第32回日本植物細胞分子生物学会（盛岡）大会
シンポジウム3
「バイオインフォマティクス講習会II（2014）」
相同性解析と高速シーケンサー
配列解析の実行方法
2014年8月22日(金) 14:00～17:00 E会場
矢野 健太郎、大柳 一、小林 正明（明治大）
解析実習の流れ
１．リード配列の前処理（今回は行いません）
２．リード配列のマッピング
３．リード配列のde novo アセンブル
BWAを使ったマッピングの流れ
リファレンスゲノム配列
（FASTA形式）
bwa index
リファレンスゲノム配
列のインデックス
（.sa, .pac, .bwt, .an
n, .ambファイル）
マッピング結果
（SAM形式）
リード配列
（FASTQ形式）
bwa aln
アライメントデータ
（*.saiファイル）
bwa sampe
Velvetを使ったde novo アセン
ブルの流れ
リード配列
（FASTQ形式）
$ velveth
k-merに分割された
リード配列
$ velvetg
Contig 配列
（FASTA形式）
参考URL
課題URL
http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/morioka/
遺伝研スパコン
http://sc.ddbj.nig.ac.jp

講習会のパワーポイントスライド