DISS. ETH NO. 23318 NON-THERMAL PLASMA INACTIVATION OF MICROORGANISMS ON GRANULAR FOOD PRODUCTS A thesis submitted to attain the degree of DOCTOR OF SCIENCES of ETH ZURICH (Dr. sc. ETH Zurich) presented by DENIS BUTSCHER MSc ETH PE, ETH Zurich born on 14.02.1984 citizen of Federal Republic of Germany accepted on the recommendation of Prof. Dr. Dr. h.c. Philipp Rudolf von Rohr (ETH Zurich), examiner Prof. Dr. Martin Loessner (ETH Zurich), co-examiner 2016 Abstract Fresh produce is frequently contaminated with microorganisms from air and dust, water and soil, from animal feces and pollution during transport and processing. Focusing on wheat grains, their native microflora may contain bacteria or molds which deteriorate product quality and spoil grains so that crop loss is a major problem. Moreover, some toxin-producing and pathogenic microorganisms are occasionally found on wheat grains which can pose a threat to human health. Even more serious is the situation for sprouts such as alfalfa. Like wheat grains, they naturally carry a great variety of microorganisms, which may also include pathogens like Salmonella, pathogenic Escherichia coli or Listeria monocytogenes. This microflora is strongly proliferated during the sprouting process since the applied conditions (warm, humid, nutrient rich) are also favorable for bacterial growth. As sprouts are often eaten raw or rarely processed, thermal inactivation of microorganisms during cooking does not apply. That is why the consumption of sprouts has frequently resulted in serious outbreaks of foodborne illnesses. Numerous methods for the decontamination of grains, seeds and sprouts have been investigated, including chemical interventions (chlorine based, ozone, organic acids, electrolyzed water), biological interventions (protective cultures, bacteriocins, bacteriophages) and physical interventions (thermal inactivation, electromagnetic field, irradiation, UV light, high pressure, super critical CO2 treatment). However, no treatment has yet achieved sufficient inactivation of pathogens on an applicable and competitive industrial scale while maintaining the product quality. In this thesis, non-thermal plasma treatment is investigated as a promising alternative for the decontamination of granular food products, where the synergistic combination of plasma-generated charged and excited species, reactive neutrals and UV photons can inactivate microorganisms. For this, VI Abstract two versions of a low pressure plasma circulating fluidized bed reactor (PCFBR) were designed and constructed based on fluid dynamic simulations of pneumatic conveying in the riser tube. The plasma discharge was then characterized with optical, electrical and thermal probes to quantify the concentration of plasma-generated reactive species and to evaluate the thermal impact on substrate particles. Finally, the inactivation of bacterial endospores on wheat grains through plasma was investigated under the variation of treatment time, plasma power input, pressure and process gas composition. To avoid the high expenses of vacuum equipment, the focus was then shifted to atmospheric pressure systems and a dielectric barrier discharge (DBD) was constructed for the plasma treatment of granular food products. With this plasma discharge wheat grains and sprout seeds were decontaminated, and the influence of the type of microbial contamination, substrate surface properties and moisture content, as well as the impact of power supply settings were studied. Besides the inactivation of microorganisms also the effect of plasma treatment on the product quality (baking performance of wheat dough, germination probability of sprout seeds) was investigated. The general capability of the applied plasma systems to inactivate microorganisms was demonstrated with polymeric model substrates, where the contamination with bacterial endospores could be reduced by 4.04 logarithmic units (log) in the low pressure PCFBR and by 4.79 log in the atmospheric pressure DBD. In contrast, the decontamination of granular food products turned out to be considerably more challenging, since microorganisms on natural products are more difficult to attack as they can be protected by the rough surface structure and crevices, thus being shielded from plasma-generated reactive species. At comparable