aklimasyon sayesinde metallerin
mikrobiyal kültür üzerindeki inhibisyon etkisinin önemli derecede azaltılabileceği ortaya konmuĢtur.
Endüstriyel atıksuların (kağıt, tekstil, Ģeker, alkaloid vb.)
biyolojik
arıtımları
yönünde
çeĢitli
araĢtırmalar
gerçekleĢtirilmiĢtir. Aktif çamur prosesi ve diğer çeĢitli
reaktör konfigürasyonları (kesikli, ardıĢık kesikli, dönen
disk reaktörler) kullanılarak ve/veya farklı biyokütleler (alg,
beyaz çürükçül fungus) kullanılarak gerek arıtılabilirlik
gerek toksisite çalıĢmaları yürütülmüĢ ve elde edilen
bulgular, sistem kinetiği ve mikrobiyolojisi ile
ilintilendirilmiĢtir. Sadece organik madde giderimi değil,
renk arıtımı da hedeflenmiĢtir. Ayrıca, çeĢitli ön arıtma
teknikleri
(Fenton
oksidasyonu,
ozonlama,
radyasyon/ıĢınlama vb) ile biyolojik arıtılabilirliğin
değiĢimi irdelenmiĢtir.
Lagün atıksularından alglerin uzaklaĢtırılması için bir
proses geliĢtirilmiĢ ve lagün çıkıĢ suları bir damlatmalı filtre ile bağlantılanarak çıkıĢ sularının bulanıklıktan
arıtılmaları sağlanmıĢtır.
Beyaz çürükçül funguslar ile ağır metal biyosorpsiyon çalıĢmaları, bu fungusların endüstriyel atıksularda bulunan
organik kirleticilerin gideriminde kullanılması halinde ortaya çıkacak atık çamurun bertaraf edilmeden önce metal
içeren bir baĢka atıksuyun arıtımında kullanılabilmesi hedefine yönelik gerçekleĢtirilmiĢtir.
Atıksularda bulunması muhtemel tehlikeli kimyasal bileĢiklerin (örneğin, boyar maddeler, klorofenoller, triklosan
gibi) biyolojik atıksu arıtma sistem performansları üzerine etkilerinin yanı sıra bu maddelerin arıtılabilirlikleri,
toksik etkileri ve mikrobiyal konsorsiyum üzerine etkileri çalıĢılmıĢtır.
Prof. Dr. F. Dilek Sanin
AraĢtırmalarımın yoğunlaĢtığı konulardan birisi atıksu arıtmada biyolojik yumak oluĢumu ve hücre dıĢı
polimerlerin rolü olmuĢur. Bu araĢtırmalarda karıĢık kültür mikroorganizmaların fizyolojilerini ve dolayısı ile
biyopolimerlerin oluĢumunu etkileyen faktörler ve bunun biyolojik yumak oluĢumuna ve atıksu arıtımına etkileri
incelenmiĢtir. Hücre dıĢı polimerlerle ilgili diğer bir araĢtırmamız ise Azotobacter Vinelandii ile farklı
fermentasyon koĢullarında alginat üretimi olmuĢtur. Elde edilen alginat literatürde ilk kez sulardan bulanıklığın
gideriminde koagülan ve atıksulardan ağır metallerin gideriminde adsorban olarak kullanılmıĢtır.
Sürdürülebilir atık yönetimi, atıkların yeniden kullanımı ya da atıklardan faydalı ürünler elde etme kapsamında
yürüttüğümüz çalıĢmalarda ise atıkların (arıtma çamuru, katı atıklar) minimizasyonu, anaerobik arıtma ile bu
atıklardan biyogaz üretimi ve üretilen biyogazın maksimizasyonu için kullanılabilecek ön iĢlemlerin etkinliği
incelenmiĢtir. Atıksularda ve artıma çamurlarında patojen mikroorganizmalar ve bunların arıtma sırasında
yaratılan çeĢitli stres faktörleri altındaki davranıĢları da araĢtırmalarımız arasında yer almıĢtır. Arıtma çamurlarına
uygulanan iĢlemler sırasında patojen ve indikatör mikroorganizmaların giderimleri ve yeniden büyüme
potansiyelleri konvansiyonel kültür metotları ve moleküler metotlar kullanılarak (qPCR) incelenmiĢtir. Nonilfenol
grubu kirleticilerin arıtma çamurlarında aerobik ve anaerobik koĢullarda parçalanmasının izlenmesi yapılmıĢ,
ilgili mekanizmalar ortaya konmuĢtur. Aerobik ve anaerobik parçalanmada etkin olan mikroorganizmaların realtime PCR ile göreceli kantitatif analizi gerçekleĢtirilmiĢ; Floresan In Situ Hibritleme (FISH) metodu ve floresan
mikroskop yardımıyla da ilgili mikroorganizmalar belirlenmiĢtir. Ayrıca nonilfenolü parçalayabilen çevresel
izolatların elde edilmesi, aerobik koĢullar altında NP‟nin bu izolatlar tarafından parçalanması, oluĢan ürünlerin
izlenmesi ve metabolik yolun belirlenmesi gerçekleĢtirilmiĢtir.
128
Prof. Dr. Göksel N. Demirer
Biyoteknoloji alanında yürütmekte olduğumuz çalıĢmalar atıksu ve katı atık yönetimi, atıklardan
biyoenerji/biyoürün eldesi ve sera gazı mitigasyonu konularında yoğunlaĢmaktadır.
Atıksu/katı atık yönetimi konusunda yürütülen çalıĢmalar arasında evsel ve endüstriyel atıksular (zeytinyağı,
Ģeker, peynir, kağıt üretimi, tekstil, alkollü içecek, alkaloid, vd.), katı atıklar ve artıklar (evsel katı atıkların
organik bölümü, hayvansal gübre, pamuk iĢleme atıkları, tarımsal artıklar, sera atık ve artıkları, vd.) ile arıtma
çamurlarının havasız ve ardıĢık (havasız ve havalı) sistemlerde arıtımı/ön arıtmı yer almaktadır. Ayrıca, yapay
sulakalanlarda evsel atıksu arıtımı bu konuda yürüttüğümüz diğer bir çalıĢmadır. Bu çalıĢmalarda farklı reaktör
konfigürasyonları, faklı mikrobiyel kültürler, iĢletme koĢulları, besleme protokolleri, mikrobiyel adaptasyon
stratejileri, vd. kullanılmıĢtır. Bunlara ek olarak, granülleĢme, fazlı ve ardıĢık biyoreaktör uygulamaları, toksisite,
renk giderimi, indirgen dehalojenizasyon, vd. alanlarda yaptığımız diğer araĢtırmalarda sentetik atıksularla da
çalıĢılmıĢtır.
Atıklardan biyo-enerji/biyo-ürün eldesi konusunda yaptığımız çalıĢmalar arasında endüstriyel atıksular, katı
atıklar ve artıklar, alg biyokütlesi ile arıtma çamurlarından biyogaz eldesi, Ģeker endüstrisi atıkları ve alg
biyokütlesinden biyohidrojen eldesi, Ģeker endüstrisi atıklarından, evsel katı atıkların organik bölümünden ve
hayvansal gübrelerden uçucu yağ asidi eldesi, arıtma tesisi çamurlarından ve hayvansal gübreden gübre (strüvit)
eldesi yer almaktadır.
Sentetik ve demir çelik endüstrisi baca gazlarından farklı alg kültürleri ile CO2 giderimi ise sera gazı mitigasyonu
konusunda yaptığımız çalıĢmalar arasındadır.
Doç. Dr. Bülent Ġçgen
Biyosorpsiyon, biyodegredasyon, biyoremidasyon, DNA probları ve hibridizasyon teknolojisi, çevresel genomik,
proteomik ve transkriptomik uygulamalarını kapsayan araĢtırmaları;
• ağır metal kirliliği gösteren yüzey sularında etkin biyorsorpsiyon yeteneği gösteren bakterilerin
atıksularda metal arıtımı çalıĢmalarında kullanılabilirliklerinin araĢtırılması, bakterilerdeki metal direnç
genlerini hedef alan DNA probları kullanarak ve/veya dizayn ederek flöresan in situ hibridizasyon
metodu ile metal biyosorpsiyonunda etkin olabilecek bakterilerin metal kirliliği gösteren yüzey
sularında in situ olarak takip edilmesi,
• deterjan kirliliği gösteren yüzey sularında, deterjan degredasyonunda etkin bakterilerin enzim
aktivitelerinin değerlendirilmesi, deterjan degradasyon yeteneklerinin belirlenerek atıksularda deterjan
uzaklaĢtırma çalıĢmalarında kullanılabilirliklerinin araĢtırılması, flöresan in situ hibridizasyon metodu
ile deterjan degredasyonunda etkin olabilecek bakterilerin deterjan kirliliği gösteren yüzey sularında in
situ olarak takip edilmesi ve deterjan degredasyon etkinliklerinin
belirlenmesi,
• metisilin ve vankomisin gibi halk sağlığı açısından önem arz eden
antibiyotiklere karĢi direnç sağlayan genlerin flöresan in situ
hibridizasyon metodu ile yüzey sularında in situ olarak takip
edilmesi, bu genleri taĢıyan ve aktarma yeteneği olan bakterilerin
yüzey sularındaki popülasyon yayılımlarının belirlenmesine yönelik
olarak prob dizaylarının yapılması,
• yüzey aktif maddeleri üreterek petrol ve petrol türevlerini parçalama
yeteneğine
sahip
bakterilerin
enzim
aktivitelerinin
değerlendirilmesi, degradasyon yeteneklerinin belirlenerek petrol
ve
petrol
türevleri
ile
kontamine
olmuĢ
yerlerin
biyoremidasyonunda kullanılması, flöresan in situ hibridizasyon
metodu ile bakterilerin hidrokarbon kirliliği gösteren yüzey
sularında in situ olarak takip edilmesi ve hidrokarbon degredasyon
etkinliklerinin belirlenmesi,
• evsel atık çamurların anaerobik reaktörlerdeki amonyum, sülfit ve
ozon uygulamalarında mikrobiyal konsorsiyum değiĢimlerinin flöresan in situ hibridizayon yöntemi
kullanarak belirlenmesi, konsorsiyumdaki dalgalanmaların modellenerek anaerobik reaktörlerdeki
verimin artırılması çalıĢmaları olarak özetlenebilir.
