Wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiter - Justus

An der Professur für Systembiologie mit dem Schwerpunkt Genomik, Proteomik und
Transkriptomik, Fachbereich Biologie und Chemie, ist in dem drittmittelfinanzierten BMBF-Projekt
„Hot Systems Biology Applied - Sulfolobus acidocaldarius als neues archaeales thermoacidophiles
Chassis für die industrielle Biotechnologie“ zum nächstmöglichen Zeitpunkt befristet bis zum
28.02.2019 eine Vollzeitstelle mit einer/einem
Wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiter
zu besetzen. Bei Vorliegen der tariflichen Voraussetzungen erfolgt die Vergütung nach Entgeltgruppe
13 Tarifvertrag Hessen (TV-H).
Aufgaben:
Im Projekt sollen verbesserte Stämme mit innovativem Potential in konsolidierter Bioprozesstechnik
mit Anwendungen in Fermentation und biokatalytischen Prozessen sowie neue „Extremozym“Systeme entwickelt werden. Für die Stammoptimierung wird ein modellbasierter systembiologischer
Ansatz unter Einsatz von aktuellen Hochdurchsatz-Technologien der Transkriptom-, Proteom-, und
Metabolom-Analyse sowie Modellierung, Genetik, Biochemie und Enzym-Engineering eingesetzt. Im
Rahmen dieses bioinformatischen Teilprojekts sollen nun u.a. verbesserte Methoden zur Identifizierung wichtiger Schaltelemente (Promotoren, Terminatoren, antisense-Elemente) implementiert
werden. Im Mittelpunkt des Projekts steht die bioinformatische Analyse von Hochdurchsatzdaten
(Next-Generation-Sequencing, insbesondere RNA-Seq und Derivate) und deren systembiologische
Interpretation und Visualisierung. Dabei steht die Mit- und Weiterentwicklung der softwaretechnischen
Infrastruktur im Zentrum der Tätigkeiten. Zudem wird die projektspezifische Unterstützung bei der
Datenanalyse als auch die Entwicklung neuer Softwaretools und Algorithmen für die Analyse und
Interpretation von Hochdurchsatzdaten erwartet. Um unterschiedlichste Datensätze kombiniert
auswerten zu können, müssen auch neue bioinformatische Methoden zur vergleichenden Analyse der
unterschiedlichen Omics-Daten entwickelt werden. Darüber hinaus sind benutzerfreundliche
Visualisierungsverfahren erforderlich, die eine interaktive und intuitive Exploration der Daten bis hin
zur Darstellung von regulatorischen Netzwerken erlauben. Die Möglichkeit zur Promotion ist neben der
Arbeit am Projekt gegeben.
Anforderungsprofil:
Sie verfügen über ein abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium im Fach Bioinformatik,
Informatik oder einem verwandten Fachgebiet mit dokumentierten Erfahrungen in mikrobiologischer
Grundlagenforschung und Software-Entwicklung in diesem Bereich. Sie können weiterhin hervorragende Kenntnisse in der Entwicklung größerer Software-Projekte in Java vorweisen und haben
Erfahrung mit der Software-Entwicklung im Team und den damit verbundenen Werkzeugen (git, Issue
Tracking, Continuous Integration). Sie beherrschen den Umgang mit Maven, der Netbeans-Plattform,
SQL (H2) und die Frontend-Entwicklung mit Swing oder JavaFX. Zudem sollten sie ausgewiesene
Kenntnisse in Fragestellungen der modernen Hochdurchsatz-Sequenzierungs-technologien besitzen
(Next-Generation Sequencing, insbesondere RNA-Seq). Darüber hinaus sollten Sie Fähigkeiten in der
Datenanalyse und statistischen Auswertung in R/BioConductor haben, Erfahrung im Umgang mit
Unix/Linux-Betriebssystemen besitzen, als auch den sicheren Umgang mit einer der folgenden
Programmiersprachen beherrschen: Python, Groovy, Perl.
Die Justus-Liebig-Universität Gießen strebt einen höheren Anteil von Frauen im Wissenschaftsbereich an; deshalb bitten wir qualifizierte Wissenschaftlerinnen nachdrücklich, sich zu
bewerben. Die Justus-Liebig-Universität versteht sich als eine familiengerechte Hochschule.
Bewerberinnen und Bewerber mit Kindern sind willkommen.
Ihre Bewerbung (keine E-Mail) richten Sie bitte unter Angabe des Aktenzeichens 308/99218/08
mit den üblichen Unterlagen bis zum 20.05.2016 an Herrn Prof. Dr. Alexander Goesmann,
Professur für Systembiologie, Heinrich-Buff-Ring 58, 35392 Gießen. Bewerbungen
Schwerbehinderter werden - bei gleicher Eignung - bevorzugt. Wir bitten, Bewerbungen nur in Kopie
vorzulegen, da diese nach Abschluss des Verfahrens nicht zurückgesandt werden.

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