MLVA

GenomeLab GeXP Application Information #006
腸管出血性大腸菌
O157 サブタイピング
MLVA
Multi Locus Variable number tandem repeat（VNTR）Analysis
米国疾病対策センター発
重篤な食中毒を起こす STEC O157 がどこからやってきたのか！感染経路の追跡調査に役立ちます。
腸管出血性大腸菌（シガトキシン産生大腸菌） O157 （STEC O157）を遺伝子レベルでのサブタイ
ピングを CEQ/GeXP でシンプルに行えます。
それぞれの VNTR の情報 :
VNTR の繰り返し回数の違いから採取された STEC
0157 が同じサブタイプであるかを確認します。
VNTR-10
VNTR-3
VNTR
VNTR-34
VNTR-9
リピートサイズ
bp
繰返しユニットの回数
Min Max
VNTR-3
6
4
23
VNTR-9
6
5
20
VNTR-10
6
7
68
VNTR-17
6
2
18
VNTR-19
6
2
10
VNTR-25
6
1
20
VNTR-34
18
1
11
VNTR-36
7
3
15
VNTR-37
6
3
16
サブタイピング結果一例：
GeXP/CEQ での解析結果から同定された VNTR のアリル番号から、採取された STEC 0157 が同じサブタイプであるかを
比較検討します。
VNTR-3
VNTR-34 VNTR-9
VNTR-10 VNTR-19 VNTR-36 VNTR-25 VNTR-17 VNTR-37
サンプル 1
14
7
17
20
7
8
4
4
8
サンプル 2
14
7
14
20
7
8
4
4
8
サンプル 3
14
7
14
22
7
8
4
4
8
サンプル 4
13
6
15
20
7
8
4
4
9
同じ
近縁
遠縁
資料提供：Dr.Eija Hytia-Trees
GeXP/CEQ での MLVA のメリット
従来法のパルスフィールド電気泳動より
・実験手技が簡単
・データの高い再現性
・ Walk away システムでより多くの疫学的情報を取得
GeXP/CEQ での MLVA ワークフロー
Day 0
Day 1
＜ DNA 抽出＞
培養した STEC O157 を
熱処理し、DNA を抽出
する
＜培養＞
採取した STEC 0157 を 37℃で
14 ∼ 18hr 培養
・PCR 産物・サイズスタンダード
・SLS
＜泳動サンプルの調製＞
＜ PCR 増幅＞
PCR 産物をサイズスタンダードと
同時に泳動することで、高い精度で
フラグメントサイズをコールする
プライマーミックスで 4 つの VNTR 領域
を同時に増幅
トータル 9 ヶ所の VNTR 領域を増幅
（CDC プロトコル参照）
Day 2
＜データ解析＞
検出されたフラグメントサイズをもとに
アリル番号を決定する
VNTR-3 VNTR-34 VNTR-9 VNTR-10 ･･･
GenomeLab GeXP
サンプル 1
15
7
12
29
サンプル 2
9
9
11
19
サンプル 3
13
8
11
29

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