conditions, the reduction of bacterial endospores on wheat grains was only 1.10 log in the PCFBR and 1.02 log in the DBD. Differences in inactivation efficiency were also observed when comparing different microbial systems (native microflora, artificial E. coli contamination, bacterial endospores), which might be influenced by the location of microorganisms in the seed matrix, but also due to variations in their resistance attributed to the cell wall structure. For example, under the same conditions the native microflora on alfalfa seeds was reduced by 1.60 log in VII the DBD, while the plasma inactivation of artificially deposited E. coli resulted in a reduction of 1.89 log and Bacillus amyloliquefaciens endospores in contrast were only reduced by 0.78 log. Improvement in treatment efficiency was possible by modifying the sample moisture content. Moistening alfalfa seeds from 8.76 to 17.00 %wb (percent wet based) increased the reduction of the native microflora in the DBD from 0.75 to 1.66 log. Further moistening, however, reduced the inactivation efficiency (0.56 log at 29.82 %wb ). The beneficial aspect of moisture can be attributed to the formation of reactive oxygen species , whereas humidity in the plasma discharge is also known to quench the plasma and reduce the generation of reactive species. The optimum in substrate moisture content depends on the type of substrate and microbial contamination, but also the type of plasma discharge and its operating conditions are supposed to play a role. For example, the decontamination of wheat grains from bacterial endospores in the DBD was better for 14.81 %wb (1.44 log) than for 17.01 %wb (1.02 log). Besides the variation in sample moisture content, also the type of process gas affects the intensity of the plasma discharge and the formation of reactive species, where argon showed best results in PCFBR experiments, closely followed by air, but differences to other gases (oxygen, nitrogen and mixtures) were rather small. Further improvement could be achieved by tuning the settings of the plasma power supplies. In PCFBR experiments an increase in power elongated the axial extent of the plasma zone and slightly increased the inactivation of endospores on wheat grains, and in DBD experiments elevating the frequency or voltage of the pulsed power supply also resulted in higher inactivation due to an increase in power density and the formation of reactive species. For example the logarithmic reduction of bacterial endospores was increased from 0.44 to 1.29 when augmenting the voltage from 6 to 10 kV, and the reduction of the native microflora on alfalfa seeds was increased from 1.07 to 2.04 log when doubling the frequency from 5 to 10 kHz. While a higher power density has shown to be beneficial for plasma decontamination, it simultaneously increased the gas temperature in the discharges. Therefore, it was carefully evaluated, if the thermal impact was responsible for microbial inactivation and if the product quality was affected. In the PCFBR, energy influx measurements and the solution of the VIII Abstract heat equation showed a maximal surface temperature of wheat grains of 90 ○C for the conditions applied, which does not inactivate bacterial endospores, and a bulk temperature of 60 ○C, which should not affect wheat grain quality. In agreement to this, the analysis of functional wheat grain properties did not show any degradations. Measurements of the gas temperature in the DBD also showed a maximum temperature of around 90 ○C for applied conditions. This temperature did not result in the reduction of tested microorganisms and wheat grain quality was not affected, but the germination potential of alfalfa seeds was reduced for temperatures higher than 65 ○C. For lower process gas temperatures, the germination probability could, however, be improved up to 20 % as compared to untreated seeds. In addition to temperature, the impact of mechanical stress was tested, where a small contribution to inactivation was observed in the PCFBR due to abrasion, while the microbial contamination in DBD experiments was unaffected by the vibration of the discharge. Furthermore, also the electromagnetic field and the inert gas atmosphere (argon) did not harm microorganisms. As a result, the inactivation of microorganisms could be