129
Doç. Dr. Tuba Hande Ergüder Bayramoğlu
Anaerobik çevre biyoteknolojileri, atıksu arıtımı, biyogranülasyon teknolojisi ve yenilenebilir enerji/biyo-bazlı
ürün üretimi alanlarında yoğunlaĢan çalıĢmalarımızda, arıtılmadan doğaya bırakıldığında çevre sorunlarına yol
açacak atıkların/atıksuların yararlı ürünlere dönüĢtürülerek zararın en aza indirgenmesi, bu yolda çeĢitli biyolojik
proseslerin entegrasyonu ile maksimum fayda sağlanması, mikrobiyal kültürlerin araĢtırılarak
geliĢtirilmesi/aklimasyonu/tanımlanması araĢtırılmaktadır.
Anaerobik biyoteknoloji alanındaki çalıĢmalarımızda, dünyada ve ülkemizde önemli yeri olan agro-endüstrilerden
üretilen atıkların ve atıksuların yararlı biyo-ürünlere (metan, organik asitler, vb.) dönüĢtürülmesi araĢtırılmaktadır.
Bu bağlamda, farklı endüstrilerden üretilen atıklar/atıksular, evsel (organik) katı atıklar vb. ile anaerobik
arıtılabilirlik çalıĢmaları yapılmıĢ ve biyometan üretim potansiyelleri araĢtırılmıĢtır. ÇalıĢma sonuçları, birçok
agro-endüstriyel atığın organik kaynak olarak kullanılabileceğini ve anaerobik tesislerin ülkemizdeki kullanım
sahalarını göstermesi, ve sanayi-üniversite iĢbirlikli ortak çalıĢmalara yol göstermesi açısından önem taĢımaktadır.
Yenilenebilir-temiz enerji üretimi konusundaki araĢtırmalarımız sadece metan üretimini değil, önemli bir temiz
enerji kaynağı olan hidrojen üretimini de kapsamaktadır. Bu bağlamda, hidrojenin orijinal ve sentetik organik
maddeden karanlık fermentasyon ve fotofermentasyon yöntemleri ile biyolojik olarak üretimi ve reaktörlerin
entegrasyonu konusundaki çalıĢmalarımız yoğun bir Ģekilde devam etmektedir.
Klorlu bileĢiklerin dehalojenasyonu çalıĢmaları kapsamında, insektisitlerin (lindan
Askıda
Granüller
ve dieldrin) anaerobik olarak daha az tehlikeli ve takip eden aerobik reaktörde
Çamur
parçalanabilir bileĢiklere dönüĢtürülmesi araĢtırılmıĢtır.Anaerobik toksisite
deneyleri ile söz konusu kimyasalların IC50 değerleri belirlenmiĢ, dehalojenasyon
için mikrobiyel aklimasyonun gerekliliği gösterilmiĢtir.
Biyogranülasyon alanında önemli bir yeri olan aerobik biyogranülasyon çalıĢmaları,
Askıda aerobik
stabil granüler çamur üretiminde yaĢanan sorunlar sebebiyle birçok ülkede yoğun
çamurdan
geliĢtirilen
olarak araĢtırılmaktadır. AraĢtırma grubumuz, bu bağlamda, aerobik granüllerin ve
aerobik granüller
ilgili reaktör teknolojisinin geliĢtirilmesi, aerobik granüllerin stabil yapısının
bozunmasına yol açan faktörleri ve bu problemin giderimi konularını
araĢtırmaktadır. Aerobik biyogranülasyon çalıĢmaları ile doğaya arıtılmadan deĢarj edildiğinde önemli çevre
sorunlarına yol açan atıksulardan nütriyent (C-N) giderimi de araĢtırılmaktadır. Aerobik granüler çamur yapısı ve
etkileyen faktörlerin araĢtırılması, moleküler teknolojilerin uygulanması yoluyla proseslerde yer alan kültürlerin
belirlenmesi ve proseslerin geliĢtirilmesinde kullanılmasına yönelik çalıĢmalarımız devam etmektedir.
Dr. Robert W. Murdoch
AraĢtırma konularım mikrobiyoloji, ekotoksikoloji ve moleküler biyoloji alanlarının çevresel sorunlara çözüm
getirme sürecinde uygulamalarını içermektedir.
Biyodegradasyon ve Metabolizma- Ġhtyaç doğrultusunda çevreye ve insan sağlığına zararlı kimyasalların doğal
ortamlarda ya da laboratuvar koĢullarında izlenmesi, biyolojik parçalanma proseslerinin belirlenmesi ve bu
kimyasalların parçalanmasından sorumlu mikroorganizmaların mikrobiyolojik ve moleküler yöntemlerle
tanımlanması çalıĢma alanlarımın temelini oluĢturmaktadır. Bu alan ile ilgili bir çalıĢmamızın konusu farmasötik
flurbiprofen (analjezik, Türkiye‟de “majezik” ismiyle piyasaya sürülen ağrı kesici) kimyasalının biyolojik
parçalanmasından sorumlu mikroorganizmaların mikrobiyolojik ve moleküler (RFLP, qPCR, FISH vs.) metotlarla
tanımlanması ve metabolik yolun belirlenmesidir.
Mikrobiyal Komünite Analizleri: Tanımlanması ve Kantitatif Tayini-Kültüre dayalı yöntemlerle
mikroorganizmaların belirlenmesi ve kantitatif tayini oldukça zaman alıcı ve
güvenilirlilik
açısından
tartıĢmalı
yöntemler
olmaları
nedeniyle
mikroorganizmaların tanımlanmasında daha hızlı ve güvenilir sonuçlar veren
moleküler yöntemler tercih edilmektedir Bu alan ile ilgili bir projemizin konusu
patojen Salmonella bakterilerinin susuzlaĢtırılmıĢ aktif çamur örneklerinde
(biyokatı) PMA-gerçek zamanlı PCR yöntemi ile belirlenmesi ve kantitatif
tayinidir.
Biyoteknoloji ve Ekotoksikoloji-Modern biyoteknoloji ve moleküler alanda
meydana gelen geliĢmeler ile artık bu kimyasalların etkileri çok hızlı, daha
kapsamlı ve ucuz Ģekilde gerçekleĢtirilmektedir. Bu anlamda genetik
modifikasyonlarla tasarlanan mikroorganizmalar ilgili kimyasalların toksik
etkilerini belirlemekte kullanılmaktadır. ÇalıĢmalarda kullanılan yöntemler:
 Rekombinant maya testi (YES) olarak tanımlanan östrojenik aktivite tayini
 Floresan proteinler ile genetik olarak modifiye edilen bakteriler
130
ODTÜ MERKEZ LABORATUVARI
(MERLAB)
Orta Doğu Teknik Üniversitesi‟nde DPT tarafından desteklenen proje kapsamında 2004 yılı içinde
kurulan Merkez Laboratuvarı (MERLAB) değiĢik disiplinlerdeki araĢtırmacıların ortak ihtiyacı olan
ileri teknoloji test analiz ve karakterizasyon cihazlarının yer aldığı bir araĢtırma merkezidir. ODTÜ
Merkez Laboratuvar Rektörlüğe bağlı bir merkez olup. Bünyesinde AR-GE Eğitim ve Ölçme ile
Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji AR-GE Merkezlerini barındırmaktadır.
ODTÜ MERLAB bugüne kadar edinmiĢ olduğu saygınlığını ve itibarını korumak ve yükseltmek
amacıyla TS EN ISO/IEC 17025 standardına uygun olarak kalite yönetim sistemini kurmuĢ, ve Aralık
2013 tarihinde TÜRKAK tarafından akredite olmuĢtur. Bu sistemin etkinliğini ve sürekliliğini
sağlamak için çalıĢmalarını büyük bir dikkat ve özenle sürdürmektedir.
