Mise en oeuvre d’un observatoire de l’évolution du
bon état des zones humides du bassin Rhône
Méditerranée
(RhoMéO)
Rapport final :
Synthèse de la phase test
en région Franche-Comté
2011-2012
Réalisation : Thérèse Beaufils, Luc Bettinelli, Olivier Billant, Nathalie Dewynter,
Perrine Jacquot, Laetitia Leray, Samuel Maas
Sommaire
Préambule
Introduction
1. Axe A, Suivis de zones humides et tests d’indicateurs du bon état
1.1Présentation et objectifs
1.2Organisation retenue en Franche-Comté et méthodologie générale
1.2.1 Définition de la zone humide et contours de référence
1.2.2 Typologie des zones humides
1.2.3 Choix des sites et méthode d’échantillonnage
1.2.4 Groupes de travail retenus en Franche-Comté
1.2.5 Protocoles testés en Franche-Comté
1.2.6 Méthodologie de présentation et d’interprétation des résultats
1.3Hydrologie
1.3.1 Protocole de suivi
1.3.2 Echantillonnage
1.3.3 Résultats
a) Résultats bruts
b) Comparaison des résultats obtenus avec chacun des protocoles
1.3.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Robustesse et fiabilité scientifique
b) Opérationnalité
c) Interprétabilité
1.3.5 Conclusions et perspectives
1.4Pédologie
1.4.1 Protocole de suivi
1.4.2 Echantillonnage
1.4.3 Résultats
a) Types de résultats obtenus
b) Caractère humide des sols au regard de la loi sur l’eau
c) Profils de sols obtenus selon la typologie des sites
1.4.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Robustesse et fiabilité scientifique
b) Opérationnalité
c) Interprétabilité
1.5Flore et végétation
1.5.1 Protocoles de suivi
a) Protocole par transects défini en Rhône-Alpes et testé en Franche-Comté
b) Autres protocoles testés en Franche-Comté
1.5.2 Echantillonnage
1.5.3 Résultats
1.5.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Robustesse
b) Opérationnalité
c) Interprétabilité
1.5.5 Conclusion sur la pertinence des indicateurs flore
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1.6Odonates
1.6.1 Protocoles de suivi
1.6.2 Echantillonnage
1.6.3 Résultats
a) Résultats bruts
b) Calcul des indicateurs
1.6.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Robustesse / représentativité de l’échantillonnage
b) Opérationnalité
c) Interprétabilité
1.7Rhopalocères
1.7.1 Protocoles de suivi
1.7.2 Echantillonnage
1.7.3 Résultats
a) Résultats bruts
b) Calcul des indicateurs
1.7.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Robustesse / représentativité
b) Opérationnalité
c) Interprétabilité
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1.8Amphibiens
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1.8.1 Protocoles de suivi
1.8.2 Echantillonnage
1.8.3 Résultats
a) Résultats bruts
b) Calcul des indicateurs
c) Comparaison des sites : pression d’échantillonnage
1.8.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Taux de détectabilité
b) Opérationnalité
c) Interprétabilité
1.9 Avifaune
1.9.1 Préambule, concepts, contextes
1.9.2 Méthodologie : présentation des dispositifs de suivis existants
1.9.3 Méthode : le protocole testé, STOC EPS forcé Zones Humides
1.9.4 Méthodologie : le calcul du LPI
1.9.5 Résultats
a) Liste d’espèces de zones humides et sous-indicateurs
b) Le test méthodologique STOC EPS forcé Zones Humides
c) Le calcul du LPI : application de la méthode pour la Franche-Comté
1.9.6 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Opérationnalité
b) Conclusion sur le groupe avifaune
1.10 Conclusions sur la pertinence des indicateurs
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2. Axe B, Tests de suivi de l’ensemble des zones humides du bassin et choix des méthodes
les plus efficientes en télédétection
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2.1 Présentation et objectifs
2.2 Méthodologie
2.2.1 Partenariats
2.2.2 Acquisition des données
2.2.3 Protocoles de traitement des données
a) Prétraitement des données acquises
b) Délimitation des parcelles agricoles
c) Classification des images SPOT 5 par arbre de décision
2.3 Résultats obtenus
2.3.1 Délimitation des parcelles agricoles et comparaison avec les RPG
2.3.2 Cartographie de l’occupation du sol et repérage des zones humides
2.3.3 Comparaison avec l’inventaire de zones humides de Franche-Comté
2.3.4 Etude des pressions agricoles dans et autour des sites-tests RhoMéO
2.4 Efficience des méthodes en télédétection
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3. Axe C, Définition et choix des outils de mutualisation des informations de l’évolution
du bon état des masses d’eau
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3.1 Présentation et objectifs
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3.2 Outils mis en place pour les autres régions
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3.3 Réflexion sur le lien entre RhoMéO et les autres outils régionaux
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4. Mode d’organisation
4.1 Organigramme
4.1.1 Organisation au niveau bassin
4.1.2 Organisation au niveau régional
4.2 Comités et réunions
4.2.1 Au niveau bassin
a) Groupes thématiques (faune et flore)
b) Groupe analyse des données
c) Comité technique de bassin
d) Comité de pilotage du bassin
e) Séminaire des 3 et 4 décembre 2013
4.2.2 Au niveau régional
5. Perspectives et prochaines échéances
5.1 Séminaire de clôture de la phase test, septembre 2013
5.2 Poursuite des réflexions en 2013
Bibliographie
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Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
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Préambule
Les zones humides ont une importance primordiale du fait des fonctions écologiques (patrimoine naturel
exceptionnel), hydrologiques (régulation du débit des cours d’eau, épuration des eaux), économiques ou
encore sociales et culturelles qu’elles remplissent. Leur préservation est une priorité de la DCE (Directive
cadre sur l’eau) au niveau européen, du SDAGE (Schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux),
ème
de la stratégie nationale sur la biodiversité et du Grenelle de l’environnement en France, ainsi que des 9
et 10ème programmes de l’Agence de l’eau Rhône-Méditerranée et Corse.
L’obligation de résultats, concernant le maintien d’un bon état écologique des zones humides, constitue une
exigence forte de la DCE. Pour une grosse partie des zones humides, les directives « Habitat » et
« Oiseaux », transposées dans le droit français, poussent également vers une obligation de résultats sur un
état de conservation favorable. Les échéances pour réaliser un bilan de cet état de conservation sont
aujourd’hui très proches.
Malgré un contexte de développement de nombreux outils de gestion de l’information sur le patrimoine
naturel et l’eau (BDD Eau, SINP, CARMEN, BDD/SIG Conservatoires botaniques nationaux, BDD/SIG Parc
naturels, BDD/SIG des Conservatoires d’espaces naturels), le besoin d’outils permettant l’évaluation de l’état
des milieux naturels et plus spécifiquement des zones humides était loin d’être comblé. Au sein du bassin
Rhône-Méditerranée et Corse, différents acteurs avaient donc engagé, mais de façon non coordonnée, des
démarches pour réfléchir à des méthodes de suivis des zones humides répondant à la question du bon état.
C’est à partir de ce constat, et sous l’impulsion de l’Agence de l’eau, qu’à partir de 2009 est né en RhôneAlpes le projet RhoMéO, avec pour objectif de développer les méthodologies nécessaires à la construction
d’un « Observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditerranée »
(méthodologies cohérentes de travail et outils de traitement de l’information compatibles). Coordonné par le
Conservatoire d’espaces naturels de Rhône-Alpes, le programme s’est construit autour de l’association de
gestionnaires et de chercheurs, et a fédéré les efforts des conservatoires d’espaces naturels
départementaux, du Conservatoire botanique national alpin et de différentes structures gestionnaires locales.
Après sa phase de mise en route rhônalpine, le projet a été consolidé par un déploiement sur l’ensemble du
Bassin Rhône Méditerranée, avec un élargissement à partir de 2010 en Languedoc-Roussillon et Provence
Alpes Côtes d’Azur (avec notamment la participation des deux Conservatoires d’espaces naturels et de la
Tour du Valat), puis depuis 2011 une participation des acteurs bourguignons (Conservatoire d’espaces
naturels de Bourgogne et Conservatoire botanique national du bassin parisien) et franc-comtois.
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Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
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Introduction
En Franche-Comté, c’est donc à partir de fin 2010 qu’a débuté le montage de projet pour rejoindre la
dynamique RhoMéO, participer à la réflexion à l’échelle du bassin et tester à l’échelle régionale les différents
protocoles.
Le projet est porté par le Plateau du patrimoine naturel de la Maison de l’environnement de Franche-Comté
(PPNMEFC), structure associative regroupant le Conservatoire d’espaces naturels de Franche-Comté (CEN
FC), la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté (LPO FC), le Conservatoire botanique
national de Franche-Comté - Observatoire régional des invertébrés (CBNFC-ORI), la Commission de
protection des eaux, du patrimoine, de l’environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté
(CPEPESC) et l’Office pour les insectes et leur environnement de Franche-Comté (OPIE FC).
La maîtrise d’œuvre et la coordination générale du projet a été confiée au CEN FC, et trois autres structures
participent activement au programme en Franche-Comté : le CBNFC-ORI, la LPO-FC ainsi que la Réserve
naturelle nationale du Lac de Remoray.
Des actions ont été programmées sur deux années (2011-2012), grâce à des financements de l’Agence de
l’eau Rhône Méditerranée et Corse et de l’Union européenne, par l’intermédiaire des fonds FEDER.
Comme sur l’ensemble du bassin, le programme est décliné autour de trois axes.
- le suivi de zones humides et le test d’indicateurs de bon état (axe A);
L’idée était de structurer et tester des protocoles de suivi de l’évolution du bon état des zones humides sur
des bases déclinables à l’ensemble des gestionnaires des zones humides et pouvant, si possible, également
servir à l’évaluation d’autres politiques.
La coordination globale de l’axe a été assurée par le CEN FC, qui a animé également un groupe de travail
pédologie et hydrologie et a mis en œuvre les différents protocoles sur son réseau de sites (ainsi que pour la
pédologie sur les autres sites, sauf la RN de Remoray).
La LPO FC a coordonné les groupes de travail concernant la faune vertébrée (amphibiens et avifaune) et a
mis en œuvre le protocole avifaune, ainsi que le protocole amphibiens hors des sites du CEN FC et de la RN
de Remoray.
Le CBNFC-ORI a animé les groupes de travail concernant la flore, la végétation et les invertébrés (odonates
et rhopalocères) et a mis en œuvre pour ces groupes les protocoles hors des sites du CEN FC et de la RN
de Remoray.
La RN de Remoray a mis en œuvre sur son territoire les différents protocoles déclinables à cette échelle.
le test d’un suivi à petite échelle des zones humides du bassin et le choix des méthodes les
plus efficientes en télédétection (axe B) ;
Cet axe a été coordonné par le CEN FC, avec un lien fort avec les partenaires bourguignons et l’ensemble
du bassin.
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la définition et le choix des outils de mutualisation des informations de l’évolution du bon
état des masses d’eau (axe C).
Cet axe a été coordonné par le CEN FC, en lien étroit avec l’échelle du bassin.
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Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
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1.
1.1
Ax e A : s u i vi s de z o ne s hu m id es e t t es ts d’ in d ic a te urs du
b o n é ta t
Présentation et objectifs
Cet axe a pour objectif de «structurer et de valider des protocoles de suivi de l’évolution de l’état des zones
humides sur des bases biologiques déclinables à l’ensemble des gestionnaires des zones humides et
pouvant également servir à l’évaluation d’autres politiques sur le bassin Rhône-Méditerranée».
Avant le début de mise en œuvre du programme en Franche-Comté, des réflexions ont été engagées en
Rhône-Alpes et dans les deux régions du Sud :
- pour choisir différents angles d’approche descriptive des zones humides, au travers d’objets
d’études abiotiques (hydrologie et pédologie) ou biotiques (végétation et groupes taxonomiques),
traités par différents groupes de travail,
- pour définir des protocoles de suivis précis issus d’une étude de l’état de l’art et d’adaptations de
méthodes préexistantes à la problématique de RhoMéO,
- avec l’objectif de faire ressortir in fine des indicateurs, calculés à partir des données récoltées par
les protocoles testés, en lien avec des fonctions exercées par les zones humides ou des pressions
s’exerçant sur ces milieux, et donc reflétant leur état de conservation.
En Franche-Comté, il a été choisi de partir sur un large socle commun (groupes de travail et protocoles)
avec la région Rhône-Alpes, ceci dans un souci d’opérationnalité, mais aussi pour augmenter
l’échantillonnage du test des protocoles, pour les confronter à un autre contexte régional et pour enrichir la
réflexion sur la définition et le choix des indicateurs après la phase de terrain.
Toutefois, les opérateurs franc-comtois ont souhaité également explorer d’autres pistes, en proposant de
mettre en place un nouveau groupe de travail (avifaune) et de tester trois autres protocoles dont la
pertinence et l’opérationnalité leur semblaient adaptées à l’objectif fixé (végétation).
Au final, le choix des protocoles retenus ou rejetés se fait en fonction de plusieurs critères: leur validité
scientifique, leur opérationnalité et leur intérêt en termes de possibilité d’interpréter les résultats obtenus et
de définir des indicateurs répondant à la problématique du programme. Ce travail est actuellement encore
en cours de réalisation sur l’ensemble du bassin versant.
1.2
Organisation retenue en Franche-Comté et méthodologie générale
1.2.1 Définition de la zone humide et contours de référence
Dès le départ du programme, il s’est avéré nécessaire de s’accorder de façon commune sur la définition
d’une zone humide, afin notamment de définir les limites des objets géographiques étudiés.
Celle qui a été retenue est la définition réglementaire du code de l’environnement, utilisée par l’Agence de
l’Eau. Voici ci-dessous l’extrait de l’article L-211-1 du code de l’environnement :
Il s’agit de « terrains exploités ou non, habituellement inondés ou gorgés d’eau douce, salée ou saumâtre,
de façon temporaire ou permanente ; la végétation, quand elle existe, y est dominée par les plantes
hygrophiles pendant au moins une partie de l’année ».
Ces zones humides se différencient notamment des « masses d’eau » recensées, constituées par les
milieux aquatiques tels que le lit des rivières ou les grands lacs et plans d’eau, même si ces masses d’eau
sont elles-mêmes le plus souvent en connexion étroite (géographique et fonctionnelle) avec des zones
humides.
La localisation des zones humides franc-comtoises se base sur les inventaires réalisés par la DREAL pour
les zones humides de plus d’un hectare (DIREN FC et MISE FC, 2003), qui ont l’avantage d’avoir été
réalisés sur l’ensemble du territoire régional, entièrement inclus dans le territoire d’agrément de l’Agence de
l’eau Rhône – Méditerranée et Corse. La relativement petite échelle de précision de l’inventaire a engendré
un certain nombre de lacunes ou d’imprécisions dans la définition des contours ; cependant, le choix a été
fait de partir sur le postulat de départ qu’une zone humide correspondait à un polygone cohérent de la
cartographie DREAL.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
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Toutefois, dans certains cas, des aménagements ont été proposés sur la base :
- des apports d’autres inventaires s’intéressant à des zones humides de surface inférieure à l’hectare,
comme l’inventaire des mares du PRAM (Programme régional d’action en faveur des mares, piloté
par le CEN Franche-Comté et l’ONF) et l’inventaire des zones humides jurassiennes réalisé par la
Fédération des chasseurs du Jura (FDC du Jura, 2009) ;
- des limites réelles constatées sur le terrain pour les sites retenus pour le test des protocoles, avec
une modification des contours a posteriori.
1.2.2 Typologie des zones humides
Les zones humides constituent un objet d’étude complexe et varié, qui ne peut pas être appréhendé de
façon « monolithique ». Le projet RhoMéO ayant pour objectif de chercher à tester les protocoles sur une
large gamme de situations différentes et de milieux différents, le choix d’une typologie adaptée s’est avéré
nécessaire. Cette étape a une importance forte à la fois en amont, dans l’établissement de la stratégie
d’échantillonnage et en aval, pour la construction d’indicateurs tenant compte des réalités du fonctionnement
des zones humides et avec, dans de nombreux cas, un domaine d’application limité.
Pour le choix des sites francs-comtois, et en lien avec l’inventaire de référence choisi, la typologie retenue a
été celle des catégories d’habitats de l’inventaire de la DREAL FC (Annexe 1). L’inconvénient de cette
méthode est que les types retenus ne caractérisent pas les zones humides dans leur entièreté, une même
zone humide associant fréquemment plusieurs de ces grandes catégories d’habitats. Cette typologie a
néanmoins permis de cibler une palette diversifiée de zones humides qui étaient représentatives du territoire
régional.
Dans les réflexions menées à l’échelle du bassin, les différents partenaires ont utilisé comme point de départ
la typologie SDAGE du tronc commun national de l’inventaire des zones humides de juin 2004 de FrancheComté (Annexe 2). Une correspondance a donc été effectuée pour les sites retenus en Franche-Comté (voir
plus loin).
Cependant, les types SDAGE ne sont pas apparus assez précis pour rendre compte de la diversité de
fonctionnement des zones humides inventoriées.
Il a donc fallu établir collectivement une nouvelle typologie afin de :
- permettre l’analyse et la validation du domaine d’application des indicateurs,
- alimenter la méthodologie pour la mise en place d’un réseau de surveillance. Ce réseau devra
en effet pouvoir se baser sur une stratégie d’échantillonnage fidèle aux caractéristiques du
bassin.
Il a donc été proposé de travailler sur une typologie adaptée à partir de la typologie existante et de
déterminer des « sous-types SDAGE » représentatifs. Ces sous-types sont en cours de définition sur la base
des différents paramètres influençant le fonctionnement des zones humides : géomorphologie, pédologie et
hydrologie et flore.
En Franche-Comté et dans les autres régions, le travail d’attribution des sous-types SDAGE reste à réaliser.
Dans l’analyse et dans la suite du présent rapport, la typologie SDAGE sera donc utilisée. Elle sera
complétée par diverses typologies existantes concernant les différents éléments constitutifs de chacune des
zones humides : outre la typologie DREAL, on peut notamment évoquer la typologie des habitats
odonatologiques définie par la SFO (Annexe 3).
1.2.3 Choix des sites et méthode d’échantillonnage
Principes de base retenus pour la constitution de la liste de sites
Cette réflexion, engagée dès 2010, s’est basée sur les principes suivants :
- l’objectif n’était pas de constituer un échantillon représentatif de sites destinés à constituer un
panel de référence dans l’optique d’un suivi sur le long terme au sein d’un futur Observatoire des
zones humides du bassin RMC. Ce travail aurait nécessité une phase de réflexion approfondie
au préalable, qui plus est à l’échelle du bassin plutôt qu’à l’échelle régionale ;
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Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
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la répétition de situations comparables et la sélection aléatoire des zones humides testées dans
l’optique d’une exploitation statistique, en tout cas au niveau d’agrégation régional, n’a pas
constitué une priorité compte tenu des moyens et du temps disponibles ;
au contraire, il a été recherché le test de protocoles sur une vaste gamme de situations, en
recherchant une variabilité importante sur le plan géographique, sur les types d’habitats présents,
sur la taille des sites et dans une moindre mesure sur l’état de conservation supposé ;
les sites pour lesquels il existait un jeu important de données au préalable, à l’exemple des sites
gérés bien connus par leurs gestionnaires, ont été privilégiés à la fois pour gagner en
opérationnalité et pour faciliter la comparaison entre les résultats des protocoles testés et les
connaissances acquises en dehors du programme.
Critères géographiques
Lors de la réunion pour le montage du projet le 14 septembre 2010, la décision a été prise par les
partenaires présents de ne pas sélectionner les sites sur l’ensemble du territoire franc-comtois, mais de se
focaliser sur un certain nombre de sous-territoires cohérents au niveau hydrographique. Cette option n’a pas
été retenue par ailleurs par les autres régions participant au programme RhoMéO. L’idée en Franche-Comté
a été d’anticiper, avec une approche multiscalaire, une réflexion ultérieure concernant l’échantillonnage au
sein du bassin pour le suivi du bon état des zones humides. Par ailleurs, cela a permis de tester des
protocoles concernant l’avifaune à une échelle plus adaptée que celle du site (voir chapitre avifaune).
Les périmètres pour ces sous-territoires (appelés secteurs par la suite) ont été retenus sur la base des soussecteurs hydrographiques de la base de données Carthage. Quatre secteurs ont été choisis :
- Vallée de l’Ognon,
- Haut-Doubs et Drugeon,
- Haute-vallée de l’Ain,
- Bresse.
Critères de typologie d’habitats
Le test des protocoles sur des sites représentant des types variés de zones humides, en partant des habitats
décrits dans les inventaires de la DREAL, a donc été privilégié (voir aussi plus haut § typologie).
La correspondance avec la typologie SDAGE a été réalisée a posteriori. La figure 1 ci-dessous représente la
répartition des sites retenus en fonction de cette typologie. On retrouve donc 5 types SDAGE différents, avec
une proportion plus importante de marais et tourbières, qui reflète d’ailleurs l’importance de la responsabilité
de la Franche-Comté pour la conservation de ces milieux.
% SDAGE
12%
Plaines alluviales (6)
12%
Régions d'étangs (8)
17%
41%
18%
Bordures de plan d'eau (9)
Marais et landes humides de
plaine (10)
Zones humides ponctuelles
(11)
Figure 1 : Typologie des sites franc-comtois selon la typologie SDAGE
Remarque : l’un des sites choisis, correspondant à un réseau de mares, sort un peu du cadre défini. Il
semblait cependant important de prendre en compte ces petites zones humides souvent oubliées, et dont
l’étude peut être plus cohérente à l’échelle du réseau qu’à l’échelle d’un unique point d’eau. Les deux
situations sont testées en Franche-Comté : une mare (et ces ceintures humides) a été choisie dans le
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Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
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secteur de la haute vallée de l’Ain, un réseau de mares a été choisi en vallée de l’Ognon. Pour ce « site », le
périmètre global retenu regroupe à la fois les mares et la matrice paysagère dans laquelle elles s’intègrent,
et ne constitue donc pas sensu stricto une zone humide. Le site n’a donc pas de contour défini par
l’inventaire des zones humides de la DREAL, mais est désigné sur la base des travaux menés dans le cadre
du Programme régional d’action en faveur des mares (Vauthier.R, 2011).
Critères de taille de sites
Les sites choisis en Franche-Comté sont de taille très variable, avec deux valeurs extrêmes :
- la vallée du Drugeon, qui avec plus de 4200 ha constitue le plus vaste site testé sur l’ensemble
des régions ;
- la mare d’Esserval-Tartre, qui est l’un des plus petits avec moins d’un demi-hectare concerné.
Si l’on fait abstraction de ces cas particuliers et du réseau de mares, la surface moyenne des sites testés en
Franche-Comté est de 72 hectares, avec un écart-type encore important, avoisinant les 100 hectares.
Critères de niveau de connaissance, d’état de conservation et d’opportunité
La liste de sites retenus s’est appuyée pour une large part sur le réseau des sites gérés par le CEN FC (8
sites en propriété ou convention, 1 autre site d’intervention), et pour une moindre part, par les autres
partenaires impliqués dans le projet RhoMéO en Franche-Comté : Réserve naturelle nationale du Lac de
Remoray et LPO FC (qui assiste la commune de Pagney dans la gestion de la gravière présente sur son
territoire). Ce choix a facilité la mise en œuvre et l’interprétation des protocoles en :
- allégeant les démarches préalables auprès des acteurs locaux (les partenaires locaux sont
informés dans le cadre des échanges annuels déjà établis avec les gestionnaires) ;
- garantissant l’existence d’inventaires préalables, sauf exception, pour l’ensemble des groupes
biologiques étudiés.
Pour la désignation des autres sites, les bases de données régionales – en particulier celles du CBNFC-ORI
(également propriétés de la SBFC et de l’OPIE-FC) – ont été consultées pour dégager d’autres zones
humides avec un bon ou relativement bon niveau de connaissance préalable. Enfin, un dernier site, le
marais de la Noye Viney à Magny-Vernois, a été ajouté afin de tester les protocoles sur un site considéré
comme en mauvais état de conservation.
Liste finale des sites retenus
Le travail réalisé en tenant compte des différents critères commentés précédemment a abouti à une liste de
17 sites sur lesquels les protocoles ont été testés, à l’intérieur des 4 secteurs de la vallée de l’Ognon, du
Haut-Doubs et du Drugeon, de la haute-vallée de l’Ain et de la Bresse jurassienne (cf Tableau 1).
Sept premiers sites ont été désignés pour une mise en œuvre des protocoles à partir de 2011. La pré-liste
de 10 sites pour 2012 devait être affinée suite à une phase d’information locale ; elle n’a finalement pas
nécessité de modifications.
Pour les sites non gérés par les structures impliquées dans RhoMéO :
- les gestionnaires, quand ils existaient, ou les structures animatrices à l’intérieur du périmètre
Natura 2000 ou au sein du réseau des espaces naturels sensibles des départements, ont été
informés par courrier de la démarche engagée (avec poursuite des échanges lors d’une
rencontre ou par téléphone lorsque ces derniers le souhaitaient) : communauté de communes
Frasne Drugeon, Conseil général du Doubs, Communauté de communes de Bresse-Revermont
et CPIE de la Bresse du Jura ;
- les maires de l’ensemble des communes concernées ont été également informés par courrier,
avec renvoi vers le site internet de RhoMéO pour de plus amples précisions ;
- compte tenu de la complexité des parcellaires, les propriétaires privés n’ont été informés que
dans le cas de l’Etang Bailly, en considérant la nature particulière de ce type de zones humides.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 10
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
4
x
Lac de Remoray
Remoray-Boujeons, Labergement-Sainte-Marie 299,9
Vallée du Drugeon
x L’Entrecôtes
x Mare aux demoiselles
7
x Ilay, Grand et Petit Maclu
x
x
x
x
x
Bannans, Bief-du-Fourg, Bonnevaux,
Bouverans, Bulle, Chaffois, Dompierre-lesTilleuls, Frasne, Les Granges-Narboz,
Houtaud, Mignovillard, La Rivière-Drugeon,
Sainte-Colombe, Vaux-et-Chantegrue
Foncine-le-Haut
15,2
Esserval-Tartre
0,43
Chatelneuf, Le Frasnois, La Chaux du Dombief
46,4
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
Saint-Barthélémy
6,7
Marais de la Noye Viney
Magny-Vernois
12,6
x
Réseau de mares d’Emagny
Emagny, Moncley, Chevigney-sur-l'Ognon
Le Grand Roué
Jallerange
145,3
x
x
x
x
x
x
x
Pagney
29,4
Etang Bailly
5,7
14
x
Vallée de la Brenne
305,1
15
16
17
x
Etang au Curé
Champrougier
Rye, Vers-sous-Sellières, Le Villey, La
Chassagne, La Charme, Chaumergy
Bersaillin
Lac de Malpas
Malpas
44,7
Censeau, Esserval-Tartre
48,3
3,8
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
Tableau 1 : Récapitulatif des sites tests RhoMéO en Franche-Comté
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
x
x
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réseau PRAM (animation CEN)
x
x
x
x
ENS du Conseil général du Doubs
FR4301330 Complexe des cinq lacs [..]
FR4301284 Lac et tourbières de Malpas […]
FR 4301280 Bassin du Drugeon
FR4301328 Entre-Côtes du Milieu
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
x
Gravière de Pagney
x
x
x
x
x
x
x
x
x
FR4301306 Bresse jurassienne Nord
x
Natura 2000
FR4301346 Plateau des Mille Etangs
x
Commune de Pagney / assistance LPO
x
Com. de communes Frasne Drugeon
x
x
RNN du Lac de Remoray
x
x
8 - Régions d'étangs
x
supplémentaire : mare ou réseau de mares
x
x
forêts humides de bois tendre
x
x
Tourbière de Sennepey
x Pré Vieux, La Seigne
formations humides à hautes herbes
prairies humides fauchées ou pâturées
végétation des rives d'eau courante ou stagnante
carrières en eau
eau stagnante / végétation aquatique
4226,6
x
x
x
x
CEN FC
8,7
bas-marais et groupements associés
35,7
Chaînée-des-Coupis
5
6
8
9
10
11
12
13
Surface (ha)
Saint-Germain
Mou de Pleure
9 - petits plans d'eau et bordures de plans d'eau
10 - marais et landes humides de plaine et
plateau
11 - zones humides ponctuelles
x
Grande Pile
boisements tourbeux
3
Communes
Gestionnaire
forêts humides de bois dur
x
Nom du site
tourbières hautes et groupements associés
x
Haute-Vallée de l'Ain
Bresse
Haut-Doubs-Drugeon
Ognon
Numéro
1
2
Gestion et périmètres d'animation
Typologie SDAGE
FR4301283 - Tourbières, lac de Remoray […]
Typologie
Habitats DREAL
6 - Plaines alluviales
Désignation, localisation et surface
Secteur
x
x
1.2.4 Groupes de travail retenus en Franche-Comté
Au cours des années précédant l’engagement de la région Franche-Comté au sein du programme RhoMéO,
les régions Rhône-Alpes (dès 2009) puis PACA et Languedoc-Roussillon (2010) ont engagé des réflexions
associant gestionnaires, naturalistes et scientifiques pour définir des objets d’étude (groupes taxonomiques
ou domaines d’investigation pour les paramètres physico-chimiques) permettant in fine de définir des
indicateurs d’état de conservation des zones humides.
En Rhône-Alpes, les objets d’étude retenus puis débattus au sein de groupes de travail distincts ont été la
pédologie et l’hydrologie, la flore et les habitats, les amphibiens, les odonates et les rhopalocères. Ils
ont été proposés en raison de leur valeur scientifique avérée (connaissances scientifiques et naturalistes) et
de la bonne connaissance et bonne pratique qu’en avaient les gestionnaires dans la région (meilleure
potentialité opérationnelle). De plus, ils permettaient de décrire le fonctionnement des zones humides à
différents niveaux :
- par les caractéristiques physiques avec l’étude de la nature du sol et des flux hydriques,
- par les caractéristiques biologiques via l’analyse de la végétation, support du développement et
du cycle de vie de nombreux êtres vivants, et via l’analyse des peuplements pour la flore et la
faune.
En Franche-Comté, le choix a été fait d’apporter une contribution régionale pour l’ensemble de ces groupes,
en se basant sur le même socle de réflexion que les régions Rhône-Alpes et Bourgogne et en participant
autant que possible aux échanges à l’échelle du bassin. L’animation des groupes a été partagée entre le
CEN FC (pédologie et hydrologie), le CBNFC-ORI (flore et végétation, odonates et rhopalocères) et la LPO
Franche-Comté (amphibiens). La LPO Franche-Comté a également proposé de lancer un nouveau champ
de réflexion axé sur l’avifaune, et d’animer un nouveau groupe de travail en associant les autres régions
intéressées.
1.2.5 Protocoles testés en Franche-Comté
Comme pour les groupes de travail, la Franche-Comté s’est basée pour le choix des protocoles testés sur
un large socle commun avec les régions Rhône-Alpes et Bourgogne. Les protocoles retenus par les groupes
de travail rhônalpins, sur la base d’une recherche bibliographique sur les méthodologies existantes et
d’échanges d’experts pour une adaptation aux objectifs de RhoMéO (« robustesse », opérationnalité et
« interprétabilité »), ont ainsi tous été testés dans le contexte franc-comtois. Cela a concerné aussi bien
l’hydrologie, la pédologie, la flore et la végétation, les odonates, les rhopalocères et les amphibiens.
Pour le nouveau groupe de travail, l’avifaune, la LPO Franche-Comté a elle-même défini le protocole à tester,
en s’appuyant au maximum sur des dispositifs nationaux déjà existants et en consultant leurs responsables
scientifiques (voir le chapitre consacré à l’avifaune).
La Franche-Comté a en outre été à l’origine d’autres apports originaux, concernant la flore et la végétation.
Le CBNFC-ORI, comme d’ailleurs en parallèle le CBN du bassin parisien en Bourgogne, a choisi de tester
outre le protocole rhônalpin deux autres protocoles axés sur les habitats :
- un travail sur la base de données surfaciques, avec la cartographie ou le renouvellement de
cartographies existantes des groupements végétaux ;
- une approche par transects phytocénotiques.
Tous les protocoles n’ont cependant pas été systématiquement testés sur l’ensemble des sites pour des
raisons de dimensionnement financier du projet mais aussi parce que certains sites ne répondaient pas aux
caractéristiques du domaine de pertinence des protocoles (cas des sites forestiers pour les rhopalocères ou
encore des sites sans milieux de reproduction favorables pour les amphibiens ou les odonates).
Le tableau 2 récapitule les protocoles testés sur l’ensemble des sites par les différentes structures.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 12
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Sites
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
Grande Pile
Mou de Pleure
Lac de Remoray
Vallée du Drugeon
L'Entrecôtes
Mare aux demoiselles
Ilay, Grand et Petit Maclu
Tourbière de Sennepey
Marais de la Noye Viney
Réseau de mares d'Emagny
Grand Roué
Gravière de Pagney
Etang Bailly
Vallée de la Brenne
Etang au Curé
Lac de Malpas
Prés Vieux, la Seigne
Protocole
Rhone-Alpes
amphibiens
CEN FC
Protocole
Rhone-Alpes
odonates
CEN FC
Protocole
Rhone-Alpes
papillons
CEN FC
RN Remoray
LPO FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
LPO FC
CEN FC / LPO
LPO FC
LPO FC
RN Remoray
CBNFC-ORI
RN Remoray
CBNFC-ORI
CEN FC
LPO FC
CEN FC
LPO FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CBNFC-ORI
CEN FC
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CEN FC
CBNFC-ORI
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CEN FC
CBNFC-ORI
CEN FC
Protocole
Rhone-Alpes
flore
CEN FC
CEN FC
RN Remoray
CBNFC-ORI
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CBNFC-ORI
CEN FC
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CEN FC
CBNFC-ORI
CEN FC
Protocole
CBNFC
cartographie
CBNFC-ORI
Protocole suivi
phytocénotique
CBNFC-ORI
CEN FC
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
CBNFC-ORI
Protocole
Rhone-Alpes
pédologie
CEN FC
CEN FC
RN Remoray
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
Suivi
piézomètres
CEN FC
CEN FC
Tableau 2 : Répartition des tests de protocoles par structure et par site
1.2.6 Méthodologie de présentation et d’interprétation des résultats
Dans la suite du rapport, concernant l’axe A , seront présentés successivement chacun des groupes de
travail retenus en Franche-Comté, en adoptant la même démarche générale : description des protocoles et
1
des indicateurs définis à partir des données recueillies par les protocoles (en s’appuyant sur les documents
produits au niveau du bassin lorsqu’ils existent), stratégie d’échantillonnage (sites testés, échantillonnage à
l’intérieur des sites), présentation des résultats et - quand cela est possible à ce stade - calcul des
indicateurs sur les sites tests franc-comtois, et enfin analyse et retour d’expérience sur la qualité des
protocoles au regard des attendus du programme RhoMéO.
Mode de présentation des résultats
La localisation précise des transects sur les sites, ainsi que, lorsque cela était possible, les résultats bruts
des protocoles générés par la base de données Access construite en Rhône-Alpes pour le programme
RhoMéO (cf axe C), sont présentés dans un volume d’annexes séparés. Les éléments de synthèse, et
notamment les indicateurs calculés, sont en revanche proposés dans le corps du document.
Analyses de la « robustesse » des protocoles
Les trois grands critères retenus pour juger de la qualité des protocoles testés ont été définis au cours des
échanges menés à l’échelle du bassin : ce sont la « robustesse » des protocoles, leur caractère opérationnel
(au regard des compétences nécessaires, du temps de travail et des coûts) et leur capacité à pouvoir fournir
des indicateurs pour l’interprétation des résultats.
Pour le premier de ces critères, le terme « robustesse » nous semble à prendre avec prudence.
L’échantillonnage de la phase test de RhoMéO n’a pas été conçu pour tester ce paramètre statistique
2
multiforme , qui évalue la fiabilité et la validité des données issues d’un protocole au regard de leur
sensibilité à différents biais (présence de point aberrants, sensibilité à des faibles variations de données,
sensibilité au changement d’opérateur, sensibilité vis-à-vis d’hypothèses de départ peu vérifiées, sensibilité
aux conditions météorologiques…).
C’est en réalité plutôt l’efficacité, pour les protocoles basés sur des relevés de taxons végétaux ou animaux
(voire de syntaxons), qui est testée ici. Cela correspond à la capacité de ces protocoles à détecter une
proportion importante des taxons présents sur les sites et donc de donner une image fidèle de la réalité. Les
listes de taxons connus sur les sites faisant l’objet d’un bon niveau de connaissance préalable sont utilisées
comme élément de référence, et les calculs suivants sont réalisés autant que possible :
1
2
La description des indicateurs a parfois été faite dans la partie « interprétabilité ».
http://www.aiaccess.net/French/Glossaires/GlosMod/f_gm_robustesse.htm
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 13
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
-
proportion de taxons contactés (nouveaux taxons inclues ou exclues) par rapport aux espèces
connues initialement ;
nombre de taxons nouveaux détectés par RhoMéO.
Analyses du caractère opérationnel des protocoles
Au-delà de l’efficacité des protocoles, l’un des attendus majeurs du programme « RhoMéO » est une
évaluation de leur « efficience », c'est-à-dire une évaluation de leur efficacité au regard de l’effort et du coût
nécessaire à leur mise en œuvre.
Une grande attention est donc portée au caractère opérationnel des protocoles testés :
- en termes de temps nécessaire (nombre de passages, nombre de points de suivi réalisables en
un passage, lien avec la complexité de l’information recueillie et l’accessibilité des zones
échantillonnées),
- en termes de compétences requises (un protocole est plus opérationnel s’il ne nécessite pas
systématiquement l’intervention de spécialistes pour sa mise en œuvre),
- in fine, en termes de coût nécessaire, notamment dans l’optique d’un suivi de l’état de
conservation des zones humides sur le long terme et à l’échelle du bassin.
Cette analyse se fait à partir des retours des différents opérateurs sur la compréhension et la facilité de mise
en œuvre des protocoles, lors des discussions en groupes de travail ou par le biais de questionnaires
envoyés et dépouillés par les animateurs de chacun des groupes. Il s’appuie à la fois sur le niveau régional
et sur les retours à l’échelle du bassin.
Analyses de « l’interprétabilité » des protocoles
Les protocoles testés, même s’ils sont très opérationnels et donnent une image très fidèle de la réalité de
terrain, n’ont d’intérêt dans le cadre de RhoMéO que s’ils peuvent être interprétés et s’ils peuvent renseigner
sur l’état de conservation des zones humides. Les données récoltées, que ce soit des relevés de taxons ou
des données contextuelles, doivent donc pouvoir servir de base à la construction d’indicateurs pertinents, en
lien avec les fonctions exercées par les zones humides ou les pressions auxquelles elles sont soumises.
Pour chaque protocole, un travail de construction de grilles d’interprétation (définition d’indicateurs et
description de leur mode de calcul) a donc été mené à l’échelle du bassin. Il est passé fin mars 2013 par la
validation d’un groupe d’experts (groupe « analyse des données »), qui a retenu ou écarté les différents
indicateurs proposés sur la base des éléments fournis par les différents responsables de groupes.
Concernant ce critère d’« interprétabilité » des protocoles, le bilan franc-comtois s’appuie donc
essentiellement sur les analyses produites à l’échelle du bassin, étant entendu que la participation régionale
a été plus importante sur les protocoles originaux proposés par la région (avifaune et transects
phytocénotiques en particulier).
1.3
Hydrologie
1.3.1 Protocole de suivi
La présentation du protocole hydrologie est basée sur le protocole défini en région Rhône-Alpes par un
groupe de travail coordonné par Jérôme Porteret (Porteret J, 2010).
L’objectif du suivi hydrologique n’est pas l’étude du fonctionnement de la zone humide pour lui-même, mais
l’observation de l’état hydrique des horizons supérieurs du sol, déterminant l’hygrophilie de la végétation de
surface. Il s’agit donc de mesurer les variations de la nappe à proximité de la surface et non dans les
formations pédologiques moins superficielles et profondes.
Afin de mesurer le niveau de la nappe, il a été décidé de mettre en place un suivi par relevé de piézomètres
automatiques et manuels. Ces deux types de suivis ont été comparés afin de connaître celui qui est le plus
pertinent.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 14
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Matériel
Pour les deux types de suivis (manuel et automatique), des tubes en PVC, perforés sur toute leur longueur
(tous les 10 centimètres environ), permettent d’observer le niveau d’eau dans le sol. Pour les piézomètres
destinés aux relevés manuels du niveau de la nappe, un diamètre de 5 centimètres est suffisant ; pour les
piézomètres automatiques, le diamètre est adapté à la taille de la sonde. Les tubes sont recouverts d’un
géotextile, pour empêcher le matériel du sol de rentrer dans le tube. Les tubes dépassent du sol pour faciliter
leur repérage au milieu de la végétation.
Les principaux dispositifs de mesures automatiques existant à l’heure actuelle sont les codeurs à flotteur et
les sondes de pressions installées à l’intérieur des tubes piézométriques décrits précédemment. Dans le
cadre de RhoMéO, le choix s’est porté, comme en Rhône-Alpes, sur la mise en place de sondes à
enregistrement automatique de la gamme Orpheus vendus par la Société OTT France. Ces sondes sont
composées de deux parties, l’une qui mesure les variations du niveau de la nappe et l’autre qui enregistre et
stocke les données. De plus, un câble à port magnétique est nécessaire pour l’export des données entre la
sonde et l’ordinateur utilisé pour leur traitement.
Le prix total de ce matériel s’élève à 1350 €, pour une sonde, un câble et un couvercle de protection. Bien
sûr, l’investissement dans une deuxième sonde ne nécessite pas à nouveau l’achat d’un câble (soit une
économie de 280 €).
Types de relevés
Relevés manuels
Les relevés manuels consistent à faire glisser une tige de bois sèche à l’intérieur du piézomètre et à mesurer
la distance entre le sommet du piézomètre et la nappe (marquée par le niveau de la tige de bois qui est
mouillée au sortir du piézomètre). La profondeur de la nappe est calculée par la différence entre cette
mesure et la hauteur de la partie hors du sol du piézomètre.
La question de la régularité et de la fréquence des relevés est souvent posée. Le risque de mesurer un
niveau de nappe non représentatif de la situation hydrologique moyenne augmente avec l’espacement de la
fréquence de relevés. La régularité des relevés n’est pas indispensable au cours de l’année, l’adaptation de
la fréquence des mesures aux conditions climatiques donnant des résultats plus proches des variations
réelles de la nappe.
Relevés automatiques
Les dispositifs de relevés automatiques permettent de suivre à des pas de temps plus fins l’évolution de la
nappe et d’obtenir des données quasi-continues de la dynamique piézométrique (une mesure par heure).
Les sondes enregistrent des mesures de pression de la colonne d’eau et un logiciel permet de calculer sur
cette base les fluctuations de la nappe.
1.3.2 Echantillonnage
Sites choisis pour le test des protocoles :
Le choix des sites s’est porté sur deux zones tourbeuses : le Sennepey (Saint Barthélemy, 70) et les Prés
Vieux et la Seigne (Esserval-Tartre et Censeau, 39). Au vu du prix d’achat des sondes automatiques et des
contraintes de temps de suivi, il a été décidé de ne pas retenir plus de sites.
Ces deux sites ont été choisis pour deux raisons, la présence de conservateurs bénévoles volontaires pour
relever les données et l’existence d’un réseau de piézomètres manuels déjà en partie en place.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 15
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 2: Localisation des deux sites pour le protocole hydrologie.
Echantillonnage au sein des sites :
La localisation des piézomètres sur chacun des sites est présente en annexe 4.
Sur chacun des deux sites, un piézomètre équipé d’une sonde automatique a été ajouté en périphérie de la
zone d’étude au réseau de piézomètres manuels déjà existant. Afin de connaître l’efficacité d’un suivi par
rapport à l’autre, nous avons ajouté à proximité des piézomètres automatiques, un piézomètre manuel. Le
nombre total de piézomètres est indiqué au sein du tableau 3.
Du fait de la situation marginale des piézomètres automatiques, les variations sont en principe plus
importantes qu’au cœur des zones humides, qui sont censées rester en eau sur une plus longue période.
Cependant, il est à noter une différence de situation pour les deux piézomètres automatiques. Celui du
Sennepey est plus longtemps en eau, car la topographie du site est plus plane, que celui des Prés Vieux / la
Seigne (différence topographique plus importante entre la périphérie et le centre de la tourbière).
Nombre de piézomètres
automatiques
Nombre de piézomètres
manuels
Tourbière du Sennepey
1
6
Zone humide Pré Vieux /
la Seigne
1
3
Tableau 3 : Nombre de piézomètres par site
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 16
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.3.3 Résultats
a) Résultats bruts
Avant de présenter les résultats, signalons que les piézomètres automatiques enregistrent des données à
partir du moment où les piles sont installées. Les sondes ayant été installées dans les piézomètres au mois
de février, les valeurs précédentes à cette date ne sont pas à prendre en compte.
De plus, les sondes automatiques ont été installées lors de périodes de gel. De ce fait, la mesure du niveau
d’eau est à prendre réellement en considération est :
- pour Saint-Barthélemy, à parti du 14 mars 2012 à 10h00,
- pour Les Prés Vieux / La Seigne à partir du 19 mars 2012 à 12h00.
