DataSheet GeneChip WT PLUS Reagent Kit (WT PLUS Kit) ® Affymetrix 全転写産物（WT）アレイの発現解析向けにデザイン、開発、最適化された 完全なターゲット調製キット Affymetrix WTアレイを用いた遺伝子転写産物プロファイリングは、発 本製品の特長 現研究とバイオマーカーの発見を目的とした十分に実績のある技術 Affymetrix WTアレイ向けに最適化された試薬による、感度と 特異性が証明された完全なターゲット調製キットです。 偏りのないターゲット増幅と鎖特異性の保存を実現するアッセ イにより、公正な発現データが得られます。 全血などの臨床的に重要なサンプルを含めた多様な種類のサン プルが使用可能なことにより、バイオマーカーのロバストな同 定を可能にします。 少ないサンプル量（50ng）でも使用できるため、お手元の貴 重なサンプルを節約し、その後の研究に回すことができます。 合理化されたワークフローで、リボソームRNAの除去や全血 サンプルのグロビン除去を必要としません。 です。GeneChip® WT PLUS Reagent Kit（WT PLUS Kit）は、高い感度と 特異性を備え、臨床および非臨床研究サンプルにみられる遺伝子レ ベルとエクソンレベルの両レベルの転写特徴を解明するために、ロバ ストなWTアッセイを提供します。 WT PLUS Kit は、 トランスクリプトームのカバー率を完全で偏りのない ものにするために、ポリA mRNAも非ポリA mRNAも含めた各RNA転 写産物の全長をプライミングする逆転写プライミングの手法を用いて います。 このキットには、ハイブリダイゼーションにすぐに使えるター ゲットを50∼500ngのトータルRNAから調製するために必要となる試 薬が、すべて揃っています。多様なサンプルから得られるtotal RNAか ら、増幅し、ビオチン標識したセンス鎖DNAターゲットが効果的に作 製されます。サンプルは新鮮凍結組織、細胞株、全血で、事前に選択し たり、mRNAを濃縮したり血液サンプルではグロビンを取り除くステッ プが必要ありません。 仕様 cRNA yield ≥20 µg cDNA yield ≥6 µg % median CV ≤10% Technical replicate signal correlation Pearson R ≥0.95 Sample type Total RNA from tissue, cell line, and whole blood* Minimum sample input 50 ng Sample input range 50 ng–500 ng Validated array platforms Cartridge, Plates, Strips *Collected in PAXgene, Tempus™, EDTA, or sodium heparin tubes DS1309 01-01 WT PLUS Kit は、多様な組織、細胞株、全血に対して高い性能を示します。 表1 多様な組織サンプルおよび全血から抽出した50ngのトータルRNAを出発材料として、ss-cDNAハイブリダイゼーションターゲットを調製 しました。すべてのサンプルから、GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0などの49フォーマットアレイについて十分な収量のハイブリ ダイゼーションターゲットが得られました。 Sample cRNA yield ss-cDNA yield (50 ng total RNA) (µg ± SD) (µg ± SD) Brain 26.5 ± 0.5 9.4 ± 0.5 Breast 24.4 ± 0.9 7.3 ± 1.2 Colon 26.4 ± 1.0 6.8 ± 0.2 HeLa 31.5 ± 1.2 9.9 ± 0.3 Kidney 27.6 ± 1.6 10.9 ± 0.6 Liver 22.2 ± 0.3 7.5 ± 0.2 Lung 24.9 ± 1.2 6.8 ± 0.2 MAQCA 28.4 ± 1.4 9.0 ± 0.1 MAQCB 30.4 ± 0.2 9.4 ± 0.1 Muscle 22.6 ± 0.5 7.2 ± 0.2 Ovary 27.7 ± 0.6 8.3 ± 0.6 Placenta 20.5 ± 1.6 6.4 ± 0.2 Testis 26.4 ± 0.2 7.1 ± 0.3 Thyroid 29.5 ± 1.3 9.0 ± 0.7 Uterus 25.1 ± 0.6 7.0 ± 0.6 Whole blood 30.0 ± 3.5 9.8 ± 0.1 Specification ≥20 µg ≥6 µg 図1 WT PLUS Reagent Kit（サンプル量：トータルRNA 50ng）を用いて上記の多様な組織から分離したRNAのハイブリダイゼーション ターゲットによるGeneChip® Human Transcriptome Array 2.0の性能測定。AUC値はポジティブおよびネガティブコントロールに対する アッセイの特異性が高いことを示し（＞0.99）、多様な種類のサンプルから検出された遺伝子の割合において、アッセイ感度が高いことを 示しています（＞40％）。 % Present Pos vs. Neg AUC 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 Brain Breast Colon HeLa Kidney Liver Lung MAQCA MAQCB Muscle Ovary Placenta Testis Thyroid Uterus Whole Blood 1.00 0.99 0.98 0.97 0.96 0.95 0.94 0.93 0.92 0.91 0.90 WT PLUS Kit はユーザーが実施した試験でも一貫した性能を示します。 表2 以下の変動係数の表は、ユーザーが実施した試験におけるWT PLUS Kitの一貫したアッセイ性能を示しています。ハイブリダイゼーション ターゲットを、4ヵ所の試験施設（アフィメトリクス、ユーザー1、ユーザー2、ユーザー3）で、MAQC AおよびMAQC B total RNA 50ngから 調製しました。3回繰り返して調製したターゲットをGeneChip® Human Gene 2.0 ST Array上でハイブリダイズさせました。変動係数の中央値 をすべてのプローブセットを用いて算出しました。 Condition Gene-level median coefficient of variation: Affymetrix – MAQCA (50 ng) 8.06% Affymetrix – MAQCB (50 ng) 8.18% Customer 1 – MAQCA (50 ng) 8.89% Customer 1 – MAQCB (50 ng) 8.73% Customer 2 – MAQCA (50 ng) 7.48% Customer 2 – MAQCB (50 ng) 7.40% Customer 3 – MAQCA (50 ng) 8.61% Customer 3 – MAQCB (50 ng) 9.44% Specification <10% 図2 以下のシグナル相関およびfold-change相関のプロットにより、アフィメトリクスと3ヵ所のユーザー施設の間で優れたPearsonのR値が 得られ、性能の一貫性が示されています。各ユーザー施設において、最小量のMAQC AおよびMAQC B トータルRNA 50ngからWT PLUS Reagent Kitを用いて3回繰り返してハイブリダイゼーションターゲットを調製し、GeneChip® Human Gene 2.0 ST Arrayにハイブリダイズさせました。 ご注文情報 製品コード 製品名 反応数 902280 GeneChip® WT PLUS Reagent Kit 10 reactions 902281 GeneChip® WT PLUS Reagent Kit 30 reactions 製品コード 製品名 反応数 900720 GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit Sufficient for 30 reactions 関連製品 P/N EMI02499 Rev. 1 ©Affymetrix, Inc. All rights reserved. Affymetrix®, Axiom®, Command Console®, CytoScan®, DMET™, GeneAtlas®, GeneChip®, GeneChip-compatible™, GeneTitan®, Genotyping Console™, myDesign™, NetAffx®, OncoScan™, Powered by Affymetrix™, PrimeView®, Procarta®, and QuantiGene® are trademarks or registered trademarks of Affymetrix, Inc. All other trademarks are the property of their respective owners. Products may be covered by one or more of the following patents: U.S. Patent Nos. 5,445,934; 5,744,305; 5,945,334; 6,140,044; 6,399,365; 6,420,169; 6,551,817; 6,733,977; 7,629,164; 7,790,389 and D430,024 and other U.S. or foreign patents. Products are manufactured and sold under license from OGT under 5,700,637 and 6,054,270. 本製品は試験研究用ですので、診断目的には使用できません。 アフィメトリクス・ジャパン株式会社 〒 105-0013 東京都港区浜松町 1-24-8 ORIX 浜松町ビル 7F TEL：03-6430-4020 FAX：03-6430-4021 e-mail：[email protected] URL: www.affymetrix.com/jp/
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