Data Sheet Axiom™ Genome-Wide BOS 1 Array Plate 正確な形質選択のための最高の遺伝学的カバレージ 遺伝学的カバレージを最大化するための独自のデザインプロセス Axiom Genome-Wide BOS 1 Array Plate は Affymetrix® Bovine Consortiumの協力のもと、10のウシ品種において限られたSNP数 で最大の遺伝学的カバレージを得るため、独自のプロセスにより デザインされました。 東アジア、熱帯地方適応種、肉用牛、乳牛を含む様々なタウリン種、 インディカ種のゲノムDNA配列から4,600万のSNPを見出しました。 SNPはウシゲノムの物理的なカバレージ、SNPが検出された品種の 数により絞込みをしました。 Axiom™ Genome-Wide BOS 1 Array Plate は現在利 用可能な他のマイクロアレイと比べて、商業的に重 要な10のウシ品種に対して最高の遺伝的カバレージ を有しており、正確な遺伝学的利点の評価と疾患・ 薬剤応答性、商業的に重要な形質にかかわる変異を 特定するゲノムワイド関連解析が可能となり、また 多様性の研究や連鎖不平衡の研究にもご利用いただ けます。 SNP多型の数（百万） Afrikander 1.4 Angus 1.4 Ayrshire 0.96 Blonde d'Aquitaine 0.99 Boran 2.2 Brahman 2.4 Brown Swiss 0.99 Simmental 1.4 Gir 2.1 Hanwoo 1.3 信頼性の高い結果を得るために300万の評価済み 一塩基多型（SNP）より選択 Hereford 1.2 Holstein 1.6 10人の主要なウシの研究者との共同開発 Japanese Black 1.1 Jersey 1.2 Limousin 1.4 Nelore 2.3 Norwegian Red 1.0 Rouge des Prés 0.7 Romagnola 1.6 Tuli 1.4 市場に出ているアレイと比べて最大34% カバレージ の増大 肉用牛、乳牛の各品種を広くカバー 育種家を念頭に置いたデザインと価格 表1 : Affymetrix Bovine Genomic Database に含まれる 20 のウシ品種 のSNP数 品種 Axiom Genome-Wide BOS 1 Array Plateの利点を 以下に挙げます。 次に、約300万SNPを搭載する複数のアレイセットを用いて約400 サンプルをジェノタイプし、20 品種に存在するSNPを評価しまし * た（表1）。サンプルは約半数がBovine HapMap Consortiumのも ので、半分はAffymetrix® Bovine Consotrium のものです このアレイはタウリン種、インディカ種の双方にお いて遺伝的、物理的なSNPカバレージを最大にする ようにデザインされています。アレイには約300万 SNP のAffymetrix® Bovine Genomic Database より 選ばれた、遺伝学的に多様な64万以上のSNPが搭載 されています。 * 評価済みSNPとは表1に挙げられた20品種の中で多型があり、Axiom ジェノタイピングアッセイにおいて高いパフォーマンスを示すSNPをさします。 1 図1：遺伝学的カバレージを最適化する遺伝学的SNP選択法 図2：Axiomアッセイの生化学 Target prep 各評価済みSNPは棒線、染色体は横棒で表されています。 同一のLD内にあるSNPは同色で示しています。 増幅 Hybridization ハイブリダイズ Ligation アレルの区別 Signal amplification 染色とイメージング 物理的選択 G A C G C G SNPは染色体上の位置により選択されます。ゲノム全体に渡り等間隔で選択されます。 結果 : 大きなLD内にあるSNPグループ内で複数選ばれます（青、黄）。 小さなLDでは充分なカバレージが得られません（赤、オレンジ）。 T A T A + 断片化 ラベル C G T A 遺伝学的選択 Labeled solution probe SNPはLDに属するSNPから的確に選ばれます。 結果：集団内で既知の遺伝的変異をより少ないSNPでカバーすることが出来ます。 より能率的でコストに対し効果的なジェノタイピングを行うため、 大きなLDでの重複を少なく、小さなLDでのカバレージを高くする 目的で遺伝学的方法を用いてSNPを選択しました。図1は遺伝学的 方法と物理的方法でのSNP選択の違いを示しています。 評価済みSNPから得られる高い派ファーマンス 最終的にホルスタイン、アンガス、ネオレとその近縁種で遺伝学 的カバレージが最高になるような64万以上のSNPを選択しました （表2）。殆どの品種において遺伝学的カバレージは90%かそれよ りも大きくなっています。 Axiom™ のアッセイ アレイに搭載されているSNPは表3にあるようにコード領域の配列 （CDS）、スプライス部位、非翻訳領域（UTR）が含まれます。 SNPはジェノタイプの再現性、コール率、メンデル遺伝の解析 により確かめられた正確性を元に選択されています。アレイの パフォーマンスは表4に示されています。 Axiom™ Genome-Wide BOS 1 Array PlateはAxiom Genotyping 製品群の一部で、ライゲーションアッセイと2色検出の方法が 採用されています（図2）。