Semantic description for experimental data

Semantic description for experimental data
• Self‐Introduction
– Name: Masahide MAEDA
– Affiliation: RIKEN BSI NIJC
– Activities in events related to Ideathon/Hackathon in J‐Node
• Brain Atlas Ideathon 2015: Talked about IPython Notebook
• Brain Atlas Hackathon and AINI2015: Talked about Web3D team
– Working on experimental data description with researchers in each region. It include metadata for MRI(T1,T2,DWI,fMRI), microscope image(fluorescence, optical and electro) and timeseries(electropysiology, ECoG).
• What I want to do in this hackathon
– Address semantic data description
• roadmap for open to public
– Get better semantics in advance.
• Common parts among experiments or analyses
– Follow existing ontologies. Which ontology is best? How about the criteria?
• Specific parts in each experiment or analysis
– Follow similar ontologies or make new one by specialists in each region.
Talk in Brain Atlas Ideathon 2015:
大容量・多種データの効率的解析とその管理方法の検討
Masahide MAEDA
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背景
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MRI, 切片画像，遺伝子発現から時系列まで含んだ多種データの処理・解析が必要
特にデータサイズが大きいものは，システム外にデータを持ち出すコストが高い
データを保持しているストレージと計算サーバが高速回線でつながっている
再現性保持のため処理履歴（コード，パラメータ，計算結果，グラフ等）の保存と共有がしたい
ユーザ側の環境構築・設定の手間をかけたくない
手段： IPython Notebook
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様々な種類のデータに対して色々なライブラリを用いた処理や解析が可能
ストレージと高速回線でつながった計算サーバ上で動作し，データを外部に移動する必要がない
コードとその計算結果やグラフ等をブラウザ上で表示・保存，そして配布が可能
計算サーバ側での環境構築により，ユーザ側での準備を最小限に
http://ipython.org/
Talk in AINI2015:
Improvement of a Web‐based Application for 3D Brain Atlas Visualization
Masahide MAEDA@RIKEN BSI
Keiji MATSUDA@AIST
Kenichi UENO@RIKEN BSI
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