Site du Sennepey à Saint-Barthélemy :
Relevés manuels
P1
Date
08/12/11
14/03/12
30/05/12
22/06/12
25/07/12
30/08/12
04/09/12
07/11/12
-18
-15
-7,5
-8
-3
4
5
-14
Piézomètre
P3
P3'
P4
Variation du niveau de la nappe (cm)
-19
5
-2
-15
-16
8
-1
-17
-14,5
9
-2
-11,5
-13,5
10,5
1
-11
-13,5
12,5
1
-8
non mesurée non mesurée non mesurée non mesurée
-6
22,5
15
1
-21
3
-4,5
-17,5
P2
P5
-2
-4
-1
-1
0
11
11
-7,5
Tableau 4 : Résultats des relevés manuels à Saint-Barthélemy
Depuis la mise en place des relevés manuels, le 8 décembre 2011, 8 relevés manuels ont été effectués. La
plupart des relevés ont eu lieu à des intervalles relativement réguliers, à l’exception des deux premiers qui
correspondent, suite à la mise en place du protocole, à une période hivernale non propice à des relevés de
terrain.
25
20
Niveau de la nappe (cm)
15
10
P1
5
P2
P3
0
P3'
-5
P4
-10
P5
-15
-20
no
v-1
2
12
oc
t-
se
pt12
ao
ût12
l-1
2
jui
n- 1
2
jui
2
ma
i-1
av
r-1
2
fév
r -1
2
ma
rs12
jan
v-1
2
dé
c-1
1
-25
Dates d'observations
Figure 3 : Représentation graphique des variations du niveau d’eau au niveau des piézomètres manuels
(en ordonnée, distance surface du sol /nappe en centimètres; une mesure négative correspond à une période d’inondation)
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 17
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Relevés automatiques
Les résultats des relevés automatiques représentent 5715 relevés.
Figure 4 : Courbe des profondeurs de nappe dessinée à partir des mesures des relevés automatiques
(en ordonnée, distance surface du sol /nappe en mètres; une mesure négative correspond à une période d’inondation)
Site des Prés Vieux et de la Seigne à Esserval-Tartre et Censeau :
Relevés manuels
P8
Date
Piézomètre
P9
P10
Variation du niveau de la nappe (cm)
23/11/11
2
19/03/12
-10
50
9
9
6
08/08/12
47
7
21/09/12
38
-3
Tableau 5 : Résultats des relevés manuels à Censeau / Esserval-Tartre
Depuis la mise en place du protocole RhoMéO sur le site de la zone humide des Prés Vieux et de la Seigne,
quatre campagnes d’inventaire des piézomètres manuels ont eu lieu.
La régularité des relevés (réalisés bénévolement) a été plus aléatoire que sur le site du Sennepey à SaintBarthélemy. On constate qu’elle a dépendu fortement des saisons, puisqu’il n’y a eu qu’un relevé en période
hivernale, le 23 novembre 2011. De plus, l’effort d’échantillonnage a été moins important que sur le site du
Sennepey.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 18
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
60
50
40
30
P8
20
P9
P10
10
0
-10
s ept12
ao ût12
juil-1
2
juin- 1
2
2
mai-1
av r-1
2
-12
mars
févr 12
janv 12
1
dé c-1
no v-1
1
-20
Figure 5 : Représentation graphique des variations du niveau d’eau au niveau des piézomètres manuels
(en ordonnée, distance surface du sol /nappe en centimètres; une mesure négative correspond à une période
d’inondation)
Relevés automatiques
Figure 6 : Courbe des profondeurs de nappe dessinée à partir des mesures des relevés automatiques
(en ordonnée, distance surface du sol /nappe en mètres; une mesure négative correspond à une période d’inondation)
Les résultats des relevés automatiques ont été pris entre le 9 décembre 2011 et le 29 octobre 2012. En
raison d’un relevé toutes les heures, nous avons 7803 données. Comme il a été dit en début de paragraphe,
nous obtenons en réalité 5378 relevés en immersion totale, à partir du 19 mars 2012 à 12h00.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 19
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
b) Comparaison des résultats obtenus avec chacun des protocoles
Site du Sennepey à Saint Barthélemy :
Tout d’abord, de manière générale, la comparaison des piézomètres manuels entre eux révèle une
corrélation des résultats. On observe en effet le même schéma de variation du niveau d’eau sur l’ensemble
des piézomètres. Cela s’explique notamment par une topographie et un substrat très homogène entre les
différents piézomètres.
La comparaison du piézomètre équipé d’une sonde automatique et des piézomètres manuels montre
également une corrélation étroite entre ces deux types de mesures. Il y a effectivement une période de
basses eaux vers le mois de septembre / octobre, et de hautes eaux autour du mois d’avril.
Si l’on compare le relevé automatique avec le piézomètre manuel associé (P5), ont constaté dans un
premier temps que les fluctuations de la nappe sont similaires avec les deux modes de suivi, sans perte
d’information majeure. Cependant, les évènements hydriques plus ponctuels ne sont pas détectés avec la
méthode du relevé manuel.
Site des Prés Vieux et de la Seigne à Esserval-Tartre et Censeau :
Il est plus délicat de tirer des conclusions sur ce site :
- du fait du positionnement des trois piézomètres dans des situations topographiques et des substrats
très différents ;
- du fait de la trop faible pression d’échantillonnage manuel, qui ne permet ni de détecter les
événements hydriques mis en évidence par la sonde automatique, ni de faire ressortir de grandes
tendances, ni même d’exclure les erreurs de mesure.
Les variations observées sur les différents piézomètres manuels ne semblent pas corrélées. De même, la
comparaison du piézomètre automatique et son piézomètre manuel associé (P8) ne montre aucune
corrélation évidente. Cela aurait même tendance à montrer une différence de résultat, puisque le 19 mars
2012, le site était en submersion selon les relevés manuels. Signalons que seulement deux mesures ont pu
être faites avec le piézomètre P8.
1.3.4
Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a)
Robustesse et fiabilité scientifique
Comparaison entre les données obtenues et les données connues :
Il n’est pas possible de comparer les données obtenues par ces protocoles avec des jeux de données
hydrologiques antérieurs, indisponibles ou très incomplets. On peut cependant, avec toutes les précautions
nécessaires à prendre pour une interprétation de ce type, analyser les résultats obtenus au regard de la
connaissance à dire d’expert de l’état de conservation des sites sur le plan hydrologique.
D’après nos connaissances des sites (en tant que gestionnaires), la tourbière du Sennepey est considérée
comme étant en bon état de conservation d’un point de vue hydrologique. On observe effectivement une
fluctuation de la nappe qui peut être considérée comme normale pour ce type de milieu (niveau d’eau élevé
toute l’année, faible amplitude hydrique annuelle mais régime saisonnier avec niveau d’eau le plus bas en
été).
En ce qui concerne la zone humide des Prés Vieux et de la Seigne, on considère que l’état de conservation
global de la tourbière de la Seigne est dans l’ensemble mauvais, tandis que la tourbière des Prés Vieux est
dans un état actuellement moyen, malgré des actions de rebouchage de drains datant de 2010. Nous
observons une variation de la nappe importante sur la sonde automatique, les fluctuations correspondant
ainsi à des variations hydriques ponctuelles (événements pluvieux).
Cela peut s’expliquer par une dégradation du fonctionnement hydrique du site, mais aussi par la position de
la sonde au sein du site, sur un point plus haut que le centre de la tourbière. Il est indiqué dans la pré-fiche
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 20
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
« indicateur de submersion » que la sonde doit être placée au centre de la zone humide, et au vu de nos
observations personnelles, le centre du site est régulièrement saturé en eau. Au vu de la faible pression
d’échantillonnage, les résultats des piézomètres manuels dispersés sur le site sont quant à eux difficilement
interprétables.
Comparaison de la fiabilité scientifique des deux méthodes testées :
Au vu des échanges qui ont eu lieu lors des journées de travail RhoMéO sur l’axe hydrologie, on peut
supposer que la robustesse est globalement très bonne, même en ce qui concerne les relevés manuels,
puisqu’il s’agit de mesures objectives et quantitatives. Il peut toutefois exister un biais lié à l’opérateur, dans
la précision de l’observation ou du fait du risque d’erreur lors des calculs, et donc une qualité de mesures
plus aléatoire malgré la standardisation du protocole.
En ce qui concerne les relevés automatiques, la robustesse peut être supposée de 100% et aucun biais ne
peut être considéré dans ce protocole. En effet, la mesure d’un niveau d’eau s’effectue quotidiennement et
de façon automatique. Les mesures sont donc fiables et précises, sauf accident électronique (non constaté
en Franche-Comté)
Dans l’ensemble, les résultats des deux suivis montrent clairement une corrélation entre des périodes de
hautes eaux et de basses eaux. Cela montre la fiabilité des deux méthodes de suivi, à partir du moment où
l’échantillonnage des relevés manuels est suffisamment important, pour dégager de grandes tendances.
Cependant, seuls les relevés automatiques sont à même de détecter l’ensemble des événements hydriques
annuels, dont la connaissance peut s’avérer parfois importante pour expliquer le fonctionnement d’une zone
humide et les variations de populations des espèces qui lui sont inféodées.
b)
Opérationnalité
Lors des réunions de groupe de travail RhoMéO sur l’axe hydrologie, quelques problèmes au niveau du
bassin versant ont été signalés pour les relevés automatiques, mais de manière ponctuelle :
- plusieurs cas de réinitialisation des sondes ou de pannes rapides des piles,
- dépôt d’argiles fines sur les sondes (ce qui peut être corrigé avec une protection en géotextile),
- casse des piézomètres (par des humains, du bétail ou des sangliers), ce qui entraîne une
interruption dans les séries de données enregistrées.
Les relevés manuels sont quant à eux plus aléatoires, car leur réalisation par des professionnels, dont le
siège est souvent éloigné des sites, serait très coûteux. Il s’avère fréquemment difficile de motiver sur le long
terme un bénévole, surtout lorsque l’accessibilité au site est difficile. La fréquence et le nombre des relevés
manuels a donc tendance à varier fortement.
Enfin, une comparaison du coût global entre les méthodes tend à montrer que malgré l’investissement
important pour l’achat de piézomètres automatiques, ce prix est rapidement amorti :
- pour un piézomètre automatique, seule une demi-journée salariée pour l’installation de la sonde et
une demi-journée pour le relevé de l’information sont nécessaires. Le total du coût du matériel et du
coût salarié, pour un coût journalier de 470 €, est de 1680 € pour un piézomètre automatique ;
- les relevés manuels peuvent être rapidement coûteux en temps. La formation d’un bénévole et
l’animation régulière du bénévolat demandent un minimum d’un jour de travail salarié. Si les relevés
doivent être en partie effectués avec des déplacements de salariés (en considérant qu’une
campagne de relevés prend une demi-journée), et même si dans les faits des économies d’échelle
dans les déplacements sont recherchés (couplage avec d’autres opérations quand elles sont
programmées), le coût des relevés manuels dépasse celui des relevés automatiques à partir de 6
campagnes réalisées.
Par ailleurs, les sondes automatiques peuvent être utilisées au cours de plusieurs campagnes de mesures et
donc être réutilisées sur d’autres sites (amortissement du matériel).
Les relevés manuels peuvent cependant s’avérer intéressants dans des situations où il est important d’avoir
plusieurs piézomètres sur un même site, ce qui fait considérablement augmenter le coût du matériel
automatique.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 21
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
c)
Interprétabilité
Indicateurs retenus :
La réflexion menée à l’échelle du bassin pour le groupe hydrologie a permis de retenir deux
indicateurs considérés comme valides :
- la dynamique de la nappe,
- la durée de submersion.
L’indicateur de dynamique de la nappe (ou distribution piézométrique) permet de connaître la variation
hydrique de la zone humide étudiée et donc la variation de l’état de saturation en eau.
Il s’agit d’un indicateur de processus applicable à la totalité de la zone humide. Le type d’analyse est quant à
lui automatisé. Le mode de représentation de cet indicateur se fait par la méthode de la « boite à
moustache » (boxplot).
La durée de submersion va renseigner sur la qualité de la zone humide et de son régime hydrique.
Il s’agit d’un indicateur de processus applicable à la totalité de la zone humide. Le type d’analyse est
automatisé. La méthode de calcul se réalise via le nombre de valeurs "horaires" pour lesquels la profondeur
de nappe est inférieure à la surface du sol. Ce nombre de valeurs correspond au nombre d'heures avec
submersion.
Calcul des indicateurs sur le jeu de données franc-comtois :
-
Dynamique de la nappe
La dynamique de la nappe est représentée par un système de boxplot qui permet d’analyser
quantitativement les jeux de données récupérés sur les sites des Prés Vieux et de Saint Barthélémy.
Les boxplots ont été créées à partir du logiciel de traitement statistique « R-Development Core Team ».
Figures 7 et 8 : Analyse quantitative de la dynamique de la nappe
Sur la moitié des mesures effectuées sur le site des Près Vieux, la nappe se situait à une profondeur
comprise entre 8,8 cm et 21,5 cm. Sur le deuxième site, la nappe variait principalement entre – 7 cm
(inondation) et 15,3 cm.
-
Nombre de jours de submersion
La durée de submersion à Saint-Barthélemy est de 3543 heures, soit 147 jours et 15 heures, ce qui
correspond à 62 % du temps d’enregistrement sur ce site où l’eau est fréquemment affleurante, même en
dehors de la période hivernale.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 22
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Aucun jour de submersion n’a eu lieu au niveau du piézomètre automatique de la zone humide des Prés
Vieux et de la Seigne.
Analyse comparée des indicateurs :
Les indicateurs dynamique de la nappe et nombre de jours de submersion renseignent sur une évolution
dans le temps et ne permettent pas de comparer des sites entre eux (dépendance de la géologie, de
l’influence des bassins versants, du fonctionnement hydrologique propre aux sites…).
Le positionnement topographique des piézomètres automatiques au sein des sites a également une
influence qui va dans le sens d’une impossibilité de comparer les indicateurs obtenus sur deux sites
différents.
1.3.5 Conclusions et perspectives :
Le travail sur l’hydrologie génère des mesures immédiates de la nappe d’eau pour un site. Il s’agit d’une
réponse immédiate à diverses perturbations d’un milieu, contrairement à d’autres groupes étudiés.
Cependant, il n’est pas toujours évident de corréler une variation du niveau de la nappe avec un facteur
précis de perturbation.
La problématique de la période d’étude hydrologique doit être définie. Selon les types d’habitats, il n’est pas
utile de réaliser l’étude sur une année complète (par exemple pour les mares temporaires). De plus certaines
périodes sont plus intéressantes à mesurer pour l’interprétation finale (c’est le cas de certains habitats
comme les moliniaies et bas marais, où une étude pendant les trois d’été est plus riche en information sur
l’hydrologique).
Les deux indicateurs, dynamique de la nappe et nombre de jours de submersion, apparaissent fiables, du
fait qu’ils sont issus de mesures, et donc de valeurs absolues.
Cependant, un certain nombre de questions sont posées. La comparaison entre les sites semble difficile,
voire impossible à réaliser. L’interprétabilité peut également être limitée par la position du piézomètre
automatique au sein même du site.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 23
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.4
Pédologie
1.4.1 Protocole de suivi
La présentation du protocole pédologie est basée sur le protocole réalisé en région Rhône-Alpes par un
groupe d’experts sous la coordination de Jérôme Porteret (Porteret J, 2010).
Principes généraux :
Les relevés pédologiques permettent de décrire l’hydromorphie du sol, soit une saturation des pores du sol
en eau sur une période plus ou moins longue.
Trois cas de figure différents existent (Figure 9) :
- s’il s’agit d’un sol minéral rédoxique : la saturation en eau du sol est temporaire et la nappe se situe
en profondeur. Ce phénomène se manifeste par des traces abondantes couleur rouille ;
- s’il s’agit d’un sol réductique : à proximité de la surface, la saturation du sol est quasi-permanente.
Le sol est alors de coloration gris-bleuté ;
- s’il s’agit d’un histosol (tourbe) : la présence d’eau est permanente, ce qui empêche la dégradation
partielle ou totale de la matière organique morte, et provoque donc une accumulation de cette dernière (tourbe).
Figure 9 : Cas de figure rencontrés lors de l’application du protocole
Principe de l’échantillonnage sur site :
Le protocole pédologique est associé au protocole flore dans un souci d’analyse et de cohérence entre
l’étude du sol et la végétation. De ce fait un maximum de relevés pédologiques a été couplé avec les relevés
de végétation (même si certains sondages ont été réalisés en dehors de ces relevés). Il n’est cependant pas
nécessaire de réaliser un sondage sur chaque relevé flore, car les variations pédologiques sont moins
importantes que les variations floristiques.
Les relevés pédologiques situés en bordure de zone humide sont généralement plus représentatifs d’une
éventuelle fluctuation du niveau de la nappe et sont donc privilégiés. En revanche, on évite
systématiquement de positionner le point de relevé sur des secteurs déstructurés comme les places à
charbon en forêt, les ornières de tracteur, les chemins et autre sentiers.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 24
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Description du protocole (fiche terrain présente en annexe 5) :
Le principe de l’observation pédologique est de se caler sur la législation en cours, portant sur la définition
de zone humide au sens de la loi (article L-211-1 du code de l’environnement paru en 2006). Ainsi, les
relevés sont réalisés pour la partie supérieure du sol sur les 50 premiers centimètres.
L’observation pédologique est réalisée soit à la tarière, soit par le biais de fosses pédologiques (méthode
non utilisée en Franche-Comté). Chaque relevé pédologique est associé à un sondage à la barre afin
d’évaluer la profondeur du sol.
Pour chaque relevé, un ensemble de paramètres est mesuré et inscrit sur une fiche de terrain nommé « flore
/ pédologie ». Le protocole doit être applicable par des non-spécialistes de cette science d’où la nécessité de
multiplier les critères de description du sol pour permettre au moment de l’analyse d’écarter des descriptions
incohérentes.
Le contexte du sondage est précisé car la météorologie influe sur des critères comme la couleur ou
l’humidité. Limite, structure, texture, oxydo-réduction ou taille des racines sont autant de critères
fondamentaux pour une description pédologique. Plasticité, compacité, adhésivité sont ceux qui vont aider à
la description faite par le non-spécialiste.
1.4.2 Echantillonnage
L’ensemble des 17 sites franc-comtois a été prospecté depuis septembre 2011. 93 relevés pédologiques ont
été effectués à l’aide d’une tarière gouge ou Edelman.
La localisation des relevés pédologiques est présentée en annexe 6.
Sites
Nombre de
relevés
pédologiques
Nombre de
relevés flore
Densité de relevés
pédologiques / flore
Grande Pile
Mou de Pleure
Réserve naturelle du Lac de Remoray
Vallée du Drugeon
L’Entrecôtes
Mare aux demoiselles
Ilay, Grand et Petit Maclu
Tourbière de Sennepey
Marais de la Noye Viney
Réseau de mares d'Emagny
Grand Roué
Gravière de Pagney
Etang Bailly
Vallée de la Brenne
Etang au Curé
Lac de Malpas
Prés Vieux, la Seigne
7
2
4
13
6
1
7
4
3
12
5
4
3
5
4
6
7
12
4
10
48
10
5
11
9
8
11
24
29
10
59
8
44
11
0,6
0,5
0,4
0,3
0,6
0,2
0,6
0,4
0,4
1,1
0,2
0,1
0,3
0,1
0,5
0,1
0,6
Total
93
313
0,3
Tableau 6 : Comparaison du nombre de relevés pédologiques et du nombre de relevés floristiques par site
Le tableau 6 montre le nombre de relevés pédologiques effectués sur les sites de Franche-Comté. Ce
tableau est associé au nombre de relevés floristiques sur ces mêmes sites, du fait du rapprochement entre
les protocoles pédologie et flore. En moyenne, un relevé pédologique est effectué pour trois relevés
floristiques. Ce rapport n’est pas systématique pour chaque site. En réalité le nombre de relevés
pédologiques dépend plus de la situation du site (surface, topographie).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 25
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.4.3 Résultats
a)
Types de résultats obtenus
Chaque relevé a été saisi sur la base de données RhoMéO, ce qui permet l’export d’un tableau brut issu des
3
données saisies, ainsi qu’une analyse automatisée permettant de caractériser les différents horizons
pédologiques et de les individualiser au sein des catégories suivantes : organique, tourbe assainie /
labourée, tourbe fibrique, tourbe mesique, tourbe saprique, tuf, organo-minéral, gley oxydé, gley réduit,
sableux alluvial, non hydromorphe.
Les informations récoltées via la fiche de terrain permettent également d’apporter des indications par relevé
pédologique sur le type de saturation, la profondeur, la présence d’hydromorphie, la cohérence, la
déstructuration, l’assèchement et la pression (voir aussi § sur l’interprétabilité).
b)
Caractère humide des sols au regard de la loi sur l’eau
L’ensemble des profils pédologiques réalisés est considéré, au vu de la loi sur les zones humides, comme
étant caractéristiques de zone humide (avec des marqueurs d’humidité dans les 50 premiers centimètres), à
l’exception de 3 relevés, situés dans la réserve naturelle du lac de Remoray et sur le lac d’Ilay, Grand et Petit
Maclu. Ces résultats semblent très aberrants sur ces sites tourbeux et peuvent correspondre à des erreurs
de détermination ou de saisie ou à des imperfections dans la méthode d’analyse automatique.
c)
Profils de sols obtenus selon la typologie des sites
Chaque relevé pédologique doit être considéré séparément comme étant une image de la qualité du sol, de
sa genèse, de son fonctionnement, et de « l’histoire » d’un site. De plus, la diversité des habitats ne permet
pas de comparer tous les sites entre eux. La description des sites sera donc réalisée en prenant en compte
la typologie SDAGE.
Type d'horizon
1
horizon O (organique)
2
horizon Ha/LH - tourbe "assainie" / labourée
3
horizon Hf- tourbe fibrique
4
horizon Hm - tourbe mesique
5
horizon Hs - tourbe saprique
6
horizon K - tuf
7
Organo-minéral
8
horizon G - gley réduit
9
horizon g - gley oxidé
10
horizon S - sableux alluvial
11
Autres horizons - Non hydromorphe
Figure 10 : Légende générale des tableaux 7 à 11
3
réalisée par le coordinateur en Rhône-Alpes, J. Porteret.
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p 26
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Bordures de cours d’eau et plaine alluviales :
Horizon
Site
Vallée de la
Brenne
Grand Roué
Numéro de relevé
pédologique
0914pedo001_001
0914pedo002_001
0914pedo003_001
0914pedo004_001
0914pedo005_001
0911pedo001_001
0911pedo002_001
0911pedo003_001
0911pedo004_001
0911pedo005_001
1
2
3
11
11
11
10
11
11
11
11
11
11
9
11
9
11
9
11
9
11
9
9
9
9
4 5 6 7
9
9
9
11 9
Tableau 7 : Résultats obtenus sur les habitats de type bordures de cours d’eau et plaine alluviale
Globalement, on remarque la similitude des horizons supérieurs principalement non hydromorphes. Et la
présence systématique d’un ou plusieurs horizons de type « gley oxydé ». Cela reflète la battance de la
nappe (période d’assèchement), d’où des traces couleur rouille sur les horizons inférieurs. L’horizon
supérieur du relevé n°4 de la Vallée de Brenne, indique que la nappe est encore plus profonde et influence
moins la surface du sol.
Régions d’étangs :
Horizon
Site
Gravière de
Pagney
Etang Bailly
Etang au
Curé
Numéro de relevé
pédologique
0912pedo002_001
0912pedo003_001
0912pedo004_001
0912pedo005_001
0913pedo001_001
0913pedo002_001
0913pedo003_001
00915edo001_001
0915pedo002_001
0915pedo003_001
0915pedo004_001
1
2
11
11
10
9
10
5
1
9
2
11
8
9
9
9
9
9
11
9
9
9
3
4 5 6 7
9
9
9
9
9
9
9
Tableau 8 : Résultats obtenus sur les habitats de type étangs
Dans la comparaison des trois sites, il est intéressant de noter la présence dans les horizons inférieurs d’un
gley oxydé, donc d’une battance de la nappe.
Si on s’intéresse de plus près aux horizons supérieurs, on remarque une diversité de ceux-ci. Cela est dû à
la particularité de chaque site :
-
la gravière de Pagney a pour particularité d’être un grand site composé en son centre d’un plan
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 27
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
-
d’eau (issu de l’extraction de gravier), le reste du site est largement dominé par de la pâture et de la
prairie, généralement inondée durant l’hiver ;
l’étang Bailly est à l’inverse un site dont la délimitation est quasi restreinte au milieu humide
« étang ». Ce dernier s’inscrit dans un contexte forestier sableux ;
l’étang au Curé est en réalité composé de deux mares (l’une de très petite taille, l’autre plus
importante), d’un étang de pêche et d’une prairie humide.
La diversité de ces sites offre plusieurs stratégies de prélèvement. Nous avons systématiquement privilégié
des relevés en périphérie, mais aussi un échantillonnage représentatif du site. L’analyse du premier horizon
du sol montre cette diversité :
- horizon supérieur non hydromorphe : extrémité de site non influencée en surface par la zone humide,
- horizon supérieur sableux alluvial : contexte géologique particulier du site,
- horizon supérieur organique ou tourbeux : prélèvement au sein même de la zone humide,
- horizon de gley réduit : prélèvement sur une couche imperméable.
Petits plans d'eau et bordures de plans d'eau :
Il est intéressant de souligner un biais concernant la typologie SDAGE. Les trois sites contiennent
effectivement des plans d’eau de grande importance (lac), mais la périphérie des sites est composée
majoritairement de complexe tourbeux de type bas marais, haut marais et lande. L’ensemble des relevés
pédologiques a été réalisé en partie dans ces habitats, comme l’atteste la présence importante d’horizon
tourbeux.
Horizon
Site
Numéro de relevé
pédologique
1
Réserve
naturelle du
Lac de Remoray
Ilay, Grand
et Petit Maclu
Lac de Malpas
2
3
4 5 6 7
0903pedo001_001 11 11 11
0903pedo002_001 11
0903pedo003_001 4 11
0903pedo004_001 4 4
0907pedo001_001 11 11
0907pedo002_001 4 8
0907pedo003_001 3 4
0907pedo004_001 4 11 11
0907pedo005_001 3 4 4 5
0907pedo006_001 4 4
0907pedo007_001 1 5
0916pedo001_001 4 4
0916pedo002_001 3 4 4
0916pedo004_001 1 2 2
0916pedo005_001
0916pedo006_001 1 2
0916pedo007_001 2 7 2
Tableau 9 : Résultats obtenus sur les habitats de type petits plans d’eau et bordures de plans d’eau
Dans l’ensemble, tous les relevés pédologiques montrent la présence importante d’horizons tourbeux.
Notons certaines particularité de la réserve naturelle de Remoray et le lac d’Ilay, Grand et Patit Maclu qui
ressemblent plus à des erreurs, puisque l’ensemble ces profils topographiques ont été réalisés en contexte
tourbeux.
Enfin, un relevé sur le Lac de Malpas ne présente pas d’horizon, car le matériel trop liquide n’a pas pu être
extrait avec les tarières.
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p 28
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Marais et landes humides de plaine et plateaux :
En ce qui concerne les sites inscrits dans la typologie SDAGE « marais et landes humides de plaine et de
plateaux », il s’avère plus difficile de réussir à faire ressortir une tendance générale, du fait du nombre
important de sites (7 sites et 54 relevés) et donc de leur variabilité. Comme il a été dit précédemment, la
démarche sur le terrain a été d’échantillonner des secteurs variés afin de rendre compte de la diversité des
sites ; de ce fait, il est possible de trouver certaines caractéristiques de sites en fonction des relevés
pédologiques :
- l’ensemble des relevés présentent soit un profil tourbeux, de gley oxydé ou de gley réduit. Ces
profils peuvent être en mélange sur le même horizon ;
- le site de la Noye Viney présente une particularité géologique de dépôt de sable, mais avec une
fluctuation de la nappe (présence de taches de rouille) ;
- le site du Drugeon indique un horizon inférieur soit non hydromorphe soit de gley oxydé. Cela
s’explique pour ce site par la particularité géologique de la vallée façonnée par les glaciers avec un
dépôt de moraine ;
- le site du Mou de Pleure indique une zone avec à la fois dépôt de sable et influence de la nappe et
zone tourbeuse. On peut en déduire la présence en profondeur d’une couche imperméable au
niveau de la zone tourbeuse.
Dans l’ensemble, plus de la moitié des sites ont un horizon de surface organique, et certains horizons
inférieurs sont également tourbeux (ce qui est également le cas pour les sites précédents du type SDAGE
« petits plans d'eau et bordures de plans d'eau »).
Horizon
Site
Marais de la
Noye Viney
Site N2000
Drugeon
Numéro de relevé
pédologique
0909pedo001_001
0904pedo004_001
0904pedo010_001
0901pedo001_002
0901pedo001_004
0901pedo005_001
0901pedo007_001
0905pedo001_002
0905pedo002_001
0902pedo002_001
0917pedo003_001
0917pedo004_001
0908pedo002_001
0908pedo003_001
0909pedo002_001
0909pedo003_001
0904pedo001_001
0904pedo002_001
0904pedo003_001
0904pedo005_001
0904pedo006_001
0904pedo007_001
0904pedo008_001
0904pedo009_001
0904pedo011_001
0904pedo012_001
1
2
3
4 5 6 7
10
11
11
7
4
4
7
11
11
10
4
11
7
11
10
1
4
4
1
1
1
4
1
1
9
3
9
9 9 10
9
3 11
3 11
9 8
9 8
9 9
9
4
9
10
7
11
4
11
11
11
4
11
11
9
4
9
4
8 9
9
11
5
4
9
9
11
11
11
9
11
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 29
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
0904pedo013_001
0901pedo001_001
0901pedo001_003
0901pedo001_005
0901pedo001_006
0901pedo001_007
0901pedo002_001
0901pedo003_001
L’Entrecôtes 0901pedo004_001
0901pedo006_001
0901pedo008_001
0905pedo001_001
0905pedo001_003
0905pedo001_004
0905pedo001_005
0905pedo001_006
Mou de
Pleure
0905pedo003_001
0905pedo004_001
0905pedo005_001
0905pedo006_001
Prés Vieux, la
0902pedo001_001
Seigne
0917pedo001_001
0917pedo002_001
0917pedo005_001
0917pedo006_001
Tourbière de 0917pedo007_001
Sennepey
0908pedo001_001
0908pedo004_001
Grande Pile
1
4
3
1
1
1
1
1
1
3
8
4
1
3
1
2
1
3
1
2
4
4
7
1
4
4
5
5
10
5
5
11
3
3
3
3
11
5
9
4
2
4
11
2
2
4
11
2
4
4
9
11
5
4
7
5
11
4
4
4
4
11
11
11
11
11
11
11
4
11
7
11
Tableau 10 : Résultats obtenus sur les habitats de type marais et landes humides de plaines et de plateaux
Zones humides ponctuelles :
Horizon
Site
Réseau de
mares
d'Emagny
Mare au
village
Numéro de relevé
pédologique
1
2
3
4 5 6 7
0910pedo001_001
0910pedo002_001
0910pedo003_001
0910pedo004_001
0910pedo005_001
0910pedo006_001
0910pedo007_001
0910pedo008_001
0910pedo009_001
0910pedo010_001
0910pedo011_001
0910pedo012_001
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
9
11
9
9
11
11
9
9
9
9
9
9
9
9
9 11
0906pedo001_001
3
9
8
9
9
8
8
8
Tableau 11 : Résultats obtenus sur les habitats de type zones humides ponctuelles
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 30
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Le réseau de mares d’Emagny est en réalité un ensemble de mares situé dans un contexte agricole. Ces
mares sont reliées entre elles par divers corridors écologiques, mais ne font pas partie d’une zone humide à
part entière. Cela n’enlève en rien le fait que les mares sélectionnées pour effectuer le suivi pédologique
(sondage réalisé en bordure des 11 mares sur les 54 que comporte le site) sont homogènes sur le plan
pédologique.
En ce qui concerne la mare au village, à l’exception de l’horizon de surface qui est tourbeux, l’horizon
inférieur présente la même caractéristique que les relevés du réseau de mares.
Point de vue général
Au-delà de la typologie proposée dans le cadre du SDAGE, il est intéressant d’observer que plus les sites
sont grands, plus il est difficile de faire ressortir une tendance globale au sein d’un site.
Si l’on désire comparer plusieurs sites, il serait intéressant de définir de manière plus précise la typologie
SDAGE.
Il est délicat d’essayer de faire ressortir une tendance par SDAGE. L’exemple des sites « zones humides
ponctuelles » et « bordures de cours d’eau et plaine alluviales » sont très similaire d’un point de vue
pédologique, mais très différents du point de vue du fonctionnement de l’écosystème.
1.4.4 Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a)
Robustesse et fiabilité scientifique
On ne dispose pas de jeux de données pédologiques antérieures à celui recueilli dans le cadre du protocole
RhoMéO, même sur les sites gérés, et il n’est donc pas possible de comparer les résultats obtenus avec des
données connues.
L’évaluation de la sensibilité du protocole à l’effet opérateur est également difficile, puisque il n’y a pas eu de
répétition du protocole sur un même site par plusieurs opérateurs (sauf sur la RN du lac de Remoray, un
seul salarié du CEN FC a réalisé l’ensemble des relevés pédologiques en Franche-Comté).
Un exercice de test du protocole sur un même site par plusieurs opérateurs a en revanche été réalisé en
Bourgogne (Ardouin et al, 2013). Il en ressort que les résultats sont globalement homogènes quel que soit
l’opérateur, ce qui est un indice positif de robustesse du protocole.
En revanche, malgré les précautions prises dans la conception du protocole pour conforter les analyses par
l’utilisation de critères redondants dans la fiche de terrain, il semble que la fiabilité de la caractérisation
automatique des horizons reste à améliorer. Elle semble en particulier très sensible à des erreurs de
renseignement de certains critères pas forcément faciles à appréhender. C’est notamment le cas sur certains
sites tourbeux où l’analyse fait ressortir l’ensemble des horizons comme non hydromorphes.
b)
Opérationnalité
Le protocole avait pour objectif d’être applicable par un grand nombre, de l’amateur à l’observateur confirmé.
Globalement, il est en effet facilement réalisable par des non-spécialistes. En effet, la fiche de terrain est
adaptée : chaque critère est explicité, le nombre de choix est limité.
Cependant, certaines situations peuvent poser des questionnements sur les éléments de réponse à noter
sur la fiche de terrain :
- présence de taches d’oxydation et de réduction dans le même horizon,
- possibilité de réaliser un boudin avec un sol tourbeux grâce au réseau racinaire important (alors que
la tourbe est pauvre en argile),
- évaluation de la densité d’éléments grossiers à la tarière non représentative,
- déstructuration des horizons du sol si le relevé est effectué à la tarière Edelman,
- impossibilité de réaliser un relevé dans une tourbière, sur une zone régulièrement engorgée en eau,
avec une tarière à gouge,
- restriction des choix de réponses pour le critère texture.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 31
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
c)
Interprétabilité
Indicateurs retenus :
La mise en place de ce protocole a permis de dégager deux types d’indicateurs :
- la cohérence stratigraphique de l’accumulation tourbeuse,
- la déstructuration des sols.
Cohérence stratigraphique de l’accumulation tourbeuse
La cohérence stratigraphique de l’accumulation de tourbe permet d’évaluer la dynamique du milieu (stabilité
ou non). Cet indicateur de processus s’applique uniquement aux milieux tourbeux.
Le principe est une analyse des caractéristiques de la succession des horizons tourbeux à partir du
descripteur "Indice de Von Post". Ce dernier permet de décrire le degré de décomposition de la matière
organique d’un sol, par extraction du jus issu de l’horizon du sol. Plus le jus est noir, plus la tourbe est dite
saprique, c'est-à-dire que la décomposition de la matière organique du sol est importante.
Ainsi, deux alternatives sont possibles :
- soit les horizons de surface surmontent des horizons plus décomposés (donc il y a stabilité des
conditions de production et d'accumulation de la matière organique) ;
- soit les horizons de surface présentent des faciès plus décomposés que les horizons sous-jacents,
ce qui traduit des modifications historiques des conditions d'accumulation de la matière organique
(hypothèse de modification du fonctionnement hydrologique).
Le calcul de cet indicateur est automatisé via les informations saisies sur notre base de données. Les
résultats des différents points de relevés sont moyennés par site.
Déstructuration des sols
La déstructuration des sols permet d’évaluer la pression agricole des sols par mise en culture. Il s’agit d’un
indicateur de pression. Le type d’analyse est automatisé et réalisé par les caractéristiques des horizons
traduisant une déstructuration du sol par labour ou apport de matériaux.
Ainsi, deux cas de déstructuration sont possibles :
- soit les horizons de surface présentent des faciès spécifiques de déstructuration (compacité,
texture, structure) ;
- soit les horizons de surface présentent des faciès d'apport exogène de matériaux.
Par la suite les résultats des différents points de relevés sont moyennés par site.
Calcul des indicateurs sur le jeu de données franc-comtois :
Cohérence stratigraphique de l’accumulation tourbeuse
Site
Horizon
Numéro de relevé
pédologique
0904pedo001_001
0904pedo002_001
0904pedo003_001
Grande Pile
0904pedo005_001
0904pedo006_001
0904pedo007_001
1
4
4
1
1
1
4
2
11
4
11
11
11
4
3
5
4
9
9
11
4
Cohérence
Sur les 17 sites d’études, 10 sont des sites tourbeux, pour lesquels l’indice de cohérence stratigraphique de
l’accumulation tourbeuse peut s’appliquer. Cela correspond à 68 relevés pédologiques, 13 sont cohérents et
55 ne le sont pas.
non
non
non
non
non
non
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 32
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Ilay, Grand
et Petit
Maclu
L’Entrecôtes
Lac de Malpas
Marais de la
Noye Viney
Mou de
Pleure
Prés Vieux,
la Seigne
Réserve
naturelle du
Lac de Remoray
Site N2000
Drugeon
0904pedo008_001
0904pedo009_001
0904pedo011_001
0904pedo012_001
0904pedo013_001
0901pedo001_001
0901pedo001_003
0901pedo001_005
0907pedo001_001
0907pedo002_001
0907pedo003_001
0907pedo004_001
0907pedo005_001
0907pedo006_001
0907pedo007_001
0901pedo001_006
0901pedo001_007
0901pedo002_001
0901pedo003_001
0901pedo004_001
0901pedo006_001
0901pedo008_001
0905pedo001_001
0905pedo001_003
0905pedo001_004
0905pedo001_005
0916pedo005_001
0916pedo001_001
0916pedo002_001
0916pedo004_001
0916pedo006_001
0916pedo007_001
0909pedo001_001
0904pedo004_001
0904pedo010_001
0905pedo001_006
0905pedo003_001
0905pedo004_001
0905pedo005_001
0905pedo006_001
0902pedo001_001
0917pedo001_001
0917pedo002_001
0917pedo005_001
0903pedo002_001
0903pedo001_001
0903pedo003_001
0903pedo004_001
0901pedo001_002
0901pedo001_004
0901pedo005_001
0901pedo007_001
0905pedo001_002
0905pedo002_001
0902pedo002_001
1
1
9
3
1
4
3
1
11
4
3
4
3
4
1
1
1
1
1
1
3
8
4
1
3
1
11
11
9
4
10
5
5
11
11
8
4
11
4
4
5
3
3
3
3
11
5
9
4
2
4
11
4
3
1
1
2
10
11
11
2
1
3
1
2
4
4
7
1
11
11
4
4
7
4
4
7
11
11
10
4
4
2
2
7
9
9
9
2
2
4
11
2
4
4
9
11
11
11
9
11
11
11
4
5
4
4
4
4
11
11
11
4
2
2
9
11
11
11
11
4
11
11
11
4
3
11
3
9
9
9
11
8
8
9
11
10
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
non
oui
non
non
non
non
non
oui
oui
oui
non
non
non
non
non
non
non
non
non
oui
non
non
non
oui
oui
oui
oui
oui
oui
oui
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 33
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Tourbière
de Sennepey
0917pedo003_001
0917pedo004_001
0908pedo002_001
0908pedo003_001
0909pedo002_001
0909pedo003_001
0917pedo006_001
0917pedo007_001
0908pedo001_001
0908pedo004_001
4
11
7
11
10
1
4
4
5
5
9
4
9
10
7
5
4
7
5
9
4
8
9
11
7
11
9
oui
oui
oui
oui
non
non
non
non
non
non
Tableau 12 : Cohérence stratigraphique des profils de sols
Déstructuration des sols
Sur 105 relevés pédologiques, 103 ne sont pas considérés déstructurés, et seulement deux le sont. Il s’agit
du relevé 1pedo014 de la Grande Pile et le relevé 8pedo003 de Saint-Barthélemy.
Limites des indicateurs obtenus :
Cohérence stratigraphique de l’accumulation tourbeuse
Ce premier indicateur doit renseigner pour des sols tourbeux sur l’existence ou non de diverses
perturbations entrainant une minéralisation des horizons de surface, comme un tassement par une activité
pastorale ou un assèchement suite à un drainage ou à une exploitation ancienne de la tourbe.
Sur la majorité des sites tourbeux testés, les résultats montrent une absence de cohérence stratigraphique
de l’accumulation de tourbe. Ce résultat n’est pas inattendu, parce que la grande majorité des tourbières
franc-comtoises a effectivement été affectée par l’exploitation ancienne de la tourbe ou le pastoralisme et
n’est pas en très bon état de conservation.
Cependant, si l’on regarde dans le détail les résultats obtenus, on se rend compte que les résultats peuvent
être surprenants. L’indice obtenu par l’analyse automatisée est notamment dépendant de la manière
d’appréhender l’indice de Von Post. Ce dernier ne peut être systématiquement renseigné (sol non saturé en
eau, volume de matériel peu important, sol non tourbeux…). Malgré tout, la routine mise en place pour
effectuer l’analyse de cet indicateur semble prendre l’absence d’information en compte et donner des parfois
des résultats possiblement erronés.
Si l’on prend l’exemple du relevé n°3 du site de Saint Barthélemy, où le critère Von Post n’a pas été
renseigné, l’indice de cohérence stratigraphique de l’accumulation de tourbe indique par défaut un sol
cohérent.
Déstructuration des sols
Compte tenu du choix des sites pour les tests RhoMéO, le fait d’obtenir un indice négatif pour la
déstructuration des sols parait cohérent. En effet, les sites sont dans l’ensemble très peu impactés par
l’agriculture.
Il s’avère cependant que les résultats des deux relevés pédologiques déstructurés semblent aberrants. Si
l’on prend l’exemple du site de Saint Barthélemy, le relevé n° 2 a un horizon 1 avec une structure massive, et
l’horizon 2, une structure fibrique. La superposition de ces structures est interprétée comme une
déstructuration du profil, mais le secteur concerné n’a jamais connu de perturbation du sol par action
mécanique ou par un apport de matériaux.
Au contraire, le relevé n°3 effectué en contexte cultivé sur le site de la Vallée de la Brenne ne ressort pas
comme étant déstructuré. Pourtant les informations recueillies montrent un tassement du sol (compacité
moyenne et profondeur du relevé de 30 centimètres).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 34
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.5
Flore et végétation
1.5.1
Protocoles de suivi
En Franche-Comté, les investigations portant sur la flore et les habitats des zones humides désignées ont
fait l’objet de la mise en place de trois protocoles :
- premier protocole, nommé « protocole des transects phytosociologiques » (désigné dans la suite du
rapport par « protocole Rhône-Alpes »), mis au point par Gilles PACHE (Conservatoire Botanique
4
National alpin) et Jérôme PORTERET (Conservatoire du Patrimoine Naturel de la Savoie) ;
- deuxième protocole, nommé « protocole de cartographie des habitats des zones humides »,
s’établissant selon une méthodologie développée par le Conservatoire botanique national de
Franche-Comté - Observatoire Régional des Invertébrés ;
- troisième protocole, nommé « protocole des transects phytocénotiques », mis au point par le
CBNFC-ORI et adapté au cas particulier du projet RhoMéO.
Le protocole dit « protocole Rhône-Alpes » a été testé sur l’ensemble des sites, par le Conservatoire des
espaces naturels de Franche-Comté et la Réserve Naturelle de Remoray (RN Remoray) sur les sites gérés
et par le CBNFC-ORI sur les sites non gérés. Les deux autres protocoles ont été principalement testés par le
CBNFC-ORI (sur sept sites), et le CEN FC (deux sites).
Remarque : Respect des protocoles
Lors de la prise en main du programme, les paramètres « temps à passer sur le terrain » et « protocoles »
étaient déjà établis. Ce programme visant à comparer des protocoles d’études afin de les mettre en pratique
ensuite pour le suivi des zones humides, il nous a semblé judicieux d’en rester à ce qui était proposé, c’està-dire à respecter les durées de chaque mission sur le terrain. Par exemple, une journée est prévue sur un
site pour mettre en place le protocole des transects phytocénotiques. Lors de la mission sur le terrain, au
bout de cette journée, seule la moitié du site prospecté par ce protocole est réalisée : on en reste là, mais on
prend en compte ce laps de temps correspondant à la part de l’étude réalisée. Dans le cas contraire, le
temps imparti est largement suffisant pour mettre en place le même protocole sur un autre site ; on note la
durée réellement utilisée pour cette action.
a)
Protocole par transects défini en Rhône-Alpes et testé en Franche-Comté
Dans un premier temps a été testé le protocole proposé par la région Rhône-Alpes (PACHE, 2010). Même si
la région franc-comtoise a proposé de tester d’autres protocoles, le fait de pouvoir comparer les résultats
acquis sur les zones humides de Franche-Comté avec celles de l’ensemble du bassin versant RhôneMéditerranée semble pour le moins judicieux.
