Du côté de la bioinfo Octobre 2014

DU#COTE#DE#LA#BIOINFO#|#N°#6#–#OCTOBRE#2014#
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crontribuécrontribué#
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Du côté de la
bioinfo
Octobre 2014
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Dans#ce#numéro#:#les#actualités,#l’agenda,#le#focus##(une#publication#scientifique,#un#logiciels#
########DU# COTE# DE# LA# BIOINFO# # est# une# lettre# d’information# rédigée# à# l’initiative# de# la# cellule############
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bioinformatique# de# l’Inra# concernant# toutes# les# actualités# de# l’Inra# dans# le# domaine# de# la# DANS# CE# NUMERO#:# # LES# ACTUALITES,#
bioinformatique.#Trois#numéros#sont#prévus#par#an#(janvier,#mai,#octobre).#Bonne#lecture#à#tous#et# L’AGENDA# DES# FORMATIONS# ET# DES#
n’hésitez# pas# à# nous# contacter# si# vous# avez# des# remarques,# des# suggestions# ou# des# informations# CONFERENCES,# # LE# FOCUS#SUR# UN# ARTICLE#
que#nous#pourrions#communiquer#dans#un#prochain#numéro.#
A#LIRE#ET#UN#LOGICIEL#A#TESTER.#
#
LA#LETTRE#EST#TELECHARGEABLE##A#L’ADRESSE#SUIVANTE#:#####################################################################################################
http://www.mathinfo.inra.fr/fr/community/bioinformatics/newsletter#
A##
Date du
numéro
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base# aux# projets# soumis# à# H2020# par# ELIXIR.#
Lancement( des( projets( Seed( ENCODE( et( Projet(Fr8AgENCODE#
ELIXIR#répondra#ainsi#à#l’AAP#INFRADEVa3a2015#
Coordinateurs$:(E.#Giuffra#(Inra#GABI,#JouyaenaJosas)#et#
Fr6AgENCODE(à(l'Inra#
Dans#une#démarche#similaire#au#projet#ENCODE#
chez#l'Homme##(Encyclopedia#of#DNA#elements,#
https://www.encodeproject.org),# l'Inra# s'engage#
dans# deux# projets# ambitieux# visant# à# construire#
le# catalogue# des# éléments# fonctionnels# de#
plusieurs# espèces# animales# et# végétales#
d'intérêt#:# les# projets# SeedENCODE# et# FRa
AgENCODE.#Ces#deux#projets#sont#soutenus#par#
le# métaprogramme# SelGen# et# seront# appelés# à#
partager# des# méthodologies# bioinformatiques#
pour# produire# et# analyser# les# données# issues# du#
séquençage.#Ils#seront#présentés#début#2015#lors#
d'un# séminaire# de# lancement# conjoint# à# Paris.#
N'hésitez# pas# à# contacter# les# coordinateurs# de#
projet# pour# en# savoir# plus# et# contribuer# à# leur#
dynamique.##
S.#Foissac#(Inra#GENPHYSE#,Toulouse)#
Coordinateurs$ du$ WP$ bioinformatique$:( S.# Foissac#
(Inra# GENPHYSE,# Toulouse)# et# Christophe# Klopp# (Inra#
MIAaT,#Toulouse)#
Le#projet#pilote#FRaAgENCODE#vise#à#produire#et#
analyser# des# données# moléculaires# hautadébit#
afin# de# mieux# caractériser# les# éléments#
fonctionnels# des# génomes# d'animaux# d'intérêt#
agronomique.# Ainsi,# le# projet# intègre# l'analyse#
d'échantillons# tissulaires# de# plusieurs# espèces#
(porc,#poule,#chèvre,#vache)#par#des#expériences#
de#séquençage#d'ARNs#(longs#et#courts)#et#apour#
la# première# fois# chez# les# animaux# d'élevagea# de#
caractérisation# de# structure# 3D# de# chromatine#
(«#HiaC#»).##
#
Projet(Seed$ENCODE#(Seed$Regulome$
Characterization$in$Grasses)#
Coordinateur$:#J.#Salse#(Inra#GDEC,#ClermontaFerrand).#
Coordinateur$ du$ WP$ bioinformatique( :#H.#Quesneville#
(Inra#URGI,#Versailles)#
Le# projet# SeedENCODE# a# pour# objectif# de#
réaliser#une#analyse#exhaustive#et#intégrative#du#
développement# du# grain# et# s'intéressera,# à#
l'échelle# du# génome# entier,# à# la# régulation# des#
gènes# à# plusieurs# niveaux# (programmes#