ODTÜ MERLAB AKREDĠTE METOTLAR
MOLEKÜLER BĠYOLOJĠ VE BĠYOTEKNOLOJĠ AR-GE MERKEZĠ
Laboratuvar Adı
Metot
Adedi
Deney Metodu
Genom Analiz
Laboratuvarı
4
CRLVL 12/05XP
CRLVL 08/05XP
foodproof® GMO
Sample Preparation
Kit Manual
ISO 24276
Kromatografi ve
Fermentasyon
Laboratuvarı
1
TS EN 12630
Deney Adı
Gıda, Yem Numuneleri ve Tohumlarda
GDO Saptanması ve Miktar Tayini için DNA
Ġzolasyon Yöntemi
Meyve ve Sebze Suları – Glikoz, Fruktoz, Sorbitol
ve Sakaroz Muhtevası Tayini-Yüksek Performanslı
Sıvı Kromatografisi Metodu
AR-GE EĞĠTĠM VE ÖLÇME MERKEZĠ
Termal Analiz
Laboratuvarı
Mekanik Test
Laboratuvarı
4
4
EN ISO 11357-1
EN ISO 11357-2
EN ISO 11357-3
TS EN ISO 11358
Plastikler- Diferansiyel Taramalı Kalorimetri (DSC)
Bölüm 1: Genel prensipler
Plastikler- Diferansiyel Taramalı Kalorimetri (DSC)
Bölüm 2: Camsı GeçiĢ Sıcaklığı Tayini
Plastikler- Diferansiyel Taramalı Kalorimetri (DSC)
Bölüm 3: KristalleĢme ve erime entalpisi ve
sıcaklığının belirlenmesi
Plastikler- Polimerlerin Termogravimetrik Analizi
(TG)
EN ISO 527-1
EN ISO 527-2
EN ISO 527-3
ISO 6892-1
Plastikler- Çekme özelliklerinin tayini
Bölüm 1: Genel prensipler
Plastikler- Çekme özelliklerinin tayini
Bölüm 2: Kalıplama ve ekstrüzyon plastikleri için
deney Ģartları
Plastikler- Çekme özelliklerinin tayini
Bölüm 3: Film ve levhalar için deney Ģartları
Metalik Malzemeler - Çekme deneyi
Bölüm 1: Oda sıcaklığında deney metodu
131
ODTÜ MERKEZ LABORATUVAR BĠRĠMLERĠ
MOLEKÜLER BĠYOLOJĠ VE
BĠYOTEKNOLOJĠ AR-GE
MERKEZĠ
Doku Kültürü Laboratuvarı (DKL)
Elektroforez Sistem Laboratuvarı
(ESL)
Genel Kullanım ve Örnek Hazırlama
Laboratuvarı (GKL)
Genom Analiz Laboratuvarı (GEN)
Kromatografi ve Fermentasyon
Laboratuvarı (KFL)
Kütle Spektroskopi Laboratuvarı
(KSL)
Mikroskopi Laboratuvarı (MKL)
AR-GE EĞĠTĠM VE ÖLÇME MERKEZĠ
Duraylı Ġzotop Oranı Kütle Spektroskopi
Laboratuvarı (DĠL)
Elektrik, Manyetik ve Optik Özellikler Ölçüm
Laboratuvarı (EMOL)
Elektron Mikroskopi Laboratuvarı (EML)
Elektron Spin Rezonans Spektroskopi Laboratuvarı
(ESRL)
Kimyasal Analiz Laboratuvarı (KAL)
Kızıl Ötesi ve Raman Spektroskopi Laboratuvarı
(KORL)
Mekanik Test Laboratuvarı (MTL)
Nano-Mekanik Test Laboratuvarı (NMTL)
Nükleer Manyetik Rezonans Spektroskopi
Laboratuvarı (NMRL)
Parçacık Boyutu ve Zeta Potansiyel Ölçüm
Laboratuvarı (PZL)
Polimer Analiz Laboratuvarı (PAL)
Radyojenik Ġzotop Laboratuvarı (RĠL)
Reolojik Karakterizasyon Laboratuvarı (RKL)
Termal Analiz Laboratuvarı (TAL)
Transmisyon Elektron Mikroskopi Laboratuvarı
(TEML)
X-IĢını Difraksiyon Laboratuvarı (XRDL)
Yüksek Çözünürlüklü Kütle Spektroskopi
Laboratuvarı (YKL)
Yüzey Analiz Laboratuvarı (YAL)
Yüzey ve Gözenek Karakterizasyon Laboratuvarı
(YGL)
Elemental
Moleküler
Kimyasal
Özellikler
Yüzey
Termal
Manyetik
Optik
Fiziksel
Özellikler
Morfolojik
Mekanik
Elektrik
132
BAZI ÖĞRETĠM ÜYELERĠNĠN ÇALIġMALARI
ASSOC.PROF. DR. AYġE GÜL GÖZEN
Microbial Ecology Laboratory
In my lab primarily we try to solve problems dealing with environmental pollution issues. One of
these issues that we concentrate on has been antibiotic resistance. Extensive use of antibiotics in
animal and fish farms fuels antibiotic resistance among environmental bacteria, due that these bacteria
become the reservoir for the spreading of resistance functions among human pathogens We try to
understand the mechanism underlying the changes occur at the genetic and epigenetic levels followed
by the acquisition of the resistance. We hope to define and measure the extents of macromolecular
changes so that we can come up with strategies and find means to reduce the increase of resistant
bacteria populations.
Other focus that we give equal share of attention is to investigate the macromolecular changes take
place upon heavy metal acclimation in bacteria. Heavy or transition metal accumulation in aquatic
environments has a direct effect on health. Bacteria that can be acclimated to grow under lethal or sub
lethal concentrations of these metals are very promising for environmental clean up as well as refining
of the metal rich discharges of industrial facilities. We try to define and measure the macromolecular
changes occurring upon metal acclimation in bacteria in hope to device ways to utilize their
capabilities in environmental clean-up technologies.
In my lab we approach the problems from molecular biology, genetics and physiology perspectives.
We always keep in mind and interpret our findings from the perspective of this basic question: How
can we use the information that we generate to solve an environmental issue.
Lab members: Tuba ÖzaktaĢ, Taha Ceylani, Rafiq Gourbanov, ġeyma Kepenek, Sıla Sungur,
Elif Sevli
Research Associates: Prof.Dr. Feride Severcan, Biophysics Laboratory
Prof.Dr. Meryem Beklioğlu, Limnology Laboratory
Prof. Dr. Zeki Kaya: Plant Genetics and Tissue Culture Laboratory
133
DOÇ. DR. CAN ÖZEN
METU SYBORG - Peptit Ġlaç KeĢif ve Tasarım Laboratuvarı
Doç. Dr. Can Özen‟in yürütücülüğünde 2010 yılından itibaren çalıĢmalarını sürdüren METU
SYBORG araĢtırma grubunda biyoaktif peptitlerin keĢif, karakterizasyon ve mühendisliği alanında
araĢtırmalar yapılmaktadır. ÇalıĢmalar ODTÜ Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve
Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi bünyesinde ve ODTÜ Doku Mühendisliği ve Biyomalzeme
Mükemmeliyet Merkezi (BIOMATEN) desteğiyle yürütülmektedir.
Peptitler (mini-proteinler) çok geniĢ bir biyolojik aktivite yelpazesine sahiptirler. Günümüze kadar
hormon, sitokin, toksin ve antimikrobiyal özelliğe sahip birçok önemli peptit molekülü bulunmuĢtur.
Özellikle son yıllarda biyolojik uygulamaları artıĢ gösteren kütle spektroskopisi gibi ileri teknikler
sayesinde, kanser, sinir hastalıkları, Ģeker hastalığı vb. önemli sağlık problemlerinin tanı ve
tedavisinde kullanılabilecek yeni peptitlerin keĢfi de büyük bir hızla devam etmektedir.
METU SYBORG‟un yürütmekte olduğu peptit yapısındaki ilaç keĢif ve tasarım çalıĢmalarında doğal
kaynak olarak özellikle araknid grubu (akrep ve örümcek) hayvan venomları kullanılmaktadır. KeĢif
çalıĢmalarına paralel yürütülen yapısal biyoloji ve protein mühendisliği projeleriyle fonksiyonları
geliĢtirilen yeni peptit moleküllerinin tasarım, üretim ve karakterizasyonu amaçlanmaktadır. Yürütülen
projeler kapsamında taksonomi, iyon kanalları, kütle spektroskopisi, peptit sentezi, inorganik kimya,
biyomalzeme ve doku mühendisliği, tarım biyoteknolojisi, kanser ve bilgisayar mühendisliği gibi
alanlarda uzman akademisyenlerle ortaklıklar yürütülmektedir.
Daha fazla bilgiye grubun web sayfası www.syborg.btec.metu.edu.tr adresinden ulaĢılabilir.
134
G. CANDAN GÜRAKAN
Süt Endrüstrisinde Laktik Asit Bakterileri
Süt endüstrisinde sütü fermente ederek sevilerek tüketilen yoğurt, peynir gibi farklı baĢka ürünlere
döndüren laktik asit bakterileri (LAB), baĢlangıç kültürleri olarak da isimlendirilirler. Yoğurtta 2
önemli organizma fermentasyon iĢlevi görürken, peynirlerde peynir tipine gore değiĢen daha geniĢ bir
LAB gurubu görev yapar. AraĢtırma gurubumuz ODTÜ Gıda Mühendisliği bölümünde süt ürünlerinde
fermentasyondan ve/veya probiyotiklerin üretiminden sorumlu Lactobacillus türleri ve Streptococcus
thermophilus suĢları ile çalıĢmalarını yürütmektedir. Bu mikroorganizmaların tür veya suĢ bazunda
birbirlerinden farklılaĢtırılmaları, biyokimyasal ve moleküler tanıları ise; gıda sektöründe güvenli
kullanımları, kalite, standardizasyon, patentleme gibi nedenlerle gereklidir.