Le dispositif consiste à la mise en place de plusieurs transects répartis régulièrement de façon
perpendiculaire à la ligne de plus grande longueur de la zone humide. Le nombre de transects ainsi
prospectés permet d’avoir une vue de l’ensemble des communautés végétales présentes dans la zone
humide. Le long de ces transects (figure 11), la méthode utilisée pour noter les différentes espèces est celle
préconisée par les phytosociologues sigmatistes, sur une surface homogène tant au niveau de la
physionomie de la végétation que du relief. Elle a été retenue car elle permet d’obtenir simultanément des
données en termes de flore et d’habitat. Le nombre de transects est généralement de 1 à 3 par site,
traversant le maximum d’habitats repérables à l’aide d’une photographie aérienne ou d’une carte de la
végétation ; le nombre de placettes est fonction de la taille de la zone humide. On peut ainsi considérer une
densité allant de 0,07 point à l’hectare (pour des zones humides dont la surface excède 200 hectares) à 3
points par hectare (pour les petites zones humides, de l’ordre d’un hectare).
Le cheminement le long de chacun de ces transects permet de noter, en différents points équidistants les
uns des autres, les données relatives au protocole, figurant sur le bordereau d’observation commun à la
flore et à la pédologie (cf. bordereau RhoMéO, en annexe 7) et en particulier les espèces végétales.
Chaque point correspond en réalité à une placette, positionnée selon ses coordonnées géographiques
relevées à l’aide d’un GPS ou d’un pointage sur carte ; les méthodes de repérage par marquage physique
4
Conservatoire Botanique National alpin : dénommé ensuite dans le rapport par CBNA.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 35
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
ou magnétique ont été abandonnées en Franche-Comté. Par contre, deux autres méthodes ont été retenues
pour positionner les placettes :
- soit chaque placette a fait l’objet d’un pointage initial, puis le transect a été suivi en suivant un
azimut ; la position des placettes a alors été mesurée à l’aide d’un topofil ;
- soit le positionnement des transects comme celui des placettes à renseigner ont été inclus dans un
GPS nomade (marque Trimble) ; la progression et le repérage sur le terrain se lisent donc
automatiquement sur l’écran.
Chaque placette représente un quadrat de surface différente selon la physionomie et la structure de la
végétation présente. Quatre tailles de quadrat sont utilisées (détails dans le tableau 13) :
2
- un carré de deux mètres de côté (S = 4 m ) pour les communautés végétales herbacées aquatiques
et terrestres rases ;
2
- un carré de quatre mètres de côté (S = 16 m ) pour les communautés végétales herbacées de taille
moyenne et haute ;
2
- un carré de sept mètres de côté (S = 49 m ) pour les végétations de landes ou de fourrés ;
2
- un carré de quinze mètres de côté (S = 225 m ) pour les boisements.
Figure 11 : Organisation des relevés le long d’un transect dans le cadre des transects phytosociologiques
Les données relatives au protocole sont classées en différentes catégories :
- données générales (identifiant du site, numéro du relevé, surface du relevé, date de l’observation,
observateur, remarques diverses) ;
- données géographiques (altitude, coordonnées X et Y) ;
- données topographiques (type de relief et exposition quand il s’agit de versant) ;
- structure de la végétation avec, pour chaque strate, l’indication du recouvrement de la couverture
végétale en pourcentage et la hauteur moyenne en mètres ;
5
- la physionomie de la végétation en 17 catégories (tableau 13) ;
- une description rapide du milieu ;
- enfin la liste des espèces présentes sur la placette auxquelles on attribue, pour chacune d’entre
elles, la mention de son appartenance à une strate ainsi qu’un coefficient d’abondance-dominance.
Les remarques accompagnant chaque catégorie sont consultables dans le document rédigé par J. PORTERET et G. PACHE le 9 avril
010 « Note de cadrage – Protocoles – 2010 ».
5
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 36
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Abréviation
utilise
Type de structure
Végétation
herbacée
aquatique et terrestre
rase
Végétation
herbacée
moyenne et haute
Végétation de landes ou
de fourrés
Boisements
Physionomie détaillée
Taille de la
placette en
m2 et
dimensions
AL
Végétation herbacée pionnière des alluvions
4
(2 x 2)
AQ
Végétation aquatique
4
(2 x 2)
EC
Végétation amphibie de bordure des eaux courantes
4
(2 x 2)
EX
Végétation pionnière des grèves exondées, à annuelles ou vivaces
4
(2 x 2)
FO
Végétation fontinale
4
(2 x 2)
RB
Communautés de petits hélophytes non graminoïdes
4
(2 x 2)
BM
Bas-marais et marais de transition
16
(4 x 4)
HM
Formations à sphaignes et Cypéracées de petite taille
16
(4 x 4)
GH
Communautés des grands hélophytes (Phragmites, Phalaris, Typha…)
16
(4 x 4)
MC
Communautés dominées par des Cypéracées de grande taille
16
(4 x 4)
PH
Prairies humides à dominante de graminées
16
(4 x 4)
MG
Formations denses et hautes dominées par des Dicotylédones à feuilles
larges (mégaphorbiaies) ou co-dominées par des graminées
16
(4 x 4)
CN
Combes à neige de l’étage alpin (rarement à des altitudes inférieures)
16
(4 x 4)
LA
Landes à Ericacées de colonisation des tourbières
49
(7 x 7)
FU
Formations arbustives des sols engorgés ou de bordure des eaux courantes
49
(7 x 7)
BFH, BCH
Tous les types de boisements humides
225
(15 x 15)
Tableau 13 : Taille des placettes préconisée en fonction de la physionomie des habitats
Remarque :
En fait, le protocole « Rhône-Alpes » a été testé dans la région franc-comtoise selon les dispositions décrites
par le CBNA et le CPNS pour un certain nombre de sites. Mais dans le cas de sites non connus au préalable
par les observateurs, il a été légèrement modifié. Sur ces sites, principalement testés par le CBNFC-ORI, les
transects ont été systématiquement positionnés de façon équidistante, sans tenir compte de la composition
en habitats du site (figure 12). Le nombre de transects y est toujours supérieur à trois (sauf pour la vallée du
Drugeon), ce nombre dépendant essentiellement du nombre de points à prospecter. Ensuite, le long de ces
transects, les placettes ont été positionnées comme prévu dans le protocole « Rhône-Alpes » :
relevés floristiques toujours du même côté du transect ;
un seul passage annuel ;
nombre de points corrélé à la taille du site
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 37
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 12 : Localisation des transects du protocole avec placettes phytosociologiques (exemple : vallée de la Brenne).
b) Autres protocoles testés en Franche-Comté
Les deux autres protocoles testés en Franche-Comté sont :
- la cartographie des habitats des zones humides ;
- les transects phytocénotiques.
La proposition de ces deux protocoles avait pour but, non seulement de collecter des données floristiques
selon une autre méthode, mais surtout de suivre l’évolution des milieux dans le temps : richesse spécifique,
état de conservation, surface et fragmentation de chaque habitat.
Protocole de cartographie des habitats des zones humides
Le protocole de cartographie des habitats a été réalisé selon deux méthodes différentes :
- soit la réalisation d’une cartographie nouvelle ;
- soit la mise à niveau d’une cartographie déjà réalisée préalablement (étude datant de deux à quatre
ans).
Pour l’un comme pour l’autre cas, le protocole mis en place reprend les principes de la cartographie des
habitats, énoncés et décrits dans le guide « Inventaire et cartographie des habitats naturels et semi-naturels
6
en Franche-Comté - Définition d’un cahier des charges » (GUYONNEAU, 2008) . Ces principes posent, entre
autres, un cadre méthodologique concernant les niveaux d’échelle d’étude des habitats naturels et les
référentiels utilisés en termes de typologie.
Dans le cadre de la réalisation de nouvelles cartes, le site de la vallée de la Brenne bénéficiait déjà de
quelques données en termes d’habitats. En effet, une typologie réalisée dans le cadre d’une étude globale
sur la Bresse du Nord en 2006 (GUINCHARD, 2006) renseigne aussi bien les habitats des milieux ouverts que
Ce document est consultable et téléchargeable sur le site du Conservatoire botanique national de Franche-Comté – Observatoire
régional des Invertébrés (www.cbnfc.org).
6
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 38
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
des milieux forestiers. Les clés de détermination figurant dans ce rapport d’étude ont grandement facilité la
démarche de reconnaissance des habitats de ce site.
Pour ce qui est de la gravière de Pagney, des lacs d’Ilay, du Petit et du Grand Maclu ainsi que du lac de
Malpas, les cartographies avaient été réalisées auparavant et bénéficiaient donc déjà de bonnes références
en matière d’habitats.
Les compléments sur les habitats non mentionnés dans les documents mis à disposition ont été réalisés sur
la base du « synopsis des groupements végétaux de Franche-Comté », édité en 2011.
* Réalisation de nouvelles cartes
Quatre nouvelles cartes ont été réalisées dans le cadre du projet RhoMéO. C’est le cas, par exemple, de la
vallée de la Brenne, portant sur environ 300 hectares (figure 13).
La méthodologie appliquée dans ce cadre a été largement développée dans le cahier des charges établi en
2008 par le CBNFC-ORI. Elle nécessite des investigations de terrain sur l’ensemble du site pour caractériser,
délimiter et évaluer la typicité floristique de chaque habitat contacté. Ces prospections ont lieu au moment
optimal du développement de la végétation.
La prospection est établie par rapport à un pré-échantillonnage réalisé à l’aide de documents
cartographiques (cartes topographiques, géologiques...) et d’orthophotographies. Chaque polygone, dessiné
sur la carte et numéroté avec le plus de précision possible, représente un habitat, voire une mosaïque de
deux ou trois habitats dans le cas où certains d’entre eux ont une surface trop réduite pour être reporté
individuellement sur la carte. Pour chaque polygone, outre un numéro, les paramètres suivants sont
collectés :
- le nom de l’habitat (ou des habitats en mosaïque) qui compose le polygone ;
- les pratiques de gestion sur le polygone ;
- les atteintes subies par l’habitat ;
- une évaluation de sa typicité floristique à l’aide de trois niveaux : bon, moyen et mauvais ;
- le code Corine biotopes pour chaque habitat et le code Natura 2000 en sus pour les habitats
d’intérêt communautaire.
Figure 13 : Cartographie des habitats (exemple : vallée de la Brenne)
Lors de la réalisation de la carte, nécessitant un passage pendant la saison de végétation, chaque habitat
fait l’objet d’un relevé phytosociologique, réalisé selon la méthode sigmatiste au rang de l’association ou
d’une unité de même rang (groupement). La taille de la surface minimale prise en compte pour la réalisation
d’un relevé dans des conditions homogènes est la même que celle préconisée dans le protocole « RhôneAlpes » (tableau 13). Les relevés sont ensuite rangés dans des tableaux phytosociologiques, joints à ce
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 39
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
rapport.
L’ensemble des données recueillies sur le terrain est ensuite numérisé, géoréférencé et structuré. Le cahier
des charges précédemment cité indique quelles sont les tables attributaires servant de base à cette
numérisation. Toutes les informations concernant les habitats sont incluses dans une seule table de données,
avec un objet par ligne.
* Mise à niveau d’anciennes cartes
Trois sites bénéficiaient d’une carte plus ou moins ancienne. Le protocole mis en œuvre ici a été de réajuster
cette carte, voire de la corriger le cas échéant, dans l’objectif d’évaluer des évolutions surfaciques de
chaque habitat. Si des corrections sont nécessaires, à tout point de vue, les paramètres pris en compte dans
l’établissement de nouvelles cartes (cf. paragraphe précédent) sont également à collecter.
Le site de la gravière de Pagney a fait l’objet d’une telle méthodologie, par exemple. La carte ancienne en
main, l’observateur parcourt le site et reconnaît les différents polygones d’habitats :
- dans le cas où il n’y a pas de modification avec le (ou les) polygone(s) porté(s) sur la carte depuis sa
réalisation, l’observateur laisse les choses en l’état ;
- dans le cas où un habitat a disparu, un nouvel habitat est apparu ou encore l’habitat noté
préalablement a subi une extension ou une régression, l’observateur adaptera les limites de ce (ou
ces) polygone(s) avec ceux qui sont portés sur la carte : suppression du (ou des) polygone(s)
concerné(s) lorsque l’habitat a disparu, création d’un ou plusieurs nouveaux polygones dans le cas
de l’apparition d’un nouvel habitat, correction des polygones de l’habitat qui a régressé ou augmenté
en surface ;
- si l’habitat reconnu sur le terrain lors de ces investigations n’est pas le même que sur la carte, la
correction s’effectuera sur place (que ce soit pour son contour ou l’information qu’il contient) et un
relevé phytosociologique permettra de lever les doutes quant à sa véracité.
Dans le cas de la mention de nouveaux habitats, quelques précautions d’usage sont à prendre en compte.
Les cartographies ont souvent, comme support, un fond orthophotographique. Il est probable que, pour ces
cartographies anciennes, les fonds photographiques utilisés à l’époque pour leur ébauche ne soient pas les
mêmes que ceux disponibles aujourd’hui. Il est donc important de tenir compte de ces modifications du
support lors de la révision de la cartographie. Pour autant, lors de cet exercice, on ne fait pas une nouvelle
cartographie, mais bien une révision de l’existant.
Les cartes anciennes (avant 2011) n’ont pas bénéficié de l’utilisation du « Synopsis des groupements
végétaux de Franche-Comté » (Ferrez et al, 2011). Les « erreurs » de certaines dénominations d’habitats ne
seront peut-être dues qu’à des effets de synonymie ou de modification de nomenclature.
Protocole des transects phytocénotiques
Les principes de base de ce protocole ont été décrits en 2008 par M. VUILLEMENOT, T. FERNEZ T. et G. BAILLY
7
(CBNFC-ORI) puis reconfigurés pour le projet RhoMéO. L’objectif de ce protocole est d’appréhender les
changements au sein de la végétation des zones humides (diversité des habitats naturels ou semi-naturels)
et de mettre en évidence les variations de leur organisation au niveau paysager (évolution spatiale en
termes de surface et de continuité). La méthode proposée est basée sur un échantillonnage systématique
du site par transects. Ces derniers sont parcourus intégralement et la distance de chaque syntaxon, identifié
au niveau de l’association ou de l’alliance, est renseignée. Ce type d’échantillonnage permet des
extrapolations surfaciques aussi bien au niveau de chacun des habitats identifiés le long du transect que de
la zone humide, voire de l’ensemble du bassin versant.
La démarche repose tout d’abord sur le positionnement des transects (figure 14). Ne connaissant pas les
sites sur lesquels ce protocole a été testé, les transects ont été disposés de la même manière que pour le
7 VUILLEMENOT M., FERNEZ T.
& BAILLY G., 2008. Amélioration de la connaissance et évaluation des habitats ; guide méthodologique.
Conservatoire botanique national de Franche-Comté / Union européenne, DIREN de Franche-Comté, Conseil général du Jura et
Conseil général de Haute-Saône, version 1.0 (décembre 2008). 17 p. + annexes.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 40
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
protocole « Rhône-Alpes ». Ils sont ainsi placés à égale distance les uns des autres, perpendiculairement à
la ligne médiane qui correspond à la plus grande longueur du site. Selon la taille du site, le nombre de
transects a varié de 1 à 17.
Le cheminement sur le terrain est réalisé ensuite le long de chaque transect, préalablement installé sur un
GPS de type nomade. À chaque changement de végétation, le segment correspondant est signalé par un
pointage par GPS :
- au début du changement de végétation ;
- à la fin de cette végétation.
Les habitats dont la longueur de segment est inférieure à un mètre ne sont pas pointés par GPS. Les mesures peuvent se faire également à l’aide d’un topofil.
Figure 14 : Positionnement des transects dans le cadre du
protocole des transects phytocénotiques (exemple : Lac de
Malpas)
Figure 15 : Schématisation de l’échantillonnage pratiqué lors de
l’inventaire par transects phytocénotiques (exemple : Lac de
Malpas)
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 41
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
La donnée correspondante est donc une longueur de segment, correspondant à un syntaxon, identifié au
niveau de l’alliance ou de l’association (cf. figure 15). À ce propos, un relevé phytosociologique (selon la
méthode sigmatiste) est réalisé pour chaque habitat différent. Ce relevé permet soit des comparaisons avec
d’autres relevés afin d’affiner la désignation de l’habitat, soit la réalisation de calculs automatiques sur les
paramètres écologiques de type Landolt (humidité, trophie...). Le choix de la période d’intervention (une fois
par an) est important afin de se donner les moyens de collecter un maximum d’informations. La
documentation utilisée pour reconnaître et désigner les syntaxons est la même que pour le protocole de
cartographie (cf. paragraphe précédent).
Chaque segment est ainsi qualifié par (figure 16) :
- l’appartenance phytosociologique du syntaxon contacté ;
- une longueur propre ;
- la pratique de gestion qui lui est appliquée ;
- les atteintes qu’il subit (éventuellement) ;
- sa typicité floristique (comme les descripteurs utilisés pour les cartographies d’habitats) ;
- le code Corine biotopes pour chaque habitat et le code Natura 2000 en sus pour les habitats
d’intérêt communautaire.
Figure 16 : Observations réalisées sur chacun des segments relevés sur le transect phytocénotique de la figure 15
Remarque :
Lors des investigations de terrain concernant les protocoles phytocénotique et cartographique, les habitats
ont été désignés au rang phytosociologique d’association, plus rarement d’alliance. Mais les réflexions qui
ont suivi ces premières étapes de test nous ont amené à préconiser plutôt l’utilisation du rang d’alliance pour
la désignation des habitats, la précision du niveau « association » n’apportant pas, dans la majorité des cas,
d’informations supplémentaires quant à l’objectif fixé.
Préalablement à la phase d’analyse, l’ensemble des données peut être intégré soit dans un tableur de type
Excel, soit dans une base de données syntaxonomique (Syntaxa par exemple, base de données
syntaxonomiques du CBNFC-ORI). Dans le premier cas, les analyses permettront de réaliser des calculs
automatiques d’indicateurs. Dans le deuxième cas, les données permettent de faire des comparaisons avec
l’ensemble des relevés de la base et de dégager des relevés de référence, mais aussi de réaliser des
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 42
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
calculs sur les paramètres de Landolt, par exemple. Ces données peuvent faire l’objet d’une comparaison
lors d’une prochaine occurrence du suivi, notamment pour mesurer l’évolution de la richesse
syntaxonomique et de la diversité des habitats, mais aussi de calculer la fragmentation de tel ou tel habitat, à
l’échelle d’une zone humide ou à l’échelle, plus large, du bassin versant, par exemple.
1.5.2
Echantillonnage
Le projet RhoMéO en Franche-Comté s’est intéressé à dix-sept sites répartis sur 4 secteurs régionaux. Les
trois types de protocoles proposés n’ont par contre pas été testés partout. Le tableau 14 fait état de
l’échantillonnage réalisé.
Numéro
du site
Nom du site
Protocole des
transects
phytosociologiques
1
Grande Pile
X
2
Mou de Pleure
X
3
Lac de Remoray
X
4
Vallée du Drugeon
X
5
L’Entrecôtes
X
6
Mare aux Demoiselles
X
7
Ilay, Grand et Petit Maclu
X
8
Tourbière du Sennepey
X
9
Marais de la Noye Viney
X
10
Réseau des mares d’Emagny
X
Protocole
cartographie des
habitats Nouvelle carte
Protocole
cartographie des
habitats Mise à niveau d’une
ancienne carte
Protocole des
transects
phytocénotiques
X
X
X
11
Grand Roué
X
12
Gravière de Pagney
X
X
X
13
Etang Bailly
X
X
X
14
Vallée de la Brenne
X
X
X
15
Etang au Curé
X
16
Lac de Malpas
X
17
Prés Vieux et la Seigne
X
X
X
X
X
X
Tableau 14 : Types de protocoles testés par sites
Le protocole des transects phytosociologiques (dit « protocole Rhône-Alpes ») a été testé sur l’ensemble
des sites franc-comtois. 71 transects au total (tableau 15) ont été disposés dans l’ensemble des sites, selon
deux types de configuration :
- le site était connu préalablement au projet RhoMéO par les observateurs : les transects ont été
disposés en fonction du plus grand nombre d’habitats présents ; les placettes ont ensuite été
8
disposées le long de chaque transect, en fonction des habitats contactés
- le site était inconnu des opérateurs avant le projet RhoMéO : les transects ont été disposés à
équidistance les uns des autres, perpendiculairement à une ligne médiane représentant la plus
grande longueur du site ; les placettes ont été disposées à équidistance les unes des autres, en
nombre variable pour chaque transect.
Le tableau 15 synthétise les éléments du protocole « Rhône-Alpes » mis en place pour la région franccomtoise.
Dans un ou deux cas de sites déjà connus, la première interprétation du protocole a été un peu confuse, ce qui fait que les
placettes n’ont pas été positionnées de façon systématique et équidistante le long du transect (dont l’emplacement a été choisi au
préalable), mais positionnées en fonction de chaque habitat détecté.
8
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 43
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Numéro
du site
Nom du site
Surface
(ha)
Nombre de
transects
Nombre de
placettes
1
Grande Pile
35,74
2
12
2
Mou de Pleure
8,67
1
4
3
Lac de Remoray
300,11
3
10
4
Vallée du Drugeon
4230,02
2
48
5
L’Entrecôtes
15,23
2
10
6
Mare aux Demoiselles
0,43
1
5
7
Ilay, Grand et Petit Maclu
46,42
2
11
8
Tourbière du Sennepey
6,75
2
9
9
Marais de la Noye Viney
12,6
2
8
10
Réseau des mares d’Emagny
/
1
11
11
Grand Roué
145,49
6
24
12
Gravière de Pagney
29,44
7
29
13
Etang Bailly
5,68
5
10
14
Vallée de la Brenne
305,43
17
59
15
Etang au Curé
3,83
4
8
16
Lac de Malpas
44,77
11
44
17
Prés Vieux et la Seigne
48,35
3
11
Tableau 15: Surface des sites, nombre de transects et nombre de placettes du protocole « Rhône-Alpes » (en italique,
sites non connus au préalable par les observateurs)
Le protocole de cartographie des habitats n’a été testé que sur sept sites :
- pour la réalisation de nouvelles cartes : Marais de la Noye Viney, Étang Bailly, Grand Roué, vallée
de la Brenne ;
- pour la révision de cartes déjà existantes : gravière de Pagney, lac de Malpas, lacs d’Ilay, du Grand
et du Petit Maclu.
Le protocole des transects phytocénotiques a été réalisé sur sept sites : Marais de la Noye Viney, Étang
Bailly, Grand Roué, vallée de la Brenne, gravière de Pagney, lac de Malpas et Prés Vieux et la Seigne.
Le protocole a repris, dans six des sites, les transects mis en place pour tester le protocole « Rhône-Alpes ».
Seulement, au lieu de relever les plantes dans des placettes, chaque transect a été parcouru en notant, à
chaque changement d’habitat (syntaxon), la longueur du segment correspondant et le nom de l’habitat. Sur
le site des Prés Vieux et la Seigne, le positionnement des transects phytocénotiques a été établi en fonction
du plus grand nombre d’habitats différents et connus au préalable
Ce protocole a été testé dans des conditions particulières notamment en fonction du paramètre « temps ».
En effet, l’interprétation du cahier des charges laissait à penser qu’un seul jour était dévolu à ce test. Aussi,
les investigations sur les sites retenus n’ont duré qu’une seule journée.
L’ensemble des zones humides est classé selon une typologie établie par les SDAGE. Dans le cadre du
projet RhoMéO, le groupe « flore-habitats », représenté par Jérôme Porteret, a initié également une
typologie propre aux zones humides du bassin versant Rhône-Méditerranée en février 2013. Les
correspondances entre ces typologies et les types de zones humides prospectées en Franche-Comté sont
les suivantes (tableau 16) :
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 44
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Numéro
du site
Nom du site
Typologie SDAGE
Typologie
« J. Portert »
1
Grande Pile
10
10.1 et 10.2
Boisements tourbeux, hauts-marais
2
Mou de Pleure
10
10.1 et 10.2
Forêts humides, boisements tourbeux
3
Lac de Remoray
9
9.2
Bas-marais, hauts-marais, prairies humides
4
Vallée du Drugeon
10
10.1 et 10.2
Bas-marais, prairies humides, hauts-marais…
5
L’Entrecôtes
10
10.1 et 10.2
Boisements tourbeux, bas-marais, hauts-marais…
6
Mare aux Demoiselles
11
11.2
Végétation aquatique, végétation rivulaire
7
Ilay, Grand et Petit Maclu
9
9.2
Bas-marais, prairies humides, hauts-marais…
8
Tourbière du Sennepey
10
10.1 et 10.2
Bas-marais, forêts humides, hauts-marais…
9
Marais de la Noye Viney
10
10.1 et 10.2
Forêts humides, mégaphorbiaies
10
Réseau des mares d’Emagny
11
11.2
Réseau de mares
11
Grand Roué
6
6
Prairies humides
12
Gravière de Pagney
6
6
Végétation rivulaire, prairies humides…
13
Etang Bailly
8
8
Végétation aquatique, végétation rivulaire
14
Vallée de la Brenne
6
6
Prairies humides
15
Etang au Curé
8
8
Végétation aquatique, végétation rivulaire
16
Lac de Malpas
9
9.2
Bas-marais, végétation rivulaire, boisements tourbeux
17
Prés Vieux et la Seigne
10
10.1 et 10.2
Hauts-marais, prairies humides, boisements tourbeux
Habitats DREAL
Tableau 16 : Correspondances entre les typologies SDAGE et « J. Porteret » et les types de zones humides du projet
RhoMéO en Franche-Comté
Typologie SDAGE
6 : Plaines alluviales
8 : Régions d’étangs
9 : Petits plans d’eau et bordures de plans d’eau
10 : Marais et landes humides de plaines et plateaux
11 : Zones humides ponctuelles
Typologie « J.Porteret »
6 : Plaines alluviales [inondables]
8 : Etang
9.1 : Zone humide en contexte acide
10.1 : Tourbière de plaine
10.2 : Prairies humides
11.2 : Mares permanentes
1.5.3 Résultats
a) Résultats bruts
Le tableau 17 établit une synthèse des différents protocoles testés et des données collectées : nombre et
types.
Type de protocole testé
Protocole
des
placettes
phytosociologiques
Protocole des cartographies
d’habitats (nouvelles cartes)
Protocole des cartographies
d’habitats (révision cartes)
Protocole des transects
phytocénotiques
Nombre de
passage
Sites
testés
Nombre de relevés
Nombre d’espèces
contactées
Nombre d’habitats contactés
1
17
313 placettes
485 espèces
/
4
17 relevés (Brenne)
2 relevés (Etang Bailly)
/
37 (Brenne)
14 (Etang Bailly)
20 (Grand Roué)
12 (Noye Viney)
4 relevés (Pagney)
15 relevés (Lacs d’Ilay,
Grand et Petit Maclu)
/
1
1
1
3
7
3 relevés (Pagney)
19 relevés (Prés Vieux
et la Seigne)
/
34 (Malpas)
18 (Pagney)
17 (Lacs d’Ilay, Grand et Petit
Maclu)
16 (Brenne)
23 (Pagney)
12 (Grand Roué)
7 (Noye Viney)
8 (Etang Bailly)
5 (Prés Vieux et la Seigne)
6 (Malpas)
Tableau 17 : Données collectées selon le type de protocole
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 45
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Protocole des placettes phytosociologiques (protocole « Rhône-Alpes »)
Au total, sur l’ensemble des sites, ce protocole, qui a porté sur 71 transects, a permis de renseigner 313
placettes et de récolter 5 380 observations, correspondant à 485 espèces différentes. La liste des espèces
contactées est située en annexe de ce rapport (cf. annexe 8, liste 1). Par contre, l’ensemble des
observations obtenues lors du test de ce protocole est fourni sur support informatique (CD annexé à ce
rapport), un tableau étant évidemment trop important pour le glisser sous format papier.
Même si le nombre d’observations est élevé, ces résultats sont à mesurer avec précaution. En effet, les sites
choisis pour tester ce protocole sont assez hétérogènes et ce à plusieurs niveaux :
- surface allant de moins d’un hectare à 4 230 hectares ;
- situation géographique variable ; certains sites sont localisés à l’étage planitiaire (environ 190 mètres
d’altitude), d’autres à l’étage montagnard (930 mètres d’altitude) ;
- nombre de transects par site également assez varié : de 1 transect par site à 17 transects par site ;
- choix du positionnement des transects, soit d’après la connaissance du terrain, en choisissant
l’endroit coupant le maximum d’habitats, soit localisé de façon systématique.
Protocole de cartographie des habitats
Quatre sites ont bénéficié d’une cartographie complète, au final, et trois sites ont fait l’objet d’une révision, ce
qui donne un total de sept cartes. Pour des raisons de commodité de lecture, seule une des cartes est
fournie ici (figure 17). Les autres cartes sont fournies sous format MapInfo, sur un CD annexé au présent
rapport.
La méthode d’élaboration de nouvelles cartes a permis de créer 243 polygones, correspondant à 59 habitats
(dont 37 pour la vallée de la Brenne, 20 pour le Grand Roué, 14 pour l’Etang Bailly et 12 pour le Marais de la
Noye Viney ; tableau 18). La méthode qui consistait à réviser d’anciennes cartes a permis de contacter 60
habitats (dont 34 à Malpas, 18 à Pagney et 17 sur le site des lacs d’Ilay, du Grand et du Petit Maclu ; tableau
19). Une partie du site de la gravière de Pagney n’avait pas été cartographié en 2009. Trois nouveaux
habitats ont été reconnus durant le test de ce protocole, dont deux habitats humides et un potentiellement
humide. Les habitats mentionnés ont été reconnus à l’échelle de l’association le plus souvent, parfois à
l’échelle de l’alliance. Mais pour des raisons de commodités ensuite, lors des calculs réalisés dans le
paragraphe 1.5.4, nous avons retenu, pour chaque habitat, sa correspondance à l’échelle de l’alliance. C’est
ce nombre qui est indiqué.
Durant ce test de cartographie, valable aussi bien pour les nouvelles cartes que pour la révision d’anciennes
cartes, plusieurs relevés phytosociologiques ont été réalisés selon la méthode sigmatiste. Ils permettent,
dans un premier temps, d’asseoir avec une plus grande certitude tel ou tel groupement phytosociologique,
dans un deuxième temps, de calculer les paramètres écologiques de Landolt, notamment en ce qui
concerne l’humidité et la trophie.
Dix-neuf relevés phytosociologiques ont été réalisés lors de cet exercice sur les sites de l’Etang Bailly (deux
relevés) et de la vallée de la Brenne (dix-sept relevés). Ils s’ajoutent aux dix-huit relevés élaborés lors des
révisions d’anciennes cartes et sont rangés dans des tableaux phytosociologiques figurant en annexes 9,
10,11 et 12 de ce rapport (quinze relevés pour le site des lacs d’Ilay, du Grand et du Petit Maclu et trois
relevés pour le site de la gravière de Pagney).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 46
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 17 : Carte des habitats du site de la gravière de Pagney (ancienne carte réévaluée)
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 47
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Code
Code
Habitat
Intérêt
Corine
Natura
"humide" patrimonial
biotopes
2000
Alignements d'arbres, haies, petits bois, parcs
84
0
Alnion glutinosae
44.91
H
0
Athyrio filicis-feminae - Alnetum glutinosae
44.91
H
r
Bromion racemosi
37.21
H
r
Bordure de haies
84.2
0
Caricetum acutiformis
53.2122
H
0
Caricetum vesicariae
53.2142
H
0
Carici brizoidis - Quercetum roboris
41.24
9160-3
h pp
c
Carici remotae - Fraxinetum excelsioris
44.311
91E0-8*
H
p
Clairières forestières
31.87
0
Colchico autumnalis - Festucetum pratensis
38.22
6510-4
h pp
c
Communautés à grandes laîches
53.2
H
0
Communautés à reine des prés et communautés associées
37.1
6430
H
c
Cultures
82
0
Eaux courantes
24.1
3260
H
0
Eaux douces stagnantes
22.1
3130
H
c
Eleocharitetum palustris
53.14A
H
0
Equisetetum fluviatilis
53.147
H
0
Filipendulion ulmariae
37.1
6430
H
c
Filipendulo ulmariae - Alnetum glutinosae
44.332 91E0-11*
H
p
Fossés et petits canaux
89.22
H
0
Frangulo alni - Salicetum auritae
44.92
H
0
Frangulo alni - Salicetum cinereae
44.921
H
0
Fruticées à Prunus spinosa et Rubus fruticosus
31.811
h pp
0
Glycerietum fluitantis
53.14
H
r
Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti
53.14
H
0
Heracleo sphondylii - Brometum mollis
38.22
6510-7
h pp
c
Hordeo secalini - Lolietum perennis
37.21
H
r
Terrains en friche
87.1
h pp
0
Junco acutiflori - Cynosuretum cristati
37.24
H
0
Junco inflexi - Menthetum longifoliae
37.24
H
0
Leersietum oryzoidis
53.14
H
r
Ligustro vulgaris - Prunetum spinosae
31.81
0
Lolio perennis - Cynosuretum cristati
38.111
h pp
0
Nymphoidetum peltatae
22.4313
A
r
Oenantho fistulosae - Caricetum vulpinae
37.21
H
r
Petits bois, bosquets
84.3
0
Phalaridetum arundinaceae
53.16
H
0
Phragmitetum communis
53.11
H
0
Plantations
83.3
0
Plantations d'arbres feuillus
83.32
0
Plantations de conifères
83.31
0
Plantations de peupliers
83.321
H
0
Prairies améliorées
81
0
Primulo elatiori - Quercetum roboris
41.24
9160-2
h pp
c
Salicetum albae
44.13
91E0-1*
H
p
Salicetum triandro-viminalis
44.12
H
0
Sambucetum ebuli
37.72
0
Scirpetum lacustris
53.12
H
0
Senecioni aquatici - Brometum racemosi
37.21
H
r
Senecioni aquatici - Brometum racemosi scorzoneretosum humilis
37.21
H
r
Sparganietum erecti
53.143
H
0
Stellario holosteae - Quercetum roboris
41.24
9160-3
h pp
c
Trapetum natantis
22.4312
A
r
Typhetum latifoliae
53.13
H
0
Urtico dioicae - Convolvuletum sepium
37.71
(6430-4)
H
c
Vergers
83.15
0
Villes, villages et sites industriels
86
0
Zones rudérales
87.2
0
Habitats
Tableau 18 : Liste des habitats contactés lors de la réalisation de nouvelles cartographies (sites de la vallée de la
Brenne, Etang Bailly, Grand Roué, Marais de la Noye Viney)
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 48
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Habitats
Aconito napelli - Filipenduletum ulmariae
Aconito napelli - Filipenduletum ulmariae polemonietosum
caeruleae
Alchemillo monticolae - Brometum mollis
Alchemillo monticolae - Cynosuretum cristati
Alnion incanae
Antherico ramosi - Brometum erecti
Boisement dominé par l'aulne
Boisement dominé par le frêne
Bordures de haies
Caricetum appropinquatae
Caricetum davallianae
Caricetum elatae
Caricetum gracilis
Caricetum heleonastae
Caricetum paniculatae
Caricetum rostratae
Caricetum vesicariae
Caricion fuscae
Dauco carotae - Melilotion albi
Dépôts nus d'alluvions fluviatiles limoneuses
Drepanoclado revolventis - Caricetum chordorrhizae
Eaux douces
Equisetetum fluviatilis
Eriophoro gracilis - Caricetum lasiosarpae
Frangulo alni - Salicetum cinereae
Galets ou vasières non végétalisés
Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti
Groupement à Scirpus sylvaticus
Hordelymo europae - Fagetum sylvaticae
Hordeo secalini - Lolietum perennis
Leersietum oryzoidis
Ligustro vulgaris - Prunetum spinosae
Lolio perennis - Cynosuretum cristati
Menyanthetum trifoliatae
Myriophylletum spicati
Myriophyllo verticillati - Nupharetum lutei
Oenantho fistulosae - Caricetum vulpinae
Petits bois, bosquets
Phragmitetum communis
Potametum natantis
Ronciers
Rumici crispi - Alopecuretum geniculati
Salicetum pentandro-cinereae
Salicion albae
Scirpetum lacustris
Scorpidio scorpidioidis - Utricularietum minoris
Scorpidio scorpidioidis - Caricetum limosae
Senecioni aquatici - Brometum racemosi
Sieglingio decumbentis - Brachypodietum pinnati
Sphagnetum magellanici trichophoretosum cespitosi
Sphagnetum magellanici typicum
Sphagno cuspidati - Scheuchzerietum palustris
Sphagno girgensohnii - Piceetum abietis
Sphagno warnstorfii - Caricetum dioicae (+ creux inondés)
Trollio europeaei - Cirsietum rivularis
Code Corine Code Natura
biotopes
2000
37.1
6430-2
37.1
38.3
38.
84.2
34.322B
44.9
44.3
84.2
53.217
54.23
53.2151
53.2121
54.56
53.216
53.2141
53.2142
54.42
87.1
24.51
54.55
22
53.147
54.511
44.921
22.2
53.14
37.1
41.131
37.21
53.14
31.81
38.111
54.59
22.422
22.4311
37.21
84.3
53.11
22.4314
31.831
37.24
44.923
44.13
53.12
22.45
54.541
37.21
34.322
51.11
51.11
54.6
42.213
54.5
37.212
6430-2
6520-4
91E0*
6210-24
Habitat
"humide"
H
Intérêt patrimonial
c
H
c
c
0
p
c
0
0
0
0
c
0
0
c
0
0
0
r
0
0
c
0
0
c
0
0
0
c
c
r
r
0
0
0
c
r
r
0
0
0
0
0
0
p
0
c
c
r
c
p
p
p
c
c
0
h pp
H
H
H
7230-1
7140-1
7140-1
7140-1
6430
9130-9
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
3150-1
h pp
H
A
A
H
H
A
91E0-1*
3160-1
7140-1
6210-17
7110-1*
7110-1*
7110-1*
9410-6
7140-1
H
H
H
H
A
H
H
H
H
H
H
H
H
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 49
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Trollio europeaei - Molinietum caeruleae
Trollio europeaei - Molinietum caeruleae swertiosum perennis
Typhetum latifoliae
Vaccinio uliginosi - Pinetum rotundatae
Zones rudérales
37.311
6410-3
H
c
37.311
53.13
44.A3
87.2
6410-3
H
H
H
c
0
p
0
91D0-3*
A : groupement aquatique (ne rentrant pas dans le concept de zone humide au titre de la loi sur l'eau)
H : groupement humide
h pp : groupement présentant une tolérance large vis-à-vis du facteur hydrique pouvant ou non correspondre au concept de zone
humide
r : groupement considéré comme déterminant pour la définition des ZNIEFF en Franche-Comté
Tableau 19 : Liste des habitats contactés lors de la révision des anciennes cartographies (sites du lac de Malpas, de la
gravière de Pagney et des Lacs d’Ilay, du Grand et du Petit Maclu)
Protocole des transects phytocénotiques
Sept sites ont été prospectés pour tester ce protocole. Sur le site de la vallée de la Brenne, qui compte 300
hectares, seulement cinq transects ont pu être réalisés lors de cette épreuve-test. Les résultats de
l’ensemble des investigations sont portés dans les tableaux 20 à 25. Durant ce test, quelques relevés
phytosociologiques ont été réalisés. Ils sont joints aux tableaux déjà présentés pour le protocole de
cartographie.
Même si les syntaxons ont été décrits au rang de l’association dans certains cas, leur transcription dans les
tableaux suivants a été réalisée au rang de l’alliance.
Longueur totale des
Nombre de consegments
tacts
Alnion incanae
2
1
Arrhenatherion elatioris
1086
14
Bordures de haies
2
2
Bromion racemosi
1033
17
Chemin
11,5
4
Convolvulion sepium
21
8
Culture
366,5
4
Fossé
4
2
Fossé / Magnocaricion elatae
24
10
Fossé / Phragmition communis
4
2
Magnocaricion elatae
32
3
Oenanthion fistulosae
31,5
1
Phragmition communis
3,5
1
Salicion albae
2
1
Salici cinereae - Rhamnion catharticae
2
1
Zones rudérales
6
2
Total
2631
73
Tableau 20 : Résultats des transects phytocénotiques (site de la vallée de la Brenne )
Syntaxons
Longueur totale des
segments
Alnion glutinosae
25
Fraxino excelsioris - Quercion roboris
47
Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti
1,5
Magnocaricion elatae
18
Nymphaeion albae
445
Oenanthion aquaticae
3
Phragmition communis
3
Salicion cinereae
7
Total
549,5
Tableau 21 : Résultats des transects phytocénotiques (site de l’Etang Bailly)
Syntaxons
Nombre de
contacts
1
3
1
9
5
2
2
3
26
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 50
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Syntaxons
Arrhenatherion elatioris
Bromion racemosi
Chemin
Crataego monogynae - Prunetea spinosae
Culture
Cynosurion cristati
Lemnion minoris
Phragmition communis
Plantation de peupliers
Route
Salicion albae
Salicion cinereae
Total
Longueur totale des
segments
577
4
4
4
75
1364
2
3
230
8
14
2
2287
Nombre de contacts
3
1
1
1
1
5
1
2
1
2
1
1
20
Tableau 22 : Résultats des transects phytocénotiques (site du Grand Roué)
Syntaxons
Athyrio-Alnetum
Filipendulion
Frangulo-Salicetum
Glycerietum fluitantis
Phragmitetum australis
Plantation de peupliers
Voie ferrée
Total
Longueur totale des
segments
247
38
30
2
69
33
6
425
Nombre de contacts
3
2
1
1
2
1
1
11
Tableau 23 : Résultats des transects phytocénotiques (site du Marais de la Noye Vinay)
Longueur totale des
Nombre de contacts
segments
Bordures de haies
92
13
Bromion racemosi
375
4
Bromion racemosi / Magnocaricion elatae
100
2
Chemin
15
3
Convolvulion sepium
78
4
Cynosurion cristati
515
3
Dauco carotae - Melilotion albi
61
5
Dauco carotae - Melilotion albi / Ronciers
2
1
Fossé
4
2
Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti
13
2
Glycerio fluitantis - Sparganion neglecti / Convolvulion sepi3
1
um
Magnocaricion
elatae
318
6
Magnocaricion elatae / Bromion racemosi
15
1
Magnocaricion elatae / Potentillion anserinae
8
1
Petits bois, bosquets
5
1
Phragmition communis
37
3
Phragmition communis / Salicion albae
3
1
Plan d'eau
865
4
Potentillion anserinae
65
2
Potentillion anserinae / Glycerio fluitantis - Sparganion ne65
1
glecti
Ronciers
10
3
Salicion albae
20
6
Zones rudérales
15
1
Total
2684
70
Tableau 24 : Résultats des transects phytocénotiques (site de la gravière de Pagney)
Syntaxons
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 51
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Syntaxons
Arrhenatherion elatioris
Betulion pubsecentis
Calthion palustris
Salicion cinereae
Sphagnion magellanici
Total
Longueur totale des
segments
54
57
103
108
380
702
Nombre de contacts
1
2
1
3
10
17
Tableau 25 : Résultats des transects phytocénotiques (site de Prés Vieux et la Seigne)
1.5.4
Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
L’ensemble des données récoltées, que ce soit avec l’un ou l’autre des protocoles testés, permet de réaliser
un certain nombre d’analyses, soit au niveau floristique, soit au niveau des habitats. Ces analyses
permettent également de tester et de comparer entre eux des paramètres comme la robustesse,
l’opérationnalité ou l’interprétabilité de chacun de ces protocoles.
a) Robustesse
Il est délicat de parler ici de « robustesse » des protocoles, puisque les investigations liées au projet
RhoMéO n’ont porté que sur un seul passage. Mais l’analyse des résultats selon les types de protocoles
appliqués sur les sites francs-comtois permet d’évaluer quelque peu ces différents protocoles.
Comparaison de la diversité spécifique connue (listes d’espèces) et obtenue par site (tableau 26)
Seuls les sites gérés par le CEN FC ou la RNN du lac de Remoray peuvent participer à ce type d’analyse
(leur nom est indiqué en police standard dans le tableau 26). En effet, ils bénéficient d’un plan de gestion et
d’un ensemble de données connues préalablement au projet RhoMéO. La comparaison des résultats
obtenus dans le cadre de ce projet par rapport aux listes de taxons déjà connus préalablement à RhoMéO
permet de discuter sur la pertinence des indicateurs floristiques.
Taxons connus
d’après les inventaires
des sites en gestion
(uniquement taxons
vasculaires)
Pourcentage du
cortège botanique
détecté d’après
RhoMéO par rapport
au cortège connu
Nom du site
Taxons connus
d’après RhoMéO
Grande Pile
20
54
37 %
Mou de Pleure
24
282
8,5 %
Lac de Remoray
65
190
34 %
L’Entrecôtes
50
114
44 %
Mare aux Demoiselles
9
22
41 %
Ilay, Grand et Petit Maclu
55
310
18 %
Tourbière du Sennepey
54
85
63 %
Réseau des mares d’Emagny
56
137
41 %
Etang au Curé
53
155
34 %
Prés Vieux et la Seigne
76
83
88 %
Tableau 26 : Comparaison de la diversité spécifique floristique connue à celle obtenue par RhoMéO (sites gérés par le
CEN FC)
Au vu de ce tableau, les résultats sont très variables. Le nombre des taxons contactés dans le cadre du
projet RhoMéO par rapport au nombre de taxons connus au préalable varie de 8,5 % (Mou de Pleure) à
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 52
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
88 % (Prés Vieux et la Seigne) avec une tendance s’établissant autour d’une valeur moyenne de 35 %.