d'expression#
des#
gènes#
et#
patrons#
épigénétiques),#
à#
plusieurs#
stades#
développementaux#
(morphogenèse,#
remplissage,# déshydratation)# chez# 3# espèces#
(l’espèce# modèle# Brachypodium# et# deux# espèces#
de# grande# culture,# le# maïs# et# le# blé).# Le#
continuum# ainsi# caractérisé# entre# variants#
structuraux,# expressionnels# et# épigénétiques# et#
au# sein# des# céréales# sera# accessible# à# la#
communauté# scientifique# par# l‘intermédiaire#
d’un#outil#web#‘Regulome#SyntenyViewer’.##
#
#
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Les actualités
• Elixir(,(http://www.elixir6europe.org((
Le# programme# de# travail# de# l’infrastructure#
européenne# ELIXIR# pour# les# années# 2014a2018#
vient# d’être# publié# officiellement.# Il# va# servir# de#
avec# le# projet# ELIXIRaEXCELERATE# (date# de#
dépôt#:# 14# janvier# 2015).# Cet# appel# est# destiné# à#
financer# la# mise# en# place# et# les# opérations#
initiales# des# ESFRI# (European$ Strategy$ Forum$ on$
Research$ Infrastructures).# Les# groupes# de# travail#
du# programme# ELIXIR# (voir# ciadessous)# seront#
une# source# de# propositions# pour# construire# les#
workpackages# du# projet.# Les# partenaires# de# ce#
projet#sont#le#hub#ELIXIR#et#les#nœuds#nationaux.#
Il# pourra# y# avoir# des# partenaires# additionnels,#
entre#autres#des#entreprises#privées.#
Groupes(de(travail(ELIXIR(
1.( Data( resources( &( services(a#Coord.#:#R.#Appel#
(CH),# R.# Apweiler# (EBI),# pour# la# France#:# C.#
Médigue#et#G.Perrière.#
2.( Tools( interoperability( and( service( registry( a#
Coord.# :# B.# Persson# (SE),# S.# Brunak/P.# Longreen#
(DK),#pour#la#France##:#O.#Collin#et#C.#Blanchet#
3.( ELIXIR( technical( services( a# Coord.# :# T.#
Nyrönen#(FI),#L.#Matyska#(CZ),#pour#la#France#:#C.#
Blanchet.#
4.( Data( interoperability,( vocabulary( and(
ontologies( services( a# Coord.# :# B.# Mons# (NL),# C.#
Goble# (UK),# J.# Vilo# (EE),# pour# la# France#:# C.#
Froidevaux#et#S.#CohenaBoulakia,#J.#Thompson.#
5.(ELIXIR(training(program#a#Coord.#:#C.#Ponting#
(UK),# pour# la# France#:# Responsable# cellule# CFV#
(IFBacore),# J.# Thompson,# C.# BoursauxaEude,# C.#
Daugas.#
6.( ELIXIR( domain( specific( services#a#Coord.#:#A.#
Valencia#(ES),#I.#Jonassen#(NO),#J.#Leal#(PT),#pour#
la# France#:# O.# Poch,# H.# Quesneville,# M.# Nikolski,#
P.#Glaser,#P.#Tuffery.#
7.( ELIXIR( management( and( operations# a#
Coord.:#N.#Blomberg#(ELIXIR),#pour#la#France#:#J.a
F.#Gibrat.#
Contact( &( infos(:# JeanaFrançois# Gibrat#(jeana
[email protected]#)##
DU#COTE#DE#LA#BIOINFO|#N°#6#–#OCTOBRE#2014##
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• Chantier(Gestion(et(Partage(de(Données( http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=10#.#Sont# Toulbar2,# développée# dans# l'unité# MIA# de#
ème
Les# 8# et# 9# octobre# 2014# s’est# tenu# le# 3 (
séminaire(des(groupes(de(travail(sur(le(partage(
des( données( de( recherche.# Ce# séminaire# a#
permis#à#chaque#groupe#de#travail#de#restituer#les#
travaux# menés# depuis# Avril# 2013.# Après# apport#
de#compléments,#un#guide#sera#mis#en#ligne#pour#
accompagner# les# équipes# de# recherche# dans# ce#
domaine.#Le#guide#comportera#différents#items#:#
1/( Pour( trois( familles( de( données(:# omics,#
environnement6expérimentation6observation#
et# données( d’enquêtes( SHS,# le# guide# abordera#
différentes#questions#comme#par#exemple#:#Que#
partageonsanous# ?# (granularité# et# typologie# des#
données),# Que# souhaitonsanous# partager# ?# Quel#
