Chemische Zeichenprogramme EDV

EDV-Anwendungen in der Organischen Chemie
Chemische Zeichenprogramme
• Zeichnen chemischer Strukturen
 Dokumentation, wissenschaftliche Arbeit, Präsentation, Lehre
• Schnittstelle zu
 3D-Darstellung
 Modelling-Programmen
 IUPAC-Namensgenerierung
 Datenbanken
 Berechnung von physikalischen Daten (Polarität, NMR-, …)
• Integration und Bearbeitung von Spektren (IR, NMR, MS)
• Zeichnen chemischer Apparaturen (Laborglasgeräte)
Das elektronische Laborjournal
Prof. Dr. Andreas Speicher, EDVOC
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Ein „gutes“ Zeichenprogramm
• einfach zu bedienen, logisch, selbsterklärend, intuitiv
• schnelles Zeichnen von Grundstrukturen, z. B. Ringe
• vorgefertigte und frei definierbare „Stile“
(Bindungslängen, -dicken, Schriftarten und -größen, …)
• vorgefertigte Template für Substanzklassen
• OLE mit Office-Programmen (Vorsicht!)
• Import- und Export anderer Dateiformate
• akzeptiert und anerkannt
• Produktpflege
• „günstig“
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C-Design
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Freeware
Formeln
Grafikprogramm
Apparaturen
Dateiendung: .cdw
Version: 3.0f (2002) mit Labobib Gerätebibliothek
seit 2010 kompatibel mit WindowsVista und Windows7
http://www.ch.tum.de/oc1/EFontain/C-Design/
Import: -Export: .mol / .hin /.wmf
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Chemograph Plus
Freeware (Standard-Edition)
Freeware:
• Formeln 2D
• Bearbeitung von Spektren
Premium / Professional:
• 3D-Programmteil
• Datenbankverwaltung
• Verwaltung von Struktur- und Spektrendatenbanken
• Dateiendung: .fo
• Aktuelle Version: 6.4
• DigiLab Software GmbH: http://www.chemograph.de
• Import / Export: .mol / div. Spektrenformate
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ISIS Draw Freeware (Registrierung)
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Formeln
Namensgenerierung mit Add-In: Autonom2000
vorgefertigte und definierbare Stile
Dateiendung: .skc
Import / Export: .mol / .bsd (Crossfire)
Letze Version: 2.5 (2002)  lange Zeit das Freeware-Programm
Symyx Draw 3.2 z.B. über Softonic (Freeware)
AccelrysDraw 4.1 z.B. über Softonic (Freeware)
http://accelrys.com/products/informatics/cheminformatics/draw/
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ACD ChemSketch
Freeware
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Formeln zeichnen
Grafikprogramm (zum „malen“)
Apparaturen konstruieren
3D-Optimierung
Berechnung von physikalischen Eigenschaften (z. B. Brechungsindex)
Dateiendung: .sk2
Aktuelle Version: 2015
http://www.acdlabs.com/
Import: .wmf
ChemDraw (.chm, .cdx)
IsisDraw (.skc)
MDL-Mol (MM-Programme): .mol
• Export: .mol / .chm / .wmf / .gif / .tiff / .bmp / .pdf
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Struktureditoren bekannter Datenbanken:
• Beilstein unter Reaxys (verschiedene Editoren wählbar); Java
• SciFinder Web-Edition (Web-basierend); Java
Struktureditoren von Molekular Modelling Programmen:
• Windows-Programme: Eigener Struktureditor
• Unix/Linux: graphische „Schnittstelle“ zu einem Struktureditor
• Es gibt spezielle Programme und Formate zum
Datenaustausch unter Datenbanken Modelling-Programmen
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KnowItAll®
ChemWindow
Informatics System
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Vertrieb: BioRad Laboratories:
http://www.bio-rad.com
ChemWindow® Edition
„One Interface“:
• DrawIt™ (incl. laboratory glassware drawings and engineering symbols)
• Top Quality 3-D Presentations, 3-D Modeling (MM2), and Publishing
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ReportIt™ (import of IR, NMR, MS, Raman spectra and chromatograms)
Stereochemical Recognition (e.g. R/S centers and E/Z double bonds)
Calculation Tools (e.g. mass from structure)
MS Fragmentation Tool
BrowseIt™
ReportIt™
IUPAC NameIt™ (limited)
IUPAC DrawIt™ (limited)
Main Features in ChemWindow Edition
Import/Export: MDL-molfiles, ChemDraw
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„Chem Draw“ $$
http://www.cambridgesoft.com/
ChemDraw:
• Standard für chemisches Zeichnen, Biosymbole
• Struktur <=> Name (incl. CIP-Regeln)
• 1H- und 13C-NMR „Vorhersage“
• Schnittstelle zur Datenbanksuche, u.a. SciFinder
ChemBioDraw:
• zusätzlicher Editor für Biosynthesewege
Chem3D:
• 3D-Modelle
• Energieminimierung (Molekülmechanik)
• GAMESS und integrierte Schnittstellen zu Gaussian u.a.