Globalement, ces résultats sont bien inférieurs à ceux avancés par le CBN alpin qui sont d’environ 65 % (G.
PACHE, 2010). Seuls deux sites sont en cohérence avec ces résultats annoncés : la Tourbière du Sennepey
et les Prés Vieux et la Seigne. Cependant, quelques éléments de réponse peuvent sans doute être donnés
et notamment le fait que certains des sites sont sous-échantillonnés.
Pour les sites ne bénéficiant pas d’un plan de gestion (tableau 27), nous avons tout de même essayé de
réaliser une analyse similaire. En effet, la plupart de ces sites a fait l’objet d’inventaires floristiques dans le
cadre des missions menées par le CBNFC-ORI ou des bureaux d’études lors de cartographies et typologies,
les données récoltées étant saisies dans la base de données du CBNFC-ORI, Taxa, et localisées dans un
système géographique. Pour des raisons évidentes, un biais est à prendre en compte : les limites des sites
prospectés dans le cadre du projet RhoMéO ne correspondent pas véritablement avec les surfaces
correspondant aux inventaires floristiques extraits de Taxa, même si on a essayé de s’en rapprocher le plus
possible en s’aidant de la géolocalisation des données. Cependant il est possible de tenter une première
approche.
Taxons connus
d’après RhoMéO
Taxons connus d’après
les données issues de
Taxa (uniquement taxons
vasculaires)
Pourcentage du
cortège botanique
détecté d’après
RhoMéO par rapport
au cortège connu
Vallée du Drugeon
243
(limites très différentes)
/
Marais de la Noye Vinay
45
/
/
Grand Roué
79
141
56 %
Gravière de Pagney
120
143
84 %
Etang Bailly
23
88
26 %
Vallée de la Brenne
193
69
279 %
Lac de Malpas
206
254
81 %
Nom du site
Tableau 27 : Comparaison de la diversité spécifique floristique connue à celle obtenue par RhoMéO (sites non gérés)
Au vu de ces résultats, deux sites sont écartés d’office :
- le bassin du Drugeon qui compte un très grand nombre de données mais où les limites de ce qui a été
prospecté précédemment sont très difficiles à définir avec certitude et sont loin de correspondre avec les
limites du site dans le cadre du projet RhoMéO ;
- le site du marais de la Noye Vinay qui ne compte aucune donnée dans la base Taxa.
Par rapport à la méthode préconisée par le CBNA sur les sites gérés par le CEN FC, on constate des
résultats plus importants en moyenne (chiffres variant de 56 % à 84 %, sauf pour l’Etang Bailly (26 %). Ceci
s’explique sans doute par le fait que ces sites, mal connus au préalable, ont bénéficié d’un bon
échantillonnage lors des tests de protocole du projet RhoMéO.
Sur l’ensemble des résultats, on peut se poser plusieurs questions quant à la pertinence des résultats :
- choix du positionnement des transects (positionnement choisi dans le cadre des sites gérés par le CEN
FC, positionnement statistique dans le cadre des sites non connus au préalable et prospectés par le
CBNFC-ORI) ;
- comparaison sur des listes de taxons, mais sans prise en compte au préalable du nombre de passages
et des périodes auxquelles ont eu lieu les investigations ;
- prospections systématiques sur des placettes équidistantes mais sur des sites très différents les uns
des autres aussi bien en termes de surface, d’altitude, de relief, de diversité des habitats et en types
d’habitats (plaines alluviales souvent plus anthropisées que les tourbières, par exemple).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 53
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Comparaison de la diversité des habitats (listes de syntaxons) et obtenue par site (tableau 28)
Ce type de calculs n’a été réalisé que sur les sites où l’on pouvait disposer en même temps d’une
cartographie d’habitats et des résultats du test de protocole phytocénotique. Pour des raisons de
commodités, lors des calculs réalisés ici, nous avons retenu, pour chaque habitat, sa correspondance à
l’échelle de l’alliance. C’est ce nombre qui est indiqué dans la colonne « Habitats connus par cartographie »,
légèrement différent donc de ce qui est porté comme résultats dans le tableau 17.
Habitats connus par
cartographie
Habitats contactés
par le protocole
phytocénotique
Pourcentage du
nombre d’habitats
détectés par rapport
au nombre connu
Marais de la Noye Vinay
12
7
58 %
Grand Roué
19
12
63 %
Gravière de Pagney
27
23
85 %
Etang Bailly
9
8
89 %
Vallée de la Brenne
26
22
85 %
Lac de Malpas
21
17
81 %
Prés Vieux et la Seigne
6
5
83 %
Nom du site
Tableau 28 : Comparaison de la diversité des habitats connue à celle obtenue par RhoMéO
Remarque :
Compte tenu du temps imparti, ce protocole n’a été testé que sur cinq transects pour le site de la vallée de la
Brenne. Pour établir le calcul présenté dans le tableau 29, nous n’avons pris en compte que le nombre
d’habitats reconnus par la méthode cartographique correspondant à cette portion du site.
La comparaison de la diversité des habitats entre un protocole de cartographie et un protocole par transects
phytocénotiques est intéressante. On voit en effet que dans la plupart des cas, plus de 80 % des habitats
reconnus lors des investigations cartographiques sur l’ensemble d’un site sont contactés lors du protocole
par transects. Ce résultat est d’autant plus intéressant que les transects n’ont pas été positionnés par choix
car les sites n’étaient pas connus à l’avance (hormis pour le site des Prés Vieux et la Seigne), mais posés de
façon systématique à équidistance l’un de l’autre.
Si l’on veut comparer maintenant le protocole de type Rhône-Alpes (transects avec placettes
phytosociologiques) avec le protocole des transects phytocénotiques, on s’aperçoit que ce dernier est assez
pertinent. En effet, en règle générale, plus de 80 % des syntaxons connus sur le site sont contactés lors de
l’application de ce protocole, un peu moins (58 à 63 %) dans les sites très anthropisés, alors que la méthode
des placettes phytosociologiques ne détecte en moyenne que 35 à 40 % des taxons connus au préalable.
Une petite enquête auprès des différents observateurs par le biais d’un questionnaire permet de se faire une
idée de l’appropriation ou non de tel ou tel protocole. Les résultats sont portés dans le tableau 30 et serviront
de conclusion quant à la robustesse de chacune des méthodes.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 54
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Type de protocole
Protocole « Rhône-Alpes »
Avis sur la « robustesse » des protocoles
+
-
Biais observateur plus limité que pour les
Localisation des points, notamment
autres protocoles mais seulement si la
au départ, pas toujours évidente à
localisation des points est sure (utilisation
remettre en place pour d’autres
d'un outil de terrain adapté (type pocket
observateurs
PC)
Bien adapté à une grande diversité
d'opérateurs
Cartographie des habitats
Méthode reproductible plus aisément si
Bonne connaissance des habitats
typologie existante
obligatoire
avant
prospection,
notamment pour l'identification des
habitats et leurs limites
Bonne connaissance des habitats
obligatoire avant prospection, notamment pour l'identification des
Mise à niveau d’une cartographie
existante
Connaissance des habitats au préalable
habitats et leurs limites
par le biais de l’ancienne carte : biais
Inadapté à un suivi de grands sites
observateur moins important que dans le
(surface maximale à évaluer)
cas de la réalisation de nouvelles cartes
Inadapté aux habitats tourbeux structurés par les Bryophytes, sauf si
accroissement du temps imparti pour
l'exercice
Objets
cartographiques
aisément
réévaluables avec un outil de terrain
Protocole des transects
phytocénotiques
Bonne connaissance des habitats
obligatoire avant prospection
adapté (pocket PC)
Bien adapté aux grands sites homogènes
ou peu hétérogènes
Qualité augmentée si typologie existante
Tableau 29 : Bilan de l’évaluation de la robustesse des protocoles testés en Franche-Comté
b)
Opérationnalité
Afin de juger de l’opérationnalité des protocoles dans le cadre de la création d’un observatoire des zones
humides, il paraît judicieux de les analyser et de les comparer entre eux, tant d’un point de vue temps
nécessaire à la mise en place de la méthode, à la collecte de données et à leur saisie qu’aux compétences
requises par exemple.
Le tableau suivant fait état des différents avis des observateurs quant au caractère opérationnel des
protocoles testés.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 55
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Avis sur l’opérationnalité des protocoles
Type de protocole
-
Problème dans le choix de l'emplacement du
+
Rapide, pratique et relativement aisé à
transect : côté trop protocolaire arrivant à des mettre en œuvre
situations aberrantes
Protocole « Rhône-Alpes »
Relevés fragmentaires ou hétérogènes
Indépendance des phases d'interprétation
(positionnement du relevé imposé)
phytosociologique
Problème important de bonne représentation
Placettes régulières avec taille standard
de l'ensemble des habitats présents
selon les milieux
(seulement une fraction des habitats
contactés)
Problème de pression d'échantillonnage
Support terrain bien conçu, clair et complet
Côté frustrant si l'on a réalisé une
cartographie des habitats auparavant
Chronophage sur les grands sites
Pression d'échantillonnage la meilleure,
hétérogènes, surtout s'il n'y a pas de
exhaustive ou presque sur le plan spatial
typologie existante
(ensemble des habitats présents sur le site
contactés à priori)
Faibles variations inter-annuelles
Convient bien à des petits sites hétérogènes
et riches d'un point de vue écologique
Cartographie des habitats
Polygones aisément révisables
Permet de définir de véritables individus
d'association (1 seul relevé par syntaxon
nécessaire)
Pas possible partout
Permet de définir de véritables individus
d'association (1 seul relevé par syntaxon
nécessaire)
Encore assez chronophage, surtout dans le
Polygones aisément révisables
cas où évolution de la typologie
Mise à niveau d'une
cartographie existante
Faibles variations inter-annuelles
Ensemble des habitats présents sur le site
contactés
Possibilité d’adopter un suivi à un pas de
temps assez long (2 à 5 ans)
Problème de bonne représentation de
Protocole des transects phytocénotiques
Rapide
l'ensemble des habitats présents (seulement
une fraction des habitats contactés pour
l'ensemble du site)
Tableau 30 : Bilan de l’évaluation de l’opérationnalité des protocoles testés en Franche-Comté
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 56
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
c)
Interprétabilité
L’interprétabilité des protocoles a également fait l’objet d’une petite analyse dont les conclusions sont
reportées dans le tableau 31.
Type de protocole
Avis sur l’interprétabilité des protocoles
+
-
Possibilité de dégager des indicateurs
Protocole « Rhône-Alpes »
de trophie et d’humidité (…) grâce aux
valeurs de Landolt
Possibilité de référence à la notion
Actuellement, pas de référentiel
d’habitats et à leur statut (Corine
unique sur les syntaxons des zones
biotopes, ZNIEFF, N2000)
humides du bassin versant Rhône-
Possibilité de réaliser une clé de
Méditerranée
Cartographie des habitats
détermination des syntaxons de zones
humides au niveau de l’alliance
Mise à niveau d’une cartographie
existante
Possibilité de référence à la notion
Beaucoup de phases liées à
d’habitats et à leur statut (Corine
l'interprétation de l'opérateur et donc
biotopes, ZNIEFF, N2000)
à ses compétences : si beaucoup
Possibilité de réaliser une clé de
d'observateurs se succèdent, c'est
détermination des syntaxons de zones
l'interprétation de l'observateur
humides au niveau de l’alliance
précédent qui est évaluée et non une
liste floristique ou un relevé
phytosociologique objectif
Possibilité de dégager des indicateurs
Protocole des transects
phytocénotiques
de trophie et d’humidité (…) grâce aux
valeurs de Landolt
Actuellement pas de référentiel
unique sur les syntaxons des zones
humides du bassin versant RhôneMéditerranée
Possibilité de référence à la notion
d’habitats et à leur statut (Corine
biotopes, ZNIEFF, N2000)
Possibilité de réaliser une clé de
détermination des syntaxons de zones
humides au niveau de l’alliance
Evaluation de la notion de
fragmentation des habitats et de leur
évolution (pointage des segments
d’habitats à chaque changement et
non à distance fixée par avance)
Tableau 31 : Bilan de l’évaluation de l’interprétabilité des protocoles testés en Franche-Comté
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 57
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.5.5 Conclusions sur la pertinence des indicateurs
Si peu de sites ont bénéficié de l’ensemble des protocoles en région Franche-Comté, la méthode proposée
par le CBNA a tout de même été testée sur les dix-sept sites. Un grand nombre d’observations a été récolté,
mais nous n’avons pas eu les moyens techniques pour en tirer toutes les conclusions et notamment la
comparaison des sites franc-comtois entre eux et la comparaison des sites franc-comtois avec un échantillon
de sites d’autres régions. La perspective de finaliser cette étape nous paraissant très intéressante, les
analyses seront complétées en 2013.
La Bourgogne et la Franche-Comté ont utilisé d’autres paramètres que floristiques pour tester des méthodes
permettant le suivi des zones humides dans le cadre du projet RhoMéO : les communautés végétales,
désignées ici sous le terme de syntaxons. Les motivations de ce choix comme les résultats dans les deux
régions sont en cohérence, même si le positionnement des transects n’a pas été tout à fait le même. Ainsi, il
a été constaté pour ce protocole :
- une mise en place relativement simple ;
- l’appropriation du protocole par un ensemble assez large de chargés de mission ;
- un référentiel commun déjà existant et simple à amender selon les besoins pour les zones humides
sur l’ensemble du bassin versant.
L’utilisation des communautés végétales pour suivre l’évolution des habitats, que ce soit dans le projet
RhoMéO ou ailleurs, présente plusieurs avantages :
- elles sont intégratrices de nombreux facteurs environnementaux : édaphiques, anthropiques, climatiques, dynamiques ;
- il n’existe que peu de variations stochastiques dues à la non-observation de certaines espèces ou à
la période de réalisation ;
- elles sont bien connues par les nombreuses données phytosociologiques acquises en Europe depuis presque 100 ans ;
- leur rattachement est possible à d’autres référentiels (Corine Biotope, Cahiers d’Habitats, référentiels régionaux).
L’ensemble de ces données peut être intégré soit à une base de données syntaxonomique, soit dans un
tableur de type Excel.
Dans le premier cas, les relevés, réalisés lors de la phase de terrain que ce soit avec la méthode cartographique ou la méthode des transects phytocénotiques, peuvent être comparés avec les relevés de la base de
données et intégrés comme relevés de référence.
L’automatisation de la base permet la réalisation de calculs sur les paramètres de Landolt, humidité et trophie par exemple.
Mais d’autres calculs peuvent être réalisés afin de suivre, dans le temps, l’évolution des zones humides :
-
-
évolution de la richesse syntaxonomique et de la diversité des habitats,
évolution des surfaces d’habitats (en ce qui concerne le protocole de cartographie), mais également
avec la possibilité de calculer le même type d’information pour le protocole phytocénotiques en utilisant un rapport longueur des segments / surface du site,
évolution de la fragmentation de tel ou tel habitat, à l’échelle d’une zone humide ou à l’échelle, plus
large, du bassin versant, par exemple.
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p 58
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Indicateurs
Nombre de syntaxons (patrimoniaux)
Résultats attendus
Pourcentage d’habitats patrimoniaux détectés par
transects ou cartographies
-> Evolution de la richesse phytocénotique
-> Evolution des indicateurs d’humidité et de trophie par
calculs automatiques sur les relevés phytosociologiques
de référence
Longueurs / Surfaces
Pourcentage d’habitats détectés pondérés par longueurs /
surfaces
-> Evolution spatiale des phytocénoses
Indicateurs écologiques par habitat
-> Evaluation du degré d’humidité, de trophie de la zone
humide
Nombre de taches (méthode des transects
phytocénotiques)
-> Evolution de la fragmentation
Tableau 32 : Résultats attendus lors de la mise en place des protocoles cartographiques et des transects
phytocénotiques
La mise en place de deux types de protocoles concernant les habitats permet de dresser un premier
bilan synthétisé dans le tableau suivant :
Protocole des transects phytocénotiques
Protocole de cartographie
Mise en œuvre rapide
Temps de travail assez long
Meilleure reproductibilité
Biais observateur pouvant être important notamment dans
le dessin des polygones et la numérisation des données
Vision partielle de la fragmentation des habitats et de la
continuité écologique
Vision réelle de la fragmentation des habitats et de la
continuité écologique
Bonne connaissance au préalable des habitats ou application d’une typologie réalisée antérieurement
Possibilité d’interpréter les paramètres humidité et trophie à partir des relevés de référence
Tableau 33 : Comparaison avantages et inconvénients des deux méthodes : transects phytocénotiques / cartographie
des habitats
Pour les raisons évoquées ci-dessus, le protocole des transects phytocénotiques paraît assez judicieux dans
le cadre de suivi des zones humides. Les analyses de ce protocole seront poursuivies en 2013, notamment
avec la mise en place d’une automatisation des calculs.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 59
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.6 Odonates
1.6.1 Protocoles de suivi
Le protocole retenu pour l’inventaire des Odonates est celui défini en Rhône-Alpes par Bernard Pont et un
groupe d’experts. Il est basé sur un échantillonnage des différents types d’habitats odonatologiques au sein
d’une zone humide, avec trois passages au cours d’une année. Ces passages sont répartis de manière à
contacter le maximum d’espèces, la phénologie a donc été prise en compte.
Ce protocole a été choisi car il a servi de référence à l’ensemble des régions tests au sein du bassin. En cas
de modification du protocole initial, l’analyse des résultats à l’échelle du bassin n’aurait pas été possible car
les données n’auraient pas été comparables. L’utilisation du protocole établi en Rhône-Alpes offre également
la possibilité de tester des situations particulières au nord du bassin.
Les éléments qui vont suivre sont donc issus du protocole de Pont B. et Mathieu M. (2011), complétés par
différents commentaires.
 Description du protocole (Pont B. et Mathieu M., 2011)
L’évaluation proposée dans le protocole Odonates RhoMéO s’appuie sur la comparaison, à l’échelle d’une
zone humide, du peuplement odonatologique observé au peuplement attendu. L’écart entre ces deux états
constitue une estimation de l’altération de la zone humide. L’analyse de l’écologie des taxons manquants
permet de formuler des hypothèses quant aux facteurs expliquant cette altération. Des approches de ce type
sont proposées par Schmidt (1985), Chovannec et al. (2001, 2004, 2005), Oertli et al. (2005), Indermuhele et
al. (2008).
Plan d’échantillonnage :
Pour décrire la richesse totale de la zone humide, il est nécessaire d’échantillonner tous les types d’habitats
disponibles pour les Odonates. Il convient donc d’avoir au préalable une connaissance suffisante de la zone
humide et des habitats présents.
Une cartographie des surfaces en eau est réalisée à l’aide de cartes topographiques, de photographies
aériennes et d’une visite préalable du site.
Le plan d’échantillonnage s’appuie sur la liste des habitats odonatologiques produite par la SFO (cf Annexe
3). Il est important de souligner que cette notion d'habitat odonatologique ne se superpose pas à la notion
d'habitat au sens de la végétation ou de la phytosociologie.
Au sein de chaque habitat odonatologique, au moins 3 points de suivi sont mis en place, idéalement 6 et au
maximum 10. Dans le cas d'habitats odonatologiques présentant des nuances significatives (cas des
annexes hydrauliques fluviales notamment) on s’attache à répartir les points de suivi de manière à
échantillonner ces différentes nuances. Pour les habitats fragmentés, on veille à échantillonner les différents
« patchs » présents.
Lorsque le nombre de pièces d'eau sur une zone humide ne permet pas de réaliser au moins 6 points de
suivi (sur un ou plusieurs habitats odonatologiques), le volet Odonates du protocole RhoMéO n'est en
théorie pas appliqué.
Remarque :
Il a existé deux cas de figure différents pour les sites tests Odonates en Franche-Comté :
 Sites gérés par le CEN FC et par la RN de Remoray :
Ces sites ont déjà fait l’objet de prospections au cours des années précédant la phase test. Les habitats
odonatologiques étaient donc globalement connus des personnes en charge de l’inventaire, leur permettant
ainsi d’orienter leur choix quant à la localisation des relevés.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 60
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
 Sites prospectés par le CBNFC-ORI :
Hormis la vallée du Drugeon et le Lac de Malpas, ces sites n’avaient pas été prospectés par l’ORI avant la
phase test. Le choix de la localisation des transects s’est donc fait à l’aide des photographies aériennes et
au cours du premier passage. De fait, il est probable que certains habitats odonatologiques n’aient pas été
échantillonnés.
Surface d’observation :
Le choix de la surface d’observation est laissé au libre choix des opérateurs, en fonction de la configuration
du site et des conditions de déplacement. Il peut s’agir de :
 transects de 25 m de long et 5 m de large (2,5 m de part et d’autre de l'interface terre/eau). Deux
transects peuvent être en continuité ou proches de quelques dizaines de mètres de manière à
optimiser le travail de terrain
 points autour desquels on prospecte un rayon de 5-10 mètres, permettant la détermination à vue. Par
sécurité, deux points d’observation sont espacés d’au moins 25 m.
Il est important que l’habitat soit homogène au sein de chaque point de suivi. Les points de suivi sont
localisés à l’aide d’un GPS (coordonnées du barycentre) afin de réaliser les relevés au même endroit au
cours d’une saison ainsi que les années suivantes (si le milieu est stable). Les points de suivi sont
également décrits de manière précise à l’aide d’une fiche standardisée (cf. Annexe 13).
Conditions de réalisation d’un relevé :
Pour les points, le relevé dure au moins 6 minutes et chaque nouvelle espèce détectée est notée par
tranche de 2 minutes. Si la dernière tranche de 2 minutes a permis de détecter au moins une espèce
nouvelle, une tranche supplémentaire de 2 minutes d'observation est ajoutée. Si cette période n'apporte
aucune espèce nouvelle, le relevé est stoppé, sinon une nouvelle période de 2 minutes est ajoutée, et ainsi
de suite. Le temps total d’observation est noté.
Le temps passé à la capture et à la détermination d’individus est décompté du temps d’observation.
Les relevés sont réalisés entre 10 h et 16 h (possibilité de pousser plus tard en juin / juillet par temps chaud
et lorsque les jours sont les plus longs), période optimale d’activité des imagos. Les conditions
météorologiques doivent être « bonnes » le jour du relevé ainsi que la veille de celui-ci.
Remarque :
Les conditions de réalisation de relevé n’étaient pas favorables au cours du deuxième passage au marais de
la Noye Viney. Un épisode pluvieux et nuageux de plusieurs jours n’a pas permis de réaliser le relevé dans
des conditions favorables (16°C environ). Sinon, les conditions étaient remplies que ce soit pour le jour du
relevé ou la veille.
Calendrier d’intervention :
Dans le protocole de 2011, il était recommandé d’effectuer 4 passages sur les sites de plaine et 3 sur les
sites montagnards. En Franche-Comté, nous avons effectué 3 passages, que ce soit en plaine ou à l’étage
montagnard. Ces passages ont été réalisés début juin, début juillet et début août dans la majeure partie des
cas. Néanmoins, certains passages ont été décalés par rapport aux périodes initialement prévues (dernier
passage début septembre par exemple).
Paramètres à récolter :
Les observateurs ont noté les imagos et recherché des exuvies mais pas systématiquement. Les paramètres
notés sont indiqués dans le protocole de Pont et Mathieu (2011), il s’agit de l’espèce, son effectif, son sexe
et éventuellement le comportement reproducteur (défense territoriale, tandem, accouplement, ponte, émergence, exuvie).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 61
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Indicateurs retenus, méthode de calcul (Pont B., 2013) :
L’indicateur retenu pour les Odonates est le pourcentage d’espèces sténoèces sur un habitat odonatologique
donné (d’après la typologie RhoMéO).
La liste d'espèces attendues est construite à partir d'un modèle (validé sur l'ensemble du bassin à l'exception
de l'extrémité sud-ouest de Languedoc-Roussillon) pour chaque zone humide en sélectionnant les habitats
odonatologiques identifiés et la situation géographique. Chaque espèce se voit donc attribuer un degré de
sténoécie en fonction des habitats odonatologiques et du domaine biogéographique (continental pour la
Franche-Comté). Quatre niveaux ont été définis, les deux premiers représentant les espèces sténoèces.
La comparaison de la liste d’espèces attendues avec la liste des espèces observées permet de calculer le
pourcentage d'espèces sténoèces présentes sur le site.
1.6.2
Echantillonnage
Les figures de localisation des transects et points de suivis sont données en annexe 14.
En Franche-Comté, 15 Sites ont été retenus pour tester le protocole Odonates. Ces sites regroupent des
habitats diversifiés (mares, gouilles, étangs, rivières, ruisseaux…) ; les surfaces varient de moins d’un
hectare (Mare au village) à plus de 4000 (Site N2000 Drugeon).
1
Grande Pile
36 ha
Structure chargée de
l’inventaire
CEN FC
3
RNN du Lac de Remoray
300 ha
RNN Lac de Remoray
4
Site N2000 Drugeon
4000 ha
CBNFC ORI
6
Mare au village
< 1ha
CEN FC
7
Ilay, Grand et Petit Maclu
46 ha
CEN FC
8
Tourbière de Sennepey
7 ha
CEN FC
9
Marais de la Noye Viney
12 ha
CBNFC ORI
10
Réseau de mares d'Emagny
Non calculé
CEN FC
11
Grand Roué
150 ha
CBNFC ORI
12
Gravière de Pagney
29 ha
CBNFC ORI
13
Etang Bailly
6 ha
CBNFC ORI
14
Vallée de la Brenne
300 ha
CBNFC ORI
15
Etang au Curé
2 ha
CEN FC
16
Lac de Malpas
45 ha
CBNFC ORI
17
Prés Vieux, la Seigne
51 ha
CEN FC
N° site
Nom du site
Surface
Tableau 34 : Sites où les odonates ont été étudiés
 Nombre de passages et phénologie : pertinence des suivis réalisés
Pour chaque site, trois passages ont été réalisés. Le passage le plus précoce a été effectué le 30 mai sur le
site de la Grande Pile, le plus tardif le 8 septembre sur la vallée du Drugeon.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 62
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Nombre de
transects
9
4
Nombre de
relevés
27
12
30-mai-11
12-juin-11
Dernier
relevé
11-août-11
17-août-11
Site N2000 Drugeon
21
63
17-juin-11
08-sept-11
6
7
Mare au village
Ilay, Grand et Petit Maclu
3
7
9
21
21-juin-11
27-juin-11
17-août-11
04-août-11
8
Tourbière de Sennepey
Marais de la Noye Viney
6
5
18
15
22-juin-12
05-juin-12
04-sept-12
02-août-12
Réseau de mares d'Emagny
Grand Roué
12
3
36
9
08-juin-12
01-juin-12
21-août-12
02-août-12
Gravière de Pagney
6
18
04-juin-12
02-août-12
13
14
Etang Bailly
Vallée de la Brenne
6
8
18
24
14-juin-12
31-mai-12
01-août-12
01-août-12
15
Etang au Curé
Lac de Malpas
6
7
18
21
05-juin-12
14-juin-12
20-août-12
03-août-12
Prés Vieux, la Seigne
11
33
15-juin-12
17-août-12
N° site
1
3
4
9
10
11
12
16
17
Nom du site
Grande Pile
Réserve naturelle du Lac de Remoray
Premier relevé
Tableau35 : Nombre et dates de passages sur chaque site
 Analyse en lien avec les typologies de zones humides et d’habitats odonatologiques
Sur les 15 sites retenus en Franche-Comté, un tiers sont des marais de plaine et plateau d’après la typologie
SDAGE. Cet habitat est le mieux représenté dans l’échantillon de sites franc-comtois. Les sites prospectés
regroupent 5 types d’habitats SDAGE différents.
L’échantillon aurait pu être complété avec des sites correspondant au type SDAGE 7 : zones humides de
bas-fond en tête de bassin versant. Le site du Lac de Lamoura, par exemple, regroupe de nombreux
habitats correspondant au type SDAGE 7. Le choix des sites a été fait à partir de secteurs figés (sans le site
de Lamoura par exemple), il n’était donc pas possible d’intégrer de sites où l’habitat type SDAGE 7 était
suffisamment représenté.
Aucun des sites prospectés ne contient le type d’habitat SDAGE 13 (zones humides artificielles) d’après la
couche SIG zones humides fournies par la DREAL FC.
L’échantillon de sites aurait pu donc être davantage diversifié en intégrant des sites correspondant aux types
SDAGE évoqués précédemment (Figure 17).
Figure 17 : Typologie des sites échantillonnés en Franche-Comté
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 63
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
L’analyse précédente a été faite à l’échelle des sites. L’habitat odonatologique a été identifié sur chacun
destransects réalisés dans le cadre du test du protocole Odonates. Voyons donc maintenant la proportion
des différents habitats odonatologiques RhoMéO au sein de l’échantillon régional.
De nombreux transects regroupent plusieurs types d’habitats différents, multipliant ainsi les différents cas de
figure. C’est pourquoi des regroupements par grands types d’habitats ont été effectués pour obtenir
davantage de lisibilité.
Figure 18 : Habitats échantillonnés en Franche-Comté
Une analyse rapide des résultats permet de constater que près du quart des relevés ont été réalisés sur des
mares et un peu moins du tiers sur des milieux tourbeux. Les fossés de drainage sont aussi bien
représentés que l’ensemble des autres milieux lotiques (rivières à eaux calmes, à eaux vives et ruisselets).
Ce constat s’explique en partie par le fait que les opérateurs ne disposaient pas suffisamment de temps pour
prospecter convenablement les milieux lotiques de taille importante.
1.6.3
Résultats
a)
Résultats bruts
Cf CD en annexe.
b)
Calcul des indicateurs
La liste des indicateurs est issue de la liste produite par Cyril Deliry et correspond au domaine continental.
Nous ne sommes actuellement pas en mesure d’ajuster les différents degrés de sténoécie au cas de la
Franche-Comté. En effet, les connaissances ne sont pas suffisantes pour la majorité des espèces pour juger
de leur affinité avec les habitats odonatologiques définis dans le protocole RhoMéO. En résumé, il serait
souhaitable d’ajuster la liste produite par Cyril Deliry au contexte franc-comtois de manière à affiner les listes
d’espèces attendues par habitat odonatologique.
L’indicateur « pourcentage d’espèces sténoèces » a tout de même été calculé sur quelques transects, il
correspond au pourcentage d’espèces observées par rapport aux espèces attendues. La liste d’espèces
attendues est obtenue à partir du tableau constitué par C. Deliry en sélectionnant les espèces des
catégories 1 « habitats principaux » et 2 « affinité forte ».
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 64
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Pour l’Etang Bailly, un seul habitat a été échantillonné : « Etangs «naturels» fermés (annexes comprises) Absence de queues tourbeuses et ceinture d’hélophyte haute ». L’ensemble des observations ont donc été
regroupées pour constituer la liste d’espèces observées.
Espèces attendues
Espèces observées
Aeshna cyanea
Aeshna cyanea
Anax imperator
Anax imperator
Chalcolestes viridis
Ceriagrion tenellum
Coenagrion puella
Coenagrion puella
Coenagrion pulchellum
Cordulia aenea
Enallagma cyathigerum
Erythromma najas
Erythromma najas
Gomphus pulchellus
Ischnura elegans
Ischnura elegans
Leucorrhinia caudalis
Leucorrhinia pectoralis
Libellula depressa
Libellula quadrimaculata
Libellula quadrimaculata
Platycnemis pennipes
Pyrrhosoma nymphula
Sympecma fusca
Sympetrum sanguineum
Sympetrum sanguineum
Sympetrum striolatum
Tableau 36 : Comparaison des résultats entre ceux attendus et ceux obtenus
Sur ce site, 43,75% des espèces attendues ont été observées. Notons dans les espèces attendues, la
leucorrhine à large queue considérée en danger critique d’extinction dans notre région. Les chances de
contacter cette espèce sont donc très faibles.
L’habitat « Mares ouvertes - Mares avec présence de végétation aquatique » a été échantillonné sur 7 sites
différents, le nombre de réplicas allant de 1 à 3 (cf Tableau 37).
N° site
Site
Nombre de
réplicats
% espèces attendues /
espèces observées
6
Mare au village
3
43
7
Ilay, Grand et Petit Maclu
2
57
10
Réseau de mares d'Emagny
3
50
11
Grand Roué
1
29
15
Etang au Curé
1
43
16
Lac de Malpas
1
21
17
Prés Vieux, la Seigne
2
29
Tableau 37 : Calcul de l’indicateur
Les pourcentages d’espèces « sténoèces » obtenus sont relativement faibles. Ces résultats sont en partie
dus au faible nombre de réplicas sur les sites n° 11, 16 ou 17 (cf Tableau 37)
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 65
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Espèces observées sur la totalité des transects « Mares avec
présence de végétation aquatique »
Espèces attendues
Aeshna cyanea (Müller, 1764)
Anax imperator Leach, 1815
Anax imperator
Calopteryx splendens (Harris, 1782)
Ceriagrion tenellum (de Villers, 1789)
Coenagrion hastulatum (Charpentier, 1825)
Coenagrion puella (Linnaeus, 1758)
Coenagrion puella
Coenagrion pulchellum (Vander Linden, 1825)
Coenagrion pulchellum
Coenagrion scitulum
Cordulia aenea (Linnaeus, 1758)
Enallagma cyathigerum
Erythromma viridulum (Charpentier, 1840)
Ischnura elegans (Vander Linden, 1820)
Ischnura elegans
Ischnura pumilio (Charpentier, 1825)
Lestes sponsa (Hansemann, 1823)
Lestes viridis (Vander Linden, 1825)
Leucorrhinia dubia (Vander Linden, 1825)
Libellula depressa Linnaeus, 1758
Libellula depressa
Libellula quadrimaculata Linnaeus, 1758
Libellula quadrimaculata
Orthetrum brunneum (Fonscolombe, 1837)
Orthetrum coerulescens (Fabricius, 1798)
Platycnemis pennipes (Pallas, 1771)
Platycnemis pennipes
Pyrrhosoma nymphula (Sulzer, 1776)
Pyrrhosoma nymphula
Somatochlora flavomaculata (Vander Linden, 1825)
Somatochlora metallica (Vander Linden, 1825)
Sympecma fusca
Sympetrum danae (Sulzer, 1776)
Sympetrum sanguineum (Müller, 1764)
Sympetrum sanguineum
Sympetrum striolatum (Charpentier, 1840)
Sympetrum striolatum
Sympetrum vulgatum (Linnaeus, 1758)
Sympetrum vulgatum
Tableau 38 : Espèces contactées
A noter que trois espèces attendues n’ont jamais été contactées, Coenagrion scitulum, Enallagma
cyathigerum et Sympecma fusca. Cette dernière espèce, bien que commune, passe souvent inaperçue.
L’agrion mignon (Coenagrion scitulum) est actuellement en danger critique d’extinction en Franche-Comté,
l’absence de donnée pour cette espèce est donc logique. L’agrion porte-coupe est commun en FrancheComté mais toutefois limité par l’altitude. De plus, il est plutôt lié aux étangs en plaine.
Le pourcentage d’espèces sténoèces a également été calculé sur l’habitat « Tourbière acide de plaine »
échantillonné dans deux sites RhoMéO (cf tableau 39).
Quatre espèces attendues sur ce type d’habitat n’ont pas été observées. Ceci s’explique en partie par le fait
que Leucorrhinia rubicunda n’a jamais été observée en Franche-Comté. Quant à Nehalennia speciosa, elle
n’est connue que sur une station située en altitude.
Le pourcentage d’espèces sténoèces obtenu à la Grande Pile est plus élevé qu’à la Tourbière de Sennepey.
Toutefois les résultats obtenus ne permettent pas de conclure que l’état de conservation des habitats
odonatologiques est meilleur sur la Grande Pile. Le nombre de réplicats, notamment, est différent sur les
deux sites.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 66
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
N°site
Site
Nombre de
réplicats
% espèces attendues /
espèces observées
1
Grande Pile
6
56
8
Tourbière du Sennepey
2
33
Tableau 39 : Calcul de l’indicateur sur l’habitat « tourbière acide de plaine »
Espèces attendues
Aeshna cyanea
Espèces observés
Ceriagrion tenellum
x
Cordulia aenea
x
x
Enallagma cyathigerum
Ischnura pumilio
Lestes dryas
x
Leucorrhinia rubicunda
Libellula quadrimaculata
Nehalennia speciosa
x
Tableau 40 : Espèces observées par rapport aux espèces attendues
Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
1.6.4
a)
Robustesse / représentativité de l’échantillonnage
 Comparaison des listes d’espèces connues et obtenues par site
N°
Site
Richesse
spécifique
Espèces
connues
Espèces
RhoMéO
Espèces
nouvelles
RhoMéO
Espèces
connues
non
contactées
% du cortège
connu
odonatologique
détecté avec
RhoMéO
1
Grande Pile
39
39
21
0
18
53,85
3
RN du Lac de
Remoray
48
47
24
1
22
49
4
Vallée du Drugeon
54
54
18
0
36
33 sur tout le site
60 sur zones
prospectées
6
Mare aux demoiselles
13
9
9
4
4
55,56
7
Ilay, Grand et Petit
Maclu
37
35
25
2
12
65,71
8
Tourbière de
Sennepey
23
20
19
3
4
80
9
Marais de la Noye
Viney
11
0
11
11
0
10
Réseau de mares
d'Emagny
21
16
15
5
6
11
Grand Roué
9
2
7
6
1
12
Gravière de Pagney
27
20
19
7
8
60
13
Etang Bailly
16
7
15
9
1
86
14
Vallée de la Brenne
20
8
20
13
1
87,5
15
Etang au Curé
22
16
17
6
5
68,75
16
Lac de Malpas
17
10
15
7
2
60
17
Prés Vieux, la Seigne
23
18
13
5
10
44,44
62,5
Tableau 41 : Comparaison des listes d’espèces connues et attendues par site
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 67
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
La représentativité de l’échantillonnage du protocole Odonates a été évaluée en calculant le pourcentage du
cortège odonatologique connu détecté grâce au protocole RhoMéO. Ce calcul n’a été fait que sur les sites
pour lesquels le peuplement était préalablement au moins pour partie connu. Les pourcentages calculés
varient de 44,44 à 87,5 %.
Cet écart est dû en partie à une forte hétérogénéité au niveau de la connaissance des sites avant les
passages RhoMéO. En effet, certains des sites font l’objet de suivis réguliers car ils sont gérés par le CEN
FC ou encore la RNN de Remoray. Ces derniers font l’objet de prospections odonatologiques régulières, la
connaissance du cortège odonatologique y est donc élevée. Ceci explique donc la faible représentativité de
l’échantillonnage sur cette zone (environ 44%). Bien que le niveau de connaissance soit élevé, le protocole a
permis de découvrir une nouvelle espèce pour la réserve naturelle de Remoray, l’agrion de Mercure. De
nouvelles espèces ont d’ailleurs été identifiées sur la quasi-totalité des sites, à l’exception de la Grande Pile.
La représentativité moyenne sur l’ensemble des sites est d’environ 60 %.
b)
Opérationnalité
Un questionnaire a été envoyé aux personnes chargées de tester le protocole Odonates pour recueillir leurs
commentaires qui sont reportés ci-dessous.
Description des protocoles :
Globalement, la description du protocole était claire pour l’ensemble des opérateurs. Néanmoins, certains
ont été gênés par le manque de précision pour la description de l’habitat. Les explications concernant le
choix entre transect et point étaient jugées insuffisantes, de même que celles pour le traitement des exuvies.
L’absence de la Franche-Comté aux réunions de calage de groupes préalables a été ressentie.
Phase de préparation de terrain :
Les sites n’étaient pas toujours connus des opérateurs chargés de réaliser le test du protocole Odonates. La
phase de préparation de terrain a donc été plus chronophage pour les personnes n’ayant aucune
connaissance des sites attribués (un tiers des sites dans ce cas de figure).
Mais globalement, les opérateurs ont rencontré peu de difficultés pendant la phase de préparation de terrain.
Néanmoins, la sélection des 6 relevés minimum a posé problème sur certains sites. Cette phase reste tout
de même relativement souple en pré-pointant les zones à prospecter et en les adaptant ensuite sur le terrain
si nécessaire. L’exploitation des plans de gestion a permis de pallier le fait que certains opérateurs ne
connaissaient pas les sites attribués.
Phase de terrain :
Les conditions météorologiques de ces deux dernières années ont particulièrement gêné les prospections.
Ainsi, les opérateurs ont été contraints de décaler la période de passage ou de réaliser le relevé dans des
conditions peu favorables (opérateurs ayant un planning de terrain chargé).
Pour la vallée du Drugeon, la taille du site a contraint l’opérateur à regrouper les relevés en raison du
manque de temps pour couvrir la totalité de la surface. En effet, le nombre de relevés a été privilégié par
rapport à leur répartition.
La petite taille de certains sites (Mare aux Demoiselles) ou la pauvreté en matière d’habitats
odonatologiques (le Grand Roué) n’ont pas permis de réaliser les 6 relevés requis. Un des opérateurs a
également rencontré des difficultés au niveau de la représentativité des habitats, les zones de mares et de
ruisseaux étaient notamment réduites. Sur le site des lacs d’Ilay, du Grand et du Petit Maclu, les zones
prospectées ont donc été relativement concentrées sur quelques secteurs et proches les unes des autres.
Certains transects ont été a posteriori jugés peu pertinents par l’opérateur en raison du manque d’eau
permanente.
Il était ainsi souvent compliqué d’atteindre le nombre de réplicas requis par habitats odonatologiques. Dans
le cas où on respecte le protocole et le nombre de réplicas demandés (3), on risque de surévaluer des
habitats peu représentés à l’échelle du site et de réaliser des transects peu pertinents.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 68
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
En outre, par souci d’opérationnalité, certains opérateurs ont choisi de regrouper les passages Rhopalocères
et Odonates, engendrant de fait un décalage par rapport à la période prédéfinie.
La description des habitats odonatologiques a également posé problème. L’estimation des pourcentages
dans la fiche « paramètres du milieu » n’était pas toujours facile. De plus, elle trop dépendante de
l’observateur.
Enfin, le temps de capture pour vérifier certaines espèces peut faire considérablement varier le temps
consacré à un relevé (même si ce temps est décompté de la durée totale).
Temps imparti :
Globalement, il était suffisant pour l’ensemble des sites. Par contre, le temps était insuffisant sur le site de la
Vallée du Drugeon. En effet, un site de plus de 4000 ha aurait nécessité plus de 3 jours de terrain pour le
test du protocole Odonates.
Nombre de passages :
Les trois passages permettent d’avoir une bonne idée du peuplement odonatologique présent sur les sites.
Néanmoins, le dernier passage plus tardif (fin août, début septembre) permettrait de contacter davantage
d’espèces.
Bilan :
Globalement, le protocole Odonates donne un bon aperçu du peuplement grâce aux trois passages réalisés.
Néanmoins, il aurait sans doute fallu réaliser le troisième passage plus tardivement (fin août ?) pour
contacter davantage d’espèces. De plus, ce protocole est opérationnel dans l’ensemble et a donc été
facilement mis en place par les opérateurs. Certains ont souligné l’avantage apporté par la distinction entre
point et transect en fonction de l’habitat prospecté. D’autres au contraire regrettent le manque de clarté des
explications permettant de choisir l’une ou l’autre des méthodes d’échantillonnage.
L’application du protocole n’était pas évidente sur certains sites en raison d’un manque d’habitats
odonatologiques (Grand Roué) et de la taille du site (Mare aux demoiselles trop petite, vallée du Drugeon
trop grand).
Tester ce protocole sur des sites peu ou pas connus ne permet pas d’évaluer convenablement son efficacité
pour contacter les espèces présentes.
c)
Interprétabilité (Pont P., 2013)
L'indicateur (% espèces sténoèces au rendez-vous) permet à lui seul d'estimer l'évolution entre deux
périodes. Par contre la caractérisation de l'état d'une zone humide nécessite des seuils qui restent à préciser
à partir des données disponibles dans la base entrepôt. Lors des évaluations à N + 5 ou N + 10, la liste des
habitats odonatologiques de l'année N et donc la liste de référence initiale est reprise.
La méthode de construction de la liste de référence peut poser question dans le cas de zones humides très
altérées où certains habitats odonatologiques normalement présents ont été détruits. Dans de tels cas, l'état
d'altération de la zone humide peut être sous-évalué. Ce cas semble néanmoins peu fréquent au vu des
zones humides tests.
Au-delà de l'indicateur brut, l'analyse de la liste des espèces sténoèces manquantes et du degré d'intégrité
par habitat odonatologique permet de formuler des hypothèses sur les processus altérés. Des indicateurs
complémentaires basés sur des guildes d'espèces (anisoptères des cours d'eau et dynamique alluviale,
espèces liées à une mise en eau temporaire, espèces liées à des exsurgences) peuvent être proposés.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 69
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.7 Rhopalocères
1.7.1
Protocoles de suivi
Le protocole retenu pour l’inventaire des Rhopalocères en Franche-Comté est celui défini en Rhône-Alpes
par Philippe Freydier et un groupe d’experts. Il est basé sur un échantillonnage des différents grands types
de zones humides ouvertes. Trois passages sont effectués au cours d’une année, ils sont répartis de
manière à contacter les espèces caractéristiques des zones humides. La phénologie de ces espèces a donc
été prise en compte.