cycle# de# vie# des# données# ?#Quel# écosystème#
national# et# international#?# Quelles# données#
originales#à#l’Inra##?#Quel#patrimoine#historique#à#
pérenniser#?#
2/( Le( plan( type( de( gestion( de( la( donnée,# qui#
sera# une# obligation# dans# le# cadre# des# appels# à#
projets#H2020#et#à#venir#ANR.#
3/( Des( recommandations( et( orientations(
autour(des(DOI.#
4/( Le( cadre( juridique# du# partage# et# de# la#
réutilisation#des#données.#
Plus#d’infos#sur#le#site#web#dédié.#
• Des(nouvelles(de(l’IFB(
L'IFBacore#a#mis#en#place#un#cloud#pilote#hébergé#
à# l'IDRIS.# Les# utilisateurs# désireux# de# l'essayer#
peuvent#
demander#
un#
compte#
(http://cloud.franceabioinformatique.fr).#
Un#
tutoriel#réunissant#23#participants,#a#été#organisé#
par# IFBacore# et# IFBaGenOuest# le# 19# juin# 2014#
dans# les# locaux# de# l’IFBacore# à# GifasuraYvette.#
(https://cloud.franceabioinformatique.fr/tutoa
IFBa2014.06).# Le# site# web# de# l'IFB# sera#
operationnel#
courant#
octobre#
(http://www.franceabioinformatique.fr).# Un# CDD#
a#été#recruté#pour#18#mois#pour#s'occuper#du#site#
et#du#programme#de#formation#national#de#l'IFB#
(basé# sur# du# e?learning).# Le# site# web# mettra# les#
comptes# rendus# du# comité# de# pilotage# de# l'IFB#
en# ligne,# permettant# à# tous# ceux# intéressés# de#
suivre# la# mise# en# place# de# l'infrastructure.# L'IFB#
soutient# des# groupes# de# travail# sur# une#
thématique# donnée.# Il# existe# actuellement# deux#
groupes# de# travail#:# un# sur# Galaxy# et# un# sur# le#
développement#d'un#environnement#virtuel#pour#
la# recherche# (VRE)# qui# est# en# train# de# se# mettre#
en# place.# # L'IFB# a# prévu# 24# CDD# par# an,# 60%#
consacrés# à# des# thématiques# ciblées# dans# le#
projet# initial,# les# 40%# restant# étant# non# fléchés.#
Pour# ceuxaci,# il# est# est# prévu# de# lancer# à#
l'automne#un#AAP#ouvert.#
notamment# au# programme# les# modules#
suivants# #:# assemblage# RNAseq# de$ novo# (1a3#
déc.),# initiation# à# l’analyse# de# séquences# et# la#
phylogénie#(8#déc.)#présentation#et#utilisation#de#
méthodes#
de#
construction#
d’arbres#
phylogénétiques#(9#déc.)#et##phylogénomique#et#
analyse#des#pressions#de#sélection#(10#déc.).#
Toulouse.# Les# performances# de# l'approche#
proposée,#tant#en#terme#de#pouvoir#résolutif,#de#
capacité# à# explorer# un# très# vaste# espace# de#
conformations#que#de#temps#de#calcul,#sont#très#
nettement# supérieures# aux# 2# autres# méthodes#
comparées# (PLNE,# DEE/A*).# L'approche# permet#
aussi#d'obtenir#les#paires#séquenceaconformation#
#
sousaoptimales.#L'outil#associé#est#disponible#sur#
http://genoweb.toulouse.inra.fr/~tschiex/CPD.# Il#
Agenda : séminaires, conférences est# comparé# à# un# éventail# encore# plus# large# de#
•#465(nov(2014(:#SeqBio(2014,(Montpellier.# techniques# dans# Allouche# et$ al.# (Artificial#
Intelligence#
Journal,#
2014),#
cf.#
http://gdrabim.cnrs.fr/seqbio2014/#
http://genoweb.toulouse.inra.fr/~tschiex/CPDa
Ce# workshop# annuel# réunit# les# communautés#
d’informatique# et# de# bioinformatique# travaillant# AIJ.#
sur# les# méthodes# d’analyses# des# textes# et# les#
biologistes,# génomiciens# intéressés# par# la# Focus : un logiciel à tester
Zytnicki$et$al.((2014).#Tedna:(a(transposable(
bioinformatique#de#séquences.#
element(de(novo(assembler.(Bioinformatics.#
•263(dec.(2014(:#Galaxy$days,(Paris.#
http://prodinra.inra.fr/record/269361#(
Le#Groupe#de#Travail#GalaxyaIFB#organise#pour#la#
deuxième# année# une# animation# autour# de# la# Identifier# les# éléments# transposables# d’un#