このアッセイはゲノム全体を増幅し、 オリゴヌクレオチドアレイにハイブリダイスした後、ジェノタ イプを決定するためにライゲーションによる選択性を利用して います。 Axiom アッセイとAxiom Genome-Wide BOS 1 Array Plateは ウシの血液、精液、耳パンチ、毛玉のサンプルでの成功例が あります。 表2：Axiom Genome-Wide BOS 1 Array Plate は商業的に重要な10 品種で高い遺伝学的カバレージを実現しています。青はインディカ種、 緑はタウリン種を示します。 各品種での遺伝的カバレージ（％） SNP選択法 Holstein* Angus Nelore Jersey* Fleckvieh Hereford Limousin Romagnola Brahman Gir** Axiom Genome-Wide BOS 1 Array 98.1 98.8 87.4 96.9 91.2 95.4 88.4 92.5 78.8 80.8 物理的SNP 選択法 80 88 65 93 83 90 79 87 67 69 タウリン種 2 インディカ種 *乳牛 **乳牛および肉用牛 表3：Axiom Genome-Wide BOS 1 Array Plate に搭載されている SNPのタイプ SNP タイプ * 評価済みSNP数 エクソンCDS 非同義置換 7,504 エクソン CDS コーディング領域の同義置換 11,543 エクソン 非翻訳領域 8,014 エクソン その他 2,965 スプライスサイト 51 イントロン 184,253 他 404,024 表4：Axiom Genome-Wide BOS 1 Array Plate のパフォーマンス* SNP数 評価済みSNP数 648,855 † 618,345 サンプル成功率 99.94% 平均コール率 99.62% 再現性 ‡ 99.94% メンデル遺伝一致率 99.96% * 表1に示されている20品種の血液、精液、耳パンチ、毛玉サンプル † 全ての品種のテストしたサンプルで多型性があり、基準を満たしたSNPを 指します。他のSNPは品種ごとに評価され、サンプル評価とカバレージの 計算に用いられます。 ‡ SNPコールの再現性は異なるプレートでのレプリケートサンプルによる ものです。 * CDS = コード配列 仕様 SNP数 648,855 Feature数 1,416,000 SNPあたりのプローブ数 2 以上 必要DNA量 200 ng 機器 GeneTitan® Multi-Channel スループット Beckman Biomek® FXP Target Prep Express を使用した際：768サンプル/週 注文情報 製品番号 詳細 Axiom Genome-Wide BOS 1 96-Array Plate Kit ™ 901741 One 96-Array Plate* Axiom 2.0 Reagent Kit ™ 901758 96 reactions *Array Plate ごとにカバーつきハイブリトレイ1個、スキャントレイ1個、ステイントレイ5個が付属します。この消耗品はAxiom Array Plate をGeneTitan® Multi-Channel Instrument で使用する際に必要です。 3 Affymetrix, Inc. Tel: +1-888-362-2447 Affymetrix UK Ltd. Tel: +44-(0)-1628-552550 アフィメトリクス・ジャパン Tel: +81-(0)3-6430-4020 Panomics Products Tel: +1-877-PANOMICS www.panomics.com USB Products Tel: +1-800-321-9322 www.usb.affymetrix.com www.affymetrix.com Please visit our website for international distributor contact information. 本製品は研究用です。診断の目的には使用できません。 P/N DS117 Rev. 1 DS1102 01-01 ©2011-12 Affymetrix, Inc. All rights reserved. Affymetrix®, Axiom™, Command Console®, DMET™, GeneAtlas™, GeneChip®, GeneChip-compatible™, GeneTitan®, Genotyping Console™, myDesign™, NetAffx®, OncoScan™, Powered by Affymetrix™, Procarta®, and QuantiGene® are trademarks or registered trademarks of Affymetrix, Inc. Luminex® and xMAP® are registered trademarks of Luminex Corp. All other trademarks are the property of their respective owners. 4
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