Ce protocole a été choisi car il a servi de référence à l’ensemble des régions tests au sein du bassin. En cas
de modification du protocole initial, l’analyse des résultats à l’échelle du bassin n’aurait pas été possible car
les données n’auraient pas été comparables.
Description du protocole (Freydier P., 2011)
Les objectifs du protocole sont les suivants :
- approcher au mieux possible le cortège des Rhopalocères présents ;
- évaluer l'état de conservation de ces populations ;
- employer une méthode simple à mettre en place, facilement reproductible, si possible accessible à
des non-spécialistes.
Domaine d’application du protocole :
Trois grandes catégories d'habitats de zones humides selon la nature de leurs cortèges en Rhopalocères
spécifiques et sténoéciques sont distinguées :
- les forêts alluviales et humides ;
- les bas marais et tourbières ;
- les prairies humides de basse altitude.
Remarque :
En Franche-Comté, seuls les bas-marais et tourbières et les prairies humides de basses altitudes ont été
prospectées.
Espèces cibles :
Initialement, seuls les taxons spécifiques des trois types de milieux évoqués précédemment devaient être
recherchés. Finalement, il a été décidé de relever l’ensemble des espèces contactées pour éviter les erreurs
de détermination d’une part et pour acquérir d’éventuelles informations concernant la dégradation des
milieux d’autre part.
Conception de l’échantillonnage :
Pour des raisons de temps, il a été décidé de ne pas rendre proportionnel le nombre de points de relevés
avec la taille des sites. L'unité de base de la surface à échantillonner a été validée à 6 ha. Le nombre de
passage est calculé en fonction des pics de vols des espèces potentielles par type de milieux. Un passage
en été pour les tourbières de montagne, quatre au maximum pour les complexes alluviaux de plaine, type
Chautagne ou Lavours où sont présents les trois types d'habitats.
Remarque :
En Franche-Comté, trois passages ont été réalisés sur l’ensemble des sites. Le premier passage a été
effectué fin mai, le deuxième fin juin et fin juillet pour le dernier.
Sur la base de la carte de la "végétation", les carrés élémentaires à échantillonner ont une surface d'environ
six hectares (250 m x 250 m). Ces carrés sont matérialisés par la projection d'une grille sur l'ortho photo
(grille produite par l'axe A). Chaque carré a un identifiant, formé par le numéro de site RhoMéO et le numéro
de carré pour le site. C'est cet identifiant qui est saisi dans la base de données.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 70
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Le nombre de carrés à échantillonner par site est indiqué dans le tableau ci-dessous. Toutefois une certaine
souplesse est possible, en ce sens que le prélèvement de données correspondant à une fiche peut
s'effectuer sur plusieurs carrés contigus. Le calibrage du suivi se fait par le temps consacré à
l'échantillonnage et non par la surface. Il doit être compris dans une fourchette allant de 20 à 40 minutes
(temps de captures et détermination compris).
Plutôt que le tirage aléatoire d'un certain nombre de carrés à prospecter, il a été jugé préférable de répartir
de façon homogène les carrés pour obtenir une meilleure représentativité du site, tant du point de vue
géographique que de la diversité des habitats.
Remarque :
La méthode des carrés n’a été utilisée en Franche-Comté que pour le site du Drugeon. En effet, ce site
faisant plus de 4000 hectares, la délimitation de carrés à habitat homogène était aisée. Sur les autres sites à
taille plus réduite, la tâche était plus complexe. C’est pourquoi, les opérateurs ont réalisés des transects
dans des habitats homogènes.
Recueil des données :
Le point de relevé est matérialisé par un certain nombre de carrés qui sont prospectés pour partie ou en
totalité lors de la fourchette de temps de 20 à 40 minutes. L'utilisation d'un GPS devient quasi obligatoire
pour noter les heures et les points de début et de fin du relevé.
Le plafond est fixé arbitrairement à une journée de suivi par passage, par site et pour les milieux ouverts. La
période effective pour le suivi des Rhopalocères est de 10 h 30 à 16 h 30, soit 5 h effectives ce qui limite à
un maximum de 8 points de relevé par jour pour un site.
Surface de
milieux ouverts
du site RhoMéO
0 à 5 ha
6 à 12 ha
13 à 24 ha
25 à 48 ha
49 à 96 ha
97 à 192 ha
193 à 400 ha
400 ha et plus
Nombre de points
de relevés à
réaliser
1
2
3
4
5
6
7
8
Fourchette du
nombre de carrés
(250x250) à
échantillonner
1
2
3-4
4-6
5-8
6-10
7-12
8-14
Fourchette de
temps
d’échantillonnage
en min
20-40
40-80
60-120
80-160
100-200
120-240
140-280
160-320
Nombre de carrés
(250 x 250m)
théoriquement
possible
1
2
4
8
16
32
64
-
Tableau 42 : Adaptation du protocole à la surface du site
Remarque :
Seulement 8 points de relevés ont été réalisés sur le site du Drugeon (plus de 4000 ha) car l’opérateur
n’avait que 3 jours pour effectuer les 3 passages Rhopalocères.
Paramètres relevés :
Les conditions météorologiques, très influentes sur l’activité des Rhopalocères, sont notées au cours de
chacun des relevés. L’ensemble des espèces contactées est donc noté, ainsi que leurs effectifs et la
présence éventuelle de chenilles, de pontes et de chrysalides. La présence de la plante-hôte est également
renseignée le cas échéant. Le grand type d’habitat et les usages constatés sur le site sont également
relevés (cf annexe 15fiche de terrain Rhopalocères).
Indicateurs retenus :
Présence d'espèces sténoèces de Rhopalocères de zones humides ouvertes.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 71
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.7.2
Echantillonnage
Le protocole a été testé en Franche-Comté sur 13 sites.
N° site
Nom du site
Surface
Structure chargée de l’inventaire
1
Grande Pile
36 ha
CEN FC
3
Lac de Remoray
300 ha
RNN Lac de Remoray
4
Site N2000 Drugeon
4000 ha CBNFC ORI
5
Les Entrecôtes
15 ha
CEN FC
7
Ilay, Grand et Petit Maclu
46 ha
CEN FC
8
Tourbière de Sennepey
7 ha
CEN FC
9
Marais de la Noye Viney
12 ha
CBNFC ORI
11
Grand Roué
150 ha
CBNFC ORI
12
Gravière de Pagney
29 ha
CBNFC ORI
14
Vallée de la Brenne
300 ha
CBNFC ORI
15
Etang au Curé
2 ha
CEN FC
16
Lac de Malpas
45 ha
CBNFC ORI
17
Prés Vieux, la Seigne
51 ha
CEN FC
Tableau 43: Répartition du protocole par structure et par site
Les figures de localisation des transects sont présentes en annexe 16.
Nombre de transects réalisés
Pour chaque site, 3 passages ont été réalisés. Les passages les plus précoces ont été effectués le 24 mai
sur le site L’Entrecôtes et le site Natura 2000 Drugeon, le plus tardif le 17 août sur le site des Prés Vieux et
de la Seigne.
N° site
Nom du site
Nombre de
transects
2
Nombre de
relevés
6
1
Grande Pile
3
Réserve naturelle du Lac de
Remoray
3
4
Site N2000 Drugeon
5
Premier relevé Dernier relevé
30-juin-11
11-août-11
9
25-mai-12
31-juil-11
8
24
24-mai-11
29-juil-11
L’Entrecôtes
2
6
24-mai-11
11-août-11
7
Ilay, Grand et Petit Maclu
3
9
03-juin-11
04-août-11
8
Tourbière de Sennepey
2
6
30-mai-12
25-juil-12
9
Marais de la Noye Viney
4
12
05-juin-12
02-août-12
11
Grand Roué
4
12
01-juin-12
02-août-12
12
Gravière de Pagney
4
12
01-juin-12
02-août-12
14
Vallée de la Brenne
4
12
31-mai-12
01-août-12
15
Etang au Curé
1
3
05-juin-12
25-juil-12
16
Lac de Malpas
6
18
30-mai-12
03-août-12
17
Prés Vieux, la Seigne
6
18
15-juin-12
17-août-12
Tableau 44: Détails des relevés effectués par site
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 72
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Analyse en lien avec les typologies de zones humides et de grands types d’habitats de rhopalocères
Sur les 13 sites constituant l’échantillon test du protocole Rhoméo Rhopalocères, près de la moitié sont des
marais humides de plaines et plateaux (type 10 d’après la typologie SDAGE). Le reste correspond à des
bordures de plans d’eau pour 23 %, des plaines alluviales pour 16% et des régions d’étangs pour les 15%
restants. Ces résultats ont été obtenus en considérant les habitats à l’échelle des sites.
Habitats échantillonnés en FC (type SDAGE)
Marais et landes humides de plaines et
plateaux (type 10)
15%
46%
16%
Petits plans d'eau et bordures de plans d'eau
(type 9)
Plaines alluviales (type 6)
23%
Régions d'étangs (type 8)
Figure 19 : Types d’habitats échantillonnés en Franche-Comté selon la typologie SDAGE
L’habitat de chaque relevé rhopalocérique a été défini par les différents opérateurs selon la typologie
proposée dans la fiche de terrain. 23% de relevés concernent des bas-marais à grands carex, sachant que
certains de ces transects n’ont pas été réalisés dans des bas-marais homogènes, mais en mosaïque avec
d’autres habitats. Les bas-marais à petits carex ne représentent que 6 % de l’ensemble des relevés. La
prairie humide est l’habitat le plus fortement échantillonné, ce qui correspond à 38% des transects réalisés.
Les fruticées humides n’ont pas été échantillonnées comme habitat à part entière, mais comme habitat en
mosaïque avec des prairies humides notamment.
Figure 20 : Habitats échantillonnés en Franche-Comté selon la typologie RhoMéO
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 73
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.7.3
Résultats
a)
Résultats bruts
Tableaux des relevés et d’espèces et de plantes hôtes par sites disponibles sur le CD annexe.
b)
Calcul des indicateurs
Liste d’espèces régionale pour le calcul des indicateurs
La liste d’espèces pour la région est encore en cours de rédaction. Des discussions entre les différents
opérateurs ont permis de faire une proposition de liste d’espèces caractéristiques des zones humides en
Franche-Comté.
Taxons
Nom vernaculaire
Plante-hôte
Apatura ilia
Petit mars
Populus tremula, Populus nigra
Apatura iris
Grand mars
Salix caprea, Salix aurita
Araschnia levana
Aphantopus hyperantus
Boloria aquilonaris
Boloria titania
Carte géographique
Tristan
Nacré de la canneberge
Nacré porphyrin
Urtica dioica
Brachypodium sp. Festuca rubra
Vaccinium oxycoccos
Polygonum bistorta
Brenthis ino
Nacré de la sanguisorbe
Echiquier
Mélibée
Fadet des tourbières
Solitaire
Filipendula ulmaria
Carterocephalus palaemon
Coenonympha hero
Coenonympha tullia
Colias palaeno
Erebia oeme
Euphydryas aurinia
Moiré des luzules
Molinia sp , Brachypodium sp.
Molinia caerulea
Carex rostrata, Eriophorum sp.
Vaccinium uliginosum,
Molinia caerulea, Poa sp., Carex flacca, Carex
ferruginea
Damier de la succise
Petit sylvain
Succisa pratensis
Grand sylvain
Populus tremula,
Cuivré des marais
Cuivré de la bistorte
Rumex sp
Lycaena hippothoe
Maculinea alcon alcon
Cuivré ecarlate
Azuré des mouillères
Rumex acetosella…
Gentiana pneumonanthe
Maculinea nausithous
Azuré des paluds
Sanguisorba officinalis
Melitaea diamina
Mélithé noiratre
Valeriana dioica
Limenitis camilla
Limenitis populi
Lycaena dispar
Lycaena helle
Polygonum bistorta
Tableau 45 : Liste de référence des espèces en zones humides de Franche-Comté
Les espèces ajoutées par rapport à la liste de Rhône-Alpes sont en rouge, les espèces pressenties pour être
supprimées sont en bleu.
Cette liste est amenée à évoluer car elle dépendra des listes fournies par le MNHN prochainement. La
Franche-Comté s’est également interrogée sur une éventuelle liste d’espèces compagnes, mais le sujet sera
débattu en 2013 (P. Freydier, com. pers.).
Calcul des indicateurs
A ce stade, il n’est pas encore possible de calculer l’indicateur (encore en cours de construction).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 74
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.7.4
Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Robustesse / représentativité
Comparaison des listes d’espèces connues et obtenues par site
1
Grande Pile
41
39
15
2
26
Pourcentage du
cortège
rhopalocérique détecté
avec RhoMéO par
rapport au cortège
connu
33
3
Lac de Remoray
Site N2000
Drugeon
Les Entrecôtes
Ilay, Grand et
Petit Maclu
Tourbière de
Sennepey
Marais de la
Noye Viney
Grand Roué
Gravière de
Pagney
Vallée de la
Brenne
Etang au Curé
64
64
26
0
38
41
58
58
19
0
39
33
25
20
11
5
14
30
34
24
23
10
11
50
34
33
11
1
23
30
9
/
9
/
/
/
23
12
12
11
11
8
25
10
23
15
2
80
24
24
20
0
4
83
22
14
14
8
8
43
Lac de Malpas
Prés Vieux, La
Seigne
28
9
27
19
1
89
30
29
23
1
7
76
N°
4
5
7
8
9
11
12
14
15
16
17
Nom du site
Richesse
spécifique
Nombre
d’espèces
connues
Nombre
d’espèces
contactées
RhoMéO
Nombre
d’espèces
nouvelles
avec
RhoMéO
Nb espèces
connues non
contactée
avec RhoMéO
Tableau 46 : comparaison des listes d’espèces connues et obtenues par site
La représentativité de l’échantillonnage Rhopalocères a été évaluée en calculant le pourcentage du cortège
rhopalocérique connu détecté grâce au protocole RhoMéO. Ce calcul n’a été fait que sur les sites pour
lesquels le peuplement était au moins en partie préalablement connu (tous sauf le Marais de la Noye Viney).
Les pourcentages calculés varient de 8 à 89 %. Cet écart est dû en partie à une forte hétérogénéité de la
connaissance des sites avant les passages RhoMéO. En effet, certains des sites font l’objet de suivis
réguliers car ils sont gérés par le CEN FC ou encore la RNN de Remoray. Ces derniers font l’objet de
prospections régulières, la connaissance du cortège rhopalocérique y est donc élevée. Ceci explique donc la
faible représentativité de l’échantillonnage sur cette zone (environ 40,62%).
La meilleure représentativité est obtenue sur le Lac de Malpas, elle s’explique en partie par le fait que
seulement 9 espèces étaient connues sur ce site.
Sur le site de la vallée de la Brenne 20 espèces des 24 connues ont été contactées. Les 4 relevés ont été
réalisés dans des prairies humides, ces quatre réplicats ont ainsi contribué à obtenir une bonne
représentativité sur la vallée de la Brenne.
Bonne représentativité obtenue également pour le site de Pagney, qui s’explique par la taille réduite du site
et des habitats favorables aux Rhopalocères. Les transects réalisés sur ce site couvrent la quasi-totalité des
surfaces favorables aux papillons, permettant ainsi de contacter 80% des espèces déjà observées sur la
Gravière de Pagney.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 75
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
La représentativité est très faible sur le site du Grand Roué. Ce site n’était pas très bien connu et offre peu
d’habitats humides en bon état de conservation. Ce site constitué de prairies dégradées et de cultures est
donc peu favorable aux Rhopalocères et offre donc un cortège réduit et non caractéristique des zones
humides.
Le protocole Rhopalocères a permis de recenser de nombreuses espèces nouvelles. Les trois passages
imposés et le fait de prospecter des milieux non prospectés d’habitude permettent de contacter davantage
d’espèces. Par exemple, deux espèces à enjeux, le damier de la succise et la bacchante ont été
découvertes sur le site Ilay, Grand et Petit Maclu grâce à ce protocole.
Globalement la représentativité est très hétérogène sur l’ensemble des sites. A noter que les conditions
climatiques des deux années de tests ont grandement gêné les prospections, impactant logiquement la
représentativité obtenue grâce au protocole RhoMéO. En outre, la liste d’espèces connues sur un site ne
concerne pas forcément le périmètre défini pour le test du protocole RhoMéO. Le nombre d’espèces
connues est donc peut-être parfois surévalué par rapport à la potentialité du périmètre défini pour RhoMéO,
d’où une faible représentativité pour les sites dans ce cas.
b)
Opérationnalité
Un questionnaire a été envoyé aux personnes chargées de tester le protocole Rhopalocères pour recueillir
leurs commentaires qui sont reportés ci-dessous.
Description des protocoles :
Globalement, la description des protocoles était claire pour l’ensemble des opérateurs. Néanmoins, certains
ont trouvés la fiche peu fonctionnelle. La typologie des habitats manquait de clarté ce qui a gêné les
opérateurs pour définir le type d’habitat traversé au cours des différents transects.
Préparation de la phase de terrain :
Certains opérateurs ne connaissaient pas les sites qu’ils devaient prospecter et ne disposaient d’aucune
cartographie d’habitat. Dans ce cas, la phase de préparation a été plus compliquée et le choix des transects
s’est parfois fait directement sur le terrain. Un des opérateurs ne connaissant pas un des sites s’est appuyé
sur le plan de gestion.
Le protocole initial requiert la définition de carrés à prospecter de 250 m de côté. Ce travail a été fait en
amont seulement pour le site du Drugeon en raison de sa taille importante (plus de 4000 ha). En effet, ce
grand site comprend des grands ensembles d’habitats homogènes (tourbières, bas-marais, prairies
humides…). Nous sommes bien loin de ce constat sur les autres sites. Philippe Freydier a été interrogé
concernant l’utilisation de ces carrés ou non pour l’analyse des résultats. Dans l’attente de sa réponse,
aucune démarche de calage de carrés à partir des transects cartographiés n’a été entamée.
Phase de terrain :
Les conditions météorologiques doivent être particulièrement clémentes pour observer les Rhopalocères
(vent faible, température supérieure à 18°C, ciel faiblement nuageux..). Malheureusement, les saisons de
terrain des années 2011 et 2012 ont été marquées par de longues périodes aux conditions météorologiques
défavorables. Globalement, les résultats obtenus sont insatisfaisants et certainement en deçà des
potentialités des sites (notamment pour le site du Drugeon ou la RN de Remoray).
Les passages Rhopalocères et Odonates ont été regroupés sur certains sites par soucis de gain de temps
(emploi du temps chargé en période de terrain). De ce fait, les passages Rhopalocères ont été décalés par
rapport aux périodes prévues initialement (fin mai, fin juin et fin juillet).
Certains sites semblaient peu adaptés aux prospections rhopalocériques. Le site de la Grande Pile, par
exemple, est très fermé et peu attractif pour les papillons. L’intérêt rhopalocérique de ce site est surtout en
marge, en dehors de la zone humide. En effet, le transect témoin réalisé sur le pourtour de la zone humide a
permis de contacter 15 espèces alors qu’il n’y avait aucune espèce sur le transect en zone humide.
La difficulté d’avoir des transects homogènes a été également évoquée par les opérateurs. En effet, de
nombreux transects traversent différents habitats en mosaïque : bas-marais à petits carex, prairie humide et
fruticée humide par exemple.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 76
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Enfin, la taille des transects est fortement liée à l’abondance de papillons observés. En effet, moins on
observe de papillons, plus on progresse vite sur le transect, constat d’autant plus vrai lorsque l’opérateur
passe du temps à déterminer certains individus.
Temps imparti :
Attention de bien prendre en compte le temps nécessaire à la capture et à la détermination pour définir le
nombre de transects réalisables sur une journée. Globalement, le temps était suffisant, à l’exception du site
de la vallée du Drugeon pour lesquels les transects ont été regroupés à l’est du site. Ceci a permis de limiter
des déplacements chronophages sur un site de cette taille. Du coup, les carrés prospectés ne donnent pas
une image globale du site mais d’une partie seulement.
Nombre de passages :
Certains opérateurs estiment que les 3 passages étaient suffisants, d’autres non. Cette variable est
dépendante du site suivi et des habitats présents. Le nombre de passages devra être en fonction des
espèces présentes et de leur phénologie. Par exemple dans le cas d’une tourbière, deux passages calés sur
les périodes de vol des espèces caractéristiques (nacré de la canneberge, du solitaire, du fadet des
tourbières, cuivré de la bistorte…) sont suffisants.
Bilan :
Un des opérateurs trouve le protocole difficile à appréhender. Néanmoins, il trouve l’approche des plantes
hôtes intéressantes. Mais attention à prévoir du temps supplémentaires pour la reconnaissance de ces
plantes dans le cas où on n’a pas ou peu de connaissances sur le site.
Certains regrettent le manque d’opérationnalité du protocole (prospections pas assez ciblées et très peu de
contacts avec les papillons au final). Le lien entre les cortèges rencontrés et le fonctionnement de la zone
humide n’est pas toujours évident. De plus, le cortège observé est très dépendant des dates de passage.
Il y a eu beaucoup d’interrogations sur la nécessité de caler des carrés homogène au cours des discussions.
Pourquoi ne pas utiliser la méthode des transects avec une distance prédéfinie ? Ceci s’explique en grande
partie par la difficulté de prospecter des zones homogènes suffisamment étendues.
La non prise en compte des mosaïques d’habitats ou des habitats en transition (marais de transition) dans le
protocole a également été soulignée.
c)
Interprétabilité (Freydier, P, 2013)
L'interprétation des résultats obtenus grâce au protocole RhoMéO Rhopalocère se fait à l’échelle du site.
L’axiome de départ fait correspondre le bon état de conservation des populations de papillons avec le bon
état de conservation des zones humides, il est considéré comme acquis et sa démonstration n'est pas du
ressort de Rhoméo. L’analyse des résultats se fera en comparant un cortège attendu (travail en cours de
réalisation par Pascal Dupont du MNHN) et le cortège observé. Cette comparaison doit renseigner sur l'état
de conservation des habitats de zones humides.
L’absence et/ou la présence de certaines espèces permettront de mettre en évidence les atteintes et les
pressions pesant sur les sites suivis. En effet, l'absence d'espèces communes de zones humides sera
considérée comme indicateur de mauvais état. L'absence d'espèces rares de zones humides devra
également être interprétée comme indicateur de mauvais état mais au cas par cas.
A contrario, la présence d'espèces non attendues, précoces et de milieux xériques sera interprétée comme
signe de dégradation. A noter que ceci peut être contesté dans des situations de sites en mosaïque avec
des pelouses et à certaines périodes de l’année. La gestion peut également influencer la présence
d’espèces liées aux milieux xériques, qui cherchent à se nourrir dans les zones humides non fauchées ou à
se désaltérer.
La "note" finale sera calculée en cumulant les notes de l’ensemble des relevés effectués sur le site. A ce
stade, cette dernière étape n’a pu être effectuée pour les résultats obtenus en Franche-Comté car les outils
d’analyses sont encore en cours de réalisation.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 77
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.8 Amphibiens
1.8.1
Protocoles de suivi
Motivations pour le choix de ce protocole
La recherche de l’ensemble des espèces d’amphibiens d’un site, tant pour le suivi que pour l’inventaire,
s’appuie sur plusieurs méthodes, puisqu’il n’existe pas à l’heure actuelle de méthode unique de
dénombrement permettant de couvrir l’ensemble des espèces d’amphibiens. Certaines de ces méthodes
visent à rechercher les adultes, soit dans l’eau, soit sur terre, à l’aide de lampes, d’épuisettes ou au chant,
d’autres à travailler sur les larves. La plupart de ces techniques sont utilisables et sont généralement
utilisées de manière combinée par les herpétologues.
Le protocole RhoMéO a été construit en Rhône-Alpes en 2010 par Jean-Luc Grossi en concertation avec un
groupe d’experts sur la base de travaux scientifiques. Il s’inspire des protocoles de suivis expérimentés dans
divers réseaux (Dejean T et al, 2007, Morère JJ, 2008), avec comme attendus une facilité d’application et
une bonne reproductibilité dans le temps.
Description du protocole
Plan d’échantillonnage :
Le plan d’échantillonnage s’appuie sur une typologie simplifiée sur la base de la liste des habitats
odonatologiques produite par la Société française d’odonatologie. Pour chaque site test RhoMéO, il s’agit de
réaliser un échantillonnage proportionnel à la taille du site et à la variabilité des milieux présents. Alors que
les petits sites sont visités dans leur totalité, un échantillonnage des différents milieux est défini pour les
grands sites.
Chaque point d’échantillonnage fait l’objet de trois épisodes de prospection annuels, répartis dans le temps
de manière à couvrir toutes les espèces :
-
le premier passage, qui vise à contacter les espèces précoces (Bufo bufo, Rana temporaria,
Salamandra salamandra…), consiste en une prospection nocturne à vue de la berge, sans
troubleau ;
-
le deuxième passage doit permettre de contacter les espèces intermédiaires (tritons, Bufo
9
calamita, Hyla arborea…) via une écoute nocturne de dix minutes et le « torching » le long des
berges ;
-
le troisième passage, destiné à la détection des larves d’urodèles et espèces plus tardives
(complexe des grenouilles vertes), consiste en une prospection diurne à l’aide d’un troubleau.
Eléments à relever :
Tout point d’échantillonnage est décrit avant la mise en œuvre du protocole de manière à relever un certain
nombre d’éléments abiotiques et biotiques utiles pour l’interprétation des données récoltées (cf Annexe 18).
Pour chaque passage, un relevé systématique des éléments suivants est effectué :
- espèces présentes,
- stades de développement,
- données semi-quantitatives d’abondance par stade de développement,
- éléments du contexte stationnel susceptibles d’influer sur la richesse et la diversité spécifique :
températures, profondeur du milieu aquatique, surface en eau…
9
Prospection à vue à l’aide d’une lampe torche.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 78
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Tableau synthétique du protocole amphibiens :
Passages
er
1 passage
ème
2
ème
3
passage
passage
Période
Fin février à fin
mars (repérage
diurne +
passage
nocturne)
Mi-avril à mi-mai
(nocturne)
Mi- juin (diurne)
Espèces
Méthodes
- Grenouilles agile
et rousse
- Crapaud commun
- Tritons
- Salamandre
Prospection à vue.
Utilisation de
l’épuisette en cas
de difficulté
d’identification.
- Tritons (pic)
- Crapaud calamite
- Alyte accoucheur
- Rainette verte
- Grenouilles
« vertes »
- Sonneur à ventre
jaune
- Grenouilles
« vertes »
- Têtards et larves
d’urodèles
- Imagos de
sonneur à ventre
jaune
Ecoute des chants
des anoures
(10mn)
Phares de la berge
vers le centre pour
les anoures et
urodèles (lampe
torche ou frontale)
Troubleau ou
épuisette de
pisciculture
(10 coups
maximum de 5 à
20 minutes en
fonction de la
surface / habitat
élémentaire) ;
loupe à main.
développement.
Noter le linéaire
parcouru
Précisions sur la
méthode
Ecoutes de 10
minutes.
Si petit site, un point
d’écoute sauf si
habitat élémentaire
grand
Si grand site, 500m
de distance entre
points d’écoute.
50 mètres torching
avec pose de 5
minutes à miparcours / habitat
élémentaire
Coups d’épuisette :
vers l’avant 1 m sous
l’eau dans les
secteurs favorables
aux larves ; 2 m entre
chaque coup.
Noter effort par temps
passé.
Technique de
comptage
Comptage :
l’information sur
l’abondance
doit toujours
être collectée.
Comptage par
espèce et par
sexe
Comptage
(classes
d’abondance)
par espèce et
stade de
Tableau 47 : Tableau synthétique concernant l’application terrain du protocole, communiqué pour la préparation de la
phase terrain en Franche-Comté
Précautions particulières
Afin de limiter les risques de dissémination du pathogène Batrachochytrium dendrobatidis, la mise en œuvre
du protocole amphibiens de RhoMéO en Franche-Comté a été accompagnée de l’application du protocole
10
d’hygiène recommandé par les scientifiques .
Indicateurs proposés et retenus, méthode de calcul
Au premier trimestre 2013, trois indicateurs ont été présentés dans un premier temps et discutés lors de la
réunion thématique faune du 22 Février 2013. Les 3 indicateurs ont ensuite fait l’objet d’une description sous
forme de pré-fiches soumises à validation par le groupe analyse de données :
Amphibiens des milieux pionniers
Il s’agit d’un indicateur de pression permettant de réaliser une évaluation de la dynamique du milieu, dont le
domaine d’application correspond à certains types de zones humides. Il se base sur une comparaison de la
présence / absence de cinq espèces dites pionnières sur l’ensemble du bassin (trois en région Franche10
http://lashf.fr/Dossiers/2013/janvier/Protocole_hygiene_terrain.pdf
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 79
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Comté) et de la distribution de ces espèces sur la base de cartes de synthèse. Cet indice intègre une série
de pressions qui s’exercent sur les milieux hébergeant les espèces et révèle également les processus
biologiques en cours sur les systèmes alluviaux et/ou pionniers échantillonnés.
La méthode de calcul de la valeur indicatrice construite dans le cadre de RhoMéO intègre plusieurs outils
d’analyse (liste d’espèces, cartes de synthèse mailles 5 km x 5 km) qui restent à compléter et à adapter à la
mi-avril 2013. De même, un travail sur l’établissement de seuils reste à réaliser.
Pourcentage d’espèces à statuts
Cet indicateur de pression est adapté à l’échelle bassin RMC. Il s’agit d’un indicateur de patrimonialité du
site qui vise des espèces menacées ou en mauvais état de conservation et intègre toute une série de
pressions qui s’exercent sur les milieux hébergeant les espèces.
La méthode de calcul construite dans le cadre de RhoMéO implique l’utilisation d’outils d’analyse (référentiel,
liste d’espèces…) qui dépendent d’autres projets. Le calcul correspond au total des contacts d’espèces
appartenant aux listes de référence / total des contacts. L’indicateur varie de 0 à 1.
Proportion d’espèces sténoèces du site
La proportion d’espèces sténoèces est un indicateur de processus adapté à l’échelle bassin RMC. Il
correspond à une comparaison de la présence des espèces sténoèces (9 au total sur l’ensemble du bassin)
par rapport à l’ensemble des espèces échantillonnées sur le site.
La méthode de calcul de la valeur indicatrice construite dans le cadre de RhoMéO intègre des outils
d’analyse (liste d’espèces sténoèces) qui restent à compléter et à adapter à la mi-avril 2013. De même, un
travail sur l’établissement de seuils reste à réaliser.
Le principe du calcul est le suivant : % d’espèces sténoèces / espèces totales détectées. Cette valeur est
pondérée par le nombre de cortèges et donc d’espèces sténoèces attendues.
Les trois indicateurs amphibiens ont été discutés lors de la réunion du groupe de travail analyse de données
du 29 mars 2013 sur la base de leurs pré-fiches et sur une présentation d’un diaporama soulignant les états
11
d’avancement et les principales questions d’analyses :
11
-
Indicateurs d’emblée écartés : étant donné la faible probabilité de détection des espèces rares, à
forte patrimonialité, il existe un risque de sous-estimation de la véritable patrimonialité du site
RhoMéO. C’est pour cette raison que le pourcentage d’espèces à statuts n’a pas été retenu en
tant qu’indicateur. La grande majorité des espèces à basse valence écologique, dépendantes
d’une gamme réduite d’habitats sont aujourd’hui des espèces à statuts. L’indice de sténoécie peut
donc être écarté pour les mêmes raisons que pour l’indice du pourcentage d’espèces à statuts.
-
Indicateur retenu : Il ressort de cette réunion que l’indicateur le plus pertinent pour le groupe amphibiens est l’indicateur des espèces des milieux pionniers.
-
Etat d’avancement de l’indicateur retenu :
o
Une adaptation des listes de référence attendues au travers des atlas régionaux disponibles
doit encore être réalisée.
o
Le calcul de l’indice ne doit pas être exprimé en pourcentage en raison d’un risque de
surestimation inhérent au faible nombre d’espèces d’amphibiens concernées. Le nombre
brut pourrait suffire.
o
Pour évaluer le fonctionnement de l’indicateur, les données doivent encore être traitées.
http://rhomeo.espacesnaturels.fr/synthesedebassin/groupeadd
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 80
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
-
Compléments au calcul de l’indicateur retenu :
o
Selon le groupe de travail analyse de données, l’approche espèce ne suffirait pas à elleseule à montrer l’évolution du site. La prise en compte d’un facteur supplémentaire doit être
étudiée : l’apparition ou la disparition d’un habitat entre deux passages doit être prise en
compte.
o Une réflexion doit encore être menée autour de la prise en compte de l’évolution de l’aire de
répartition de certaines espèces avec le changement climatique dans l’indicateur.
1.8.2
Echantillonnage
Sites retenus en Franche-Comté
Nom du site
Grande Pile
Lac de Remoray
Vallée du Drugeon
L’entrecôtes
Mare aux demoiselles
Ilay, Grand et Petit Maclu
Tourbière de Sennepey
Marais de la Noye Viney
Réseau de mares d’Emagny
Le Grand Roué
Gravière de Pagney
Vallée de la Brenne
Etang au Curé
Lac de Malpas
Le Pré Vieux et la Seigne
Total
35,7
300
4226,6
15,2
0,43
46,4
6,7
12,6
/
145,3
29,4
155
3,8
44,7
48,3
Nombre de points
d’échantillonnage
5
14
14
4
1
8
5
4
5
9
3
6
5
6
2
Nombre de
relevés
15
42
41
12
3
24
15
12
15
27
9
18
15
18
6
5070,12 ha
91 points
272 relevés
Opérateur
Surface (ha)
CEN FC
RNN Remoray
LPO FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
CEN FC
LPO FC
CEN FC
LPO FC
LPO FC
LPO FC
CEN FC
LPO FC
CEN FC
3 structures
opératrices
Tableau 48 : Caractéristiques des relevés par site
Le protocole amphibiens-RhoMéO a été testé par 3 structures opératrices sur 15 des 17 sites retenus en
Franche-Comté. Le nombre de passages étant fixé à 3 par site, ce sont donc 45 visites de terrain et 272
relevés qui ont été effectués.
Figures de localisation des transects et points de suivis
Se référer aux cartes en annexe 17.
Analyse en lien avec typologie ZH RhoMéO et typologie habitats amphibiens
L’application du protocole amphibiens de RhoMéO a été réalisée en majorité sur des marais et landes
humides de plaines et plateaux (fig 21). Le second type de zone humide le plus prospecté dans ce cadre
correspond aux petits plans d’eau et bordures de plan d’eau.
Au sein de ces zones humides, 16 types d’habitats amphibiens ont été échantillonnés (fig 22). Les mares
figurent parmi les habitats les plus prospectés puisqu’elles représentent 26% des habitats visités, les mares
prairiales étant un des habitats les plus souvent échantillonnés sur les sites choisis. Les ruisselets/ruisseaux
arrivent à égalité avec un échantillonnage à 15%. Par regroupement des deux types d’habitats « étangs en
milieu fermé » et « étangs en milieu ouvert », les étangs s’élèvent à la troisième place des habitats les plus
échantillonnés (14%). Les tourbières représentent quant à elle 10% des habitats amphibiens échantillonnés.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 81
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 21 : Proportion des habitats humides (typologie SDAGE) prospectés dans le cadre de l’application du protocole
amphibiens de RhoMéO
Figure 22 : Proportion des habitats amphibiens (typologie RhoMéO) prospectés dans le cadre de l’application du
protocole amphibiens de RhoMéO
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 82
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.8.3
Résultats
a)
Résultats bruts
Se référer aux données brutes présentes en annexe sur le CD.
b)
Calcul des indicateurs
Calcul de l’indicateur des espèces des milieux pionniers (cf annexe 19):
En Franche-Comté, 3 espèces composent ce cortège : l’alyte accoucheur, le crapaud calamite et le sonneur
à ventre jaune.
La méthode de calcul de cet indicateur n’étant pas encore complètement établie à la date de rédaction de la
synthèse de la phase test de RhoMéO en Franche-Comté, le calcul de l’indicateur des espèces des milieux
pionniers n’est pas réalisable.
Calcul du pourcentage d’espèces à statuts :
Le calcul du pourcentage d’espèces à statuts détectées sur les sites RhoMéO franc-comtois permet
d’illustrer le risque de sous-estimation de la véritable patrimonialité du site.
Site
Grande Pile
Réserve naturelle du
Lac de Remoray
Vallée du Drugeon
L’Entrecôtes
Mare aux
demoiselles
Ilay, Grand et Petit
Maclu
Tourbière du
Sennepey
Marais de la Noye
Viney
Réseau de mares
d'Emagny
Grand Roué
Gravière de Pagney
Vallée de la Brenne
Etang au Curé
Lac de Malpas
Le Pré Vieux et la
Seigne
Nombre
Nombre
Existence d’une d’espèces d’espèces
étude spécifique initialement contactées
connues
RhoMéO
Nombre
d’espèces
totales sur
le site
Nombre
d’espèces à
statut
régional
initialement
connues
Nombre
d’espèces à Pourcentage
statut
d’espèces à
régional
statut
détectées
régional
RhoMéO
Non mais
observations
amphibiens
notées depuis
2012
3
2
3
0
0
0%
Non
5
4
5
0
0
0%
Non
Non
8
5
5
7
8
7
2
0
0
2
0%
28,57%
Oui
1
5
5
0
1
20%
Non, un seul
inventaire
amphibiens
8
4
8
2
0
0%
Non
2
4
4
0
0
0%
Non
0
1
1
0
0
0%
Oui
8
5
9
3
0
0%
Non
Non
Non
Oui
Non
Non, un seul
inventaire
amphibiens
1
3
0
4
1
3
2
4
4
4
3
3
4
5
4
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0%
0%
25%
0%
0%
2
5
5
0
0
0%
Tableau 49 : Calcul du pourcentage d’espèces à statuts détectées sur les sites RhoMéO de Franche-Comté
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 83
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
c)
Comparaison des sites : pression d’échantillonnage
Dpt
Surface (ha)
Nombre
de
milieux
Nombre
de
relevés
Effort
d’échantillonnage
(relevés par milieux)
Densité
(relevés par
ha)
Grande Pile
70
35,7
2
15
7,5
0,42
Réserve naturelle du Lac de Remoray
25
299,9
10
42
4,2
0,14
Vallée du Drugeon
25
4226,6
8
41
5,13
0,01
L’Entrecôtes
39
15,21
3
12
4
0,79
Mare aux demoiselles
39
0,43
1
3
3
6,98
Ilay, Grand et Petit Maclu
39
46,4
7
24
3,43
0,52
Tourbière du Sennepey
70
6,74
2
15
7,5
2,23
Marais de la Noye Viney
70
12,6
2
12
6
0,95
Réseau de mares d'Emagny
25
/
2
15
7,5
/
Grand Roué
25
145,3
3
27
9
0,19
Gravière de Pagney
39
29,4
2
9
4,5
0,31
Vallée de la Brenne
39
155,1
3
18
6
0,12
Etang au Curé
39
3,8
4
15
3,75
3,95
Lac de Malpas
25
44,7
4
18
4,5
0,4
Le Pré Vieux et la Seigne
39
48,3
1
6
6
0,12
Site
Tableau 50 : Analyse de la pression d’échantillonnage
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 84
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.8.4
Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
a) Taux de détectabilité
Nombre
Existence d’une d’espèces
étude spécifique initialement
connues
Site
Grande Pile
Réserve naturelle du
Lac de Remoray
Vallée du Drugeon
L’Entrecôtes
Mare d'EsservalTartre
Ilay, Grand et Petit
Maclu
Tourbière de
Sennepey
Marais de la Noye
Viney
Réseau de mares
d'Emagny
Grand Roué
Gravière de Pagney
Vallée de la Brenne
Etang au Curé
Lac de Malpas
Tourbière de
Censeau et
Esserval-Tartre
Nombre
d’espèces
initialement
connues
contactées
en 2012
Nombre
Nombre
d’espèces d’espèces
contactées
totales
RhoMéO
sur le site
Pourcentage
d’espèces
connues
détectées par
RhoMéO
Pourcentage
d’espèces
détectées par
RhoMéO
(incluant les
espèces
nouvelles)
Non mais
observations
amphibiens
notées depuis
2012
3
2
2
3
Non
5
4
4
5
80
80
Non
Non
8
5
5
5
5
7
8
7
62,5
100
62,5
100
Oui
1
1
5
5
100
100
Non, un seul
inventaire
amphibiens
8
4
4
8
50
50
Non
2
2
4
4
100
100
Non
0
0
1
1
/
100
Oui
8
4
5
9
50
55,56
Non
Non
Non
Oui
Non
Non, un seul
inventaire
amphibiens
1
3
0
4
1
1
2
0
3
1
3
2
4
4
4
3
3
4
5
4
100
66,67
/
75
100
100
66,67
100
80
100
2
2
5
5
100
100
66,67
66,67
Tableau 51 : Comparaison par site des listes d’espèces connues et des listes d’espèces obtenues
Il s’agit d’une comparaison entre le peuplement mesuré par l’application du protocole sur les sites RhoMéO
et le peuplement des sites connus avant ce programme. Sur 3 régions tests cela correspond à un taux de
détectabilité de 78,6% (82.7%)
REGION
Nombre de sites
Taux de
détectabilité
Taux (avec espèces
nouvelles)
FRANCHE-COMTE
15
81% (50 à 100%)
84%
RHONE-ALPES
11
81% (60 à 100%)
86%
BOURGOGNE
5
74% (33 à 100%)
78%
Tableau 52 : Calcul du taux de détectabilité des espèces et comparaison avec les autres régions du bassin
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 85
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
b)
Opérationnalité
Opérationnalité du protocole (phase terrain et saisie) :
Afin de pouvoir évaluer l’opérationnalité du protocole RhoMéO, une enquête présentée sous forme d’un
questionnaire papier a été menée auprès des 5 techniciens en charge de l’application du protocole
amphibiens en Franche-Comté. Le questionnaire (cf annexe 20) a permis de recueillir les avis,
commentaires et réflexions sur le protocole, la préparation de la phase terrain, la phase terrain et la saisie
des données.
Synthèse des réponses par item :
Items
Questions
Connaissance du site ?
Préparation de la
phase terrain
Clarté et détail des
informations
fournies par le
protocole pour réaliser
la phase terrain?
Difficultés et retours sur
le temps imparti pour la
préparation de la phase
terrain.
Difficultés de la phase
terrain
Mission sur le
terrain
Nombre et dates de
passages
Matériel
Déclenchement fin
d’échantillonnage
Commentaires sur le
protocole
Temps de saisie
Saisie de
données
Difficultés de saisie
Synthèse des réponses
Sur les 15 sites prospectés dans le cadre du protocole
amphibiens de RhoMéO seuls 6 étaient déjà connus. Quatre
techniciens sur les 5 connaissaient déjà au moins un des sites
qu’ils devaient prospecter.
Les informations fournies ne semblent pas claires pour réaliser
la mission de terrain pour la majorité des personnes. Une
partie des personnes aurait eu besoin d’une aide (synthèse du
protocole ou guide d’utilisation de la fiche).
La majorité trouve le protocole suffisamment détaillé.
Globalement il apparaît que la préparation de la phase terrain
est facilitée lorsque les sites sont déjà connus de l’opérateur et
de petite taille.
La majorité trouve que le temps imparti pour la préparation des
documents de terrain est suffisant.
Difficultés de la réalisation de la phase terrain liées : aux aléas
météorologiques, au temps imparti insuffisant sur les sites de
grande taille, à la possibilité d'accéder aux zones (sites
dangereux en période nocturne ou sensibles).
La majorité a éprouvé des difficultés dans la description du
point d’eau (origine et fuite du point d’eau, couleur de l’eau,
pente…).
Nombre de passages jugé suffisant à l’unanimité.
Dates de passages adaptées en Franche-Comté, à moduler en
altitude.
Liste de matériel jugée suffisante. Proposition d’ajout du
thermomètre et de précisions quant à l’utilisation du type de
matériel selon les situations.
Les critères de déclenchement de fin d’échantillonnage ont
globalement été respectés excepté le temps d’écoute adapté
aux contraintes terrain (météo, mesure du temps).
Bon compromis en alliant 3 méthodes, peu de matériel mais
liste d'éléments à relever à simplifier (stades larvaires, description point d'eau, heures d’observation et températures…). Si
forte pluie la veille, le torching semble peu pertinent.
Le temps de saisie doit être réévalué : accorder une attention à
la saisie SIG des points de relevé ainsi qu’à l’installation du
logiciel et à la diffusion du tutoriel aux agents.
Nécessité d’une explication de l’utilisation du logiciel préalable
à l’utilisation ; la plupart des techniciens remontent le besoin
d’alléger la saisie de certains éléments relevés. Revoir
ergonomie du logiciel (saisie répétée) ?
Tableau 53 (1/2) : Analyse des réponses obtenues via le questionnaire
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 86
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Items
Questions
Avis sur l’intégration du
groupe amphibiens dans
la liste des indicateurs
Reproductibilité
Réflexion
générale
Commentaires et pistes
d’amélioration
Synthèse des réponses
Les avis sont partagés :
- Utile, Incontournable/indispensable
- Difficile à dire ou dubitatif
- Bon indicateur adapté à une échelle plus large.
Aisée pour la majorité. Une personne a répondu qu’elle est
facile si on prend uniquement en compte les adultes.