Yoğurt Türkiye için çok tüketilen değerli bir süt ürünüdür. Farklı yoğurtların tadında ki değiĢiklik,
büyük ölçüde, sütü fermente eden bakteri suĢlarından kaynaklanmaktadır. Lactobacillus delbrueckeii
ssp bulgaricus
ve Streptococcus thermophilus
yoğurdu yapan
bakterilerdir. Köylerimizdeki
yoğurtlar tüketicimizin damak tadına daha uygun olup bu organizmalarda suĢ bazında farklılık
göstermektedir. Yaptığımız çalıĢmalarda köylerden toplanmıĢ yoğurt örneklerinden izole edilen bu
organizmaların suĢları ile starter kültür oluĢturmak için birçok çalıĢma gerçekleĢtirilmiĢtir. Ġzole
edilen 160 kadar yoğurt suĢu ile tanı, karakterizasyon ve fajlara direnç calıĢmaları rapor edilmiĢtir
(Altay ve ark., 2014). Bu suĢlardan Lactobacillus delbrueckeii ssp bulgaricus ve Streptococcus
thermophilus suĢlarının birlikte seçici tanısı için, biyokimyasal metotlara göre daha kısa zamanda
tamamlanan PZR yöntemleri geliĢtirilmiĢtir (Cebeci ve Gurakan, 2008). Diğer bir çalıĢmada ise
Lactobacillus delbrueckeii ssp bulgaricus
suĢlarının multilokus sekanslama ile ve RAPD- PZR
(random amplified polymorphic DNA-polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemlerinin kullanımı ile
kıyaslamalı biçimde tiplemesi yapılmıĢtır (Cebeci ve Gurakan, 2011).
PFGE patterns of Streptococcus
thermophilus strains obtained with ApaI
restriction enzyme:
Lane 1 and 12, molecular size marker; Lane 2, K1-26;
Lane 3, N6-1; Lane 4, Ta040-1; Lane 5, Yo-mix 410-3;
Lane 6, N9-2; Lane 7, K1-9; Lane 8, N4-1; Lane 9, K129; Lane 10, K1-24; Lane 11, K1-23
Streptococcus thermophilus suĢları ile pulse field gel electrophoresis (PFGE) çalıĢmaları yürütülmüĢ
bu suĢların izole edildiği bölgeler bazında birbirlerine olan akrabalıkları tespit edilmiĢtir (yayın için
gönderildi). Ayrıca, üç farklı primer seti kullanılarak Streptococcus thermophilus suĢları için RAPD
135
yönteminin optimizasyon çalıĢmaları yapılmıĢ OPI-02 MOD primeri, S. thermophilus suĢları için
tekrarlanabilir profillerin eldesinde en güvenilir primer seti olarak tespit edilmiĢtir.
Laktik asit bakterilerinin probiyotik kullanımları da ekibin ilgi alanına girmiĢtir. Lactobacillus
plantarum suĢları probiyotik özellikleri açısından incelenmiĢtir (Cebeci ve Gurakan, 2003).
Kefirlerden izole edilen Lactobacillus cryspatus suĢunın probiyotik özelliklerinin tespiti çalıĢmaları
devam etmektedir.
Kaynaklar:
-Altay, N., Acar-Soykut, E., Gurakan, G.C. 2014. Phenotypic diversity and technological properties of yogurt cultures
isolated from traditionally produced Turkish yogurts with comparison to commercial starter cultures. Italian Journal of Food
Science (Basımda)
-Cebeci A., ve Gurakan, G.C. 2003. Properties of potential probiotic Lactobacillus plantarum strains. Food Microbiology 20
(2003) 511–518
-Cebeci A., ve Gurakan, G.C. 2008. Molecular methods for identification of Lactobacillus delbrueckiisubsp. bulgaricus and
Streptococcus thermophilus using methionine biosynthesis and 16S rRNA genes. Journal of Dairy Research 75 392–398.
- Cebeci A., ve Gurakan, G.C. 2011. Comparative typing of L. delbrueckii subsp. bulgaricus strains
using multilocus sequence typing and RAPD–PCR. Eur Food Res Technol (2011) 233:377–385.
-Ghazi, F., Benmechernene, Z., Kihal, M., ve Gurakan, G.C. 2013. The reproducibility of random amplified polymorphic
DNA (RAPD) profiles of Streptococcus thermophilus strains with XD9, M13 and OPI-02 MOD primers. African Journal of
Biotechnology, 12(44), pp. 6245-6252,
136
DOÇ. DR. ÇAĞDAġ DEVRĠM SON
Hücre zarında bulunan reseptör ve iyon kanallarının birbirleri ile olan etkileĢimleri:
Laboratuvarımda halen devam etmekte olan deneylerde, model bir GPCR olan maya α-faktör feromon reseptörü
(Ste2p) yeĢil floresan protein (GFP) türevleri ve bölünmüĢ EGFP parçaları ile iĢaretlenmekte, reseptörlerin
sentezlenmelerinden, parçalanmalarına kadar geçen tüm süre zarfında hücre içinde ve hücre zarındaki hareketleri
izlenerek bu reseptörlerin nerede ve nasıl eĢleĢtikleri değerlendirilmekte, son olarak transkripsiyon sonrası
reseptörlerde gerçekleĢen glikozilasyon ve fosforilasyonun reseptör eĢleĢmesine olan etkileri araĢtırılmaktadır.
Bu çalıĢmalarda edinilen bulguların diğer GPCR ailelerine uyarlanması ile, bu büyük reseptör grubunun gerek
reseptör sentezindeki dinamikleri, gerekse ligand etkileĢimleri ile ilgili cevaplanmamıĢ ya da GPCR‟lerin yalnız
iĢlev gördüğü varsayımı ile sınırlı Ģekilde yorumlanmıĢ temel soruların cevaplanması mümkün olacaktır.
EGFP
Bright Field
Merged
DK102 yeast cells which co-express truncated Ste2p receptors labeled with N-EGFP (1-158) and C-EGFP (159239) at position 304. (a) shows DK102 yeast cells expressing truncated Ste2p receptors labeled with full length
EGFP at position 304, (b) shows DK102 yeast cells with N-EGFP (1-158) and C-EGFP (159-239) fragment
inserted into truncated Ste2p (304) respectively
137
Makale Bilgisi:
A1. Mehmet Emre Sahin, Tolga Can, and Cagdas Devrim Son. GPCRsort-Responding to the Next Generation
Sequencing Data Challenge: Prediction of G protein-coupled receptors classes using Structural region lengths.
OMICS: A Journal of Integrative Biology (2014)
A2. Srinivasan R, Pantoja R, Moss FJ, Mackey ED, Son CD, Miwa J, Lester HA. Nicotine up-regulates
{alpha}4{beta}2 nicotinic receptors and ER exit sites via stoichiometry-dependent chaperoning. J Gen Physiol
(2011) Jan;137(1):59-79
A3. Cagdas D. Son, Fraser J. Moss, Bruce N. Cohen, Henry A. Lester. Nicotine Normalizes Intracellular
Subunit Stoichiometry of Nicotinic Receptors Carrying Mutations linked to Autosomal Dominant Nocturnal
Frontal Lobe Epilepsy. Molecular Pharmacology Fast Forward. Published on February 23, 2009 as
DOI:10.1124/mol.108.054494.
A4. Lester HA, Xiao C, Srinivasan R, Son CD, Miwa J, Pantoja R, Banghart MR, Dougherty DA, Goate AM,
Wang JC. Nicotine is a Selective Pharmacological Chaperone of Acetylcholine Receptor Number and
Stoichiometry. Implications for Drug Discovery. AAPS J. (2009) March; 11(1):167-77.
A5. George K. E. Umanah, Cagdas Son, FaXiang Ding, Fred Naider and Jeffrey M. Becker. Cross-Linking of a
DOPA-Containing Peptide Ligand into Its G Protein-Coupled Receptor. Biochemistry Biochemistry (2009)
March; 48(9):2033-44.
A6. Li-Yin Huang, George Umanah, Melinda Hauser, Cagdas Son, Boris Arshava, Fred Naider, and Jeffrey M.
Becker. Unnatural amino acid replacement in a yeast G protein-coupled receptor in its native environment.
Biochemistry (2008) May; 47(20):5638-48.
A7. Byung-Kwon Lee, Kyung-Sik Jung, Cagdas Son, Heejung Kim, Nathan C. VerBerkmoes, Boris Arshava,
Fred Naider, and Jeffrey M. Becker. Affinity purification and Characterization of a G-Protein Coupled Receptor,
Saccharomyces cerevisiae Ste2p. Protein Expression and Purification (2007) Nov; 56(1):62-71.
A8. Cagdas D. Son, Hasmik Sargsyan, Hurst GB, Fred Naider, Jeffrey M. Becker. Analysis of Ligand-Receptor
Cross-linked Fragments by Mass Spectrometry. Journal of Peptide Research (2005) Mar; 65(3):418-26
A9. Cagdas D. Son, Hasmik Sargsyan, Fred Naider, Jeffrey M. Becker. Identification of binding regions of the
Saccharomyces cerevisiae -factor pheromone receptor (Ste2p) by photo-affinity cross-linking. Biochemistry
(2004) Oct 19; 43(41):13193-203
A10. Andjelka ģeliĤ, Negin P. Martin, Cagdas D. Son, Jeffrey M. Becker, Fred Naider, and Mark E. Dumont.
Sequences in the Intracellular Loops of the Yeast Pheromone Receptor Ste2p Required for G Protein Activation.
Biochemistry (2003) Mar 18; 42(10):3004-17.
A11. Lee BK, Lee YH, Hauser M, Son CD, Khare S, Naider F, Becker JM. Tyr266 in the sixth transmembrane
domain of the yeast -factor receptor plays key roles in receptor activation and ligand specificity. Biochemistry
(2002) Nov 19; 41(46):13681-9.
A12. L. Keith Henry, Sanjay Khare, Cagdas Son, Fred Naider and Jeffrey M. Becker Identification of a contact
region between the tridecapeptide -factor mating pheromone of Saccharomyces cerevisiae and its G proteincoupled receptor by photo-affinity labeling. Biochemistry (May 2002) 14; 41(19):6128-39.
