FormaPure-2 070108 Agencourt FormaPure Kit プロトコール キット内容物の保存条件 試薬 キット到着後の保存状態 Lysis Buffer 室温 Bind I Buffer 室温 Bind II Buffer 4℃ Wash Buffer 室温 Proteinase K -20℃ Proteinase K Buffer 室温 抽出精製プロトコール (1)キット初回使用時のみのステップ:Proteinase K に専用バッファー(PK Buffer)を下 記用量(40mg/mL)加え、よく溶解する(高濃度の溶液のため、泡立ちに気をつけながら溶 解する)。溶液はマイナス 20℃で保存する。 添加するPKBuffer量 50 Prep Kit 96 Prep Kit 384 Prep Kit 1.2mL 2.3mL 2.3mL/tube *50 サンプル用キット(FormaPure Kit – Small もしくは FormaPure Starter Kit)の場合は、PK チューブに Proteinase K Buffer を直接加える。96 サンプル用キット(FormaPure Kit – Medium)あるいは 384 サンプル 用キット(FormaPure Kit – Large)の場合は、別の容器で溶解する。 (2)キット初回使用時のみのステップ:Wash Buffer に 100%イソプロパノールを下記用 量で加える。よく混和し、室温に保存する。 50 Prep Kit 96 Prep Kit 384 Prep Kit 添加するisopropanol量 15mL 28mL 112mL/tube *ステップ(1) (2)はキット初回使用時のみのステップ。2回目以降のキット使用は下記ステップ1よ り始める。 1.1サンプルあたり 20uL の Binding Buffer II と 300uL の 100%イソプロパノールを混合す る(用事調整:例 10 サンプルの場合、200uL の Binding Buffer II と 3mL の 100%イソプロ パノールを混和する)。 2.チューブもしくは 96 ウェルプレートに、Lysis Buffer を 200uL 分注する。 3.FFPE 切片(10 ミクロンを 1~5 切片:10mg まで)をチューブもしくは 96 ウェルプレ ートに入れ、70~72℃で 60 分インキュベート。 *このインキュベーションを過度に行うと RNA にダメージを与える場合があるので注意が必要。 4.ステップ(1)で調整した PK 溶液 20uL を加え、よく混和する(ピペッティング 2 回 以上)。 5.55℃で 60 分インキュベートする。続いて 2 分間、氷上で冷やす。 6.上記ステップ5のライゼートを、新たなチューブもしくは 96 ウェルプレートに移す。 7.150uL の Bind I Buffer と、ステップ1で調整した 320uL の Bind II Buffer を加える。ピ ペッティング 5 回以上でよく混ぜた後、55℃で 5 分間インキュベートする。 8.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上で 5 分間静地。 *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。 9.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上に、チューブもしくは 96 ウェ ルプレートを静地したまま、磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取 る。 *この操作は Magnetic 6-tube Stand にチューブを静置いたまま、もしくは Ring Super Magnet Plate 上に 96 ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数 uL の上 清を残す。 RNA のみの抽出:ステップ13に進む(DNase 処理を行う場合はステップ10~12の洗 浄は必要無い)。 DNA および RNA の同時抽出:下記ステップに進む。 10.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate から、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを移動させ、300uL の Wash Buffer を加える。ピペッティング 5 回以上でよく 混和後、1 分間放置。 11.続いて Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上で、チューブもしく は 96 ウェルプレートを 1 分間静地。 *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。 12.磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。 *この操作は Magnetic 6-tube Stand にチューブを静置いたまま、もしくは Ring Super Magnet Plate 上に 96 ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数 uL の上 清を残す。 13.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate から、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを移動させ、750uL の 70%エタノールを加える。ピペッティング 5 回以上で磁 性ビーズを良く混和する。 14.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上に、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを 1 分間静地。 *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。 15.磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。 *この操作は Magnetic 6-tube Stand にチューブを静置いたまま、もしくは Ring Super Magnet Plate 上に 96 ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数 uL の上 清を残す。 RNA のみの抽出:下記ステップに進む。 DNA および RNA の同時抽出:ステップ21に進む。 16. Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate から、チューブもしくは 96 ウェルプレートを移動させ、調整した 100uL の DNase 溶液を加える。 *DNase 溶液を用事調整する―80uL のヌクレアーゼフリー水と、10uL の 10X DNase buffer(cat# 8170G,、 Ambion 社)、10uL の DNaseI(cat#2222、Ambion 社)を混和する。 17.ピペッティング 5 回以上で DNase 溶液と磁性ビーズを良く混和後、37℃で 15 分間イ ンキュベートする。 18.550uL の Wash Buffer を加え、ピペッティング 5 回以上で良く混合する。その後、室 温で 10 分間インキュベート。 *DNase 溶液を除かず、ステップ20後のチューブもしくは 96 ウェルプレートに直接 Wash Buffer を加え る。 19.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上に、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを 10 分間静地。 *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。 20.磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。 *この操作は Magnetic 6-tube Stand にチューブを静置いたまま、もしくは Ring Super Magnet Plate 上に 96 ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数 uL の上 清を残す。 21.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate から、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを移動させ、750uL の 70%エタノールを加える。ピペッティング 5 回以上で磁 性ビーズを良く混和する。 22.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上に、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを 5 分間静地。 *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。 23.磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。 *この操作は Magnetic 6-tube Stand にチューブを静置いたまま、もしくは Ring Super Magnet Plate 上に 96 ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数 uL の上 清を残す。 24.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate から、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを移動させ、500uL の 90%イソプロパノールを加える。ピペッティング 5 回以 上で磁性ビーズを良く混和後、70℃で 3 分間インキュベートする。 25.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上に、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを 1 分間静地。 *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。 26.磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。 *この操作は Magnetic 6-tube Stand にチューブを静置いたまま、もしくは Ring Super Magnet Plate 上に 96 ウェルプレートを静地したまま行う。 27.24~26の 90%イソプロパノールによる洗浄ステップをもう 1 度繰り返す。 28.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate から、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを移動させ、750uL の 70%エタノールを加える。ピペッティング 5 回以上で磁 性ビーズを良く混和する。 29.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上に、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを 1 分間静地。 *溶液が透明になったことを確認した上で次のステップに進む。 30.磁性ビーズに触れないように溶液をピペッティングで吸い取る。 *この操作は Magnetic 6-tube Stand にチューブを静置いたまま、もしくは Ring Super Magnet Plate 上に 96 ウェルプレートを静地したまま行う。寄せられた磁性ビーズが溶液内で崩れてしまった場合は、数 uL の上 清を残す。 31.10 分間静地し、風乾。 *エタノールの残留が見えないまで十分静地するが、過度に風乾しない。 32.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate から、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを移動させ、80uL のヌクレアーゼフリー水を加える。ピペッティング 5 回以 上で磁性ビーズをリサスペンド後、65~70℃で 30 秒間インキュベートする。 *溶出液量はサンプル量や下流のアプリケーションに合わせて変動させることができるが、少なくとも 40uL は必要。潜在的な磁性ビーズのキャリーオーバーのリスクを減らすためには、溶出液量を増やす。 33.Magnetic 6-tube Stand もしくは Ring Super Magnet Plate 上に、チューブもしくは 96 ウ ェルプレートを移し、1 分間静地後、核酸溶出液を分取する。 *溶液が透明になったことを確認した上で溶出液を分取する。
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