Réécriture du protocole pour plus de clarté et version allégée
des critères à relever. Inventaire larvaire fastidieux pouvant
entrainer une mortalité, à remplacer.
A retenir : demande de dérogation espèces à effectuer,
attention à certains sites dangereux à prospecter seul de nuit,
attention aux sites sensibles notamment pour l’avifaune.
Tableau 53 (2/2) : Analyse des réponses obtenues via le questionnaire
En résumé, même si les avis sont partagés quant à la pertinence de l’intégration du groupe amphibiens dans
la liste des indicateurs, le protocole amphibiens de RhoMéO est bien perçu à l’unanimité par les techniciens,
qui estiment qu’il s’agit d’un bon compromis qui allie trois méthodes, nécessite peu de matériel, est assez
facile à mettre en œuvre et nécessite un niveau de compétence peu élevé (excepté pour le stade larvaire). A
noter cependant qu’un certain nombre d’éléments peuvent encore être adaptés en vue d’une meilleure
opérationnalité :
- pour alléger la phase de préparation du terrain : clarifier la description du protocole ;
- sur le terrain : alléger la fiche de relevé de terrain, le temps d’application du protocole doit être
proportionnel à la taille du site, préciser ou adapter les critères de déclenchement de la fin de
l’échantillonnage ;
- dans la saisie de données : lors la première année d’utilisation du logiciel, le temps d’installation et
de formation sur le logiciel doit être pris en compte. Il faut intégrer le temps de saisie du SIG.
L’ergonomie relative à la saisie des données amphibiens mériterait également une adaptation.
Opérationnalité de la méthode d’analyse (analyse de données) :
Comme indiqué dans la description des indicateurs amphibiens retenus, l’indicateur des espèces des milieux
pionniers est le plus pertinent pour le groupe amphibiens. A la fin du premier trimestre 2013, la méthode de
calcul de cet indice n’est pas encore établie.
c)
Interprétabilité
La méthode de calcul de l’indicateur retenu n’étant pas encore clairement établie à la mi-avril 2013, il est
difficile de se prononcer quant à l’interprétabilité du protocole amphibiens.
Nous pouvons toutefois évoquer les réflexions déjà menées à l’échelle bassin (groupe analyse de données)
et à l’échelle régionale (commentaire des structures opératrices) pour exposer les apports et limites de
l’indice amphibiens dans l’optique de RhoMéO.
Au niveau du bassin, les arbitrages du groupe analyse de données ont conduit à conserver un indicateur sur
les trois proposés en février 2013. Les données amphibiens collectées nécessitent une analyse selon le
modèle et la méthode de calcul retenus afin de pouvoir se prononcer sur les possibilités d’interprétation
offertes par l’indice « espèces de milieux pionniers » pour caractériser l’état de conservation des zones
humides.
Au niveau régional, l’apport d’un indice amphibien en tant qu’indicateur de changements d’états des zones
humides reste discutable.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 87
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
En effet, alors que certaines structures opératrices considèrent l’intégration du groupe amphibien dans la
liste des indicateurs comme étant utile et incontournable, d’autres restent dubitatifs sur ce point. Même si les
amphibiens semblent d’emblée constituer un groupe taxonomique pertinent de par leur dépendance à l’eau
et leur sensibilité aux changements locaux, les fortes variations observées d’une année à l’autre sur les sites
connus, la faible occupation de certains types de zones humides par les amphibiens (ex : tourbières), le
faible nombre d’espèces… sont des sujets relevés. Ceci laisse entendre que cet indicateur ne semble pas
complètement adapté à l’échelle d’une zone humide aux yeux des structures opératrices en Franche-Comté.
D’autre part, jusqu'au mois de février 2013, un projet d’indicateur amphibien complexe avait été proposé. Il
correspondait à une cotation du site, qui prenait en compte le peuplement amphibien et le contexte paysager.
Une grille d’évaluation avait été élaborée en tenant compte d’une série d’éléments paysagers, d’éléments
réglementaires, etc… pour lesquels une note était attribuée puis pondérée. L’addition de cette série de
notations permettait de définir une note globale par site. Bien que cette note indicateur-amphibien ne soit
plus d’actualité, il est intéressant de noter qu’elle avait alors amené un certain nombre de réflexions en
région, la première étant que l’application de la méthode semblait trop compliquée. La multitude et le choix
des critères inclus dans la note amphibiens avaient également soulevé un certain nombre de questions.
Rappelons que le remplissage de la fiche de relevés de terrain était apparu comme étant fastidieux pour
l’ensemble des techniciens. Un certain nombre de critères semblent en effet soit peu explicites (ex : point de
fuite de l’eau), soit inutiles (ex : température, couleur de l’eau…) mais, le relevé d’éléments paysagers,
d’effectifs et d’éléments de pression détectables sur site (ex : poissons, pollution/destruction d’habitats…)
n’est pas discuté. Aussi, la non-intégration de critères estimés comme étant pertinents dans la méthode de
calcul interroge-t-elle encore les structures opératrices.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 88
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.9 Avifaune
1.9.1
Préambule, concepts, contextes
Le but est ici de situer le contexte, expliquer la terminologie et ce qui est entendu sous le terme «
Observatoire » ; situer l’avifaune dans la problématique zones humides, dans le programme RhoMéO et au
sein des observatoires existants, en présentant des exemples, sans prétendre à l’exhaustivité.
•
Préambule
Lorsque la Franche-Comté a rejoint la démarche RhoMéO au cours de l’année 2011, le Plateau Patrimoine
Naturel de la Maison de l’Environnement de Franche-Comté (PPNMEFC) a souhaité intégrer les oiseaux à la
réflexion, en confiant à la LPO Franche-Comté le soin de mener la réflexion sur ce groupe taxonomique et
éventuellement de monter et animer un groupe de travail dédié. Le groupe de travail n’a pu voir le jour, faute
de financement dédié sur ce groupe pour les autres régions, qui ont toutes été contactées. La fédération
régionale des associations ornithologiques bourguignonnes (Etude et Protection des Oiseaux en Bourgogne,
EPOB) s’est montrée intéressée pour participer au programme mais n’a pu obtenir les financements
nécessaires. La région Rhône-Alpes en pleine structuration de la coordination LPO en région, n’a pu être
associée aux réflexions au groupe avifaune (si ce n’est bien sur le CEN RA). Le Muséum National d’Histoire
Naturel (MNHN) et la Tour du Valat (TdV) ont participé activement aux réflexions et notamment, pour la TdV,
à l’organisation de journées communes de travail en 2012 et 2013, ce afin de faire bénéficier à la LPO
Franche-Comté de leurs expertises et de leurs connaissances dans le domaine.
L’objectif de RhoMéO est de mettre en œuvre un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides
du bassin. Les milieux humides abritent de nombreuses espèces (amphibiens, odonates, gastéropodes, etc.)
aux amplitudes écologiques variées et au caractère souvent patrimonial. Elles exploitent différents types de
milieux humides au cours de leur cycle biologique et de leur mobilité. Un bon état de conservation de ces
milieux est dépendant d’un bon fonctionnement de l’écosystème : régime hydrique, successions écologiques
et régime de perturbation, chaine trophique, exploitation/gestion de ces espaces Ce fonctionnement rend
possible la présence d’espèces, l’analyse du peuplement et de son évolution nous renseigne sur la qualité et
le bon état du milieu. Au sein de cette biodiversité, les oiseaux occupent l’ensemble des milieux humides du
bassin. Certaines espèces y sont strictement inféodées, d’autres sont plus ou moins dépendantes des
milieux humides. Les oiseaux, peuvent ainsi présenter un caractère bio-indicateur intégrateur intéressant car
malgré leur mobilité forte dans les intersaisons, pendant les périodes d’hivernage ou de reproduction, leur
mobilité reste relativement faible. Selon les exigences et caractéristiques des espèces quant à la typologie
de milieu fréquenté en période de reproduction, toutes les espèces apportent des informations sur la qualité
des milieux.
Les réflexions menées dans ce sens sur le groupe avifaune se portent uniquement sur une approche à
l’échelle du bassin Rhône Méditerranée et en complémentarité d’autres réflexions portées sur des groupes
taxonomiques différents au sein de l’axe A. Le projet se base en priorité sur la valorisation des
connaissances existantes issues de dispositifs de suivis identifiés et appliqués au niveau national (donc à
l’ensemble des régions du bassin), puis à l’élaboration d’un protocole de suivi des oiseaux communs adapté
aux zones humides. Après les avoir présentés, il s’agira de mettre en perspective ces suivis pour évaluer la
faisabilité de la mise en place d’un indicateur avifaune. Le calcul de cet indicateur « oiseaux des zones
humides » sera réalisé pour la Franche-Comté et discuté pour son application à l’échelle du bassin Rhône
Méditerranée.
•
Concepts
Afin d’avoir une idée plus précise des concepts d’observatoires et des indicateurs éventuels retenus pour
l’avifaune, une recherche bibliographique a été effectuée. Il nous apparait nécessaire d’identifier l’état de
l’existant et de s’appuyer sur des travaux et recherches, pour certains déjà appliqués. Il est donc présenté ici
un résumé des principales instructions retenues.
La définition la plus appropriée d’un observatoire est celle décrite comme un « organisme de veille et de
surveillance, groupe chargé d’observer des faits politiques, économiques, sociaux ». Les observatoires
peuvent être différents malgré leur relation commune avec la biodiversité. On distingue ainsi deux grands
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 89
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
groupes d’observatoire, ceux pour l’Environnement (OE), à vaste champ d’application (déchets, pollution de
l’air, transports, énergie, etc.) et ceux de biodiversité (OB), centrés sur cet unique thème. Généralement les
OE intègrent les OB. On distingue ensuite au sein de ces observatoires leur classement typologique selon
deux catégories, soit « recherche » soit « opérationnel ». Les observatoires de recherche ont une vocation
scientifique et une double mission, à savoir d’une part acquérir et mettre à disposition des données pour la
recherche et d’autre part mettre en place des protocoles expérimentaux à long terme. Les observatoires
opérationnels de l’Environnement (OOE) ont un rôle d’interprétation et d’exploitation des données collectées,
en les transformant en indicateur(s) pertinent(s). Pour les Observatoires de Biodiversité, il n’existe pas de
structure de « recherche ». On peut ainsi penser que seules les structures de type « opérationnel » existent,
ce qui n’est pas le cas. On dira ainsi qu’un OB qui collecte des données sans fournir des indicateurs est un
OB fonctionnel, et que ceux qui collectent ou centralisent et qui utilisent des indicateurs sont des OB
opérationnels (OOB). Deux points sont nécessaires à l’établissement d’observatoire opérationnel :
la contenance d’un observatoire : il doit contenir une approche intégratrice des habitats et/ou des
espèces, avec prise en compte de la biodiversité ordinaire et du suivi des espèces patrimoniales ;
la production d’un observatoire : il doit fournir une combinaison de plusieurs niveaux d’informations,
du détaillé au synthétique, et à plusieurs échelles (locale, macro-locale, grands milieux).
Le projet RhoMéO rentre donc dans le type « opérationnel » et teste de façon novatrice de nombreux
groupes taxonomiques dans la thématique de l’Axe A, avec production d’indicateurs d’état et de suivis des
zones humides. L’avifaune trouve ainsi pleinement sa place aussi bien sur la contenance que la production
qu’un observatoire doit établir.
•
Les observatoires opérationnels : quelques exemples
Au-delà de la terminologie, les observatoires opérationnels sont identifiables selon leur champ d’application
(diversité génétique, spécifique, écosystémique), selon leur base de données (données ou métadonnées
existantes ou à mettre en place) et leur type de valorisation (synthèse, rapport et indicateur). Voici quelques
exemples d’observatoires opérationnels en France, actifs ou en devenir :
SIBA : Office des DOnnées NATuralistes d’Alsace (actif)
C’est un observatoire régional de biodiversité, initié en 1995. En 2005, ODONAT a engagé le projet SIBA,
Suivi des Indicateurs de la Biodiversité en Alsace. La structure est une fédération d’associations (LPO
Alsace, BUFO, GEPMA et Groupe Tétras Vosges). Cet observatoire de biodiversité se base sur 23
indicateurs faunistiques, limité au champ d’application de la biodiversité spécifique, menacée et ordinaire.
Les indicateurs se divisent entre plusieurs taxons : 5 indicateurs pour les mammifères, 11 pour les oiseaux
(dont 6 issus du suivi des oiseaux communs (STOC) ; 2 indicateurs sur des espèces de zones humides : le
Courlis cendré et la Sterne pierregarin) et 7 pour les reptiles et amphibiens, pour un suivi annuel concernant
plus de 170 espèces. La structure ODONAT coordonne, synthétise et analyse les données issues des
protocoles obtenues par les bénévoles et les salariés des associations fédérées. Annuellement un
intégrateur de ces 23 indicateurs, l’indice global de biodiversité faunistique, est calculé et publié. Initialement
fixé à 100 en 2005, il est en 2010 égal à 93,3. Son calcul est obtenu en faisant la somme des valeurs de
chacun des indicateurs, multipliée par 100 et divisée par la somme du nombre d’indicateurs.
Plus d’infos : http://www.odonat-alsace.org/indicateurs_biodiversite.php
Observatoire de la biodiversité du Nord Pas-de-Calais (actif)
Cet observatoire est né en 2010 et a pour mission de dresser annuellement l’état des lieux de la biodiversité
régionale en analysant et interprétant les informations collectées par le Réseau d’Acteurs de l’Informations
Naturalistes (RAIN), déclinaison régionale du SINP. Ces bilans se veulent à disposition du grand public et
des décideurs publics et privés, livrés de façon simple et accessible à tous. L’observatoire s’appuie sur 3
types d’indicateurs : d’état (les différents taxons), de pression (notamment anthropique) et de réponses
(financiers). L’observatoire collecte ainsi 59 indicateurs, dont 26 recommandés par la Stratégie Nationale
pour la Biodiversité. Cela a conduit ainsi en 2010 à la publication d’un état initial de ces indicateurs,
regroupés dans une brochure qui détaille les 59 fiches de chacun des indicateurs. On peut noter que pour
l’avifaune, cela concerne 2 indicateurs, l’évolution de l’abondance des oiseaux communs (STOC) et le suivi
hivernal des oiseaux d’eaux (comptage Wetlands International). L’observatoire étant récent, aucun indice
global n’a pour l’instant été publié.
Plus d’infos : http://www.observatoire-biodiversite-npdc.fr/indicateurs.html
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 90
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Observatoire régional de la biodiversité Languedoc Roussillon (en attente)
L’étude de préfiguration de cet observatoire est terminée depuis décembre 2010, mais le projet est
actuellement en attente. Les 5 rapports issus des différentes réflexions autour du montage de l’observatoire
sont accessibles en ligne et sont de précieux alliés dans toutes réflexions sur cette thématique. On pourra
retenir de la part de l’auteur l’intérêt notoire de la méthode de construction collective d’un observatoire
(inspirée de la méthode Co-Obs) et la proposition d’un indice global de biodiversité régionale (IRV), inspiré
de l’Indice Planète Vivante (LPI), pour la tendance des vertébrés. En ce qui concerne l’avifaune, il est
préconisé que les données soient issues de suivis nationaux (STOC et Wetlands International) ainsi que de
suivis régionaux, locaux ou micro-locaux.
Plus d’infos : http://orblr.fr/wakka.php?wiki=AccueiL
Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes (actif)
Cet observatoire est né de l’initiative de la Tour du Valat en 2004 lors d’une réunion du comité MedWet (pour
Mediterranean Wetlands). La Tour du Valat a ensuite été mandatée en 2008 par les 27 pays membres du
comité pour initier le montage et l’opérationnalité de l’Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes
(OZHM). Cet observatoire est aujourd’hui opérationnel. Il est constitué de quatre principales thématiques,
subdivisées en 17 indicateurs, dont la première concerne l’« intégrité de la biodiversité et de l’écosystème ».
Au sein de cette thématique, qui a pour but de déterminer la santé des écosystèmes « zones humides » en
mettant l'accent sur ses deux composantes essentielles (l'eau et les êtres vivants), six indicateurs sont
actuellement suivis, dont 3 intégrant l’avifaune. L’outil de mesure retenu est l’Indice Planète Vivante (Living
Planet Index ou LPI en anglais), qui est devenu un indicateur synthétique international qui mesure le résultat
de facteurs de menaces sur les populations de vertébrés. Le LPI reflète l’évolution de l’état de santé de la
biodiversité au cours du temps, en se basant sur les variations démographiques de populations d'espèces
de mammifères, d’oiseaux, de reptiles, d’amphibiens et de poissons.
Plus d’infos : http://www.medwetlands-obs.org/fr/content/ozhm
Figure 23 : Une illustration (parmi d’autres) de l'emboitement d'échelles entre locales et internationales et de la
nécessité de s’appuyer sur des observatoires et des dispositifs existants, cohérents entre échelles.
•
Le choix de l’indicateur
Au regard de la bibliographie réalisée sur les observatoires et les indices de tendance spécifique (STI), notre
choix s’est porté vers l’indice planète vivante (Living Planet Index, LPI) utilisé par le WWF depuis 1998 à
l’échelle mondiale et adopté par la Convention sur la Diversité Biologique (CDB) pour mesurer l’évolution de
la biodiversité, en se basant sur les variations démographiques des populations d’espèces. Cet indice se
place à un niveau taxonomique supérieur, puisqu’il permet de rassembler plusieurs STI (oiseau, amphibien,
poisson, etc.) afin de produire un indicateur unique. Dans cette perspective, il nous a paru judicieux de ne
pas cantonner nos réflexions de choix d’indicateur à l’avifaune, afin de permettre une éventuelle intégration
d’autres groupes taxonomiques à l’avenir. Le LPI est défini par ses auteurs comme un « indicateur
pragmatique, adapté à l'exploitation de données existantes, hétérogènes et dispersées », évitant ainsi la
mise en place de suivis spécifiques, plus précis et standardisés mais aussi plus couteux dans leur
application. De plus, le LPI permet un recul sur du long terme, puisque valorisant les données existantes. Un
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 91
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
autre avantage est la facile désagrégation du LPI en plusieurs sous-indicateurs. Par exemple, au niveau
mondial : il est désagrégé en espèces marines, terrestres et d’eau douce (Figure 24) ; au niveau de l’OZHM :
il est désagrégé au niveau géographique (par pays, par sites), par groupe d’espèces ou par type de
dispositifs de suivis (Figure 25).
(a)
(b)
Figure 24 : LPI et désagrégation : (a) l'indicateur au niveau mondial et (b) les sous indicateurs "Eau douce" des zones
tempérées et tropicales (WWF/ZSL, 2012).
Figure 25 : LPI et désagrégation : l'indicateur sur les zones humides méditerranéennes (OZHM, 2012).
Cet indicateur a l’avantage d’être déclinable à plusieurs échelles, d’une entité conséquente (exemple de
l’utilisation du LPI en Camargue) au niveau mondial (exemple pour le WWF), en passant par l’échelle
nationale, régionale, départementale ou comme pour notre projet, d’un bassin versant. Enfin, deux
avantages conséquents peuvent être tirés de l’utilisation du LPI, le premier c’est d’être reproductible (la
méthode est facilement utilisable et disponible) et le second, d’être comparable. Si l’utilisation d’un tel outil
était généralisée, d’une part la remontée d’informations à des échelles supérieures en serait facilitée et
d’autre part les comparaisons entre observatoires seraient permises. La réflexion engagée sur l’avifaune se
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 92
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
porte donc vers l’utilisation du LPI, choix de l’outil qui a été pensé a priori et qui doit se nourrir de données,
donc de dispositifs d’acquisition de données.
1.9.2
Méthodologie : présentation des dispositifs de suivis existants
Suite à la consultation des différents observatoires, des préconisations effectuées lors d’études de
préfiguration ou d’observatoires actifs, ainsi qu’à la connaissance des dispositifs de suivis existants et
appliqués sur une couverture quasi exhaustive du territoire national pour l’avifaune, nous présenterons dans
cette partie les dispositifs de suivis retenu pour l’établissement d’un indicateur avifaune à l’échelle du bassin
Rhône Méditerranée.
L’objectif premier d’un observatoire, tel qu’il a été défini §1.9.1, est de savoir si la biodiversité augmente ou
diminue sur une surface donnée. On peut ajouter ici que pour l’avifaune, nous nous orientons vers une
évaluation de la fonction biodiversité des zones humides afin de rendre compte de leur état de conservation.
Pour avoir une valeur générale, l’indicateur avifaune doit refléter la tendance des espèces d’oiseaux
communs et remarquables, tout en sachant qu’il sera impossible d’obtenir une mesure spécifique exhaustive.
Les dispositifs de suivis doivent ainsi être suffisamment représentatifs de l’avifaune, et plus particulièrement
de l’avifaune des zones humides pour le projet RhoMéO. Au niveau national, différents dispositifs de suivis
d’espèces ou groupe d’espèces existent et sont relayés par des coordinateurs locaux qui déclinent en région
ces suivis. Le fait que ces suivis soient nationaux permet ainsi d’obtenir une source d’information homogène
lorsque l’on dépasse les échelles régionales. Les suivis propres à chaque région ne seront donc pas cités ou
évalués, puisque le but est que chaque région du bassin puisse avoir accès à cette information homogène à
l’échelle du bassin. Les principaux dispositifs de suivis existants sont établis dans le Tableau 54 : 4 sont axés
sur des groupes particuliers d’espèces d’oiseaux d’eau nicheurs, 1 concerne les oiseaux d’eau hivernants et
le dernier concerne les oiseaux communs nicheurs.
Suivi
Oiseaux d’eaux
nicheurs
Oiseaux d’eaux
hivernants
Oiseaux communs
nicheurs
Fréquence
Depuis
Coordination
ENRM
1 an
1994
LPO
Oiseaux marins
10 ans
1970
GISOM
Anatidés
et
Limicoles
10 ans
1984
LPO / ONCFS
Hérons arboricoles
7 ans
1974
CNRS Rennes / MNHN
Wetlands
International
1 an
1967
LPO
STOC
1 an
1989
MNHN
Tableau 54 : Liste des dispositifs existant concernant les oiseaux de zones humides en France .
Le détail de ces dispositifs de suivi est établi en annexe 21. Si les quatre suivis pour les oiseaux d’eaux
nicheurs et le suivi des oiseaux d’eaux hivernants sont exploitables en l’état, il nous semble nécessaire de
détailler le suivi sur les oiseaux communs nicheurs, car une adaptation méthodologique doit être envisagée
afin de répondre à la problématique des zones humides.
STOC : programme de Suivi Temporel des Oiseaux Communs nicheurs
Ce dispositif existe depuis 23 ans (protocole initié en 1989). Le programme STOC est coordonné par le
Centre de Recherche sur la Biologie des Populations d’Oiseaux (CRBPO), affilié au MNHN. Il concerne
toutes les espèces nicheuses d’oiseaux communs. Le programme STOC par échantillonnage ponctuel
simple (EPS) a été relancé en 2001 auprès des ornithologues. Il fait aujourd’hui référence et sert d’indicateur
de biodiversité au niveau National : 1 indice global et 4 indicateurs (espèces généralistes, espèces
spécialistes de milieux forestiers, agricoles et du bâti) sont construit sur base des espèces inventoriées et
suivies par la méthode (Figure 26). Le réseau se structure ainsi : un coordinateur national s’appuie sur des
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p 93
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
coordinateurs locaux, eux-mêmes s’appuyant sur des bénévoles et des salariés de structures
environnementales. Les données sont analysées en local et en régional. En local, cela se fait généralement
sous forme de rapport (e.g . cliquez sur le lien) alors qu’au niveau national la restitution s’effectue sur le
portail internet « Vigie Nature », qui regroupe tous les dispositifs de suivi de biodiversité du MNHN. On y
trouve ainsi pour les oiseaux, les résultats spécifiques via des fiches espèces et les indicateurs obtenus par
le programme STOC.
Plus d’info : page internet du programme STOC sur le portail Vigie Nature :
http://vigienature.mnhn.fr/page/le-suivi-temporel-des-oiseaux-communs-stoc
Figure 26 : Evolution des indicateurs Oiseaux issus du programme STOC (MNHN, 2011).
1.9.3 Méthode : le protocole testé, STOC EPS forcé Zones Humides
Cette partie méthodologique a été publiée dans le cadre d’une note spécifique disponible sur le site RhoMéO
(http://rhomeo.espaces-naturels.fr/sites/default/files/2011_Rhomeo_Note%20STOC%20ZH_v3.0.pdf).
Elle est reprise dans les grandes lignes dans les paragraphes suivants.
STOC EPS et Zones Humides ?
Des tendances fortes ont pu être mises en évidence avec la méthode reconnue et largement utilisée du
STOC EPS. Cette méthode permet de plus le calcul d’indicateur pour le cortège d’oiseaux communs
spécialistes des zones humides mais « il reste que les habitats suivis n’incluent que peu de petites zones
humides » (Jiguet, comm pers) induisant ainsi une difficulté à établir des tendances significatives ou
suffisamment représentatives pour ce groupe d’espèces. Dans le cadre du STOC Capture, il a été mis en
place une méthodologie particulière avec un protocole spécifique aux roselières, le STOC Rozo, qui sort de
l’échantillonnage par points d’écoute avec un matériel et des connaissances mobilisant des ressources
spécifiques. En Rhône-Alpes, une méthodologie sur base de points d’écoutes propre aux roselières existe
(STOC sites roselières). Cette méthode liée à un type de milieu ne nous semblant pas représentative des
zones humides dans leur hétérogénéité, il nous a paru nécessaire d’évaluer une méthodologie plus
largement adaptée à tous types de milieux des zones humides (prairies alluviales, marais, tourbières,
ruisseau, plans d’eau, gravières, roselières, forêts humides). Dans l’optique d’évaluer la possibilité d’obtenir
un indicateur spécifique pour l’avifaune commune des milieux humides, une adaptation méthodologique a
été testée pour l’obtention de carrés STOC EPS en zones humides. Cette méthode, qui a pour but d’être
reproductible sur l’ensemble du bassin Rhône-Méditerranée, a été testée en Franche-Comté en 2011 et
2012.
Sélection des carrés et méthodologie
La méthodologie, réalisée dans le cadre de ce STOC EPS forcé Zones Humides mis en place en 2011, est
basée et adaptée de la méthodologie STOC EPS. Un maillage national de carré 2x2 km a été réalisé par le
MNHN-CRBPO. La méthode STOC EPS consiste à placer sur un carré 10 points d’écoute, sur lesquels le
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p 94
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
dénombrement des oiseaux vus ou entendus s’effectue pendant 5 minutes pour chaque point et ce, dans les
premières heures suivant le lever du soleil. Deux passages sont alors réalisés en période de reproduction
afin d’échantillonner les nicheurs précoces et tardifs. Ils doivent être effectués de part et d’autre du 8 mai
(jusqu’au 15 mai pour les carrés en altitude), avec un intervalle entre les passages de 4 semaines. Plusieurs
paramètres doivent être relevés lors de la réalisation du comptage : il s’agit de la date, de l’heure de
passage sur chaque point, des conditions météorologiques et de l’habitat suivant la nomenclature STOCEPS. La distance des contacts est également notée lorsque cela est possible selon 3 catégories : moins de
25 mètres, entre 25 et 100 mètres et plus de 100 mètres. Les oiseaux en vol direct sont également
comptabilisés. Par vol direct, est entendu tous les oiseaux de passage tels qu’un groupe de martinets ou
d’hirondelles. Les alouettes chantant en vol ou les rapaces en action de chasse doivent être comptabilisés
dans la catégorie de distance correspondante. La saisie des données s’effectue sous un logiciel spécial,
FEPS, spécialement élaboré pour ce dispositif, téléchargeable en ligne à ce lien :
http://www.saxrub.fr/index_download.php
Les deux principales adaptations méthodologiques réalisées pour les besoins de l’étude RhoMéO résident
dans la sélection des carrés et la disposition des points d’écoute. En effet, les carrés à échantillonner doivent
se trouver en zone humide et la surface en zone humide doit être suffisamment importante pour pouvoir
établir les 10 points d’écoute qui couvriront les différents habitats humides du carré (étang, prairie, roselières,
etc.). La première étape est donc la sélection des carrés humides d’une région. Cette étape fait appel aux
outils de système d’information géographique (SIG). Une cartographie des milieux à composantes humides
de France métropolitaine est disponible en ligne auprès du Ministère de l’Ecologie, du Développement
Durable, des Transports et du Logement (Figure 27).
Figure 27 : Milieux à composante humide en France métropolitaine (CGDD (SOeS/ONZH) – MNHN, version 2, mai
2009).
Comme il est précisé, cette cartographie n’est pas un « inventaire exhaustif des zones humides ». Elle
synthétise les informations disponibles à 3 niveaux, l’inventaire des ZNIEFF (type I et II à caractère humide),
l’occupation des sols selon CORINE Land Cover (2006) et les SIC comprenant les habitats humides. Cette
information s’avère donc partielle pour ce qui est des zones humides, puisque (1) majoritairement
représentative des sites gérés en milieux humides ainsi que (2) sous-échantillonnée pour ce qui est des
zones humides inférieures à 25 ha ou à 100 m de large. De fait, sont exclues les ripisylves et les cours d’eau
ainsi que les prairies humides non différenciées des autres prairies dans CORINE Land Cover. Afin de limiter
ce biais, nous nous sommes tournés vers l’Etat, via la DREAL, pour l’obtention de couches cartographiques
des zones humides régionales, dont la cartographie plus précise pallie les manques précédemment énoncés.
La fusion des 2 informations (nationale et régionale) conduit à l’obtention d’une couche cartographique plus
complète sur la région Franche-Comté. La seconde étape consiste à croiser cette couche cartographique de
zones humides avec la grille de carrés STOC. Partant du principe que pour les passereaux on estime entre
300 et 400 mètres la distance minimale entre deux points d’écoute et sachant que la probabilité de détection
des espèces peut varier selon une distance de 50 à 200 mètres (fonction des espèces, du milieu, etc.), nous
avons évalués arbitrairement pour les besoins méthodologiques à 450 mètres la distance minimale entre 2
points. La surface de détection nécessaire à un point d’écoute, est donc 0,16 km2 par point, soit 1,6 km2
pour dix points. Pour un carré STOC de 2x2 km (soit 4 km2), cela revient à dire que 40% de la surface d’un
carré STOC sont nécessaire à la réalisation de 10 points d’écoute en zone humide. Les requêtes
cartographiques nous conduisent ainsi à l’obtention de ces carrés dont la surface est suffisante pour réaliser
l’inventaire. La figure 28 reprend de façon cartographique les étapes de cette méthodologie de sélection des
carrés STOC EPS forcé Zones Humides.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 95
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
FUSION DES COUCHES
Carte nationale des zones humides
Carte régionale des zones humides
Source : CGDD (SOeS/ONZH) – MNHN,
version 2, mai 2009.
Source : DREAL Franche-Comté.
REQUETE AVEC
JOINTURE
GEOGRAPHIQUE
Carte régionale cumulée des zones
humides
Carte régionale des carrés STOC
Source : MNHN
Source : LPO FC.
Carte régionale des carrés STOC ayant au
moins 40% de surface en zone humide
Source : LPO FC.
Figure 28 : Illustration cartographique des étapes de sélection des carrés STOC EPS forcé Zones Humides pour la
région Franche-Comté.
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p 96
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Les 10 stations d’écoute doivent ensuite être placées sur un carré de façon à ce qu’elles soient (Figure 29 et
Annexe 20):
distantes d’au moins 300 mètres les unes des autres ;
disposées en zone humide cartographiée ;
choisies sur critères de cartes topographiques couplés à des photos satellites et/ou un repérage
préalable des milieux humides du secteur ;
représentatives de tous les types d’habitat de zones humides présents, qu’il s’agisse de systèmes
d’eaux littorales, sublittorales ou continentales ;
vu la sensibilité des espèces de ces milieux en période de reproduction, les points doivent – dans la
mesure du possible – être réalisée sur des voies d’accès (chemins de randonnées, chemins agricoles,
routes forestières, digues d’étang, etc.) à proximité directe d’un milieu visé et ce, afin de minimiser l’impact
du dérangement sur les espèces. Il est donc conseillé de s’aider d’images satellites afin d’identifier plus
aisément les chemins d’accès possible.
Figure 29 : Exemple de carrés STOC EPS forcé Zones Humides et ses points d'écoute : rivière, ruisseau, anciennes
gravières en lit mineur, prairie alluviale, réseau de marre et roselière sont représentés.
Test d’application de la méthode en 2011 et 2012
Dans le cadre de RhoMéO, un test d’application eut lieu en Franche-Comté en 2011 et 2012 sur 6 carrés, en
établissant 2 carrés par sous-secteurs hydrographiques. Un des premiers constats sur la méthodologie nous
montre que le seuil des 40% met en avant la particularité régionale d’héberger de nombreux sites de zones
humides, mais de petites tailles. Les carrés illustrés sur la carte (Figure 30) se trouvent donc logiquement
dans les zones humides les plus importantes de la région, concernées pour la plupart par des mesures de
protection (Natura 2000, ZPS, etc.). Un tirage aléatoire des carrés favorables par sous-secteur fut réalisé à
l’aide du logiciel « R-Development Core Team » :
2 dans la vallée de l’Ognon, le premier (le plus au nord) se situe en partie amont de la plaine
alluviale de l’Ognon dans un secteur comportant de nombreuses gravières en exploitation et le deuxième (le
plus à l’ouest, illustré en Figure 5) se situe en partie aval à proximité de la zone de captage des eaux d’un
village proche de la rivière, dont le lit mineur a été exploité par le passé ;
2 en Bresse Jurassienne, situés en zone Natura 2000, dans un complexe d’étangs, de prairies et
bois humides ;
2 dans le Bassin du Drugeon, situés en zone Natura 2000, constituée d’une mosaïque de milieux
différents, des pelouses sèches aux tourbières, en passant par de nombreux milieux humides (bas marais,
marais de transition, tourbière bombée, prairies humides d’altitude, eaux stagnantes ou courantes, etc.).
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p 97
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Vallée de
l’Ognon
Bassin du
Drugeon
Etang de la
Bresse
Jurassienne
Figure 30 : Localisation des carrés STOC EPS forcé Zones Humides retenus pour le test de terrain en Franche-Comté.
Dispositif
STOC ZH
Espèce suivie (n~20)
Bergeronnette des ruisseaux, Bouscarle
de Cetti, Bruant des roseaux, Cisticole
des joncs, Canard colvert, Foulque macroule, Gallinule poule-d'eau, Gorgebleue à miroir, Grèbe castagneux, Grèbe
huppé, Locustelle tachetée, Lusciniole à
moustaches, Martin-pêcheur d'Europe,
Panure à moustaches, Phragmite des
joncs, Pic cendré, Pipit farlouse, Pouillot
fitis, Rousserolle effarvatte, Rousserolle
turdoide, Rousserolle verderolle, Tarier
des prés
Espèce non suivie* (n~10)
Busard des roseaux, Cincle plongeur,
Faucon hobereau, Grèbe à cou noir,
Locustelle luscinioïde, Marouette ponctuée, Milan noir, Hirondelle de rivage,
Râle d'eau, Roselin cramoisi
* espèce nécessitant un dispositif de suivi spécifique
Tableau 55 : Liste des espèces de zones humides potentielles visées par le STOC forcé Zones Humides (nomenclature
issue de la Commission de l'Avifaune de France (CAF, 2011).
1.9.4
Méthodologie : le calcul du LPI
L’objectif est ici de présenter les grands traits méthodologiques du calcul du LPI en développant notamment
les définitions de population et de séries temporelles entendues par la méthode ; il s’agira également de
parler de la façon de mettre en forme les données et de ce qu’il faut savoir pour une utilisation éventuelle de
cet outil.
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p 98
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Le LPI est un indice permettant, de manière synthétique, de suivre l’évolution de la biodiversité au cours du
temps et permettant de valoriser la plupart des données de suivis existants. Son calcul est basé sur des
comptages ou des estimations d’effectifs d’une population sur un site donné. Il est donc le reflet des
variations d’abondance des populations concernées, en sachant qu’une espèce peut être constituée de
plusieurs populations (Figure 31). Pour chacune des populations, une tendance est calculée. Les différentes
tendances sont agrégées et moyennées pour former le LPI, qui démarre à une année fixée (e.g. au niveau
mondial le WWF a choisi 1970) et prend ainsi la valeur 1 pour cette année de référence. Une lecture
graphique permet ensuite une interprétation simple : plus de 1, les populations ont augmenté, entre 0 et 1
elles ont diminué. Il ne faut bien sûr pas se contenter de cette approche globale de l’indicateur, qui peut
masquer des évolutions négatives pour une population entre deux populations en forte augmentation. La
capacité de l’indice d’être désagrégeable aisément permet donc de pallier cette tendance moyenne.
Figure 31 : Schéma conceptuel pour le LPI du WWF au niveau mondial (WWF/ZSL, 2012)
Populations et séries temporelles
Cet indicateur a donc pour caractéristique de reposer sur une compilation de séries temporelles, sur la base
d’effectifs populationnels. Une population peut être entendue sous plusieurs échelles : en effet, une espèce
peut être composée de plusieurs populations mais également d’une population unique. Tout dépend ainsi de
l’échelle considérée et du niveau retenu d’agrégation des données. La précision des données de comptages
d’effectifs sur un site donné peut varier d’une réserve naturelle à une région, un pays ou une aire
biogéographique. Plus la population retenue est à une échelle fine, plus la précision du LPI sera grande. En
revanche la principale limite réside dans le degré de précision des données historiques des comptages et
dans leurs accès. Ce niveau d’accessibilité détermine ainsi la quantité de travail à fournir pour la phase de
recherche, de compilation et de mise en forme des données.
Pour réaliser le calcul, le LPI se base sur des séries temporelles. Une série temporelle est donc l’effectif
d’une population à plusieurs dates données, qui doit être représentée par au moins deux mesures sur
l’intervalle de temps considéré. Le principe de calcul de l’indice est schématisé dans la figure 32. Les
tendances spécifiques sont calculées selon deux méthodes. La première est une méthode de proche en
proche (« chain method ») consistant en une interpolation des données manquantes par un modèle loglinéaire. La seconde est basée sur les modèles additifs généralisés (« GAM ») consistant à ajuster une
courbe de lissage aux données pour les séries temporelles possédant au moins 6 années d’effectifs. Dans
les deux cas, les tendances interannuelles sont calculées à partir des valeurs interpolées, avec ou sans
lissage selon les méthodes (log-linéaire ou GAM). Le logarithme de la différence entre l’effectif de l’année (n)
et l’année (n-1) est calculé pour chaque série temporelle pour chaque année. On obtient ainsi une tendance
moyenne par espèce. Cet indice de tendance est donc obtenu pour chacune des espèces et l’agrégation
consiste enfin à faire une moyenne de tous les indices obtenus. Des intervalles de confiance sont obtenus
par « bootstrap ». Plus de détails mathématiques sont disponibles auprès des auteurs de la méthode de
calcul ou de leurs publications (voir notamment : Loh et al., 2005 ; McRae et al., 2007).
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Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 32 : Principe général de calcul des indicateurs de tendance spécifique .
Mode de calcul et mise en forme des données
Le calcul de l’indice est réalisé à l’aide d’un script disponible gratuitement auprès des développeurs de la
méthode. Ce script fonctionne sous le logiciel de traitement statistique « R-Development Core Team », libre
d’accès. Les chercheurs de l’institut zoologique de Londres à l’origine de l’indice (Dr B. Collen, J. Loh et L.
McRae) assurent le suivi et la mise à jour du script servant au calcul du LPI. Le traitement de calcul fait
appel aux séries temporelles, disposées dans un tableur en format texte (« .txt »). Les séries doivent être
renseignées selon un type de format bien établi (Tableau 56) : 4 colonnes, espèces, identifiant de la
population, année et valeur d’effectif. Un fichier de métadonnées est cependant nécessaire afin de
discriminer a priori les données de populations utilisées pour l’indicateur global ou pour les sous-indicateurs
désagrégés (en fonction de leur localisation, statut liste rouge, du degré de spécialisation ou du type de
dispositifs de comptages par exemple).
Binomial
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
Larus_ridibundus
ID
454444
454444
454444
454444
454444
454444
454444
454444
454444
454444
458888
458888
458888
458888
458888
458888
458888
458888
458888
458888
year
1994
1996
1998
2000
2002
2004
2006
2008
2010
2012
1994
1996
1998
2000
2002
2004
2006
2008
2010
2012
popvalue
15107
19889
15739
14224
6594
9112
10130
10999
14425
11430
34263
51557
73961
97202
79226
35631
25775
36441
20912
32976
Tableau 56 : Mise en forme des données en format texte pour le calcul du LPI : ici une représentation pour la Mouette
rieuse pour deux populations distinctes, soit 2 séries temporelles.
Notez ainsi le même nom d'espèce, mais un identifiant différent pour chacune des 2 populations.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 100
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.9.5
Résultats
a)
Liste d’espèces de zones humides et sous-indicateurs
Un travail réalisé en partenariat avec la Tour du Valat (Centre de recherche pour la conservation des zones
humides méditerranéennes) a permis d’établir une liste d’espèces de zones humides et de discriminer ces
espèces en fonction de leur statut national (nicheuse ou hivernante, communes rares ou occasionnelles). La
liste ayant servie comme base de travail est issue de la Commission de l’Avifaune de France, qui référence
toutes les espèces observées sur le territoire national.
Sur les 581 espèces observées en France, 287 (49.4%) sont inféodées aux zones humides. Parmi ces
dernières, certaines sont non nicheuses, de passages, rares et accidentelles, certaines nicheuses mais
échappées de captivité ou considérées comme allochtones. Elles ont ainsi été écartées de la liste de
référence. Les espèces retenues pour l’intégration à un observatoire sont au nombre de 129 : elles
concernent les espèces nicheuses sur le territoire national (rares ou communes) et les espèces hivernantes
d’anatidés et foulques. Le tableau listant ces espèces retenues est disposé en annexe 23. Il nous permet de
constater que certaines sont communes aux deux statuts nicheurs et hivernants. Concernant les espèces
nicheuses, 81 espèces sur 117 sont suivies par les dispositifs nationaux énoncés précédemment. Ce sont
ainsi 36 espèces qui ne sont pas suivies, que l’on peut diviser en 18 nicheuses mais ne possédant pas de
suivi adapté, et 18 non nicheuses sur le territoire du bassin versant Rhône Méditerranée. Concernant les
espèces hivernantes, 29 espèces sur 31 sont suivies par le comptage des oiseaux d’eaux hivernants,
puisque les 2 espèces de Bernache cravant n’hivernent pas sur le bassin versant.
Sur la base de cette liste d’espèces sur lesquelles des dispositifs de suivi sont appliqués, il a été attribué aux
espèces leur caractère généraliste ou spécialiste, et dans les cas où cela a été possible, attribué un type
d’habitat pour les spécialistes. L’indice global permet l’analyse des tendances des populations d’oiseaux qui
peut être un indicateur direct de l’organisation de l’espace. On sait que plus la surface d’habitat favorable est
grande, plus le peuplement est diversifié et quantitativement plus important (Théorie des iles extrapolables
aux fragments d’habitats favorables isolés). Or les milieux humides sont souvent fragmentés à l’échelle du
bassin, leur réduction est constante. Ainsi pour certaines espèces fragiles ou sensibles aux processus
métapopulationnels, la destruction de fragments d’habitats favorables conduit au déclin des populations et à
la possible extinction d’espèce. Les oiseaux sont il est vrai soumis à des aléas de mortalité hors bassin RMC
lors des migrations et de l’hivernage. Il n’en est pas moins que le lieu de reproduction peut assurer la survie
d’une espèce si les milieux sont suffisamment favorables et le succès de reproduction suffisamment
important. Mesurer l’évolution de l’ensemble des populations permet de connaitre le sens et la tendance du
peuplement des oiseaux de zones humides, mais peut aussi aboutir à déterminer les principales menaces
qui pèsent sur certaines espèces, donc sur les types de milieux. Ainsi du LPI avifaune, peut-on réaliser des
sous-indicateurs basés sur certaines espèces considérées spécialistes de type d’habitat, pouvant ainsi être
une mesure indirecte soit d’un mode de pression ou de gestion, soit d’une dynamique écologique absente :
sous-indicateur « banalisation des milieux » : cet indicateur d’état se base sur la confrontation de
l’évolution des espèces généralistes et des espèces spécialistes des zones humides. Les espèces
généralistes sont indicatrices de la fragmentation des habitats, de l’homogénéité de typologie d’habitat et
des processus d’eutrophisation. Les espèces spécialistes sont quant à elles indicatrices de l’hétérogénéité
des milieux et de la qualité des habitats dont elles sont spécialistes ;
-
-
sous-indicateur « pression agricole » : cet indicateur se base sur 5 espèces considérées
spécialistes des milieux alluviaux et particulièrement des prairies humides : Râle des genêts, Vanneau
huppé, Pipit farlouse, Tarier des prés, Courlis cendré. Les tendances d’évolution de ce peuplement
permettront de renseigner la pression du mode d’exploitation agricole qu’il est fait sur ce type de milieu ;
sous-indicateur « dynamique naturelle » : pour cet indicateur de milieu minéral (sables, galets et
dunes), 16 espèces nicheuses en sont spécialistes : Flamant rose, Huîtrier pie, Avocette élégante, Glaréole
à collier, Petit Gravelot, Grand Gravelot, Gravelot à collier interrompu, Chevalier guignette, Goéland railleur,
Sterne naine, Sterne hansel, Sterne caugek, Sterne pierregarin, Sterne de Dougall, Martin-pêcheur d'Europe,
Hirondelle de rivage. Ces 16 espèces sont liées à la dynamique des milieux humides. Elles nichent sur des
milieux pionniers dépourvus de végétation, milieux issus de la dynamique des fleuves (banc de sables ou de
graviers) ou de la dynamique de l’ensemble laguno-marin (dunes et ilots de sable). Elles sont donc
indicatrices d’une dynamique de perturbations et de successions écologiques équilibrée ;
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 101
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
sous-indicateur « interface terre-eau » : pour cet indicateur de milieu de type marais, roselières et
ceintures d’hélophytes, 25 espèces nicheuses en sont spécialistes : Canard chipeau, Sarcelle d'été, Nette
rousse, Fuligule milouin, Fuligule nyroca, Fuligule morillon, Grèbe castagneux, Grèbe à cou noir, Butor étoilé,
Busard des roseaux, Marouette ponctuée, Marouette poussin, Marouette de Baillon, Talève sultane,
Bécassine des marais, Guifette moustac, Guifette noire, Gorgebleue à miroir, Locustelle luscinioïde,
Lusciniole à moustaches, Phragmite des joncs, Rousserolle verderolle, Rousserolle effarvatte, Rousserolle
turdoïde, Panure à moustaches, Bruant des roseaux. Ces espèces sont liées à la présence de végétation
rivulaire à tendance hygrophile (phragmitaie, typhaie, cariçaie). Ces espèces sont ainsi liées à la présence
de formations végétales sur sols hydromorphes présentant une grande importance écologique dans le rôle
d’effet-lisières.