Elektronisches Laborjournal
„Addware“: MestreNova Lite
• Prozessieren, Analyse und Darstellung von hochaufgelösten NMR Daten
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verschiedene Paketlösungen!
2014 (14.0):
2015 (15.0):
ChemDraw Standard:
ChemDraw Prime:
ChemDraw Pro:
• Zeichnen
• DC-Plattentool
ChemDraw Professional
ChemBioDraw Ultra:
Campuslizenz mit 3D
+ BioDraw, Biopolymere
+ Datenbanken (SciFinder)
+ Name=Struktur
+ NMR-Vorhersage
+ Laborjournal
ChemBio3D Ultra:
ChemOffice Professional
ChemBioOffice Ultra:
+ 3D
+ Datenaustausch
CIP-Pool:
ChemBioDraw Ultra 11.0 mit 3D
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Campus-Lizenz für ChemDraw Professional 15.0 (Mittel der Organischen Chemie)
„downgrade“ auf 14.0 möglich, dann mit 3D
Die Lizenz erlaubt jedem Besitzer einer E-Mail-Adresse mit Endung
@mx.uni-saarland.de bzw.
@stud.uni-saarland.de
den Download der Software und den Bezug einer Serien-Nummer, die jeweils die
Installation auf 3 Rechnern (auch Laptops, Privatrechner usw.) ermöglicht.
Serien-Nummer und die Installationsdatei über folgenden Link:,
http://sitesubscription.cambridgesoft.com/sitelicense.cfm?sid=1170
mit seiner E-mail-Adresse einloggen
 die benötigten Daten (Seriennummer) werden zugeschickt
 persönlicher Account: http://www.cambridgesoft.com/login/
 Seriennummer einsehen
Die aktuelle Lizenz ist gültig bis Juli 2016, wird aber wohl verlängert.
Auf CIP-Pool-Rechnern installiert: ChemBioDraw Ultra 11.0
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Übungsleitfaden: ChemDraw Ultra
Bindungen zeichnen, Mehrfachbindungen, Stereobindungen, spezielle Bindungen
Atomsymbole einfügen
Moleküle markieren, verschieben, drehen, löschen...
Atome, Bindungen und Molekülteile markieren, verschieben, drehen, löschen...
Molekül optimieren („clean“-Funktion); Vorsicht!
Template, vorgefertigte Ringe, Alkylketten
Texte eingeben .... Sonderzeichen: View-Show Character Map Window
(Reaktions)Pfeile, mechanistische Pfeile, Linien und Kurven, Rechtecke...
Hilfsmittel: Lineal, Raster, Hilfslinien,…
Datei speichern, Import-Export-Optionen
Document Settings (Stile)
Moleküleigenschaften (u.a. Masse, Molmasse, CHN): View-Show Analysis Window
Structure  Name
1H
und 13C NMR Vorhersage
3D Preview und kopieren in Chem3D
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