attributed to the plasma-generated reactive species, and chemical sputtering was assumed to be the predominant mechanism, where ions cause defects in the coat of microorganisms and oxygen species interact with these defects to form volatile compounds. In summary, experimental results in this thesis show that plasma decontamination of granular food products is possible, but it is considerably more challenging than the plasma decontamination of smooth model substrates. It was found that the inactivation efficiency can be improved by adapting the sample moisture content, the process gas mixture and the settings of the plasma power supply. Highest reduction of Bacillus amyloliquefaciens endospores on wheat grains was 2.59 log after an effective treatment time of 73.5 s in the PCFBR, and Geobacillus stearothermophilus endospores on wheat grains were reduced by 3.12 log after 60 min treatment in the DBD. In the same setup, E. coli on alfalfa seeds could be reduced by up to 3.00 log within 10 min. Functional wheat grain properties were not affected by the applied plasma conditions, and the germination potential of alfalfa seeds could even be improved with mild treatment. Zusammenfassung Bei frischen Lebensmitteln ist häufig eine Kontaminierung durch Mikroorganismen festzustellen, die aus der Umwelt (Luft, Staub, Wasser, Erde, Tierfäkalien) oder durch eine Verschmutzung während des Transports bzw. im Verarbeitungsprozess auf die Produkte übertragen wird. Bei Weizenkörnern, die im Fokus der vorliegenden Arbeit stehen, kann die natürliche Mikroflora Bakterien und Schimmelkulturen enthalten, die die Produktqualität verschlechtern oder die Weizenkörner verderben können, was zu grossen Ernteverlusten führen kann. Darüber hinaus werden auf Weizenkörnern immer wieder auch toxinbildende und pathogene Mikroorganismen festgestellt, die eine Gesundheitsgefahr für den Menschen darstellen können. Noch bedenklicher ist dieser Umstand mit Blick auf Sprossen wie beispielsweise Alfalfasprossen. Wie Weizenkörner tragen auch Sprossen von Natur aus eine grosse Vielzahl von Mikroorganismen auf ihrer Oberfläche, unter denen sich auch Krankheitserreger wie Salmonellen, pathogene Escherichia coli oder Listeria monocytogenes finden können. Insbesondere während des Keimprozesses kann sich diese Mikroflora stark vermehren, da die dabei angewendeten Bedingungen (warm, feucht, nährstoffreich) auch förderlich für das Bakterienwachstum sind. Da Sprossen häufig roh oder nur wenig verarbeitet verzehrt werden, erfolgt keine thermische Inaktivierung wie z.B. während eines Kochvorgangs. Daher hat der Verzehr von Sprossen in der Vergangenheit auch immer wieder zu lebensmittelbedingten Krankheitsausbrüchen geführt. In der Forschung finden sich zahlreiche Methoden zur Dekontaminierung von Getreidekörnern, Samen und Sprossen, wie beispielsweise chemische Behandlungen (auf der Basis von Chlor, Ozon, organischen Säuren, elektrolysiertes Wasser), biologische Behandlungen (Schutzkulturen, Bakteriozine, Bakteriophagen) und physikalische Behandlungen (thermische Inaktivierung, elektromagnetische Felder, Bestrahlung, UV-Licht, Hochdruck, X Zusammenfassung überkritische CO2 -Behandlung). Bislang lieferte jedoch keine der Behandlungsmethoden zufriedenstellende Ergebnisse hinsichtlich der Inaktivierung von Pathogenen auf Lebensmitteln, die im industriellen Massstab wirtschaftlich umsetzbar ist und zugleich die Produktqualität erhält. Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Behandlung von kornförmigen Nahrungsmitteln durch ein nicht-thermisches Plasma als einer viel versprechenden Alternative im Bereich der Lebensmitteldekontaminierung. Bei dieser Methode führt die synergetische Kombination von durch Plasma erzeugten geladenen und angeregten Teilchen, reaktiven Neutralteilchen und UV-Photonen zur Inaktivierung von Mikroorganismen. Hierzu wurden, basierend auf fluiddynamischen Simulationen der pneumatischen Förderung im Steigrohr, zwei Ausführungen einer bei Niederdruck betriebenen zirkulierenden Wirbelschicht mit integrierter Plasmazone (plasma circulating fluidized bed reactor, PCFBR) ausgelegt und konstruiert. Um die Konzentration der durch Plasma erzeugten reaktiven Teilchen quantifizieren und die thermische Belastung der behandelten Substrate beurteilen zu können, erfolgte in einem nächsten Schritt eine