plateforme# Galaxy# avec# deux# journées# ciblant# à# génome# est# un# enjeu# important,# car# ceuxaci# ont#
la# fois# les# communautés# 'bioainformaticiens'# et# un# rôle# majeur# à# l’origine# de# la# diversité# et# de#
l’adaptation# des# espèces.# # Leur# proportion# peut#
'utilisateurs'.#
beaucoup# varier# d’un# organisme# à# un# autre#
•19621(nov(2014(:#Sysbio,(Villeurbane.#
jusqu’à# atteindre# plus# de# 80%# chez# certaines#
http://lyonsysbio.sciencesconf.org##
espèces#végétales#comme#le#blé#ou#le#maïs.#
La# conférence# a# vocation# à# promouvoir# les# Tedna# propose# une# approche# de$ novo$ pour#
échanges# entre# scientifiques# de# différentes# identifier# les# éléments# transposables# d’un#
disciplines#
(biologie,#
mathématiques,# génome,#c’est#à#dire#que#la#détection#se#fait#sans#
bioinformatique,# physique,# sciences# sociales,# …)# se# référer# aux# éléments# ou# aux# motifs# déjà#
s’intéressant# à# l’analyse# des# masses# de# données# connus.# # Le# logiciel# exploite# uniquement# la#
générées#par#la#biologie#systémique#ainsi#qu’à#la# présence# de# séquences# répétées# à# quelques#
construction# d’outils# de# modélisation,# en# vue# variations# près# dans# le# génome.# L’approche#
d'accéder# à# une# compréhension# pertinente# à# développée,# originale# et# très# efficace,# utilise# les#
l’échelle#du#système.#
graphes# de# de# Bruijn.# En# termes# d’identification#
• 12613(fev.(2015(:(Statistical(Methods(for( des# éléments# transposables# par# approche# de$
Post(Genomic(Data,Munich(6Allemagne.( novo,# les# performances# du# logiciel# sont#
http://gagneurweb.genzentrum.lmu.de/smpgd1
5/#/smpgd2015.#La#conférence#annuelle#SMPGD#
a# pour# objectif# de# présenter# des# travaux#
pluridisciplinaires#
récents#
issus#
des#
mathématiques# et# des# statistiques# appliquées# à#
la# génomique,# mais# aussi# de# discuter# l’analyse#
des# nouveaux# types# de# données# issus# de# la#
biologie#
hautadébit#
nécessitant#
des#
développements#méthodologiques.##
sensiblement# comparables# au# meilleur# outil,#
mais#avec#des#temps#d’exécution#beaucoup#plus#
rapides.#Le#logiciel#est#développé#en#C++#et#peut#
être# utilisé# sur# des# ordinateurs# possédant# une#
mémoire# limitée.# Il# est# également# capable# de#
tirer# parti# de# configurations# matérielles# plus#
favorables# que# ce# soit# au# niveau# de# la# mémoire#
ou#de#la#possibilité#de#paralléliser.#Le#logiciel#est#
disponible# sous# licence# GPLV3# à# l’adresse#
http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/Tedna#.#
Focus : un article à lire
L’équipe#éditoriale#
Traoré$et$al.((2013).(A(new(framework(for(
computational(protein(design(through(cost(
function(network(optimization.#Bioinformatics((
http://prodinra.inra.fr/record/209477#(
Les# auteurs# s'attaquent# au# problème#
combinatoirement# difficile# de# la# recherche# de#
séquences#de#protéines#ayant#une#conformation#
Agenda : formations
tridimensionnelle# d'énergie# minimale.# Le#
problème# est# formalisé# comme# un# problème# de#
• Déc.2014(:(formations(en(
satisfaction# de# contraintes# pondérées# visant# à#
bioinformatique,(Inra(Toulouse(
Le#programme#des#formations#organisées#par#la# minimiser# une# ensemble# de# fonctions# de# coûts#
plateforme# GenotoulaBioinfo# est# disponible# ici#:# (Cost$ Function$ Network)# et# bénéficie# de# la# très#
performante# bibliothèque## de# résolution#
I.# Blanc,# H.# Chiapello,# C.# Gaspin,# V.# Loux,# S.#
Schbath,#D.#Tessier.#
#
Contact/Suggestions#:#
[email protected]#

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