Ainsi à l’échelle du bassin 4 sous-indicateurs peuvent être pris en compte pour orienter les principales
mesures de gestion favorables au peuplement d’oiseaux et donc à la faune associée : 1 sous-indicateur «
banalisation des milieux » et 3 sous-indicateurs d’évolution d’espèces nicheuses spécialistes selon leur
habitat (« pression agricole », « dynamique naturelle » et « interface terre-eau »). Le fait de pouvoir
désagréger l’indicateur global par région administrative peut également permettre de préciser, voire
hiérarchiser, les principales régions où sont soulevés les problèmes.
b) Le test méthodologique STOC EPS forcé Zones Humides
Richesse spécifique moyenne
Six carrés STOC EPS forcé Zones Humides ont été prospectés en Franche-Comté à raison de 2 passages
par an en 2011 et en 2012. Les prospections ont été réalisées du 04 mai au 09 juin pour l'année 2011 et du
24 avril au 15 juin pour 2012. Au bout de ces 2 années de suivi, ce sont 4 247 individus (somme des
maximums par point par espèce, carré et année) qui ont été contactées pour 120 espèces. En 2011, 104
espèces ont été observées avec un total de 2 050 individus. L'année 2012 a été plus favorable avec
l'observation de 2 197 individus pour 110 espèces. Parmi les 120 espèces, 4 d'entre elles ne sont pas
nicheuses en Franche-Comté, il s'agit du Crabier chevelu (Ardeola ralloides), du Chevalier culblanc (Tringa
ochropus), du Chevalier aboyeur (Tringa nebularia) et de la Grande Aigrette (Casmerodius albus). Toutes
ces espèces, bien que n'étant pas reproductrices en région, seront intégrées à l'analyse car elles sont toutes
liées aux zones humides. Par équivalence, les espèces non nicheuses non inféodées aux zones humides
seront également gardées dans les analyses. Sur ces 120 espèces, 42 sont inféodées aux zones humides,
qu’elles en soient généralistes ou spécialistes. La comparaison avec le réseau STOC EPS classique,
considéré ici comme témoin, s'est faite uniquement en ne prenant que les 2 passages. Les passages
précoces du réseau témoin ont été enlevés de l'analyse dans le but d'éviter un biais d'échantillonnage. Les
observations d'espèces indéterminées ont également été supprimées. Ce sont respectivement 41 et 36
carrés STOC qui ont été suivis en 2011 et en 2012 au sein du réseau témoin régional. Parmi eux, 31 carrés
sur 46 carrés sont communs entre les deux années. En termes de richesse, 129 espèces ont été contactées,
dont 35 espèces inféodées aux zones humides (respectivement 120 et 42 espèces pour le réseau STOC
EPS forcé Zones Humides).
Parmi ces 35 espèces, la Bernache nonnette est une espèce échappée de captivité. Elle ne sera donc pas
prise en compte dans le cadre de l’analyse faire sur la richesse spécifique moyenne. Le graphique présenté
en figurer établit les principaux résultats pour la comparaison des 2 réseaux STOC EPS sur la richesse
spécifique.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 102
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 33 : Résultats comparatifs entre STOC EPS témoin et STOC EPS forcé Zones Humides quant à la richesse
spécifique, (a) pour les espèces de zones humides et (b) pour toutes espèces.
Les résultats montrent ainsi que la méthode testée en Franche-Comté permet d’obtenir une richesse
spécifique plus élevée que dans le réseau témoin, résultats valables aussi bien sur la richesse spécifique
totale que pour la richesse en oiseaux d’eaux. Cette méthode adaptée aux zones humides permet de
contacter en moyenne 15,17 ±3,85 espèces de zones humides contre 3,13 ±3,58 dans le réseau témoin
(différence significative, p=0,03125).
Abondances et fréquences des espèces contactées en 2011 et en 2012
Le Tableau 57 présente les abondances et fréquences de contact pour 15 espèces communes d’oiseaux de
zones humides. Pour la totalité des espèces de zones humides, se référer à l’Annexe 21.
Sur les 42 espèces inféodées aux zones humides et contactées durant les 2 années de suivis du projet
RhoMéO, 5 d'entre elles (Nette rousse, Crabier chevelu, Blongios nain, Locustelle luscinoïde, Sarcelle
d’hiver) n'ont jamais été observées en 10 années de STOC Régional. Ces espèces sont des nicheurs très
rares ou des espèces accidentelles en Franche-Comté et ne peuvent en conséquent être considérées
comme communes. Uniquement sur la période 2011-2012, ce sont 15 espèces d’oiseaux d’eau qui n’ont pas
été observées dans le cadre du réseau témoin par rapport à la méthode adaptée aux zones humides. Il
s'agit notamment du Grèbe huppé, de l'Hirondelle de rivage et du Héron pourpré. Inversement, 8 espèces de
zones humides ont été contactées en 2011 ou 2012 lors des prospections STOC témoin mais pas sur les
carrés STOC forcé ZH. Ce sont dans l'ensemble des espèces rares ou accidentelles excepté le Cincle
plongeur, espèce localisée sur les rivières de tête de bassin. Ce fait est à pondérer car seulement 6 carrés
sont prospectés au sein du réseau STOC forcé ZH contre 46 pour le STOC témoin.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 103
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
2011 STOC Rhomeo
Nom français
Nom scientifique
Nmax
2012 STOC
Rhomeo
STOC Rhomeo
2011-2012
Résultats STOC-EPS
FC 2011 (41 carrés)
Fréquence
Fréquence
Fréquence
Nmax
Nmax
Nmax
(%)
(%)
(%)
Résultats STOC-EPS
FC 2012 (36 carrés)
Résultats STOC-EPS Résultats STOC-EPS
FC 2011-2012 (46 FC 2002-2012 (78
carrés)
carrés)
Fréquence
(%)
Nmax
Fréquence
(%)
Nmax
Fréquence
Fréquence
Nmax
(%)
(%)
Foulque macroule
Fulica atra
68
83,3
80
83,3
148
83,3
20
12,2
21
16,7
41
15,2
251
19,2
Canard colvert
Anas
platyrhynchos
58
100,0
63
100,0
121
100,0
49
29,3
47
38,9
96
37,0
605
46,2
Pouillot fitis
Phylloscopus
trochilus
52
83,3
41
50,0
93
83,3
99
65,9
79
63,9
178
73,9
919
85,9
Grèbe huppé
Podiceps cristatus
44
50,0
29
50,0
73
50,0
-
-
-
-
-
-
25
6,4
Cygne tuberculé
Cygnus olor
41
83,3
31
100,0
72
100,0
7
4,9
10
11,1
17
13,0
82
12,8
Fuligule milouin
Aythya ferina
21
50,0
38
50,0
59
50,0
9
4,9
1
2,8
10
4,3
19
2,6
Rousserolle
effarvate
Acrocephalus
scirpaceus
29
66,7
22
66,7
51
66,7
14
17,1
6
11,1
20
15,2
122
26,9
Héron cendré
Ardea cinerea
25
100,0
22
100,0
47
100,0
40
41,5
28
36,1
68
50,0
378
69,2
Bruant des roseaux
Emberiza
schoeniclus
15
66,7
22
66,7
37
66,7
10
4,9
12
5,6
22
6,5
130
10,3
Pipit farlouse
Anthus pratensis
14
33,3
21
33,3
35
33,3
16
2,4
9
2,8
25
2,2
174
10,3
Courlis cendré
Numenius arquata
15
66,7
17
66,7
32
83,3
14
7,3
9
2,8
23
6,5
127
5,1
Locustelle tachetée Locustella naevia
16
83,3
12
66,7
28
83,3
10
2,4
7
5,6
17
4,3
79
20,5
Milan noir
Milvus migrans
13
83,3
15
83,3
28
83,3
28
34,1
17
30,6
45
45,7
270
62,8
Rousserolle
verderolle
Acrocephalus
palustris
15
33,3
13
33,3
28
33,3
13
4,9
10
5,6
23
6,5
136
12,8
Tarier des prés
Saxicola rubetra
15
33,3
13
33,3
28
50,0
17
14,6
9
16,7
26
19,6
178
29,5
Tableau 57 : Illustration comparative pour 15 espèces de Zones Humides contactées sur les 2 années de test méthodologique.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 104
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
En ce qui concerne les espèces communes de zones humides, les contacts réalisés dans le cadre du test
méthodologique permettent une fréquence plus élevée que dans le réseau témoin. De la même façon, le
nombre d’individus contactés sur la période 2011-2012 sur 6 carrés peuvent être comparés aux effectifs
obtenus pour la même période sur 46 carrés du réseau témoin : seul les effectifs du Pouillot fitis sont
inférieurs dans le STOC forcé ZH. Les effectifs pour les autres espèces communes sont soit bien au-dessus
(Foulque macroule, Cygne tuberculé, Grèbe huppé, Rousserolle effarvatte) soit légèrement supérieur
(Canard colvert, Bruant des roseaux, Pipit farlouse, Locustelle tachetée, Rousserolle verderolle, Tarier des
prés) dans le STOC forcé ZH.
Comme l’on pouvait le pressentir, ces résultats mettent en évidence que malgré un nombre d’échantillon
réduit, la méthodologie du suivi temporel des oiseaux communs adaptée et forcée pour les zones humides
obtient une richesse spécifique, une fréquence de contact et des effectifs plus importants d’oiseaux
communs de zones humides, que dans un nombre 7 fois plus élevé de carré STOC selon la méthode
classique, pour la région Franche-Comté.
c)
Le calcul du LPI : application de la méthode pour la Franche-Comté
L’objectif est ici de tester la faisabilité de l’établissement d’un LPI global en Franche-Comté pour les oiseaux
de zones humides, ainsi que les 4 sous-indicateurs proposés (1 sous-indicateur « évolution des espèces
généralistes vs spécialistes » et 3 sous-indicateur d’évolution d’espèces nicheuses spécialistes selon leur
habitat, « prairie humide », « milieu minéral » et « roselières et ceintures d’hélophytes »). Cette étude de
faisabilité devra permettre de déduire la possibilité d’étendre à l’échelle du bassin versant cette méthode de
calcul pour l’obtention d’un indicateur et de ses sous-indicateurs associés à l’échelle du bassin pour les
oiseaux de zones humides.
L’établissement des séries temporelles pour les populations se base sur les dispositifs de suivis nationaux
énoncés dans le § 1.9.2 auxquels sont ajoutés les résultats 2011 et 2012 du test méthodologique du STOC
forcé ZH. Les séries temporelles sont obtenues pour les espèces listées dans l’Annexe 23, tout en sachant
que ces espèces ne se reproduisent pas toutes sur le territoire régional. Le terme de population est ici
entendu au niveau régional, considérant la mise en perspective à une échelle de bassin. Dans le cadre d’un
observatoire régional, une population entendue au niveau départemental ou d’un site aurait été plus précise.
L’objectif n’étant pas ici de tester la précision du LPI mais la faisabilité d’appliquer le schéma conceptuel
d’introduire des résultats de suivis nationaux dans un observatoire de biodiversité à l’échelle d’un bassin, la
population régionale nous semble adaptée.
Au regard des différents suivis, à leur première date de mise en place et à leur structuration méthodologique
au niveau des réseaux locaux de suivis, notamment pour les oiseaux nicheurs, l’année 1990 est préférée à
1970 pour l’année de référence et l’établissement des graphiques, bien que certaines données
implémentées concernent des années antérieures à 1990 (elles servent ainsi à l’établissement de meilleurs
modèles). Pour les oiseaux hivernants, les comptages existent depuis 1967, y compris en Franche-Comté,
mais la structuration du réseau de comptage et des entités comptées est effective depuis le début des
années 1990, appuyant ainsi ce choix pour l’année de référence.
La liste des espèces pour chaque indicateur est établie en Annexe 24.
LPI Global : évolution de l'abondance des oiseaux d'eau en Franche-Comté
Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 59 espèces
(37 nicheuses et 22 hivernantes) présentes en région.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 105
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 34 : Indice LPI des zones humides Franc-Comtoises pour les oiseaux d’eaux (LPI Global), hivernants (LPI
hivernant) et nicheuses (LPI nicheur).
La tendance pour les populations d’oiseaux d’eaux en Franche-Comté est à la hausse, autant pour les
populations hivernantes que pour les populations nicheuses. De nombreuses espèces de zones humides
ont colonisé récemment la région qui n’est pas connue pour ses vastes zones humides. La Franche-Comté
est avant tout constituée de zones humides de petite surface, mais est parcourue de plusieurs vallées
alluviales. Ces vallées ont été propices à l’établissement d’espèces telles le Harle bièvre qui, en provenance
de Suisse est passé d’un cas de reproduction certaine en 1990 à plus 100 couples en 2010. Dans une
proportion moins importante, l’Aigrette garzette s’est installée récemment dans la vallée du Doubs en 2
localités. D’autres secteurs humides, plus vaste, telle la Vallée du Drugeon et les Etangs de Bresse
Jurassienne, ont vu l’apparition de nouvelles espèces nicheuses (Sarcelle d’hiver, Goéland leucophée) alors
que les populations d’espèces patrimoniales reculent progressivement. La population régionale de Cigogne
blanche a elle aussi, sous l’influence de l’augmentation de la population Alsacienne voisine,
considérablement augmenté. L’apparition de 11 espèces nouvellement nicheuses dans la région depuis
l’année 1990 contribue ainsi à une évolution positive de la tendance des oiseaux d’eaux de la région. La
même tendance est observée dans une moindre mesure pour les oiseaux d’eaux hivernants.
Cela ne veut pas pour autant dire que l’état de conservation des zones humides s’améliore dans la région.
Le LPI global pour les oiseaux d’eaux en Franche-Comté est ainsi tiré vers le haut par les espèces
nicheuses. Toutefois cette augmentation n’est pas le reflet de la qualité des zones humides et peut cacher
des disparités entre familles ou espèces. Il apparait ainsi nécessaire de ne pas se contenter de cet indice
global mais de le subdiviser en sous indicateurs.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 106
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Sous-indicateur 1 « banalisation des milieux »: évolution des espèces nicheuses généralistes vs
spécialistes en Franche-Comté
Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 12 espèces
généralistes et de 25 espèces spécialistes présentes en région.
Figure 35 : Indice LPI « banalisation des milieux » des zones humides Franc-Comtoises pour les oiseaux d’eaux
nicheurs généralistes et spécialistes.
On peut constater ici une certaine similarité dans la forme de la courbe pour les oiseaux d’eaux nicheurs
généralistes et la courbe du LPI global du graphique du paragraphe précédent. Cette similarité nous permet
de dire que le LPI global est tiré (fortement) vers le haut par l’augmentation des espèces généralistes.
L’indice pour ces espèces est passé de 1 en 1990 à plus de 90 en 2012, soit une augmentation moyenne
des effectifs de 900%. Ce qui est flagrant également, c’est que 12 espèces généralistes ont plus d’influence
sur le LPI global que les 25 espèces spécialistes, bien qu’en terme de poids statistique, chaque population
soit identique. Ces 25 espèces nicheuses spécialistes des zones humides ont quant à elle une évolution en
légère augmentation.
Ce sous-indicateur permet de conforter ce qui a déjà été constaté dans l’utilisation du LPI pour les oiseaux
d’eaux pour la Camargue ou l’Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes, à savoir que le LPI
oiseaux d’eaux trouve son origine dans une augmentation très forte d’une minorité d’oiseaux généralistes,
plutôt que dans un état de conservation plus favorable qu’auparavant. Les espèces généralistes exploitent
de multiples habitats humides et trouvent ainsi dans leur opportunisme une adaptation importante à la
transformation ou à la dégradation des zones humides qu’ils fréquentent. La tendance de ces espèces est
plus imputable à la fragmentation des habitats, à l’homogénéisation des milieux ou à l’eutrophisation qu’à
une amélioration de la qualité des zones humides.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 107
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Sous-indicateur 2 « pression agricole » : évolution des espèces nicheuses spécialistes de milieux
alluviaux et systèmes prairiaux, en Franche-Comté
Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 5 espèces
spécialistes présentes en région.
Figure 36 : Indice LPI « pression agricole » des zones humides Franc-Comtoises.
En Franche-Comté, la tendance pour les 5 espèces nicheuses spécialistes de milieu prairial est très parlante,
avec une baisse moyenne de 60% des effectifs entre 1990 et 2012. Cette baisse alarmante, connue en
région mais aussi sur certaines espèces au niveau national comme le Râle des genêts, peut ainsi engendrer
des réactions auprès des décideurs. L’outil LPI appliqué à ce type de sous-indicateur est d’un grande aide
pour discriminer les priorités d’actions sur les milieux qui touchent le plus l’évolution de l’avifaune. Les
milieux prairiaux sont menacés par le drainage, qui assèche les prairies humides, et par les pratiques
agricoles qui ne sont pas en adéquation avec la biologie des espèces. Les fauches précoces ont ainsi un
impact sur les populations liées à ce type de milieu, détruisant les nichées en période de nidification.
Dans une logique d’observatoire de biodiversité, on voit ici tous le sens et l’importance de ne pas traiter un
indicateur global seul mais de l’associer à des sous-indicateurs. A l’inverse dans une approche axée sur la
qualité des milieux humides, il nous apparait important de pouvoir extraire des indicateurs spécifiques via un
groupe d’espèces indicatrices, comme ici pour cet indicateur de pression agricole.
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Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Sous-indicateur 3 « dynamique naturelle » : évolution des espèces nicheuses spécialistes de milieu
pionnier ou minéral en Franche-Comté
Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 3 espèces
spécialistes présentes en région.
Figure 37 : Indice LPI « dynamique naturelle » des zones humides Franc-Comtoises.
Pour ce sous-indicateur de milieu minéral, seules 3 espèces sur 16 possibles contribuent à l’établissement
graphique pour la région. C’est en partie dû au fait que les principales espèces spécialistes du milieu sont
présentes en zones littorales méditerranéennes pour le bassin. L’Hirondelle de rivage aurait pu être intégrée
pour la région, mais le premier inventaire régional (dans le cadre de l’enquête nationale) a été mené en 2012
seulement. Si cette enquête nationale était reconduite à une cyclicité de 5 ou 10 ans, le dispositif de suivi
pourrait ensuite être intégré aux indicateurs proposés dans la présente étude.
La tendance pour les espèces du milieu minéral apparait en diminution. En Camargue, cette tendance a été
confirmée également pour les espèces laguno-marines, majoritairement nicheuse en milieu minéral pionnier
et intégré dans le sous-indicateur proposé. Pour ces espèces, comme pour les 3 espèces de FrancheComté, le milieu minéral doit être sujet à des dynamiques de renouvellement des milieux pionniers pour être
maintenu à cet état minéral. La dynamique alluviale, en lit mineur, dans les estuaires ou dans les salins doit
permettre ce renouvellement et la formation d’ilots de galets et graviers dépourvu de végétation.
L’endiguement des fleuves et des salins stabilise les milieux en bloquant cette dynamique. L’évolution de
cette communauté d’oiseaux peut donc être un bon indicateur de la présence ou du manque de dynamique
alluviale ou laguno-marine. Le sous-indicateur peut ainsi être calculé à partir des données disponibles pour
toutes ou partie des 16 espèces spécialistes présentes sur le bassin.
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Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Sous-indicateur 4 « interface terre-eau » : évolution des espèces nicheuses spécialistes de marais,
roselières et ceintures d’hélophytes en Franche-Comté
Pour l’établissement graphique de cette évolution, le LPI est obtenu grâce à la contribution de 9 espèces
spécialistes de marais, roselières et ceintures d’hélophytes présentes en région .
Figure 38 : Indice LPI « interface terre-eau » des zones humides Franc-Comtoises.
Pour les milieux liés à l’interface terre-eau, l’évolution positive est due à la progression en région de 2
espèces d’anatidés apparues récemment. La région étant très peu pourvue en marais, roselières et
ceintures d’hélophytes, la tendance établie ici peut présager du fait que cet indicateur à l’échelle du bassin
sera plus robuste que dans notre région, car intégrant plus d’espèces présentes dans cet écotone, qui
présente des surfaces plus importantes dans d’autres régions du bassin.
Ces milieux sont en régression, du fait du drainage, de la pression agricole, de l’artificialisation des berges,
de la pisciculture intensive ou d’une mauvaise gestion. Ils jouent pourtant un rôle important pour la
biodiversité dans les effets-lisières, qui sont des cœurs d’habitat privilégié par de nombreuses espèces
patrimoniales, et ont un rôle épurateur notoire des eaux.
1.9.6
Analyse et retour d’expérience sur les protocoles et indicateurs
La méthodologie proposée ici pour réaliser un observatoire avifaune des zones humides à l’échelle du
bassin Rhône Méditerranée nous semble pertinente dans la mesure où (1) elle se base sur des dispositifs
de suivis existants et appliqués par les territoires du bassin versant, (2) elle utilise un outil de calcul reconnu
par le monde scientifique et appliqué dans le cadre d’autres observatoires et (3) elle est applicable en région
Franche-Comté, région peu pourvue en zones humides. Evidemment cette méthode possède des limites et
ne peut être considérée sans failles.
a)
Opérationnalité
Acquisition des données de suivis
Pour ce qui concerne les dispositifs existants, il est bien sûr nécessaire de rappeler que les données
acquises lors de ces suivis le sont dans des cadres salariés (associations, organismes d’état, fédérations
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 110
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
régionales ou départementales, centre de recherche, etc.) mais également et majoritairement bénévoles, par
l’action d’un public passionné et connaisseur. Ce public met ses connaissances au profit des sciences
participatives. C’est donc à la fois une force et une faiblesse de ces dispositifs. Force, car c’est un
déploiement exceptionnel sur un territoire qu’il est impensable de pouvoir quantifier, tant en termes d’heures
que d’équivalence financière. Ces efforts sont renforcés par des coordinations salariées (nationales ou
locales) qu’il est donc nécessaire de maintenir par la voie de subventions ou d’aides financières apportées
aux structures porteuses des différents dispositifs à toutes échelles. Faiblesse, car sans ces financements,
l’on peut penser que certains dispositifs seraient mis à mal. Faiblesse, car l’épuisement bénévole est une
réalité, d’autant plus dans l’environnement où les sciences participatives ont tendance à s’inscrire partout et
sur tous les taxons. Il n’en est pas moins que l’avifaune reste un des taxons les mieux pourvus en
connaissances, avec un recul pouvant aller jusqu’à 1967 pour le suivi le plus ancien. Peu de taxons peuvent
ainsi prétendre à obtenir des données quantitatives sur un pas de temps aussi long. Dans une logique
d’efficience, il paraitrait donc inapproprié de ne pas s’appuyer sur ces dispositifs de suivis et de ne pas faire
en sorte de les utiliser au mieux sur toutes les échelles administratives possibles.
L’outil LPI
Pour ce qui concerne l’outil de calcul, le LPI, cet indicateur très agrégé permet de prendre en compte des
données de multiples espèces à partir de suivi hétérogènes, inégaux dans le temps et même dans leur
fiabilité. Ses capacités de désagrégation selon les données disponibles ont également séduit des
organismes qui l’ont ainsi utilisé comme indicateur d’observatoires existants (Camargue et Observatoire des
Zones Humides Méditerranéennes) ou préconisé pour l’application d’observatoire régional (LanguedocRoussillon). Cet outil conçu pour être utilisé au niveau mondial est par ailleurs utilisé comme indicateur de la
Convention sur la Diversité Biologique. Il a fait l’objet de nombreuses publications scientifiques et son
utilisation libre de droit est applicable par tous, aisément. Il possède des contraintes et des biais (voir
paragraphe suivant) mais nous apparait aujourd’hui comme un outil adapté aux observatoires de biodiversité.
Le protocole STOC EPS forcé ZH
L’adaptation méthodologique réalisée et testée en Franche-Comté pour l’obtention d’un dispositif de suivi
adapté aux oiseaux communs de zones humides s’avère efficace et applicable. Une validation extérieure est
cependant nécessaire. Aucune région n’ayant pu appliquer la méthodologie, notamment sur l’obtention des
carrés en zones humides, il nous est ici difficile d’extrapoler au-delà des frontières régionales. Pour la
Franche-Comté, la méthode nous permet de dire cependant que de nombreuses zones humides de petites
tailles sont exclues de fait. Aucun élément ne nous permet également de dire combien de carrés STOC EPS
forcé zones humides sont nécessaires par région pour que l’ensemble des données soit suffisantes pour
évaluer une tendance statistiquement viable.
Les indicateurs proposés
L’indicateur LPI global pour l’évolution des oiseaux de zones humides a été proposé, accompagné de 4
sous-indicateurs. Les listes d’espèces pour ces 4 sous-indicateurs sont validées mais peuvent être sujettes
à controverse ou à amélioration. De la même façon, d’autres sous-indicateurs peuvent être réalisables et
envisageables à l’avenir. Cela mérite cependant du travail et de la consultation d’experts pour validation. On
peut penser par exemple à intégrer un sous-indicateur « espèces menacées » car il est difficile, surtout pour
les zones humides, de ne pas envisager un bon état écologique des zones humides sans qu’elles puissent
préserver les espèces patrimoniales. Une autre possibilité à envisager est l’intégration d’un indicateur
changement climatique. En effet dans un contexte global de changement du climat, certaines espèces
s’adaptent en étendant leur aire de répartition vers le nord (e.g. Cisticole des joncs) ou en modifiant leurs
aires d’hivernages (e.g. Cigogne blanche) et s’épargnant ainsi un long voyage. Une étude des différentes
espèces pouvant être indicatrices de ces changements doit pouvoir être envisagées.
L’application en Franche-Comté
Le test d’opérationnalité pour un schéma théorique d’application du LPI basé sur les données des dispositifs
nationaux existants pour l’avifaune a été réalisé en Franche-Comté. Il prouve ainsi que c’est réalisable et
applicable aux autres régions du bassin versant afin d’obtenir un indicateur global de bassin et les sousindicateurs proposés. Quelques contraintes et biais peuvent être formulés quant à l’utilisation du LPI. Les
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 111
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
données doivent être de qualité, dont les principaux critères sont les suivants :
des séries temporelles longues ;
quantité de lacunes dans les séries (données non interpolées) ;
nombre de séries temporelles (d’espèces suivies) à agréger ;
pérennité des suivis et homogénéité dans le temps.
Dans le cadre du test réalisé, l’application des dispositifs existants permet d’obtenir des données annuelles
pour le suivi des ENRM, 5 données entre 1970 et 2012 pour le suivi des Oiseaux marins, 2 pour les anatidés
entre 1983 et 2012, 2 pour les limicoles entre 1996 et 2012, 4 entre 1989 et 2012 pour les Hérons
arboricoles et des données annuelles pour les Oiseaux d’eaux hivernants (aucune hors Franche-Comté pour
les oiseaux communes issus du STOC forcé ZH). Ainsi le nombre d’espèces suivies (81 à l’échelle du bassin)
est suffisant, les suivis sont pérennes, mais les séries temporelles longues, sans ou quasi sans lacunes
dans les séries, n’existent que pour les espèces nicheuses rares et menacées et le comptage oiseaux
d’eaux hivernants. Le suivi des anatidés et des limicoles nicheurs apparaissent ainsi comme des biais de la
méthode puisqu’ils induisent avec leur 2 points de suivis une incertitude importante, ou en tout cas une
variabilité non négligeable. L’avantage en revanche, c’est que les populations mesurées dans le cadre de
ces dispositifs de suivis peuvent être considérées comme proche de l’exhaustivité sur un territoire donné.
Les données sont ainsi représentatives de l’ensemble de la population du territoire. Autre point soulevé par
cette notion de représentativité, c’est le poids donné aux espèces. En effet, la méthode de calcul du LPI
donne le même poids à toutes les espèces. Le problème majeur qui peut en résulter concerne la
surreprésentation d’une espèce par rapport à d’autres. Il faut donc bien prendre en compte les changements
de l’indicateur dans l’interprétation et la lecture du LPI.
L’application à l’échelle du bassin Rhône Méditerranée
Si le test en Franche-Comté s’est fait dans le cadre de cette présente étude, l’obtention des données
secondaires sur les autres territoires du bassin versant est dans la poursuite du présent projet. En effet,
plusieurs régions se trouvent sur le périmètre du bassin versant (Figure 39) et il existe des structures
régionales coordinatrices, que sont l’EPOB en Bourgogne, la LPO coordination Rhône-Alpes, la LPO PACA
et Meridionalis en Languedoc-Roussillon. Ces interlocuteurs multiples seront ainsi associés afin : (1) d’établir
une convention sur l’utilisation des données qu’ils possèdent et (2) d’évaluer le cout nécessaire à la
compilation des données brutes en données secondaires pour les faire parvenir à un coordinateur qui
réalisera la mise en forme et le calcul des indicateurs proposés pour l’échelle du bassin. Cette évaluation,
heures et budgets, nécessaire à cette mise en place fera l’objet des objectifs 2013 de la LPO FrancheComté.
Figure 39 : Le réseau d’acteurs ornithologiques sur le territoire du bassin Rhône Méditerranée .
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 112
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
b)
Conclusion sur le groupe avifaune
Les tests méthodologiques proposés dans le cadre de l’établissement d’indicateurs avifaune à l’échelle du
bassin Rhône Méditerranée sont prometteurs. Nous avons obtenus un indicateur applicable sur la FrancheComté et reflétant l’état des zones humides régionales, grâce au caractère bio-indicateur et intégrateur de
l’avifaune. La force du test réside en (1) la mobilisation de données et de dispositifs de suivis existants et (2)
l’application à une échelle du bassin. La faisabilité de cet indicateur à long terme repose sur l’amélioration de
certains dispositifs, l’ajout d’autres et leurs pérennisations.
La prochaine phase est la réalisation de l’indicateur LPI et de ses sous-indicateurs associés, à l’échelle
Rhône Méditerranée, en collaboration avec le réseau d’acteurs ornithologiques. Cette production permettra
d’améliorer la méthode proposée telle qu’elle est définie dans ce rapport et que l’on peut résumer par le
schéma suivant :
Figure 40 : Schéma montrant l’intérêt de la production d’un indicateur LPI RhoMéO
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 113
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1.10 Conclusions sur la pertinence des indicateurs

Conclusions au niveau régional
Le tableau 58 ci-dessous synthétise les éléments de conclusion concernant la fiabilité scientifique, la
robustesse et, pour les protocoles basés sur des listes d’espèces, la représentativité du peuplement obtenu
par rapport au peuplement préalablement connu.
Robustesse / fiabilité scientifique
Groupes
Hydrologie
Pédologie
Flore
Habitats
Protocoles
piézomètres
manuels
piézomètres
automatiques
Protocole
"rhônalpin"
Nombre
de sites
testés
% du peuplement
connu contacté
Commentaire
2 sites
/
Basé sur des mesures objectives, mais possibles biais de
mesure
2 sites
/
Mesures automatisées non biaisées
17 sites
/
Protocole simple diminuant les risques d'effet opérateur,
mais analyses automatisées à améliorer
Protocole
"rhônalpin"
17 sites
(18) - 50 - (88)
Mise à jour de
cartographie
existante
3 sites
non calculé
Cartographie
nouvelle
4 sites
non calculé
12
Représentativité hétérogène, dépendant de la pression
d'échantillonnage et du niveau de connaissances préalable.
Faible biais observateur si bonne localisation des points, mais
problème de pression d'échantillonnage et de représentation
de l'ensemble des habitats.
Peu de variations stochastiques dues à la non-observation de
certaines espèces ou à la période de réalisation. Pas de biais
d'échantillonnage (exhaustif), mais biais opérateur pouvant
être important (surtout si habitats non connus au préalable,
donc surtout cartographie nouvelle).
Peu de variations stochastiques dues à la non-observation de
certaines espèces ou à la période de réalisation. Vision plus
fragmentaire de la diversité des habitats que la cartographie,
mais meilleure reproductibilité.
Transect
phytocénotique
7 sites
non calculé
Odonates
Protocole
"rhônalpin"
14 sites
(45) - 60 - (87)
Bon aperçu du peuplement globalement
Rhopalocères
Protocole
"rhônalpin"
13 sites
(8) - 50 - (89)
Représentativité hétérogène.
Amphibiens
Protocole
"rhônalpin"
STOC forcé
zones humides
Avifaune
LPI
14 sites
(50) - 81 - (100) Globalement, bonne détectabilité grâce aux trois méthodes
3
secteurs
/
Adaptation du protocole STOC reconnu au niveau national
échelle
région
/
Se base sur un échantillonnage très important quoique
dépendant de l'engagement bénévole.
Tableau 58 : Bilan sur la robustesse des protocoles testés
Le tableau 59 ci-dessous synthétise cette fois-ci les éléments de conclusion :
- concernant l’opérationnalité des protocoles (facilité de mise en œuvre, coût et compétences
nécessaires) ;
Valeur moyenne et valeurs extrêmes (certaines valeurs extrêmes influençant trop fortement la moyenne n’ont pas été prises en
compte)
12
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 114
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
-
13
concernant également l’impact environnemental des suivis réalisés : consommation d’énergie à
travers le nombre de passages nécessaires ; impact sur la faune, la flore et les habitats par
destruction lors de prélèvements (de toute façon forcément très ponctuels et localisés),
dérangement (fréquentation d’habitats d’espèces sensibles en période de nidification par exemple)
ou encore piétinement des habitats fragiles.
Groupes
Protocoles
piézomètres
manuels
Nombre
de sites
testés
2 sites
Hydrologie
piézomètres
automatiques
Pédologie
Protocole
"rhônalpin"
Protocole
"rhônalpin"
Flore Habitats
13
Commentaire
Très dépendant de la
disponibilité de bénévoles ou
coûteux
Coût d'investissement
important mais
amortissement rapide
Globalement facilement
réalisable par des non17 sites
spécialistes. Pratique car non
saisonnier.
2 sites
Rapide, pratique et
relativement aisé à mettre
en œuvre. Support terrain
17 sites bien conçu, clair et complet.
Indépendant des phases
d'interprétation
phytosociologique.
Mise à jour de
cartographie
existante
3 sites
Cartographie
nouvelle
4 sites
Transect
phytocénotique
7 sites
Impact potentiel sur
l'environnement
Opérationnalité
Demande des compétences
assez importantes et n'est
réalisable que sur certains
sites. Relativement
chronophage
Demande des compétences
assez importantes. Très
chronophage sur les grands
sites, mais convient bien à
des petits sites hétérogènes
et riches d'un point de vue
écologique
Beaucoup de phases liées à
l'interprétation de
l'opérateur et donc à ses
compétences. Mais
beaucoup moins coûteux en
temps que la cartographie.
Actuellement, pas de
référentiel unique sur les
syntaxons des zones
humides du bassin versant
RM
Nombre
de
passages
>5
Commentaire
Nécessite plus de passages que
pour les sondes automatiques, y
compris en période
potentiellement sensible.
2
Installation et relevé possible hors
périodes sensibles.
1
Impact sur les sols négligeable
(tarière). Possible hors période
sensible.
1
Impact limité au transect, à peu
près négligeable si les périodes
sensibles sont évitées (ce qui est le
plus souvent possible avec la
végétation) et si on utilise un GPS
nomade plutôt que le topofil
(besoin d'ouvrir le chemin dans ce
cas dans les zones enfrichées).
1
1
1
Impact restant très faible (passage
possible en dehors des périodes
sensibles…). Nécessité de visiter
l'ensemble du site, mais à l'inverse
pas de positionnement obligé de
placettes le long d'un transect et
donc possibilité d'éviter des zones
ponctuelles trop sensibles au
piétinement.
Comme protocole rhônalpin.
Conformément aux engagements pris dans le cadre des financements par l’Union européenne par l’intermédiaire des fonds Feder.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 115
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Odonates
Protocole
"rhônalpin"
Globalement opéationnel,
mais quelques éléments à
14 sites
clarifier(description de
l'habitat…)
3
Rhopalocères
Protocole
"rhônalpin"
Globalement trop dépendant
13 sites des dates de passage et peu
de contacts avec les espèces
3
Amphibiens
Protocole
"rhônalpin"
Globalement opérationnel,
mais des éléments à adapter
14 sites
(allégement des critères
relevés…)
3
Opérationnel en FrancheSTOC forcé zones
3
Comté, besoin de test sur
humides
secteurs
d'autres régions
Avifaune
LPI
échelle
région
Se base sur des dispositifs
existants, c'est un avantage
mais suppose l'accessibilité
aux données.
2
/
Impact faible globalement : pas de
prélèvement en dehors des
exuvies (sauf capture et relâcher
possible), possibilité le plus
souvent d'éviter les zones
sensibles. Néanmoins, passage en
période de nidification nécessaire
(exemple du dérangement fortuit
de la sarcelle d'hiver sur un site).
Passage en période de nidification
pouvant être nécessaire (milieux
alluviaux…), moins localisé que
pour les odonates. Pas de
prélèvement (seulement capture
et relâcher)
Le protocole prévoit d'éviter la
perturbation des habitats larvaires,
mais c'est parfois difficile
(utilisation du troubleau,
identification des larves).
Globalement hors périodes
sensibles (sauf passage pour
larves).
Basé sur des écoutes, possibles
depuis chemins et accès, ce qui
permet d'éviter de pénétrer dans
les zones sensibles.
Pas de terrain supplémentaire,
valorise les données existantes.
Tableau 59 : Bilan sur l’opérationnalité des protocoles testés
Enfin, le tableau 60 (page suivante) synthétise les éléments de conclusion concernant l’interprétabilité des
protocoles, à ce stade de la réflexion qui reste à approfondir, la démarche n’étant pas encore aboutie.

Conclusions au niveau du bassin
Le choix des protocoles et des indicateurs les plus pertinents sera effectué au niveau du bassin au cours de
la tranche 2013.
Il s’appuiera notamment sur :
- les conclusions de la phase de test concernant l’opérationnalité des protocoles ;
- un important travail d’analyse des données, afin de mettre en avant les indicateurs les plus
intégrateurs, de définir les limites de leur domaine d’application et leur lien avec des fonctions des
zones humides ou des pressions auxquelles elles sont soumises, ou encore d’éviter la sélection
d’indicateurs trop redondants.
Au final, quelques indicateurs pourraient intégrer le tableau de bord du SDAGE, qui reste lacunaire pour la
composante zones humides du domaine d’intervention de l’Agence de l’eau RMC. Les autres indicateurs
devraient être compilés au sein d’une « boîte à outils » laissée à destination notamment des gestionnaires
d’espaces naturels et des animateurs territoriaux dans le domaine de l’environnement.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 116
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Interprétabilité
Groupes
Protocoles
Hydrologie
piézomètres
manuels
piézomètres
automatiques
Nombre
de sites
testés
nombre
d'indicateurs
préretenus
(bassin)
nombre
d'indicateurs
calculés (région)
2 sites
2
2
2 sites
Protocole "rhônalpin"
17 sites
2
2
Protocole "rhônalpin"
17 sites
10
0
Mise à jour de
cartographie
existante
3 sites
0
0
Cartographie
nouvelle
4 sites
0
0
Transect phytocénotique
7 sites
1
(2 sousindicateurs)
Odonates
Protocole "rhônalpin"
14 sites
3
1
Rhopalocères
Protocole "rhônalpin"
13 sites
1
0
Amphibiens
Protocole "rhônalpin"
14 sites
4
0
STOC forcé
zones humides
3 secteurs
0
0
Pédologie
Flore Habitats
Avifaune
LPI
1
échelle
région
Commentaire
Indicateurs fiables, mais questions sur
l'effet du positionnement de la sonde ou
encore de la période de relevés
Peu d'indicateurs retenus et résultats peu
concluants sur le jeu de données franccomtois
Possibilité de dégager des nombreux indicateurs sur la base des espèces relevées,
en particulier grâce aux valeurs de Landolt
(humidité, trophie…).
Faible variabilité interannuelle, mais possibilité d'accéder aux surfaces "réelles"
d'habitats humides de divers types et à
leur état de conservation (critère assez
subjectif cependant). Risque : évaluer
l'interprétation de l'observateur et non
une liste floristique ou un relevé phytosociologique objectif.
Possibilité de référence à la notion
d’habitats et à leur statut, ainsi qu'à leur
fragmentation, voire via les relevés de
référence aux paramètres issus des valeurs
de Landolt (humidité, trophie…). Permet
seulement la comparaison dans le temps.
L'indicateur (% espèces sténoèces au rendez-vous) permet une estimation intéressante de l'évolution et la formulation d'hypothèses sur les processus altérés (pour
l'état, seuils restant à préciser). Résultats
partiels en Franche-Comté, car adaptation
au contexte régional non aboutie.
Interprétabilité sur la base des espèces des
zones humides au rendez-vous restant à
finaliser pour tester sa pertinence, y compris sur le jeu de données régional.
Peu d'indicateurs retenus et difficulté globalement à construire l'interprétation :
faible nombre d'espèces, nombreux paramètres entrant en compte à différentes
échelles.
Fait partie des éléments intégrés au LPI.
Indicateur global pouvant être décomposé
en de nombreux indicateurs. Puissant, mais
(différentes non adapté à l'échelle des sites et nécessicomposantes) té d'une analyse des tendances par ses
composantes.
1
1
Tableau 60 : Bilan sur l’interprétabilité des protocoles testés
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 117
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
2.
A x e B , Te s t s d e s u i v i d e l ’ e n s e m b l e d e s z o n e s h u m i d e s d u
bassin et choix des méthodes les plus efficientes en
télédétection
2.1 Présentation et objectifs
Contrairement à l’axe A , qui s’attache à étudier la pertinence des protocoles à grande échelle, l’axe B a pour
objectif de développer et d’appliquer des méthodes permettant la détection spatio-temporelle et les suivis
quantitatifs et qualitatifs des zones humides à une échelle plus petite (dalle de 60km x 60km).
Les objectifs et la méthodologie de cet axe sont communs à l’ensemble des régions malgré des disparités
existantes dans le spectre des zones humides présentes au sud et au nord.
A l’échelle du bassin, il s’agissait donc de suivre le suivi des quatre indicateurs spatiaux suivants :
- la surface en zones humides,
- les superficies inondées (permanentes, temporaires…) au sein de ces zones humides,
- leur fragmentation,
- les superficies de zones humides artificialisées, urbanisées ou converties en agriculture.
La méthodologie appliquée ici est issue en grande partie du travail du groupe rhônalpin qui a pu bénéficier
de l’aide de l’équipe de PACA qui possédait des compétences en télédétection (Tour du Valat et Maison de
la télédétection de Montpellier). Il s’agissait tout d’abord de tester la fiabilité des outils de télédétection (et
d’autres sources de données) pour un futur suivi imaginé « en routine » et dans un second temps d’évaluer
sur la base de tests et de résultats concrets l’intérêt de maintenir ou non les quatre indicateurs.
En Franche-Comté, malgré un manque de compétences en interne qui limitait le champ des interventions
possibles, l’équipe s’est engagée à suivre activement la réflexion à l’échelle du bassin en participant
notamment à toutes les réunions organisées. De plus, afin de tester les méthodes d’analyses développées
par les autres régions dans un contexte géographique et hydrographique différent, la Franche-Comté s’est
engagée à acquérir des images satellites SPOT sur une partie de son territoire afin de les exploiter.
Il est à noter que sur cet axe la Bourgogne a travaillé de façon très rapprochée avec la Franche-Comté.
2.2 Méthodologie
2.2.1 Partenariats
Comme cela est précisé précédemment, la Franche-Comté a donc eu comme objet d’étude l’acquisition
d’images satellitales SPOT, en cohérence avec le travail du bassin qui était de tester des méthodes
d’analyses en routine sur différents objets d’études.
Cependant, un des inconvénients de cet axe de travail est qu’il exige des compétences spécifiques en
analyses de données issues de la télédétection. Des partenariats locaux ont donc dû être recherchés. Cette
recherche a été menée de façon commune avec la Bourgogne. Le premier partenaire potentiel consulté a
été le laboratoire Théma de l’université de Franche-Comté, qui étudie la géographie via des analyses
quantitatives et modélisatrices. Cependant, le laboratoire n’a pas souhaité donner suite, car il considérait
que RhoMéO était trop éloigné de sa thématique de recherche (et qu’il était notamment difficile de proposer
un stage sur ce sujet à un étudiant du master Information spatiale et aménagement).