Patent Bilgisi
:
Moss, Fraser J, Son, Cagdas D., Srinivasan, Rahul, Lester, Henry A. Methods and systems for detection of stoichiometry by
Föster resonance Energy. US Pattent No: US8,642,352 B2, U.S. Divisional Application No.: 14/133,194, CIT File No.: CIT5311-D, (Feb 2014)
Tez BaĢlıkları:
Gözde KumaĢ, Detecting G-Protein Coupled Receptor Interactions Using Enhanced Green Fluorescent Protein Reassembly,
2012
Yürütülen Projeler ve Projelerde Yaptığı Görevler :
“Adenozin 2a ve Dopamin 2 Reseptörlerinin Homo ve/veya Heteromerlerinin G Proteinleri Ġle EtkileĢiminin Canlı Nöron
Hücrelerinde Analizi ve Bu EtkileĢimlerin Sinyal Yolakları Üzerindeki Etkileri” Tübitak 1001 AraĢtırma Projesi, proje
No:113Z639, Proje Yöneticisi, 2014-2017
“Kokain Ve Amfetamin Ile Regüle Edilen Transcript" (Cart) Peptidini Tanıyan G-Proteine Kenetli Reseptör Adaylarının
Tayini” Tübitak 1002 AraĢtırma Projesi, proje No:112T717, Proje Yöneticisi, 2013-2014
“G Proteine Kenetli Reseptörlerin EĢleĢmesi: Yapı-ĠĢlev Analizi Ve Moleküler Mekanizmalar” Tübitak 1001 AraĢtırma
Projesi, proje No: 110T414. Proje Yöneticisi, 2010-2013
“Interactions between G-protein Coupled Receptors and Ligand Gated Ion Channels”, Marie Curie Reintegration Grant FP7PEOPLE-2010-RG Proposal N° 268336. Proje Yöneticisi, 2010-2014
“Nicotinic Receptor Upregulation by Nicotine: Molecular Mechanisms”, Philip Morris External Research Program, Proje
Yöneticisi, 2007-2009
138
DOÇ. DR. DENĠZ ÇEKMECELĠOĞLU
Gıda Biyoteknolojisi
Gıda Mühendisliği Bölümü Biyoproses Laboratuvarı‟nda çalıĢan grubumuzun misyonu gıda ve
tarımsal atıklardan katma-değerli ürünler üretmek, ürün verimini arttırmaya yönelik proses tasarlamak
ve optimizasyonu sağlamaktır. Ġlkemiz, atık maddelerin yenilenebilir zengin kaynaklar olduğunu
çalıĢmalarımızla kanıtlayarak sıfır atık yönetim sistemini toplum yararına sunmaktır. Buna göre
projelerimiz aĢağıdaki gibidir:
Lignoselülozik
Hammaddenin ÖniĢlem ve
Enzimatik
Hidrolizi:
Lignoselülozik biyokütlenin
enzimler veya asit ve alkali
gibi
bazı
kimyasal
ön
iĢlemlerle kontrollü bir Ģekilde
parçalanmasıyla monomerik
Ģekerlere
dönüĢüm
sağlanabilir. Elde edilen bu
monomerik Ģekerler, uygun
mikroorganizmalar ile sıvı biyo-yakıt, organik asit ve enzim üretimine
dönüĢtürmek mümkün olmaktadır. Böylece sadece direk yakılarak
kullanılan birçok tarımsal atık, değerli
ürünlere dönüĢtürülebilmektedir. Asit ve
alkali öniĢlem uygulamasına dair Ģematik
gösterim verilmiĢtir.
Biyoetanol: Hammadde olarak gıda ve
tarım endüstrisi atıkları kullanılmaktadır.
Fermente edilebilir Ģekerler ön iĢlem ve enzimatik hidroliz ile üretilir.
Erlen (250 mL) ve fermentör (2 L) ortamında biyoetanol üretimi optimize
edilmektedir. Fermentasyon Saccharomyces cerevisiae ve Kluyveromyces
marxianus mayaları kullanılarak gerçekleĢtirilmektedir.
Gıda Endüstrisi Atıklarından Enzim Üretimi: Enzim ve fermentasyon
teknolojisi alanındaki hızlı geliĢmeler endüstriyel enzimlerle ilgili yapılan araĢtırmaların daha da önem
kazanmasına neden olmuĢtur. Endüstriyel enzimler için ürün maliyetinin %30-40‟ını kültür ortamının
maliyeti oluĢturduğu göz önüne alındığında, maliyeti düĢürmek amacıyla bol ve ucuz ham maddelerin
kullanımının sağlanması son yıllarda araĢtırmacıların üzerinde önemle durduğu hususlardan biridir.
Tarımsal atıkların arasında buğday kepeği baĢta
olmak üzere soya, Ģeker pancarı, patates kabukları
ile mısır, Ģeker kamıĢı, çeĢitli meyve posaları, yağ
iĢleme endüstrilerinin atıkları gibi iĢlem sonrası
geriye kalan atıklarla çok çalıĢma yapıldığı
görülmektedir. Bu bağlamda, laboratuarımızda
fındık kabuğu kullanılarak pektinaz ve ksilanaz
enzim üretimleri gerçekleĢtirilmiĢtir.
139
Hemiselülozun alkali yöntem ile özütlenmesi ve yenilebilir kaplama maddesi olarak
kullanılması: Film oluĢturma kapasitesi olan hemiselüloz, fındık kabuğu, mısır kabuğu ve Ģeker
pancarı küspesi gibi tarımsal gıda atıklarından alkali özütleme yöntemiyle elde edilmektedir. Bu
Ģekilde, hemiselüloz değerlendirilerek tarımsal atıkların katma değeri arttırılacak ve ekonomide
canlılık ile çevreci yaklaĢım elde edilecektir.
Sonuç olarak, hemiselüloz kaplama çözeltisi
muzda kararma ve diğer kalite kayıplarını
önleyici, yenebilir kaplama maddesi olarak
kullanılmıĢ ve kayısı kurutmada kimyasal
yöntem olan kükürtlemeye alternatif bir çözüm
olarak araĢtırılmıĢtır.
Biyolojik ĠyileĢtirme Uygulamaları (Bioremediation): Laboratuvarımızda çevre ve insan sağlığına
olumsuz etkileri olan kirliliklerin giderilebilmesi için çalıĢmalar da yapılmaktadır. Yağ üretimi
sonrasında arta kalan ve yüksek besin içeriğine sahip yerfıstığı küspesinde bulunan aflatoksinin
fermentasyon yoluyla ayrıĢtırılması ve hayvan yemi olarak kullanımı Prof.Dr. Faruk Bozoğlu ile ortak
hedeflerimizden birdir.
Ayrıca, gıda ve tarım atıkları karıĢımları doğal mikroflora kullanılarak karıĢık kültür halinde
kompostlanmaktadır. Kompost adı verilen son ürün çiftçilerin organik gübre gereksinimini
karĢılayacak niteliktedir ve uygulama alanı geniĢtir.
140
PROF. FERĠDE SEVERCAN
Saglık Bioteknolojisi ve Gıda Biyoteknolojisi
Prof. Feride Severcan‟ın laboratuvarında spektroskopik ve kalorimetrik ve kromotografik metodların
ve özellikle de Fourier transform infrared (FTIR) spektroskopisi ve mikroskopisi tekniklerin değiĢik
biyolojik sistemlere ve gıdalara uygulamaları yapılmaktadır. Örneğin; bir Y.lisans öğrencisi tezini,
ıĢınlanmıĢ fındık dokusunun infrared spektroskopisi ile karakterizasyonu üzerine yapmıĢtır. Modern
nükleer teknolojiler, çevre dostu karbondioksit emisyonları olmayan yeni teknolojiler olarak, gıda
sektöründe ürünün güvenli bir Ģekilde muhafazası için dünya çapında kullanılmaktadır. Gama ve X
radyasyonları ile gıda ıĢınlanması teknikleri sayesinde patojen mikroorganizmalar zararsız hale
gelmekte, gıdalarda filizlenme, böceklenme ve bozulma önlenmekte ve raf ömrü uzatılmaktadır.1980
yılında BirleĢmiĢ Milletler Gıda ve Tarım Örgütü (FAO), Dünya Sağlık TeĢkilatı (WHO) ve
Uluslararası Atom Enerjisi Ajansı (IAEA) 10 kGy‟e kadar dozlarla ıĢınlanmıĢ gıdalarda sağlığa zararlı
bir değiĢiklik oluĢmadığı ve gıda güvenirliliği sağlandığını açıklamıĢtır. Bu nedenle çalıĢmamızda 1,5
kGy ve 10 kGy dozlarında gama ıĢınlamasının fındık dokusundaki etkileri analiz edilmiĢtir. DüĢük
dozun fındık dokusundaki lipit ve proteinlerde zararlı bir değiĢikliğe sebep olmadığı, ancak yüksek
dozun ise lipit konsantrasyonunda azalma ve peroksidasyonla birlikte proteinlerin ikincil yapısını
değiĢtirdiği,agregasyon ve denatürasyona yol açtığı belirlenmiĢtir. Food Chemistry de yayınlanan bu
çalıĢma 50 kez atıf almıĢtır [Dogan v.d, 2007]. ÇalıĢmamız, bu alanda yapılmıĢ ilk çalıĢma olma
özelliğine sahiptir ve gama ıĢınlamanın sebep olduğu moleküler düzeydeki yapısal ve konformasyonel
değiĢiklikleri izlemede FTIR Spektroskopisinin etkili ve umut verici bir teknik olduğunu ve gıda
sektöründe ıĢınlanmıĢ gıdaların belirlenmesinde uygulanma potansiyeli olduğunu göstermiĢtir. Bu
çalıĢma nedeniyle tanınmıĢ bir kitabevi (John Wiley) tarafından basılan bir kitaba bölüm yazma teklifi
gelmiĢtir [Severcan ve Bozkurt, 2010].