Charakterisierung der Plasmaentladung mittels optischer, elektrischer und thermischer Sonden. Schliesslich wurde die Inaktivierung bakterieller Endosporen auf Weizenkörnern durch die Plasmabehandlung unter Veränderung von Behandlungsdauer, PlasmaLeistungseintrag, Druck und Zusammensetzung des Prozessgases untersucht. Um die hohen Betriebskosten von Vakuumanlagen zu umgehen, wurde der Fokus in der weiteren Untersuchung auf Systeme, die bei Atmosphärendruck operieren, gerichtet und eine dielektrische Barrierenentladung (dielectric barrier discharge, DBD) zur Behandlung grobkörniger Nahrungsmittel konstruiert. Mittels dieser DBD wurden Weizenkörner und Sprossensamen dekontaminiert und dabei die Einflüsse der Art der mikrobiellen Verunreinigung, der Oberflächeneigenschaften des Substrats und dessen Feuchtigkeitsgehalts sowie der Einfluss der Einstellungen der Stromquelle untersucht. Neben der Inaktivierung von Mikroorganismen wurden auch die Auswirkungen der Plasmabehandlung auf die Produktqualität betrachtet. Das grundsätzliche Potenzial der in der vorliegenden Arbeit verwendeten Plasma-Systeme zur Inaktivierung von Mikroorganismen konnte mit Hil- XI fe von Modellsubstraten aus Kunststoff gezeigt werden. Dabei wurde im PCFBR eine Reduktion der Kontamination mit bakteriellen Endosporen von 4.04 logarithmischen Einheiten (log) und in der DBD eine Reduktion von 4.79 log erreicht. Im Gegensatz dazu stellte sich jedoch die Dekontaminierung von Weizenkörnern und Sprossensamen weitaus schwieriger dar, da Mikroorganismen auf natürlichen Produkten durch die raue Oberfläche sowie in Rissen und Spalten abgeschirmt und so vor den durch Plasma erzeugten reaktiven Teilchen geschützt werden können. Unter vergleichbaren Bedingungen wurde lediglich eine Reduktion der Mikroorganismen von 1.10 log im PCFBR und 1.02 log in der DBD erreicht. Ein Vergleich unterschiedlicher mikrobieller Verunreinigungen (natürliche Mikroflora, künstliche Kontaminierung mit E. coli, bakterielle Endosporen) zeigte ebenfalls Unterschiede in der Inaktivierungseffizienz, die auf die Lage der Mikroorganismen in den Samenmatrizen zurückzuführen sein könnten, aber auch eine Folge der unterschiedlichen Resistenz der Zellwandstrukturen sein könnte. So konnte unter gleichen Bedingungen beispielsweise die natürliche Mikroflora auf Alfalfasamen durch die Plasmabehandlung in der DBD um 1.60 log reduziert werden, wohingegen die künstlich aufgebrachte Kontamination mit E. coli sogar um 1.89 log, die Kontamination mit Bacillus amyloliquefaciens Endosporen aber lediglich um 0.78 log reduziert werden konnte. Eine Verbesserung der Behandlungseffizienz konnte durch eine Veränderung des Feuchtigkeitsgehalts der Proben erreicht werden. Die Befeuchtung der Alfalfasamen von 8.76 auf 17.00 %wb (Prozent feuchtebasiert) führte in der DBD zu einer verbesserten Reduktion der Mikroflora von 0.75 auf 1.66 log. Eine weitere Befeuchtung verschlechterte die Reduktion aber wieder (0.56 log bei 29.82 %wb ). Der teils vorteilhafte Einfluss der Feuchtigkeit ist auf die Bildung reaktiver Sauerstoffspezies zurückzuführen. Dabei ist jedoch zu berücksichtigen, dass Feuchtigkeit in der Plasmaentladung auch zu einer Schwächung des Plasmas und einer Abnahme der Bildung reaktiver Teilchen führen kann. Der optimale Feuchtigkeitsgehalt des Substrats ist abhängig von der Art des Substrats und der mikrobiellen Verunreinigung, aber auch die Art der Plasmaentladung und und ihre Betriebsbedingungen spielen vermutlich eine Rolle. So war beispielsweise die Dekontaminierung von bakteriellen Endosporen auf Weizenkörnern in der DBD wirksamer bei einer Feuchtigkeit von 14.81 %wb (1.44 log) als bei einer Feuchtigkeit XII Zusammenfassung von 17.01 %wb (1.02 log). Neben der Veränderung des Feuchtigkeitsgehalts der Proben beeinflusst auch das verwendete Prozessgas die Intensität der Plasmaentladung und die Bildung reaktiver Teilchen. Dabei zeigten sich in den Versuchen im PCFBR bei der Verwendung von Argon die besten Ergebnisse. Nur wenig schlechter fielen die Ergebnisse unter Verwendung von Luft als Prozessgas aus, wobei die Unterschiede zu anderen Gasen (Sauerstoff, Stickstoff und Argon/Sauerstoff- sowie Stickstoff/SauerstoffGasmischungen) ebenfalls nur gering waren. Eine weitere Verbesserung konnte durch eine Veränderung der Einstellungen der Stromquelle der