Un rapprochement avec AgroSup Dijon a été ensuite entrepris. Malheureusement, pour des raisons
essentiellement budgétaires, les discussions n’ont finalement pas abouti.
Suite à l’échec de cette phase de recherche de partenariats, des solutions en régie ont été envisagées.
Le CEN Bourgogne a alors lancé un recrutement en interne sur un poste en temps plein, afin de travailler
sur :
- le test de l’approche CORINE Land Cover sur les périmètres de zones humides identifiées par
les inventaires,
- le repérage des milieux tourbeux par télédétection sur le secteur du Drugeon,
- la recherche des signatures spectrales des zones humides de la vallée de la Saône.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 118
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
La recherche d’un salarié n’a finalement pas abouti. La Franche-Comté a alors eu l’opportunité de
conventionner, sous le statut de stagiaire, la personne qui avait déjà réalisé les analyses en télédétection en
région PACA, Anis Guelmami. Ce dernier a ainsi effectué l’ensemble des analyses des secteurs franccomtois et bourguignons durant l’été 2012 (août et septembre 2012).
Enfin, la Franche-Comté a participé à l’ensemble des réunions de bassin afin de participer et de suivre
l’évolution de la réflexion. Voici les réunions auxquelles elle a participé :
- 15/09/2011 : état d’avancement dans chaque région, planification du travail pour 2012
- 18/01/2012 : état d’avancement dans chaque région, réflexion sur la typologie du sol pour le calcul
des indicateurs axe B, liens avec les initiatives nationales, point sur le rapport commun final axe B
- 11/05/2012 : point sur l’état d’avancement des travaux dans chaque région, échanges et réflexions
techniques sur les éléments de méthodologie, point en vue du séminaire 2012
- 27/06/2012 : point sur l’état d’avancement régional, présentation des résultats obtenus par la
stagiaire au CEN Rhône-Alpes
2.2.2
Acquisition des données
Afin d’obtenir l’accès aux supports de l’étude, une convention dans le cadre d’un projet de recherche a été
signée entre l’entreprise SPOT Images et le CEN Franche-Comté.
Ainsi les données satellitales utilisées sont des images SPOT 5 datant de l’année 2011, avec pour un même
secteur des images programmées à chacune des saisons de l’année (entre mars et novembre). Le secteur
d’étude choisi correspond à deux secteurs hydrographiques étudiés dans l’axe A : la vallée du Drugeon dans
le Haut-Doubs et la Haute vallée de l’Ain, comme le montre la figure 39 ci-dessous.
Figure 39 : Secteur de Franche-Comté sélectionné pour la réalisation de l’axe B
En plus des images satellites, une autre source de données a été utilisée afin de maximiser le repérage des
zones humides : le Modèle numérique de terrain (MNT) de l’IGN.
Enfin une troisième source de données a été utilisée. Il s’agit du Registre Parcellaire Graphique agricole
(RPG). Celui-ci a servi à délimiter l’ensemble des sites agricoles de chaque département et :
- dans un premier temps, de les comparer aux cartes d’occupation du sol obtenues après
traitement ;
- dans un second temps, de mesurer les pressions agricoles sur les zones humides tests de
RhoMéO axe B.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 119
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
2.2.3 Protocoles de traitement des données (GUELMAMI.A, 2011-2012)
a)
Prétraitement des données acquises
Un prétraitement des données a été requis afin de pouvoir en extraire les informations nécessaires à la
cartographie et au calcul des surfaces en zones humides. En effet, ce prétraitement a permis de corriger les
informations contenues dans les données acquises afin d'en extraire l'essentiel pour le travail à accomplir.
Prétraitement des images SPOT 5
Les images SPOT 5 utilisées (4 au total) ont été acquises par le Conservatoire d’espaces naturels de
Franche-Comté et concernent des clichés pris entre mars et novembre 2011. Ces images ont une résolution
spatiale de 10 mètres en mode multi-spectral. Elles possèdent 4 canaux : le Proche Infrarouge (PIR), le
rouge (R), le vert (V), et le Moyen Infrarouge (MIR).
Avant tout traitement, des corrections géométriques d’image doivent être effectuées afin d’avoir une série
d’interprétation ayant toutes la même projection et permettant ainsi la superposition d’images. En effet, ces
opérations ont pour but de compenser les déformations issues de la prise de vue satellitale, du relief et de la
rotondité de la Terre. Les images utilisées ont donc subi une ortho-rectification et un système de
coordonnées leur a été attribué dans un système de projection géographique : le Lambert Conformal Conic
RGF 1993.
Une fois les images corrigées, l’indice de végétation NDVI, ou Normalized Difference Vegetation Index, est
calculé pour chaque image grâce au logiciel de télédétection ENVI 4.7. Cet indice est défini comme le
rapport normalisé de la différence entre la réflectance PIR (B1) et la réflectance acquise dans la bande
spectrale R (B2) du capteur. Le NDVI est l’indice de végétation le plus communément utilisé pour estimer la
quantité de végétation présente sur la surface et suivre son évolution temporelle.
Un autre raster a été calculé afin de faciliter l’analyse radiométrique des images et de différencier certaines
classes d’occupation du sol; il s’agit de la texture des images. Celle-ci peut être définie comme l’ensemble
des relations en niveau de teintes entre des points élémentaires voisins dans une image (pixel). Cela
contribue à mieux définir les caractéristiques visuelles de l’image : forme répétitive ou pas, périodicité d’une
teinte… Ce raster permet notamment de distinguer les taches urbaines des sols nus, qui sont difficilement
différenciables par une analyse d’image en mono-date.
Prétraitement du MNT
Un modèle numérique de terrain (MNT) est une représentation 3D de la surface d’un terrain, créée à partir
de données d’altitude. Contrairement au Modèle Numérique d’Elévation (MNE) le MNT ne prend pas en
compte les objets couvrant sa surface, comme les plantes et les bâtiments.
Pour le secteur étudié, le MNT utilisé est celui de l’IGN à 25 mètres fourni par la Maison de la Télédétection
de Montpellier. Un premier travail est nécessaire afin de créer une mosaïque régionale des MNT
département pour ensuite la découpée avec les contours administratifs de la région.
Son utilisation a permis dans un premier temps de délimiter les zones de faibles pentes (1%, 2%, 3%, 5% et
10%) afin de mieux localiser certaines zones humides difficilement repérables sur les images satellites. Pour
cela l’application Spatial Analyst sur ArcGIS a été utilisée avec l’outil permettant le calcul des pentes se
trouvant dans le module Surface Analysis. Cela permettra plus tard, d’éliminer les erreurs de classification,
notamment celles dues aux confusions entre classes d’occupation du sol telles que les sols nus des plaines
alluviales et les autres sols nus.
Dans un second temps, le MNT a permis de définir le tracé des cours d’eau grâce à l’outil calculant les
lignes d’accumulation des flux, à partir du raster de direction des flux, présent dans Spatial Analyst. Cela
peut s’avérer utile notamment pour le repérage de certaines zones humides se trouvant en bordure des
bras des cours d’eau et qui sont très difficilement détectables via une analyse radiométrique des images
satellites même en multi-dates.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 120
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
b) Délimitation des parcelles agricoles
Tout d’abord une analyse sur la végétation a été effectuée afin de séparer la végétation naturelle de celle
correspondant à l’agriculture. Celle-ci ne peut se faire que sur les sites ayant une couverture temporelle
pluri-saisonnière, comme c’est le cas ici.
Une première classification, non supervisée, du type K-Mean sera appliquée sur les deux bandes spectrales
de SPOT 5 (à savoir R et V) pour les mois de Mars et de Juillet. Cela a permis de distinguer la végétation
naturelle de l’agricole. Par la suite un seuillage sur les valeurs NDVI supérieur à 0 a été effectué pour toutes
les dates. Les rasters résultant de ces seuillages ont ensuite été reclassés en deux classes : 0 pour les
pixels où il n’y a pas de végétation et 1 pour le reste des pixels végétalisés.
Enfin grâce à la Calculatrice Raster, ces images reclassées ont été additionnées une à une pour donner une
carte annuelle de taux de recouvrement végétal de la zone d’étude (figure 40). Cette opération a permis de
séparer les pixels qui ont été couverts de végétation au moins une fois sur les 4 images de ceux qui ne l’ont
jamais été, et de pouvoir ainsi appliquer un masque de « pixels sans végétation » à la carte de végétation
naturelle / agricole élaborée lors de la première étape.
Figure 40 : Niveau annuel de végétation selon l'analyse sur les valeurs des NDVI comprises entre 0 et 1 (0 sans
végétation aucune, 4 couvert de végétation toute l'année).
c) Classification des images SPOT 5 par arbre de décision
D’une manière générale, l’arbre de décision est un outil d’aide à la décision qui représente la situation plus
ou moins complexe à laquelle il faut faire face. Il prend la forme d’un graphique sur lequel à l’extrémité de
chaque branche des différents résultats possibles en fonction des décisions prises à chaque étape
apparaissent. En télédétection cette méthode appartient au groupe des classifications dites supervisées.
Un arbre de décision est composé d’une racine qui est le point de départ de l’arbre, des nœuds et des
branches qui relient : la racine avec les nœuds, les nœuds entre eux et les nœuds avec les feuilles. En
télédétection les nœuds non terminaux représentent les attributs avec les seuils de séparabilité tandis que
les classes de pixels obtenues après traitement jouent le rôle des feuilles ou nœuds terminaux. Chacun
représente une classe (ou une composante d’une classe) d’occupation du sol.
Pour le site franc-comtois, le paramétrage de l’arbre de décision prend en compte l’ensemble des bandes
spectrales de toutes les images ainsi que leur NDVI. Il contient donc 20 paramètres : (4B + NDVI) x 4 dates
= 20 paramètres (figure 41). Finalement la construction de l’arbre est basée, non seulement sur du multispectral, mais aussi sur du multi-dates afin de délimiter des classes d’objet de la manière la plus précise
possible en fonction de l’évolution saisonnière des réponses radiométriques (activité végétale, teneur en
eau…).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 121
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 41: Arbre de décision pour l'analyse de la zone d'étude en Franche Comté.
Mars
b1 = PIR
b2 = R
b3 = V
b4 = MIR
b5 = NDVI
2.3
Juillet
b6 = PIR
b7 = R
b8 = V
b9 = MIR
b10 = NDVI
Septembre
b11 = PIR
b12 = R
b13 = V
b14 = MIR
b15 = NDVI
Novembre
b16 = PIR
b17 = R
b18 = V
b19 = MIR
b20 = NDVI
Résultats obtenus (GUELMAMI.A, 2011-2012)
2.3.1
Délimitation des parcelles agricoles et comparaison avec les RPG
L’analyse des canaux 2 et 3 des images de mars et de juillet a permis de délimiter l’ensemble des parcelles
agricoles présentes sur le site d’étude (figure 42).
Figure 42 : Cartographie de la végétation naturelle et agricole dans la zone d'étude.
La comparaison des résultats de délimitation des zones agricoles par satellite avec celles du Registre
Parcellaire Graphique (RPG) démontre que ces dernières ont été relativement bien délimitées par analyse
des images SPOT en multi-dates (figure 43). En effet, si le tout est rapporté à une surface totale
correspondant à la zone d’étude (soit 241 001 ha), alors 44,5% de la superficie est culture via l’analyse
satellite contre 41,1% selon le RPG (tableau 61).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 122
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
% agricole (S5)
% agricole (RPG)
% agricole RPG non
S5
% agricole S5 non
RPG
44.5
40.1
11
10
Tableau 61 : Comparaison entre les % agricoles au sein de la zone d’étude franche comtoise entre les images S5et le
RPG.
Figure 43 : Comparaison des surfaces agricoles repérée par satellite avec celles du RPG (Registre Parcellaire Agricole,
2001).
De plus, les surfaces cultivées selon le RPG et non repérées par satellite ne représentent que 11% du total
RPG et inversement, celles appartenant à la classe agricole selon l’analyse satellite et qui ne le sont pas
dans le RPG ne représentent que 10% de la superficie agricole télédétectée (tableau 61).
En conclusion, si la totalité des surfaces agricoles sans distinction aucune entre les différents types de
cultures (intensive, extensive, prairie temporaire…) est prise en compte, l’analyse des images SPOT 5 en
multi-dates permet de repérer ces surfaces avec une précision de l’ordre de 89% voire 90% pour la totalité
de la zone étudiée. Cela dans l’hypothèse que la source de données de validation (RPG) soit considérée
comme étant une vérité terrain concernant l’agriculture.
Cette première cartographie en 3 « superclassses » (agricole total, végétation naturelle et sans végétation)
permettra lors des prochaines étapes, d’atténuer les erreurs de classification dues aux confusions entre les
différentes classes d’occupation en appliquant des masques sur tel ou tel groupement d’objets thématique
afin de cartographier avec une plus grande précision d’autres groupements d’objets (masque végétation
naturelle et végétation agricole pour cartographier les masses d’eau, les surfaces artificialisées et les sols
nus par exemple).
2.3.2
Cartographie de l’occupation du sol en Franche-Comté et repérage des zones
humides
L’analyse multi-spectrale et multi-dates des images SPOT 5 a permis d’obtenir une cartographie
d’occupation du sol avec 10 classes d’objets thématiques (figure 44). Parmi ces classes, 2 appartiennent à
des zones humides : les masses d’eau et les marais.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 123
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 44 : Cartographie de l’occupation du sol à partir d’imagerie S5 du site d’étude en Franche Comté.
L’analyse en multi-dates, notamment grâce aux bandes MIR, offre la possibilité de distinguer les secteurs
inondés en permence de ceux qui ne le sont qu’une partie de l’année.
Cependant, cette cartographie reste encore incomplète à ce stade car elle ne permet pas de délimiter les
autres classes importantes de zones humides telles que les cours d’eau ou encore les prairies humides.
Dans un second temps l’utilisation des lignes d’accumulation de flux, obtenues grâce au MNT, viennent
compléter la carte précédente en y ajoutant la classe « cours d’eau ». Cela ramène le nombre de classes de
zones humides à 3. Elles vont être utilisées à leur tour, afin de repérer et de délimiter les autres classes de
zones humides non détectables à ce stade de l’analyse.
En effet, l’ensemble des polygones correspondants aux prairies et qui sont intersectés par les 3 classes de
zones humides identifiées précédemment et se trouvant dans une limite de pente de 3% seront considérés
comme des prairies humides. De même d’autres classes de zones humides seront extraites suivant une
méthode similaire : les sols nus de plaine à partir des sols nus, les ripisylves et les forêts humides à partir
des 3 classes de forêts et efin les prairies humides temporaires à partir des prairies temporaires (figure 45).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 124
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 45 : Cartographie de l’occupation du sol du site d’étude en Franche Comté incluant l’ensemble des classes zones
humides.
2.3.3
Comparaison avec l’inventaire de zones humides de Franche-Comté
Tout d’abord l’ensemble des polygones appartenant à des zones humides au sein du secteur d’étude ont été
extraits afin de calculer leur surface totale, ce qui correspond à un des indicateurs clés de RhoMéO axe B
(figure 46).
Ensuite cette carte de zones humides repérées par satellite a été comparée à celles de l’inventaire effectué
par la DREAL FC (figure 47) afin de calculer deux types d’erreurs :
- Erreur A : zones humides repérées par satellite et non inventoriées
- Erreur B : zones humides inventoriées et non repérées par satellite
Figure 46 : Cartographie de l’ensemble des zones humides dans le secteur d’étude de Franche Comté
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 125
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 47 : Zones humides inventories par la DREAL FC au sein du secteur étudié .
Selon les tableaux 62 et 63, il existerait environ 12 169 ha de zones humides au sein du secteur étudié
repérées par satellite. C’est environ 4 500ha de plus que celles inventoriées par la DREAL FC (~ 7 641ha).
Cette différence peut s’expliquer par le fait que les cours d’eau ainsi que leurs plaines n’ont pas été pris en
compte dans l’inventaire régional. En effet, sur un total de 5,05% de surface totale en zones humides
télédétectées présentes sur le site d’étude, environ 2,05% sont des cours d’eau et des sols nus de plaine.
Autrement dit, si ces deux classes sont retirées des zones humides repérées par satellite et qu’une
comparaison avec celles de l’inventaire est effectuée on aboutit à des taux dont l’ordre de grandeur est
équivalent : 3% (soit 7 237ha) pour les images SPOT 5 contre 3,17% (soit 7 641 ha) pour l’inventaire.
Type ZH
Surf (ha)
% dans zone
d'étude
cours d'eau
1 648
0,68
masses d'eau
1 397
0,58
marais
623
0,26
sol nu de plaine
3 284
1,36
ripisylve/forêts humides
2 049
0,85
prairie humide
2 202
0,91
prairie humide temporaire
966
0,40
Total
12 169
5,05
Tableau 62 : Surfaces des zones humides repérées par satellite et leurs % au sein du secteur d’étude en
Franche-Comté.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 126
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
1 366
% dans zone
d’étude
0,57
Boisement tourbeux
538
0,22
Carrière en eau
132
0,05
Culture et prairie artificielle en zone humide
49
0,02
Eau stagnante et végétation aquatique
194
0,08
Formation humide à hautes herbes
725
0,30
Forêt humide de bois dur
16
0,01
Forêt humide de bois tendre
389
0,16
1 043
0,43
146
0,06
1 900
0,79
552
0,23
593
0,25
7 641
3,17
Type ZH
Surf (ha)
Bas-marais et groupements associés
Masse d’eau
Plantation en zone humide
Prairie humide fauchée ou pâturée
Tourbière et groupements associés
Végétation des rives d’eau courante ou
stagnante
Total
Tableau 63: Surfaces des zones humides inventoriées et leurs % au sein du secteur d’étude en Franche Comté.
En conclusion, la méthodologie adoptée, dans ce cas de figure permet d’obtenir des chiffres assez proches
de ceux de l’inventaire régional pour une même surface d’étude. En effet, si on regroupait les classes de
zones humides, dans un cas comme dans l’autre, au sein de « supers groupes » en fonction de la similitude
de leurs habitats, les taux ne seraient certes pas identiques mais très proches les uns des autres (Tableau
64).
Image S5
Inventaire DREAL
Groupement masses
d’eau et marais
(incluent les
tourbières)
0,84
1
Groupement
boisement et forêt
humides et
ripisylve
0,85
0,64
Groupement
prairies
humides
Total
1,31
1,17
3,00
3,17
Tableau 64 : Comparaison des surfaces en zones humides par type d’habitats identiques entre l’analyse des images S5
et l’inventaire de la DREAL Franche Comté
Le calcul des erreurs A et B permet d’évaluer le taux de « bonne détection » des zones humides grâce à la
méthode adoptée lors de l’étude. Il permet donc d’estimer la fiabilité de cette approche afin de cartographier
et de mesurer la surface totale en zones humides bien repérées par les images SPOT 5.
Dans ce premier cas de figure, en Franche-Comté, l’erreur A se situe autour de 35,5% (tableau 65), soit un
taux de bon repérage de 64,5%. Cela reste relativement faible compte tenu de la haute résolution spatiale
des images SPOT 5 utilisée (5 mètres) ainsi que du fait d’avoir pu analyser des données en multi-dates.
Cependant, les résultats du calcul de l’erreur A sont à relativiser car comme il a été souligné plus haut, les
cours d’eau et leurs plaines alluviales n’ont pas été pris en compte par l’inventaire zones humides de la
DREAL FC ce qui explique, en partie, la surestimation de la surface totale en zones humides obtenue par
satellite. L’autre cause de cette différence viendrait probablement d’une légère surestimation des surfaces en
prairies et en forêts humides (tableau 64).
Concernant l’erreur B, le taux est beaucoup moins élevé, de l’ordre de 7,4%, soit 92,6% des zones humides
de l’inventaire ont été bien repérées par l’analyse des images satellites. Autrement dit, même s’il y a une
surestimation des zones humides télédétectées, la grande majorité de celles-ci sont repérées au sein de
l’inventaire.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 127
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
ZH S5 (ha)
12 169
ZH Invent. (ha)
ZH S5 - ZH Invent.
% erreur A
% erreur B
7 641
4 528
35,5
7,4
Tableau 65 : Estimation des erreurs A et B pour le site d’étude en Franche Comté.
2.3.4
Etude des pressions agricoles dans et autour des sites-tests RhoMéO
Afin de mesurer les pressions qui pèsent sur les zones humides, une approche par site-test a été privilégiée
au lieu d’une approche exhaustive couvrant l’ensemble des zones humides.
Dans le cadre du projet RhoMéO, les pressions mesurées sont celles liées à l’agriculture et à l’urbanisation,
en se basant sur certaines sources de données externes telles que le RPG du Ministère de l’Agriculture et la
BD-Topo de l’IGN, ou encore l’analyse des images satellites. Durant ce présent travail, une seule source de
pression a pu être évaluée : l’agriculture. La BD-Topo ainsi que la couverture satellitale (images SPOT 5)
n’étant pas disponibles pour l’ensemble des sites tests.
Cependant, afin d’estimer les pressions agricoles « réelles » pesant sur les zones humides, seules les
classes de RPG correspondant à l’agriculture intensive ont été utilisées lors de l’évaluation. Autrement dit,
les classes correspondant à des prairies permanentes ou temporaires, des landes et estives ou encore à
des cultures dites diverses ont été supprimées du RPG lors de l’analyse dont les résultats sont présentés
dans les graphiques de la figure 48.
Figure 48 : Histogrammes des % de surface agricole (en ordre décroissant) à l'intérieur des sites-tests RhoMéO de
Bourgogne et de Franche-Comté (en rouge) ainsi que dans un buffer de 100m autour de chaque site (en vert).
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 128
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Afin d’interpréter les résultats précédents et d’estimer le niveau de pression agricole sur chacun des sites
tests, les seuils utilisés sont ceux déjà mis au point dans l’axe A du projet RhoMéO. Autrement dit, afin de
caractériser l’état d’une zone humide par rapport aux pressions agricoles qu’elle subit en ne prenant en
compte que le périmètre de celle-ci, les valeurs seuils seront de : 0% (bon état) et supérieur à 0%
(dégradée). De même si la zone humide est prise en compte avec un buffer de 100m autour, les seuils
seront de : 0% (bon état), 0 à 10% (moyen) et supérieur à 10% (dégradée).
Avec 16 sites tests en Franche-Comté et si seul le périmètre des zones humides sont pris en compte 88 ha
de la surface totale en zones humides sont impactés par une agriculture intensive.
Cependant, cet impact n’est pas le même pour l’ensemble des sites car il varie très fortement passant de
33 % pour le site le plus occupé par des terrains agricoles à 0% agricole dans la majorité des zones humides
de Franche-Comté. Finalement en conservant les seuils préalablement établis on obtient : 12 sites en bon
état et 4 sont dégradés.
De même si le buffer de 100 mètres autour de chaque site test est pris encompte dans l’analyse des
pressions agricoles ainsi que les seuils définis par l’axe A, les résultats seront comme suit : 10 sites en bon
état, un moyennement impacté et 5 dégradés.
Dans l’ensemble le niveau de pression agricole sur les zones humides tests reste assez moyen (figure 48).
Cependant, les conclusions de cette analyse sont à relativiser car les critères pris en compte lors de cette
analyse (seuils de dégradation et buffer de 100 mètres) restent critiquables (inclure plus de niveaux
intermédiaires entre « bon état » et « état dégradé » par exemple ou prendre en compte l’ensemble du plus
proche bassin versant de la zone humide et non pas seulement un buffer autour de celle-ci). De plus, la
source de données utilisée (RPG 2010) n’est pas la vérité terrain absolue mais une interprétation de la
réalité, basée sur les déclarations des agriculteurs, avec tout ce que ça peut entrainer comme biais.
2.4
Efficience des méthodes en télédétection
Pour cet axe deux indicateurs ont été étudiés : la surface en zones humides et les pressions en agriculture
intensive.
Pour le premier le repérage des zones humides par télédétection est plutôt bon car la surface finale obtenue
est proche de celle de l’inventaire effectué par la DREAL FC. L’analyse en multi-dates améliore sans aucun
doute ces résultats. En effet, elle permet de mieux distinguer la végétation naturelle de la végétation agricole
grâce à une visualisation aux différentes saisons.
Cependant il faut noter que la méthode employée est coûteuse ; le prix des images SPOT 5 est élevé et le
traitement des données nécessite un certain temps de travail de la part d’un ingénieur…Elle demande des
compétences spécifiques.
Pour le deuxième des limites existent quant à l’utilisation du RPG comme vérité terrain. En effet, cet outil ne
semble pas être exhaustif (seul 80% du territoire agricole est déclaré) même si ce biais ne semble pas être
systématique. De plus l’interprétation de la catégorie « autres et divers » peut poser question car elle peut
varier d’une personne à l’autre. De même les choix techniques faits (par exemple le buffer de 100m) sont
discutables…
Ainsi les résultats obtenus permettent d’avoir une idée d’ensemble représentative de la surface et des
pressions sur les zones humides sans pour autant aller dans le détail. Il faut noter aussi que la
méthodologie employée nécessite des compétences assez pointues en télédétection.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 129
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
3.
Axe C, Définition et choix des outils de mutualisation des
i n f o rma t i on s de l’ é vo l u ti o n d u b o n é ta t des m as ses d ’ea u
3.1
Présentation et objectifs
Cet axe vise à proposer un outil de centralisation des suivis du bon état des zones humides réalisés dans le
cadre de RhoMéO et à assurer le lien entre la démarche employée et les outils existants.
Les outils de centralisation de l’information concernant les zones humides sont multiples. Au-delà de la base
de données MEDWET développée par l’Agence de l’Eau, le réseau des gestionnaires concernés par ce
programme dispose à son échelle d’outils très diversifiés. Cette diversité peut aisément être illustrée avec le
cas franc-comtois. En effet, les partenaires régionaux du programme utilisent des outils bien différents :
14
-
le CBNFC-ORI saisit ses données sous Taxa, une base de données développée en interne
logiciel 4D ;
-
la LPO FC utilise « Obsnatu la Base », une base de données en ligne de type Visionature. La structure est aussi amenée à utiliser des outils conçus pour les transferts vers les bases nationales lorsqu’elle effectue des protocoles développés au niveau français. C’est le cas par exemple du protocole
STOC pour l’avifaune où elle utilise alors l’outil FEPS ;
-
la réserve naturelle du lac de Remoray emploie l’outil SERENA pour rentrer l’ensemble de ses données naturalistes ;
-
le CEN FC utilise pour ses données naturalistes les outils de ses partenaires régionaux, à savoir
Taxa et Obsnatu la base.
sous le
De plus, la demande croissante d’évaluation et de transparence des données environnementales a conduit
les donneurs d’ordre à développer des outils de centralisation et de porter à connaissance. Les besoins
d’approche croisée et de synthèse à plusieurs échelles entrainent maintenant la nécessité à la fois de
modalités de structuration commune de l’information et de passerelles entre ces outils.
A l’échelle du bassin, cet axe vise donc à proposer un outil capable de renseigner et d’exploiter l’ensemble
des indicateurs qui auront été testés et choisis grâce à la mutualisation des données du programme. Quatre
objectifs structurent cet axe C :
- faire la synthèse des bases de données utilisées par les différents partenaires du programme ;
- déterminer les besoins de chaque gestionnaire concerné et répondre à ces besoins ;
- définir les outils à mettre en place pour une structuration de l’information permettant un rapportage à
différentes échelles (site, territoire, département, région, bassin) ;
- assurer la cohérence et la complémentarité de ces outils avec d’autres outils de rapportage (ex :
pôles régionaux, Sigogne).
Au niveau régional, les objectifs de l’axe C ont été principalement :
- de définir les outils de saisie utilisés (pour les observations d’espèces et pour les données contextuelles en lien avec les protocoles) et les processus d’échanges entre les bases utilisées en région
et la base « entrepôt » pour l’ensemble des données produites à l’échelle du bassin ;
- de réfléchir à la cohérence et la complémentarité des données stockées avec d’autres outils développés en région, tels que la plate-forme régionale Sigogne.
3.2
Outils mis en place pour les autres régions
Engagé dans le programme RhoMéO avant la participation franc-comtoise, le CEN Rhône-Alpes a
développé une base de données créée sous le logiciel Access afin d’être le support de l’agrégation et de la
mobilisation des données produites dans le cadre du programme. Les objectifs de la base ont été :
- de permettre la saisie des données naturalistes et des données contextuelles en lien avec les protocoles de terrain développés par chaque groupe en Rhône-Alpes ;
- de mettre en place des requêtes spécifiques sur l’analyse des résultats obtenus ;
14
Copropriété de la Société botanique de Franche-Comté et, pour le volet entomologique, de l’OPIE Franche-Comté.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 130
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
-
de prévoir au maximum la possibilité de ponts avec les bases « maison » des différents partenaires
impliqués (dans le contexte rhônalpin, les principales bases concernées étaient celle du CBN alpin
et les bases SERENA des gestionnaires partenaires).
Compte tenu de l’évolution progressive des protocoles testés (aller-retour entre les tests de terrain et les
groupes de travail), la base a évolué au cours du temps. Cela a d’ailleurs été une source importante de
complexité pour l’axe C, qui a demandé à l’échelle du bassin un temps de travail beaucoup plus important
qu’il avait été prévu initialement.
La Franche-Comté s’étant engagée dans le test d’un large socle de protocoles commun avec la région
Rhône-Alpes, elle a choisi, par un souci d’opérationnalité et afin de faciliter à terme la constitution de la base
entrepôt finale à l’échelle du bassin, de privilégier l’utilisation de l’outil Access développé par le CEN RhôneAlpes. Cela a été permis grâce à la mise à disposition gracieuse de la base par ce dernier, ainsi que grâce à
leur soutien technique (pour l’installation de la base, son adaptation au contexte franc-comtois, la résolution
de problèmes, la réalisation des requêtes et calculs automatisés et les processus d’échange avec les autres
outils utilisés en Franche-Comté).
Outre la base Access RhoMéO, d’autres outils ont été utilisés en Franche-Comté :
- pour les protocoles nouveaux, non testés en Rhône-Alpes et pour lesquels l’outil RhoMéO n’était
donc pas adapté ;
- pour l’intégration des données naturalistes dans les bases régionales, concernant les protocoles
communs.
Pour les données d’insectes, ainsi que pour une partie des données d’amphibiens, les observations ont fait
l’objet d’une double-saisie sous l’outil RhoMéO (privilégié) et sous les bases régionales (Taxa et Obsnatu la
Base). Pour les données botaniques au contraire, la saisie des observations n’a été réalisée que sous l’outil
Taxa et l’export dans l’outil RhoMéO a été réalisé a posteriori. On notera que le travail préalable aux
échanges entre Taxa et la base RhoMéO (adaptation des formats…) s’est avéré lourd et coûteux en temps
(sans doute plus que dans le cas des doubles-saisies).
Figure 49 : Interface d’accueil de la base de données RhoMéO
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 131
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
3.3
Réflexion sur le lien entre RhoMéO et les autres outils régionaux (Sigogne, BDD
régionale)
En Franche-Comté, des outils de connaissance de la biodiversité et des milieux naturels ont été mis en
place ou sont en devenir.
Mis en ligne fin 2012, Sigogne est un outil web développé par le PPNMEFC, principalement destiné à
donner une synthèse des enjeux biodiversité sous format cartographique sur n’importe quelle partie du
territoire, pour la flore, les habitats naturels et la faune. Les informations collectées sont destinées à tous les
acteurs du territoire régional depuis le grand public, les acteurs associatifs du débat public, jusqu’aux
acteurs publics en charge des politiques publiques et des instructions de dossiers.
Le lien entre RhoMéO et Sigogne peut être envisagé à deux titres :
- les données naturalistes issues de RhoMéO peuvent venir alimenter la base de données Sigogne,
dans la mesure où les informations collectées par les opérateurs de terrain sont valides ;
-
Sigogne a pour objectif de devenir à terme un observatoire de la biodiversité en Franche-Comté. Les
réflexions qui ont eu lieu et qui vont se poursuivre sur les indicateurs de suivi des zones humides
pourraient être utilisées dans le cadre de l’évolution de cet outil régional.
Un autre programme régional porté par le CEN FC est actuellement en cours. Il s’agit du programme
d’animation régionale en faveur des zones humides qui a entre autre pour missions de développer des
actions de préservation et de restauration des zones humides et d’assurer le suivi de l’inventaire régional
des zones humides de moins de un hectare. La structuration de la démarche, débutée en avril 2012, reste à
préciser. Cependant, il pourrait être envisagé d’utiliser les indicateurs et méthodologies retenues dans le
programme pour la réalisation de diagnostics techniques sur des zones humides données et leur suivi à
moyen terme.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 132
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
4.
4.1
Mode d’organisation
Organigramme
4.1.1 Organisation au niveau bassin
L’organisation au niveau du bassin a évolué au cours des deux années de la phase test. Avant juin 2012, en
absence de coordination de bassin, elle reposait sur l’organisation établie au sein de la région Rhône-Alpes
(cf figure 50).
Figure 50 : Organisation au niveau bassin avant Juin 2012
Les réflexions techniques, ouvertes aux autres régions (notamment aux responsables d’axes des autres
régions) ont eu lieu au sein de groupes de travail thématiques. L’ensemble des éléments discutés au sein de
ces groupes ont ensuite été validés au sein du comité de pilotage de Rhône-Alpes, dans lequel les autres
régions étaient invitées afin de favoriser la concertation collective.
Courant 2012, l’obtention de financements pour l’embauche d’un coordinateur de bassin et les avancées du
programme ont conduit à une réorganisation du fonctionnement (cf figure 51).
Dans ce nouveau fonctionnement, le coordinateur de bassin est chargé de piloter l’ensemble du programme
et de renforcer le lien avec l’Agence de l’Eau et les autres financeurs. Deux comités de bassin ont ainsi été
créés :
- un comité de pilotage composé des organismes financiers et politiques en charge de donner les
grandes orientations et de valider les décisions du comité technique ;
- un comité technique, constitué notamment des coordinateurs régionaux, chargé de proposer des
conclusions concernant les éléments méthodologiques.
Le travail spécifique à chaque axe de travail a été réparti au sein de groupes différents :
- groupes thématiques faune et flore, auxquels les référents des groupes régionaux participent, pour
réfléchir au choix des indicateurs et leur pertinence,
- groupe axe B, pour définir un protocole de suivi des zones humides à petite échelle et rédiger le
rapport final sur la base des travaux réalisés dans chaque région,
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 133
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
-
groupe axe C, pour agréger l’ensemble des données récoltées à l’échelle du bassin.
Puis en 2013, face à la nécessité de sélectionner des indicateurs pertinents et valables sur le plan
scientifique au niveau du bassin, le groupe analyse de données, constitué en majorité d’experts scientifiques,
a été créé afin de définir des seuils par indicateur et de travailler à une typologie des zones humides plus
adaptée et plus précise que la typologie SDAGE initialement utilisée.
Figure 51 : Organisation 2012 au niveau bassin
4.1.2
Organisation au niveau régional
En Franche-Comté, le programme est porté par le Plateau du patrimoine naturel de la maison de
l’environnement de Franche-Comté.
La maîtrise d’œuvre a été confiée au CEN FC. Si le directeur du CEN FC est chargé du suivi financier et
participe aux comités de pilotage de bassin, la plus grande partie du travail de coordination (suivi
administratif et financier, relais des informations du bassin à la région et vice versa, coordination de l’équipe
franc-comtoise) est confiée au coordinateur régional (également responsable des axes B et C), assisté du
responsable de l’axe A.
La répartition des référents de groupe pour l’axe A s’est faite naturellement en fonction des compétences et
spécialités de chaque structure. Ces référents, ainsi que le responsable d’axe, sont amenés à participer et
suivre les réflexions à l’échelle du bassin et sur le plan régional. Ils sont notamment en contact régulier avec
les responsables de groupes régionaux de Rhône-Alpes afin d’échanger avec eux sur l’approche
méthodologique employée.
Le travail de terrain, auquel l’ensemble des référents de groupe a pris également une part importante, est
réalisé par différents chargés d’études ou salariés des structures du PPNMEFC et de la Réserve naturelle
du Lac de Remoray. Ces derniers participent également à la réflexion à l’échelle régionale sur
l’opérationnalité ou la fiabilité des protocoles.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 134
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Figure 52 : Organisation 2011, 2012 et 2013 avec au niveau régional
4.2
Comités et réunions
4.2.1
Au niveau bassin
a) Groupes thématiques (faune et flore)
Ces groupes ont été animés de façon différente au début du programme et à la fin. Durant la première
période (2010 à avril 2012) il s’agissait de groupes régionaux de rhônalpins même s’il était privilégié
d’associer les responsables des autres régions dans un souci de cohérence à l’échelle bassin. Avec l’arrivée
d’un coordinateur de bassin, des responsables ont été nommés pour animer ces groupes à l’échelle du
bassin.
Pour autant, ces groupes ont pour objectif de proposer des méthodes d’interprétation et d’analyses des
données en fonction des résultats obtenus et de réfléchir aux croisements entre indicateurs de pressions et
d’état.
Il est à noter aussi qu’au départ, il était souhaité que la Franche-Comté travaille étroitement avec la
Bourgogne pour pallier à un manque de cohérence dans les démarches effectuées. Ce lien fort entre les
deux régions a été conservé uniquement sur l’axe B car sur les autres axes le lien pouvait s’établir
directement au niveau du bassin.
b)
Groupe analyse des données
Ce groupe n’a été constitué qu’en 2013 pour avoir une vision des données sur le bassin et permettre de
comparer plusieurs indicateurs sur les sites RhoMéO. Il est composé en majorité d’experts scientifiques, de
statisticiens, des responsables de groupes thématiques et des membres des conseils scientifiques des
conservatoires d’espaces naturels.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 135
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
Ses objectifs sont les suivants :
- Validation de la valeur statistique des seuils par indicateur
-
Comparaison des indicateurs
-
Proposition d’une typologie des zones humides du bassin
-
Proposition d’une stratégie d’échantillonnage dans la perspective d’un réseau de surveillance
En 2013 ce groupe s’est réuni à 2 reprises :
- Le 19/02/2013 : réflexion sur la typologie
-
Le 29/03/2013 : présentation des pré-fiches indicateurs et amendement pour une rédaction finale de
ces fiches
c)
Comité technique de bassin
Cette réunion rassemble tous les coordinateurs régionaux, ainsi que les responsables bassin de chaque
groupe thématique et le référent à l’AERMC afin d’échanger sur les points techniques du programme. Il se
réunit tous les deux mois afin de préparer les séminaires et d’établir les documents de cadrage tels que les
fiches indicateurs, une typologie adaptée au bassin. Un travail en amont est souvent nécessaire afin de
préparer ces réunions. Des échanges ont donc lieu régulièrement entre les coordinateurs régionaux et le
coordinateur de bassin, responsable de l’avancée du programme.
Enfin l’AERMC est présente lorsque l’ordre du jour évoque des questions d’orientation et de financement.
Sur 2012-2013 :
- 19/09/2013 : cadrage des deux séminaires, état de saisie et exploitation des données par région
-
15/10/2013 : financements 2013, liens RhoMéO et autres dispositifs, structuration des résultats
-
15/11/2013 : point sur les présentations effectuées lors du séminaire, derniers réglages
-
15/01/2013 : annulé
-
15/03/2013 : format des fiches indicateurs finales, typologie, perspectives du programme dans les
autres bassins versants
d)
Comité de pilotage du bassin
Les directeurs des structures de chaque région sont présents à ce comité afin de prendre les décisions
majeures inhérentes au programme. Il se réunit tous les 4 mois pour valider le travail effectué en comité
technique. A titre d’exemple cette instance est chargée de réaliser le débriefing des séminaires de valider
leur contenu et de définir les orientations pour les années à venir.
En 2012-2013 :
- 23/03/2012 : définition des objectifs du séminaire, planning et organisation
-
16/05/2012 : premiers résultats, perspectives d’utilisation de ces résultats
-
18/10/2012 : discussion sur les contenus des présentations du séminaire et la répartition des interventions, calendrier…
-
22/01/2013 : typologie, contenus des fiches indicateurs, point communication
e)
Séminaire des 3 et 4 décembre 2013
Ce premier séminaire réservé aux partenaires du programme, avait pour objectif de discuter les résultats à
l’échelle du bassin et d’échanger avec les participants sur les suites à donner pour 2013 et dont les
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 136
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
aboutissements seront présentées au cours du séminaire de septembre.
Organisé à Lyon, ce premier séminaire a permis de présenter les premiers résultats obtenus et d’obtenir des
remarques constructives sur le travail réalisé. La table ronde de clôture, qui a réuni le ministère de
l’environnement, l’ONEMA, la DREAL RA, le CEN Savoie, MEDDE et l’AERMC a donné aux membres du
programme une ligne de conduite pour 2013 ; RhoMéO doit ainsi servir à mettre en place un réseau d’outils
et d’acteurs permettant de répondre à des objectifs de suivis des zones humides.
4.2.2
Au niveau régional
Des réunions de type « comités de pilotage régional » ont été organisées périodiquement en Franche-Comté.
Celles-ci ont réuni les personnes impliquées dans le programme au sein de la région et ont été destinées à
évoquer des points techniques sur une thématique précise :
- Le 14/09/2010 : réunion préliminaire pour évoquer le montage financier, le choix des groupes de travail et des protocoles testés en Franche-Comté, les grandes orientations dans l’échantillonnage et la
liste des sites ;
-
Le 17/10/2011 : état d’avancement du projet en termes administratif et scientifique, réflexion sur les
sites tests pour l’année 2012 ;
-
Le 23/01/2012 : choix du type de fonctionnement de l’axe C en Franche-Comté, établissement d’un
organigramme des responsabilités, liens éventuels avec d’autres projets régionaux (Sigogne…) ;
-
Le 06/09/2012 : point sur l’état d’avancement du terrain et de la saisie des données flore, premier retour d’expérience sur les protocoles testés en Franche-Comté.
-
Le 10/09/2012 : point sur l’état d’avancement, réflexion sur l’échantillonnage, présentation des produits attendus au niveau du bassin et au niveau régional.
D’autre part, des réunions plus techniques entre partenaires ont été réalisées de façon ponctuelle.
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 137
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
5.
Perspectives et prochaines échéances
5.1 Séminaire de clôture de la phase test, septembre 2013
Ce séminaire de 2013 clôturera la phase test du programme. Il s’agira de réaliser une restitution finale et de
proposer un scenario de mise en œuvre de RhoMéO auprès de tous les acteurs des zones humides
présents sur le territoire français (200 à 250 personnes sont ainsi attendues).
Il s’agira de transmettre la méthodologie et les techniques employées aux autres gestionnaires, d’échanger
avec les autres agences de l’eau et le niveau national sur la contribution des résultats de RhoMéO et de
s’accorder sur un scenario de mise en œuvre sur les différents bassins.
Cette session finale aura lieu à Lyon le 25 ou 26 septembre 2013.
5.2 Poursuite des réflexions en 2013
Durant cette période, il s’agira de participer à la réalisation des livrables attendus à l’échelle du bassin. Cette
dernière période de travail devra donc s’appuyer sur des réflexions collectives et favoriser les échanges
entre les partenaires du programme.
Les livrables attendus pour le séminaire de septembre sont les suivants :
- Les fiches indicateurs. Cela implique d’établir des critères pour sélectionner les indicateurs. Il faudra
également établir des seuils (valeur à partir desquelles une interprétation de l’état de la zone humide
sera possible) et rédiger chaque fiche sous un format de mise en page commun.
-
La base de données qui doit à terme compiler l’ensemble des données sui ont été récoltées. Cet outil doit pouvoir être exploité sur la base d’une série de requêtes permettant d’extraire les données en
fonction d’une certaine demande.
-
Proposition d’une typologie. Celle-ci est nécessaire pour effectuer le seuillage et réfléchir à la pertinence de l’échantillonnage à l’échelle du bassin.
-
Indicateurs de bassin. Il s’agit de proposer 4 à 5 indicateurs pouvant s’appliquer à l’échelle du bassin.
-
Séminaire 2013
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 138
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditérranée (RhoMéO)
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Plus d’infos : http://www.cbd.int/
- Milieux à composante humide :
http://www.statistiques.developpement-durable.gouv.fr/lessentiel/article/265/1136/milieux-composantehumide.html
- Observatoire de la biodiversité du Nord Pas-de-Calais
Plus d’infos : http://www.observatoire-biodiversite-npdc.fr/indicateurs.html
- Observatoire régional de la biodiversité Languedoc Roussillon
Plus d’infos : http://orblr.fr/wakka.php?wiki=AccueiL
- Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes
Plus d’infos : http://www.medwetlands-obs.org/fr/content/ozhm
Portail Vigie nature (MNHN) :
Plus d’infos : http://vigienature.mnhn.fr/page/le-suivi-temporel-des-oiseaux-communs-stoc
-
R Development Core Team (2011).R : A language and Environment for Statistical Computing.
[url : http://www.R-project.org]
- SIBA : Office des DOnnées NATuralistes d’Alsace
Plus d’infos : http://www.odonat-alsace.org/indicateurs_biodiversite.php
Plateau du patrimoine naturel de la maison de l'environnement de Franche-Comté
p 142
Mise en œuvre d’un observatoire de l’évolution du bon état des zones humides du bassin Rhône Méditerranée (RhoMéO)

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