Diğer bir Y. Lisans tezinde literatürdeki farklı sonuçlara katkıda bulunmak için evde beyazlatma
(17% karbamid peroksit) ve ofiste beyazlatma (35% hidrojen peroksit) uygulamalarının insan diĢi
üzerine etkileri FTIR spektroskopisi kullanılarak moleküler düzeyde incelenmiĢtir [Severcan v.d.
2008].
Her iki beyazlatma metodunun etkileri dentin üzerinde ihmal edilebilir düzeyde
gözlemlenmiĢtir. Elde edilen sonuçlar ofiste beyazlatmanın minenin kristal yapısına ve
mineralizasyonuna zararlı etkileri olduğunu ve diĢte moleküler seviyede oluĢabilecek değiĢiklikler
açısından evde beyazlatmanın ofiste beyazlatmadan daha güvenli olduğunu gösterilmiĢtir.
Ġnfrared spektroskopisi ve mikroskopisi Mezenkimal kök hücreler (MKH) lere de uygulanmıĢ ve bir
öğrencinin doktora tez çalıĢmasını oluĢturmuĢtur. MKH farklı hücre tiplerine farklılaĢabilme
özellikleri ile doku yenilenmesi ve devamlılığındaki önemli rollerinden ötürü son yıllarda hücresel
tedavide ve yenileyici tıpta ilgi odağı olmuĢlardır. Böylece hücresel tedavi amaçlı kullanılabilecek kök
hücrelerin saflığının ve farklılaĢma basamaklarının belirlenmesinde; hücrelerin doğru
karakterizasyonu ve tanısında güvenilir, hassas, hızlı, ucuz ve hücreye zarar vermeyen yeni
yöntemlerin gerekliliğini doğurmuĢtur. Bu çerçevede titreĢim spektroskopisi kök hücre biyolojisinde
hücrelerin moleküler seviyede analizi ve görüntülenmesi için gerçek zamanlı bilgi veren umut vadeden
bir teknik olarak düĢünülmektedir [Aksoy ve Severcan, 2012]. Bu amaçla iki farklı çalıĢma
tasarlanmıĢ; ilkinde talasemi hastalığında diğerinde ise farklı yaĢ gruplarındaki sağlıklı vericilerden
elde edilen kemik iliği MKH‟leri Fourier Transform Kızılötesi (FTIR) Spektroskopisi ve
mikrospektroskopisi kullanılarak moleküler seviyede karakterize edilmiĢtir. Talasemi ile ilgili
çalıĢmada sağlıklı kontrol, kemik iliği nakli tedavisi öncesi ve sonrasındaki BM-MKH‟lere ait örnek
grupları incelenmiĢtir ve sonuçlar etki faktörü 4.7 olan Stem Cells and Development dergisinde
yayınlanmıĢtır [Aksoy v.d. 2012a], Bu sonuçlar FTIR mikroskospisi yöntemi ile de doğrulanmıĢtır
[Aksoy v.d. 2012b]. BM-MKH‟ler üzerinde verici yaĢının etkilerinin araĢtırıldığı diğer çalıĢmada ise
beĢ farklı yaĢ grubuna ait BM-MKH‟ler arasındaki farklılıklar yine aynı tekniklerle belirlenmiĢtir.
Genç yaĢtaki sağlıklı vericilerden elde edilen BM-MKH‟lerin hücresel tedavide kullanımının daha
baĢarılı sonuçlar elde edilmesine yardımcı olacağı bulunmuĢtur ve sonuçlar konusunun en iyi dergisi
olan Age (etki faktörü:4.3) dergisinde yeni basılmıĢtır.
141
Kaynakça:

Aksoy C., Kaya, FA., Uckan D., Severcan F., “Novel Molecular Markers Monitoring Donor Age
Effect on Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells: FTIR Spectroscopy and Imaging Study. Age,.
2014, 36:9691.
 Aksoy C., Guliyev A., Kilic E., Uckan D., Severcan F., “Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells
in Patients with Beta Thalassemia Major: Molecular Analyses with ATR-FTIR Spectroscopy
Study As A Novel Method”. Stem Cells and Development, 2012a, 21(11), 2000-2011.
 Aksoy C., Uckan D., Severcan F., “FTIR Spectroscopic Imaging of Mesenchymal Stem Cells in
Beta Thalassemia Disease State”. Biomedical Spectroscopy and Imaging, 2012b, DOI
10.3233/BSI-2012-0006, pp. 67-78.
 Aksoy C., ve Severcan F., “Role of Vibrational Spectroscopy in Stem Cell Research”. Invited
Review Article. Spectroscopy: An Int. Journal, 2012, Vol. 27 (3), 167-184.
 Dogan A. Siyakus G. and Severcan F. FTIR Spectroscopic Characterization of Irradiated
Hazelnut (Corylus avellana L.). Food Chemistry, 2007, 100 (3) , 1106-1114.
 Severcan F and Ozlem Bozkurt. Applications of Vibrational Spectroscopy in Food Science.
Edited by E. Li-Chan, P. R. Griffithsand, J. M. Chalmers. 2010 John Wiley & Sons, Ltd.
 Severcan F, K.Gokduman, A.Dogan, S. Bolay, S. Gokalp, Applied Spectroscopy, 2008, 62 (11),
1274-9.
142
DOÇ. DR. ĠREM EREL
Akıllı Polimer Filmler AraĢtırma Grubu
pH
http://www.longestlife.com/ebook/change.html
ġekil 1. Ağız yoluyla ilaç taĢınımı için pH‟ye duyarlı polimer hazneler
AraĢtırma grubumuzun yürüttüğü çalıĢmalar polimer
kimyası, nanoteknoloji ve biyomedikal mühendisliğinin
kesiĢtiği alanda yoğunlaĢmaktadır. Temel amacımız pH,
sıcaklık, manyetik ve elektriksel alan gibi dıĢ etkilerin
değiĢtirilmesi ile yüzey özelliklerini ayarlayabilen ultraince “akıllı” polimer filmleri tasarlamak, üretmek ve
fizikokimyasal özelliklerini tanımlamaktır. Bu nanoboyutlu akıllı yüzey kaplamalarının yüksek teknoloji
ürünü
elektronik
cihazlardan
biyomedikal
mühendisliğine geniĢ uygulama alanları mevcuttur.
ġekil 2. Bakteri YapıĢmayan Yüzeyler
Bakteri yapıĢmasını engelleyen özellikler
taĢıyan
yüzey
kaplamaları,
kontrollü
ilaç/protein/gen
salımının
gerçekleĢtirilebileceği
polimer
platformlar,
yüzeyi
iĢlevselleĢtirilmiĢ
biyomedikal
gereçler
çalıĢmalarımız sonucunda üretilen bilginin ve
geliĢtirilen malzemelerin uygulama alanlarının
en önemli örneklerindendir. Odaklandığımız
araĢtırma projeleri ileride daha geliĢmiĢ
sistemlerin hazırlanması yolunda gereken temel
bilginin oluĢturulması ve bu sistemlerin
biyolojik
uygulamalardaki
kullanılabilirliklerinin önünü açmasını hedeflemektedir.
ġekil 3. Kontrollü ilaç salımı için polimer miseller
143
PROF. DR. LEVENT TOPPARE
Biyosensör AraĢtırma Grubu
Prof. Dr. Levent Toppare ([email protected])
Fulya Ekiz Kanik (Doktora öğrencisi)
Melis Kesik (Doktora öğrencisi)
Saniye Soylemez (ÖYP)
Seyda Vanlı (Yüksek Lisans öğrencisi)
Janset Turan (Yüksek Lisans öğrencisi)
AraĢtırma konularımız iletken polimerler tabanlı biyosensörler ve fotovoltaik araçlar geliĢtirilmesini ve
uygulamalarını içermektedir. Bu amaçlara yönelik kullanılmak üzere birçok organik polimer tasarlayarak
sentezlemekteyiz. Ġletken polimer tabanlı biyosensörler geliĢtirdiğimiz laboratuvarımızda glukoz, kolesterol ve
tarım ilaçları gibi birçok önemli maddenin nitel ve nicel tayinini gerçekleĢtirmekteyiz. Bu çalıĢmalarda, çeĢitli
iletken polimerler sentezlenerek biyosensör hazırlanmasında biyokatman geliĢtirilmesinde kullanılmaktadır ve
bu sayede geleneksel biyosensörlerin aksine cok daha hassas ve uzun ömürlü biyosensörler elde edilmektedir.
Uygulamalarımızda, çeĢitli enzimleri biyolojik bileĢen ve iletken polimerleri immobilizasyon matrisi olarak
kullanmaktayız. Ek olarak, iletken polimerlerin elektrokimyasal ve morfolojik özelliklerini birçok nanomaterial
kullanımı ve çeĢitli yüzey modifikasyonları ile geliĢtirmekteyiz. ÇalıĢmalarımızda, biyolojik moleküllerin iletken
polimerlerle birleĢtirilmesi, altın nanoparçacıkların ve karbon nanotüplerın etkileri ile çeĢitli yüzey tasarımları
araĢtırılmaktadır.