Plasmaentladung erreicht werden. In den Experimenten im PCFBR führte eine Erhöhung der Leistung zu einer grösseren axialen Ausdehnung der Plasmazone sowie zu einer leicht verbesserten Inaktivierung von Endosporen auf Weizenkörnern. In den Experimenten in der DBD führte eine Erhöhung von Frequenz oder Spannung der gepulsten Stromversorgung ebenso zu einer besseren Inaktivierung, die auf eine Zunahme der Leistungsdichte und dadurch eine verstärkte Bildung reaktiver Teilchen zurückzuführen ist. Zum Beispiel konnte die logarithmische Reduktion bakterieller Endosporen von 0.44 auf 1.29 log verbessert werden, wenn die Spannung von 6 auf 10 kV erhöht wurde. Die Inaktivierung der natürlichen Mikroflora auf Alfalfasamen liess sich durch eine Verdopplung der Frequenz von 5 auf 10 kHz von 1.07 auf 2.04 log steigern. Auch wenn sich eine erhöhte Leistungsdichte für die Dekontaminierung durch Plasma zunächst als vorteilhaft zeigt, ist zu berücksichtigen, dass sie zugleich auch zu einer Erhöhung der Gastemperatur in der Entladung führt. Diese Tatsache erforderte daher im Weiteren eine Untersuchung um festzustellen, ob die Temperaturzunahme ursächlich für die mikrobielle Inaktivierung war und ob sie die Produktqualität beeinflusste. Im PCFBR ergaben Messungen des Leistungseintrags auf Oberflächen in der Plasmaatmosphäre und deren Analyse mittels der Wärmeleitgleichung eine maximale Oberflächentemperatur der Weizenkörner von 90 ○C für die in den Experimenten verwendeten Versuchsbedingungen. Diese Temperatur führt nicht zu einer Inaktivierung bakterieller Endosporen. Die Temperatur im Inneren der Weizenkörner lag unter 60 ○C, was die Qualität der Weizenkörner nicht beeinträchtigen sollte. In Übereinstimmung dazu zeigte die Analyse der funktionellen Eigenschaften der Weizenkörner keine Verschlechterung der Teig- und Backeigenschaften. Die Messungen der Gastemperatur in der XIII DBD ergaben unter Versuchsbedingungen ebenfalls ein Temperaturmaximum von ca. 90 ○C. Diese Temperatur führte zu keiner Reduzierung der getesteten Mikroorganismen und auch die Qualität der Weizenkörner verschlechterte sich nicht. Bei den getesteten Alfalfasamen war hingegen eine Abnahme der Keimfähigkeit bei Temperaturen über 65 ○C festzustellen. Jedoch konnte bei geringeren Temperaturen des Prozessgases eine Verbesserung der Keimfähigkeit um bis zu 20 % gegenüber unbehandelten Samen erzielt werden. Neben dem Temperatureinfluss wurde auch der Einfluss mechanischer Belastungen analysiert. Die pneumatische Förderung der Weizenkörner im PCFBR verursachte eine leichte Abrasion der Weizenkornschale und dadurch eine Reduktion der mikrobiellen Belastung. Die Vibration der DBD zur gleichmässigen Behandlung der Substrate hatte hingegen keinen Einfluss auf die mikrobielle Belastung. Auch das elektromagnetische Feld und die Argonatmosphäre wirkten sich nicht auf die mikrobielle Belastung aus. Demzufolge konnte die Inaktivierung der Mikroorganismen auf die durch Plasma erzeugten reaktiven Teilchen zurückgeführt werden. Als vorherrschender Mechanismus wurde chemisches Sputtern vermutet, bei dem der Einschlag von Ionen auf der Substratoberfläche Schäden in der Zellwand der Mikroorganismen verursacht, an denen Sauerstoffteilchen dann zu flüchtigen Verbindungen reagieren. Zusammenfassend ist festzustellen, dass die Dekontaminierung grobkörniger Lebensmittel durch Plasma möglich, jedoch deutlich schwieriger als die Behandlung glatter Modellsubstrate ist. Die Inaktivierungseffizienz kann jedoch durch Anpassungen beim Feuchtigkeitsgehalts der Proben, der Prozessgasmischung und der Einstellungen der Stromquelle verbessert werden. Das beste Ergebnis bei der Reduzierung von Bacillus amyloliquefaciens Endosporen auf Weizenkörnern lag bei 2.59 log nach einer effektiven Behandlungszeit von 73.5 s im PCFBR, und bei der Reduzierung von Geobacillus stearothermophilus Endosporen auf Weizenkörnern bei 3.12 log nach einer Behandlung von 60 min in der DBD. Bei den Alfalfasamen lag die Reduzierung von E. coli im selben System bei bis zu 3.00 log nach einer Behandlungsdauer von 10 min. Die funktionellen Eigenschaften der Weizenkörner wurden durch die angewendeten Plasmabedingungen nicht beeinträchtigt. Die Keimfähigkeit der Alfalfasamen konnte bei milder Behandlung sogar verbessert werden.
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