RNA-SEQ RNA-SEQによる包括的な遺伝子発現プロファイリング転写産物分析のための革命的ツール遺伝子発現の調節は、内部刺激および外部刺激の双方から影響を受ける非常に動的なプロセスです。疾患状態を原因とするような遺伝子発現の変化は、目的の表現型に対して遺伝子調節がどのような影響を与えているのかを理解するために極めて重要です。RNA-seqは、次世代シークエンシングアプリケーションであり、サンプルまたはサンプルのセット内のすべてのRNA分子に対する、バイアスのない包括的かつ定量的な解析を提供します。これにより、 RNA-seqは遺伝子発現の特性を解析する世界的にも強力なツールとなります。また、RNA-seq は、変異体および選択的スプライシングされた転写物を確実に識別することができます。以下に示すように、RNA-seqはハイブリダイゼーションに基づくマイクロアレイ技術と比較して明らかなメリットを有しています。GENEWIZはIllumina HiSeq 2500 およびIon Proton™プラットホームの双方で、カスタマイズ可能なソリューションを提供しています。GENEWIZの NGS チームは、実験の設計から高度なバイオインフォマティクス分析まで、複雑なRNA-seqプロジェクトの管理において豊かな経験を有しています。マイクロアレイ RNA-Seq トランスクリプトーム全体をシークエンシング。あらかじめデザインされたプローブセットにサンプルをハイブリダイズする。基準配列の有無を問わず、効果的に分析。基準配列がある場合のみ分析。スプライス変異体を含む、既知および未知の転写産物のアイソフォームを検出。既知のアイソフォームのみ検出。高ダイナミックレンジで、高発現、低発現の両方の転写産物を高い精度で検出。ダイナミックレンジが狭い。高発現、低発現の転写産物に対しては、データにバイアスがかかる可能性を否定できない。置換および塩基の挿入または欠損を含む、新規配列変異体の検出。配列変異体の検出は不可能。単一塩基レベルで、転写境界を正確に特定。精度の低い分解能。 RNA-SEQのプロセスサンプルライブラリの作成 RNAを単離マッピングおよびダウンストリーム解析シークエンスシークエンスペアエンドまたはシングルエンド R1 R2 発現レベルリードお問い合わせ・見積もり依頼ジーンウィズ・ジャパン・プロジェクトマネージメントチーム [email protected] ジーンウィズ・ジャパン www.genewiz.jp/public/index.aspx RNA-SEQ GENEWIZの完全なソリューション実験設計 • 経験豊かなプロジェクトマネージャーとの無料相談 • 最適なライブラリタイプ、シークエンシングプラットフォーム、構成およびリード長、カバレッジの深さ、および分析要件を決定 RNA-SEQによる包括的な遺伝子発現プロファイリング RNA-SEQの特徴 • トランスクリプトーム全体の分析 • 発現量の正確な定量化 • 単一塩基レベルの分解能 • 高ダイナミックレンジ • 選択的スプライシングの分析 GENEWIZのメリット • 低RNAインプット専用のプロトコールサンプル調製 • ストランド特異的な情報専用のプロトコール • 品質チェックによってサンプルの完全性と量を確認 • 最適化されたサービス • rRNA除去、mRNAの精製および断片化、ds-cDNA合成、インデックスアダプタをライゲーションし、シークエンシング用ライブラリを作成 • 迅速なターンアラウンド時間を選択可能 • 高度なバイオインフォマティクス分析能 • 基準配列が不要 • 迅速なターンアラウンド時間を選択可能 • NGS専門家による専属サポート多重化 • アダプター結合ライブラリのノーマライズおよびプールサンプル提出 • サンプル全体に、均一なシークエンシングのカバレッジを行うためにプールされたライブラリを定量化 • 総RNA* • mRNA • ds-cDNA • 細胞ペレット次世代シークエンシング • Illumina HiSeq 2500またはIon Proton™プラットフォームによるシークエンシング * 推奨するサンプルタイプ成果物 • FASTQファイルでの生データバイオインフォマティクス分析マッピングおよびリードのヒットカウント各遺伝子にマップされたリード数をノーマライズし、サンプル内の遺伝子発現レベルを決定。 • バイオインフォマティクスレポート： • 遺伝子発現解析 • 新規アイソフォームの検出 • 突然変異の検出 • シークエンスアセンブリ識別的遺伝子発現統計学的にサンプルまたはサンプル群間の発現を比較。新型アイソフォームの検出スプライス変異体などの新型転写産物アイソフォームを識別。突然変異の検出一塩基変異オチド変異、並びに小規模な挿入および欠失を検出。 De novoトランスクリプトームアセンブリ基準配列がない場合、シークエンスデータのアセンブリ。お問い合わせ・見積もり依頼ジーンウィズ・ジャパン・プロジェクトマネージメントチーム [email protected] ジーンウィズ・ジャパン www.genewiz.jp/public/index.aspx