SeçilmiĢ yayınlar:
1.
2.
3.
Fulya Ekiz, Funda Oğuzkaya, Mehriban Akin, Suna Timur, Cihangir Tanyeli and Levent Toppare, Synthesis and
application of poly-SNS-anchored carboxylic acid: a novel functional matrix for biomolecule conjugation, J. Mater.
Chem., 2011, 21, 12337-12343.
Melis Kesik, Fulya Ekiz Kanik, Gönül Hızalan, Duygu Kozanoglu, Emren Nalbant Esenturk, Suna Timur, Levent
Toppare, A functional immobilization matrix based on a conducting polymer and functionalized gold nanoparticles:
Synthesis and its application as an amperometric glucose biosensor, Polymer, 2013, 54, 4463-4471.
Saniye Soylemez, Fulya Ekiz Kanik, Sema Demirci Uzun, Serife O. Hacioglu and Levent Toppare, Development
of an efficient immobilization matrix based on a conducting polymer and functionalized multiwall carbon
nanotubes: synthesis and its application to ethanol biosensors, J. Mater. Chem. B, 2014,2, 511-521.
144
Y. DOÇ. MECĠT HALĠL ÖZTOP
Gıda Biyoteknelojisinde Manyetik Rezonans Görüntüleme Tekniği ve DüĢük
Rezolüsyonlu NMR Relaksometre Uygulamaları
Gıda Görüntüleme Laboratuarında, bilimde
kullanılan en son teknolojilerin gıda alanında
uygulanmasıyla birlikte geliĢtirilebilir ve
uygulanabilir araĢtırmalara ev sahipliği yapmak
ana amaçlarından biridir. Bunun ıĢığında, Ģuan
geliĢtirilmekte olan projeler;
Lignosellülozik yapıların Enzimatik Hidrolizi:
Biyoteknolojide lignoselülozik biyokütleler
sahip oldukları glikoz potansiyeli sebebiyle
fermentasyon için uygun yapılardır. Ancak,
karmaĢık biyolojik yapılar oldukları için bir
takım ön iĢleme ihtiyaç duyarlar.
Selüloz kaynağı olarak seçilen mısır koçanı ,
ayçiçeği küspesi, nar kabuğu enzimatik hidrolize uygun kılabilmek için konvansiyonel ısıtma ve
alkali ön iĢlemleri uygulanır. Enzim verimini tespit edebilmek için Manyetik Rezonans Görüntüleme
ve NMR Relaksometre tekniklerini kullanarak sürecin kinetiğiyle iliĢkilendirip verim tespitinin
yapılması hedeflenmektedir.
Avrupa Birliği‟nin önem verdiği üzere 2030‟lu
yıllarda yakıtın önemli bir kısmı biyo kütlelerden
sağlanacaktır.
Manyetik Rezonans Görüntüleme ile tohumlarda
viral hastalıkların erken teĢhisi: Bakteriyel ve viral
hastalıklar tarımda verimi etkileyen en önemli
etmenlerden biridir. Bu tip tohum kökenli
hastalıklarla, etkin bir mücadele yönteminin olmaması
üretimi olumsuz yönde etkiler. Genellikle, bu
ürünlerin tespiti için çok fazla zaman ve yüksek
maliyet gerektiren genetik teknikler kullanılmakta olup sadece seçilmiĢ bir grup tohum için
uygulanabilmektedir.
Ancak, sağlıklı bir yetiĢtiricilik için hızlı, güvenilir ve tahribatsız bir yöntem geliĢtirilmesi
hedeflenmektedir. Nükleer Manyetik Rezonans teknikleri
kullanarak kontaminasyon riski yüksek tohumları erken teĢhis
ederek tarlada ürün veriminin artırılması amaçlanmaktadır.
Dünya nüfusunun hızla artması ve tarım alanlarının kısıtlı
olması, tarımda bu tip yöntemlerin önemini artıracaktır.
Antimikrobiyal etken maddeler kullanılarak akıllı kese
kağıdı tasarımı: Gıdalarda raf ömrünü uzatmak ve ürünün
kalitesini arttırmak için doğal antimikrobiyal etkili aktif
maddeler sayesinde akıllı kese kağıdı tasarlanabilecektir. Bu
aktif maddelerin antimikrobiyal etkilerinin yanı sıra, gıdalara su
145
geçiĢinde engelleyebilmektedir.
Kekik, biberiye, nane esansiyel yağları ve kırmızı biberin etken maddelerinin kese kâğıtlarına
daldırma ve püskürtme yöntemleriyle uygulanarak gıdaların raf ömrünü arttırmakta kullanılabilir.
Manyetik Rezonans Görüntüleme ile ise mikrobiyal büyüme ve su geçiĢleri kontrol edilebilecektir.
Günümüzde, gıda paketlemesi ürünlerin raf ömrünü etkileyen en önemli unsurlardan biridir.
Gıdalarda raf ömrünü uzatmak için fonksiyonel kağıt
tasarımı: Gıda kalitesi ve güvenliği, aktif paketlemenin
içerisindeki antioksidan ve antimikrobiyal maddelerle
mümkün olabilmektedir. Ancak, sentetik etkin maddelerin
sağlığa ve çevreye kaygısı yüzünden doğal ekstraktlar olan
talep olumlu yönde artmıĢtır.
Gıdaların raf ömrünü arttırmak için, buzdolaplarında ve
paketlerin altında kullanılmak üzere etken maddelerden
kullanılarak elde edilen fonksiyonel kağıtların üretilmesi
amaçlanmaktadır. Aktif bileĢenlerin, selüloz matris içerisinde
hapsedilmesinden dolayı bu fonksiyonel kağıtların
antimikrobiyal bir özelliğe sahip olması hedeflenir.
PaketlenmiĢ gıdalarındaki mikrobiyal büyüme dolayı gıda bozulmalarının artması, paketleme
sektörünü aktif paketleme sistemlerinin geliĢtirilmesine önem verilmesini sağlayacaktır.
146
DOÇ DR SREEPARNA BANERJEE
LIPOXIB - Nano-lipozomlar yoluyla kanseri hedeflemek
Amaç: Non steroidal Anti-iflamatuvar ilaç olan Celecoxib‟in, EGFR antikoru yardımıyla kanserli
hücreye ulaĢtırılması. Böylece, Celecoxib gönderimindeki kardiyovasküler yan etkileri azaltır. Hedefli
kanser terapisi, kemoterapinin baĢka hücrelerde ortaya çıkarabileceği yan etkileri azaltır. Katı tümörler
genellikle EGFR proteinini fazla ifade etmektedirler. Bu yeni lipozom formülü lipozomun, EGFR
sentezleyen kanser hücrelerine hedeflenmesini sağlayarak, toksik olmayan, biyo-uyumlu bir çözüm
sunmaktadır.
Teknik Özellikler: Bu buluĢ, ekstrüzyon yöntem ile yapan 1,2-Distearoyl-sn-glycero-3phosphocholine (DSPC) ve polyethylene glycol (PEG) olan nanopartiküller içermektedir. Celecoxib,
lipit çiftkatmanı tarafından kapsanmaktadır. EGFR antikorunun Fab PEG zincirlerinin maleimide
tarafında kovalent olarak bağlanmıĢtır (ġekil).
Avantajları:
Nano-boyutlu: BağıĢıklık sistemi elimine edemez.
DolaĢımda uzun kalan: PEG zincirleri, dolaĢım sisteminde lipozomun uzun süre kalmasını sağlar.
Biyo-uyumlu: Zehirli olmayan biyomateryallerden oluĢur.
Az yan etki: Celecoxib‟in sistemik yan etkilerini engeller.
Kanseri hedefleyen: EGFR antikoru lipozomun normal hücreden ziyade kanser hücreleri tarafından
içeri alınmasını sağlar.
147
Üretilen Tezler: Aslı Erdoğ (Deniz), Doktora 2012. Ġlaç taĢıyıcı sistem olarak lipozomal selekoksib
formülasyonunun kolorektal kanser hücrelerinde karakterizasyonu. (EĢ DanıĢmanı: Doç. Dr. AyĢen
Tezcaner, Biyoteknoloji be Mühendislik Bilimler Bölümü).
Makaleler:
Erdoğ A, Limasale YD, Keskin D, Tezcaner A, Banerjee S. In vitro characterization of a liposomal
formulation of celecoxib containing 1,2-Distearoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DSPC), cholesterol
and polyethylene glycol (PEG) and its functional effects against colorectal cancer cell lines. Journal of
Pharmaceutical Sciences. 2013, 102:3666-77.
Sade A, Tunçay S, Çimen I, Severcan F, Banerjee S. Celecoxib reduces fluidity and decreases
metastatic potential of colon cancer cell lines irrespective of COX-2 expression. Bioscience Reports
2012, 32, 35-44.
Sade A, Banerjee S, Severcan F. Effects of the non steroidal anti-inflammatory drug celecoxib on
cholesterol containing distearoyl phosphatidylcholine membranes. Spectroscopy - An international
journal. 2011, 25, 177-185
Deniz A, Sade A, Severcan F, TezcanerA, Keskin D, Banerjee S . Celecoxib Loaded Liposomes:
Effect of Cholesterol on Encapsulation and in vitro Release Characteristics. Biosci Rep. 2010 Jun
3;30(5):365-73.
Sade, A, Banerjee, S and Severcan, F. Concentration dependent effects of celecoxib on model
membranes. J Liposome Res. 2010 Jun;20(2):168-77.
