Winmostar - Quantum ESPRESSO Tutorial 1 第一原理MD V6.012 株式会社クロスアビリティ [email protected] 2016/04/01 修正履歴 2016/04/01版 • 初版 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 2 Contents I. 分子のモデリング II. 周期境界の作成 III. 電子状態のエネルギー極小化計算 IV. エネルギーの時間変化の表示 V. 原子核の構造最適化計算 VI. 温度一定のMD計算 VII.アニメーション表示 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 3 I. 分子のモデリング メイン画面上にてCH4分子をモデリング。 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 4 II. 周期境界の作成 「MD>LAMMPS>キーワード設定」を選択。Auto Generateをクリックし、OKをクリック。 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 5 III. 電子状態のエネルギー極小化計算 「固体>Quantum ESPRESSOキーワード>設定」を選択。 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 6 III. 電子状態のエネルギー極小化計算 CalculationにMD、Electron Dynamicsにsdを指定し、Setをクリック。 「固体>Quantum ESPRESSO実行」を選択。WARNINGウインドウでOKをクリック。 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 7 IV. エネルギーの時間変化の表示 計算終了後、「固体>インポート>Energy Plot(evp)」を選択し、デフォルトで選ばれる フォルダを選択。 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 8 IV. エネルギーの時間変化の表示 Energy Plotウインドウでekinc(電子の仮想運動エネルギー)、etot(電子の静電 ポテンシャルエネルギー)、econt(全エネルギー)にチェックを入れ、Drawをクリック し、右図のようにエネルギーが低下する様子を取得。 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 9 V. 原子核の構造最適化計算 「固体>Quantum ESPRESSOキーワード>設定」にて、 Ion Dynamicsにsdを、Electron Dynamicsにdampを指定し、Setをクリック。 同様に「固体>Quantum ESPRESSO実行」から計算実施。 ※ ファイルは上書きとする 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 10 VI. 温度一定のMD計算 「固体>Quantum ESPRESSOキーワード>設定」にて、 Ion Dynamicsにverletを、Electron Dynamicsにverletを指定し、Setをクリック。 同様に「固体>Quantum ESPRESSO実行」から計算実施。 ※ ファイルは上書きとする 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 11 VII. アニメーション表示 計算の終了後、「固体>インポート>Animation(pos)」を選択。デフォルトで選ばれる ファイルを選択。 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 12 VII. アニメーション表示 MOPAC計算などのアニメーション表示と同様の操作で、各ステップの様子を表示。 2016/4/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 13 Copyright (C) 2008-2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 14
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