Projeler: TÜBĠTAK 108T297, METU BAP-2007-R-08-11-02, BAP-07-02-2014-004
Patent BaĢvuru No: PCT/TR2012/000147
148
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
Prof. Dr. Ufuk Gündüz 1973 yılında Iowa State Üniversitesi (ABD), Kimya Mühendisliği
Bölümü‟nden mezun olmuĢ, aynı bölümde Yüksek Lisans yaptıktan sonra, 1980 yılında ODTÜ
Biyoloji Bölümünden doktora derecesi almıĢtır.
1989 yılında ODTÜ Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından Biyoteknoloji EABD‟nı oluĢturmak üzere
görevlendirilmiĢ, Dr. Faruk Bozoğlu (Gıda Müh) ve Dr. Hasan Orbey (Kimya Müh.) ile birlikte
Biyoteknoloji EABD‟nın kuruluĢunda görev almıĢtır.
Dr. Gündüz 1991-1992 yıllarında ODTÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji EABD BaĢkanlığı,
1989 -1996 arasında Biyoteknoloji EABD Ġdari Komite Üyeliği yapmıĢtır.
Biyoteknoloji EABD‟nin kuruluĢ yılında açtığı “Fundamentals of Biotechnology” dersini EABD‟nin
temel dersi olarak vermektedir.
ÇalıĢma Konuları
Kanser tedavisinde geliĢen dirençliliğin belirlenmesi ve engellenmesi ile ilgili çalıĢmaları vardır. Son
yıllarda kanserde ilaç hedeflenmesi amacıyla manyetik nanoparçacıkların sentezi, ve ilaç hedeflemede
kullanılması konusunda tez, proje ve yayınlar yapmaktadır.
Dr. Gündüz fotosentetik mikroorganizmalar kullanılarak Bio-Hidrojen üretimi konusunda çok sayıda
tez yönetmiĢ, yayın ve projeler yapmıĢtır.
Dr. Gündüz Ģimdiye kadar Biyoteknoloji EABD‟da lisansüstü çalıĢma yapan 26 yüksek lisans ve 9
doktora öğrencisine tez danıĢmanlığı yapmıĢtır. Biyoteknoloji alanında yönettiği bazı tezler ve
projelerden örnekler aĢağıda verilmektedir.
Biyoteknoloji tezleri
A.Yüksek Lisans Tezleri:
1. Farzin Rouhvand, "Transformation of Saccharomyces cerevisiae with a Shuttle Vector Plasmid
DNA from E. coli by Electroporation, ġubat 1992 (Biyoteknoloji)
2. Özlem Aydın, "Isolation, Identification and Characterization of Non-Starter Microorganizms form
Turkish Casher Cheese" Ocak 1995 (Biyoteknoloji)
3. Yelda Erdal Ünal, " Increase of Alpha Amylase Production of Aspergillus oryzae by
Electroporation" ġubat 1996 (Biyoteknoloji)
4. Gökhan Tolun , “Characterization of Aspergillus oryzae Transformed with a Plasmid Carrying
Alpha – Amylase Gene” Ocak 1999,108 Sayfa, ( Biyoteknoloji )
5. Deniz Özgür Yiğit , “ Identification of Byproducts in Hydrogen Producing Bacteria; Rhodobacter
sphaeroides O.U. 001 Grown in Wastewater of a Sugar Refinery “ Ağustos 1999 ,111 Sayfa
(Biyoteknoloji)
6. Senem ġimĢek, “ Multidrug Resistance in Chronic Lymphocytic Leukemia” Aralık 2000, (
Biyoteknoloji)
7. Demet Suludere Çetin, “Investigation of Polyhydroxybutyrate (PHB)Production by Rhodobacter
sphaeroides O.U.001 “ Ağustos 2001, (Bioteknoloji) .
8. Pelin Kaya, “Identification of Polymorphisms in Multidrug Resistance Gene in Leukemia
Patients”, Ağustos 2002, (Biyoteknoloji).
9. Gökçen Eyövge,”Preparation and Characterization of Poly (D,L-Lactide-co-Glycolide)
Microspheres for Controlled Release of Anticancer Drugs”,Ağustos 2005 ( Biyoteknoloji).
149
12.Demet Demetçi , “ Preparation and Evaluation of Polymer based Microcarriers for Hydrophobic
Anti-Cancer Drugs” , Kasım 2007,89 Sayfa (Biyoteknoloji).
13.Güç E, “Synthesis and Characterization of Fatty Acid Based Hyperbranched Polymers for AntiCancer Drug Delivery”, Eylül 2008,114 Sayfa (Biyoteknoloji).
14. Gülseren Petek ġen, “Fabrication of Poly (dl-lactic- co-glycolic acid) Nanoparticles and Synthetic
Peptide Drug Conjugate for Anticancer Drug Delivery”, Aralık 2009, 98 Sayfa (Biyoteknoloji)
15. Pelin Sevinç, “Kinetic Analyses of the Effects of Temperature and Light Intensity on Growth,
Hydrogen Production, and Organic Acid Utilisation by Rhodobacter capsulatus”, Haziran 2010, 189
Sayfa (Biyoteknoloji)
16. GülĢah Pekgöz, “Deletion Mutation of GLNB and GLNK Genes in Rhodobacter capsulatus to
Enhance Biohydrogen Production”, Eylül 2010, 163 Sayfa (Biyoteknoloji)
17. Endam Özkan, “Photofermentative Hydrogen Production Using Dark Fermentation Effluent of
Sugar Beet Thick Juice by Rhodobacter capsulatus”, Eylül 2011, 187 sayfa (Biyoteknoloji)
B. Doktora Tezleri:
1. Farzın Roohvand, "PCR Based Isolation, Cloning ,and Expression of Streptokinase Gene From a
Group C Streptococcus equismilis in E. coli" Eylül 1998, 143 sayfa, (Biyoteknoloji).
2.Özlem Osmanağaoğlu,“Purification and Characterization of Bacteriocins Produced by Pediococcus
acidilacdici and Pediococcus pentosaceus”, Temmuz 1999, 200 sayfa, (Biyoteknoloji).
3. Can Atalay, “Multidrug Resistance in Locally Advanced Breast Cancer“
Haziran 2004, 70
sayfa, (Biyoteknoloji).
4. Gökhan Kars,”Improvement of Biohydrogen Production by Genetic Manipulations in Rhodobacter
sphaeroides O.U.001”, Ekim 2008, 168 Sayfa, (Biyoteknoloji).
5. Meltem Demirel Kars, ”Molecular Mechanisms of Vincristine and Paclitaxel Resistance in MCF7 Cell line”, Aralık 2008,233 Sayfa,(Biyoteknoloji).
6. Özlem Darcansoy ĠĢeri,”Molecular Mechanisms of Doxorubicin and Docetaksel Resistance in
MCF-7 Cells”, ġubat 2009, (Biyoteknoloji)
7. Rouhollah Khodadust, “The Preparation and Characterization of Dendrimer Coated Magnetic
Nanoparticles for Targeted Cancer Therapy”, Eylül 2013, (Biyoteknoloji)
8. Gözde Ünsoy, “The Synthesis and Characterization of Doxorubicin and Bortezomib Loaded
Magnetic Nanoparticles for Targeting Tumor Cells”, Eylül 2013, (Biyoteknoloji)
Hidrojen ile ilgili yer aldığı bazı Biyoteknoloji Projeleri:
1. TÜBĠTAK, TBAG 1535, “Mikroorganizmalar ve GüneĢ Enerjisi ile Sürekli Hidrojen Üreten
Biyoproseslerin GeliĢtirilmesi”, (1996- 1999)
2. ODTÜ, AraĢtırma Fonu Projesi, AFP-2001-01-08, “Fotosentetik Bakterilerde Karetenoid Pigment
Üretiminin Ġncelenmesi”, (2001-2002)
3. EU COST Projesi, TBAG-U/25 (101T122) COST-841, “Rhodobacter Türlerindeki Hidrojenaz
Enzimlerinin Biyoreaktörde Fotobiyolojik Hidrojen Üretim Verimliligin Artırılmasına Yönelik
Genetik ve Biyokimyasal ÇalıĢmalar”, (2003-2005)
4. DPT Projesi, BAP-08-11-DPT2002K120510-6, “Rhodobacter sphaeroides O.U.001 SuĢunda
Nitrojenaz Enzimlerini Kodlayan Genlerin Tanımlanması”, (2003 -2007)
5. DPT-YUUP Projesi, BAP-08-11DPT.2005K120600, “Hidrojen Gazı Üretimi, Depolanması, ve
Yakıt Hücrelerinde Elektrik Elde Edilmesi”, (2005-2008)
6. EU-FPIP 6th Framework Project, “HYVOLUTION: Non-thermal Production of Pure Hydrogen
from Biomass”, (2006-2010)
150
EKLER
EK 1
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
EK 2
163
164
165
166
167
168
169
170
EK 3
171
EK 4
172
EK 5
173
174
EK 6
175
176
EK 7
177
178
EK 8
179
EK 9
180
EK 10
181
EK 11
182
183
184
185
186
187
188
EK 12
189
190
191
192
193
194
195
EK 13
196
197
EK 14
198
199
200
201
EK 15
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216

AB Komisyonu Tarafından Yayımlanan 2014 İlerleme Raporu

mıke flood

2 0 1 5 FALL TERMLESSONSCHEDULE

Yrd. Doç. Dr. Utku Kürşat Ercan, - Biyomedikal Mühendisliği Bölümü

Zeynep Nur Hasirci